期刊文献+
共找到176篇文章
< 1 2 9 >
每页显示 20 50 100
基于ITS片段和cpDNA片段的具鳞水柏枝谱系地理学分析
1
作者 汪明金 刘浩宇 +4 位作者 袁伟博 余黎明 左文明 刘力宽 李锦萍 《中南林业科技大学学报》 北大核心 2025年第1期152-167,共16页
【目的】研究具鳞水柏枝的遗传多样性、遗传结构和谱系地理分布格局,为具鳞水柏枝品种改良、种质资源保护和合理利用奠定理论基础。【方法】利用ITS序列和叶绿体DNA片段(基因rps16和基因间隔区pet A-psb J、psb E-pet L)对具鳞水柏枝54... 【目的】研究具鳞水柏枝的遗传多样性、遗传结构和谱系地理分布格局,为具鳞水柏枝品种改良、种质资源保护和合理利用奠定理论基础。【方法】利用ITS序列和叶绿体DNA片段(基因rps16和基因间隔区pet A-psb J、psb E-pet L)对具鳞水柏枝54个居群共278个个体进行谱系地理学研究,分析其遗传多样性。【结果】基于cpDNA联合片段和ITS片段分别发现具鳞水柏枝的41个单倍型和33个基因型,遗传多样性较高,总遗传多样性远高于居群内遗传多样性。变异主要发生于居群间(ITS,54.75%;cpDNA,60.53%),具有较高的遗传分化程度(ITS:F_(ST)=0.54745,P<0.001。cpDNA:F_(ST)=0.60525,P<0.001)和中等的基因流(ITS:N_(m)=0.410。cpDNA:N_(m)=0.326)。存在较为显著的谱系地理结构(ITS:N_(ST)=0.624>G_(ST)=0.438,P<0.05。cpDNA:N_(ST)=0.458>G_(ST)=0.424,P<0.05)。Mantel检验显示,其遗传距离与地理距离呈显著正相关(ITS:r=0.341,P=0.001。cpDNA:r=0.209,P=0.001),说明地理隔离是其遗传分化的重要因素。【结论】具鳞水柏枝群体整体发展平稳,近期未经历较明显的扩张或收缩,处于动态平衡状态,推测巴颜喀拉山西南部和阿尼玛卿山南部为其主要冰期避难所。生态位模拟结果显示,自末次间冰期以来其适生区范围无较大程度变化,一定程度验证了群体历史动态分析结果。 展开更多
关键词 具鳞水柏枝 谱系地理学 ITS序列 cpdna 遗传多样性
在线阅读 下载PDF
伊犁郁金香cpDNA-PCR体系构建与遗传多样性分析
2
作者 秦斗文 刘伟强 +1 位作者 田吉婷 巨秀婷 《浙江农业学报》 北大核心 2025年第1期78-89,共12页
为明确伊犁郁金香(Tulipa iliensis)的遗传背景,在叶绿体基因组水平开展遗传多样性研究。本研究以伊犁郁金香为研究对象,对cpDNA-PCR反应体系中的Mg^(2+)、dNTPs、引物浓度、Taq DNA酶和模板DNA浓度在L16(45)正交试验设计的基础上结合... 为明确伊犁郁金香(Tulipa iliensis)的遗传背景,在叶绿体基因组水平开展遗传多样性研究。本研究以伊犁郁金香为研究对象,对cpDNA-PCR反应体系中的Mg^(2+)、dNTPs、引物浓度、Taq DNA酶和模板DNA浓度在L16(45)正交试验设计的基础上结合单因素优化筛选试验构建伊犁郁金香cpDNA-PCR反应体系,在最优体系的基础上进行引物筛选并通过引物筛选完成cpDNA-PCR扩增,以验证cpDNA-PCR反应体系的稳定性,并对伊犁郁金香野生群体进行遗传多样性分析。结果表明,构建的伊犁郁金香最佳cpDNA-PCR反应体系(25μL)为Mg^(2+)2.00 mmol·L^(-1),dNTPs 0.20 mmol·L^(-1),引物浓度0.40μmol·L^(-1),Taq DNA酶0.50 U,模板DNA浓度110 ng。利用最佳扩增体系,从16对候选引物组合中筛选出可用于后续伊犁郁金香cpDNA-PCR扩增的14对引物(trnK-rps16,M3-M4,F71-R1516,trnD-trnE,psbB-psbH,trnL-trnF,atpB-rbcL,a1-b1,1F-1R,rps8-rp116,atpI-atpH,accD-psaI,petG-trnP,2F-2R)。建立的伊犁郁金香cpDNA-PCR反应体系扩增稳定,条带清晰,对54个伊犁郁金香个体进行遗传多样性分析,引物psbB-psbH扩增片段平均长度为582 bp,其中多态性位点数284个,核苷酸多态性Pi为0.055、平均核苷酸差异数K为30.261,基因流(Nm=1.21>1),表明伊犁郁金香居群遗传多样性高,不同居群间基因交流频繁。该研究建立的cpDNA-PCR反应体系可用于伊犁郁金香遗传多样性和种群遗传结构研究,研究结果可以为野生郁金香种质资源的合理保护、可持续利用提供理论依据和技术支撑,为科学保护伊犁郁金香种质资源提供依据。 展开更多
