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MutPrimerDesign:用于人类基因编码区域突变位点的引物设计程序 被引量:1
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作者 曹英豪 彭公信 《生物信息学》 2020年第3期169-175,共7页
位于基因编码区的DNA突变与基因的功能密切相关。在已知人类基因编码区的突变位点时,如何在基因组上设计引物验证该突变是一个重要的问题。本文利用Python语言开发了引物设计程序MutPrimerDesign。MutPrimerDesign通过解析人类基因组序... 位于基因编码区的DNA突变与基因的功能密切相关。在已知人类基因编码区的突变位点时,如何在基因组上设计引物验证该突变是一个重要的问题。本文利用Python语言开发了引物设计程序MutPrimerDesign。MutPrimerDesign通过解析人类基因组序列数据库以及基因注释信息,转换基因编码区坐标为基因组坐标,并调用Primer3的python程序包接口,可批量自动化完成基因突变位点的引物及探针序列设计。MutPrimerDesign使用简便,可识别多种数据库的基因名称,并能够修改引物常规参数,实现引物的快速调整。 展开更多
关键词 引物设计 突变 生物信息学分析
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A Survey on the Methods of Primer Design Among Plant Pathologists in Australia and New Zealand
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作者 Francisco M. Ochoa Corona1 Brendan Rodoni Joe Tang 《Journal of Life Sciences》 2012年第5期476-480,共5页
Designing primers for PCR-based diagnostics was achieved by executing sight searches on DNA sequences. Visual searching for specific DNA targets is time consuming, subjective and requires optimisation among numerous c... Designing primers for PCR-based diagnostics was achieved by executing sight searches on DNA sequences. Visual searching for specific DNA targets is time consuming, subjective and requires optimisation among numerous candidate primer sets. Several primer design software have been linked to useful bioinformatic packages to speed the development of PCR assays. Despite the software options available, primer design has remained a challenging aspect of incursion responses, biosecurity emergencies and microbial forensic applications. Two surveys were conducted among 45 plant virologists and 21 other plant pathologists during the 7th Australasian Plant Virology Workshop and the 16th Biennial Australasian Plant Pathology Conference in 2006 and 2007, respectively. Results show that most primer design learning occurs scientist to scientist rather than during academic teaching. This tendency matches with 16% of scientists users of PCR, who do not engage in primer design and 25% designing primers only by visual