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线粒体基因D—loop区在胃癌中的突变及多态性研究 被引量:3
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作者 余果宇 江萍 +1 位作者 李云峰 冯维杨 《昆明医学院学报》 2007年第5期8-12,共5页
目的线粒体基因(mitochondrialDNA,mtDNA)的突变通常被认为与肿瘤的形成有关,本研究检测胃癌组织mtDNA D—loop区的突变及多态性,以探讨两者的相关性.方法PCR扩增和测序检查胃癌组织和相应正常组织的线粒体基因D—loop区全序列,并与线... 目的线粒体基因(mitochondrialDNA,mtDNA)的突变通常被认为与肿瘤的形成有关,本研究检测胃癌组织mtDNA D—loop区的突变及多态性,以探讨两者的相关性.方法PCR扩增和测序检查胃癌组织和相应正常组织的线粒体基因D—loop区全序列,并与线粒体文库记录的Revised Cambridge Reference Se- quence(rCRS)进行比对分析.结果15例胃肿瘤中检测出mtDNA D—loop区的162个多态性变异,其中6个(3.7%)为新发现的变异.7例(46.7%)胃癌组织发现体细胞性突变共11次,突变热点集中在HVⅠ区(27.3%)和HVⅡ区(54.5%),并且HVⅡ区较HVⅠ区更易突变。结论D—loop区的高度多态性和突变与胃癌的发生具有相关性。 展开更多
关键词 线粒体基因 d—loop 胃癌 突变 多态性
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雷琼牛mtDNA D—loop遗传多态性研究 被引量:6
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作者 王朝锋 雷初朝 +3 位作者 陈宏 蔡欣 党瑞华 欧江涛 《黄牛杂志》 2005年第5期14-15,共2页
对雷琼牛6个个体的mtDNA D—loop区910bp进行分析,检测到2种单倍型,其核苷酸多态位点5个,约占所测核苷酸总长的0.55%,其中有2个转换,2个颠换,1个插入/缺失。雷琼牛mtDNA D—loop区核苷酸多样度(π值)为0.15%,单倍型多样度(H)... 对雷琼牛6个个体的mtDNA D—loop区910bp进行分析,检测到2种单倍型,其核苷酸多态位点5个,约占所测核苷酸总长的0.55%,其中有2个转换,2个颠换,1个插入/缺失。雷琼牛mtDNA D—loop区核苷酸多样度(π值)为0.15%,单倍型多样度(H)为0.33,表明雷琼牛mtDNA遗传多样性贫乏。经比较分析,雷琼牛起源于瘤牛。 展开更多
关键词 雷琼牛 MTdNA d-loop 多态性 单倍型 起源
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南阳牛mtDNA D—loop序列多态性分析 被引量:3
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作者 雷初朝 陈宏 +4 位作者 张志清 杨公社 雷雪芹 孙维斌 李瑞彪 《黄牛杂志》 2003年第1期11-15,共5页
本文对 3头南阳牛线粒体 DNA D- loop区 91 0 bp的核苷酸序列进行了分析。结果发现 ,3头南阳牛 D- loop区的核苷酸序列有 3种单倍型。南阳牛 1、2和 3号 D- loop区的平均核苷酸变异率分别为 0 .44%、4.84%和 0 .44% ,其高变区的平均核... 本文对 3头南阳牛线粒体 DNA D- loop区 91 0 bp的核苷酸序列进行了分析。结果发现 ,3头南阳牛 D- loop区的核苷酸序列有 3种单倍型。南阳牛 1、2和 3号 D- loop区的平均核苷酸变异率分别为 0 .44%、4.84%和 0 .44% ,其高变区的平均核苷酸变异率分别为 0 .81 %、7.5 7%和 0 .0 0 %。南阳牛 1号的核苷酸变异类型只有转换一种形式 ,南阳牛 2号的核苷酸变异类型有转换、颠换、插入和缺失四种形式 ,南阳牛 3号的核苷酸变异类型有转换和插入两种形式。在 3头牛的核苷酸变异类型中 ,均以转换最常见。说明南阳牛 mt DNA D- loop区表现出丰富的核苷酸变异多态性。从线粒体D- loop区核苷酸序列的 3种单倍型分析 ,提示南阳牛可能有两种不同的母系起源。 展开更多
关键词 南阳牛 线粒体dNA d-loop 多态性 黄牛
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线粒体DNA D-loop区单核苷酸多态性及拷贝数与皮肌炎发病风险关系 被引量:1
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作者 檀紫瑞 张晶晶 +2 位作者 贾园园 彭晨星 赵宇飞 《安徽医科大学学报》 北大核心 2025年第1期130-135,共6页