关键词 伊犁郁金香 cpdna 体系构建 遗传多样性
在线阅读 下载PDF
根据cpDNA trnL-F非编码区序列变异分析黑桫椤海南和广东种群的遗传结构与系统地理 被引量:9
3
作者 苏应娟 王艇 +4 位作者 郑博 江宇 欧阳蒲月 陈国培 王伯荪 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第5期914-919,共6页
以黑桫椤分布在海南和广东 9个种群为材料 ,通过 PCR产物直接测序和克隆后再测序的方法测定了叶绿体 DNA(cp DNA) trn L- F非编码区序列。序列长度介于 10 17bp至 10 2 1bp;碱基组成 A+T含量较高 ,百分比值为 6 0 .4 3%~ 6 2 .2 6 %。... 以黑桫椤分布在海南和广东 9个种群为材料 ,通过 PCR产物直接测序和克隆后再测序的方法测定了叶绿体 DNA(cp DNA) trn L- F非编码区序列。序列长度介于 10 17bp至 10 2 1bp;碱基组成 A+T含量较高 ,百分比值为 6 0 .4 3%~ 6 2 .2 6 %。根据序列的核苷酸变异共鉴定出 15个单倍型。黑桫椤具高水平单倍型多样性 (h=0 .880 )和较高水平核苷酸多样性 (Dij=0 .0 0 342 ) ,其悠长的进化历史可能增加了遗传变异在谱系内的积累。单倍型最小生成网图和邻接树、种群间分化度 (FST=0 .12 6 4 5 )和基因流 (N m=3.4 9)、AMOVA分析 (地区间遗传变异占 11.91% ,p>0 .0 5 )以及 DNA歧义度结果一致显示 ,黑桫椤分布在海南和广东的种群彼此间不存在遗传分化。黑桫椤单倍型的系统发育地理式样具“星状”特征 ,提示种群在历史上曾经发生过扩张 。 展开更多
关键词 黑桫椤 cpdna trnL—F非编码区 单倍型 遗传结构 地理分化
在线阅读 下载PDF
基于cpDNA条形码鉴定铁皮石斛种质资源 被引量:18
4
作者 付涛 胡仲义 +2 位作者 何月秋 周亚美 毛阳正 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期255-262,共8页
为选择适合鉴定铁皮石斛的条形码,以5份铁皮石斛种质资源和1份串珠石斛(外类群)为试验材料,采用cpDNA条形码技术进行分子鉴定。结果表明,5个条形码序列(matK、rbcL、trnH-psbA、petApsbJ和rpl32-trnL)种间遗传距离均远高于种内遗传距离... 为选择适合鉴定铁皮石斛的条形码,以5份铁皮石斛种质资源和1份串珠石斛(外类群)为试验材料,采用cpDNA条形码技术进行分子鉴定。结果表明,5个条形码序列(matK、rbcL、trnH-psbA、petApsbJ和rpl32-trnL)种间遗传距离均远高于种内遗传距离,符合作为条形码的基本要求,其中petA-psbJ变异位点最多(8.03%),说明其进化速率亦最快,petA-psbJ可作为石斛属候选条形码之一;单个条形码鉴定率均较低(<60%),核心条形码matK+rbcL鉴定率亦较低(68.75%),而在核心条形码基础上结合其它序列(≥3)却可以显著提高鉴定率(≥81.25%),matK+rbcL+petA-psbJ鉴定率达到100%,可作为铁皮石斛分子鉴定的最适条形码组合。综上,利用cpDNA条形码技术,可将不同种质资源的铁皮石斛区分开,基本上可将不同采集地的铁皮石斛聚类;同时,建议matK+rbcL+petA-psbJ作为铁皮石斛种质资源鉴定的DNA条形码。本研究结果为铁皮石斛种质资源的快速鉴定提供了一定的参考。 展开更多
关键词 铁皮石斛 cpdna 条形码 种质鉴定
在线阅读 下载PDF
基于nSSR和cpDNA序列的城步峒茶群体遗传多样性和结构研究 被引量:8
5
作者 刘振 成杨 +3 位作者 杨培迪 赵洋 宁静 杨阳 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期250-258,共9页
