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基于转录组数据的玉米小斑病菌EST-SSR分子标记开发及多态性分析
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作者 徐超 李迪 +5 位作者 杨艳艳 马旭阳 马庆周 郭雅双 施艳 张猛 《福建农林大学学报(自然科学版)》 北大核心 2026年第1期33-44,共12页
【目的】基于玉米小斑病菌(Bipolaris maydis)转录组数据鉴定简单重复序列(SSR)位点,开发可用于该植物病原真菌种内遗传变异分析的全新DNA分子标记。【方法】使用MISA软件对玉米小斑病菌去冗余的unigenes进行SSR标记检索与分析,采用Prim... 【目的】基于玉米小斑病菌(Bipolaris maydis)转录组数据鉴定简单重复序列(SSR)位点,开发可用于该植物病原真菌种内遗传变异分析的全新DNA分子标记。【方法】使用MISA软件对玉米小斑病菌去冗余的unigenes进行SSR标记检索与分析,采用Primer 3.0设计SSR引物,通过本地BLASTN比对以及原始测序数据的mapping筛选具有潜在扩增多态性的SSR引物,并通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳验证所筛选引物的有效性、多态性和通用性。【结果】在14549条玉米小斑病菌unigenes序列中共检索到5767个SSR位点,发生频率和分布频率分别为23.52%和39.64%,平均分布距离为4.94 kb。其中,单核苷酸重复类型最丰富,占总SSR位点总数的40.70%,二核苷酸(28.18%)和三核苷酸重复类型(26.69%)次之。A/T、AC/GT、C/G和AG/CT是其优势重复基序,共占SSR位点总数的67.05%。SSR基序的重复次数主要在5~14次之间,以10次重复最多(占25.92%),其中,绝大部分为单核苷酸。SSR序列长度的分布范围为10~84 bp,以长度为10 bp的SSR位点数量最多,占SSR位点总数的23.32%,序列长度≥20 bp(高多态性)的SSR共有1309条,占总数的22.70%。进一步通过生物信息学手段和PCR产物电泳检测从100对随机抽选的引物中筛选得到29对扩增性好且多态性较高的SSR引物。【结论】玉米小斑病菌转录组含丰富的SSR位点,具有开发多态性引物的潜力;本次筛选得到的SSR引物可用于后续玉米小斑病菌的种群变异及遗传图谱等研究。 展开更多
关键词 玉米小斑病 玉蜀黍平脐蠕孢 转录组 est-ssr 多态性
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猕猴桃果肉颜色性状基因及其EST-SSR标记发掘
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作者 孙淑霞 涂美艳 +6 位作者 李靖 陈栋 宋海岩 徐子鸿 廖明安 李明章 江国良 《分子植物育种》 北大核心 2025年第5期1469-1480,共12页
果肉颜色是猕猴桃重要的品质性状,不同果肉颜色的猕猴桃在色素成分、糖和维生素C含量等方面存在很大差异。为了探究猕猴桃果肉颜色形成的分子机制,本研究以红肉猕猴桃‘红实2号’和黄肉猕猴桃‘金实1号’为研究对象,采用RNA-seq技术,通... 果肉颜色是猕猴桃重要的品质性状,不同果肉颜色的猕猴桃在色素成分、糖和维生素C含量等方面存在很大差异。为了探究猕猴桃果肉颜色形成的分子机制,本研究以红肉猕猴桃‘红实2号’和黄肉猕猴桃‘金实1号’为研究对象,采用RNA-seq技术,通过分析果实不同时期不同部位的转录组表达差异。结果表明,编码花青素合成的Achn385311(3GGT)基因可能是控制‘红实2号’内果皮呈红色的主效基因,‘金实1号’后期果肉呈深黄色可能与Achn158981(GT7)、Achn150731、Achn068721(PAO)、Achn282201(PAO)和Achn176251(UGT71A16)等基因的表达调控有关。针对差异表达的230个猕猴桃果肉颜色相关基因,利用Primer Premier 5.0设计出727对EST-SSR引物,以7份不同果肉颜色的猕猴桃基因组DNA为模板,随机选择112对引物进行有效性验证,筛选出了具有清晰的扩增产物的引物78对,有效扩增率为69.64%,58对具有多态性,多态性频率为74.36%。本研究结果为猕猴桃果实呈色机理研究及分子标记辅助育种提供了理论基础。 展开更多
关键词 猕猴桃 转录组 花青素 类胡萝卜素 est-ssr
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基于EST-SSR的钟花樱与近缘种的聚类分析及嫁接亲和性研究
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作者 刘夔 李梓函 +4 位作者 张依 郝文洁 姜蕾 叶琦 付涛 《广西植物》 北大核心 2025年第4期761-772,共12页