目的探究线粒体DNA(mtDNA)的D-loop区单核苷酸多态性(SNPs)和mtDNA拷贝数与皮肌炎(DM)发病风险的关系及其影响因素。方法收录74例DM患者和92例健康受试者,从外周血液中提取基因组DNA,利用PCR技术将mtDNA的D-loop区目的片段进行扩增,对... 目的探究线粒体DNA(mtDNA)的D-loop区单核苷酸多态性(SNPs)和mtDNA拷贝数与皮肌炎(DM)发病风险的关系及其影响因素。方法收录74例DM患者和92例健康受试者,从外周血液中提取基因组DNA,利用PCR技术将mtDNA的D-loop区目的片段进行扩增,对产物进行测序;应用高灵敏度活性氧(ROS)检测套件,测定血清ROS水平;采用流式免疫荧光微球技术测定细胞因子白细胞介素(IL)-5、IL-13、干扰素(IFN)-γ、IL-2、IL-6、IL-10、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、IL-4表达水平,使用Wilcoxon秩和检验评估细胞因子与DM风险相关SNPs的潜在相关性;进行实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)分析,测量mtDNA的相对拷贝数。结果DM患者组存在2个与其发病风险有关的多态性变异位点(16304T/C、16519T/C),线粒体D-loop区的等位基因16304C(χ^(2)=4.937,P=0.026)和16519C(χ^(2)=4.405,P=0.036)与DM患者发病风险有关;DM风险相关等位基因16304C与IL-4低表达相关(P=0.016)。DM患者中的mtDNA拷贝数高于对照组(P<0.001)。结论线粒体D-loop区SNPs可能是DM风险的潜在生物标志物,SNPs可能通过影响细胞因子参与DM的发生。DM的mtDNA拷贝数呈现高表达,mtDNA拷贝数的增加可能会导致线粒体功能障碍,从而引发DM的发病。 展开更多
关键词 皮肌炎 d-loop SNPS 细胞因子 ROS mtdNA拷贝数 发病风险
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基于D-loop区和cox1基因序列的江西9个地区草鱼养殖群体遗传多样性分析 被引量:1
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作者 侯佳浩 刘文玉 +7 位作者 吴春林 张明辉 李琳洁 王子予 黄培荧 范洪祥 简少卿 赵大显 《南昌大学学报(理科版)》 2025年第2期198-207,共10页
为评估江西省草鱼(Ctenopharyngodon idellus)养殖群体的种质资源现状,本研究采用线粒体D-loop区(309 bp)与细胞色素C氧化酶I(cox1)基因(527 bp)部分序列,对江西省9个草鱼繁育场(新干XG、吉安JA、峡江XJ、大余DY、宁都ND、瑞昌RC、上栗S... 为评估江西省草鱼(Ctenopharyngodon idellus)养殖群体的种质资源现状,本研究采用线粒体D-loop区(309 bp)与细胞色素C氧化酶I(cox1)基因(527 bp)部分序列,对江西省9个草鱼繁育场(新干XG、吉安JA、峡江XJ、大余DY、宁都ND、瑞昌RC、上栗SL、万载WZ、南昌NC)草鱼养殖群体进行遗传多样性分析。结果显示:D-loop区检测到225个多态性位点,分离出27个单倍型;cox1基因检测到73个多态性位点,分离出9个单倍型。两个标记的遗传多样性参数均处于较低水平:D-loop区单倍型多样性(Hd)0.067~0.515,核苷酸多样性(π)0.00012~0.03138,cox1基因Hd=0~0.331,π=0~0.00797。群体结构分析表明,群体间发生了不同程度的分化。遗传分化系数:D-loop区0~0.04783、cox1基因0~0.18190。分子方差分析(AMOVA)表明遗传变异主要源于群体内(D-loop区98.82%,cox1基因97.87%)。单倍型网络图与邻接法系统发育树均未呈现地理聚类特征,表明江西9个地区草鱼养殖群体遗传多样性较低,群体间分化匮乏。本研究中9个地区草鱼养殖群体遗传多样性背景,可以为江西草鱼种质资源保护与利用提供参考依据。 展开更多
关键词 草鱼 d-loop cox1基因 遗传多样性
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甘肃滩羊体线粒体DNA D-loop区遗传多样性及系统进化分析
6
作者 王燕燕 王珂 +5 位作者 徐建峰 石福岳 郭海龙 高登伟 顾玲荣 王胜明 《家畜生态学报》 北大核心 2025年第6期16-20,共5页