采用简单重复序列标记(nSSR)与叶绿体DNA序列(cpDNA)分析技术,对城步峒茶群体进行了遗传多样性、遗传结构和遗传分化等研究。结果表明,15对nSSR引物在参试81份资源中共获得142个等位位点,平均每对引物9.47个,城步峒茶群体的观测杂合度(... 采用简单重复序列标记(nSSR)与叶绿体DNA序列(cpDNA)分析技术,对城步峒茶群体进行了遗传多样性、遗传结构和遗传分化等研究。结果表明,15对nSSR引物在参试81份资源中共获得142个等位位点,平均每对引物9.47个,城步峒茶群体的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和Nei期望杂合度(Nei)分别为0.49、0.62和0.62,具有较高的遗传多样性。Structure分析将79份峒茶资源分成3个类群,但各类群的遗传背景较为复杂,没有明显的群体结构。F检验表明,城步峒茶群体的近交系数FIS为正值(FIS=0.1775),群体间的遗传分化系数FST较小(FST=0.0345),分化程度较低,基因流Nm较高(Nm=7.01)。3对cpDNA引物分别获得了473 bp(rbc L)、704 bp(mat K)和320 bp(psb H-trn A)的片段序列,变异位点占总位点的比例分别为0.42%、0.71%和1.25%。将3个序列依次拼接,共产生了9个单倍型,单倍型数由多到少的居群依次为TXZ(6)、DZC(4)、DPS(4)、TYS(3)、HJZ(2),群体的单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.732和0.00139。9个单倍型中,单倍型H1和H5处于进化网络图的中心节点上,并且包含资源数量最多,属于比较原始的单倍型。同时,nSSR和cpDNA的AMOVA分析结果基本一致,居群内的变异百分比分别达到96.69%和80.54%,城步峒茶的遗传变异主要存在于居群内。 展开更多
关键词 茶树 城步峒茶 nSSR cpdna 遗传多样性 群体结构
在线阅读 下载PDF
根据cpDNA trnT-trnF序列变异分析中国互花米草种群的遗传结构 被引量:7
6
作者 吴娟子 王强 +1 位作者 钟小仙 陈建群 《草业学报》 CSCD 北大核心 2012年第4期134-140,共7页
采用直接测序法,测定了中国沿海互花米草8个种群80个样本的叶绿体trnT-trnF序列。结果显示,2个单碱基的插入/缺失将80个序列分为3种单倍型,3种单倍型在美国东海岸均有分布,且属于美国分布最广泛的C单倍型;中国种群的单倍型多样性Hd为0.3... 采用直接测序法,测定了中国沿海互花米草8个种群80个样本的叶绿体trnT-trnF序列。结果显示,2个单碱基的插入/缺失将80个序列分为3种单倍型,3种单倍型在美国东海岸均有分布,且属于美国分布最广泛的C单倍型;中国种群的单倍型多样性Hd为0.379,远低于美国原产地;种群间基因分化系数Gst为0.103、固定指数Fst为0.092;AMOVA分析揭示种群间仅有9%的遗传差异。研究结果表明,中国互花米草种群受瓶颈效应影响明显,种群间遗传变异较低,种群内多样性相对较高。 展开更多
关键词 互花米草 cpdna trnT-trnF 单倍型 遗传结构
在线阅读 下载PDF
伯乐树cpDNA-PCR反应体系的优化与引物筛选 被引量:7
7
作者 胡尚力 徐刚标 +3 位作者 梁艳 刘雄盛 肖玉菲 郝博搏 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第7期67-71,共5页
伯乐树为国家一级保护植物,在研究被子植物的系统发育和古地理、古气候等方面具有重要的科学价值。cpDNA-PCR反应是在分子水平上确定伯乐树系统分类的基础。建立了伯乐树cpDNA-PCR反应体系,对影响扩增反应的因素(Mg2+浓度、dNTP浓度、... 伯乐树为国家一级保护植物,在研究被子植物的系统发育和古地理、古气候等方面具有重要的科学价值。cpDNA-PCR反应是在分子水平上确定伯乐树系统分类的基础。建立了伯乐树cpDNA-PCR反应体系,对影响扩增反应的因素(Mg2+浓度、dNTP浓度、引物浓度以及模板DNA浓度)进行了优化,得到了伯乐树cpDNA-PCR扩增反应的最佳体系,并筛选出了适合伯乐树分子谱系地理研究的非编码区序列和引物。伯乐树cpDNA-PCR最佳反应体系为:30μL反应体系含有10×PCR buffer、2.9 mmol Mg2+、120 mmol dNTP、上下游引物各11μmol、DNA模版30 ng以及3个单位的Taq酶。适合于伯乐树分子谱系地理学研究的3对引物及其退火温度为PipetB1411F-PipetD738R(52℃)、psbA-trnHGUG(59℃)、trnL-trnF(56℃)。 展开更多