means, combining a pool of 41% who if trained, would likely enhance their performance in primer design. Only 13 out of 58 scientists ranked themselves as experts. Implementing primer design in study programs and regional training will benefit plant pathology and entomology, and the responsiveness and performance of biosecurity and microbial forensics in the South Pacific. 展开更多
关键词 primer design PCR education training BIOSECURITY microbial forensics plant pathology.
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利用MPprimer设计引物并优化扩增条件以提高多重PCR效率的实验研究 被引量:27
3
作者 王稳 屈武斌 +3 位作者 申志勇 任长虹 刘虎岐 张成岗 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第3期342-346,共5页
多重PCR技术广泛应用于多个研究领域,其中引物设计及扩增条件是提高多重PCR实验效率的关键因素.为探讨优化多重PCR实验的方法,以小鼠5个看家基因为研究对象,使用实验室新近开发的MPprimer程序设计多重PCR引物,并通过改变多种反应条件来... 多重PCR技术广泛应用于多个研究领域,其中引物设计及扩增条件是提高多重PCR实验效率的关键因素.为探讨优化多重PCR实验的方法,以小鼠5个看家基因为研究对象,使用实验室新近开发的MPprimer程序设计多重PCR引物,并通过改变多种反应条件来优化多重PCR实验.结果表明,MPprimer程序能够设计出理想的多重PCR引物,并且通过对退火温度及延伸时间进行优化,可显著提高多重PCR实验效率,对于提高基因表达的规模化检测能力具有积极的促进作用. 展开更多
关键词 PCR 多重PCR 引物设计 MPprimer
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利用软件Primer Premier 5.0进行PCR引物设计的研究 被引量:51
4
作者 任亮 朱宝芹 +4 位作者 张轶博 王海燕 李尘远 苏玉虹 巴彩凤 《锦州医学院学报》 2004年第6期43-46,共4页
目的 运用PrimerPremier 5 0软件设计PCR引物 ,并且检验所设计引物的PCR扩增效率和特异性。方法 运用PrimerPremier 5 0软件设计 16对猪和犬的PCR扩增引物 ,通过PCR扩增后进行琼脂糖凝胶电泳检测实验结果。结果 在所设计的 16对引... 目的 运用PrimerPremier 5 0软件设计PCR引物 ,并且检验所设计引物的PCR扩增效率和特异性。方法 运用PrimerPremier 5 0软件设计 16对猪和犬的PCR扩增引物 ,通过PCR扩增后进行琼脂糖凝胶电泳检测实验结果。结果 在所设计的 16对引物中有 8对PCR扩增特异性好且效率高 ,成功率 5 0 %。但是 ,其中早期设计引物 12对只有 4对成功 ,后期设计引物 4对全部成功。结论 从引物设计的过程中可以看到一种趋势 -后期引物设计的成功率远远高于早期。这表明我们在引物设计方面正在逐步成熟 。 展开更多
关键词 PCR引物设计 软件primer Premier 5.0 PCR
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Primer Spanner:一个高效的定点突变PCR引物设计在线工具 被引量:2
5
作者 裴智勇 侯仙慧 +1 位作者 桂小柯 陈禹保 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第10期53-58,共6页
基于PCR的实验策略在生物工程研究中具有广泛应用,如定点突变(site-directed mutagenesis,SDM),DNA拼接和载体构建。引物设计是这类实验技术中的关键一环,因其直接影响扩增效率和PCR产物的拼合。在嵌合式引物设计方法(一对突变引物在5&#... 基于PCR的实验策略在生物工程研究中具有广泛应用,如定点突变(site-directed mutagenesis,SDM),DNA拼接和载体构建。引物设计是这类实验技术中的关键一环,因其直接影响扩增效率和PCR产物的拼合。在嵌合式引物设计方法(一对突变引物在5'端具有互补序列)的基础上,开发了一个在线工具Primer Spanner(PS),可简单高效获得设计定点突变引物。PS可应用于单碱基或连续多碱基替换、插入、敲除等突变形式。通过大量突变实验与测序验证,结果表明该工具设计的引物进行的定点突变效果良好1)。 展开更多