为了探讨甘肃滩羊的遗传多样性与母系起源,试验以甘肃环县、景泰县和靖远县的滩羊为研究对象,采用PCR扩增和直接测序法获得滩羊mtDNA D-loop区序列,分析其遗传多样性、遗传结构并构建系统发育树。结果显示,3个滩羊群体共存在7种不同长度... 为了探讨甘肃滩羊的遗传多样性与母系起源,试验以甘肃环县、景泰县和靖远县的滩羊为研究对象,采用PCR扩增和直接测序法获得滩羊mtDNA D-loop区序列,分析其遗传多样性、遗传结构并构建系统发育树。结果显示,3个滩羊群体共存在7种不同长度的mtDNA D-loop区序列,范围为1107~1183 bp,以1182 bp为主;3个群体的A、G、T、C、A+T、C+G平均含量分别为33.24%、14.29%、29.56%、22.88%、62.87%、37.18%,A+T含量明显高于C+G;共有154个变异位点,33种单倍型,3个滩羊群体mtDNA D-loop序列的Hd平均值为0.977,Pi平均值为0.035;系统发育分析显示,41只滩羊分为3个分支,表明甘肃滩羊可能存在3个母系起源。研究认为甘肃滩羊遗传多样性丰富,遗传稳定,存在3个母系起源。 展开更多
关键词 滩羊 mtdNA d-loop 遗传多样性 系统进化
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基于D-loop区多态性分析新疆地区7个哈萨克牛群体遗传结构和母系起源 被引量:1
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作者 王盼盼 沙拉玛提·波代 +2 位作者 巴合提·博代 李振伟 吾热力哈孜·哈孜汗 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第3期1166-1179,共14页
【目的】利用线粒体DNA(mtNDA)D-loop区序列多态性作为标记,探究新疆7个哈萨克牛群体间遗传结构和母系起源,为新疆黄牛品种合理利用和生物多样性保护提供资料。【方法】采集哈萨克牛血液提取DNA,测定179头哈萨克牛个体mtDNA D-loop序列... 【目的】利用线粒体DNA(mtNDA)D-loop区序列多态性作为标记,探究新疆7个哈萨克牛群体间遗传结构和母系起源,为新疆黄牛品种合理利用和生物多样性保护提供资料。【方法】采集哈萨克牛血液提取DNA,测定179头哈萨克牛个体mtDNA D-loop序列,利用SnapGene软件对所获序列与参考序列进行比对、校正,确定mtDNA D-loop区序列的长度和位置,并统计碱基含量;利用DnaSP 5.10软件统计哈萨克牛种群单核苷酸多态性(SNP)位点,并计算单倍型数(H)、核苷酸多样性(Pi)、单倍型多样度(Hd)等参数;利用Arlequin 3.0软件分析哈萨克牛种群的遗传结构;采用Mega 11.0软件计算mtDNA D-loop区哈萨克牛种群的遗传距离,并构建Neighbor-Joining(NJ)系统进化树。【结果】哈萨克牛群体mtDNA D-loop区全序列长909~911 bp,其A、G、T、C 4种碱基平均含量分别为32.8%、13.8%、28.8%和24.6%,AT含量高于GC含量,179个个体共检测到131个SNPs,其中变异位点占所测核苷酸全长的14.40%,定义了89种单倍型,Hd和Pi分别为0.974和0.01288,表明哈萨克牛群体的遗传多样性十分丰富。分子变异分析结果表明,97.13%的变异属于群体内,2.87%则来自群体间变异,遗传距离为0.0109~0.0186,群体间遗传分化指数(F st)为―0.0053~0.0782,且均无显著分化(P>0.05)。系统发生树显示,新疆地区7个哈萨克牛群体有普通牛和瘤牛两大母系起源。【结论】新疆地区哈萨克牛源于两个母系,遗传多样性丰富。尽管群体间存在遗传分化,但并未形成明显的地理隔离,且遗传结构差异正在缩小。本研究结果为保护和利用哈萨克牛遗传资源提供了理论依据。 展开更多
关键词 哈萨克牛 线粒体dNA d-loop 遗传多样性 系统进化
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基于mt Cytb、COX1与D⁃Loop基因的骨唇黄河鱼遗传多样性与系统发育分析
8
作者 刘珏巧 王廷宽 +5 位作者 张明盩 刘哲 权金强 张佳慧 邓倩 卢军浩 《甘肃农业大学学报》 北大核心 2025年第5期24-37,共14页
【目的】掌握骨唇黄河鱼(Chuanchia labiosa)其野生种质资源现状,了解其系统发育关系和进化状况。【方法】对野外采样的106尾骨唇黄河鱼进行mt DNA Cytb,COX1和D-Loop基因多样性对比。【结果】结果表明9个裂腹鱼亚科群体系统发育进化树... 【目的】掌握骨唇黄河鱼(Chuanchia labiosa)其野生种质资源现状,了解其系统发育关系和进化状况。【方法】对野外采样的106尾骨唇黄河鱼进行mt DNA Cytb,COX1和D-Loop基因多样性对比。【结果】结果表明9个裂腹鱼亚科群体系统发育进化树分为3大支,Network与系统发育树结果基本一致。骨唇黄河鱼Tajima’sD和Fu’sFs检验及错配分布分析均表明其经历过种群扩张,不同种群分离的时间可能与青藏高原地质运动有关。【结论】骨唇黄河鱼的遗传多样性相对较低,呈高单倍型多样度和低核苷酸多样度的特点。 展开更多
