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鸭星状病毒3型TaqMan探针荧光定量PCR检测方法的建立与应用 被引量：4
1
作者 傅秋玲 傅光华 +5 位作者 程龙飞 施少华 陈红梅 万春和 刘荣昌 黄瑜 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第7期1363-1368,共6页
根据已报道的鸭星状病毒3型(duck astrovirus-3,DAstV-3)毒株的nsp1a基因序列设计并合成特异性引物和探针,经优化反应条件建立一种以nsp1a基因为靶标的检测DAstV-3的TaqMan实时荧光定量PCR方法。结果显示,该方法的Ct与标准品模板浓度在2... 根据已报道的鸭星状病毒3型(duck astrovirus-3,DAstV-3)毒株的nsp1a基因序列设计并合成特异性引物和探针,经优化反应条件建立一种以nsp1a基因为靶标的检测DAstV-3的TaqMan实时荧光定量PCR方法。结果显示,该方法的Ct与标准品模板浓度在2.13×10^(1)~2.13×10^(7)拷贝/μL之间线性关系良好,相关系数R~2和扩增效率分别为0.997和1.09;该方法仅特异性检出DAstV-3核酸,而对其他鸭常见病毒核酸无扩增反应;最低检测下限为21.30拷贝/μL;组内和组间重复试验变异系数分别为0.58%~2.19%和0.68%~2.53%,均低于5.00%;利用所建方法对临床采集的231份疑似DAstV-3感染病料进行检测,发现DAstV-3的阳性率为57.10%(132/231)。结果表明,本试验所建方法操作简便、特异、敏感、重复性好,为DAstV-3的临床检测和流行病学调查提供技术支持。 展开更多
关键词 鸭星状病毒3型 nsp1a基因 TAQMAN 实时荧光定量PCR
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鸭星状病毒3型RT-RAA快速检测方法的建立 被引量：3
2
作者 邓春冉 张富友 +8 位作者 尚佳静 罗娟 于晓慧 蒋文明 刘华雷 王一新 刘冠慧 徐丽娜 李阳 《中国动物检疫》 CAS 2022年第11期105-110,共6页
鸭星状病毒是近年来危害我国鸭业发展的新发病原之一,给养鸭业造成了较大的经济损失,其中鸭星状病毒3型(DAstV-3)是近年来感染率较高的星状病毒。为实现DAstV-3的快速检测,根据DAstV-3的RNA依赖性核糖核酸聚合酶基因(RNA-dependent RNA ... 鸭星状病毒是近年来危害我国鸭业发展的新发病原之一,给养鸭业造成了较大的经济损失,其中鸭星状病毒3型(DAstV-3)是近年来感染率较高的星状病毒。为实现DAstV-3的快速检测,根据DAstV-3的RNA依赖性核糖核酸聚合酶基因(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)设计特异性探针与引物,建立了DAstV-3的荧光RT-RAA检测方法,并对该方法的特异性、灵敏性、重复性和临床适用性进行了评估。结果显示:建立的RT-RAA方法能够在39℃恒温条件下,在20 min内实现对DAstV-3的快速检测,与H9亚型禽流感病毒、新城疫病毒、鹅星状病毒、禽呼肠孤病毒等常见病毒均无交叉反应,最低检测限为10~1 copies/μL;临床样本检测发现RT-RAA方法阳性检出率高于常规RT-PCR方法,且检测时间较RT-PCR更短。结果表明,本研究建立的RT-RAA方法灵敏度高,特异性强,操作简便,临床适用性好,适合DAstV-3的现场快速检测。 展开更多
关键词 鸭星状病毒3型 RT-RAA 快速检测
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鸭星状病毒3型探针法荧光定量PCR检测方法的建立及应用 被引量：2
3
作者 罗娟 尚佳静 +7 位作者 张富友 邓春冉 王素春 于晓慧 蒋文明 刘华雷 刘冠慧 李阳 《中国动物检疫》 CAS 2023年第6期83-89,共7页
鸭星状病毒3型(duck astrovirus 3,DAstV-3)是近年来导致我国鸭群感染率和发病率均较高的一类星状病毒,对我国养鸭业的发展造成了一定影响。为实现DAstV-3的快速检测,根据GenBank中DAstV-3参考序列(KJ020899),针对ORF1b基因保守序列设... 鸭星状病毒3型(duck astrovirus 3,DAstV-3)是近年来导致我国鸭群感染率和发病率均较高的一类星状病毒,对我国养鸭业的发展造成了一定影响。为实现DAstV-3的快速检测,根据GenBank中DAstV-3参考序列(KJ020899),针对ORF1b基因保守序列设计并合成特异性引物和探针,建立了检测DAstV-3的荧光定量PCR方法。结果显示:该方法的标准曲线循环域值(Ct)与标准品模板浓度为1.0×10^(7)~1.0×10^(2) copies/μL时线性关系良好;特异性较好,仅能检测到DAstV-3,与鹅星状病毒1型、鹅星状病毒2型、鸭星状病毒4型、禽流感病毒、新城疫病毒、禽呼肠孤病毒等常见病毒均无交叉反应,最低检出限为10^(1) copies/μL;批内和批间重复试验变异系数(CV)均小于1.5%,稳定性和可重复性良好。利用建立的方法对128份临床样品进行检测,对鉴定为阳性的样品进行DAstV-3核酸扩增并送测序,并分析遗传进化关系及同源性,结果检出10份DAstV-3阳性样品,且阳性样品与参考株CPH在同一分支,核苷酸及推导氨基酸的同源性分别为94.7%~95.3%和94.5%~95.1%。结果表明,本研究成功建立了DAstV-3荧光定量PCR检测方法,可实现对DAstV-3的快速定量检测,为我国开展DAstV-3的分子流行病学调查和临床诊断提供了技术支撑。 展开更多
关键词 鸭星状病毒3型 荧光定量PCR 性能评估 遗传进化
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