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题名胃癌中EXD3基因的表达及功能的生物信息学分析
被引量：3
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作者
孙灯众
刘牧林
吴华彰
黄福新
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机构
蚌埠医学院第一附属医院胃肠外科
蚌埠医学院生物科学系
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出处
《南方医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第2期215-221,共7页
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基金
国家自然科学基金(21707002)
安徽省高校自然科学研究项目(KJ2017A213
+1 种基金
KJ2017A219
gxyq2018035)~~
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文摘
目的通过生物信息学分析研究胃癌与正常胃粘膜间具有差异性表达的基因,找出参与胃癌发生发展及预后的关键基因,并对其所涉及的功能进行分析预测。方法从GEO表达谱数据库中下载表达谱基因芯片数据GSE100935(包括18例胃癌样本及正常胃粘膜组织),利用Morpheus在线软件分析基因芯片GSE100935的数据,获得在胃癌与正常胃粘膜组织中存在差异表达的基因,并构建聚类分析热图;利用软件UALCAN在线分析差异表达基因在胃癌与正常胃粘膜组织中表达水平;利用Kaplan-Meier绘图软件对差异表达基因在胃癌患者中的表达高低进行生存分析;最后采用Fun Rich软件进行GO功能富集分析,网站STRING构建目的基因蛋白互作网络。结果通过分析基因芯片GSE100935获得45119个差异表达的基因;在线分析软件UALCAN显示EXD3基因在胃癌组织中高表达;同时生存分析提示当EXD3基因高表达时,胃癌患者的预后相对较差;GO功能富集分析发现,差异表达基因主要与胃癌细胞核苷酸的新陈代谢调节以及转录因子的活动有关。结论 EXD3可能是胃癌中潜在的癌基因,可能与DNA损伤修复有关,其表达上调在胃癌的发生发展及预后过程发挥重要作用,并有望成为判断胃癌患者预后的重要的生物学指标。
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关键词
exd3
胃癌
生物信息学分析
预后
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Keywords
exd3
gastric cancer
bioinformatics analysis
prognosis
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分类号
R735.2
[医药卫生—肿瘤]
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