关键词 遗传多样性 骨唇黄河鱼 CYTB基因 COX1基因 d-loop基因
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中国驴种线粒体DNA D-loop多态性研究 被引量:33
9
作者 雷初朝 陈宏 +7 位作者 杨公社 孙维斌 雷雪芹 葛庆兰 王朝锋 吕宁 高雪 侯文通 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第5期481-486,共6页
利用ClustalW软件对我国5个家驴品种26个个体的mtDNAD loop区399bp序列进行同源序列比对,共检测到核苷酸多态位点23个,只有转换1种类型,约占所测核苷酸的5.76%。以欧洲驴D loop作对照,我国5个家驴品种D loop区序列的平均核苷酸变异率为1... 利用ClustalW软件对我国5个家驴品种26个个体的mtDNAD loop区399bp序列进行同源序列比对,共检测到核苷酸多态位点23个,只有转换1种类型,约占所测核苷酸的5.76%。以欧洲驴D loop作对照,我国5个家驴品种D loop区序列的平均核苷酸变异率为1.80%,其中凉州驴的平均核苷酸变异率为0.35%,云南驴为1.25%,关中驴为2.30%,新疆驴为2.91%,佳米驴为2.20%。家驴品种内与品种间mtDNAD loop区序列歧异度分别为0.25%~5.01%和4.51%~5.51%,说明家驴品种间D loop区序列多态性比较丰富。在所测家驴个体中,mtDNAD loop序列由11种单倍型组成,单倍型比例为42.31%,表明我国家驴mtDNA遗传多态性正逐步丧失,需要加强其种质资源保护。引用GenBank中亚洲野驴和欧洲家驴的序列,构建了我国5个家驴品种的NJ分子系统树,首次从分子水平证实中国家驴可能起源于非洲野驴,而与亚洲野驴无关。 展开更多
关键词 家驴 线粒体dNA d—loop 多态性 单倍型 起源
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基于线粒体DNA D-loop标记的华南地区4种鲤亚科鱼类遗传多样性分析 被引量:3
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作者 姚东林 张涛 朱静璇 《渔业研究》 2025年第1期11-18,共8页
【目的】研究华南地区鲤亚科鱼类的遗传多样性,为开展淡水鱼类的遗传育种工作提供参考。【方法】本研究采集位于海南省、广东省、广西壮族自治区的华南鲤(Cyprinus car-piorubrofuscus Lacepede)、尖鳍鲤(Cyprinus acutidorsalis Wang)... 【目的】研究华南地区鲤亚科鱼类的遗传多样性,为开展淡水鱼类的遗传育种工作提供参考。【方法】本研究采集位于海南省、广东省、广西壮族自治区的华南鲤(Cyprinus car-piorubrofuscus Lacepede)、尖鳍鲤(Cyprinus acutidorsalis Wang)、三角鲤(Cyprinus multita-eniata Pellegrin et Chevey)和须鲫(Carassioides cantonensis Heincke)4种鲤亚科鱼类的6个种群共156个样本,采用线粒体D-loop标记分析其遗传多样性。【结果】研究结果表明,华南鲤的海南、珠江和榕江3个种群的遗传多样性相对较高,其线粒体控制区的单倍型多样性分别为0.814、0.895和0.879;须鲫、尖鳍鲤和三角鲤的单倍型多样性较低,分别为0.748、0.794和0.536。华南鲤的遗传多样性较高,其中海南种群略低于珠江种群和榕江种群,可能与历史上的冰期活动和琼州海峡的阻隔有关。须鲫、尖鳍鲤和三角鲤三者的遗传多样性相对较低,这可能与3个物种本身的分布范围较小、生存能力较差有关。【意义】本研究结果为进一步探明华南地区鲤亚科鱼类的自然资源状况和开展淡水鱼类的遗传育种工作提供了重要的参考。 展开更多
关键词 华南鲤 尖鳍鲤 三角鲤 须鲫 d-loop 遗传多样性
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闽浙地区香鱼线粒体Cytb基因和D-loop区序列多态性分析 被引量:30
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作者 李娜 陈少波 +2 位作者 谢起浪 吕建新 管敏鑫 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2008年第7期919-925,共7页