关键词 PCR 定点突变 引物设计 在线工具
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利用Primer Premier 5.0进行引物设计 被引量:31
6
作者 翟中会 陈希南 王娟 《西北医学教育》 2008年第4期695-698,共4页
目前,PCR引物设计大都通过计算机软件进行。本文详细的介绍了怎样利用“Primer Premier5.0”软件进行PCR引物设计。
关键词 引物 软件 设计
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五味子EST-SSR反应体系建立及多态性引物筛选
7
作者 朱滨红 石广丽 +3 位作者 孙丹 王振兴 于淼 艾军 《分子植物育种》 北大核心 2026年第1期215-221,共7页
为建立并优化五味子SSR-PCR反应体系,进一步筛选具有多态性的EST-SSR引物。本研究以19份五味子种质资源为试验材料,利用L_(16)(45)正交试验设计,对反应体系中的模板DNA、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶及Mg^(2+)5个因素进行优化。利用优化... 为建立并优化五味子SSR-PCR反应体系,进一步筛选具有多态性的EST-SSR引物。本研究以19份五味子种质资源为试验材料,利用L_(16)(45)正交试验设计,对反应体系中的模板DNA、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶及Mg^(2+)5个因素进行优化。利用优化后的体系对自主挖掘的EST-SSR多态性引物进行PCR反应并筛选最适退火温度。结果表明,五味子SSR最佳反应体系为16μL,包括DNA20ng,SSR正反向引物各0.2μmol/L,dNTP0.3mmol/L,TaqDNA聚合酶2U,Mg^(2+)4mmol/L。该体系在100对引物中成功扩增出72对,扩增效率为72%,其中41对具有多态性,多态性比率为41%。试验所获得的优化体系及多态性引物为五味子种质资源鉴定、遗传多样性分析及遗传图谱构建等奠定了重要基础。 展开更多
关键词 五味子 SSR-PCR反应体系 正交试验设计 体系优化 引物筛选
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基于DNA分子标记的铁皮石斛的特征表征
8
作者 敬思群 周雨航 +4 位作者 窦新华 罗昕艳 于白音 刘羽佳 项铁男 《中国食物与营养》 2026年第1期18-26,共9页
目的:分析不同原产地铁皮石斛的遗传变异特征,建立区分鉴定不同铁皮石斛种类的有效手段。方法:对韶关丹霞、广西、云南、安徽、浙江共5个原生态区的25份铁皮石斛进行了全基因组的重测序及结构基因组学分析;以NCBI网站石斛基因组ASM16059... 目的:分析不同原产地铁皮石斛的遗传变异特征,建立区分鉴定不同铁皮石斛种类的有效手段。方法:对韶关丹霞、广西、云南、安徽、浙江共5个原生态区的25份铁皮石斛进行了全基因组的重测序及结构基因组学分析;以NCBI网站石斛基因组ASM160598v2为参考基因组,分析了重测序所得的铁皮石斛基因组数据。结果:样品分属4个大类群,丹霞铁皮石斛样品被单独聚类在其中一个亚群;发现了大量的SNP和InDel突变位点,并且得到了2个具有品种多态性的SSR位点。PCR试验证明,该SSR位点可以作为25份铁皮石斛样本不同种源产地的有效筛选标记。结论:研究对铁皮石斛种属遗传多样性解析和资源分类具有重要的推动意义。 展开更多
关键词 铁皮石斛 SNP分子标记 InDel分子标记 SSR引物设计 聚类分析
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基于本地BLAST的高通量引物设计R包(LightPrimer)及其应用 被引量:1
9
作者 熊亚俊 陈伊洁 +1 位作者 邹娟 张帆 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期1130-1138,共9页
