[目的]雌牦牛性成熟晚是影响牦牛繁殖率的重要原因之一,分析不同发育时期牦牛卵巢的全基因组DNA甲基化差异,筛选出调控卵巢卵泡发育的差异甲基化基因,为研究表观遗传在牦牛卵巢组织生长发育过程中的作用提供数据基础。[方法]分别选取0.5...[目的]雌牦牛性成熟晚是影响牦牛繁殖率的重要原因之一,分析不同发育时期牦牛卵巢的全基因组DNA甲基化差异,筛选出调控卵巢卵泡发育的差异甲基化基因,为研究表观遗传在牦牛卵巢组织生长发育过程中的作用提供数据基础。[方法]分别选取0.5岁(幼年)、2.5岁(初情期)和4.5岁(性成熟)的牦牛各3头,采用全基因组重亚硫酸盐测序法,检测分析不同发育时期牦牛卵巢组织的全基因组DNA甲基化谱。[结果]牦牛卵巢组织中,甲基化位点以CpG序列类型为主,其甲基化水平明显高于CHG和CHH类型。CpG序列在CDS区、内含子和3′UTR的甲基化水平高于基因下游2 kb、基因上游2 kb和5′UTR。对比3个年龄组的甲基化位点,统计出3种类型的差异甲基化区域数量分别为4233(0.5 vs 2.5)、7302(2.5 vs 4.5)和1133(0.5 vs 4.5),其中CpG序列的差异甲基化区域分别对应334(0.5 vs 2.5)、640(2.5 vs 4.5)和371(0.5 vs 4.5)个差异甲基化基因。采用重亚硫酸盐测序法对测序结果进一步验证,结果显示变化趋势一致。GO和KEGG富集分析结果显示,CpG序列的差异甲基化基因显著富集到包括卵母细胞减数分裂、剪接体通路、Hippo信号通路、催产素信号通路、GnRH信号通路、Wnt信号通路、钙信号通路和Rap1信号通路等与卵巢卵泡发育相关的通路(P<0.05)。并从这些通路中筛选出8个甲基化差异显著且与牦牛卵巢卵泡发育相关的基因作为候选基因(P<0.05)。[结论]本研究利用全基因组重亚硫酸盐测序法检测分析了不同发育阶段牦牛卵巢全基因组甲基化谱,筛选出调控卵巢卵泡发育的8个候选基因,为进一步研究DNA甲基化对牦牛卵巢生长发育的调控机制提供数据基础。展开更多
干扰素-γ诱导蛋白16(interferon gamma-inducible protein 16,IFI16)是含pyrin和造血表达、干扰素诱导特性和核定位(hematopoietic expression,interferon-inducible nature,and nuclear localization,HIN)结构域的蛋白质(pyrin and HI...干扰素-γ诱导蛋白16(interferon gamma-inducible protein 16,IFI16)是含pyrin和造血表达、干扰素诱导特性和核定位(hematopoietic expression,interferon-inducible nature,and nuclear localization,HIN)结构域的蛋白质(pyrin and HIN domain-containing protein,PYHIN)家族的重要成员,其独特的分子结构使其能够识别细胞内的多种核酸分子。作为一种关键的免疫调节因子,IFI16可通过多种途径参与天然免疫信号转导,在宿主抗病毒防御中发挥重要作用。本文综述了IFI16的分子特征及其在天然免疫和病毒感染中的调控机制,为抗病毒感染的治疗靶点及药物开发提供理论依据。展开更多
目的运用meta分析方法系统评价补肾方剂治疗男性不育症患者精子DNA损伤(SDF)的有效性和安全性。方法从中国知网、维普、万方、PubMed、Cochrane Library、Embase、Web of Science数据库中检索补肾方剂改善SDF的随机对照试验(RCT)研究,...目的运用meta分析方法系统评价补肾方剂治疗男性不育症患者精子DNA损伤(SDF)的有效性和安全性。方法从中国知网、维普、万方、PubMed、Cochrane Library、Embase、Web of Science数据库中检索补肾方剂改善SDF的随机对照试验(RCT)研究,对文献进行方法学质量评价,运用RevMan5.3.5软件进行meta分析,并对结局指标进行GRADE质量分级。结果共纳入17项RCT研究,涉及2164例男性患者。与西医常规治疗相比,补肾方剂能够显著改善男性不育症患者DNA碎片指数(DFI)(MD=-6.50,95%CI:-7.88~-5.11,P<0.01),提高配偶妊娠率(RR=2.11,95%CI:1.12~4.00,P=0.87)、精子总活率(MD=5.56,95%CI:4.39~6.74,P<0.01)、前向运动精子百分率(MD=6.82,95%CI:5.62~8.03,P<0.01)、精子浓度(MD=6.51,95%CI:3.81~9.21,P<0.01)和正常形态精子百分率(MD=1.26,95%CI:0.45~2.06,P<0.01),且补肾方剂不会增加不良反应的发生。结论低到中等质量证据表明,与西医常规治疗相比,补肾方剂在改善男性不育症患者DFI、精液参数、配偶妊娠率等方面具有一定优势,且安全性较好。展开更多
