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基于加权Context建模的DNA序列压缩算法 被引量：3
1
作者 陈旻 王开云 +1 位作者 贾学明 薛洁 《昆明学院学报》 2014年第3期81-84,共4页
给出一种基于自适应Context加权的细菌DNA序列压缩算法.不同阶数的Context模型用于描述碱基符号间的关联程度.通过加权的方式将各阶模型进行组合,构建用于驱动算术编码器的条件概率分布.各阶模型对应权值由其相应自适应码长决定.在编码... 给出一种基于自适应Context加权的细菌DNA序列压缩算法.不同阶数的Context模型用于描述碱基符号间的关联程度.通过加权的方式将各阶模型进行组合,构建用于驱动算术编码器的条件概率分布.各阶模型对应权值由其相应自适应码长决定.在编码过程中,权值能够根据各阶模型获得的统计计数值自适应更新.实验结果表明,该方法能够获得比其他加权Context建模基因组序列压缩算法更好的压缩效率. 展开更多
关键词 context建模 DNA序列压缩 自适应码长
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基于Context建模熵编码的基因组序列应用
2
作者 陈慧 《科技资讯》 2021年第9期25-27,共3页
该文通过将生物学特征和生物学含义引入DNA序列数据的压缩处理中,提出了基于生物信息学特征的基因组序列的Context建模熵编码技术,拟结合基因组序列特点,研究针对基因组序列的Context建模熵编码技术。在算法中DNA序列根据组成部分生物... 该文通过将生物学特征和生物学含义引入DNA序列数据的压缩处理中,提出了基于生物信息学特征的基因组序列的Context建模熵编码技术,拟结合基因组序列特点,研究针对基因组序列的Context建模熵编码技术。在算法中DNA序列根据组成部分生物学含义的不同切分重组为4个集合:编码序列CDS集合、内含子序列集合、RNA序列集合以及剩余序列的集合。根据各集合中序列的具体生物学特征分别进行预处理,并通过熵编码算法进行压缩。实验结果表明,该算法在基准测试序列上的压缩性能优于原有的DNA序列压缩方法,特别是对于生物信息学特征清晰的长序列,算法能够在较短的时间内获得较高的压缩率。 展开更多
关键词 基因组序列 context建模 熵编码 集合
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基于Context量化和空间co-location模式的熵编码在基因组压缩中的应用
3
作者 陈慧 王丽珍 《中国科技信息》 2025年第13期135-137,共3页
1背景随着大数据和云计算等信息处理技术日趋应用广泛,熵编码日益普遍,它是以信息的概率分布特性作为编码的依据,是一种无失真的信源压缩和一种无损的压缩编码。然而在实际应用中,这些条件概率分布事先并不知道,需要通过估计得到。对条... 1背景随着大数据和云计算等信息处理技术日趋应用广泛,熵编码日益普遍,它是以信息的概率分布特性作为编码的依据,是一种无失真的信源压缩和一种无损的压缩编码。然而在实际应用中,这些条件概率分布事先并不知道,需要通过估计得到。对条件概率分布进行估计的过程称为Context建模。已有一些现成的基因组序列压缩工具可供使用,但这些工具并不针对特定基因组序列。因此,基于Context建模熵编码技术的生物基因组序列研究仍具有重要的理论意义。 展开更多
关键词 context建模 空间co-location模式 熵编码 基因组压缩
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Context模型奇异测度及其在量化中的应用 被引量：2
4
作者 陈旻 王开云 +1 位作者 贾学明 赵卿 《昆明学院学报》 2015年第3期105-109,125,共6页
使用聚类算法实现Context量化不仅可以推广量化器的应用范围,而且可以获得编码性能较理想的优化量化器.然而,聚类算法依赖于相似测度.前期研究中采用的描述长度增量不能完全满足相似测度的各项属性,从而导致聚类结果的性能偏差.因此,提... 使用聚类算法实现Context量化不仅可以推广量化器的应用范围,而且可以获得编码性能较理想的优化量化器.然而,聚类算法依赖于相似测度.前期研究中采用的描述长度增量不能完全满足相似测度的各项属性,从而导致聚类结果的性能偏差.因此,提出数学描述特性更好的奇异测度增量作为两个计数向量的相似测度,并说明其相应性质.实验结果证明,使用奇异测度增量作为相似测度,不仅能够保证Context量化器的稳定性,而且还获得更佳的编码结果. 展开更多
关键词 context建模 熵编码 描述长度 奇异测度
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