副溶血弧菌QsvR ChIP-qPCR方法的建立 被引量：2

1

作者 张苗苗 李雪 +2 位作者 陆仁飞 张义全 周敏 《江苏大学学报（医学版）》 CAS 2023年第6期516-520,527,共6页

目的:建立副溶血弧菌QsvR的染色质免疫共沉淀实时定量PCR(ChIP-qPCR)实验方法。方法:通过热激转化和转化结合将标记2×Flag标签的qsvR片段转入qsvR突变株(ΔqsvR)中,阿拉伯糖诱导表达QsvR-2×Flag蛋白,通过甲醛与基因组DNA进行... 目的:建立副溶血弧菌QsvR的染色质免疫共沉淀实时定量PCR(ChIP-qPCR)实验方法。方法:通过热激转化和转化结合将标记2×Flag标签的qsvR片段转入qsvR突变株(ΔqsvR)中,阿拉伯糖诱导表达QsvR-2×Flag蛋白,通过甲醛与基因组DNA进行交联形成2×Flag-QsvR-DNA复合物,将基因组DNA超声裂解为100~1000 bp大小不等的片段,通过特异性抗原抗体反应将蛋白质-DNA复合物沉淀下来,高盐和加热解交联,回收DNA进行qPCR定量DNA,分析副溶血弧菌体内QsvR与靶基因的结合情况。结果:成功构建出实验菌株ΔqsvR/pBAD33-qsvR-2×Flag,以不加阿拉伯糖诱导为对照,经阿拉伯糖诱导菌株的aphA、opaR、exsB和vtrA的免疫共沉淀量明显较高,表明在副溶血弧菌体内QsvR与aphA、opaR、exsB和vtrA具有结合作用。结论:成功建立了副溶血弧菌QsvR的ChIP-qPCR实验方法,可用于原核生物体内蛋白质-DNA相互作用的研究。 展开更多

关键词 chip-qpcr 蛋白质-DNA复合物 副溶血弧菌 QsvR

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宫颈癌中卵泡抑素样蛋白过表达对下游基因的影响及生物信息学分析 被引量：3

2

作者 张红 洛若愚 +2 位作者 胡晓霞 陈欢 王琳琳 《肿瘤防治研究》 CAS CSCD 2019年第1期26-31,共6页

目的利用基因芯片技术对卵泡抑素样蛋白(FSTL1)下游基因及信号转导通路进行生物信息学分析,探讨FSTL1在宫颈癌中的调控机制。方法采用基因芯片筛选转染FSTL1后HeLa细胞中的差异表达基因;运用生物信息学分析方法寻找FSTL1在宫颈癌中的差... 目的利用基因芯片技术对卵泡抑素样蛋白(FSTL1)下游基因及信号转导通路进行生物信息学分析,探讨FSTL1在宫颈癌中的调控机制。方法采用基因芯片筛选转染FSTL1后HeLa细胞中的差异表达基因;运用生物信息学分析方法寻找FSTL1在宫颈癌中的差异表达基因及调控机制;用反转录实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)对29个差异表达基因加以验证。结果与阴性对照组相比,实验组中有881个差异表达基因,这些差异表达基因主要富集在转录调控、细胞增殖、凋亡、黏附等生物学过程以及癌症的转录误调节、丝裂源活化的蛋白激酶(MAPK)、P53等信号通路;RTqPCR验证结果显示FSTL1上调PI3K/AKT/Bax/Bcl-2和P53信号相关通路因子,这与基因芯片结果基本符合。结论 FSTL1的差异基因富集于转录调控、细胞增殖、凋亡、黏附等生物学过程,可能通过调控PI3K/AKT/Bax/Bcl-2和P53信号通路来参与宫颈癌的发生发展。 展开更多

关键词 宫颈癌 卵泡抑素样蛋白 基因芯片 生物信息学 RT-QPCR

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高通量微流控荧光定量PCR激发光非均匀性研究 被引量：1

3

作者 王华东 赵树弥 +3 位作者 朱灵 李志刚 王安 刘勇 《量子电子学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期613-619,共7页

