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牦牛FABP4和FABP5基因克隆及生物信息和组织表达分析
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作者 张梦帆 洛桑顿珠 +7 位作者 喇永福 任稳稳 马晓明 张强 卓玛次仁 尼玛加措 平措占堆 梁春年 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第7期9-17,共9页
【目的】探究FABP4和FABP5基因对牦牛脂肪酸的调控机制,提升牦牛肉品质。【方法】采用RT-PCR扩增牦牛FABP4和FABP5基因CDS序列,利用在线软件进行生物信息学分析,使用MEGA7.0构建系统发育进化树分析其同源性。采用实时荧光定量PCR检测FA... 【目的】探究FABP4和FABP5基因对牦牛脂肪酸的调控机制,提升牦牛肉品质。【方法】采用RT-PCR扩增牦牛FABP4和FABP5基因CDS序列,利用在线软件进行生物信息学分析,使用MEGA7.0构建系统发育进化树分析其同源性。采用实时荧光定量PCR检测FABP4和FABP5基因在心脏、肝脏、肺脏、肾脏、脂肪、肌肉和十二指肠中的表达水平,探究其在不同组织中的表达差异。【结果】牦牛FABP4、FABP5基因CDS序列全长分别为393和408 bp,分别编码130和135个氨基酸,基于FABP4和FABP5氨基酸序列相似性构建的系统进化树均显示,牦牛与美洲野牛的亲缘关系最近,其次是牛,与鸡的亲缘关系较远。FABP4和FABP5蛋白二级结构、三级结构以无规则卷曲和延伸链为主,无跨膜结构域和信号肽,推测其不是分泌蛋白,为稳定的亲水性蛋白。牦牛FABP4、FABP5氨基酸序列分别存在16和17个磷酸化位点,均以苏氨酸磷酸化位点为主;牦牛FABP4和FABP5蛋白均与PPARG、GOT2间存在互作关系,且其相互间存在互作关系。KEGG富集结果发现,FABP4和FABP5共同富集在PPAR信号通路上。FABP4和FABP5基因在牦牛各组织中均有不同程度的表达,其中在脂肪中的相对表达量最高。【结论】克隆了牦牛FABP4和FABP5基因,明确了其分子特征。牦牛FABP4和FABP5基因在脂肪组织中高表达,与脂肪的沉积和代谢密切相关。 展开更多
关键词 牦牛 FABP4基因 fabp5基因 肉品质 脂肪沉积
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基于公共数据库分析FABP5在肾透明细胞癌中表达及预后的意义 被引量：5
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作者 高鑫 张淑芳 +1 位作者 黄邓高 曹卉 《天津医药》 CAS 北大核心 2018年第11期1145-1150,共6页
目的探讨脂肪酸结合蛋白5(FABP5)基因在肾透明细胞癌中的表达及预后意义。方法提取Oncomine和GEO数据库中有关FABP5的信息并进行表达情况分析,通过DAVID数据库对差异基因进行功能注释,采用GEPIA进行预后分析。结果 Oncomine数据库中共找... 目的探讨脂肪酸结合蛋白5(FABP5)基因在肾透明细胞癌中的表达及预后意义。方法提取Oncomine和GEO数据库中有关FABP5的信息并进行表达情况分析,通过DAVID数据库对差异基因进行功能注释,采用GEPIA进行预后分析。结果 Oncomine数据库中共找到445项FABP5在不同肿瘤类型中的研究数据集,表达差异有统计学意义的结果中表达增高的有32项(肾癌5项),表达降低的有24项(肾癌0项)。肾癌中有4项涉及肾透明细胞癌和正常组织中FABP5的表达研究数据集。综合比较这4项数据集发现,FABP5在肾透明细胞癌中的表达量高于正常组织(P<0.05)。GEO数据库中GSE66271芯片数据分析结果发现差异基因FABP5在肾透明细胞癌中的表达量显著高于正常组织(P<0.01)。DAVID功能分析发现这些差异基因主要集中于影响细胞的转运蛋白活性和蛋白质的消化和吸收代谢功能。使用GEPIA分析来自TCGA数据库和GTEx项目的 516例患者预后发现FABP5高表达的患者总体死亡率较高,低表达FABP5的患者预后较好(P=0.001 1)。结论 FABP5在肾透明细胞癌组织中呈现高表达,并与肾透明细胞癌预后差相关,其有望成为抗肾透明细胞癌药物的重要治疗靶点。 展开更多
关键词 腺癌 透明细胞 自动数据处理 数据库管理系统 fabp5基因 肾透明细胞癌 Oncomine数据库 GEO数据库 DAVID数据库 GEPIA 数据挖掘
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