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苏丹草叶绿体基因组特征及系统发育分析 被引量：1
1
作者 尹明华 李文婷 +9 位作者 欧阳茜 王美暄 徐子林 张钦荣 张牧彤 黄添慧 何凡凡 乐芸 张嘉欣 柴桑雪 《草业科学》 北大核心 2025年第1期101-118,共18页
为了解析苏丹草(Sorghum sudanense)叶绿体基因组信息序列特征并确定其在高粱属的系统位置,通过DNBSEQ-T7测序平台对苏丹草叶绿体基因组进行测序,并对其基因组成、简单序列重复、长重复序列、IR区边界结构、中性绘图、ENC-plot、PR2-plo... 为了解析苏丹草(Sorghum sudanense)叶绿体基因组信息序列特征并确定其在高粱属的系统位置,通过DNBSEQ-T7测序平台对苏丹草叶绿体基因组进行测序,并对其基因组成、简单序列重复、长重复序列、IR区边界结构、中性绘图、ENC-plot、PR2-plot和系统进化进行分析。结果表明,苏丹草叶绿体基因组为典型的四分体结构,长度为140754 bp,共注释了86个蛋白编码(CDS)基因、38个转运RNA(tRNA)基因和8个核糖体RNA(rRNA)基因,缺失ccD和ycf1基因;在苏丹草叶绿体基因组中,简单序列重复(SSR)有27个,长重复序列(Longrepeat)有47个;大单拷贝(LSC)区和小单拷贝(SSC)区的核苷酸多态性显著高于反向重复(IR)区,LSC区的变异性大于SSC区和IR区,核苷酸多样性(Pi)变化范围为0~0.01852,通过Pi(≥0.01215)筛选出10个高变异区域,均位于LSC区;苏丹草及其11个近缘种叶绿体基因组密码子各位置GC含量不同,偏好以A/U结尾,平均ENC值为47.50,密码子偏性较弱;在苏丹草及其11个近缘种中,自然选择是影响其密码子使用偏性的主要因素,突变压力对其的影响较小;CAA、AAA、UUU、UAU、AUU、UAA、GCA、CCA、ACU、GUA、AGA、CGA、CUU、UCC、UCU共15个密码子是苏丹草叶绿体基因的最优密码子,均以A、U结尾;苏丹草与高粱双色亚种(S.bicolor subsp.drummondii)(MW999225)亲缘关系较近。研究结果能为苏丹草分子标记的开发、遗传多样性以及进一步研究高粱属植物的保护生物学和种群遗传学提供参考。 展开更多
关键词 苏丹草 叶绿体基因组 简单序列重复 IR区边界结构 中性绘图分析 enc-plot分析 PR2-plot分析
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白蜡树FcF6′H1基因的密码子偏好性分析
2
作者 孙晓春 黄文静 李会容 《山西农业科学》 2025年第1期35-47,共13页
利用CodonW、EMBOSS在线程序分析白蜡树FcF6'H1基因的密码子偏好性,对芸香科、豆科、伞形科、木犀科以及模式植物拟南芥、烟草和番茄中F6'H1的基因密码子进行聚类分析、中性绘图、ENC-plot分析和PR2-plot偏倚分析,研究影响白蜡... 利用CodonW、EMBOSS在线程序分析白蜡树FcF6'H1基因的密码子偏好性,对芸香科、豆科、伞形科、木犀科以及模式植物拟南芥、烟草和番茄中F6'H1的基因密码子进行聚类分析、中性绘图、ENC-plot分析和PR2-plot偏倚分析,研究影响白蜡树FcF6'H1基因密码子偏好性形成的因素,通过FcF6'H1与模式生物的密码子使用频率比较获得最佳受体。结果表明,白蜡树FcF6'H1的GC、GC1、GC2、GC3和GC12含量分别为0.4312、0.5125、0.3490、0.4321和0.4308,CAI值为0.216,ENC值为57.84,表明白蜡树FcF6'H1基因的偏好性较弱;中性绘图、ENC-plot和PR2-plot偏倚分析结果表明,碱基突变和自然选择均会影响FcF6'H1密码子的偏好性;CDS进化树和RSCU值聚类分析结果不完全一致,但是均表明白蜡树FcF6'H1与木樨榄XM_023028611.1、XM_023036788.1、XM_023034893.1聚为一类,确定了F6'H1基因的6个最优密码子,分别是CUC、AUC、AAG、GAG、UCG和ACA;密码子使用频率分析表明,模式生物中番茄和烟草适合作为遗传转化受体,大肠杆菌表达系统适合作为FcF6'H1的异源表达载体。文章初步阐明了白蜡树FcF6'H1基因密码子的使用规律。 展开更多
