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高通量互作蛋白组图谱研究揭示U6 snRNA在肿瘤细胞中多维度调控mRNA加工成熟过程 被引量：1
1
作者 杨芝芝 杨兵 +1 位作者 田彬 廖建友 《岭南现代临床外科》 2022年第1期42-50,共9页
目的采用ChIRP技术纯化肿瘤细胞中内源U6 snRNA(简称U6)互作蛋白,结合高灵敏度液相色谱-质谱联用技术对所获得的互作蛋白组进行鉴定,系统揭示U6参与肿瘤细胞中新的生物学功能和分子调控机制。方法合成含生物素标记的U6特异性探针,利用... 目的采用ChIRP技术纯化肿瘤细胞中内源U6 snRNA(简称U6)互作蛋白,结合高灵敏度液相色谱-质谱联用技术对所获得的互作蛋白组进行鉴定,系统揭示U6参与肿瘤细胞中新的生物学功能和分子调控机制。方法合成含生物素标记的U6特异性探针,利用分子杂交技术特异捕获经甲醛交联的内源U6与互作蛋白形成的复合物,并结合高灵敏度质谱分析技术鉴定出U6互作蛋白组。利用生物信息分析手段分析U6在肿瘤细胞中的功能。结果通过严格的筛选本研究最终鉴定到135个特异的内源U6互作蛋白。GO、KEGG、蛋白复合体富集分析和PPI分析显示U6除了与mRNA前体剪接加工等相关蛋白发生相互作用外,还参与了mRNA从产生到转录后调控等一系列生物学过程,包括参与mRNA转录调控、囊泡运输、成熟mRNA的出核转运、mRNA降解、RNA定位、转录后调控等过程。结论我们的研究在国际上首次系统揭示了肿瘤细胞U6的相互作用蛋白组图谱,通过对该图谱的分析表明U6多维度地参与了mRNA生物学发生的全过程调控,为U6参与肿瘤发生发展的功能和机制研究提供了全新的方向和思路。 展开更多
关键词 肿瘤 chirp-ms U6 snRNA 剪接
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5S rRNA互作蛋白组研究揭示5S rRNA参与mRNA剪接调控
2
作者 周祥明 杨兵 +4 位作者 赖巧 李乐 董军 廖建友 朱爽 《中山大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期54-62,共9页
为系统揭示5SrRNA调控细胞进程的新功能和分子机制,合成了生物素标记探针,利用分子杂交技术特异捕获5SrRBP,并结合高灵敏度质谱技术和生物信息学分析共鉴定出162个5SrRNA互作蛋白。基于ConsensusPathDB和STRING数据库获取蛋白复合体富... 为系统揭示5SrRNA调控细胞进程的新功能和分子机制,合成了生物素标记探针,利用分子杂交技术特异捕获5SrRBP,并结合高灵敏度质谱技术和生物信息学分析共鉴定出162个5SrRNA互作蛋白。基于ConsensusPathDB和STRING数据库获取蛋白复合体富集信息和构建蛋白与蛋白互作网络,利用GO数据库获取互作蛋白的功能注释,利用KEGG数据库进行通路富集分析。分析结果显示5SrRNA除了与翻译相关蛋白发生互作外,还与大量来自microRNA加工通路、mRNA剪接通路和细胞信号调控通路蛋白有互作。这说明5SrRNA除了具有蛋白质翻译调控功能外,还参与mRNA剪接等过程的调控,为5SrRNA功能和调控机制研究指明了一个新的方向。 展开更多
关键词 5SrRNA chirp-ms 互作蛋白组 mRNA剪接
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基于混合线性变换的语声转换算法 被引量：2
3
作者 简志华 杨震 《电子与信息学报》 EI CSCD 北大核心 2007年第7期1700-1702,共3页
针对在没有对称语音库的情况下,该文提出了一种基于混合线性变换的语声转换算法,在最大似然估计准则下,使用EM迭代算法计算变换函数的参量。为了减小线性加权对语音谱包络的平滑作用,使用线性调频Z变换来调节语音信号的LPC系数。客观评... 针对在没有对称语音库的情况下,该文提出了一种基于混合线性变换的语声转换算法,在最大似然估计准则下,使用EM迭代算法计算变换函数的参量。为了减小线性加权对语音谱包络的平滑作用,使用线性调频Z变换来调节语音信号的LPC系数。客观评测和主观感受的实验结果都表明,基于混合线性变换的语声转换算法也可以取得与传统语声转换技术相当的转换效果,解除了传统语声转换技术需要对称语音库的要求。 展开更多
关键词 语声转换 混合线性变换 最大期望算法 线性调频Z变换
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肿瘤U1 snRNA蛋白互作图谱及特征分析 被引量：1
4
作者 田彬 杨兵 +2 位作者 马星宇 杨芝芝 廖建友 《岭南现代临床外科》 2023年第2期180-189,共10页
目的利用CHIRP⁃MS技术系统地鉴定肿瘤细胞中U1 snRNA的互作蛋白,并建立U1 snRNA高通量互作蛋白图谱,研究U1 snRNA在肿瘤细胞中新的生物学功能和分子调控机制。方法通过带生物素标记的U1 snRNA探针捕获与U1 snRNA结合的互作蛋白,并分别... 目的利用CHIRP⁃MS技术系统地鉴定肿瘤细胞中U1 snRNA的互作蛋白,并建立U1 snRNA高通量互作蛋白图谱,研究U1 snRNA在肿瘤细胞中新的生物学功能和分子调控机制。方法通过带生物素标记的U1 snRNA探针捕获与U1 snRNA结合的互作蛋白,并分别取部分样品纯化蛋白和RNA,通过qPCR与跑胶银染确认探针富集效果,然后利用高效液相色谱⁃质谱联用技术鉴定获取的蛋白,最后利用生物信息学的方法进行GO、KEGG、蛋白复合体富集分析和PPI分析。结果我们共鉴定到了135个高可靠的U1 snRNA结合蛋白,其中包括60个已知的和75个新的U1 snRNA结合蛋白。通路富集等生物信息学分析显示U1 snRNA协同调控RNA剪接、胞内运输、定位、端粒和表观遗传等多个生物学过程。蛋白互作网络分析揭示ESWR1等肿瘤相关蛋白可能介导了U1 snRNA的肿瘤调控功能。结论本研究在国际上首次建立了U1 snRNA互作蛋白图谱,揭示了U1 snRNA在肿瘤细胞中的多种生物学功能,为进一步研究U1 snRNA参与肿瘤发生发展以及肿瘤预防和治疗提供了理论基础。 展开更多
关键词 肿瘤 U1 snRNA CHIRP⁃MS
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