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基于DNA条形码ITS对西藏不同地理居群红景天的鉴定研究 被引量:1
1
作者 刘青 钟迎春 +5 位作者 顿珠 王化东 郑雷 尕藏卓玛 索朗次仁 白玛次旦 《西部中医药》 2024年第9期42-45,共4页
目的:对大花红景天和长鞭红景天进行2种DNA条形码的碱基序列分析,并构建系统进化树,为大花红景天的真伪鉴定提供参考。方法:提取3份样品基因组DNA,对内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)片段进行PCR扩增,双向测序,获得其序... 目的:对大花红景天和长鞭红景天进行2种DNA条形码的碱基序列分析,并构建系统进化树,为大花红景天的真伪鉴定提供参考。方法:提取3份样品基因组DNA,对内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)片段进行PCR扩增,双向测序,获得其序列信息;运用MEGA7.0对所有样品的ITS序列及GenBank共21条进行比对、计算种内种间遗传距离,构建Neighbor-Joining(NJ)系统进化树。结果:编号为A1~A14的大花红景天聚为一支,编号为K1~K7的长鞭红景天聚为一支;同时发现ITS序列信息变化与地域和环境明显相关。结论:将ITS序列作为DNA条形码能准确、快速地鉴别大花红景天,可为其种质资源鉴定及物种鉴别提供依据。 展开更多
关键词 大花红景天 长鞭红景天 dna条形码 ITS 鉴定
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Application of molecular identification techniques in traditional Chinese medicine
2
作者 Jiankun Jin Weiwei Zhang +5 位作者 Rui Liu Ruiqi Ma Yuzheng Xiang Yibo Wang Ying Li Yu Chen 《Asian Journal of Traditional Medicines》 2025年第4期173-180,共8页
In recent years,molecular identification technology has become the predominant approach for the identification of traditional Chinese medicine.The molecular identification techniques in recent years were analyzed and ... In recent years,molecular identification technology has become the predominant approach for the identification of traditional Chinese medicine.The molecular identification techniques in recent years were analyzed and summarized in this paper,such as RAPD,ISSR,RFLP,AFLP,SNP,and DNA bar code sequence analysis techniques.By consulting Sciencedirect databases and Web of Science databases,2348 related articles were found,of which 39 were related to molecular identification techniques and traditional Chinese medicine.The application of the molecular identification techniques in four aspects was reviewed,namely the identification on the authenticity(true or false),multi-source identification and genetic diversity,producing area,and growing year discrimination of traditional Chinese medicine. 展开更多
