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FAM49B在胃癌中的表达及临床意义的生物信息学分析与实验验证
1
作者 刘坤健 陈浩 《中国普通外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期1667-1678,共12页
背景与目的:胃癌是一种在全球范围内极为普遍的恶性肿瘤,其发生率之高使其成为全球癌症死亡的一个重要因素。研究发现,序列相似性家族49成员B(FAM49B)在包括胃癌在内的大多数肿瘤中显著上调,但FAM49B在胃癌发生和发展中的角色,目前仍然... 背景与目的:胃癌是一种在全球范围内极为普遍的恶性肿瘤,其发生率之高使其成为全球癌症死亡的一个重要因素。研究发现,序列相似性家族49成员B(FAM49B)在包括胃癌在内的大多数肿瘤中显著上调,但FAM49B在胃癌发生和发展中的角色,目前仍然知之甚少。因此,本研究探讨FAM49B在胃癌中的作用及机制,以期为胃癌的治疗提供新的途径。方法:基于TCGA和GEO数据库,进行FAM49B的表达、生存分析、免疫浸润评估、基因集富集及蛋白质相互作用(PPI)网络分析。收集胃癌临床样本,采用免疫组化、qRT-PCR和Westernblot检测FAM49B的表达水平,并分析其表达与患者临床病理因素的关系。体外实验分析FAM49B在胃癌细胞系中的表达,并采用CCK-8、EdU、Transwell和流式细胞术分析FAM49B对胃癌细胞增殖、迁移、侵袭及细胞周期的影响。结果:生物信息学分析显示,FAM49B基因在胃癌的肿瘤组织中呈明显高表达,同时FAM49B的高表达与M1/M2巨噬细胞极化过程密切相关,FAM49B高表达的胃癌患者预后更好;富集分析显示,FAM49B高表达组富集于p53信号通路,而低表达组富集于ERBB信号通路,PPI网络分析显示,FAM49B与FAM49A、ACTN1、THSD4、RAC3、EGFR等蛋白有高度相互作用。在胃癌组织和细胞系中,FAM49B的mRNA和蛋白表达均明显上调(均P<0.05);FAM49B的表达与肿瘤大小及胃癌的浸润深度呈反向关系(均P<0.05)。敲除FAM49B基因后,胃癌细胞的增殖和转移能力明显增强,而过表达FAM49B后则成反向变化(均P<0.05);敲除FAM49B的胃癌细胞G1期比例明显降低,S期升高,伴随cyclin E1和cyclin D1蛋白表达下调,而过表达FAM49B的胃癌细胞G1期百分比升高,S期和G2期百分比降低,伴随cyclinE1和cyclinD1蛋白表达上调(均P<0.05)。此外,敲除FAM49B后,胃癌细胞中N-cadherin、vimentin及c-myc表达上调,p53表达下调,而过表达FAM49B后,胃癌细胞中这些蛋白的表达呈反向变化。结论:FAM49B在胃癌中呈现高表达,但其发挥了抑癌作用。其作用机制可能与调控巨噬细胞极化、上皮-间充质转化以及p53通路有关。 展开更多
关键词 胃肿瘤 fam49b 基因 肿瘤抑制 计算生物学
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基于多数据库分析肝细胞癌组织FAM49B基因水平及其临床意义 被引量：1
2
作者 崔喆 徐兰 《实用肝脏病杂志》 CAS 2020年第3期413-418,共6页
目的利用多数据库分析肝细胞癌(HCC)组织FAM49B基因水平及其临床意义。方法利用Oncomine和GEPIA数据库分析HCC组织与正常肝组织FAM49B基因水平,从TCGA获取临床病例资料,应用SPSS 21.0软件统计分析不同临床和病理学特征的HCC组织FAM49B... 目的利用多数据库分析肝细胞癌(HCC)组织FAM49B基因水平及其临床意义。方法利用Oncomine和GEPIA数据库分析HCC组织与正常肝组织FAM49B基因水平,从TCGA获取临床病例资料,应用SPSS 21.0软件统计分析不同临床和病理学特征的HCC组织FAM49B基因水平的异同。自Kaplan Meier Plotter数据库分析不同FAM49B基因水平的HCC患者预后的异同,自MethHC数据库分析FAM49B启动子区甲基化水平,利用String数据库分析与FAM49B相互作用的蛋白网络,采用基因集富集分析(GSEA)预测FAM49B在HCC发病过程中可能的信号调控通路。结果对Oncomine和GEPIA数据库分析显示HCC组织FAM49B基因水平显著高于正常肝组织(P均<0.01);不同性别(P=0.001)、有无肝硬化(P=0.003)、不同肿瘤分化程度(P=0.004)的HCC组织FAM49B基因水平显著不同,而不同年龄、肿瘤大小、病理学分期、甲胎蛋白水平和有无脉管侵犯者无显著性差异(P均>0.05);与FAM49B低水平患者比,FAM49B高水平患者总体生存期显著缩短,具有统计学意义(HR=1.8,P=0.0012);与正常肝组织相比,HCC组织FAM49B启动子区甲基化水平显著降低(P<0.005);与FAM49B相互作用的蛋白有SERPINA1、ISLR和FERMT3;在FAM49B mRNA高水平组织富集到细胞凋亡、细胞周期、调节自噬和P53信号通路等相关基因集(P均<0.05)。结论FAM49B在HCC组织呈高水平,其基因水平与HCC恶性程度和患者不良预后相关,可能作为癌基因在HCC发生发展过程中发挥作用,有望成为HCC诊断及预后评估的新靶点。 展开更多
关键词 肝细胞癌 fam49b 数据库 癌基因
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