该研究以16种樱属植物为研究材料,利用EST-SSR分子标记技术对其进行聚类分析,旨在为钟花樱及其近缘种的物种分类、物种资源保护、砧木选择和杂交亲本选择提供分子水平的依据和技术支持。结果表明:(1)遗传多样性分析发现17对EST-SSR引物... 该研究以16种樱属植物为研究材料,利用EST-SSR分子标记技术对其进行聚类分析,旨在为钟花樱及其近缘种的物种分类、物种资源保护、砧木选择和杂交亲本选择提供分子水平的依据和技术支持。结果表明:(1)遗传多样性分析发现17对EST-SSR引物共检测出98个等位基因,每对引物平均为5.76个,有效等位基因数(N_(e))为1.16~7.64,平均值为3.22;观察杂合度(H_(o))为0.04~0.54,平均值为0.28;期望杂合度(H_(e))为0.58~0.92,平均值为0.77;Shannon’s指数(I)为1.38~2.65,平均值为2.14;多态信息含量(PIC)为0.62~0.92,平均值为0.78。(2)聚类分析结果发现除了野生早樱和黑樱桃外,其余14个物种亲缘关系密切,聚为一大类(遗传相似系数C_(GS)为0.6531~0.9184),其中,钟花樱和高盆樱之间的亲缘关系最高(C_(GS)=0.9184),钟花樱和野生早樱之间的亲缘关系最低(C_(GS)=0.7755),因此,建议使用亲缘关系较远的野生早樱和黑樱桃与钟花樱进行杂交实验。(3)在我国南方的生产实践中,已出现以华中樱为砧木,以钟花樱为接穗嫁接的高接苗。因此,从理论上讲,与钟花樱亲缘关系较近的华中樱、山樱、散毛樱和浙闽樱等也可以作为砧木,但还应考虑砧木的抗性、长势、繁殖和寿命等。通过嫁接实验得知,华中樱和山樱作为砧木嫁接钟花樱成活率最高(≥80%),与分子实验基本一致,比较适合作为嫁接钟花樱的砧木。该研究结果为钟花樱的选育、繁殖、保护和利用以及樱属之间的物种分类提供了分子依据。 展开更多
关键词 樱属 钟花樱 遗传多样性 亲缘关系 育种 est-ssr
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异质生境下山东银莲花的转录组分析及EST-SSR分子标记开发 被引量:1
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作者 单筱涵 安康 +4 位作者 周春霞 张鑫 逄玉娟 李丽霞 卞福花 《广西植物》 北大核心 2025年第1期95-107,共13页
为探究稀有物种山东银莲花在全光照的山顶灌丛和阴暗的针阔混交林下两种不同生境中的生态适应机制,并开发其EST-SSR分子标记,该研究利用Illumina高通量测序技术对开花期的山东银莲花叶片进行转录组测序,获取其功能注释和差异表达基因(DE... 为探究稀有物种山东银莲花在全光照的山顶灌丛和阴暗的针阔混交林下两种不同生境中的生态适应机制,并开发其EST-SSR分子标记,该研究利用Illumina高通量测序技术对开花期的山东银莲花叶片进行转录组测序,获取其功能注释和差异表达基因(DEGs)。结果表明:(1)转录组测序共得到53536条Unigenes序列,其中27448条成功获得注释。(2)差异表达基因5635个,1600个在山顶灌丛的山东银莲花中上调表达,其余4035个下调表达。有2460个差异表达基因注释到GO数据库2533个三级条目中,1051个差异表达基因注释到KEGG数据库的113条代谢通路中。(3)山东银莲花适应于异质生境的代谢通路主要涉及光合作用-天线蛋白通路和类黄酮生物合成通路,光合作用-天线蛋白通路中lhca 5基因上调表达,lhcb 1、lhcb 2和lhcb 3基因下调表达,类黄酮生物合成通路中chs、c 4 h、f 3′h、f 3 h、fls、ans、chi、ccoaomt和hct基因均上调表达。(4)从山东银莲花转录组数据中共获得7146个SSR位点分布于6006条Unigenes序列中,共计106种重复基序,优势重复基序为单核苷酸重复。设计合成100对EST-SSR引物中共有68对引物具有有效性,其中11对具有多态性,共扩增24个多态性片段。该研究首次开发了山东银莲花EST-SSR分子标记,为山东银莲花的保护和利用提供了重要的分子标记资源。 展开更多
关键词 异质生境 山东银莲花 转录组 est-ssr 生态适应机制
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基于RNA-seq的冰草EST-SSR标记开发及验证 被引量:1
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作者 杨东升 李冉 +4 位作者 宝格日乐 王海伟 卢倩倩 郝水源 刘建华 《麦类作物学报》 北大核心 2025年第7期891-901,共11页