引物优劣是PCR反应成败的重要影响因素之一,当前引物设计软件存在通量低、操作复杂、开源性不高等不足。本文开发了一款基于R语言和本地BLAST的针对克隆、qRT-PCR、SNP和InDel标记的高通量引物设计软件(LightPrimer)。该软件通过序列信... 引物优劣是PCR反应成败的重要影响因素之一,当前引物设计软件存在通量低、操作复杂、开源性不高等不足。本文开发了一款基于R语言和本地BLAST的针对克隆、qRT-PCR、SNP和InDel标记的高通量引物设计软件(LightPrimer)。该软件通过序列信息从基因组当中提取特定序列,进行片段化处理,然后将片段与基因组进行本地BLAST比对,通过序列特异性指数和比对位点数筛选高特异性片段,然后对Tm值、GC含量、扩增片段长度、引物长度、引物3’末端匹配、末端GC碱基和引物二聚体进行筛选,得到候选引物列表,并通过序列评价诊断图为引物优化提供参考。该软件具有高通量、操作简便、跨平台、开源等特点,可为现有引物设计软件提供有益补充。软件可从github下载(https://github.com/YangtzeSoyGDB/LightPrimer.git)。 展开更多
关键词 本地BLAST 高通量 引物设计 R语言
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珍稀树种望天树ISSR-PCR反应体系的建立和优化 被引量:1
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作者 黎婷演 李婷 +3 位作者 谢乐 梁小春 徐圆圆 杨梅 《西北林学院学报》 北大核心 2025年第4期127-135,146,共10页
为建立适合望天树的ISSR-PCR反应体系,以望天树嫩叶为试验材料,采用L_(16)(4^(5))正交试验设计对ISSR-PCR反应的5个因素即模板DNA浓度、Mg^(2+)浓度、dNTPs浓度、Taq DNA聚合酶含量及引物浓度进行优化,建立适用于望天树的最佳ISSR-PCR... 为建立适合望天树的ISSR-PCR反应体系,以望天树嫩叶为试验材料,采用L_(16)(4^(5))正交试验设计对ISSR-PCR反应的5个因素即模板DNA浓度、Mg^(2+)浓度、dNTPs浓度、Taq DNA聚合酶含量及引物浓度进行优化,建立适用于望天树的最佳ISSR-PCR反应体系,且在此基础上筛选出适合该反应体系的引物和最佳退火温度,最终以望天树5个家系为材料验证反应体系的稳定性。结果表明,望天树ISSR-PCR最佳反应体系(20μL)各组分终浓度为:模板DNA 90 ng,引物浓度0.3μmol/L,dNTPs浓度0.2 mmol/L,Mg^(2+)浓度2.5 mmol/L,Taq DNA聚合酶1.0 U;筛选出3条重复性好、条带清晰、多态性高的ISSR引物,且最佳引物(UBC864)的最适退火温度为56.9℃。采用优化后的反应体系及引物对5个望天树种源样品进行ISSR-PCR条带检测,结果表明上述反应体系稳定可靠。该ISSR-PCR优化体系和候选引物适用于望天树遗传多样性分析,可为望天树种质资源保护与利用研究工作奠定基础。 展开更多
关键词 望天树 ISSR-PCR 正交试验设计 体系优化 引物筛选
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芸薹属蔬菜分子标记数据库VEGMarkerDB的开发与应用
11
作者 杨宝菊 贺小宁 +6 位作者 陈海旭 蔡旭 侯佳伟 李玉芳 王辉 王晓武 武剑 《园艺学报》 北大核心 2025年第5期1285-1300,共16页
分子标记作为DNA水平遗传多态性的直接表征,在蔬菜遗传研究中具有重要应用价值。针对现有分子标记分析工具存在操作复杂、引物设计效率低下的问题,本研究基于SNP和InDel分子标记开发了整合数据存储与高通量引物设计的芸薹属蔬菜分子标... 分子标记作为DNA水平遗传多态性的直接表征,在蔬菜遗传研究中具有重要应用价值。针对现有分子标记分析工具存在操作复杂、引物设计效率低下的问题,本研究基于SNP和InDel分子标记开发了整合数据存储与高通量引物设计的芸薹属蔬菜分子标记数据库VEGMarkerDB。系统采用B/S架构,基于Django框架构建后端服务,结合MySQL数据库管理系统,整合了白菜(Brassicarapa)、甘蓝(B.oleracea)、甘蓝型油菜(B. napus)和芥菜(B. juncea)四大类作物的重测序数据及VCF变异文件。数据库提供变异位点检索服务,可以根据染色体位置查询,实现分子标记信息的快速定位。创新性地开发了在线批量引物设计模块,采用并行计算技术处理用户提交的批量设计任务,通过可视化界面实时反馈候选引物参数(包括退火温度、GC含量、产物长度等),并生成标准化实验报告。利用实验室现有材料对本数据库设计的KASP引物进行验证,设计成功率高达95%以上。VEGMarkerDB实现了芸薹属蔬菜多物种分子标记资源的整合管理;实现了基于Web的批量化引物设计解决方案;建立了实验验证与算法优化的闭环反馈机制。VEGMarkerDB(vegmarker.top)为芸薹属蔬菜分子育种研究提供了高效的技术平台,其基于通用关系型数据库架构的模块化设计可扩展应用于其他作物体系。 展开更多
关键词 芸薹属 分子标记 数据库 在线批量引物设计 KASP
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基于麦冬转录组数据的SSR序列特征分析及引物设计 被引量:1
12
