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Orbitrap Exploris 480质谱在定量蛋白质组学应用中的优化和评测
被引量：
2
1
作者
周岳
杨湘云
+2 位作者
黄敏
李想
关锋
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2021年第2期214-226,共13页
基于数据依赖的扫描模式(data-dependent acquisition,DDA)和数据非依赖的扫描模式(data-independent acquisition,DIA)的非标记定量(label-free quantitative,LFQ)和同位素标记TMT(tandem mass tag)定量是蛋白质组学定量中较常见的技术...
基于数据依赖的扫描模式(data-dependent acquisition,DDA)和数据非依赖的扫描模式(data-independent acquisition,DIA)的非标记定量(label-free quantitative,LFQ)和同位素标记TMT(tandem mass tag)定量是蛋白质组学定量中较常见的技术.本文利用最新的Orbitrap Exploris 480质谱,优化了DDA、FAIMS DDA、FAIMS DIA的非标记定量方法以及TMT定量策略的关键质谱参数,并将其应用在人细胞蛋白质组、单细胞蛋白质组、血浆蛋白质组和酵母蛋白质组分析.结果表明,在DDA实验中,设置碰撞能量为27、二级谱图的分辨率为15 K、最大离子注入时间为22 ms是最佳的参数组合.针对极微量样品200 pg~5 ng,可以根据样品量相应设置最佳的质谱参数.使用200 pg和500 pg的HeLa细胞样品,分别鉴定到1259和1725个蛋白质,从而实现了单细胞蛋白质组学的深度覆盖.在FAIMS DDA实验中,60 min或90 min梯度时选择CV-45V的补偿电压,120 min或150 min梯度时选择CV-45V-65V补偿电压组合,可以获得最佳的蛋白质鉴定结果.从293T蛋白质组中分别在60、120和150 min中鉴定6300、6994和7500个蛋白质.在FAIMS DIA实验中,使用CV-45V-65V双补偿电压切换,60个隔离窗口来获得最佳的蛋白质鉴定数目和定量重现性.在60 min内分别在293T细胞和去除高峰度的血浆中定量到7019个细胞蛋白和1077个血浆蛋白.在TMT定量实验中设置APD开启、"Precursor Fit"阈值70和Turbo TMT功能的组合同时增加了TMT定量蛋白质的数量和TMT定量的准确性.在TMT11-plex标记的酵母蛋白质组中60 min即可定量10989个多肽和2162个蛋白质.综上所述,本研究中优化的多种非标记定量和TMT定量方法为Orbitrap Exploris 480在蛋白质组学更广泛的应用提供了参考.
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关键词
定量蛋白质组学
非标记定量
TMT
FAIMS
Orbitrap
exploris
480
原文传递
散寒化湿方的成分鉴定及体内成分分析
被引量：
6
2
作者
张旭
寇雁南
+7 位作者
姚晨思
周严严
王春英
王巧
冯淑怡
王维皓
杨滨
李敏
《中国中药杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第8期2126-2137,共12页
散寒化湿颗粒是新获批的治疗新型冠状病毒感染的中药,散寒化湿方(Sanhan Huashi formula,SHF)是其中间体。该方由20味单味药组成,化学组成非常复杂。该研究应用UHPLC-Orbitrap Exploris 240质谱对该复方的化学成分,以及大鼠灌胃给药后...
散寒化湿颗粒是新获批的治疗新型冠状病毒感染的中药,散寒化湿方(Sanhan Huashi formula,SHF)是其中间体。该方由20味单味药组成,化学组成非常复杂。该研究应用UHPLC-Orbitrap Exploris 240质谱对该复方的化学成分,以及大鼠灌胃给药后的血浆、肺及粪便中的成分进行鉴定,并利用热图分析方法对化学成分的分布情况进行了表征。研究使用Waters ACQUITY UPLC BEH C18(2.1 mm×100 mm,1.7μm)色谱柱和0.1%甲酸水(A)-乙腈(B)流动相系统进行梯度洗脱。以电喷雾离子源(ESI),在正、负离子模式下采集数据。根据准分子离子与二级碎片离子,结合对照品质谱特征及文献报道的化合物信息,在SHF中共鉴定了80个成分,包括14个黄酮类化合物、13个香豆素类化合物、5个木脂素类化合物、12个含氮化合物、6个萜类化合物和30个其他类化合物。在血浆中鉴定出40个成分,肺脏中鉴定出27个成分,粪便中鉴定出56个成分。通过对SHF化学成分鉴定及大鼠给药后体内成分表征,为揭示其药效物质、阐明科学内涵奠定了研究基础。
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关键词
散寒化湿方
UHPLC-Orbitrap
exploris
成分鉴定
体内成分表征
原文传递
题名
Orbitrap Exploris 480质谱在定量蛋白质组学应用中的优化和评测
被引量：
2
1
作者
周岳
杨湘云
黄敏
李想
关锋
机构
江南大学生物工程学院糖化学与生物技术教育部重点实验室
赛默飞世尔科技(中国)有限公司
西北大学生命科学学院
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2021年第2期214-226,共13页