冰草是小麦抗逆遗传改良的重要近缘植物,开发冰草基因组分子标记对于加快冰草的遗传育种效率和利用具有重要意义。本研究基于转录组测序(RNA-seq)技术,对2个冰草材料的幼嫩根、茎、叶片及结实期的花穗、种子进行生物信息学分析,开发高... 冰草是小麦抗逆遗传改良的重要近缘植物,开发冰草基因组分子标记对于加快冰草的遗传育种效率和利用具有重要意义。本研究基于转录组测序(RNA-seq)技术,对2个冰草材料的幼嫩根、茎、叶片及结实期的花穗、种子进行生物信息学分析,开发高多态性的EST-SSR标记并进行验证。结果表明,共获得23491793条高质量序列,其碱其长7.03 Gb,GC含量56.44%,Q30为93.04%。共获得33993条Unigene,总长度为29309958 bp。将所获Unigene与9大功能数据库进行比对,共有25614条Unigene获得功能注释,其中Nr数据库共注释24557条,GO数据库注释到66193条Unigene,按功能分为3个大类和42个亚类;共14412条Unigene注释到KEGG数据库的136条代谢通路;有11321条Unigene在KOG数据库获得注释,归属为25个功能类别;共预测到大于100 bp的CDS有7288条,SSR位点2443个,其中三碱基重复1439个,占总数的58.90%;获得EST-SSR多态性引物42对,从中随机选择10对在冰草的30个F_(2)代分离单株进行有效性验证,平均多态性比率为48.33%。以上结果说明利用RNA-seq技术大量开发的EST-SSR引物,可高效地应用于四倍体冰草产量、品质性状相关的标记开发、优异新种质指纹图谱构建及精准分子标记辅助育种。 展开更多
关键词 冰草 RNA-SEQ 生物信息学分析 est-ssr标记开发 验证
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云南南涧县古茶树资源遗传多样性的EST-SSR分析
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作者 刘娇 杨雄伟 +2 位作者 何胜聪 程小毛 黄晓霞 《热带亚热带植物学报》 北大核心 2025年第3期261-268,共8页
为探究栽培型古茶树阿萨姆茶(Camellia sinensis var. assamica)种质资源的遗传多样性,采用EST-SSR分子标记技术对云南南涧县无量山镇古茶园64份种质资源进行遗传多样性和遗传结构分析。结果表明, 20对引物共检测出223个等位基因,群体... 为探究栽培型古茶树阿萨姆茶(Camellia sinensis var. assamica)种质资源的遗传多样性,采用EST-SSR分子标记技术对云南南涧县无量山镇古茶园64份种质资源进行遗传多样性和遗传结构分析。结果表明, 20对引物共检测出223个等位基因,群体间平均有效等位基因数为3.48个;观测等位基因数(N_(a))为6.25;有效等位基因数(N_(e))为2.983;Shannon多样性指数(I)为1.251;Nei基因多样性指数(H)为0.646。POPGENE分析表明遗传分化系数(F_(st))为0.063,居群间存在中度分化,基因流(N_(m))为3.710。AMOVA分子方差分析表明,阿萨姆茶的遗传变异14%发生在居群间,86%发生在居群内,说明阿萨姆茶居群遗传变异主要发生在居群内部,且基因交流丰富。南涧县古茶园古茶树居群的遗传多样性丰富,这为阿萨姆茶种质资源的保护利用和新品种选育提供了科学依据。 展开更多
关键词 古茶园 古茶树 est-ssr 遗传多样性
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基于EST-SSR分子标记的艾种质资源遗传多样性分析与DNA指纹图谱构建 被引量:1
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作者 马钰洋 陈昌婕 +3 位作者 王明星 方艳 苗玉焕 刘大会 《中国中药杂志》 北大核心 2025年第9期2356-2364,共9页
探讨不同艾种质资源的遗传多样性及遗传进化关系,为艾种质鉴定、品种选育及资源保护提供依据。以192份艾种质资源为研究对象,利用艾转录组数据筛选设计简单重复序列(EST-SSR)引物,对不同艾种质资源进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,并利用... 探讨不同艾种质资源的遗传多样性及遗传进化关系,为艾种质鉴定、品种选育及资源保护提供依据。以192份艾种质资源为研究对象,利用艾转录组数据筛选设计简单重复序列(EST-SSR)引物,对不同艾种质资源进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,并利用荧光毛细管电泳技术检测,分析其遗传多样性并构建DNA指纹图谱。从设计的197对引物中共筛选出28对具有多态性且条带清晰的引物,从中共检测到278个等位基因,平均每对引物检测到9.900 0个等位基因,平均有效等位基因为1.407 2个。艾种质资源的Shannon′s多样性信息指数(I)介于0.148 1~0.418 0,平均为0.255 7;多态信息含量(PIC)变化范围为0.454 5~0.878 0,平均为0.766 9,表现出较高的多态性。聚类分析可将艾种质资源分为3大类,其中类群Ⅰ包含136份种质,类群Ⅱ包含45份种质,类群Ⅲ包含11份种质。主成分分析将资源分为3个类群,与聚类结果基本一致。Mantel test检测显示,艾种群的遗传变异在一定程度上受到地理距离的影响,但影响不大。Structure分析显示有190份种质材料的Q≥0.6,其基因来源较单一。进一步从28对引物中筛选出了8对核心引物,能够将各种质进行区分,并基于这8对核心引物成功构建了192份艾种质资源的DNA指纹图谱。EST-SSR分子标记可用于艾遗传多样性和亲缘关系的研究,可为艾种质资源的品种鉴定和分子辅助育种提供理论支撑。 展开更多