关键词 traditional Chinese medicine molecular identification techniques dna bar code
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适合中药材DNA条形码分析的DNA提取方法的研究 被引量:30
3
作者 段中岗 黄琼林 +6 位作者 杨锦芬 刁玲武 詹若挺 何瑞 徐晖 严萍 陈蔚文 《中药新药与临床药理》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期480-484,共5页
目的建立适合中药材DNA条形码分析的DNA提取方法。方法以6种富含次生代谢物质的药用顽拗植物为材料,对7种DNA提取方法进行比较。结果CTAB法3对中药材具有通用性,操作简便、快速,提取的DNA浓度和合格率比其他对照方法高,能满足DNA条形码... 目的建立适合中药材DNA条形码分析的DNA提取方法。方法以6种富含次生代谢物质的药用顽拗植物为材料,对7种DNA提取方法进行比较。结果CTAB法3对中药材具有通用性,操作简便、快速,提取的DNA浓度和合格率比其他对照方法高,能满足DNA条形码PCR扩增的要求。该方法主要特点:(1)用3%的CTAB浓度代替常用的2%CTAB;(2)采用1%的PVP与0.2%β-巯基乙醇共同去除杂质和防止DNA降解;(3)采用10000r/min离心15min去除蛋白质等杂质。结论CTAB法3是适合中药材DNA条形码研究的DNA提取方法。 展开更多
关键词 中药材 dna提取方法 dna条形码
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两面针与混伪品及近缘种DNA条形码鉴定研究 被引量:13
4
作者 马新业 刘锋 +2 位作者 詹若挺 韩正洲 陈蔚文 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期12-17,共6页
【目的】探讨DNA条形码技术对两面针真伪鉴定的可行性,为两面针种质资源的鉴定提供参考。【方法】对两面针及其常见混伪品和同属近缘种(10种31份样品)进行DNA提取、PCR扩增和双向测序,所得序列经CodonCode Aligner软件处理和人工校对,采... 【目的】探讨DNA条形码技术对两面针真伪鉴定的可行性,为两面针种质资源的鉴定提供参考。【方法】对两面针及其常见混伪品和同属近缘种(10种31份样品)进行DNA提取、PCR扩增和双向测序,所得序列经CodonCode Aligner软件处理和人工校对,采用TaxonGap法比较rbcL、trnH-psbA和ITS2等3条序列的物种鉴定力大小;选择适用条形码在不同物种样品范围内进行分析,检查种内种间距离变化情况。【结果】ITS2和trnH-psbA两条序列对10个试验物种的鉴定效率均为100.0%,rbcL在实验物种范围内不存在最小种间遗传距离;ITS2序列在样品鉴定范围由12个物种33个数据扩大为33个物种132个数据时,鉴定成功率从100.0%下降至84.8%,种内变异大于种间变异的比例由71.4%上升至90.1%。【结论】ITS2和trnH-psbA序列可作为两面针真伪鉴定的标准条形码,实际应用中应注意确定物种鉴定样品数及种内充分取样。 展开更多
关键词 两面针 dna条形码 rbcL、trnH-psbA、ITS2序列 鉴定效率
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珍稀绢丝昆虫柳蚕的DNA条形编码与系统进化初步分析 被引量:11
5
作者 濮佳明 武松 +6 位作者 霍锡敏 王欢 夏润玺 李喜升 王振东 罗朝斌 刘彦群 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期154-159,共6页