关键词 伯乐树 cpdna PCR体系优化 引物筛选
在线阅读 下载PDF
茶组植物种间关系的cpDNA、rDNA ITS和mtDNA序列分析 被引量:5
8
作者 刘振 赵洋 +4 位作者 杨培迪 成杨 刘本英 李游勇 杨阳 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2018年第1期27-33,共7页
【目的】DNA序列分析在物种系统进化、分类和鉴定等方面展示出了强大的生命力。【方法】本研究对来源于cpDNA、rDNA ITS和mtDNA序列的15对引物在茶组植物的5种2变种共16份资源中进行了种间关系研究。【结果】在15对引物中,来自cpDNA的6... 【目的】DNA序列分析在物种系统进化、分类和鉴定等方面展示出了强大的生命力。【方法】本研究对来源于cpDNA、rDNA ITS和mtDNA序列的15对引物在茶组植物的5种2变种共16份资源中进行了种间关系研究。【结果】在15对引物中,来自cpDNA的6对引物有5对完成了扩增与测序,来自rDNA ITS的3对引物均未得到单一目的片度,来自mtDNA序列的6对引物中,共有4对完成了扩增与测序。对在种间存在位点差异的8对引物序列比对:序列长度最长的为390F-1326R(859 bp),最短的为orf25(446 bp);品种间变异位点最多的为rbcla-rev(24个),最少的为nad4L/orf25(2个)。位点变异率最高的为rbcla-rev(4.76%),最低为nad4L/orf25(0.37%),cpDNA的碱基变异率平均值(2.91%)要远高于mtDNA(0.55%);8对引物在茶变种内发生变异的位点共有9个,占总位点数的0.19%;不同变种间发生变异的位点有90个,占总位点数的1.85%;将8对引物测序得到的序列拼接,按照MP法构建了分子系统树,可以将参试的16份茶树资源分为3大类。【结论】本研究为DNA序列分析在茶组植物中的应用提供了参考。 展开更多
关键词 茶树 种间关系 cpdna MTDNA 序列分析
在线阅读 下载PDF
柿属植物cpDNA分子标记开发及遗传变异研究 被引量:7
9
作者 傅建敏 索玉静 +1 位作者 张嘉嘉 谭晓风 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期1-6,共6页
基于柿属植物Diospyros spp.叶绿体全基因组测序结果,开发cpDNA分子标记,并利用16份柿属材料对其在种间及柿种内的可行性进行验证。结果表明:4个cpDNA标记在16份柿属植物中分别检测到31、27、7、25个变异位点,简约信息位点分别为14、5、... 基于柿属植物Diospyros spp.叶绿体全基因组测序结果,开发cpDNA分子标记,并利用16份柿属材料对其在种间及柿种内的可行性进行验证。结果表明:4个cpDNA标记在16份柿属植物中分别检测到31、27、7、25个变异位点,简约信息位点分别为14、5、2、13个。分别对4个标记进行聚类分析表明:CP1标记可以将11份柿品种与5个柿的近缘种完全分离,且柿与油柿距离最近,表明该标记适用于柿属植物种间资源鉴定和遗传变异分析,但不适用于柿种内;CP2、CP3、CP4标记均不能将柿品种与柿近缘种完全区分,但在11份柿品种间均检测到了多个碱基突变、插入和缺失位点,且多数柿品种发生变异的位点不同,只有‘富有’和‘中柿一号’两个品种未检测到特异的变异位点,故可以考虑用于柿种内的遗传变异研究。 展开更多
关键词 柿属植物 近缘种 cpdna分子标记 遗传变异
在线阅读 下载PDF
羌活不同地理种群cpDNA trnT-trnL多态性分析 被引量:4
10
作者 杨路存 刘何春 +2 位作者 周学丽 徐文华 周国英 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2015年第22期3390-3395,共6页