作者 王钧 戴维 +6 位作者 赖强龙 叶坤浩 陈杰 冯伦 刘媛 何爱坪 赵丹 《西北农业学报》 北大核心 2025年第2期300-308,共9页
采用高通量测序技术获得了麦冬转录组53466条Unigenes,并通过序列分析识别出35832个SSR位点,分布于24539条Unigenes上,SSR出现频率高达67.02%,平均分布距离为4.88 kb。对包含SSR位点的24539条Unigenes进行GO和KEGG注释,结果显示主要集... 采用高通量测序技术获得了麦冬转录组53466条Unigenes,并通过序列分析识别出35832个SSR位点,分布于24539条Unigenes上,SSR出现频率高达67.02%,平均分布距离为4.88 kb。对包含SSR位点的24539条Unigenes进行GO和KEGG注释,结果显示主要集中于生物学过程、植物-病原体互作等基因功能和代谢通路。从SSR重复基元类型来看,单核苷酸重复数目最多,占比57.06%,其中A/T为绝对优势类型,有20193个;五核苷酸重复平均分布距离最高,为4069.34 kb。从重复次数来看,基元重复10次以上的类型数目最多,有20849个,占比61.69%。随机挑选30个不同类型的SSR基元位点并设计引物,对川麦冬、浙麦冬基因组DNA进行PCR扩增,结果显示28对引物可以在两个栽培种中扩增出条带,其中16对引物可扩增出目的条带。 展开更多
关键词 麦冬 转录组 SSR位点 引物设计
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基于环境DNA多重PCR技术的大薸入侵监测引物开发与验证
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作者 陈雨萱 陆亮 +1 位作者 方敏瑶 李晨虹 《上海海洋大学学报》 北大核心 2025年第5期968-977,共10页
大薸(Pistia stratiotes L.)作为我国淡水生态系统中危害严重的外来入侵植物,其快速扩散已对水域生态安全构成重大威胁。为实现该物种的早期监测与防控,基于环境DNA(eDNA)技术开发了一套高灵敏度、高特异性的检测体系。通过整合k-mer索... 大薸(Pistia stratiotes L.)作为我国淡水生态系统中危害严重的外来入侵植物,其快速扩散已对水域生态安全构成重大威胁。为实现该物种的早期监测与防控,基于环境DNA(eDNA)技术开发了一套高灵敏度、高特异性的检测体系。通过整合k-mer索引策略与叶绿体基因组比对分析,设计出4组大薸特异性多重PCR引物(PS_7、PS_8、PS_9、PS_10),实验验证结果表明:(1)各单引物及其组合在组织样本、养殖水样和自然水样中均能高效扩增目标DNA;(2)单个引物PS_7和PS_10的检测限均达0.69×10^(-2) ng/μL;PS_8和PS_9的检测限分别为0.34×10^(-1) ng/μL和0.17 ng/μL;多重PCR体系的检测限达1.1×10^(-5)ng/μL,较最佳单引物灵敏度提升约625倍(P<0.01);(3)特异性测试显示,该引物组与紫萍(Spirodela polyrhiza)等近缘物种无交叉反应。该多重PCR体系可在3 h内完成检测分析。本研究建立的检测体系为大薸入侵的早期预警与监测提供了可靠技术支撑,并为水生入侵植物的eDNA快速检测方法开发提供了实践范例。 展开更多
关键词 大薸 入侵物种 环境DNA 多重PCR 引物设计
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基于半导体桥芯片的钝感高瞬发底火设计
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作者 牛惠媛 任炜 +3 位作者 褚恩义 李慧 常英珂 金豪杰 《火工品》 CAS 北大核心 2025年第1期7-12,共6页
针对超高速射武器弹药对高频高安全及高一致性点火的发展需求,基于半导体桥芯片点火技术,设计了一种新型钝感高瞬发底火。通过对比研究4种半导体桥芯片及其2种封装结构,选用斯蒂芬酸铅和亚铁氢化铅/高氯酸钾作为两级复合装药,优化形成... 针对超高速射武器弹药对高频高安全及高一致性点火的发展需求,基于半导体桥芯片点火技术,设计了一种新型钝感高瞬发底火。通过对比研究4种半导体桥芯片及其2种封装结构,选用斯蒂芬酸铅和亚铁氢化铅/高氯酸钾作为两级复合装药,优化形成了模块化结构的半导体桥底火样机。该底火满足了与弹药接口的匹配要求,并达到1 A 1 W 5 min不发火的安全性要求。发火性能试验表明,所研制的半导体桥底火作用时间不大于200μs,散布不大于30μs,与传统桥丝电底火相比瞬发度和作用时间一致性显著提高,综合性能更好。 展开更多
关键词 底火 半导体桥 模块化设计 高瞬发 高安全
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枣疯病植原体12个持家基因扩增方法的建立