利用DNA测序技术获得柳蚕(Actias selene)线粒体细胞色素酶C亚基Ⅰ基因(COI)5′端574 bp的片段,作为用于柳蚕种质资源分子鉴定的DNA条形编码(GenBank:FJ358505)。测定的柳蚕COI基因序列与其它大蚕蛾科绢丝昆虫的COI序列一样,均表现出偏... 利用DNA测序技术获得柳蚕(Actias selene)线粒体细胞色素酶C亚基Ⅰ基因(COI)5′端574 bp的片段,作为用于柳蚕种质资源分子鉴定的DNA条形编码(GenBank:FJ358505)。测定的柳蚕COI基因序列与其它大蚕蛾科绢丝昆虫的COI序列一样,均表现出偏好于碱基T的倾向(AT skew=-0.179)。在所分析的蚕类昆虫中,柳蚕与合目大蚕蛾的遗传距离最小(0.120),而与蓖麻蚕之间的遗传距离最大(0.138)。构建的NJ和UPGMA分子树中,大蚕蛾科的柳蚕属、柞蚕属、蓖麻蚕属、大乌桕蚕属、栗蚕属均各自形成一个支系,并且明显形成两个分支:大蚕蛾族(saturni-ini),包括柳蚕、柞蚕和栗蚕;眉纹大蚕蛾族(attacini),包括蓖麻蚕和大乌桕蚕。这一结果与传统分类一致。 展开更多
关键词 柳蚕 线粒体细胞色素酶C亚基Ⅰ基因 dna条形编码 系统进化
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基于COⅠ的中国西施舌DNA条形码 被引量:8
6
作者 孟学平 高如承 +4 位作者 申欣 郑雯雯 赵娜娜 程汉良 田美 《水产科学》 CAS 北大核心 2011年第10期626-630,共5页
以我国大连(DL)、日照(RZ)、启东(QD)、长乐(CL)、漳州(ZZ)和北海(BH)6个野生群体西施舌为研究对象,用引物LCO1490和HCO2198扩增线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因片段序列,PCR产物双向测序,用ClustalX进行DNA序列比对,用MEGA4.1和... 以我国大连(DL)、日照(RZ)、启东(QD)、长乐(CL)、漳州(ZZ)和北海(BH)6个野生群体西施舌为研究对象,用引物LCO1490和HCO2198扩增线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因片段序列,PCR产物双向测序,用ClustalX进行DNA序列比对,用MEGA4.1和PhyML软件构建NJ树和ML树,用Arlequin3.11软件进行分子方差分析,研究COⅠ这一特定基因区段作为DNA条形码在识别西施舌地理群体的可行性和有效性。结果获得658bp的COⅠ核苷酸片段,其T、C、A、G含量分别为42.4%、14.8%、21.8%、21.0%,A+T(64.2%)含量明显高于G+C含量。变异位点占15.3%(101/658),其中简约信息位点占14.1%。群体内遗传距离为0.0020~0.0043,群体间遗传距离为0.0024~0.0883。群体间氨基酸序列无变异。长乐、漳州群体(DH组)与其他群体(HB组)间有显著的遗传分化(FST=0.956~0.970)。NJ树和ML树显示长乐、漳州群体聚为一支,北方的大连、日照、启东群体和南方的北海群体聚为置信度较高的另一支(BPN=99),2支间的遗传距离为0.0837,是2支内群体间遗传距离的17.8~23.5倍。本研究结果表明,COⅠ基因片段序列作为鉴定福建西施舌条形码是可行的,但不能将其余群体区别开来。 展开更多
关键词 西施舌 线粒体 COⅠ dna条形码
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利用DNA条形码技术鉴别植物 被引量:4
7
作者 夏攀 曹禹 +2 位作者 王创 许炎 周怀谷 《中国司法鉴定》 2014年第3期50-52,共3页
目的研究利用DNA条形码技术鉴定上海地区常见植物叶片种类,在物种鉴定水平的基础上,进一步讨论利用分子标记技术对该类物证进行同一认定可行性。方法随机选取上海地区常见的9种植物,在其非新鲜的状态下利用高盐法提取植物组织的DNA,PCR... 目的研究利用DNA条形码技术鉴定上海地区常见植物叶片种类,在物种鉴定水平的基础上,进一步讨论利用分子标记技术对该类物证进行同一认定可行性。方法随机选取上海地区常见的9种植物,在其非新鲜的状态下利用高盐法提取植物组织的DNA,PCR扩增叶绿体rbcL和matK基因片段并且回收测序,通过数据库比对确定植物的物种。结果利用双基因鉴定分析系统,在随机收集的9份样品中,均达到物种水平的鉴定。结论利用DNA条形码技术,可以在物种水平准确地鉴定植物叶片类物证。 展开更多
关键词 法医遗传学 dna条形码 植物
