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基于生物信息学分析DFNA5基因在肝癌中的表达及其与预后的关系
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作者 李茵佳 杨雪佳 +1 位作者 李玉杰 周素芳 《临床医学进展》 2021年第4期1934-1943,共10页
目的:对DFNA5基因与肝癌的发生发展及临床治疗预后之间的关系进行分析及预测。方法:通过HPA、TCGA、Oncomine、CCLE和Kaplan Meier-plotter数据库,分析DFNA5基因在人体组织中的表达分布及其在肝癌中的表达,探讨DFNA5与生存预后的关系。... 目的:对DFNA5基因与肝癌的发生发展及临床治疗预后之间的关系进行分析及预测。方法:通过HPA、TCGA、Oncomine、CCLE和Kaplan Meier-plotter数据库,分析DFNA5基因在人体组织中的表达分布及其在肝癌中的表达,探讨DFNA5与生存预后的关系。结果:DFNA5在正常人体中的分布没有显著组织特异性,在肝脏中的表达量略高于中位值;DFNA5蛋白主要分布于细胞质基质中,其蛋白表达量在甲状腺肿瘤中为最高,在肝癌中的表达水平则位于17种常见肿瘤组织中的第6位;核酸表达水平则是在神经胶质瘤中最高,在肝癌中的RNA表达水平与大多数肿瘤类型无显著区别。生存分析中,DFNA5基因与患者的生存时间表现为负相关(P = 0.002),且与患者的性别分布有关,DFNA5的表达水平对于女性患者的生存预后有显著影响(P = 0.00013),但对于男性患者的影响不显著(P = 0.051)。结论:DFNA5在正常机体中的表达分布没有明显组织特异性;在不同肿瘤组织中表达状况不一,在肝癌组织中的表达水平要高于癌旁组织;蛋白分布定位于细胞质基质,其高表达与肝癌患者的不良生存预后有关。 展开更多
关键词 肝癌 生物信息学 dfna5 预后
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一个迟发性耳聋家系的DFNA5基因变异分析 被引量:1
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作者 王诺扬 陈灿明 +3 位作者 童鸣 李茜 刘琍 胡苏玮 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2021年第2期174-177,共4页
目的确定1个常染色体显性遗传性迟发性非综合征性耳聋(non-syndromic hearing loss,NSHL)家系的致病变异。方法收集先证者及其家系成员的临床资料,采集其外周血样,提取基因组DNA,应用核心家系全外显子组测序对先证者及其父母19396个基... 目的确定1个常染色体显性遗传性迟发性非综合征性耳聋(non-syndromic hearing loss,NSHL)家系的致病变异。方法收集先证者及其家系成员的临床资料,采集其外周血样,提取基因组DNA,应用核心家系全外显子组测序对先证者及其父母19396个基因的编码区及侧翼序列进行测序,寻找可能的致病变异。用Sanger测序法验证候选变异并对家系其他成员进行检测。结果发现先证者DFNA5基因第8内含子存在1个单碱基缺失杂合变异(c.1183+1delG p.?),该变异为父源性。结论应用核心家系全外显子组测序确定了1个迟发性NSHL家系的致病变异,为遗传咨询提供了依据。 展开更多
关键词 dfna5基因 非综合征性耳聋 全外显子组测序 常染色体显性遗传
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IVS8 + 1 DelG, a Novel Splice Site Mutation Causing DFNA5 Deafness in a Chinese Family 被引量:8
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作者 Mei-Na Li-Yang Xiao-Fei Shen +4 位作者 Qin-Jun Wei Jun Yao Ya-Jie Lu Xin Cao Guang-Qian Xing 《Chinese Medical Journal》 SCIE CAS CSCD 2015年第18期2510-2515,共6页
Background: Nonsyndrornic hearing loss (NSHL) is highly heterogeneous, in which more than 90 causative genes have currently been identified. DFNA5 is one of the deathess genes that known to cause autosomal dominant... Background: Nonsyndrornic hearing loss (NSHL) is highly heterogeneous, in which more than 90 causative genes have currently been identified. DFNA5 is one of the deathess genes that known to cause autosomal dominant NSHL. Until date, only five DFN.45 mutations have been described in eight families worldwide. In this study, we reported the identification of a novel pathogenic mutation causing DFNA5 deafness in a five-generation Chinese family. Methods: Alter detailed clinical evaluations of this family, the genomic DNA of three affected individuals was selected for targeted exome sequencing of 101 known deafness genes, as well as mitochondrial DNA and microRNA regions. Co-segregation