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含有前列腺癌风险性SNP rs10486567位点潜在增强子座位在前列腺癌细胞中功能的研究 被引量：1
1
作者 莫文慧 张浩琪 +2 位作者 赵忠芳 石建党 吕万革 《南开大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期9-13,共5页
遗传是前列腺癌发展成临床型疾病的重要危险因素.前期采用生物信息学分析发现,7号染色体短臂15区2带(7p 15.2)的SNP rs10486567是前列腺癌的独立风险因子,并发现该SNP位点定位于一个潜在增强子内部.本研究通过CRISPR-Cas9技术在22RV1细... 遗传是前列腺癌发展成临床型疾病的重要危险因素.前期采用生物信息学分析发现,7号染色体短臂15区2带(7p 15.2)的SNP rs10486567是前列腺癌的独立风险因子,并发现该SNP位点定位于一个潜在增强子内部.本研究通过CRISPR-Cas9技术在22RV1细胞系中敲除该增强子座位后发现肿瘤细胞迁移能力显著降低;并利用Capture-C技术结合RNA-seq方法,发现该增强子座位与约800 kb外的HOXA基因区段存在远距离染色质相互作用,并调控HOXA基因簇的表达.研究提示含有风险性SNP rs10486567的增强子区段调控HOXA7、HOXA4等基因的表达,进而影响肿瘤细胞的恶性转移进程. 展开更多
关键词 前列腺癌 SNP rs10486567 capture-c CRISPR-Cas9
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三维基因组测序技术发展 被引量：2
2
作者 杨琬婷 杨磊 王世强 《生命科学》 CSCD 北大核心 2019年第1期1-8,共8页
近20年来,研究者们通过大规模DNA测序,在基因组、转录组和表观基因组方面获得了大量的信息,这些信息为人类基因组中的功能元件和相互作用机制等研究提供了许多详细的视图。但明确2 m长的DNA如何组装在10μm左右的细胞核中仍是一个挑战... 近20年来,研究者们通过大规模DNA测序,在基因组、转录组和表观基因组方面获得了大量的信息,这些信息为人类基因组中的功能元件和相互作用机制等研究提供了许多详细的视图。但明确2 m长的DNA如何组装在10μm左右的细胞核中仍是一个挑战性的工作。人们着眼于多角度探究染色质在狭窄空间里的精准调控表达,因此,三维基因组研究也越来越受到关注,与此相关的技术也在不断发展中。主要介绍以核邻位连接为基础的染色质构象捕获技术(3C)及其衍生技术,如4C、5C、Hi-C及其衍生技术、Ch IA-PET、原位Hi-C,以及DLO Hi-C等,并简单介绍应用这些技术已取得的重要成果以及未来的发展方向。 展开更多
关键词 三维基因组 3C Hi-C ChIA-PET DLO Hi-C capture-c
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含有前列腺癌风险性SNPrs1741708的潜在增强子座位在前列腺癌中功能与机制的研究
3
作者 彭晨辰 曹阳 +2 位作者 赵中芳 石建党 吕万革 《南开大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期85-90,共6页
前列腺癌(Prostate Cancer,PCa)是老年男性最常见的恶性肿瘤之一.全基因组关联研究(Genome wide Association Studies,GWAS)发现SNP(Single Nucleotide Polymorphism)位点rs1741708与前列腺癌高风险性相关.表观遗传学标志物和荧光素酶... 前列腺癌(Prostate Cancer,PCa)是老年男性最常见的恶性肿瘤之一.全基因组关联研究(Genome wide Association Studies,GWAS)发现SNP(Single Nucleotide Polymorphism)位点rs1741708与前列腺癌高风险性相关.表观遗传学标志物和荧光素酶报告子研究证实含有该风险性位点的染色体区段是等位基因特异性的增强子元件.敲除风险性增强子会导致细胞迁移能力减弱.利用Capture-C揭示该增强子在全基因组范围内的互作基因座位,结合风险性增强子敲除后基因表达的改变,鉴定出一些该增强子的直接靶基因.初步的Rescue研究发现,在敲除细胞中过表达靶基因IKZF3后,细胞迁移能力得到部分恢复,提示IKZF3是含有SNP rs1741708的风险性增强子影响肿瘤恶性进展的下游靶基因之一. 展开更多
关键词 前列腺癌 SNP rs1741708 capture-c CRISPR-Cas9
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染色体构象捕获技术及其衍生高通量技术发展与展望
4
作者 肖亦舒 杜乐 任立成 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第11期2271-2281,共11页
细胞核内染色质的三维空间组织功能性地调控基因组的表达。染色质动态的三维组织研究是表观遗传学的一个重要研究领域,而染色体构象捕获(chromosome conformation capture,3C)技术是研究三维基因组结构与功能的重要技术手段。随着该技... 细胞核内染色质的三维空间组织功能性地调控基因组的表达。染色质动态的三维组织研究是表观遗传学的一个重要研究领域,而染色体构象捕获(chromosome conformation capture,3C)技术是研究三维基因组结构与功能的重要技术手段。随着该技术在表观遗传学研究领域的广泛应用,3C衍生出的相关技术有了快速的发展。本文将对近年来发展起来的染色体相互作用的相关研究技术及其发展历程和基本原理等作介绍与展望,为三维基因组研究提供技术参考,为未来相关技术的发展提供新思路。 展开更多
关键词 染色体构象捕获技术 染色体相互作用 Hi-C技术 Hi-C衍生技术 capture-c
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