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Fisher线性判别函数在基于COGs分类的基因组间距离研究中的应用 被引量:2
1
作者 刘蓉 王月兰 +2 位作者 朱小蓬 凌伦奖 韩汝珊 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第5期760-765,共6页
利用全基因组信息构建系统发育树 .基于COGs类 ,对每一个基因组的每一个基因 ,都用一个 17维的向量来描述其编码蛋白隶属于 17个COGs类的程度 ;而与一个基因组的所有基因相对应的那些矢量就组成一个集合 .接着 ,利用Fisher线性判别函数 ... 利用全基因组信息构建系统发育树 .基于COGs类 ,对每一个基因组的每一个基因 ,都用一个 17维的向量来描述其编码蛋白隶属于 17个COGs类的程度 ;而与一个基因组的所有基因相对应的那些矢量就组成一个集合 .接着 ,利用Fisher线性判别函数 ,寻找一组最优化的权重因子 ;在此基础上利用Fisher线性变换将上述各集合中每一个矢量进行线性变换 .使得经Fisher线性变换后 17个COGs类对基因组进化的重要程度得到更准确的反映 .最后 ,用进行变换后的矢量组成的集合间的距离代替基因组之间的距离 .使用这种方法 ,分别用 38个和 4 3个基因组做的进化树都支持了Woese的三界理论 .该方法克服了其他基于全基因组信息构建系统发育树方法难以对大小相差很大的基因组进行比较的问题 。 展开更多
关键词 Fisher线性判别函数 cogs 分类 基因组间距离 应用
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山茱萸CoG10H1基因的克隆和表达分析
2
作者 原梦 谭新杰 +7 位作者 邓萍 王盼盼 许家齐 李文文 李义龙 吕淑芳 王玉龙 侯典云 《中草药》 北大核心 2025年第11期4036-4042,共7页
目的克隆山茱萸Cornus officinalis G10H1基因(CoG10H1),并进行相关的生物信息学分析、表达分析和亚细胞定位研究。方法基于山茱萸转录组数据筛选并克隆CoG10H1基因,并对其CoG10H1及其编码蛋白的理化性质、二级结构、三级结构等进行分... 目的克隆山茱萸Cornus officinalis G10H1基因(CoG10H1),并进行相关的生物信息学分析、表达分析和亚细胞定位研究。方法基于山茱萸转录组数据筛选并克隆CoG10H1基因,并对其CoG10H1及其编码蛋白的理化性质、二级结构、三级结构等进行分析。利用实时荧光定量聚合酶链式反应PCR(real-time fluorescent quantitative polymerase chain reaction,qRT-PCR)对CoG10H1进行组织特异性表达分析。构建pCAMBIA1300-CoG10H1-GFP融合表达载体并侵染烟草叶片,激光共聚焦显微镜观察CoG10H1蛋白的亚细胞定位。结果CoG10H1的c DNA长度为1497 bp,编码499个氨基酸,有1个信号肽,在茎中表达量稍高,果实和叶片中次之,激光共聚焦显微镜下观察到CoG10H1蛋白定位于内质网中。结论CoG10H1蛋白属于细胞色素P450蛋白家族,可能在马钱苷合成通路中的发挥关键作用,为后续研究CoG10H1基因在马钱苷合成通路调控中的作用研究提供参考。 展开更多
关键词 山茱萸 CoG10H1 生物信息学 亚细胞定位 实时荧光定量PCR
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COG喷吹量对高炉冶炼过程影响数值模拟
3
作者 周圣智 周密 +3 位作者 王文鹏 唐文博 王磊 厉英 《工程科学学报》 北大核心 2025年第11期2203-2212,共10页
