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基于PCR的SSR标记分离方法综述
被引量：
15
1
作者
何琳
王群
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第4期775-782,共8页
SSR分子标记是目前应用最广泛的第二代共显性分子遗传标记。SSR标记具有物种特异性,要应用该方法需要提前开发相应物种的特异SSR标记,而获得微卫星标记的经典方法是通过构建基因组片段文库和特殊标记SSR探针杂交法获取,这些方法经济成...
SSR分子标记是目前应用最广泛的第二代共显性分子遗传标记。SSR标记具有物种特异性,要应用该方法需要提前开发相应物种的特异SSR标记,而获得微卫星标记的经典方法是通过构建基因组片段文库和特殊标记SSR探针杂交法获取,这些方法经济成本相对较高且耗时耗力。近年来,该领域的研究中积累了很多研究成果和技术改进,发展起来几种基于PCR简便易操作且节约成本的SSR标记分离方法,例如基于RAPD的微卫星分离方法、基于ISSR抑制PCR扩增法、序列标签微卫星分析法、选择性扩增微卫星分析法以及荧光ISSR-PCR分离微卫星和微卫星扩增文库法等。本文主要对这些方法逐一进行综述,旨在为各个物种SSR标记的开发提供参考。
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关键词
简单序列重复(SSR)
RAPD随机扩增微卫星分离(PIMA)
序列标签微卫星分析(STMP)
选择性扩增微卫星分析(SAM)
荧光ISSR-PCR(
fissr
)
微卫星扩增文库法(MAL)
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职称材料
不同居群朱砂根(Ardisia crenata)的荧光ISSR遗传多样性分析
被引量：
12
2
作者
骆亮
张文春
+2 位作者
李龙
陈斌
彭东辉
《分子植物育种》
CAS
北大核心
2021年第18期6235-6247,共13页
为了从分子水平揭示福建省不同野生居群朱砂根的遗传多样性水平,本研究采用荧光ISSR分子标记对福建省20个朱砂根野生居群共255个样株的遗传多样性及遗传结构进行了分析。5条ISSR荧光引物共扩增出谱带为186条,其中多态性谱带为96条,多态...
为了从分子水平揭示福建省不同野生居群朱砂根的遗传多样性水平,本研究采用荧光ISSR分子标记对福建省20个朱砂根野生居群共255个样株的遗传多样性及遗传结构进行了分析。5条ISSR荧光引物共扩增出谱带为186条,其中多态性谱带为96条,多态性平均百分率达到55.77%。居群的多态位点百分比(PPL)在37.65%~80.39%之间,观测等位基因数(Na)在1.3765~1.8039之间,Shannon指数在0.2000~0.3672范围内,Nei’s基因多样度(H)于0.1256~0.2425之间、有效等位基因数(Ne)为1.1923~1.4079,以上数据表明朱砂根居群遗传多样性较丰富。居群间的遗传变异(Dst)为0.0592,小于居群内遗传变异(Hs)。居群间的基因流为1.4335(>1),具有较高的基因流动。不同居群的遗传一致度于0.6201~0.9782之间,遗传距离于0.0242~0.559范围内,证明了朱砂根各居群间的亲缘关系接近。对遗传距离与地理距离进行Mantel相关性分析发现无显著相关性。通过对朱砂根各居群样株进行主坐标分析,发现居群间亲缘关系远近和地理分布规律无较明显的相关性,但居群间基因流动较密切,且具备一定程度的遗传分化,并依据Structure遗传结构分析,把居群划分为两大类的结果与主坐标分析相似,且居群间存在较高的遗传渗透。本研究为今后构建朱砂根资源核心种质库,优良性状种源的筛选与储存、引种及驯化及种群保护策略的制定及新资源的开发提供相关的理论依据。
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关键词
朱砂根
fissr
遗传多样性
遗传结构
原文传递
题名
基于PCR的SSR标记分离方法综述
被引量：
15
1
作者
何琳
王群
机构
华东师范大学生命科学学院
出处
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第4期775-782,共8页
基金
上海市科委项目(44500110)资助
文摘