关键词 白蜡树 FcF6'H1 密码子偏好性 enc-plot PR2-plot 异源表达
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金花菜叶绿体基因组特征及密码子偏好性分析 被引量：5
3
作者 尹明华 胡佳欣 +2 位作者 李瑶瑶 刘曼情 欧阳克蕙 《草业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期884-898,共15页
本研究对金花菜(Medicago polymorpha,JHC,江苏)叶绿体基因组进行BGISEQ-500平台测序,对其基因进行Noveplastys组装和GeSeq注释,最后通过MISA、REPuter、Gview、VISTA tools、IRscope和DNADnaSP6.0等软件对其序列特征、基因种类、密码... 本研究对金花菜(Medicago polymorpha,JHC,江苏)叶绿体基因组进行BGISEQ-500平台测序,对其基因进行Noveplastys组装和GeSeq注释,最后通过MISA、REPuter、Gview、VISTA tools、IRscope和DNADnaSP6.0等软件对其序列特征、基因种类、密码子偏好性以及系统发育进行分析。结果表明,JHC叶绿体基因组大小为124163 bp,无四分体结构,基因组总GC含量为34.09%,共注释出111个基因(76个CDS基因、30个tRNA基因、4个rRNA基因、1个假基因)、91个SSR位点和148个长重复序列;JHC叶绿体基因组的第三位密码子偏好以A和U作为末尾碱基,UUA、GCU、UAA、ACU、CCU、GAA、GUA、AUU、UGU、GGU、UUU、CUU为JHC叶绿体基因组的最优密码子;JHC与MZ772862(云南)亲缘关系较近,与MW971560(美国)、NC_042848(美国)关系较远,表明中国金花菜与美国金花菜的起源存在差异。 展开更多
关键词 金花菜 叶绿体基因组 中性绘图分析 enc-plot分析 PR2-plot分析 最优密码子 系统发育分析
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昆虫质型多角体病毒同义密码子使用模式分析 被引量：1
4
作者 石生林 姜义仁 +3 位作者 杨瑞生 刘彦群 赵金莹 秦利 《应用昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期1020-1029,共10页
昆虫质型多角体病毒(cypovirus,CPV)是害虫种群重要调节因子,可用作生物防治剂。本研究采用多元统计分析方法对7种CPV进行密码子使用模式分析,结果表明:CPV密码子使用偏好性较弱,多数基因密码子使用模式受碱基组成影响,少数基因密码子... 昆虫质型多角体病毒(cypovirus,CPV)是害虫种群重要调节因子,可用作生物防治剂。本研究采用多元统计分析方法对7种CPV进行密码子使用模式分析,结果表明:CPV密码子使用偏好性较弱,多数基因密码子使用模式受碱基组成影响,少数基因密码子使用模式除碱基组成外还有其它影响因素;中性绘图分析表明碱基组成主要受选择压力影响,受突变影响较小。同一电泳型CPV之间比同一宿主CPV之间共有的偏好性密码子多。CPV基因组内10个基因组片段之间密码子偏好性存在差异。CPV密码子偏好性与宿主昆虫密码子偏好性存在差异,所有CPV与其宿主昆虫共有的偏好性密码子均较少。对应分析进一步证明碱基组成是影响密码子使用的主要因素,不同电泳型CPV具有不同的密码子使用模式。聚类分析表明同一电泳型CPV密码子使用模式相似,同一宿主CPV密码子使用模式差异较大。 展开更多
关键词 有效密码子数 ENc—plot分析 中性绘图分析 对应分析 偏好性密码子
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寨卡病毒基因组密码子偏爱性分析 被引量：4
5
作者 赵建岚 罗洪 +2 位作者 胡莎莎 吴琦 姚慧鹏 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期426-432,共7页
