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可成药全基因组预测腰椎椎管狭窄症治疗靶基因:DgiDB与Finn数据库数据分析
1
作者
李涵玉
王超逸
+4 位作者
杨敬言
黄仁俊
赵余炀
郝华焘
于栋
《中国组织工程研究》
北大核心
2026年第12期3171-3181,共11页
背景:腰椎椎管狭窄症是一种常见且严重的退行性脊柱疾病,目前相关的治疗和预防仍具有一定的局限性,筛选腰椎椎管狭窄症的治疗靶基因、探索药物更广泛的应用范围、明确药物的作用机制有着重要的临床意义。目的:通过可成药全基因组的孟德...
背景:腰椎椎管狭窄症是一种常见且严重的退行性脊柱疾病,目前相关的治疗和预防仍具有一定的局限性,筛选腰椎椎管狭窄症的治疗靶基因、探索药物更广泛的应用范围、明确药物的作用机制有着重要的临床意义。目的:通过可成药全基因组的孟德尔随机化分析探讨腰椎椎管狭窄症的潜在治疗靶点。方法:使用收录了50万名芬兰人的基因组和健康信息的芬兰数据库、eQTLGen联盟、药物特征数据库、药物-基因相互作用数据库、蛋白互作数据库、有机小分子生物活性数据库及蛋白质结构数据库,将可成药基因的数据与腰椎椎管狭窄症全基因组关联研究数据进行双样本孟德尔随机化分析和共定位分析,以确定与腰椎椎管狭窄症高度相关的基因。此外,还进行了基因本体论与京都基因与基因组百科全书富集分析、蛋白质网络构建、药物预测和分子对接,为开发更有效、更有针对性的治疗药物提供了有价值的指导。结果与结论:(1)确定了32个与腰椎椎管狭窄症显著相关的可成药基因,其中CCDC77通过孟德尔随机化和共定位分析表现出与腰椎椎管狭窄症结果共享遗传效应的证据;(2)而差异基因主要参与细胞运动的正向调节、血管生成、适应性免疫应答等生物过程,上调基因主要富集在细胞黏附分子通路、缺氧诱导因子1信号通路、白细胞跨内皮迁移信号通路等作用途径;(3)药物富集结果显示大黄素及前列腺素E2为有潜力的治疗腰椎椎管狭窄症的药物;(4)这些发现可为针对腰椎椎管狭窄症的治疗提供有希望的线索,为药物研发提供新的方向,促进基础与临床研究结合,为国内相关领域的研究提供了参考。
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关键词
腰椎椎管狭窄症
孟德尔随机化
dgidb
数据库
可成药基因
Finn数据库
大黄素
前列腺素E2
暂未订购
基于DGIdb与Finn数据库的系统性可成药全基因组预测睡眠障碍靶基因及治疗药物
2
作者
朱艳宁
杨敬言
+4 位作者
陈晓瑶
刘慧萱
陈实
张淇范
罗斌
《中国医院用药评价与分析》
2025年第11期1296-1302,共7页
目的:基于可成药全基因组的孟德尔随机化(MR)分析探讨睡眠障碍的潜在治疗靶点与治疗药物。方法:采用系统生物学策略分3个阶段展开,首先,通过双样本MR筛选与睡眠障碍存在因果关联的候选基因;随后,构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,通...
目的:基于可成药全基因组的孟德尔随机化(MR)分析探讨睡眠障碍的潜在治疗靶点与治疗药物。方法:采用系统生物学策略分3个阶段展开,首先,通过双样本MR筛选与睡眠障碍存在因果关联的候选基因;随后,构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,通过富集分析解析靶点生物学功能,揭示核心信号通路,并以此为基础通过药物富集分析探讨新的治疗药物;最后,基于分子对接手段评估潜在药物分子与靶点的结合亲和力。结果:基于MR分析,研究筛选出43个与睡眠障碍显著相关的靶点。其中丝裂原激活的蛋白激酶(MAPK)3和CDC42经PPI分析显示出与睡眠障碍表型的显著关联性。基因本体富集分析表明,睡眠障碍相关的显著可成药基因主要参与肽反应、丝氨酸家族氨基酸生物合成以及应激激活的MAPK级联调节等生物过程;京都基因与基因组百科全书通路富集提示,差异基因在催产素信号通路、Apelin信号通路等功能通路上显著富集。药物富集与分子对接结果进一步揭示,罗米地辛和5-碘结核菌素与5个靶点的结合能优异,提示上述2种药物为潜在治疗药物。结论:MAPK3与CDC42为干预睡眠障碍的显著靶点,罗米地辛和5-碘结核菌素为睡眠障碍治疗的极具潜力与价值药物。本研究模式整合遗传学证据与计算模拟,有望为解析睡眠障碍的机制提供新视角,对于开发新型靶向药物、优化现有药物适应证及阐明病理机制具有重要科学价值,并可为后续的实验验证提供参考。
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关键词
孟德尔随机化
可成药基因
睡眠障碍
dgidb
数据库
Finn数据库
暂未订购
题名
可成药全基因组预测腰椎椎管狭窄症治疗靶基因:DgiDB与Finn数据库数据分析
1
作者
李涵玉
王超逸
杨敬言
黄仁俊
赵余炀
郝华焘
于栋
机构
北京中医药大学第三临床医学院
北京中医药大学第三附属医院
出处
《中国组织工程研究》
北大核心
2026年第12期3171-3181,共11页
基金