关键词 est-ssr 遗传多样性 聚类分析 DNA指纹图谱
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基于转录组序列的龙脑樟EST-SSR标记开发及通用性分析
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作者 黄文丁 胡蓉 +6 位作者 赖猛 杨亮 罗馨 陈婷萱 谢文磊 谢海萍 易敏 《西南林业大学学报(自然科学)》 北大核心 2025年第5期79-86,共8页
利用MISA软件对通过转录组测序获得的187095条龙脑樟unigenes进行SSR位点检测,探讨SSR的分布规律及组成特征并设计引物,进行引物多态性和通用性分析。结果表明:在187095条unigenes中共搜索到90590个SSR位点,SSR出现频率为48.42%,平均1.9... 利用MISA软件对通过转录组测序获得的187095条龙脑樟unigenes进行SSR位点检测,探讨SSR的分布规律及组成特征并设计引物,进行引物多态性和通用性分析。结果表明:在187095条unigenes中共搜索到90590个SSR位点,SSR出现频率为48.42%,平均1.99 kb出现1个SSR位点,含有SSR位点的unigenes共计68573个,SSR发生频率为36.65%。龙脑樟EST-SSR重复类型中除单核苷酸外,二核苷酸重复类型出现频率最高,其次是三核苷酸。在检测到的21777个二核苷酸重复SSR中,重复单元AG/CT(16.06%)数量最多,为优势重复单元,其次是AT/AT(5.37%)、AC/GT(2.53%)、CG/CG(0.09%)。三核苷酸中AAG/CTT(4.37%)出现频率最高,为优势重复单元。利用Primer3.0设计并合成118对SSR引物,有96对扩增成功(81.36%),其中14对呈现多态(11.86%),在5种不同化学类型中的平均多态性信息含量(PIC)为0.381,其中有3对引物属于高多态性位点。开发的14对EST-SSR引物在同属的油樟、牛樟、黄樟、阴香、猴樟等5个物种中的通用性为100%。综上所述,基于龙脑樟转录组开发的EST-SSR标记具有较高的多态性和通用性,该方法是可行的。 展开更多
关键词 龙脑樟 转录组 est-ssr标记 通用性
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冰草高蛋白含量相关EST-SSR标记开发与验证
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作者 杨东升 刘雨雷 +5 位作者 王海伟 苏志芳 王海燕 郭利平 安琪 郝水源 《草业科学》 北大核心 2025年第9期2244-2251,共8页
粗蛋白含量是冰草(Agropyron)重要的营养品质性状之一。为获得与冰草粗蛋白含量紧密相关的EST-SSR标记,本试验以蒙古冰草(A.mongolicum)、航道冰草(A.cristatum)及其杂交加倍后代四倍体冰草F_(2)分离群体为材料,基于群体分离分析法(BSA... 粗蛋白含量是冰草(Agropyron)重要的营养品质性状之一。为获得与冰草粗蛋白含量紧密相关的EST-SSR标记,本试验以蒙古冰草(A.mongolicum)、航道冰草(A.cristatum)及其杂交加倍后代四倍体冰草F_(2)分离群体为材料,基于群体分离分析法(BSA)技术,利用42对EST-SSR引物进行PCR扩增,开发、筛选冰草高蛋白含量相关的ESTSSR标记,并通过F_(2)分离单株进行标记位点验证和相关性分析。结果表明:获得1个与粗蛋白含量相关的分子标记SSR-BC5-82,该标记与粗蛋白含量呈极显著相关关系(P<0.01),准确度高、可靠性强。本研究结果对高效创制四倍体冰草高蛋白新种质及丰富冰草分子标记类型具有重要意义。 展开更多
关键词 冰草 高蛋白含量 est-ssr标记 开发 验证
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基于转录组测序的侧柏EST-SSR引物开发与鉴定分析
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作者 李锦秋 毕楷杰 +3 位作者 王立成 柳俊明 李清泉 顾丽姣 《林业与生态科学》 2025年第3期239-246,共8页
为了评价和利用侧柏种质资源,基于转录组测序技术,以侧柏的根、茎、叶为材料开发EST-SSR引物,并以黄叶侧柏MC1的半同胞子代黄叶苗和绿叶苗为样本,评估引物在不同侧柏资源中的适用性和多态性。结果表明根器官转录组中SSR位点数大于茎器... 为了评价和利用侧柏种质资源,基于转录组测序技术,以侧柏的根、茎、叶为材料开发EST-SSR引物,并以黄叶侧柏MC1的半同胞子代黄叶苗和绿叶苗为样本,评估引物在不同侧柏资源中的适用性和多态性。结果表明根器官转录组中SSR位点数大于茎器官、叶器官。叶器官中SSR重复类型大于茎器官、根器官。3个器官中优势基序均为A/T、AG/CT、AAG/CTT。3个器官中10、15、18 bp长度的SSR数量最多。60对EST-SSR引物有效率为100%,多态性率为16.67%,不同引物PIC值的变化范围为0.322~0.722。利用10对多态性引物扩增产物数据将样本进行聚类分析和遗传分析,并推测MC1半同胞子代有50%属于异交子代,其余疑似为自交子代,在遗传距离为200时,异交子代群体和疑似自交子代群体被划分为13大类群。 展开更多