目的对245份不同产地羌活Notopterygium incisum样品的遗传多样性和遗传结构进行研究。方法采用叶绿体cpDNA trnT-trnL直接测序的方法和邻接法(NJ)对245份羌活样品进行遗传多样性和遗传结构分析。结果物种水平上单倍型多样性(Hd)指... 目的对245份不同产地羌活Notopterygium incisum样品的遗传多样性和遗传结构进行研究。方法采用叶绿体cpDNA trnT-trnL直接测序的方法和邻接法(NJ)对245份羌活样品进行遗传多样性和遗传结构分析。结果物种水平上单倍型多样性(Hd)指数为0.873,核苷酸多样性(Pi)指数为0.004 07;种群水平上Hd介于0~0.900,Pi指数介于0~0.054 4,与同属的宽叶羌活Notopterygium franchetii相比,遗传多样性水平居中;分子方差分析表明,羌活大部分遗传变异(77.55%)发生在居群间,居群间的基因流(Nm=0.145)较低,群体间变异是羌活的主要变异来源;NJ树表明,受试的31个野生种群可分为2大类群。结论羌活的遗传多样性处于中等水平,居群间遗传分化较大。 展开更多
关键词 羌活 cpdna trnT-trnL 遗传多样性 遗传结构 种群
原文传递
蒙古扁桃nrDNA ITS和cpDNA trnH-psbA序列分子进化特点研究 被引量:4
11
作者 段义忠 王建武 +1 位作者 亢福仁 李娟 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第7期3035-3041,共7页
通过对蒙古扁桃16个居群的叶绿体DNA(cpDNA)的trnH-psbA及nrDNAITS序列进行测序,对两种序列进化速率、核苷酸多样性及单倍型系统发育关系进行了初步研究。结果表明:蒙古扁桃cpDNAtrnH-psbA序列总长度为306bp,共得到52处变异位点,变... 通过对蒙古扁桃16个居群的叶绿体DNA(cpDNA)的trnH-psbA及nrDNAITS序列进行测序,对两种序列进化速率、核苷酸多样性及单倍型系统发育关系进行了初步研究。结果表明:蒙古扁桃cpDNAtrnH-psbA序列总长度为306bp,共得到52处变异位点,变异率达到17.05%,共检测到11种单倍型;nrDNAITS序列总长度为662bp,共得到6处变异位点,变异率达为0.91%,共检测到9种单倍型。经比较发现,蒙古扁桃nrDNAITS序列较cpDNAtrnH-psbA序列保守,变异速率较慢。cpDNAtrnH-psbA及nrDNAITS序列单倍型系统发育关系的各支系的支持率均较高。 展开更多
关键词 蒙古扁桃 cpdna trnH-psbA序列 NRDNA ITS序列 进化特点
原文传递
SDS-蛋白酶法分离棉花cpDNA及psbA基因启动子、终止子克隆 被引量:5
12
作者 金双侠 韩杰 +4 位作者 刘小云 刘冠泽 王一娴 唐文鑫 张献龙 《分子植物育种》 CAS CSCD 2007年第5期683-689,共7页
采用SDS-蛋白酶法提取了棉花的叶绿体DNA。琼脂糖电泳及紫外分光光度分析表明,所提取的叶绿体DNA质量高。用所提取的叶绿体DNA作为模板进行RAPD扩增,获得了清晰的扩增图谱。同时以所提取的叶绿体DNA作为模板,以psbA基因启动子、终止子... 采用SDS-蛋白酶法提取了棉花的叶绿体DNA。琼脂糖电泳及紫外分光光度分析表明,所提取的叶绿体DNA质量高。用所提取的叶绿体DNA作为模板进行RAPD扩增,获得了清晰的扩增图谱。同时以所提取的叶绿体DNA作为模板,以psbA基因启动子、终止子序列设计引物,成功地扩增出预期为312bp和382bp的目标片段。将目标片段克隆测序,经Blantn分析,结果表明上述片段正是psbA基因启动子、终止子序列。该方法与传统的提取方法相比省时、高效、无污染,为进一步开展棉花叶绿体基因工程奠定了良好基础。 展开更多
关键词 棉花 cpdna PSBA基因 SDS-蛋白酶法
在线阅读 下载PDF
观光木cpDNA非编码序列PCR反应体系优化及引物筛选 被引量:3
13
作者 何长青 王红霞 +3 位作者 付甜 黄芳芳 闫丽君 徐刚标 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第9期107-111,共5页