研究高通量微流控荧光定量聚合酶链反应(PCR)激发光非均匀性问题对提高DNA浓度定量结果的精度具有重要意义。根据荧光定量PCR的原理,分析了激发光非均匀性对循环阙值(Ct)测量精度的影响,给出了激发光非均匀性引起Ct值测量偏差的表达式,... 研究高通量微流控荧光定量聚合酶链反应(PCR)激发光非均匀性问题对提高DNA浓度定量结果的精度具有重要意义。根据荧光定量PCR的原理,分析了激发光非均匀性对循环阙值(Ct)测量精度的影响,给出了激发光非均匀性引起Ct值测量偏差的表达式,确定了激发光强度标准偏差应小于11.56%的要求。根据微流控芯片结构特点及激发光均匀性要求,设计了基于光棒的匀光光路用于解决激发光照度非均匀性问题。模拟及实验所得到的激发光照度的相对标准偏差分别为3.10%、6.01.%,二者均小于11.56%。所设计匀光光路能够满足高通量微流控荧光定量PCR的要求. 展开更多

关键词 医用光学与生物技术 均匀照明 光学设计 微流控芯片 荧光定量PCR

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丁苯酞对慢性酒精中毒大鼠内质网应激相关基因的影响 被引量：8

4

作者 董家行 姜万举 +4 位作者 刘佳聪 朱甲婧 张占蕊 张瑞岭 杜爱林 《中国老年学杂志》 CAS 北大核心 2020年第10期2147-2154,共8页

目的从基因水平探讨丁苯酞对慢性酒精中毒大鼠海马的影响及其治疗机制。方法借助基因芯片技术获取慢性酒精中毒模型组和用药组大鼠海马体的相关基因表达数据集,再利用生物信息学的分析方法对差异表达基因进行筛选与分析,采用实时荧光定... 目的从基因水平探讨丁苯酞对慢性酒精中毒大鼠海马的影响及其治疗机制。方法借助基因芯片技术获取慢性酒精中毒模型组和用药组大鼠海马体的相关基因表达数据集,再利用生物信息学的分析方法对差异表达基因进行筛选与分析,采用实时荧光定量聚合酶链反应对关键mRNA的表达进行验证。此外,通过水迷宫检测慢性酒精中毒大鼠学习记忆的损伤。结果一共筛选出585个差异表达基因,其中320个表达上调,265个表达下调。其中涉及的主要信号通路有氧化磷酸化通路,黏合连接,蛋白酶体通路,脂肪细胞因子信号通路,丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号转导通路,破骨细胞的分化,黏着,幽门螺杆菌感染中的上皮细胞信号转导,帕金森病通路,聚酮糖的生物合成等。结论通过生物信息学的分析发现,丁苯酞可以将由慢性酒精中毒造成差异表达的多个基因反向调控到正常水平,通过Sec61G、Ndufa4、Ndufa2等与内质网或线粒体相关基因的表达,缓解了内质网应激,减轻线粒体损伤,在一定程度上保护了神经元细胞。其中RPSA、RPS9、RPS11、SRP19、Sec61G、EIF3E、LARS、Ndufa4、Ndufb6、Ndufa2等基因编码的蛋白。 展开更多

关键词 慢性酒精中毒 丁苯酞 生物信息学 差异表达基因 基因芯片 实时荧光定量聚合酶链反应

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细粒棘球蚴感染小鼠单核髓源抑制性细胞精氨酸酶的表达和活性研究 被引量：7

5

作者 曹胜魁 潘伟 +2 位作者 刘华 曹建平 沈玉娟 《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期27-31,共5页