关键词 黄叶侧柏MC1 转录组 est-ssr 子代鉴定
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用EST-SSRs研究小麦遗传多样性 被引量:34
11
作者 李宏伟 高丽锋 +2 位作者 刘曙东 李永强 贾继增 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期7-12,共6页
小麦EST-SSRs是从小麦ESTs序列(表达序列标签)中开发的一种新型SSR标记。研究采用35对小麦EST-SSRs标记检测了 96份小麦材料的遗传多样性。结果表明,这些小麦EST-SSRs引物均可获得清晰的预期产物,共检测到129个等位变异,其中87.6%有多... 小麦EST-SSRs是从小麦ESTs序列(表达序列标签)中开发的一种新型SSR标记。研究采用35对小麦EST-SSRs标记检测了 96份小麦材料的遗传多样性。结果表明,这些小麦EST-SSRs引物均可获得清晰的预期产物,共检测到129个等位变异,其中87.6%有多态性,大多数引物有2~4个等位变异;其中部分引物可用于普通小麦及其近缘种属的亲缘关系研究,并可根据特征带谱鉴定部分小麦品种;在相似系数为0.745的水平可将人工合成双二倍体小麦材料和一般小麦品种区分开来。与基因组SSR标记相比,EST-SSRs这种新型分子标记来源于表达基因,将其用于小麦遗传研究可直接反映相关基因在不同小麦品种间的表达差异。 展开更多
关键词 小麦品种 est-ssrS 遗传多样性 等位变异 SSR标记 引物 双二倍体 表达基因 表达序列标签 近缘种
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基于EST-SSR的金银花分子鉴别方法研究 被引量:74
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作者 蒋超 袁媛 +4 位作者 刘贵明 黄璐琦 王绪敏 于军 陈敏 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期803-810,共8页
利用简单有效的方法鉴定药用植物种及其变种一直是中药材鉴定首先要解决的问题。金银花是临床常用大宗中药材之一,源自忍冬科植物忍冬(Lonicera japonica Thunb.)的花蕾。为了有效利用金银花EST序列开发功能性分子标记,本文通过生物信... 利用简单有效的方法鉴定药用植物种及其变种一直是中药材鉴定首先要解决的问题。金银花是临床常用大宗中药材之一,源自忍冬科植物忍冬(Lonicera japonica Thunb.)的花蕾。为了有效利用金银花EST序列开发功能性分子标记,本文通过生物信息学手段对本实验室保存的忍冬及其变种红白忍冬(L.japonica var.chinensis Thunb.)EST序列进行分析,共获得3 705条忍冬EST-SSRs,且平均每4.05 kb检出一个SSR(simple sequence repeat);2 818条红白忍冬EST-SSRs,平均每7.49 kb检出一个SSR。分析结果表明金银花及其变种红白忍冬主要SSR重复为二核苷酸,其次为三核苷酸,主要重复基序类型为AG/TC和GAG/TCT。通过同源比对,在忍冬及其变种中共筛选出87对重复次数具有差异的EST-SSR。选出15对碱基数差异大于6的EST-SSR进行验证,结果表明其中的13对引物在52份金银花类药用植物中具有有效扩增产物,且引物jp.ssr4、jp.ssr64及jp.ssr65可用于忍冬及其变种、山银花原植物的鉴别。 展开更多
关键词 est-ssr 忍冬 金银花 分子鉴别
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梨EST-SSR标记的开发及其在梨品种遗传多样性分析中的应用评价 被引量:44
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作者 王西成 姜淑苓 +4 位作者 上官凌飞 曹玉芬 乔玉山 章镇 房经贵 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第24期5079-5087,共9页
