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下一代测序技术在干细胞转录调控研究中的应用 被引量：2
1
作者 刘亚军 张峰 +1 位作者 刘宏德 孙啸 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2017年第8期717-725,共9页
基因转录调控及其机制分析是后基因组时代生物学研究的重点之一。随着高通量测序技术的发展,人们可以从不同层面研究基因的转录调控行为,从转录组、转录因子结合,到染色质局部结构和整体空间构象,可系统分析转录调控的分子机制。干细胞... 基因转录调控及其机制分析是后基因组时代生物学研究的重点之一。随着高通量测序技术的发展,人们可以从不同层面研究基因的转录调控行为,从转录组、转录因子结合,到染色质局部结构和整体空间构象,可系统分析转录调控的分子机制。干细胞分化过程的转录调控分析对研究再生医学和理解细胞癌变机制等具有重要意义。本文综述了下一代测序技术在干细胞转录调控研究中的应用,包括:(1)基于基因芯片或RNA测序的转录组分析;(2)基于染色体免疫共沉淀(chromatin immunoprecipitation,Ch IP)测序的表观基因组和转录因子结合信息的分析;(3)基于DNase酶切测序(DNase-Seq)的染色质开放性分析;(4)基于高通量染色质构象捕获(high-throughput chromosome conformation capture,Hi-C)技术的染色体远程相互作用分析。从基因表达谱、转录因子结合和基因组三维结构等层面展开介绍,重点关注了一些多能性转录因子(Oct4、Sox2和Nanog等)在维持干细胞干性和分化中的调控作用,以期为干细胞转录调控的研究提供借鉴和参考。 展开更多
关键词 胚胎干细胞 转录组 CH IP dnase-seq Hi-C
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染色质可及性与植物基因表达调控 被引量：2
2
作者 李占杰 秦源 《植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期664-675,共12页
真核生物基因组上的核小体呈现不均匀分布,转录活跃区域的染色质结构相对松散且易被调节蛋白结合,这些区域的可接近程度称为染色质可及性。随着测序技术的发展,DNase-seq、ATAC-seq、MNase-seq和NOMe-seq等组学技术的应用,全基因组范围... 真核生物基因组上的核小体呈现不均匀分布,转录活跃区域的染色质结构相对松散且易被调节蛋白结合,这些区域的可接近程度称为染色质可及性。随着测序技术的发展,DNase-seq、ATAC-seq、MNase-seq和NOMe-seq等组学技术的应用,全基因组范围内染色质可及性检测变得简便且高效。该文主要介绍了真核生物染色质可及性的4种基本检测方法的技术原理,总结了核小体定位、组蛋白修饰以及转录因子结合与染色质可及性的关系,并综述了染色质可及性参与植物生长发育和环境响应研究进展,以期为植物领域全基因组水平染色质可及性研究、顺式调控元件挖掘及发育和环境响应过程中基因表达调控网络的解析提供借鉴。 展开更多
关键词 染色质可及性 组蛋白修饰 dnase-seq ATAC-seq 调控元件
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染色质可及性分析的研究进展 被引量：4
3
作者 许兰 任立成 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2022年第8期1462-1470,共9页
在细胞核内,染色质可及性模式会随着外部刺激和发育线索的改变而发生动态变化。染色质可及性重构对于基因表达调控至关重要,在建立和维持细胞特性等方面发挥着重要作用。因此开展染色质可及性的研究对染色质功能上的三维解析具有十分重... 在细胞核内,染色质可及性模式会随着外部刺激和发育线索的改变而发生动态变化。染色质可及性重构对于基因表达调控至关重要,在建立和维持细胞特性等方面发挥着重要作用。因此开展染色质可及性的研究对染色质功能上的三维解析具有十分重要的意义。近几年,随着高通量测序技术的进步以及测序成本的降低,基于高通量测序技术的染色质可及性分析方法得到了迅速发展。目前观察和分析全基因组染色质开放与否的常见技术主要有脱氧核糖核酸酶I超敏位点测序(DNase-seq)、微球菌核酸酶测序(MNase-seq)、甲醛辅助分离调控元件测序(FAIRE-seq)以及转座酶可及性测序(ATAC-seq)。本文比较了这4种染色质可及性分析技术的优缺点,详细介绍了它们的原理及主要实验流程,并简要讨论了它们的发展及相关技术的应用,期望通过这些互补的方法为染色质分析领域的未来发展提供一些借鉴和思路。 展开更多
关键词 染色质可及 脱氧核糖核酸酶I超敏位点测序 微球菌核酸酶测序 甲醛辅助分离调控元件测序 转座酶可及性 测序
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大鼠小胶质细胞在浸润前或炎症极化后的开放染色质区域数据 被引量：1
4
作者 Przanowski P Mondal SS +7 位作者 Cabaj A Dębski KJ Wojtas B Gielniewski B Kaza B Kaminska B Dabrowski M 杜一星(编译) 《神经损伤与功能重建》 2019年第8期F0003-F0003,共1页
小胶质细胞是脑部驻留的骨髓系细胞,在生理和病理情况下的大脑中均起重要作用。本研究报道了关于大鼠小胶质细胞DNA酶超敏(DHS)的开放染色质区域的数据集。该数据集全面、可复制、错误发现率可控。我们用未处理的和神经胶质瘤条件培养基... 小胶质细胞是脑部驻留的骨髓系细胞,在生理和病理情况下的大脑中均起重要作用。本研究报道了关于大鼠小胶质细胞DNA酶超敏(DHS)的开放染色质区域的数据集。该数据集全面、可复制、错误发现率可控。我们用未处理的和神经胶质瘤条件培养基(GCM)或脂多糖(LPS)刺激6 h的原代培养小胶质细胞,比较了小胶质细胞开放染色质图谱。结果显示胶质瘤分泌因子诱导小神经胶质细胞的侵袭性和免疫抑制性激活,而激活的小胶质细胞促进肿瘤生长。大鼠小胶质细胞的开放染色质图谱由126640个可重复的DHS区域组成,其中分别有2303和12357个区域在用GCM或LPS刺激后显示出开放性的显著变化。活性基因表现出组成型开放的启动子,但基因附近的DHS区域的聚集开放性与该基因表达之间没有直接依赖关系。对应同一基因的各个区域经常呈现不同的开放性变化模式。GCM调节的DHS区域更多出现在远离基因体的区域,而LPS调节的区域更多出现在内含子中。GCM和LPS对不同区域的开放性调控的差异与免疫检查点基因相对应。这两种处理在对Toll样受体信号传导和轴突导向途径中对应基因区域的聚集开放性有不同的影响,这表明小胶质细胞迁移所使用的分子机制与轴突生长相似,并且这些通路的调节有助于胶质瘤诱导的小胶质细胞侵袭性极化。我们的开放染色质区域数据集为大鼠小胶质细胞中基因调控的研究铺平了道路。 展开更多
关键词 DNA酶测序 TOLL样受体 轴突导向 胶质瘤 小胶质细胞
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