对浙江瑞安、福建宁德、福建东张水库3个地理群体共31例香鱼(Plecoglossus altivelis)的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因和线粒体D-loop区序列进行了PCR扩增、序列测定、核苷酸组成和多态性分析。Cytb基因中,A、T、C和G4种核苷酸的比例分别... 对浙江瑞安、福建宁德、福建东张水库3个地理群体共31例香鱼(Plecoglossus altivelis)的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因和线粒体D-loop区序列进行了PCR扩增、序列测定、核苷酸组成和多态性分析。Cytb基因中,A、T、C和G4种核苷酸的比例分别为19.72%、29.71%、32.25%和18.32%,A+T含量为49.43%,G+C含量为50.57%。D-loop区序列中,A、T、C和G4种核苷酸的比例分别为29.99%、29.29%、23.80%和16.92%,A+T含量为59.28%,G+C含量为40.72%。在长度为1141bp的Cytb基因序列中,仅存在1个变异位点,核苷酸多样性指数(π值)为0.00028,31个样本中仅出现两种单倍型;857 bp 长的D-loop区序列中,仅存在5个变异位点,核苷酸多样性指数(π值)为0.00199,仅出现5种单倍型。这表明闽浙地区香鱼的遗传多样性水平很低,应当加大对香鱼的保护力度。 展开更多
关键词 香鱼 细胞色素B基因 d—loop 多态性 单倍型
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云南3个地方鸡群体mtDNA D-loop遗传多样性分析 被引量:18
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作者 苗永旺 孙利民 +5 位作者 王素芳 欧阳依娜 张永云 袁峰 和四池 李庆量 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期395-401,共7页
他留乌骨鸡、兰坪绒毛鸡和武定鸡为分布于云南西北部和中部地区的优良地方鸡遗传资源。本研究采用mt DNA母系遗传标记,对这3个地方鸡的群体遗传变异进行了检测和遗传多样性分析。在他留乌骨鸡中检测到33个核苷酸变异位点,共定义16种单倍... 他留乌骨鸡、兰坪绒毛鸡和武定鸡为分布于云南西北部和中部地区的优良地方鸡遗传资源。本研究采用mt DNA母系遗传标记,对这3个地方鸡的群体遗传变异进行了检测和遗传多样性分析。在他留乌骨鸡中检测到33个核苷酸变异位点,共定义16种单倍型,单倍型多样度为0.855±0.036,核苷酸多样度为0.017 15±0.000 58,群体内遗传距离为0.018±0.004;在兰坪绒毛鸡中发现18个核苷酸变异位点,共定义7种单倍型,单倍型多样度为0.545±0.079,核苷酸多样度为0.004 65±0.001 29,群体内遗传距离为0.005±0.001;在武定鸡中观测到36个变异位点,共定义26种单倍型,单倍型多样度为0.922±0.018,核苷酸多样度为0.015 34±0.000 80,群体内遗传距离为0.016±0.003。单倍型中介网络分析显示:他留乌骨鸡和武定鸡均包含A,B,E,F,G和H等6个母系世系,但各世系的构成比存在较大差异:他留乌骨鸡中A,B,E,F,G和H世系的构成比为35.19%,5.55%,5.55%,16.67%,27.78%,9.26%,而在武定鸡中却为34.72%,22.22%,12.50%,12.50%,15.28%,2.78%;兰坪绒毛鸡仅含有A,F和G等3个世系,构成比为2.13%,89.36%,8.51%,云南土著鸡血统占97.87%,主要由F世系构成。上述结果揭示云南3个地方鸡群体存在较大遗传分化,他留乌骨鸡和武定鸡群体变异丰富,兰坪绒毛鸡群体变异较为贫乏,但其母系遗传组成独特。本研究结果支持家鸡多个母系起源的论点。 展开更多
关键词 他留乌骨鸡 兰坪绒毛鸡 武定鸡 MTdNA d—loop 遗传多样性 遗传组成
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基于线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)序列分析瓢鸡的遗传多样性 被引量:34
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作者 贡潘偏抽 刘丽仙 +6 位作者 李大林 袁跃云 孙利民 杨润 刘文瑜 刘伟 苗永旺 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期211-214,223,共5页
