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MSCs心肌样细胞分化过程中GCN5募集促分化相关蛋白的筛选 被引量：5
1
作者 周娜 朱静 +4 位作者 田杰 李娅莎 邓兵 张亚兰 智深深 《中国细胞生物学学报》 CAS CSCD 2010年第1期61-68,共8页
筛选并分析间充质干细胞(mesenchymal stem cells,MSCs)诱导分化为心肌样细胞过程中GCN5招募促分化相关蛋白集合体的组成。免疫荧光细胞化学、实时荧光定量PCR鉴定MSCs经5-氮杂胞苷(5-azacytidine,5-azaC)诱导分化为心肌样细胞;免疫共... 筛选并分析间充质干细胞(mesenchymal stem cells,MSCs)诱导分化为心肌样细胞过程中GCN5招募促分化相关蛋白集合体的组成。免疫荧光细胞化学、实时荧光定量PCR鉴定MSCs经5-氮杂胞苷(5-azacytidine,5-azaC)诱导分化为心肌样细胞;免疫共沉淀技术分离、串联质谱鉴定GCN5募集蛋白集合体组成,并从心肌细胞分化角度筛选、验证分化相关蛋白因子。MSCs经5-azaC诱导分化的心肌样细胞表达心肌特异性基因GATA4、MEF2C和心肌细胞结构、功能蛋白cTnt、MHC和Cx43;筛选、验证出心肌细胞分化相关GCN5招募蛋白归类为:(1)DNA结合蛋白Sp1/KLF;(2)转录辅激活子PGC-1α和Rb1;(3)转录延伸复合体组成成分以及信号通路蛋白Akt。通过筛选获得MSCs经诱导向心肌样细胞分化过程中心肌分化相关蛋白因子,为进一步研究干细胞分化信号传导途径、特异性生物靶点干预以及提高干细胞分化效率打下了基础。 展开更多
关键词 间充质干细胞 分化 组蛋白乙酰转移酶GCN5 Co—IP MS/MS
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免疫沉淀——质谱联用揭示RCC2在乳腺癌MDA-MB-468细胞系中的新功能 被引量：1
2
作者 陈震 陈恒星 胡开顺 《肿瘤防治研究》 CAS CSCD 2019年第9期773-777,共5页
目的分析RCC2蛋白在乳腺癌MDA-MB-468细胞系中的互作蛋白组并揭示其功能调控网络。方法运用酶切技术结合一代测序构建携带Flag标签RCC2蛋白过表达载体,慢病毒包装感染构建Flag-RCC2过表达的MDA-MB-468稳转细胞株。采用Flag抗体凝胶珠亲... 目的分析RCC2蛋白在乳腺癌MDA-MB-468细胞系中的互作蛋白组并揭示其功能调控网络。方法运用酶切技术结合一代测序构建携带Flag标签RCC2蛋白过表达载体,慢病毒包装感染构建Flag-RCC2过表达的MDA-MB-468稳转细胞株。采用Flag抗体凝胶珠亲和沉淀,收集蛋白样品进行高敏感度质谱鉴定。生物信息蛋白组学分析互作蛋白组,包括GO注释,KEGG通路富集,构建蛋白互作网络(PPIN)。结果高可信度164个蛋白聚类分析显示,RCC2及其互作蛋白显著富于核糖体相关通路中,具有RNA与核蛋白体结合能力,揭示其参与蛋白翻译与成熟的过程。结论成功鉴定RCC2互作蛋白组,揭示RCC2在乳腺癌细胞中发挥新的翻译调控功能。 展开更多
关键词 RCC2 乳腺癌 co-ip-ms 蛋白翻译
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鲍曼不动杆菌感染HeLa细胞与YY1互作的差异蛋白鉴定
3
作者 丁文一 安志远 《生物技术》 CAS 2023年第1期9-13,共5页
[目的]鉴定鲍曼不动杆菌感染HeLa细胞前后与YY1互作的差异蛋白。[方法]用脂质体转染法在HeLa细胞中过表达YY1;之后用Co-IP技术捕获与YY1相互作用的蛋白质;最后利用高效液相色谱质谱联用技术鉴定互作差异蛋白。用GO注释和KEGG分析预测蛋... [目的]鉴定鲍曼不动杆菌感染HeLa细胞前后与YY1互作的差异蛋白。[方法]用脂质体转染法在HeLa细胞中过表达YY1;之后用Co-IP技术捕获与YY1相互作用的蛋白质;最后利用高效液相色谱质谱联用技术鉴定互作差异蛋白。用GO注释和KEGG分析预测蛋白质的功能。[结果]经Co-IP和蛋白银染发现鲍曼不动杆菌感染组和YY1捕获组与IgG组比较在45~55 kDa和70~100 kDa处有明显的差异条带;质谱结果显示YY1捕获组的特有蛋白有81个,GO注释和KEGG分析表明这些差异蛋白定位于细胞核及核膜,具有RNA结合功能,主要参与了RNA剪切的生物学过程;与IgG组和YY1捕获组比较在鲍曼不动杆菌感染组中获得了SFRS4、CPSF2、LUC7L2和U2AF65这些差异蛋白。GO注释和KEGG分析表明这些差异蛋白定位于细胞核散斑,具有RNA结合功能,主要参与了mRNA剪切和核输出的生物学过程。[结论]鲍曼不动杆菌感染的HeLa细胞中与YY1作用的蛋白均参与了RNA剪切过程,提示鲍曼不动杆菌很可能利用这些蛋白来调节YY1,为进一步研究鲍曼不动杆菌与YY1的相互作用机制奠定了基础。 展开更多
关键词 鲍曼不动杆菌 转录因子YY1 Co-IP/MS技术 HELA细胞 生信分析
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肝癌细胞中VIPR1互作蛋白质谱分析及肝癌预后模型的构建 被引量：1
4
作者 王小燕 张豪 +1 位作者 郭泽皓 莫之婧 《现代肿瘤医学》 CAS 北大核心 2023年第17期3176-3182,共7页
目的:寻找与血管活性肠肽受体1(vasoactive intestinal peptide receptor 1,VIPR1)相互作用的蛋白并构建肝细胞肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)预后模型。方法:采用免疫共沉淀技术(Co-immunoprecipitation,Co-IP)筛选Flag标签抗体... 目的:寻找与血管活性肠肽受体1(vasoactive intestinal peptide receptor 1,VIPR1)相互作用的蛋白并构建肝细胞肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)预后模型。方法:采用免疫共沉淀技术(Co-immunoprecipitation,Co-IP)筛选Flag标签抗体结合的蛋白复合体,采用SDS-PAGE银染实验和Western blot进行验证,采用质谱分析(liquid chromatograph-mass spectrometer,LC-MS)获得VIPR1的互作蛋白,采用生物信息学软件和癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas project,TCGA)数据库筛选hub互作蛋白、富集分析、构建HCC预后模型并采用国际癌症基因组联盟(International Cancer Genome Consortium,ICGC)中LIHC数据和GSE14520数据集作为外部数据对其预测准确性进行验证。结果:得到196个VIPR1的互作蛋白,筛选出8个关键模块共104个hub互作蛋白,主要与细胞骨架、核糖体的功能和细胞免疫密切相关,获得7个关键蛋白并构建了HCC预后Lasso回归模型,随后在两个外部数据集中验证了该模型在预测HCC预后方面具有可接受的准确性及临床适用性。结论:VIPR1的互作蛋白可促进HCC发生发展,其中关键蛋白构建的HCC预后模型有良好的准确性。 展开更多
关键词 VIPR1 HCC 免疫共沉淀 质谱 预后
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