【目的】应用多种分子标记,评估其在鉴定广州市花都区花山镇野鼠粪便中的广州管圆线虫的有效性,并分析野鼠的感染状况。【方法】捕获广州花都区花山镇128只野鼠,采集野鼠粪便,采用FastDNA SPIN Kit for Soil试剂盒提取粪便总DNA,通过PC...【目的】应用多种分子标记,评估其在鉴定广州市花都区花山镇野鼠粪便中的广州管圆线虫的有效性,并分析野鼠的感染状况。【方法】捕获广州花都区花山镇128只野鼠,采集野鼠粪便,采用FastDNA SPIN Kit for Soil试剂盒提取粪便总DNA,通过PCR扩增获得cytb、cox I和ITS2片段,PCR产物经测序鉴定,并对测序产物进行系统发育分析。【结果】通过PCR扩增和测序鉴定,仅有5份样本扩增出的cytb序列没有套峰,可以准确鉴定为广州管圆线虫。结果表明该地区褐家鼠的广州管圆线虫感染率为7.58%(5/66),而黄胸鼠、黄毛鼠、臭鼩鼱及板齿鼠中未检测到cytb序列,表明褐家鼠是广州管圆线虫的适宜宿主,且cytb序列适用于从野鼠粪便中鉴定广州管圆线虫的感染情况。【结论】Cytb序列是鉴定野鼠粪便中广州管圆线虫的良好分子标记,可以用于长期监测野鼠中的广州管圆线虫流行情况和危害潜力。展开更多
本研究旨在探究豫西脂尾羊线粒体Cytb基因的遗传多样性及其与其他绵羊品种的系统发育关系。研究选取了30只豫西脂尾羊作为研究对象,通过PCR扩增和产物测序技术对其线粒体Cytb基因(Cytochrome B Gene)进行分析。结果显示,所检测的样本中...本研究旨在探究豫西脂尾羊线粒体Cytb基因的遗传多样性及其与其他绵羊品种的系统发育关系。研究选取了30只豫西脂尾羊作为研究对象,通过PCR扩增和产物测序技术对其线粒体Cytb基因(Cytochrome B Gene)进行分析。结果显示,所检测的样本中共发现4种单倍型,涉及4个简约信息位点,单倍型多样度(Hd)为0.637,核苷酸多样度(Pi)为0.002。随后,将豫西脂尾羊Cytb基因全序列与GenBank数据库中其他23个绵羊品种的Cytb基因进行了序列对比,并利用基于邻接法(NJ法)和最大似然法(ML法)构建了NJ树和ML树,研究了豫西脂尾羊种群间的系统发生关系。结果显示,豫西脂尾羊在系统进化树中分别聚为2个支系,推测豫西脂尾羊存在2个母系起源。展开更多
【目的】掌握骨唇黄河鱼(Chuanchia labiosa)其野生种质资源现状,了解其系统发育关系和进化状况。【方法】对野外采样的106尾骨唇黄河鱼进行mt DNA Cytb,COX1和D-Loop基因多样性对比。【结果】结果表明9个裂腹鱼亚科群体系统发育进化树...【目的】掌握骨唇黄河鱼(Chuanchia labiosa)其野生种质资源现状,了解其系统发育关系和进化状况。【方法】对野外采样的106尾骨唇黄河鱼进行mt DNA Cytb,COX1和D-Loop基因多样性对比。【结果】结果表明9个裂腹鱼亚科群体系统发育进化树分为3大支,Network与系统发育树结果基本一致。骨唇黄河鱼Tajima’sD和Fu’sFs检验及错配分布分析均表明其经历过种群扩张,不同种群分离的时间可能与青藏高原地质运动有关。【结论】骨唇黄河鱼的遗传多样性相对较低,呈高单倍型多样度和低核苷酸多样度的特点。展开更多
