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‘河西绒山羊’MHC-DQB2基因第3外显子多态性及其与流产性状的关联分析 被引量：4
1
作者 岳燕 马小军 +2 位作者 罗秀刚 李富强 姜立飞 《甘肃农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期6-12,共7页
采用PCR-SSCP方法检测431只‘河西绒山羊’MHC-DQB2基因第3外显子的多态性,测序并分析群体内突变产生的等位基因.结果表明:MHC-DQB2基因第3外显子有15个基因型、8个等位基因、35个变异位点;χ2适合性检验结果表明,该群体处于Hardy-Weinb... 采用PCR-SSCP方法检测431只‘河西绒山羊’MHC-DQB2基因第3外显子的多态性,测序并分析群体内突变产生的等位基因.结果表明:MHC-DQB2基因第3外显子有15个基因型、8个等位基因、35个变异位点;χ2适合性检验结果表明,该群体处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);该位点多态信息含量为0.838 5,杂合度为0.317 9,有效等位基因数为6.899 8;等位基因平均遗传距离为0.048 8;经NJ树分析发现,各等位基因为同源序列;经流产数据统计发现,基因型CF中无流产个体,且在其198位插入1个碱基C.说明‘河西绒山羊’MHC-DQB2基因第3外显子具有丰富的遗传多态性;牛和羊的MHC-DQB2外显子3最初是由2个等位基因突变分化而来,而同物种的绵羊与山羊在该位点有很高的同源性;基因型CF可能与流产性状有关. 展开更多
关键词 '河西绒山羊’ MHC-dqb2基因 第3外显子 流产 PCR-SSCP 多态性
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贵州黑山羊DQB2基因Exon1遗传变异分析 被引量：1
2
作者 黄兰 康建兵 +3 位作者 钱成 许厚强 陈祥 罗卫星 《中国畜牧杂志》 CAS 北大核心 2016年第9期14-17,共4页
研究了贵州黑山羊MHC-DQB2基因的多态性,以便发挥MHC-DQB2基因在山羊抗病育种中的作用。采用构建DNA池并通过PCR直接测序的方法对164只贵州黑山羊的DQB2基因Exon1进行遗传变异分析;应用生物信息学软件分析基因频率、RNA二级结构、蛋白... 研究了贵州黑山羊MHC-DQB2基因的多态性,以便发挥MHC-DQB2基因在山羊抗病育种中的作用。采用构建DNA池并通过PCR直接测序的方法对164只贵州黑山羊的DQB2基因Exon1进行遗传变异分析;应用生物信息学软件分析基因频率、RNA二级结构、蛋白质二级结构和抗原表位。在其第1外显子中筛选得到4个SNPs,分别为G23A(Arg→Gln)、G45A(同义突变)、T90C(同义突变)、C109A(Gln→Lys),其中,T90C突变位点的最小自由能最低,其RNA二级结构最稳定。G23A和C109A 2个突变位点均引起RNA二级结构、蛋白质二级结构和抗原表位的改变。结果表明:贵州黑山羊MHC-DQB2基因的第1外显子具有较丰富的遗传多样性。 展开更多
关键词 贵州黑山羊 dqb2基因 SNPS 生物信息学
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HLA-DQB2基因多态性与中国西部人群抗结核药物致肝损伤的关联性研究 被引量：3
3
作者 江硕 赵珍珍 +1 位作者 周娟 应斌武 《国际检验医学杂志》 CAS 2022年第4期491-496,501,共7页
目的探讨人类白细胞抗原DQB2(HLA-DQB2)基因多态性与中国西部人群抗结核药物致肝损伤(ATDH)之间的关联。方法纳入2016年12月至2018年4月于该院就诊的764例结核病患者,结合病历资料及实验室检查结果,根据肝损伤判断标准将患者分为ATDH组... 目的探讨人类白细胞抗原DQB2(HLA-DQB2)基因多态性与中国西部人群抗结核药物致肝损伤(ATDH)之间的关联。方法纳入2016年12月至2018年4月于该院就诊的764例结核病患者,结合病历资料及实验室检查结果,根据肝损伤判断标准将患者分为ATDH组及非ATDH组,采用48-Plex SNPscan分型方法对HLA-DQB2基因的6个单核苷酸多态性位点(SNPs,rs2395253、rs11759423、rs1573646、rs6902723、rs35439528、rs6925976)进行分型。分析ADTH组和非ADTH组HLA-DQB2基因6个SNPs的基因频率、基因型及不同遗传模型(加性模型、显性模型、隐性模型)的差异。利用Haploview4.2进行SNPs连锁不平衡和单倍型分析。结果体质量减轻在非ATDH组的发生率更高(35.83%vs.29.66%,P<0.05),发热在ATDH组的发生率更高(51.69%vs.41.40%,P<0.05)。