采用PCR产物直接测序技术对云南省镇沅县50只瓢鸡样品的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)第Ⅰ高变区序列进行了分析。结果表明:在所分析的D-loop区序列中(520 bp),T,C,A,G平均含量分别为30.4%,29.6%,27.4%,12.6%;共检测到27个核苷酸多态位... 采用PCR产物直接测序技术对云南省镇沅县50只瓢鸡样品的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)第Ⅰ高变区序列进行了分析。结果表明:在所分析的D-loop区序列中(520 bp),T,C,A,G平均含量分别为30.4%,29.6%,27.4%,12.6%;共检测到27个核苷酸多态位点,其中24个为转换,3个为颠换,序列突变率为5.19%;序列存在13种单倍型,单倍型多样度(H)为0.883±0.028,核苷酸多样度(π值)为0.015 03±0.000 99,表明瓢鸡群体内遗传变异较丰富。瓢鸡样品可划分为A,B,E,F,G等5个世系,在NJ无根系统树上聚为5大枝,揭示瓢鸡在遗传组成上具有5个母系血统来源。 展开更多
关键词 瓢鸡 线粒体dNA d—loop 单倍型 遗传变异 核苷酸多样度
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3个群体草鱼mtDNAD-Loop的PCR-RFLP分析 被引量:21
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作者 吴海防 董仕 +1 位作者 单淇 谷口顺彦 《水产科学》 CAS 北大核心 2006年第4期184-188,共5页
采用PCR技术对江西瑞昌、湖南长沙、天津宁河3个群体的144尾草鱼线粒体DNA(m tDNA)D-Loop区段的限制性片段长度多态性(RFLP)进行了分析。PCR扩增出的m tDNA D-Loop区段,用11种核酸内切限制酶酶切。结果显示:扩增出的142尾试验鱼的m tDNA... 采用PCR技术对江西瑞昌、湖南长沙、天津宁河3个群体的144尾草鱼线粒体DNA(m tDNA)D-Loop区段的限制性片段长度多态性(RFLP)进行了分析。PCR扩增出的m tDNA D-Loop区段,用11种核酸内切限制酶酶切。结果显示:扩增出的142尾试验鱼的m tDNA D-Loop区段为1.6 kbp,长沙群体中的两尾为1.8kbp,个体间存在长度变异现象;6种限制酶具有酶切位点,共检测到两种单倍型,其中长沙群体中有长度变异的两尾为一种单倍型,142尾为另一种单倍型;瑞昌和宁河两群体内的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数均为0,长沙群体内的分别为0.0816、0.00315;长沙群体与瑞昌(或宁河)群体间的核苷酸歧化距离以及Rogers遗传距离分别为0.0000343和0.6783;χ2检验结果显示3个群体间的遗传差异不显著(P>0.05)。表明离草鱼m tDNA D-Loop区段的遗传多样性很低。 展开更多
关键词 草鱼 MTdNA d—loop PCR—RFLP 长度变异 遗传多样性
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鲫属鱼类线粒体D-loop区结构及其系统发育分析
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作者 周益成 邓彬华 +5 位作者 郑鹏 刘兰苑 陈锭娴 林胜跃 蔡国军 李强 《湖南农业科学》 2025年第9期77-82,共6页
鲫属鱼类广泛分布于亚欧地区,由于其外观形态复杂多变,且存在多种倍性和繁殖方式,其分类体系尚未达成共识。本研究采用PCR和基因测序技术,对金鱼、缩骨鲫、彭泽鲫鱼和鲫鱼4种鲫属鱼类线粒体D-loop区进行测序,并与NCBI上已发表的鱼类相... 鲫属鱼类广泛分布于亚欧地区,由于其外观形态复杂多变,且存在多种倍性和繁殖方式,其分类体系尚未达成共识。本研究采用PCR和基因测序技术,对金鱼、缩骨鲫、彭泽鲫鱼和鲫鱼4种鲫属鱼类线粒体D-loop区进行测序,并与NCBI上已发表的鱼类相关序列进行联合对比。结果表明:鲫属鱼类mtDNA D-loop序列长度为919~959 bp,A+T平均含量65.7%,呈现A+T碱基组成偏倚性;种间平均遗传距离为0.002~0.078,金鱼与缩骨鲫、彭泽鲫与方正银鲫D品系之间遗传距离最小,淇河鲫与黑鲫之间的遗传距离最大;基于邻接法构建的系统发育树显示,15种鲫属鱼类聚为4大支系,支系Ⅰ涵盖10种中国本土鲫鱼及选育种,支系Ⅱ为3种日本鲫鱼,支系Ⅲ为白鲫,支系Ⅳ为黑鲫;支系Ⅰ又可分为A、B和C 3个姐妹支系,其中金鱼与缩骨鲫存在较近的亲缘关系,彭泽鲫与银鲫存在较近的亲缘关系。 展开更多
关键词 鲫属鱼类 d-loop 系统发育
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基于D-LOOP基因的中国沿海鳓鱼(Ilisha elongata)种群遗传结构研究 被引量:17