SSR分子标记是目前应用最广泛的第二代共显性分子遗传标记。SSR标记具有物种特异性,要应用该方法需要提前开发相应物种的特异SSR标记,而获得微卫星标记的经典方法是通过构建基因组片段文库和特殊标记SSR探针杂交法获取,这些方法经济成本相对较高且耗时耗力。近年来,该领域的研究中积累了很多研究成果和技术改进,发展起来几种基于PCR简便易操作且节约成本的SSR标记分离方法,例如基于RAPD的微卫星分离方法、基于ISSR抑制PCR扩增法、序列标签微卫星分析法、选择性扩增微卫星分析法以及荧光ISSR-PCR分离微卫星和微卫星扩增文库法等。本文主要对这些方法逐一进行综述,旨在为各个物种SSR标记的开发提供参考。
关键词
简单序列重复(SSR)
RAPD随机扩增微卫星分离(PIMA)
序列标签微卫星分析(STMP)
选择性扩增微卫星分析(SAM)
荧光ISSR-PCR(
fissr
)
微卫星扩增文库法(MAL)
Keywords
Simple sequence repeat （SSR）
PCR-based Isolation of Microsatellite Arrays （PIMA）
Sequence-tagged microsatellite profiling （STMP）
Selectively amplified microsatellite （SAM）
Fluorescent ISSR-PCR （
fissr
）
Mi- crosatellite amplified library （MAL）
分类号
Q503 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
不同居群朱砂根(Ardisia crenata)的荧光ISSR遗传多样性分析
被引量：
12
2
作者
骆亮
张文春
李龙
陈斌
彭东辉
机构
福建农林大学园林学院艺术学院(合署)
出处
《分子植物育种》
CAS
北大核心
2021年第18期6235-6247,共13页
基金
福建省科技创新平台项目(PTJH16005)资助。
文摘
为了从分子水平揭示福建省不同野生居群朱砂根的遗传多样性水平,本研究采用荧光ISSR分子标记对福建省20个朱砂根野生居群共255个样株的遗传多样性及遗传结构进行了分析。5条ISSR荧光引物共扩增出谱带为186条,其中多态性谱带为96条,多态性平均百分率达到55.77%。居群的多态位点百分比(PPL)在37.65%~80.39%之间,观测等位基因数(Na)在1.3765~1.8039之间,Shannon指数在0.2000~0.3672范围内,Nei’s基因多样度(H)于0.1256~0.2425之间、有效等位基因数(Ne)为1.1923~1.4079,以上数据表明朱砂根居群遗传多样性较丰富。居群间的遗传变异(Dst)为0.0592,小于居群内遗传变异(Hs)。居群间的基因流为1.4335(>1),具有较高的基因流动。不同居群的遗传一致度于0.6201~0.9782之间,遗传距离于0.0242~0.559范围内,证明了朱砂根各居群间的亲缘关系接近。对遗传距离与地理距离进行Mantel相关性分析发现无显著相关性。通过对朱砂根各居群样株进行主坐标分析,发现居群间亲缘关系远近和地理分布规律无较明显的相关性,但居群间基因流动较密切,且具备一定程度的遗传分化,并依据Structure遗传结构分析,把居群划分为两大类的结果与主坐标分析相似,且居群间存在较高的遗传渗透。本研究为今后构建朱砂根资源核心种质库,优良性状种源的筛选与储存、引种及驯化及种群保护策略的制定及新资源的开发提供相关的理论依据。
关键词
朱砂根
fissr
遗传多样性
遗传结构
Keywords
Ardisia crenata
fissr
Genetic diversity
Genetic structure
分类号
S686 [农业科学—观赏园艺]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于PCR的SSR标记分离方法综述
何琳
王群
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2010
15
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
不同居群朱砂根(Ardisia crenata)的荧光ISSR遗传多样性分析
骆亮
张文春
李龙
陈斌
彭东辉
《分子植物育种》
CAS
北大核心
2021
12
原文传递
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