目的分析细粒棘球蚴感染小鼠单核髓源抑制性细胞(M-MDSC)精氨酸酶的表达和活性变化。方法 12只BALB/c雌性小鼠随机分为对照组和感染组。感染组小鼠腹腔注射活原头节2 000个/只,对照组小鼠注射等体积生理盐水。于感染后120 d采集小鼠眼... 目的分析细粒棘球蚴感染小鼠单核髓源抑制性细胞(M-MDSC)精氨酸酶的表达和活性变化。方法 12只BALB/c雌性小鼠随机分为对照组和感染组。感染组小鼠腹腔注射活原头节2 000个/只,对照组小鼠注射等体积生理盐水。于感染后120 d采集小鼠眼眶静脉丛外周血,解剖并观察小鼠腹腔和各脏器的病变。无菌取小鼠脾组织,制备单细胞悬液后,利用免疫磁珠分离M-MDSC。提取并纯化M-MDSC RNA,合成c DNA,芯片检测筛选感染组和对照组的M-MDSC差异基因,荧光定量PCR验证差异基因的表达。精氨酸酶检测试剂盒检测小鼠外周血中的精氨酸酶活性。结果BALB/c小鼠感染细粒棘球蚴原头节后120 d,腹腔和内脏器官中形成单性包囊。免疫磁珠分离获得M-MDSC。芯片杂交和荧光定量PCR检测结果显示,感染组小鼠M-MDSC源精氨酸酶相对表达量分别为7.92±0.85和11.97±5.39,均高于对照组小鼠(1.65±0.19和1.00±0.57)(P<0.05)。检测结果表明,感染组小鼠外周血中的精氨酸酶活性为(3.83±0.44)U/L,高于对照组小鼠[(1.57±0.57)U/L](P<0.05)。结论细粒棘球蚴感染小鼠M-MDSC精氨酸酶的表达量和活性显著升高。 展开更多

关键词 细粒棘球绦虫 精氨酸酶 荧光定量PCR 芯片杂交 髓源抑制性细胞

原文传递

苹果多酚对小鼠巨噬细胞TNF信号通路的影响 被引量：6

6

作者 徐倩 刘磊 郭玉蓉 《甘肃农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期10-18,共9页

【目的】通过苹果多酚(apple polyphenols,APs)处理RAW264.7小鼠巨噬细胞,以探讨苹果多酚的生物学作用.【方法】通过MTT试验确定苹果多酚的处理质量浓度,保证细胞的存活率;将RAW264.7巨噬细胞用10μg/mL的苹果多酚处理4h后,提取其总RNA... 【目的】通过苹果多酚(apple polyphenols,APs)处理RAW264.7小鼠巨噬细胞,以探讨苹果多酚的生物学作用.【方法】通过MTT试验确定苹果多酚的处理质量浓度,保证细胞的存活率;将RAW264.7巨噬细胞用10μg/mL的苹果多酚处理4h后,提取其总RNA,反转录后通过基因芯片技术检测,比较试验组与对照组TNF信号通路中基因表达量的差异,并进行生物信息学分析和实时荧光定量PCR验证.【结果】苹果多酚质量浓度为10μg/mL时,能够显著(P<0.05)促进RAW264.7巨噬细胞的增殖能力,而质量浓度为5μg/mL时,对巨噬细胞增殖能力的影响并不显著(P>0.05);基因芯片数据共筛选出差异倍数2倍以上的基因为3 149个(≥2-fold,P≤0.5),其中1 540个基因在RAW264.7巨噬细胞中表达上调,1 609个基因表达下调.基因体本轮(GO)分析结果显示:这些差异基因主要与核苷酸结合、DNA修复、细胞周期、细胞骨架与细胞核等相关,涉及的信号通路包括类固醇生物合成、真核细胞核糖体合成、TNF信号通路、抗生素生物合成、多巴胺能神经突触、烟酸和烟酰胺代谢等.但为了进一步研究TNF信号通路,利用qPCR验证该通路上(Map3k8、Mlkl、Pik3ca、Cflar、Atf2、Tnf)6个差异基因的表达,其中,Map3k8、Mlkl、Tnf 3个差异基因被显著(P<0.05)下调,而Pik3ca、Cflar、Atf2 3个基因则下调不显著(P>0.05).【结论】研究苹果多酚对TNF信号通路中差异表达基因的影响,对探索疾病发生发展的机制具有重要意义. 展开更多