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作者 王勇 李萌 +3 位作者 翟文继 董帅伟 焦志红 李继东 《中国果树》 2025年第9期61-65,共5页
建立枣疯病植原体12个持家基因的扩增方法,为进一步开展枣疯病植原体遗传多样性研究奠定基础。以泡桐丛枝病植原体10个持家基因及葡萄黄金病map基因序列为探针,从NCBI网站的枣疯病植原体Nky和Hebei-2018株系基因组数据中,检索对应的基... 建立枣疯病植原体12个持家基因的扩增方法,为进一步开展枣疯病植原体遗传多样性研究奠定基础。以泡桐丛枝病植原体10个持家基因及葡萄黄金病map基因序列为探针,从NCBI网站的枣疯病植原体Nky和Hebei-2018株系基因组数据中,检索对应的基因序列,以检测到的持家基因及16S rRNA基因序列为模板设计12对引物,并对发病枣叶片中的植原体进行PCR检测。扩增产物经凝胶电泳分析后送去测序,并与基因组数据进行比对。结果显示,在两个枣疯病基因组中分别找到了12个持家基因的位置,所设计的12对引物扩增产物长度在1 073~2 597 bp。利用这些引物,分别使用普通聚合酶和高保真聚合酶对12个持家基因进行扩增,凝胶电泳均在相应位置出现条带。条带测序结果表明,与枣疯病植原体Nky株系的相应序列相似度在99.82%~100.00%,扩增成功。最终成功建立了枣疯病植原体16S rRNA、dnaK和fusA等12个持家基因的扩增方法。 展开更多
关键词 枣疯病 植原体 遗传多样性 持家基因 引物设计
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基于多酶恒温快速扩增技术检测高毒力肺炎克雷伯菌新方法的建立与应用
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作者 李健 李进 向姝 《中华医院感染学杂志》 北大核心 2025年第1期13-18,共6页
目的本研究旨在建立一种基于多酶恒温快速扩增技术(MIRA)检测血流感染中高毒力肺炎克雷伯菌(含有iroB基因和p-rmpA基因)的新方法。方法根据高毒力肺炎克雷伯菌主要毒力基因iroB和p-rmpA序列设计MIRA引物组,并通过实时MIRA(Real-timeMIRA... 目的本研究旨在建立一种基于多酶恒温快速扩增技术(MIRA)检测血流感染中高毒力肺炎克雷伯菌(含有iroB基因和p-rmpA基因)的新方法。方法根据高毒力肺炎克雷伯菌主要毒力基因iroB和p-rmpA序列设计MIRA引物组,并通过实时MIRA(Real-timeMIRA)筛选最佳的引物对,建立双重Real-timeMIRA检测高毒力肺炎克雷伯菌的最佳反应体系,进行交叉反应、最低检测限与临床诊断效能评价等试验。结果在优化条件后,建立的双重Real-timeMIRA方法在与其他菌株(不含iroB基因和p-rmpA基因)的交叉反应中表现良好,对高毒力的肺炎克雷伯菌(含iroB基因和p-rmpA基因)具有良好的特异性。该方法对高毒力肺炎克雷伯菌(含iroB基因和p-rmpA基因)的最低检测限为8×10^(2)CFU。以实时聚合酶链反应(Real-time PCR)检测结果为金标准,评价诊断效能结果显示,该方法检测临床模拟血流感染标本的敏感度和特异性均为100.00%。结论本研究建立了基于MIRA检测高毒力肺炎克雷伯菌的新方法,并在临床模拟血流感染标本中验证了其诊断效能。 展开更多
关键词 多酶恒温快速扩增技术 高毒力肺炎克雷伯菌 引物设计 检测方法
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Genome-wide primer scan(GPS):a python package for a flexible,reliable and large-scale primer design toolkit
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作者 Wencong HE Yan ZHUO +9 位作者 Chen WANG Yemei HUANG Xuelei ZANG Chen YANG Hengyu DENG Yangyu ZHOU Jing LIU Ping ZHANG Xinying XUE Liye ZHANG 《Frontiers of Computer Science》 2025年第5期139-139,共1页
Erratum to:Front.Comput.Sci.,2025,19(2):192906.DOI 10.1007/s11704-024-40392-z.Funding information in Acknowledgements was incorrect.The correct Acknowledgements is illustrated as follows.