【目的】分析梨EST中SSR位点分布规律,开发梨EST-SSR引物,探讨EST-SSR用于梨品种遗传差异研究的可行性。【方法】从NCBI公共数据库中下载梨表达序列标签(expressed sequence tag,EST)1293条,利用MISA软件对其进行SSR位点查找,将符合条... 【目的】分析梨EST中SSR位点分布规律,开发梨EST-SSR引物,探讨EST-SSR用于梨品种遗传差异研究的可行性。【方法】从NCBI公共数据库中下载梨表达序列标签(expressed sequence tag,EST)1293条,利用MISA软件对其进行SSR位点查找,将符合条件的序列选出,利用Primer3.0Plus软件设计48对引物,通过非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)研究这些SSR引物的PCR扩增特点,并对部分扩增产物克隆与测序,以验证其真实性。【结果】1293条梨的EST序列中含有SSR位点的序列为82条,SSR位点92个。二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的SSR类型,分别占48.91%、17.39%和17.39%。48对引物中有31对引物能扩增出理想的PCR产物,其中27对引物扩增条带具有多态性。同时发现11对引物中,有83.87%的片段具有相应的SSR位点。聚类结果表明,梨被明显地区分成东方梨和西方梨两大群,分类效果明显。【结论】梨EST-SSR标记开发效率较高,是梨SSR标记开发的重要措施,对于梨品种的鉴定与遗传多样性分析具有重要应用价值。 展开更多
关键词 est SSR 遗传多样性
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茶树EST-SSR的信息分析与标记建立 被引量:89
14
作者 金基强 崔海瑞 +4 位作者 陈文岳 卢美贞 姚艳玲 忻雅 龚晓春 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期17-23,共7页
在1589条茶树EST中,共发掘出了281个EST-SSR,分布于246条EST中,出现频率是17.68%,平均长度为33.06bp,平均分布频率是1/2.61kb。在茶树EST-SSR中,二核苷酸重复是主要的重复类型,出现最多的重复基元类型是AG/CT重复。设计了19对SSR引物,... 在1589条茶树EST中,共发掘出了281个EST-SSR,分布于246条EST中,出现频率是17.68%,平均长度为33.06bp,平均分布频率是1/2.61kb。在茶树EST-SSR中,二核苷酸重复是主要的重复类型,出现最多的重复基元类型是AG/CT重复。设计了19对SSR引物,在对引物、dNTP、MgCl2的浓度及退火温度等参数进行测试后,建立了合适的PCR反应体系。以衍生绝大多数EST-SSR的龙井43DNA为模板,对引物进行了筛选,有16对引物显示扩增,可用率为84.2%;进一步在10个茶树品种中进行多态性测试,显现出多态性的引物占可扩增引物的62.5%。本文研究结果证明了根据茶树EST建立SSR标记是有效、可行的。 展开更多
关键词 茶树 est SSR信息 标记建立
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白菜EST-SSR信息分析与标记的建立 被引量:73
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作者 忻雅 崔海瑞 +4 位作者 卢美贞 姚艳玲 金基强 林容杓 崔水莲 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期549-554,共6页
数量迅速增加的EST为开发新的SSR标记提供了宝贵的资源。本研究对4584条白菜EST进行了搜索,共检索出474个SSR,检出率为10·3%,包括40种重复基元。其中二核苷酸和三核苷酸重复单元的EST-SSR占主导地位,二者出现的频率基本相近,占总SS... 数量迅速增加的EST为开发新的SSR标记提供了宝贵的资源。本研究对4584条白菜EST进行了搜索,共检索出474个SSR,检出率为10·3%,包括40种重复基元。其中二核苷酸和三核苷酸重复单元的EST-SSR占主导地位,二者出现的频率基本相近,占总SSR的近83%;其它重复类型所占比例均不足5%。GA和GAA是二、三核苷酸中的优势重复类型,分别占二、三核苷酸重复类型的71·5%和37·5%。设计了15对EST-SSR引物,在合适的PCR反应体系下,以构建EST的白菜自交系A的DNA为模板,对设计的EST-SSR引物进行筛选,发现15对EST-SSR引物都能扩增出产物。进一步用这些可扩增的引物对28个白菜品种进行PCR扩增,发现7对引物显示多态性,占引物总数的46·7%。此结果表明,根据EST建立EST-SSR标记是一条简便而又有效的途径。 展开更多
关键词 白菜 est SSR信息 标记
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草莓EST-SSR标记开发及在品种遗传多样性分析中的应用 被引量:39
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作者 董清华 王西成 +3 位作者 赵密珍 宋长年 葛安静 王静 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第17期3603-3612,共10页