利用单因素与正交设计试验,对影响观光木cpDNA-PCR扩增的主要因子进行优化,建立了观光木cpDNA-PCR最适反应体系(20μL),为:50 ng模板DNA、1×PCR buffer、0.2μmol·L-1引物、2 mmol·L-1MgCl2、0.3 mmol·L-1dNTP以及1... 利用单因素与正交设计试验,对影响观光木cpDNA-PCR扩增的主要因子进行优化,建立了观光木cpDNA-PCR最适反应体系(20μL),为:50 ng模板DNA、1×PCR buffer、0.2μmol·L-1引物、2 mmol·L-1MgCl2、0.3 mmol·L-1dNTP以及1 U Taq DNA聚合酶;筛选出了适合观光木分子谱系地理学研究的非编码区序列引物,为rpl32-trnL、psbJ-petA、3′rps16-5′trnK、atpI-atpH、petL-psbE。 展开更多
关键词 观光木 cpdna非编码序列PCR 体系优化 引物筛选
在线阅读 下载PDF
珙桐cpDNA非编码序列引物反应条件优化与筛选 被引量:4
14
作者 张玉梅 徐刚标 +1 位作者 谷振军 安静 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期183-186,共4页
实验采用改良CTAB方法提取总DNA,以珙桐及其近缘种基因组DNA为材料,优化cpDNA非编码序列PCR扩增条件,优据优化的PCR扩增条件,首次筛选出适合于珙桐分子谱系地理学研究的cpDNA非编码序列和引物。结果表明:25μL PCR反应体系中含有50 ng D... 实验采用改良CTAB方法提取总DNA,以珙桐及其近缘种基因组DNA为材料,优化cpDNA非编码序列PCR扩增条件,优据优化的PCR扩增条件,首次筛选出适合于珙桐分子谱系地理学研究的cpDNA非编码序列和引物。结果表明:25μL PCR反应体系中含有50 ng DNA,10×Buffer,2.5 mmol MgCl2,0.4 mmol dNTPs,0.2μmolpri mer1,0.2μmol pri mer2,1.25 U Pfu DNA Polymerase。适宜的PCR反应程序为94℃5 min,94℃1 min,退火时间45 s,退火温度和72℃延伸时间依不同的引物和产物而不同,35个循环,72℃总延伸7 min。稳定性好的、扩增条带清晰且单一的trnSGCU和trnGUUC、F71和R1516、rps16—F和rps16—R、atpB—49和rbcL—188四对引物可作为进一步珙桐分子谱系地理学研究的引物。 展开更多
关键词 珙桐 cpdna 非编码序列 引物筛选
在线阅读 下载PDF
濒危植物宽叶羌活天然居群cpDNA非编码区多态性分析 被引量:2
15
作者 杨路存 周国英 聂学敏 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期1535-1543,共9页
采用叶绿体DNA非编码区直接测序的方法,对青海、甘肃、四川3个省区内濒危植物宽叶羌活14个天然居群的遗传多样性和遗传结构进行了研究,以明确其遗传背景,为宽叶羌活的保护提供理论依据。结果表明:(1)14个居群138个个体的序列长度介于... 采用叶绿体DNA非编码区直接测序的方法,对青海、甘肃、四川3个省区内濒危植物宽叶羌活14个天然居群的遗传多样性和遗传结构进行了研究,以明确其遗传背景,为宽叶羌活的保护提供理论依据。结果表明:(1)14个居群138个个体的序列长度介于509~515 bp;碱基组成A+T含量较高(平均67.6%)。(2)根据序列的核苷酸变异共鉴定出31个单倍型,其中9种单倍型(H5、H1、H9、H10、H16、H17、H19、H20、H22)为居群所共享,而且单倍型H5分布最广、在10个群体的67个个体中检测到,占总样品数的48.56%。(3)14个居群宽叶羌活具有高水平单倍型多样性(Hd=0.750 3)和较高水平核苷酸多样性(Pi=0.007 11),但31个单倍型没有按地理分布形成明显的族群,各地理单元中的单倍型相互混杂,没有明显的地理分化模式。(4)AMOVA分析、居群间分化度(FST=0.602 4)分析和基因流(Nm=0.330)分析的结果一致,表明宽叶羌活大部分遗传变异(60.24%)发生在居群间,居群间的基因流较低,群体间变异是宽叶羌活的主要变异来源。(5)14个居群的遗传距离在0.000~0.007,平均为0.003,表明居群间的亲缘关系较远,且居群间的遗传距离与地理距离之间无显著相关关系(P=0.143),说明宽叶羌活居群遗传变异的分布没有明显的地理趋势。研究认为,宽叶羌活居群间高的遗传变异可能是由基因流受阻、遗传漂变、地理隔离造成的,并提出了对该物种遗传多样性的保护策略。 展开更多
关键词 宽叶羌活 cpdna trnS-trnG 遗传多样性 遗传结构 居群
在线阅读 下载PDF
