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呼和浩特市周边地下水CPR和DPANN类群的检测及多样性分析 被引量：1
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作者 姜凯 曹春玲 +4 位作者 红雨 宋枚汐 杨鸿臻 陈乌日娜 刘昱昕 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期5320-5336,共17页
【背景】候选门级辐射类群(candidate phyla radiation,CPR)和DPANN是与绝大多数已知细菌和古菌具有显著差异的独特类群,因发现较晚,人们对其认识还非常有限。已知二者类群庞大、存在广泛,但在不同生境中的多样性研究还较少,生态功能尚... 【背景】候选门级辐射类群(candidate phyla radiation,CPR)和DPANN是与绝大多数已知细菌和古菌具有显著差异的独特类群,因发现较晚,人们对其认识还非常有限。已知二者类群庞大、存在广泛,但在不同生境中的多样性研究还较少,生态功能尚属未知。【目的】分析不同地下水中CPR和DPANN的多样性,探讨不同方法对CPR和DPANN检出及富集的影响。【方法】采用0.1μm滤膜收集菌体和宏基因组测序的方法分析呼和浩特市周边4个不同地下水中CPR和DPANN的多样性。比较宏基因组测序与16S rRNA基因扩增子测序对CPR和DPANN检出的影响,以及不同过滤方式和不同滤膜组合对CPR和DPANN富集的作用。【结果】4个地下水样品CPR类群检出33−64个菌门,相对丰度在0.17%−1.67%之间;DPANN检出1−7个菌门,相对丰度在0.00093%−0.07100%之间。对于CPR和DPANN,16S rRNA基因V3−V4区扩增子测序仅检出了纳古菌门(Nanoarchaeota)。1.2μm与0.1μm滤膜组合具有最好的CPR和DPANN富集效果,在及时更换滤膜的过滤方式下相对丰度分别提高到13.33%和0.58%。【结论】地下水中存在种类丰富但相对丰度较低的CPR和DPANN物种资源,且不同地下水中的CPR和DPANN存在一定的差异。16S rRNA基因V3−V4区扩增子测序会遗漏地下水中CPR和DPANN物种信息。在及时更换滤膜的过滤方式下采用不同孔径滤膜组合过滤会显著提高CPR和DPANN的相对丰度,达到富集效果。本研究为后续CPR和DPANN物种资源、基因资源和天然产物资源的挖掘,以及该类菌株的可培养工作奠定了基础。 展开更多
关键词 候选门级辐射类群(CPR) dpann 宏基因组测序 16S rRNA基因扩增子测序 过滤富集
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微生物暗物质分离培养——以CPR和DPANN类群为例 被引量：1
2
作者 姜凯 曹春玲 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2023年第2期96-105,共10页
候选门级辐射类群(candidate phyla radiation, CPR)细菌和DPANN超门古菌是重要的微生物暗物质,约占地球细菌和古菌多样性的一半。目前对于CPR和DPANN的研究处于起步阶段,仅获得了少数的实验室培养菌株,代表着丰富的菌种资源和基因资源... 候选门级辐射类群(candidate phyla radiation, CPR)细菌和DPANN超门古菌是重要的微生物暗物质,约占地球细菌和古菌多样性的一半。目前对于CPR和DPANN的研究处于起步阶段,仅获得了少数的实验室培养菌株,代表着丰富的菌种资源和基因资源的潜力;同时其生态功能还未知,预示着未来新发现的巨大机遇。本文在总结现有微生物分离培养方法以及CPR和DPANN菌株共性特征的基础上,对已实现实验室培养的CPR和DPANN菌株进行归纳和分析,提出该类群菌株分离培养的几点建议,以期为今后对该类群菌株的分离培养提供参考。CPR细菌和DPANN古菌的可培养研究有助于加深对该类群菌的认识,阐明其生活方式、进化及演变规律并揭示其独特的代谢途径及功能基因,发现新的天然活性产物,具有重要的科学意义及应用价值。 展开更多
关键词 微生物暗物质 候选门级辐射类群 dpann 细胞微小 共生生活 分离培养
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