真核生物RNA聚合酶Ⅳ(polymerasesⅣ,PolⅣ)和Ⅴ(PolⅤ)是植物特有的RNA指导DNA甲基化(RNA-directed DNA methylation,RdDM)通路的核心酶,介导重要的表观遗传调控过程。当前分子生物学教材对其介绍明显不足,制约了学生对该领域的深入理...真核生物RNA聚合酶Ⅳ(polymerasesⅣ,PolⅣ)和Ⅴ(PolⅤ)是植物特有的RNA指导DNA甲基化(RNA-directed DNA methylation,RdDM)通路的核心酶,介导重要的表观遗传调控过程。当前分子生物学教材对其介绍明显不足,制约了学生对该领域的深入理解。本文基于RNA PolⅣ与RDR2协同组装、RNA PolⅤ转录停滞等最新结构生物学进展,系统阐述其亚基组成、结构特征与功能分工;进而依据建构主义及循证教学原则,提出以概念脚手架和科学叙事法更新教材内容,并引入可视化分析、角色模拟与案例研讨等教学方法,构建了面向知识-能力-素养协同培养的教学范式,为弥合学科前沿与课堂教学的差距提供系统解决方案,并为农林院校分子生物学课程改革与创新人才培养提供了可借鉴的范式。展开更多
文摘[目的]雌牦牛性成熟晚是影响牦牛繁殖率的重要原因之一,分析不同发育时期牦牛卵巢的全基因组DNA甲基化差异,筛选出调控卵巢卵泡发育的差异甲基化基因,为研究表观遗传在牦牛卵巢组织生长发育过程中的作用提供数据基础。[方法]分别选取0.5岁(幼年)、2.5岁(初情期)和4.5岁(性成熟)的牦牛各3头,采用全基因组重亚硫酸盐测序法,检测分析不同发育时期牦牛卵巢组织的全基因组DNA甲基化谱。[结果]牦牛卵巢组织中,甲基化位点以CpG序列类型为主,其甲基化水平明显高于CHG和CHH类型。CpG序列在CDS区、内含子和3′UTR的甲基化水平高于基因下游2 kb、基因上游2 kb和5′UTR。对比3个年龄组的甲基化位点,统计出3种类型的差异甲基化区域数量分别为4233(0.5 vs 2.5)、7302(2.5 vs 4.5)和1133(0.5 vs 4.5),其中CpG序列的差异甲基化区域分别对应334(0.5 vs 2.5)、640(2.5 vs 4.5)和371(0.5 vs 4.5)个差异甲基化基因。采用重亚硫酸盐测序法对测序结果进一步验证,结果显示变化趋势一致。GO和KEGG富集分析结果显示,CpG序列的差异甲基化基因显著富集到包括卵母细胞减数分裂、剪接体通路、Hippo信号通路、催产素信号通路、GnRH信号通路、Wnt信号通路、钙信号通路和Rap1信号通路等与卵巢卵泡发育相关的通路(P<0.05)。并从这些通路中筛选出8个甲基化差异显著且与牦牛卵巢卵泡发育相关的基因作为候选基因(P<0.05)。[结论]本研究利用全基因组重亚硫酸盐测序法检测分析了不同发育阶段牦牛卵巢全基因组甲基化谱,筛选出调控卵巢卵泡发育的8个候选基因,为进一步研究DNA甲基化对牦牛卵巢生长发育的调控机制提供数据基础。
文摘干扰素-γ诱导蛋白16(interferon gamma-inducible protein 16,IFI16)是含pyrin和造血表达、干扰素诱导特性和核定位(hematopoietic expression,interferon-inducible nature,and nuclear localization,HIN)结构域的蛋白质(pyrin and HIN domain-containing protein,PYHIN)家族的重要成员,其独特的分子结构使其能够识别细胞内的多种核酸分子。作为一种关键的免疫调节因子,IFI16可通过多种途径参与天然免疫信号转导,在宿主抗病毒防御中发挥重要作用。本文综述了IFI16的分子特征及其在天然免疫和病毒感染中的调控机制,为抗病毒感染的治疗靶点及药物开发提供理论依据。
文摘目的运用meta分析方法系统评价补肾方剂治疗男性不育症患者精子DNA损伤(SDF)的有效性和安全性。方法从中国知网、维普、万方、PubMed、Cochrane Library、Embase、Web of Science数据库中检索补肾方剂改善SDF的随机对照试验(RCT)研究,对文献进行方法学质量评价,运用RevMan5.3.5软件进行meta分析,并对结局指标进行GRADE质量分级。结果共纳入17项RCT研究,涉及2164例男性患者。与西医常规治疗相比,补肾方剂能够显著改善男性不育症患者DNA碎片指数(DFI)(MD=-6.50,95%CI:-7.88~-5.11,P<0.01),提高配偶妊娠率(RR=2.11,95%CI:1.12~4.00,P=0.87)、精子总活率(MD=5.56,95%CI:4.39~6.74,P<0.01)、前向运动精子百分率(MD=6.82,95%CI:5.62~8.03,P<0.01)、精子浓度(MD=6.51,95%CI:3.81~9.21,P<0.01)和正常形态精子百分率(MD=1.26,95%CI:0.45~2.06,P<0.01),且补肾方剂不会增加不良反应的发生。结论低到中等质量证据表明,与西医常规治疗相比,补肾方剂在改善男性不育症患者DFI、精液参数、配偶妊娠率等方面具有一定优势,且安全性较好。
文摘真核生物RNA聚合酶Ⅳ(polymerasesⅣ,PolⅣ)和Ⅴ(PolⅤ)是植物特有的RNA指导DNA甲基化(RNA-directed DNA methylation,RdDM)通路的核心酶,介导重要的表观遗传调控过程。当前分子生物学教材对其介绍明显不足,制约了学生对该领域的深入理解。本文基于RNA PolⅣ与RDR2协同组装、RNA PolⅤ转录停滞等最新结构生物学进展,系统阐述其亚基组成、结构特征与功能分工;进而依据建构主义及循证教学原则,提出以概念脚手架和科学叙事法更新教材内容,并引入可视化分析、角色模拟与案例研讨等教学方法,构建了面向知识-能力-素养协同培养的教学范式,为弥合学科前沿与课堂教学的差距提供系统解决方案,并为农林院校分子生物学课程改革与创新人才培养提供了可借鉴的范式。
