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肺腺癌组织lncRNA FAM83A-AS1表达及临床意义数据库分析
1
作者 李瑶 曹鹏驹 陈发林 《社区医学杂志》 CAS 2020年第23期1577-1583,共7页
目的肺癌是全球发病率和死亡率最高的恶性肿瘤。长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)广泛参与了肿瘤的发生、进展和转移等过程。本研究利用癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)公共数据集分析lncRNA FAM83A-AS1在肺腺... 目的肺癌是全球发病率和死亡率最高的恶性肿瘤。长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)广泛参与了肿瘤的发生、进展和转移等过程。本研究利用癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)公共数据集分析lncRNA FAM83A-AS1在肺腺癌中的表达及临床意义。方法从TCGA中下载2020年2月前517例肺腺癌组织与59例癌旁组织RNA的测序数据及对应的患者临床资料,探讨FAM83A-AS1表达水平与临床病理特征的相关性及其对肺腺癌的诊断意义。采用Kaplan-Meier法和Cox比例风险回归模型进行生存分析探讨影响肺腺癌患者预后的因素。预测筛选肺腺癌中FAM83A-AS1相关的mRNA,通过String和CytoScape软件构建蛋白质相互作用(protein&protein interaction,PPI)网络并进行基因本体论(gene ontology,GO)分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析。结果肺腺癌组织中FAM83A-AS1表达水平明显高于癌旁组织(P<0.001)。FAM83A-AS1高表达与年龄(χ^(2)=5.814,P=0.020)、肿瘤晚期(χ^(2)=9.336,P=0.003)、淋巴结远处转移(χ^(2)=10.685,P=0.001)和吸烟(χ^(2)=11.859,P=0.001)有关。FAM83A-AS1的表达水平用于鉴别肺腺癌组织与正常肺组织,其ROC曲线下面积为0.969 4。生存分析结果显示,FAM83A-AS1高表达患者总体生存率(overall survival,OS)较低(χ^(2)=10.660,P=0.001),无复发生存率(recurrence free survival,RFS)较低(χ^(2)=6.171,P=0.013)。Cox多因素回归分析结果显示,FAM83A-AS1高表达是影响OS(HR=1.681,95%CI为1.112~2.539,P=0.014)和RFS(HR=1.510,95%CI为1.093~2.086,P=0.012)的独立预后危险因素。GO和KEGG分析结果表明,FAM83A-AS1可能富集在细胞形成、细胞黏附迁徙、神经元生成分化等功能以及MAPK信号通路、肿瘤通路、轴突导向、胰岛素信号通路和Wnt信号通路中。结论 FAM83A-AS1可能参与肺腺癌的发生,提示FAM83A-AS1可能是肺腺癌的潜在治疗靶点,并具有作为肺腺癌患者的诊断及预后标志物的潜能。 展开更多
关键词 肺腺癌 fam83a-AS1 生存分析 GO功能富集分析 KEGG通路分析
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肺腺癌组织FAM83A基因表达与预后相关性 被引量：9
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作者 何大川 龚道明 +3 位作者 朱小波 王鹏莉 魏敏 卿松 《中华肿瘤防治杂志》 CAS 北大核心 2019年第4期239-244,共6页
目的肺癌是全球发病率和死亡率最高的恶性肿瘤之一,人类编码的FAM83A基因在肺癌中高表达。本研究探讨FAM83A基因表达与肺腺癌进展和转移关系,为临床肺腺癌治疗提供潜在靶点。方法所有用于生物信息分析的数据均来自癌症数据库TCGA,Bioedi... 目的肺癌是全球发病率和死亡率最高的恶性肿瘤之一,人类编码的FAM83A基因在肺癌中高表达。本研究探讨FAM83A基因表达与肺腺癌进展和转移关系,为临床肺腺癌治疗提供潜在靶点。方法所有用于生物信息分析的数据均来自癌症数据库TCGA,Bioedit软件用于不同物种FAM83A蛋白保守型对比和分析;信号通路分析软件GSEA预测FAM83A基因调控KRAS信号通路是否参与肺腺癌进展。结果生物信息分析显示FAM83A蛋白有一个300碱基左右的保守功能区域。肺腺癌患者中FAM83A基因表达量排在所有升高基因第2位。A-431细胞染色结果提示该基因主要位于细胞核;RNA-seq表达数据分析提示FAM83A基因在肺腺癌患者中表达高于正常对照组,差异有统计学意义,t=5.46,P<0.001。随着肿瘤级别增加FAM83A表达逐渐增加,但差异无统计学意义,FAM83A基因高表达患者预后差于低表达患者,Z=2.16,P<0.001;吸烟患者FAM83A基因表达高于正常对照组,t=3.45,P<0.001。吸烟与非吸烟患者中FAM83A基因表达差异无统计学意义,FAM83A高表达合并吸烟患者中预后较一般患者更差,t=3.84,P<0.001。通路"Singh KRAS dependency signature"在肺腺癌患者组织明显富集(NES=1.79,P=0.004,FDR q=4.79×10-4),富集分数为0.6。结论 FAM83A基因表达可能与肺腺癌进展及预后密切相关,并可能成为临床肺腺癌治疗的重要干预靶点。 展开更多
关键词 fam83a基因 肺腺癌 预后 KRAS信号通路
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