analysis between the hearing loss and the candidate variant was confirmed in available family members by direct polymerase chain reaction (PCR)-Sanger sequencing. Real-time PCR (RT-PCR) was pertormed to investigate the potential effect of the pathogenic mutation on messenger RNA splicing. Results: Clinical evaluations revealed a similar deafness phenotype in this family to that of previously reported DFNA5 families with autosomal dominant, late-onset bearing loss. Molecular analysis identified a novel splice site mutation in DFNA5 intron 8 (IVSS+ 1 delG). The mutation segregated with the hearing loss of the family and was absent in 120 unrelated control DNA samples of Chinese origin. RT-PCR showed skipping of exon 8 in the mutant transcript. Conclusions: We identified a novel DFNA5 mutation IVS8+1 delG in a Chinese family which led to skipping ofexon 8. This is the sixth DFNA5 mutation relates to hearing loss and the second one in DFNA5 intron 8. Our findings provide further support to the hypothesis that the DFNA5-associated hearing loss represents a mechanism of gain-of-function. 展开更多
关键词 dfna5 Hearing Loss: Mutation: Targeted Genomic Capture
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GSDMDC家族的基因功能 被引量:3
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作者 孙乔 张令强 贺福初 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期596-600,共5页
GSDMDC家族是近年来发现的一个全新的含有Gasdermin结构域的蛋白超家族,包括DFNA5、DFNA5L、GSDM、GSDML和MLZE五个成员。研究表明GSDMDC家族可能与组织器官发育以及肿瘤,耳聋和脱发等遗传疾病相关,因而具有重要生理功能。其中,对该家族... GSDMDC家族是近年来发现的一个全新的含有Gasdermin结构域的蛋白超家族,包括DFNA5、DFNA5L、GSDM、GSDML和MLZE五个成员。研究表明GSDMDC家族可能与组织器官发育以及肿瘤,耳聋和脱发等遗传疾病相关,因而具有重要生理功能。其中,对该家族的DFNA5基因研究报道相对较多,它是常染色体显性非综合征性耳聋致病基因之一,并可能与黑色素瘤和乳腺癌相关。但对DFNA5基因在细胞和分子水平作用机制仍不清楚。对Gasdermin结构域的空间结构、特点、相互作用蛋白和生理功能也知之甚少。将来的研究将揭示此家族各成员的确切生理功能及其与疾病相关性。 展开更多
关键词 GSDMDC家族 dfna5 肿瘤 耳聋 脱发
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鬼臼苦素诱导Ph^(+)慢性髓系白血病细胞焦亡及其相关分子机制研究 被引量:1
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作者 陈丽丽 廖芬芳 +2 位作者 陈向洁 刘漫宇 王伟章 《广东药科大学学报》 CAS 2022年第3期1-5,共5页
目的 探讨鬼臼苦素(picropodophyllin, PPP)对费城染色体阳性(Ph^(+))慢性髓系白血病(chronic myeloid leukemia,CML)细胞系K562和Ku812细胞焦亡的作用及其分子机制,为将PPP开发成为治疗Ph^(+)CML药物提供理论依据。方法 流式细胞术检测... 目的 探讨鬼臼苦素(picropodophyllin, PPP)对费城染色体阳性(Ph^(+))慢性髓系白血病(chronic myeloid leukemia,CML)细胞系K562和Ku812细胞焦亡的作用及其分子机制,为将PPP开发成为治疗Ph^(+)CML药物提供理论依据。方法 流式细胞术检测PPP对K562和Ku812细胞死亡的影响以及Caspase泛抑制剂QVO对PPP诱导细胞死亡的影响;Western blot检测PPP对凋亡、焦亡和坏死性凋亡相关蛋白以及对Bcl-2家族蛋白表达的影响。结果 PPP呈剂量依赖性关系诱导CML细胞发生死亡,且相同剂量下PPP对Ku812细胞的作用明显强于K562细胞;QVO预处理Ku812细胞后,明显抑制PPP诱导细胞发生的死亡;PPP能够上调Ku812细胞中Bak蛋白的表达,诱导Caspase-3、7和9的活化以及非综合征性耳聋蛋白5(DFNA5/GSMDE)和PARP的切割;在K562细胞中,PPP能够抑制Mcl-1和Bcl-2蛋白的表达。结论 PPP能显著地诱导Ku812细胞发生焦亡,其机制可能是通过上调促凋亡蛋白Bak表达,进而活化Caspase-3并诱导焦亡相关蛋白DFNA5/GSMDE的切割。 展开更多
关键词 鬼臼苦素 PH 慢性髓系白血病 dfna5/GSDME 焦亡
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