【目的】探讨草莓EST序列中SSR位点的分布规律,开发草莓EST-SSR引物,并分析其在草莓品种遗传多样性研究中的应用。【方法】从NCBI公共数据库下载草莓表达序列标签(expressed sequence tag,EST)55 750条,利用MISA软件查找SSR位点,并利用P... 【目的】探讨草莓EST序列中SSR位点的分布规律,开发草莓EST-SSR引物,并分析其在草莓品种遗传多样性研究中的应用。【方法】从NCBI公共数据库下载草莓表达序列标签(expressed sequence tag,EST)55 750条,利用MISA软件查找SSR位点,并利用Primer3.0 Plus软件设计60对引物,通过非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)研究这些SSR引物的PCR扩增特点,并对部分扩增产物进行克隆和测序,以验证其真实性。【结果】55 750条草莓EST序列含有SSR位点的序列1 334条,SSR位点1 490个。其中,二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的SSR类型,分别占36.17%、26.51%和19.87%。60对引物中有42对引物能在20个草莓品种中扩增出理想的PCR产物,其中36对引物扩增条带具有多态性。利用11对验证的EST-SSR引物分析了20个草莓品种的亲缘关系。【结论】草莓EST-SSR标记的开发对于草莓品种鉴定与遗传多样性分析具有重要应用价值。 展开更多
关键词 草莓 est SSR 遗传多样性
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以SRAP和EST-SSR标记分析芝麻种质资源的遗传多样性 被引量:41
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作者 张鹏 张海洋 +3 位作者 郭旺珍 郑永战 魏利斌 张天真 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第10期1696-1702,共7页
利用SRAP和EST-SSR分子标记对192份国内外芝麻种质资源进行遗传多样性分析。结果表明,2种标记都能很好地揭示品种间遗传关系;在31对SRAP引物组合扩增的270个等位基因中多态性占62.08%,平均每对引物可以检测5.45个;25对SSR引物扩增的136... 利用SRAP和EST-SSR分子标记对192份国内外芝麻种质资源进行遗传多样性分析。结果表明,2种标记都能很好地揭示品种间遗传关系;在31对SRAP引物组合扩增的270个等位基因中多态性占62.08%,平均每对引物可以检测5.45个;25对SSR引物扩增的136个等位基因中56.28%呈多态性,平均每对检测引物产生3.04个。UPGMA聚类结果显示,在相似性系数为0.70时,192份材料可被分为3个类群;阈值为0.75时类群Ⅰ又可分为6组,表明芝麻品种遗传多样性比较丰富。我国南部地区芝麻品种遗传多样性(多样性指数Hi=2.572)较中部(Hi=2.117)和北部地区(Hi=2.114)丰富。分析结果将有助于更好地保护和利用芝麻种质资源,并为育种工作提供依据。 展开更多
关键词 芝麻 SRAP est-ssr 遗传多样性 种质资源
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小麦EST-SSR标记的开发和遗传作图 被引量:41
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作者 潘海涛 汪俊君 +2 位作者 王盈盈 齐照良 李斯深 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期452-461,共10页
【目的】利用小麦EST序列数据库开发EST-SSR标记。【方法】对GenBank/dbEST注册的普通小麦EST序列(2006.4.18—2007.2.4)进行SSR查找,采用Primer5.0软件设计EST-SSR引物,选用3个小麦品种进行有效性检测,利用RIL群体和Mapmaker/Exp3.0软... 【目的】利用小麦EST序列数据库开发EST-SSR标记。【方法】对GenBank/dbEST注册的普通小麦EST序列(2006.4.18—2007.2.4)进行SSR查找,采用Primer5.0软件设计EST-SSR引物,选用3个小麦品种进行有效性检测,利用RIL群体和Mapmaker/Exp3.0软件进行遗传作图。【结果】在265362条普通小麦EST序列中,共发现6314个SSR,占整个EST数据库的2.38%。其中二核苷酸、三核苷酸重复序列最多,分别为2237(35.43%)和2084(33.01%)个。二核苷酸重复中,以GA/CT和AG/TC出现频率最高、分别占SSR总数的17.85%和10.37%,其次是CA/GT(4.07%)和AC/TG(2.53%);三核苷酸重复中,CAA/GTT(3.93%)、CGG/GCC(3.83%)、CGC/GCG(3.36%)、GGC/CCG(3.14%)、CTT/GAA(2.53%)、TGC/ACG(2.27%)以较高的频率出现。根据筛选得到的微卫星序列共设计了596个EST-SSR引物对,选择其中95分以上的194个合成。PCR检测表明,165个引物对(85%)可以扩增出稳定清晰的带型;在RIL群体中检测到21个EST-SSR引物26个位点有多态性,将其中的23个位点整合到已有的小麦遗传图谱上。【结论】开发了165个小麦EST-SSR新标记,EST序列是小麦SSR标记的重要来源。 展开更多