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基于DNA条形码技术对朝鲜牛黄安宫丸中犀牛角成分鉴别的研究 被引量:3
8
作者 王殿夫 齐欣 +3 位作者 李长征 刘洪伟 麻丽丹 杨希国 《辽宁大学学报(自然科学版)》 CAS 2021年第1期46-52,共7页
目的建立DNA条形码技术对朝鲜牛黄安宫丸中犀牛角成分的真伪鉴别方法,对打击非法贸易及保护珍稀濒危野生动物具有重大意义.方法以涉案朝鲜牛黄安宫丸为材料,根据材料自身的特点对其进行消化处理后采用市售动物基因组核酸提取试剂盒方法... 目的建立DNA条形码技术对朝鲜牛黄安宫丸中犀牛角成分的真伪鉴别方法,对打击非法贸易及保护珍稀濒危野生动物具有重大意义.方法以涉案朝鲜牛黄安宫丸为材料,根据材料自身的特点对其进行消化处理后采用市售动物基因组核酸提取试剂盒方法提取核酸,并采用DNA条形码片段12S rRNA通用引物对提取的基因组DNA进行PCR扩增反应和测序.结果对测序结果使用NCBI中Blast进行序列相似性分析比对,结果表明5份涉案朝鲜牛黄安宫丸的扩增产物序列与非洲水牛的线粒体DNA的12S rRNA基因序列的部分片段的一致性达98.84%,因此为水牛角成分并非使用濒危物种犀牛角.结论依靠分子生物学中DNA条形码技术对疑似犀牛角药材进行准确的物种鉴定,可用于鉴别犀牛角药材的真伪,为各执法部门提供可靠的技术支持,规范国内和口岸犀牛角制品市场. 展开更多
关键词 犀牛角 物种鉴别 dna条形码技术 牛黄安宫丸
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纳米粒子-DNA生物条形码测定法应用进展 被引量:1
9
作者 陈执中 《药物生物技术》 CAS CSCD 2010年第6期561-564,共4页
纳米粒子-DNA生物条形码测定法是一种具有聚合酶链扩增反应灵敏度但不需要酶放大的检测体系。此测定法的出现促进了生物医学和基因工程药物的发展,目前已成为一个重要的研究领域,受到了生物学家们和生物化学家们的深切关注。查阅国外相... 纳米粒子-DNA生物条形码测定法是一种具有聚合酶链扩增反应灵敏度但不需要酶放大的检测体系。此测定法的出现促进了生物医学和基因工程药物的发展,目前已成为一个重要的研究领域,受到了生物学家们和生物化学家们的深切关注。查阅国外相关文献,对此新的超灵敏的方法在蛋白质和DNA检测中的应用进行了综述。这一技术的发展,将为生物大分子的检测开拓更加广阔的应用前景。 展开更多
关键词 纳米粒子-dna生物条形码 蛋白质检测 dna检测
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基于CO1基因序列的DNA条形码在中尼边境鼠类物种鉴定中的应用 被引量:17
10
作者 陈春生 张晓龙 +8 位作者 张雪莲 范泉水 牛文忠 胡小兵 格龙 房键慧 曹晓梅 潘其礼 王静 《西南国防医药》 CAS 2012年第1期22-24,共3页
目的探讨了线粒体CO1基因作为DNA条形码对鼠类进行物种鉴定的可行性。方法将从中尼边境采集到的42个鼠类标本,提取基因组DNA,用通用引物PCR法扩增线粒体CO1基因,并测序。将测序结果与GenBank中其他鼠类物种的DNA条码进行BLAST比对,并构... 目的探讨了线粒体CO1基因作为DNA条形码对鼠类进行物种鉴定的可行性。方法将从中尼边境采集到的42个鼠类标本,提取基因组DNA,用通用引物PCR法扩增线粒体CO1基因,并测序。将测序结果与GenBank中其他鼠类物种的DNA条码进行BLAST比对,并构建分子进化树。结果本研究中有17个标本能通过PCR扩增出特异性CO1基因条带,17个标本的种内遗传距离平均值为0.035,种间遗传距离平均值为0.47,种间遗传距离是种内遗传距离的10倍以上。根据BLAST比对法,将采集到的17个标本分到不同的鼠种中。结论 CO1基因序列能够对鼠类进行有效的物种鉴定。 展开更多
关键词 鼠类分类 CO1基因 dna条形码 分子进化树
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DNA条形码与生物分类学研究 被引量:11
11
作者 葛家文 王好转 《畜牧与饲料科学》 2009年第5期52-53,共2页