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作者 吴常文 许逸天 +1 位作者 吕振明 张建设 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期330-337,共8页
采用线粒体控制区基因序列测定技术,分析了我国沿海重要经济鱼类鳓鱼4个地理群体的遗传结构及其变异。结果表明,我国的鳓鱼资源经过度捕捞后仍保持着丰富的遗传多样性,在检测的45个鳓鱼个体中共得到44个单倍型,单倍型多样性指数(H)高达0... 采用线粒体控制区基因序列测定技术,分析了我国沿海重要经济鱼类鳓鱼4个地理群体的遗传结构及其变异。结果表明,我国的鳓鱼资源经过度捕捞后仍保持着丰富的遗传多样性,在检测的45个鳓鱼个体中共得到44个单倍型,单倍型多样性指数(H)高达0.964—1.000,平均核苷酸多样性指数(Pi)高达0.0100—0.0152,鳓鱼种群的多样性还表现在线粒体控制区的序列长短上,研究表明,鳓鱼线粒体控制区存在一个40bp长度的重复序列,依据重复次数的多寡而造成鳓鱼个体间的显著差异;对鳓鱼群体的遗传结构进行检测发现,我国鳓鱼群体内部存在明显的遗传分化,青岛群体与广州、厦门、舟山3个群体之间分化系数Fst达0.5284(P<0.01),群体间基因流则仅有0.4463,而3个群体内部则基因流明显;AMOVA检测和聚类分析也证实了上述观点,遗传距离分析表明青岛群体和其它3个群体净遗传距离达到0.034,仍属于种内群体之间的分化水平,依据分子钟理论推断两群体间的分化时间为更新世晚期,可能由更新世晚期海平面的反复升降导致了这两个类群的隔离与分化,并依靠鳓鱼本身的生物学特性维持至今。 展开更多
关键词 鳓鱼 d—loop基因 遗传变异
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长江流域3个群体草鱼mtDNAD-loop区段的PCR-RFLP分析 被引量:11
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作者 谭书贞 董仕 +1 位作者 边春媛 谷口顺彦 《南开大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2007年第3期106-112,共7页
对采自长江流域湖北省监利县、江西省九江市以及江苏省扬州市邗江区3个群体的141尾草鱼线粒体 DNA 的 D-loop 区段进行 PCR 扩增,使用12种核酸内切限制酶酶切.结果显示,扩增出的140尾试验鱼的mtDNA D-loop 区段长度约为1.6kbp,监利群体... 对采自长江流域湖北省监利县、江西省九江市以及江苏省扬州市邗江区3个群体的141尾草鱼线粒体 DNA 的 D-loop 区段进行 PCR 扩增,使用12种核酸内切限制酶酶切.结果显示,扩增出的140尾试验鱼的mtDNA D-loop 区段长度约为1.6kbp,监利群体中的1尾约为1.8kbp,个体间存在长度变异现象;6种限制酶具有酶切位点,共检测到两种单倍型,其中监利群体中有长度变异的1尾为一种单倍型,另外140尾为另一种单倍型.依据单倍型频率的组成情况计算出九江和邗江两群体内的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数均为0,监利群体内的分别为0.0466、0.00180;监利群体与邗江(或九江)群体间的 Rogers 遗传距离为0.0403;x^2检验结果显示3个群体间的遗传差异不显著(P>0.05).这些结果表明草鱼 mtDNA D-loop 区段的遗传多样性很低. 展开更多
关键词 草鱼 MTdNA d—loop PCR—RFLP Rogers遗传距离 长度变异
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基于线粒体D-loop基因序列研究我国5种虾虎鱼类的系统进化关系 被引量:12
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作者 侯新远 祝斐 +6 位作者 张丽娟 尹绍武 胡亚丽 贾一何 李丽 汪亚媛 张国松 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2013年第1期1-7,共7页