等位基因及基因型分析显示,HLA-DQB2基因rs1573646 A等位基因增加了ATDH发生风险(OR=1.369,95%CI 1.002~1.871,P<0.05),rs1573646 AA基因型增加了ATDH发生风险(P<0.05)。隐性模型显示,rs1573646 AA基因型相较于AC/CC基因型具有较高的ATDH发生风险(OR=2.227,95%CI 1.183~4.190,P<0.05);rs6902723 GG基因型相较于GA/AA基因型具有较高的ATDH发生风险(OR=2.184,95%CI 1.163~4.099,P<0.05)。结论HLA-DQB2 SNPs(rs1573646)A等位基因可能与ATDH发生风险增加有关,rs6902723 GG基因型可能与ATDH发生风险增加有关,可用于ATDH的风险预测,其机制尚待进一步研究。 展开更多
关键词 结核病 药物不良反应 抗结核药物致肝损伤 HLA-dqb2基因 单核苷酸多态性
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哈萨克羊DQB2基因外显子2多态性及遗传变异分析 被引量：2
4
作者 王元元 严国 +4 位作者 罗成 齐江姣 周光普 谭君 高剑峰 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2017年第12期3543-3553,共11页
试验旨在研究DQB2基因外显子2多态性与哈萨克羊布鲁氏菌病易感性的相关性。通过PCR-SSCP技术对146只布鲁氏菌阴性哈萨克羊血液样本和28只布鲁氏菌阳性哈萨克羊血液样本中的白细胞表面抗原DQB2基因外显子2的多态性进行研究,挑取不同的等... 试验旨在研究DQB2基因外显子2多态性与哈萨克羊布鲁氏菌病易感性的相关性。通过PCR-SSCP技术对146只布鲁氏菌阴性哈萨克羊血液样本和28只布鲁氏菌阳性哈萨克羊血液样本中的白细胞表面抗原DQB2基因外显子2的多态性进行研究,挑取不同的等位基因进行克隆测序,经卡方检验分析每个SNP位点的基因频率、基因型频率及其多态性与布鲁氏菌病易感性的相关性,应用生物信息学软件分析与哈萨克羊布鲁氏菌病易感性相关的不同等位基因的mRNA二级结构及蛋白质的二级结构、三级结构和抗原表位。结果发现,在270bp的外显子2序列中共检测到33个SNPs,其中C9G、A180G位点的基因频率在病例组和对照组中的分布具有极显著性差异(P<0.01),其基因型频率在病例组和对照组中存在显著差异(P<0.05);A13T、C133G位点的基因频率在病例组和对照组中存在显著差异(P<0.05);进一步分析发现,A180G突变位点的最小自由能最低,其mRNA二级结构最稳定;A13T和C133G2个突变位点均引起mRNA二级结构及蛋白质二级结构、三级结构和抗原表位的改变。本试验结果表明DQB2基因外显子2多态性与哈萨克羊布鲁氏菌病易感性呈显著相关。 展开更多
关键词 dqb2基因 PCR-SSCP SNPS 布鲁氏菌病 易感性 生物信息学
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中国美利奴细毛羊MHC Class Ⅱa区段的基因组成分析与表达 被引量：1
5
作者 邱巍 杨小亮 +3 位作者 岳远瑞 李涛 剧乐乐 高剑峰 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期1-5,共5页
为了深入了解绵羊主要组织相容性复合体(MHC)ClassⅡa区段基因组结构,利用已构建的中国美利奴细毛羊细菌人工染色体(BAC)文库和MHC区段高密度物理图谱研究ClassⅡa的基因组成。ClassⅡa亚区包括BAC克隆225J15、283N15和271H22,基因组大... 为了深入了解绵羊主要组织相容性复合体(MHC)ClassⅡa区段基因组结构,利用已构建的中国美利奴细毛羊细菌人工染色体(BAC)文库和MHC区段高密度物理图谱研究ClassⅡa的基因组成。ClassⅡa亚区包括BAC克隆225J15、283N15和271H22,基因组大小为333 962bp。对ClassⅡa已知的基因座DRB1、DRA、DQB1、DQB2、DQA1和DQA2设计特异性引物,克隆出这6个基因的全长序列。将这6个基因定位在ClassⅡa基因组上,6个基因的基因组长度分别为10.8、3.5、8.7、9.4、3.5和5.7kb。选取编码MHC-Ⅱ类分子α链的DQA1和编码MHC-Ⅱ类分子β链的DRB1进行原核表达,SDS-PAGE检测蛋白质大小分别为28ku和30ku。 展开更多
关键词 绵羊 MHC DRA DRB1 DQA1 DQA2 DQB1 dqb2
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