研究以海南陵水、马来西亚、西沙、南沙4个海域共101尾波纹唇鱼作为研究对象,通过线粒体DNA的COⅠ和Cytb基因序列分析方法对波纹唇鱼进行了遗传多样性研究。经PCR扩增、克隆与序列测定,分别获得1560 bp COⅠ基因和1141 bp Cytb基因序列...研究以海南陵水、马来西亚、西沙、南沙4个海域共101尾波纹唇鱼作为研究对象,通过线粒体DNA的COⅠ和Cytb基因序列分析方法对波纹唇鱼进行了遗传多样性研究。经PCR扩增、克隆与序列测定,分别获得1560 bp COⅠ基因和1141 bp Cytb基因序列。两者多态性遗传参数统计显示,101尾个体分别存在23(COⅠ)和30(Cytb)个变异位点,分别检测出20(COⅠ)和27(Cytb)个单倍型,总群体单倍型多样性(Hd)分别为0.629(COⅠ)和0.755(Cytb),平均核苷酸差异数(K)分别为1.195(COⅠ)和1.424(Cytb),核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.00077(COⅠ)和0.00126(Cytb)。分子方差分析(AMOVA)结果分别为26.26%(COⅠ)和4.22%(Cytb)的变异来自群体间,73.74%(COⅠ)和95.78%(Cytb)的变异来自群体内。同时,两个基因的单倍型网络图呈星状放射结构,不同地理来源的单倍型无明显分支,呈交错分布,没有体现地理差异性。研究初步认为,波纹唇鱼的遗传多样性处于较低水平,遗传分化存在但不显著,该结果可为今后波纹唇鱼的种质资源保护工作提供必要的科学依据。展开更多
文摘本研究旨在探究豫西脂尾羊线粒体Cytb基因的遗传多样性及其与其他绵羊品种的系统发育关系。研究选取了30只豫西脂尾羊作为研究对象,通过PCR扩增和产物测序技术对其线粒体Cytb基因(Cytochrome B Gene)进行分析。结果显示,所检测的样本中共发现4种单倍型,涉及4个简约信息位点,单倍型多样度(Hd)为0.637,核苷酸多样度(Pi)为0.002。随后,将豫西脂尾羊Cytb基因全序列与GenBank数据库中其他23个绵羊品种的Cytb基因进行了序列对比,并利用基于邻接法(NJ法)和最大似然法(ML法)构建了NJ树和ML树,研究了豫西脂尾羊种群间的系统发生关系。结果显示,豫西脂尾羊在系统进化树中分别聚为2个支系,推测豫西脂尾羊存在2个母系起源。
文摘【目的】掌握骨唇黄河鱼(Chuanchia labiosa)其野生种质资源现状,了解其系统发育关系和进化状况。【方法】对野外采样的106尾骨唇黄河鱼进行mt DNA Cytb,COX1和D-Loop基因多样性对比。【结果】结果表明9个裂腹鱼亚科群体系统发育进化树分为3大支,Network与系统发育树结果基本一致。骨唇黄河鱼Tajima’sD和Fu’sFs检验及错配分布分析均表明其经历过种群扩张,不同种群分离的时间可能与青藏高原地质运动有关。【结论】骨唇黄河鱼的遗传多样性相对较低,呈高单倍型多样度和低核苷酸多样度的特点。
文摘研究以海南陵水、马来西亚、西沙、南沙4个海域共101尾波纹唇鱼作为研究对象,通过线粒体DNA的COⅠ和Cytb基因序列分析方法对波纹唇鱼进行了遗传多样性研究。经PCR扩增、克隆与序列测定,分别获得1560 bp COⅠ基因和1141 bp Cytb基因序列。两者多态性遗传参数统计显示,101尾个体分别存在23(COⅠ)和30(Cytb)个变异位点,分别检测出20(COⅠ)和27(Cytb)个单倍型,总群体单倍型多样性(Hd)分别为0.629(COⅠ)和0.755(Cytb),平均核苷酸差异数(K)分别为1.195(COⅠ)和1.424(Cytb),核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.00077(COⅠ)和0.00126(Cytb)。分子方差分析(AMOVA)结果分别为26.26%(COⅠ)和4.22%(Cytb)的变异来自群体间,73.74%(COⅠ)和95.78%(Cytb)的变异来自群体内。同时,两个基因的单倍型网络图呈星状放射结构,不同地理来源的单倍型无明显分支,呈交错分布,没有体现地理差异性。研究初步认为,波纹唇鱼的遗传多样性处于较低水平,遗传分化存在但不显著,该结果可为今后波纹唇鱼的种质资源保护工作提供必要的科学依据。