关键词 小麦 est—SSR 分子标记 RIL 遗传图谱
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普通小麦Genomic-SSR和EST-SSR分子标记遗传差异及其与系谱遗传距离的比较研究 被引量:36
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作者 杨新泉 刘鹏 +3 位作者 韩宗福 倪中福 刘旺清 孙其信 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第4期406-416,共11页
采用Genomic SSR和EST SSR标记技术,对来自我国北方冬麦区的 18份普通小麦品种(系)的遗传多样性进行了探讨,并与系谱遗传距离进行了比较分析。研究发现,平均每个Genomic SSR检测到的等位基因数为3 34个,明显高于EST SSR的 2 31个。遗传... 采用Genomic SSR和EST SSR标记技术,对来自我国北方冬麦区的 18份普通小麦品种(系)的遗传多样性进行了探讨,并与系谱遗传距离进行了比较分析。研究发现,平均每个Genomic SSR检测到的等位基因数为3 34个,明显高于EST SSR的 2 31个。遗传距离(GD)计算结果显示, 18个小麦基因型之间的EST SSR平均遗传距离较小,仅为 0 3996,低于Genomic SSR的GD平均值 0 5458。尽管EST SSR揭示出的多态性明显低于Genomic SSR,但系谱分析和聚类结果均表明,与Genomic SSR相比,EST SSR标记能更准确地反映出不同小麦基因型之间的遗传和亲缘关系。据此可以认为,EST SSR是评价小麦遗传多样性的一种理想标记形式。研究还证实,一个骨干亲本与由其衍生出来的品种(系)之间的遗传差异一般较小,并对拓宽普通小麦遗传基础的策略和方法进行了讨论。 展开更多
关键词 普通小麦 遗传差异 est-ssr Genomic—SSR 系谱
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红松转录组SSR分析及EST-SSR标记开发 被引量:82
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作者 张振 张含国 +1 位作者 莫迟 张磊 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第8期114-120,共7页
【目的】红松已开发的分子标记缺乏共显性的遗传标记,尚不能满足分子标记辅助育种的需要。利用转录组数据开发 SSR标记目前仍然是较为经济高效的 DNA分子标记开发策略,本研究利用高通量测序技术开发红松 EST-SSR标记,掌握其在转录组... 【目的】红松已开发的分子标记缺乏共显性的遗传标记,尚不能满足分子标记辅助育种的需要。利用转录组数据开发 SSR标记目前仍然是较为经济高效的 DNA分子标记开发策略,本研究利用高通量测序技术开发红松 EST-SSR标记,掌握其在转录组序列中的分布类型及特征,为红松的 SSR多样性分析及变异分析提供基础。【方法】利用 SSR检索程序从红松转录组41476条 Unigenes中筛选得到1757个 SSR 位点,并对 SSR 位点的数量、分布特征进行统计分析。设计合成101对 SSR引物,采用琼脂糖电泳初步检查和聚丙烯酰胺凝胶电泳分离检测方法确定引物的多态性,并收集扩增产物,送测序验证,最终开发出16对 SSR引物。合成6对荧光引物,采用荧光标记技术对来自黑龙江省鹤岗、林口、铁力、苇河4个种子园的53份自由授粉子代进行遗传多样性分析。【结果】基于转录组序列开发出的 EST-SSR的分布频率( SSR 的个数与总 Unigene 的数量比)为4.24%。单、二、三核苷酸重复单元分别占总SSR的46.90%,17.12%和34.66%; SSR重复单元的重复次数分布在5~24次之间。参试的101对引物中有21对引物扩增可检测出多态性位点,占引物总数的20.8%;重测序验证,有16对引物能够扩增出目标序列。6对荧光引物共检测出18个等位基因,多态性信息量(PIC)为0.0363~0.6674,平均为0.325。【结论】红松属于基因组序列比较庞大的裸子植物,本研究可扩增出多态性位点的引物重复单元以二、三核苷酸重复为主。所研究红松种子园子代属于中等多态性水平。本研究印证了利用红松转录组数据开发 SSR标记的可行性,同时采用荧光标记技术检测红松自由授粉子代材料,为红松种质资源的多样性水平分析及变异水平的研究提供基础。 展开更多
关键词 红松 转录组 遗传多样性
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