DNA条形码是一段特殊的、可用于物种鉴定的DNA序列,是近几年来国际上生物分类学研究的热点。该技术在动物分类学研究中已得到广泛的应用,所采用的DNA序列是线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ号基因(COⅠ)的部分序列。在植物分类学研究中,DNA条形... DNA条形码是一段特殊的、可用于物种鉴定的DNA序列,是近几年来国际上生物分类学研究的热点。该技术在动物分类学研究中已得到广泛的应用,所采用的DNA序列是线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ号基因(COⅠ)的部分序列。在植物分类学研究中,DNA条形码的进展相对缓慢,目前尚处于对所提议的叶绿体DNA片段rpoB、rpoC1、matk、rbcL等进行比较和评价阶段。阐述了DNA条形码在生物分类学研究方面的应用现状、存在的问题及可能的发展趋势。 展开更多
关键词 dna条形码 生物分类学 物种鉴定 应用
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纳米粒子-DNA生物条形码技术研究进展 被引量:1
12
作者 沈丽 李翌晗 +1 位作者 徐晓东 邵元华 《化学传感器》 CAS 2007年第4期1-7,共7页
纳米粒子-DNA生物条形码是指同时结合了大量DNA片段(生物条形码)和目标分析物识别探针的纳米粒子。纳米粒子-DNA生物条形码是有效的信号放大和检测系统,是目前报道的唯一一种具有聚合酶链扩增反应灵敏度而又不需要酶放大的检测体系。由... 纳米粒子-DNA生物条形码是指同时结合了大量DNA片段(生物条形码)和目标分析物识别探针的纳米粒子。纳米粒子-DNA生物条形码是有效的信号放大和检测系统,是目前报道的唯一一种具有聚合酶链扩增反应灵敏度而又不需要酶放大的检测体系。由于纳米粒子-DNA生物条形码的放大作用,这一技术在蛋白质,DNA等生物大分子的传感与检测中引起了广泛的兴趣。该文对该领域近期的进展进行了简单的综述。 展开更多
关键词 纳米粒子-dna生物条形码 生物大分子检测 生物分子传感
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DNA条形码理论与新生物学本质主义 被引量:1
13
作者 李胜辉 《自然辩证法研究》 CSSCI 北大核心 2013年第4期9-13,共5页
"物种"是否存在本质,这一直是个争论不休的问题。DNA条形码理论代表了一种新的生物学本质主义主张。它把DNA条形码视为物种的"专名",在生物学中发展了一种克里普克意义上的本质主义。但是,作者认为,DNA条形码理论... "物种"是否存在本质,这一直是个争论不休的问题。DNA条形码理论代表了一种新的生物学本质主义主张。它把DNA条形码视为物种的"专名",在生物学中发展了一种克里普克意义上的本质主义。但是,作者认为,DNA条形码理论不能回答被视为本质主义核心内容的物种"特征"问题。所以,该理论只能被视为一种不成功的生物学本质主义辩护方案。其失败的根本原因在于克里普克的本质主义并不适用于生物学。 展开更多
关键词 本质主义 dna条形码 “特征”问题 内部构造
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基于花粉形态及DNA条形码的中华蜜蜂传粉多样性研究 被引量:2
14
作者 吴帆 张莉 +5 位作者 周晶 常悦 郎一涵 沈叶萍 王靓 李红亮 《中国计量大学学报》 2020年第4期507-513,共7页
目的:研究中华蜜蜂(简称中蜂,Apis cerana cerana)访花规律和传粉行为与本地开花植物多样性的关系。方法:在2019年3-5月份,采集中国计量大学校园及周边的开花植物花粉,同时搜集校园内饲养中蜂足部携带的蜂花粉,综合利用光学显微镜、扫... 目的:研究中华蜜蜂(简称中蜂,Apis cerana cerana)访花规律和传粉行为与本地开花植物多样性的关系。方法:在2019年3-5月份,采集中国计量大学校园及周边的开花植物花粉,同时搜集校园内饲养中蜂足部携带的蜂花粉,综合利用光学显微镜、扫描电子显微镜、基因扩增和DNA条形码等技术对蜂花粉进行植物源鉴别及含量分析。结果:中蜂能给37种开花植物中的27种进行传粉,且中蜂单次采粉中花粉较为单一,在花期重叠时,中蜂偏向于为花朵形态较大且易采集的植物传粉。基因扩增可以获得植物源特征目的片段,说明DNA条形码技术可作为花粉鉴定的补充方式。结论:中蜂传粉具有广谱性和多样性,该调查将有利于研究蜜蜂的访花规律以及偏好,为选择蜜蜂进行作物传粉提供理论依据。 展开更多