北京中医药大学中医骨伤科学——一流学科建设项目,项目负责人:于栋。
文摘
背景:腰椎椎管狭窄症是一种常见且严重的退行性脊柱疾病,目前相关的治疗和预防仍具有一定的局限性,筛选腰椎椎管狭窄症的治疗靶基因、探索药物更广泛的应用范围、明确药物的作用机制有着重要的临床意义。目的:通过可成药全基因组的孟德尔随机化分析探讨腰椎椎管狭窄症的潜在治疗靶点。方法:使用收录了50万名芬兰人的基因组和健康信息的芬兰数据库、eQTLGen联盟、药物特征数据库、药物-基因相互作用数据库、蛋白互作数据库、有机小分子生物活性数据库及蛋白质结构数据库,将可成药基因的数据与腰椎椎管狭窄症全基因组关联研究数据进行双样本孟德尔随机化分析和共定位分析,以确定与腰椎椎管狭窄症高度相关的基因。此外,还进行了基因本体论与京都基因与基因组百科全书富集分析、蛋白质网络构建、药物预测和分子对接,为开发更有效、更有针对性的治疗药物提供了有价值的指导。结果与结论:(1)确定了32个与腰椎椎管狭窄症显著相关的可成药基因,其中CCDC77通过孟德尔随机化和共定位分析表现出与腰椎椎管狭窄症结果共享遗传效应的证据;(2)而差异基因主要参与细胞运动的正向调节、血管生成、适应性免疫应答等生物过程,上调基因主要富集在细胞黏附分子通路、缺氧诱导因子1信号通路、白细胞跨内皮迁移信号通路等作用途径;(3)药物富集结果显示大黄素及前列腺素E2为有潜力的治疗腰椎椎管狭窄症的药物;(4)这些发现可为针对腰椎椎管狭窄症的治疗提供有希望的线索,为药物研发提供新的方向,促进基础与临床研究结合,为国内相关领域的研究提供了参考。
关键词
腰椎椎管狭窄症
孟德尔随机化
dgidb
数据库
可成药基因
Finn数据库
大黄素
前列腺素E2
Keywords
lumbar spinal stenosis
Mendelian randomization
dgidb
druggable genes
FinnGen
emodin
prostaglandin E2
分类号
R459.9 [医药卫生—治疗学]
R363.2 [医药卫生—病理学]
R681.5 [医药卫生—骨科学]
暂未订购
题名
基于DGIdb与Finn数据库的系统性可成药全基因组预测睡眠障碍靶基因及治疗药物
2
作者
朱艳宁
杨敬言
陈晓瑶
刘慧萱
陈实
张淇范
罗斌
机构
北京中医药大学第三临床医学院
北京中医药大学第三附属医院老年病科
出处
《中国医院用药评价与分析》
2025年第11期1296-1302,共7页
基金
国家中医药管理局中医药传承与创新“百千万”人才工程·第四批全国中医(临床、基础)优秀人才研修项目(No.J20184832009)。
文摘
目的:基于可成药全基因组的孟德尔随机化(MR)分析探讨睡眠障碍的潜在治疗靶点与治疗药物。方法:采用系统生物学策略分3个阶段展开,首先,通过双样本MR筛选与睡眠障碍存在因果关联的候选基因;随后,构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,通过富集分析解析靶点生物学功能,揭示核心信号通路,并以此为基础通过药物富集分析探讨新的治疗药物;最后,基于分子对接手段评估潜在药物分子与靶点的结合亲和力。结果:基于MR分析,研究筛选出43个与睡眠障碍显著相关的靶点。其中丝裂原激活的蛋白激酶(MAPK)3和CDC42经PPI分析显示出与睡眠障碍表型的显著关联性。基因本体富集分析表明,睡眠障碍相关的显著可成药基因主要参与肽反应、丝氨酸家族氨基酸生物合成以及应激激活的MAPK级联调节等生物过程;京都基因与基因组百科全书通路富集提示,差异基因在催产素信号通路、Apelin信号通路等功能通路上显著富集。药物富集与分子对接结果进一步揭示,罗米地辛和5-碘结核菌素与5个靶点的结合能优异,提示上述2种药物为潜在治疗药物。结论:MAPK3与CDC42为干预睡眠障碍的显著靶点,罗米地辛和5-碘结核菌素为睡眠障碍治疗的极具潜力与价值药物。本研究模式整合遗传学证据与计算模拟,有望为解析睡眠障碍的机制提供新视角,对于开发新型靶向药物、优化现有药物适应证及阐明病理机制具有重要科学价值,并可为后续的实验验证提供参考。
关键词
孟德尔随机化
可成药基因
睡眠障碍
dgidb
数据库
Finn数据库
Keywords
Mendelian randomization
Druggable gene
Sleep disorder
dgidb
database
Finn database
分类号
R96 [医药卫生—药理学]
暂未订购
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
可成药全基因组预测腰椎椎管狭窄症治疗靶基因:DgiDB与Finn数据库数据分析
李涵玉
王超逸
杨敬言
黄仁俊
赵余炀
郝华焘
于栋
《中国组织工程研究》
北大核心
2026
0
暂未订购
2
基于DGIdb与Finn数据库的系统性可成药全基因组预测睡眠障碍靶基因及治疗药物
朱艳宁
杨敬言
陈晓瑶
刘慧萱
陈实
张淇范
罗斌
《中国医院用药评价与分析》
2025
0
暂未订购
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