关键词 苹果多酚 巨噬细胞 基因芯片 TNF信号转导通路 实时荧光定量PCR

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拟南芥热形态建成中PIF4下游基因研究 被引量：5

7

作者 汪硕 丁岚 +1 位作者 刘建祥 韩佳嘉 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第7期57-65,共9页

植物细胞伸长是植物生长和形态建成的主要方式之一,受到激素和环境信号等许多因素调控,而光敏色素PHY B互作蛋白PIF4可以促进植物在环境温度升高后的形态建成即热形态建成,但PIF4在这个响应过程中全基因组水平调控的下游基因未见报道。... 植物细胞伸长是植物生长和形态建成的主要方式之一,受到激素和环境信号等许多因素调控,而光敏色素PHY B互作蛋白PIF4可以促进植物在环境温度升高后的形态建成即热形态建成,但PIF4在这个响应过程中全基因组水平调控的下游基因未见报道。本研究进一步通过遗传实验证明PIF4在热形态建成中发挥着重要的作用。通过RNA-Seq实验分析得到热形态建成中248个PIF4依赖的和21个PIF4部分依赖的下游基因,包括生长素信号通路和非生物逆境响应基因。结合已有CHIP-Seq数据得到74个热形态建成中PIF4结合靶标基因。拟南芥热形态建成过程中PIF4下游基因的研究为更好理解植物对环境温度升高的响应奠定了基础。 展开更多

关键词 环境温度升高 下胚轴伸长 PIF4 下游基因 RNA-SEQ CH IP-q PCR

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基于数字微流控技术的上呼吸道易感病毒多靶标快速检测方法的建立 被引量：3

8

作者 李伟刚 蒋晓霞 +5 位作者 汪海波 王敏 周傲白雪 罗达圣 陈天蓝 董铖 《热带医学杂志》 CAS 2022年第11期1487-1492,共6页

目的建立一种基于数字微流控RT-qPCR芯片技术的上呼吸道易感病毒多靶标快速检测方法。方法根据新型冠状病毒(2019-nCOV)、甲型流感病毒(FluA)、乙型流感病毒(FluB)、冠状病毒(SARS-CoV)、中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV)的保守区域,... 目的建立一种基于数字微流控RT-qPCR芯片技术的上呼吸道易感病毒多靶标快速检测方法。方法根据新型冠状病毒(2019-nCOV)、甲型流感病毒(FluA)、乙型流感病毒(FluB)、冠状病毒(SARS-CoV)、中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV)的保守区域,设计特异性引物和检测探针,通过将引物和探针预存到数字微流控芯片中,建立检测上述5种上呼吸道病毒的数字微流控RT-qPCR芯片检测技术;评价预存了引物的数字微流控RT-qPCR芯片的检测下限和特异性;使用20例临床样本以PCR仪检测结果作为对照组评价数字微流控RT-qPCR芯片的检测性能。结果建立的2019-nCOV、FluA、FluB、SARS-CoV、MERS-CoV的数字微流控RT-qPCR芯片检测下限为12拷贝/反应,而未使用数字微流控的RT-qPCR法检测下限为15拷贝/反应,两个方法的检测下限基本一致。对于临床样本提取的核酸样品,数字微流控RT-qPCR芯片检测结果均是阴性无非特异性扩增。同时使用RT-qPCR法和数字微流控RT-qPCR芯片法对20例临床样本分别进行5个项目的临床对比测试,共100个测试,结果显示为数字微流控RT-qPCR芯片灵敏度达94%,特异性为100%。使用SPSS对两个方法进行一致性分析,结果显示为两个方法具有高度的一致性(Kappa=0.962,P<0.05)。结论基于数字微流控RT-qPCR芯片技术建立了上呼吸道易感病毒多靶标快速检测方法,为临床早期鉴别呼吸道病原体提供了新的检测手段。 展开更多