寨卡病毒是一类对人类危害极重的RNA病毒,为了解其密码子使用特点和主要影响因素,本研究采用CHIPS、CUSP、Codon W和SPSS软件对寨卡病毒所有基因序列进行了偏爱性分析和多元统计分析,获得了每个基因密码子3个位置的GC含量和ENC值以及所... 寨卡病毒是一类对人类危害极重的RNA病毒,为了解其密码子使用特点和主要影响因素,本研究采用CHIPS、CUSP、Codon W和SPSS软件对寨卡病毒所有基因序列进行了偏爱性分析和多元统计分析,获得了每个基因密码子3个位置的GC含量和ENC值以及所有基因序列的RSCU值,并与大肠杆菌、酵母、人的密码子使用频率进行了对比分析。结果显示,寨卡病毒GC3含量相对较高,为54.14%,ENC值为52.54,表明该病毒密码子偏爱性偏低且偏爱以G、C、A碱基结尾的密码子,这和一般病毒的偏爱性有所不同。中性绘图和ENC绘图分析表明密码子的偏爱性主要受到选择作用的影响。通过和其它3种生物密码子使用频率进行比较,发现其与人的密码子使用频率相差最小。在此基础上确定了寨卡的18个最优密码子。研究结果对寨卡病毒寻找最佳宿主进行体外表达,从而研发基因工程疫苗及治疗性抗体具有一定的意义。 展开更多
关键词 ZIKV 密码子偏爱性 ENC绘图 中性绘图
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中东呼吸综合征冠状病毒结构蛋白与附属蛋白编码基因密码子偏爱性分析 被引量：3
6
作者 赵建岚 胡莎莎 +2 位作者 罗洪 吴琦 姚慧鹏 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期404-410,共7页
中东呼吸综合征冠状病毒是一类对人类危害极重的RNA病毒,为了解其密码子使用特点和主要影响因素,该文采用CHIPS、CUSP、CodonW和SPSS软件对MERS-CoV 9条基因序列进行了偏爱性分析和多元统计分析,获得了每个基因密码子3个位置的GC含量和... 中东呼吸综合征冠状病毒是一类对人类危害极重的RNA病毒,为了解其密码子使用特点和主要影响因素,该文采用CHIPS、CUSP、CodonW和SPSS软件对MERS-CoV 9条基因序列进行了偏爱性分析和多元统计分析,获得了每个基因密码子3个位置的GC含量和ENC值以及所有基因序列的RSCU值,并与大肠杆菌、酵母、人的密码子使用频率进行了对比分析。结果显示GC3明显低于GC2、GC1且小于50%,ENC值为50.59,表明该病毒密码子偏爱性偏低且偏爱以A、T碱基结尾的密码子。中性绘图和ENC绘图分析表明密码子的偏爱性主要受到选择作用的影响。通过和其它三种生物密码子使用频率进行比较,发现其与酵母密码子使用频率相差最小。在此基础上确定了MERS-CoV的19个最优密码子。研究结果对MERS-CoV寻找最佳宿主进行体外表达,从而研发基因工程疫苗及治疗性抗体具有一定的意义。 展开更多
关键词 MERS-CoV 密码子偏爱性 ENC绘图 中性绘图
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H5N8流感病毒密码子偏爱性及聚类分析 被引量：6
7
作者 田明明 魏雪玲 +3 位作者 杨兴 宋秀锋 李光华 刘奇 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2018年第5期494-498,503,共6页
目的探索H5N8流感病毒相关蛋白的密码子偏爱性及其变化趋势。方法运用CUSP、CodonW等生物信息软件对2000年以来的H5N8流行株相关蛋白的编码序列进行密码子偏爱性分析,并以重要的人类流感病毒作为参照进行聚类分析。结果 H5N8流感病毒相... 目的探索H5N8流感病毒相关蛋白的密码子偏爱性及其变化趋势。方法运用CUSP、CodonW等生物信息软件对2000年以来的H5N8流行株相关蛋白的编码序列进行密码子偏爱性分析,并以重要的人类流感病毒作为参照进行聚类分析。结果 H5N8流感病毒相关蛋白的有效密码子数目(ENC)值均较高,密码子偏性总体较低;相关蛋白的偏爱密码子有差异性。ENC-Plot及中性分析显示,H5N8在进化过程中主要受自然选择因素的影响。聚类分析显示,除NA蛋白的密码子偏爱性相对稳定外,其他蛋白在2010、2014、2016年流行株发生了明显改变。结论近年来H5N8在环境压力下发生快速突变,其跨物种感染人的风险进一步加强,而NA密码子偏爱性变化可能是监测的重点。 展开更多
关键词 禽流感病毒 偏爱性分析 ENC-Polt分析 聚类分析
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