利用PCR技术扩增河川沙塘鳢(Odontobutis potamophila)、鸭绿沙塘鳢(Odontobutis yaluensis)、中华沙塘鳢(Odontobutis sinensis)、葛氏鲈塘鳢(Perccottus glenii)及尖头塘鳢(Eleotris oxycephala)的线粒体D-loop区并测序,获得河川沙塘... 利用PCR技术扩增河川沙塘鳢(Odontobutis potamophila)、鸭绿沙塘鳢(Odontobutis yaluensis)、中华沙塘鳢(Odontobutis sinensis)、葛氏鲈塘鳢(Perccottus glenii)及尖头塘鳢(Eleotris oxycephala)的线粒体D-loop区并测序,获得河川沙塘鳢、鸭绿沙塘鳢、中华沙塘鳢、葛氏鲈塘鳢及尖头塘鳢线粒体D-loop区全序列分别为853bp、853bp、1028bp、852bp、848bp,结合GenBank中平头沙塘鳢(Odontobutis platycephala)、刺盖塘鳢(Eleotris acanthopoma)、黑体塘鳢(Eleotris melanosoma)、褐塘鳢(Eleotris fusca)、中华乌塘鳢(Bostrychussinensis)、云斑尖塘鳢(Oxyeleotris marmorata)、溪鳢(Rhyacichthys aspro))等7种虾虎鱼类同源的D-loop区序列,分析了这12种虾虎鱼类的系统发育关系。所使用的同源序列长度为832~846bp,其中保守位点452个,变异位点405个,简约信息位点258个,单态位点145个,转换/颠换平均值为0.8。基于Kimura2-parameter模型的12种虾虎鱼类遗传距离范围为0.043~0.312,在Kimura2-parameter模型构建的邻接树和非加权配对法系统树中,河川沙塘鳢、鸭绿沙塘鳢、中华沙塘鳢、平头沙塘鳢聚为一大支,刺盖塘鳢、黑体塘鳢、褐塘鳢、尖头塘鳢、溪鳢、葛氏鲈塘鳢聚为另一支。 展开更多
关键词 虾虎鱼类 d—loop 系统进化
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波纹唇鱼mtDNA D-loop序列变异分析 被引量:7
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作者 胡静 齐兴柱 +4 位作者 尹绍武 骆剑 朱晓平 祝斐 胡亚丽 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期50-56,共7页
为研究波纹唇鱼(Cheilinus undulatus)线粒体D-loop序列遗传多样性,作者采用聚合酶链式反应和克隆技术对海波纹唇鱼群体(n=25)的mtDNA D-loop序列进行克隆和测序,获得长度大约为1 400 bp的产物。用ClustalX软件进行排序比较,将结果导入M... 为研究波纹唇鱼(Cheilinus undulatus)线粒体D-loop序列遗传多样性,作者采用聚合酶链式反应和克隆技术对海波纹唇鱼群体(n=25)的mtDNA D-loop序列进行克隆和测序,获得长度大约为1 400 bp的产物。用ClustalX软件进行排序比较,将结果导入MEGA5.0,结果显示出在这25尾个体中,共检测出66个变异位点,包括0个碱基缺失,4个碱基插入,59转换位点,2颠换位点及1个转换和颠换同时存在的位点。并用MEGA5.0软件构建该群25尾个体的NJ和UPGMA系统树。由DNASP软件计算出该波纹唇鱼群体的多态位点数(S)为62,核苷酸多样性(Pi)为0.00606,平均核苷酸差异数为6.907。结果表明波纹唇鱼群体的mtDNA-loop基因个体差异程度不明显。 展开更多
关键词 波纹唇鱼(Cheilinus undulatus) MTdNA d—loop 遗传多样性
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基于D-loop区序列分析的四川省三个地方鸡种遗传多样性及母系亲缘关系研究 被引量:12
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作者 蒋利 蒋小松 +5 位作者 熊斌 王康环 王海 刘光伟 任冰冰 徐亚欧 《中国家禽》 北大核心 2013年第18期10-14,共5页
为研究四川省少数民族地区泸宁鸡、米易鸡、草科鸡的遗传多样性及母系亲缘关系,通过PCR扩增、产物回收、测序的方法,获得各鸡种30个样本的mtDNA D-loop区的部分序列,利用DNAMAN、MEGA5、DnaSP、Network等生物信息学软件对测序结果进行... 为研究四川省少数民族地区泸宁鸡、米易鸡、草科鸡的遗传多样性及母系亲缘关系,通过PCR扩增、产物回收、测序的方法,获得各鸡种30个样本的mtDNA D-loop区的部分序列,利用DNAMAN、MEGA5、DnaSP、Network等生物信息学软件对测序结果进行分析。对90个个体mtDNA D-loop区589 bp的片段通过数据分析及聚类分析,构建了单倍型网络关系图及品种聚类图等。泸宁鸡、米易鸡、草科鸡具有较近的亲缘关系,推测3个地方鸡种起源于分布在印度支那半岛、泰国、苏门答腊的红原鸡Gallus gallus gallus亚种。 展开更多
关键词 遗传多样性 母系亲缘关系 mtdNA d—loop 地方鸡品种
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