关键词 中华蜜蜂 传粉多样性 蜂花粉 扫描电子显微镜 dna条形码
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基于DNA条形码技术甜瓜迷实蝇的分子鉴定 被引量:2
15
作者 陈光辉 张小菊 +1 位作者 李焱 王玉涛 《喀什大学学报》 2023年第3期49-55,共7页
以口岸截获的甜瓜迷实蝇蛹和成虫作为研究对象,提取其基因组DNA,检索ITS2、COI、COII、CYTB基因引物,PCR扩增后产物用双脱氧法测序,结合Genebank中的相关数据,借助生物信息学分析软件验证甜瓜迷实蝇分子鉴定序列,构建NJ系统进化树,分析... 以口岸截获的甜瓜迷实蝇蛹和成虫作为研究对象,提取其基因组DNA,检索ITS2、COI、COII、CYTB基因引物,PCR扩增后产物用双脱氧法测序,结合Genebank中的相关数据,借助生物信息学分析软件验证甜瓜迷实蝇分子鉴定序列,构建NJ系统进化树,分析遗传进化关系,以获得更多甜瓜迷实蝇快速鉴定的分子数据.结果表明,从甜瓜迷实蝇蛹和成虫中获得的8条序列,仅有COI基因达到鉴定标准;ITS2、COII、CYT-B基因未达到鉴定标准,并非数据质量不合格,而是NCBI数据库相关数据不足.由于研究扩增模板相同,此类序列为新发掘的甜瓜迷实蝇的序列,从NJ系统进化树聚类分析可以看出,这些序列均可作为甜瓜迷实蝇分子鉴定序列. 展开更多
关键词 甜瓜迷实蝇 分子鉴定 dna条形码技术
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基于DNA条码技术的高通量食品中动物源性成分的快速检测方法 被引量:1
16
作者 张先茂 颜庭林 《食品安全导刊》 2022年第10期116-118,124,共4页
本文应用DNA条码技术,研究通用引物,扩增动物源性加工食品中线粒体基因COI,开发检验快速、准确、低成本和高通量的食品中动物源性成分的快速检测方法。结果表明,该方法有很好的特异性,最低检出限为0.10 ng/μL,可以对未知、已知动物源... 本文应用DNA条码技术,研究通用引物,扩增动物源性加工食品中线粒体基因COI,开发检验快速、准确、低成本和高通量的食品中动物源性成分的快速检测方法。结果表明,该方法有很好的特异性,最低检出限为0.10 ng/μL,可以对未知、已知动物源性成分的食品进行快速、准确的定性、定量检测。 展开更多
关键词 dna条码技术 高通量快速检测 动物源性成分 通用引物
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DNA条形码在肉品防欺诈鉴别中的作用 被引量:2
17
作者 蒋炜丽 谢文佳 +1 位作者 张平 吴昊 《现代食品》 2016年第15期99-100,共2页
DNA条形码检测技术是一项便捷、稳定性高、检测成本低廉的新型肉制品质量检测技术,在市场中得到广泛应用。本文在前人研究的基础上对DNA条形码肉品检测技术的研究进展与应用进行探究,希望对我国食品安全工程的发展有一定的指导意义。
关键词 dna条形码 肉品 检测 研究进展
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我国新入侵外来害虫美洲棘蓟马的外部形态和分子鉴定 被引量:26
18
作者 魏书军 马吉德 +5 位作者 石宝才 宫亚军 刘静 康总江 陈学新 路虹 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期715-720,共6页
美洲棘蓟马Echinothrips americanus Morgan,1913是新入侵我国的种类。本文报道了该虫各发育阶段的外部形态和分子鉴定结果。首先利用体视显微镜对美洲棘蓟马不同虫态的外部形态进行了观察和拍照;再选择线粒体COⅠ基因中一段约430bp的... 美洲棘蓟马Echinothrips americanus Morgan,1913是新入侵我国的种类。本文报道了该虫各发育阶段的外部形态和分子鉴定结果。首先利用体视显微镜对美洲棘蓟马不同虫态的外部形态进行了观察和拍照;再选择线粒体COⅠ基因中一段约430bp的序列进行PCR扩增和测序,将所得序列用于蓟马种类的分子鉴定。使用不同的矩阵和系统发育构建方法对待鉴定的蓟马以及另外38种蓟马进行了聚类分析,结果表明:基于线粒体COⅠ基因第1和2编码位点,利用NJ法构建的系统发育树可以较好地区别不同蓟马种类,可作为调查我国蓟马种类和分布的快速方便方法。最后对美洲棘蓟马的基本生物学特性和防控对策进行了综述。 展开更多