花椒cpDNA trnL-F间隔区序列的特征及其在混淆品鉴别中的应用 被引量:8
16
作者 沈洁 丁小余 +3 位作者 张卫明 保曙琳 常俊 唐凤 《中国野生植物资源》 2004年第3期29-32,共4页
目的 :通过分析花椒cpDNAtrnL -F间隔区序列特点 ,探讨该序列在花椒与其混淆品鉴别中的意义。方法 :对花椒及其混淆品进行cpDNAtrnL -F间隔区序列比较研究。结果 :花椒cpDNAtrnL -F间隔区序列为 349bp、AT百分比为 6 2 .1%。尽管花椒的... 目的 :通过分析花椒cpDNAtrnL -F间隔区序列特点 ,探讨该序列在花椒与其混淆品鉴别中的意义。方法 :对花椒及其混淆品进行cpDNAtrnL -F间隔区序列比较研究。结果 :花椒cpDNAtrnL -F间隔区序列为 349bp、AT百分比为 6 2 .1%。尽管花椒的果实在外部形态 ,物理特性上与混淆品差异较小 ,但在cpDNAtrnL -F间隔区序列上却存在着显著而稳定的差异。该序列在属以下的分类阶元中同源性极高 ,可达 10 0 %。结论 :根据cpDNAtrnL-F间隔区碱基序列的差异 。 展开更多
关键词 花椒 cpdnatrnL-F间隔区 序列 基因 果实 植物分类学 芸香科
在线阅读 下载PDF
利用GBS-cpDNA揭示花生属花生区组内种间亲缘关系 被引量:1
17
作者 李春娟 闫彩霞 +3 位作者 石程仁 赵小波 王娟 单世华 《花生学报》 北大核心 2018年第1期38-42,共5页
揭示栽培种花生(Arachis hypogaea L.)与同属花生区组野生种之间的亲缘关系可为野生资源引入和遗传资源保存提供重要参考。本研究基于已公布的栽培种花生叶绿体全基因组序列,以11份花生区组的野生种资源和44份不同类型的栽培种花生为研... 揭示栽培种花生(Arachis hypogaea L.)与同属花生区组野生种之间的亲缘关系可为野生资源引入和遗传资源保存提供重要参考。本研究基于已公布的栽培种花生叶绿体全基因组序列,以11份花生区组的野生种资源和44份不同类型的栽培种花生为研究材料,利用GBS(Genotyping-by Sequencing)测序结果中能够比对到叶绿体全基因组的序列信息,获得了叶绿体基因组上111个SNP位点和10个InDel位点。根据系统演化树以及主成分判别分析结果显示:与栽培种花生关系最近的野生种是A.monticola,较近的是A.duranensis、A.batizocoi、A.paraguariensist和A.hoehnei,较远的野生种包括A.helodes、A.cardenasii、A.villosa、A.stenosperma。花生区组种间亲缘关系的阐明,对花生远缘杂交育种具有重要意义。 展开更多
关键词 GBS-cpdna 花生 亲缘关系 系统树
在线阅读 下载PDF
芭蕉属植物cpDNAL16序列限制性片段长度多态性研究 被引量:1
18
作者 李博 陈雪婷 +2 位作者 姚益娟 冯慧敏 武耀廷 《热带农业科学》 2011年第7期39-45,50,共8页
采用限制性内切酶Sau3AI、MspI、TaqαI、AluI分别对获得的L16基因序列进行理论酶切。通过限制性内切酶酶切后,酶切片段大小相同的记为1,不同的记为0。相似系数和聚类分析应用NTSYS-pc2.01数据分析软件进行,采用Nei的方法计算相似系数,U... 采用限制性内切酶Sau3AI、MspI、TaqαI、AluI分别对获得的L16基因序列进行理论酶切。通过限制性内切酶酶切后,酶切片段大小相同的记为1,不同的记为0。相似系数和聚类分析应用NTSYS-pc2.01数据分析软件进行,采用Nei的方法计算相似系数,UPGMA方法聚类,绘制树状图。结果表明芭蕉属种间存在较为丰富的cpDNA PCR-RFLP多态性,种内差异性不明显,有些亚种间无法区分开。而M.acuminata具有丰富的亚种和变种,遗传差异大,多样性丰富。 展开更多
关键词 香蕉L16基因 cpdna 遗传多样性 PCR-RFLP分析 亲缘关系
在线阅读 下载PDF
基于形态和cpDNA序列探讨柽柳和甘蒙柽柳的亲缘关系
19
作者 梁红艳 权金娥 +2 位作者 冯志培 王迎春 杨喜田 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期2238-2246,共9页