关键词 数字微流控芯片 RT-QPCR 快速多项目检测 上呼吸道病毒

原文传递

肝细胞肝癌中CCAAT/增强子结合蛋白-α的表达及其临床意义 被引量：1

9

作者 赵子璇 郭新燕 冯振博 《广西医科大学学报》 CAS 2022年第1期34-41,共8页

目的:探讨CCAAT/增强子结合蛋白-α(CEBPA)在肝细胞肝癌(HCC)中的表达及其临床意义。方法:收集TCGA、GTEx和GEO等外文数据库中CEBPA在肝细胞肝癌中的表达值,对3727例癌样本和3204例非癌样本进行综合分析,用实时定量逆转录聚合酶链反应... 目的:探讨CCAAT/增强子结合蛋白-α(CEBPA)在肝细胞肝癌(HCC)中的表达及其临床意义。方法:收集TCGA、GTEx和GEO等外文数据库中CEBPA在肝细胞肝癌中的表达值,对3727例癌样本和3204例非癌样本进行综合分析,用实时定量逆转录聚合酶链反应技术验证在肝细胞癌细胞系(Huh7)和正常肝细胞细胞系(L02)中CEBPA的表达,免疫组化技术验证90例肝细胞癌组织和90例癌旁组织CEBPA的表达情况。结果:公共数据集分析结果显示,CEBPA在癌组织中的表达明显高非癌组织(SMD=0.51),实验验证CEBPA在Huh7肝细胞癌细胞系中的表达明显高于正常肝细胞细胞系(P<0.01)。CEBPA蛋白的差异表达在HCC患者病理分级及TNM分期中的T分期有显著差异(P<0.05)。将HCC中CEBPA相关基因、差异基因和靶基因的交叉基因进行的KEGG分析,发现这些基因富集在细胞周期等通路上。结论:CEBPA在肝细胞肝癌组织中表达较高,可能参与肝细胞肝癌的发生发展。 展开更多

关键词 肝细胞肝癌 CEBPA 基因芯片 实时定量逆转录聚合酶链反应 免疫组化

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长丝萝中的两个抗肿瘤活性成分的分离鉴定及对抑癌基因变化的验证

10

作者 姜爽 马宇翔 包海鹰 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第7期940-949,共10页

以长丝萝Dolichousnea longissima中分离得到的体外细胞毒活性较强的两个苯骈呋喃类化合物为实验材料,采用Affymetrix全表达谱基因芯片、GO分类、Pathway分析和实时荧光定量PCR技术对2种化合物处理前后的肝癌细胞株Hep G2的差异表达基... 以长丝萝Dolichousnea longissima中分离得到的体外细胞毒活性较强的两个苯骈呋喃类化合物为实验材料,采用Affymetrix全表达谱基因芯片、GO分类、Pathway分析和实时荧光定量PCR技术对2种化合物处理前后的肝癌细胞株Hep G2的差异表达基因进行分析和验证。结果表明,(Z)-2-乙酰基-5,5-二[2-(7-乙酰基-4,6-二羟基-3,5-二甲基苯骈呋喃基)]-4-羟基-2,4-戊二烯-1-醛筛选出明显变化的基因728个,其中上调基因有246个,下调基因有482个。PATHWAY分析与肿瘤相关的信号通路有细胞周期信号通路、内吞作用信号通路、癌细胞中信号通路、前列腺癌信号通路、p53信号通路、结肠直肠癌信号通路。GO分类显示差异基因共参与266个BP分类、68个CC分类和43个MF分类。4-[3-(7-乙酰基-4,6-二羟基-3,5-二甲基-2-氧代-2,3-二氢苯骈呋喃基)]-4-[2-(7-乙酰基-4,6-二羟基-3,5-二甲基苯骈呋喃基)]-3-氧代丁酸乙酯筛选出明显变化的基因112个,其中上调基因有8个,下调基因有104个。PATHWAY分析与肿瘤相关的信号通路有细胞周期信号通路、内吞作用信号通路。GO分类显示差异基因共参与109个BP分类、48个CC分类和15个MF分类。因此,以上两个苯骈呋喃类化合物均主要通过影响细胞周期信号通路和内吞作用信号通路使抑癌基因发生变化。 展开更多