关键词 美洲棘蓟马 入侵害虫 形态 分子鉴定 dna条形码 生物学
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峨嵋山区姜科药用植物ITS2序列分析 被引量:5
19
作者 任瑶瑶 江南屏 +3 位作者 张良 宋良科 刘睿颖 谭睿 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期217-223,共7页
目的:评价以ITS2序列作为DNA条形码对峨眉山地区姜科药用植物的鉴定。方法:于四川省峨眉山地区采集姜科药用植物样本43个,提取其基因组DNA,进行转录间隔区(ITS)2序列PCR扩增、测序,从GenBank上下载40条姜科植物ITS2序列;运用MEGA6.0软... 目的:评价以ITS2序列作为DNA条形码对峨眉山地区姜科药用植物的鉴定。方法:于四川省峨眉山地区采集姜科药用植物样本43个,提取其基因组DNA,进行转录间隔区(ITS)2序列PCR扩增、测序,从GenBank上下载40条姜科植物ITS2序列;运用MEGA6.0软件对所有样本序列种间和种内遗传距离进行计算分析,构建neighbor joining(NJ)系统进化树;利用TAXONDNA软件分析序列种内、种间变异并作barcoding gap分析;从ITS2数据库中预测并比较样本ITS2序列的二级结构差异。结果:姜科样本种间最小距离大于种内最大距离,有较为明显的barcoding gap;NJ进化树中各属样本分别聚山姜属(Alpinia),姜黄属(Curcuma),舞花姜属(Globba),姜花属(Hedychium),姜属(Zingiber)五大支,种内之间于各属分支中各聚为小支;各属及各种样本ITS2二级结构存在差异明显。结论:以ITS2序列作为DNA条形码,能够对姜科药用植物进行准确、快速的识别和鉴定,准确地弄清物种之间的系统进化关系,为该属药用植物的分布、种群及种群量研究提供指导,对其质量控制、安全用药及资源保护及合理开发利用提供理论依据。 展开更多
关键词 姜科 dna条形码 转录间隔区(ITS)2序列 二级结构 鉴定 资源调查
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ITS2条形码序列对海南大戟科植物的鉴定 被引量:6
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作者 李栎 徐腊红 唐历波 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2016年第9期1572-1577,共6页
目的利用DNA条形码技术评估ITS2序列对海南大戟科植物的鉴定能力。方法利用PCR测序法,对供试样本ITS2片段进行双向测序,所得序列经Codon Code Aligner拼接后,利用MEGA 6.0进行相关数据分析,构建邻接(NJ)树。利用TAXON DNA软件分析序列... 目的利用DNA条形码技术评估ITS2序列对海南大戟科植物的鉴定能力。方法利用PCR测序法,对供试样本ITS2片段进行双向测序,所得序列经Codon Code Aligner拼接后,利用MEGA 6.0进行相关数据分析,构建邻接(NJ)树。利用TAXON DNA软件分析序列种内、种间变异并作barcoding gap分析。从ITS2数据库中获得供试样本的预测ITS2二级结构。结果大戟科供试样本ITS2序列中变异位点与信息位点分别占总序列长度的84%和69.67%。供试各种在构建的NJ树中均各自成束,表现出单系性;基于ITS2序列的种内最大变异距离值0.067 3;种间最小变异距离值0.119 1,各ITS2二级结构种内无明显差异;种间存在明显差异。结论所得ITS2条形码序列对海南大戟科植物鉴定能力强,可作为DNA条形码序列对海南大戟科植物进行快速鉴定。 展开更多
关键词 大戟科 ITS2 dna条形码 鉴定 PCR测序
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