柽柳科植物的系统学关系已初步明确,但部分种间的系统进化关系仍有待澄清。为明确中国黄河流域广泛分布的柽柳(Tamarix chinensis)和甘蒙柽柳(T. austromongolica)的亲缘关系,利用13个稳定的形态学性状和3个cpDNA间隔区片段(rpl20-5′-r... 柽柳科植物的系统学关系已初步明确,但部分种间的系统进化关系仍有待澄清。为明确中国黄河流域广泛分布的柽柳(Tamarix chinensis)和甘蒙柽柳(T. austromongolica)的亲缘关系,利用13个稳定的形态学性状和3个cpDNA间隔区片段(rpl20-5′-rps12, rps16, trn L-trn F)对柽柳科3属9种植物进行研究,结果表明3条序列的位点变异程度依次为trn L-trn F>rps16>rpl20-5′-rps12,柽柳和甘蒙柽柳群体共享有同一单倍型,表型和分子数据均支持柽柳和甘蒙柽柳为单系分支的近缘种,推测柽柳和甘蒙柽柳的分化大致发生在0.69Ma (0-1.93) Ma,与同属内其它物种相比,分化时间相对较晚。 展开更多
关键词 柽柳 甘蒙柽柳 亲缘关系 形态 cpdna
原文传递
基于ITS和cpDNA序列的梭梭和白梭梭物种分化 被引量:12
20
作者 孙芳芳 聂迎彬 +2 位作者 马松梅 魏博 吉万全 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第3期43-53,共11页
【目的】基于nrDNA和cpDNA 2种基因,探讨中国同域分布的梭梭和白梭梭的物种分化,分析2种基因的单片段及其片段组合对2种植物的物种鉴别力,并分析生态位分化的程度及其对物种进化的影响,为梭梭和白梭梭的系统发育和谱系地理等研究提供基... 【目的】基于nrDNA和cpDNA 2种基因,探讨中国同域分布的梭梭和白梭梭的物种分化,分析2种基因的单片段及其片段组合对2种植物的物种鉴别力,并分析生态位分化的程度及其对物种进化的影响,为梭梭和白梭梭的系统发育和谱系地理等研究提供基础数据。【方法】基于2个nrDNA序列(ITS2、ITS1-ITS4)和3个cpDNA非编码区序列(trnS-trnG、rps4和trnV),对古尔班通古特沙漠南缘同域分布的梭梭和白梭梭共30个个体进行序列分析;利用距离法(基于Kimura 2-parameter)研究2种植物的遗传分化;基于贝叶斯方法分析个体间的分子系统关系;并利用距离法、系统发育树法、BLAST比对法和诊断特征法评价ITS和cpDNA的单序列及其组合对2种植物的物种鉴别力。在此基础上,利用生态位分析软件ENMTools V1.4定量分析梭梭与白梭梭生态位分化的程度。【结果】1)对于梭梭和白梭梭,2个ITS序列拼接比对的总长均为1 117 bp,G+C含量平均分别为34.74%和34.82%,总的信息位点数分别占片段总长的2.33%和1.43%; 3个cpDNA序列拼接比对的总长均为2 344 bp,G+C含量平均分别为59.62%和59.39%,信息位点数分别占片段总长的0.68%和0.43%。2)基于ITS和cpDNA序列组合构建的贝叶斯系统发育树都表明梭梭和白梭梭各聚为一支。3)基于ITS和cpDNA序列组合计算的2种植物的种间最小遗传距离均大于种内的最大遗传距离,并且种间种内都存在1个明显的距离间隙,表明本研究所用的ITS和cpDNA的序列组合可以作为鉴定梭梭和白梭梭的DNA条形码序列。4)基于4种方法评价的ITS和cpDNA序列对梭梭和白梭梭的物种鉴别力表明:2个ITS的单序列及其序列组合的鉴别率均为100%; cpDNA序列中,rps4的单序列及其与trnS-trnG,trnV的两两序列组合的鉴别率均为0,而trnS-trnG,trnV的单序列及其序列组合,以及trnS-trnG+trnV+rps4组合的鉴别率均为100%。5)生态位参数D值和I值的观察值和一致性检验的模拟值都集中在0.65和0.90左右,表明梭梭和白梭梭的生态位分化不明显。【结论】基于ITS和cpDNA序列组合,梭梭和白梭梭物种间的遗传分化明显,分子系统关系清楚; ITS和cpDNA序列组合都可以作为鉴定梭梭和白梭梭的DNA条形码序列;梭梭和白梭梭的生态位分化不明显,说明生态因素很可能对2种植物的分化与进化没有起到明显的作用,2种植物很可能也具有相近的进化历史。本研究的结论可以为梭梭和白梭梭的系统发育、遗传和进化研究提供重要的理论依据和数据支撑。 展开更多
关键词 梭梭 白梭梭 ITS序列 cpdna序列 物种分化 分子系统关系 生态位分化
在线阅读 下载PDF
上一页 1 2 9 下一页 到第
使用帮助 返回顶部