基金
国家科技重大专项(2018ZX10302205-003)资助项目。
文摘
基于数据依赖的扫描模式(data-dependent acquisition,DDA)和数据非依赖的扫描模式(data-independent acquisition,DIA)的非标记定量(label-free quantitative,LFQ)和同位素标记TMT(tandem mass tag)定量是蛋白质组学定量中较常见的技术.本文利用最新的Orbitrap Exploris 480质谱,优化了DDA、FAIMS DDA、FAIMS DIA的非标记定量方法以及TMT定量策略的关键质谱参数,并将其应用在人细胞蛋白质组、单细胞蛋白质组、血浆蛋白质组和酵母蛋白质组分析.结果表明,在DDA实验中,设置碰撞能量为27、二级谱图的分辨率为15 K、最大离子注入时间为22 ms是最佳的参数组合.针对极微量样品200 pg~5 ng,可以根据样品量相应设置最佳的质谱参数.使用200 pg和500 pg的HeLa细胞样品,分别鉴定到1259和1725个蛋白质,从而实现了单细胞蛋白质组学的深度覆盖.在FAIMS DDA实验中,60 min或90 min梯度时选择CV-45V的补偿电压,120 min或150 min梯度时选择CV-45V-65V补偿电压组合,可以获得最佳的蛋白质鉴定结果.从293T蛋白质组中分别在60、120和150 min中鉴定6300、6994和7500个蛋白质.在FAIMS DIA实验中,使用CV-45V-65V双补偿电压切换,60个隔离窗口来获得最佳的蛋白质鉴定数目和定量重现性.在60 min内分别在293T细胞和去除高峰度的血浆中定量到7019个细胞蛋白和1077个血浆蛋白.在TMT定量实验中设置APD开启、"Precursor Fit"阈值70和Turbo TMT功能的组合同时增加了TMT定量蛋白质的数量和TMT定量的准确性.在TMT11-plex标记的酵母蛋白质组中60 min即可定量10989个多肽和2162个蛋白质.综上所述,本研究中优化的多种非标记定量和TMT定量方法为Orbitrap Exploris 480在蛋白质组学更广泛的应用提供了参考.
关键词
定量蛋白质组学
非标记定量
TMT
FAIMS
Orbitrap
exploris
480
Keywords
quantitative proteomics
label-free quantitative
TMT
FAIMS
Orbitrap
exploris
480
分类号
O658 [理学—分析化学]
Q51 [生物学—生物化学]
原文传递
题名
散寒化湿方的成分鉴定及体内成分分析
被引量：
6
2
作者
张旭
寇雁南
姚晨思
周严严
王春英
王巧
冯淑怡
王维皓
杨滨
李敏
机构
中国中医科学院中药研究所
河北医科大学药学院
中国中医科学院广安门医院
中国中医科学院医学实验中心
出处
《中国中药杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第8期2126-2137,共12页
基金
国家重点研发计划“战略性国际科技创新合作”重点专项(2021YFE201100)。
文摘
散寒化湿颗粒是新获批的治疗新型冠状病毒感染的中药,散寒化湿方(Sanhan Huashi formula,SHF)是其中间体。该方由20味单味药组成,化学组成非常复杂。该研究应用UHPLC-Orbitrap Exploris 240质谱对该复方的化学成分,以及大鼠灌胃给药后的血浆、肺及粪便中的成分进行鉴定,并利用热图分析方法对化学成分的分布情况进行了表征。研究使用Waters ACQUITY UPLC BEH C18(2.1 mm×100 mm,1.7μm)色谱柱和0.1%甲酸水(A)-乙腈(B)流动相系统进行梯度洗脱。以电喷雾离子源(ESI),在正、负离子模式下采集数据。根据准分子离子与二级碎片离子,结合对照品质谱特征及文献报道的化合物信息,在SHF中共鉴定了80个成分,包括14个黄酮类化合物、13个香豆素类化合物、5个木脂素类化合物、12个含氮化合物、6个萜类化合物和30个其他类化合物。在血浆中鉴定出40个成分,肺脏中鉴定出27个成分,粪便中鉴定出56个成分。通过对SHF化学成分鉴定及大鼠给药后体内成分表征,为揭示其药效物质、阐明科学内涵奠定了研究基础。
关键词
散寒化湿方
UHPLC-Orbitrap
exploris
成分鉴定
体内成分表征
Keywords
Sanhan Huashi formula(SHF)
UHPLC-Orbitrap
exploris
component identification
characterization of components invivo
分类号
R286.0 [医药卫生—中药学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
Orbitrap Exploris 480质谱在定量蛋白质组学应用中的优化和评测
周岳
杨湘云
黄敏
李想
关锋
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2021
2
原文传递
2
散寒化湿方的成分鉴定及体内成分分析
张旭
寇雁南
姚晨思
周严严
王春英
王巧
冯淑怡
王维皓
杨滨
李敏
《中国中药杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023
6
原文传递
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