关键词 genome wide primer scan python package funding information primer design
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白及SRAP-PCR反应体系正交设计优化及引物筛选
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作者 桂腾琴 李春艳 +2 位作者 韦燕 武忠亮 张思平 《福建农业科技》 2025年第3期18-24,共7页
建立白及Bletilla striata Rchb.f.最佳SRAP-PCR(sequence-related amplified polymorphism polymerase chain reaction,SRAP-PCR)反应体系,为从分子水平开展白及不同地理群体的分子遗传学评价研究提供相关的技术支持。以采自于贵州省... 建立白及Bletilla striata Rchb.f.最佳SRAP-PCR(sequence-related amplified polymorphism polymerase chain reaction,SRAP-PCR)反应体系,为从分子水平开展白及不同地理群体的分子遗传学评价研究提供相关的技术支持。以采自于贵州省安龙县白及嫩叶为材料,应用正交设计L_(9)(3^(4))对反应体系中4个因素(引物、Taq DNA聚合酶、Mg2+和dNTPs)的用量进行优化,正交设计引物组合为(Me1/Em1),探索建立白及最佳SRAP-PCR反应体系并对引物进行筛选,筛选稳定性高、多态性好的引物组合。结果表明:白及的最佳SRAP-PCR反应体系(25μL)为:2.50μL10×Buffer、2.50 mmol·L^(−1)Mg^(2+)、0.30 mmol·L^(−1)dNTPs、0.25μmol·L^(−1)引物、1.50 U Taq DNA聚合酶以及20~80 ng模板DNA。利用21份白及对最佳SRAP-PCR反应体系稳定性检测,该体系稳定性高、重复性好。以白及基因组DNA为模板,选用最佳的SRAP-PCR反应体系对80对引物组合进行筛选,最终获得多态性引物13对,共扩增出182个位点,其中多态性位点152个,多态性位点百分比为83.52%。该体系稳定性高、重复性好,为后续遗传多样性研究提供相关的技术支持。 展开更多
关键词 白及 正交设计 SRAP-PCR 体系优化 引物筛选
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牡丹SCoT分子标记正交优化及引物筛选 被引量:44
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作者 侯小改 王娟 +3 位作者 贾甜 张钰乾 侯娟 李嘉珏 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2011年第5期92-96,共5页
以牡丹基因组DNA为模板,采用L16(45)正交试验设计对影响目标起始密码子多态性-聚合酶链式反应(SCoT-PCR)的五因素(Taq酶用量、Mg2+浓度、模板DNA用量、dNTPs浓度和引物浓度)进行优化试验,建立了优化的牡丹SCoT-PCR反应体系:Mg2+2.50 mmo... 以牡丹基因组DNA为模板,采用L16(45)正交试验设计对影响目标起始密码子多态性-聚合酶链式反应(SCoT-PCR)的五因素(Taq酶用量、Mg2+浓度、模板DNA用量、dNTPs浓度和引物浓度)进行优化试验,建立了优化的牡丹SCoT-PCR反应体系:Mg2+2.50 mmol/L、dNTPs 0.25 mmol/L、引物0.60μmol/L、Taq DNA聚合酶0.50 U、模板DNA 1.00 ng/μL,1×PCR-Buffer,总体积20.00μL。比较各因素对扩增反应的结果,其中以Mg2+浓度的影响最大,DNA模板用量的影响最小。运用牡丹17个品种验证了该体系稳定可靠,并从36个SCoT引物中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的24个引物。这一体系的建立及多态性引物的筛选为今后利用SCoT标记技术对牡丹进行相关研究提供了科学依据。 展开更多
关键词 牡丹 SCoT-PCR 反应体系 正交设计 引物筛选
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濒危药用植物厚朴ISSR引物筛选及反应条件的优化 被引量:10
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作者 于华会 杨志玲 +2 位作者 杨旭 谭梓峰 舒枭 《生态学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第12期2444-2451,共8页
以厚朴DNA为模板,利用正交试验分别对影响厚朴ISSR-PCR反应的Taq酶浓度、dNTP浓度、引物浓度、Mg2+浓度、模板DNA浓度进行了优化,并通过梯度PCR确定不同引物的最佳退火温度和循环次数,最终确定厚朴最佳反应体系及扩增条件为:25μl体系,... 以厚朴DNA为模板,利用正交试验分别对影响厚朴ISSR-PCR反应的Taq酶浓度、dNTP浓度、引物浓度、Mg2+浓度、模板DNA浓度进行了优化,并通过梯度PCR确定不同引物的最佳退火温度和循环次数,最终确定厚朴最佳反应体系及扩增条件为:25μl体系,其中包括1.5mmol.L-1MgCl2,0.3μmol.L-1引物,0.04U.μl-1Taq酶,0.2mmol.L-1dNTP,4ng.μl-1模板DNA,1×Buffer;扩增程序:94℃预变性5min,94℃变性30s,50℃~60℃(退火温度随引物不同而定)退火45s,72℃延伸90s,共40个循环,然后72℃延伸8min,4℃终止反应。此外,还利用优化的反应体系成功筛选出21条ISSR引物,并利用部分引物对厚朴个体进行了遗传多样性分析。 展开更多
关键词 厚朴 正交设计 引物筛选 ISSR
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