关键词 长丝萝 基因芯片 实时荧光定量PCR 抗肿瘤

原文传递

锌指和同源框2在肝母细胞瘤中的表达及临床意义

11

作者 杜升园 韦宇音 吕自力 《广西医科大学学报》 CAS 2022年第2期323-329,共7页

目的:探讨锌指和同源框2(ZHX2)在肝母细胞瘤(HB)中的表达情况及临床意义。方法:收集基因表达综合数据库(GEO)、arrayExpress等外文数据库中ZHX2在HB中的表达值进行综合分析,采用实时荧光定量PCR技术(RT-qPCR)验证HB细胞系(HuH-6)与正常... 目的:探讨锌指和同源框2(ZHX2)在肝母细胞瘤(HB)中的表达情况及临床意义。方法:收集基因表达综合数据库(GEO)、arrayExpress等外文数据库中ZHX2在HB中的表达值进行综合分析,采用实时荧光定量PCR技术(RT-qPCR)验证HB细胞系(HuH-6)与正常肝细胞系(LO2)中ZHX2的表达,免疫组化技术验证50例HB组织和50例非瘤肝组织中ZHX2的表达情况。结果:ZHX2在瘤组织中的表达高于非瘤组织(P<0.05),ZHX2蛋白的表达与HB患者性别、年龄、组织学类型和AFP差异无统计学意义(P>0.05),与肿瘤大小及PRETEXT临床分期差异有统计学意义(P<0.05)。结论:ZHX2在HB组织中表达较高,可能是HB的致癌因子,有望为HB诊疗提供新的思路。 展开更多

关键词 肝母细胞瘤 ZHX2 基因芯片 RT-QPCR 免疫组化

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芯片式数字PCR检测禽流感病毒方法的性能验证

12

作者 严谨 姜欣余 +1 位作者 阎琪 陈小凤 《分子诊断与治疗杂志》 2023年第10期1745-1748,共4页

目的 对芯片式数字PCR检测禽流感病毒的方法进行评估,并与荧光定量PCR方法进行比较。方法 分别用芯片式数字PCR(dPCR)和实时荧光定量PCR(qPCR)两种方法检测不同浓度梯度的质粒标准品,对两种方法检测结果的线性范围,一致性,批内精密度,... 目的 对芯片式数字PCR检测禽流感病毒的方法进行评估,并与荧光定量PCR方法进行比较。方法 分别用芯片式数字PCR(dPCR)和实时荧光定量PCR(qPCR)两种方法检测不同浓度梯度的质粒标准品,对两种方法检测结果的线性范围,一致性,批内精密度,最低检出限等方面进行比较评估。并对31份农贸市场禽流感环境标本分别用数字PCR和实时荧光定量PCR检测,利用配对卡方检验来评估两种方法阳性率的差异,并用Bland-Altman法分析与荧光定量PCR方法的一致性。结果 质粒标准品在3.05×10~2copies/mL~1.00×10~7copies/mL的浓度范围内,与dPCR检测值呈良好的线性关系,R~2=0.9969,dPCR和qPCR在线性范围内斜率之间的差异无统计学意义(F=0.996,P=0.321);dPCR在不同稀释度的批内精密度变异系数(CV)范围为2.36%~22.78%;dPCR的估计检测下限(LOD)为410(95%CI:344~570)copies/mL,qPCR的估计LOD为845(95%CI:749~1 004)copies/mL;用dPCR和qPCR检测31份农贸市场环境标本,dPCR的检出率96.8%,qPCR的检出率80.6%(Kappa=0.244,P=0.063)。结论 本研究验证了芯片式数字PCR系统的性能及其与荧光定量PCR系统的方法学比较。芯片式数字PCR在其动态范围内表现出良好的线性,R~2=0.996 9,能够准确且高精度(CV)范围为2.36%~22.78%的定量不同浓度(3.05×10~2~1.00×10~7copies/mL)的复杂样本。 展开更多

关键词 芯片式数字PCR 实时荧光定量PCR 禽流感病毒检测

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