基于国家“碳减排、碳中和”战略,向高炉中喷吹富氢气体成为有效减排的重要方法,其中关于高炉喷吹焦炉煤气(COG)的研究也得到了广泛关注,但针对COG喷吹量对高炉冶炼过程影响的相关研究相对较少.在此基础上,本文采用计算流体动力学数值... 基于国家“碳减排、碳中和”战略,向高炉中喷吹富氢气体成为有效减排的重要方法,其中关于高炉喷吹焦炉煤气(COG)的研究也得到了广泛关注,但针对COG喷吹量对高炉冶炼过程影响的相关研究相对较少.在此基础上,本文采用计算流体动力学数值模拟方法,探究COG喷吹量对高炉内煤粉燃烧率、气体还原反应、风口处焦炭反应及软熔带等因素的影响.结果表明,随着COG喷吹量由30 m^(3)·min^(-1)提升至120 m^(3)·min^(-1),H_(2)O、CO、CO_(2)、H_(2)等组分的含量表现出一定程度的上升趋势.从煤粉燃烧率的角度看,随着COG喷吹量的增加,煤粉的挥发反应基本相同,而水煤气反应得到增强.同时以氢气为主的还原路径以及水煤气反应得到强化,且炉内的软熔带位置以及形状发生改变,基于本次模拟,COG喷吹量达到120 m^(3)·min^(-1)时相对适宜,其软熔带的厚度有所减小,透气性得到改善,气速分布相对均匀. 展开更多
关键词 高炉 富氢气体 焦炉煤气(COG) 数值模拟 喷吹量
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大垫尖翅蝗转录组分析 被引量:20
4
作者 金永玲 丛斌 +2 位作者 王丽艳 张海燕 董辉 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第8期817-825,共9页
【目的】大垫尖翅蝗Epacromius coerulipes(Ivanov)是广泛分布的草原蝗虫之一,但其基因资源缺乏。为了获得大垫尖翅蝗的基因数据,对其进行了转录组测序和分析。【方法】利用Illumina公司paired-end转录组的测序技术进行从头组装。【结... 【目的】大垫尖翅蝗Epacromius coerulipes(Ivanov)是广泛分布的草原蝗虫之一,但其基因资源缺乏。为了获得大垫尖翅蝗的基因数据,对其进行了转录组测序和分析。【方法】利用Illumina公司paired-end转录组的测序技术进行从头组装。【结果】总计获得了63 033条unigenes,平均长度为772 bp,N50为1 589 bp。通过BLAST搜索,确定有25 132条(39.87%)unigenes与NCBI数据库已知的蛋白质相匹配,其中有24 841,16 490,11 558和8 013条unigenes成功注释到Nr,Swiss-Prot,GO和COG数据库中。KEGG数据库中,7 218条unigenes形成218条代谢或信息通路。其中,189条unigenes参与外源性物质或药物的代谢通路。进一步分析显示,213条unigenes被确认为可能参与外源性物质的解毒作用,29条unigenes被确定为编码杀虫剂的目标蛋白。此外,检测到5 696条简单重复序列。【结论】该转录组测序分析将为进一步研究大垫尖翅蝗的基因功能分析及杀虫剂的抗药性机制分析奠定分子基础。 展开更多
关键词 大垫尖翅蝗 转录组 基因注释 GO数据库 COG数据库 KEGG数据库 简单重复序列
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擎天凤梨花器官全长cDNA文库的构建及EST分析 被引量:11
5
作者 刘建新 沈福泉 +5 位作者 田丹青 张智 葛亚英 沈晓岚 俞信英 王炜勇 《分子植物育种》 CAS CSCD 2009年第6期1137-1143,共7页
为了通过基因工程手段来培育花色丰富、花型奇特的擎天凤梨新品种,从擎天凤梨中筛选出花色、花型相关调控基因则是十分必要的。本研究以擎天凤梨属品种Ostara为材料,采用SMART技术成功构建了擎天凤梨花器官的质粒型全长cDNA文库,初始文... 为了通过基因工程手段来培育花色丰富、花型奇特的擎天凤梨新品种,从擎天凤梨中筛选出花色、花型相关调控基因则是十分必要的。本研究以擎天凤梨属品种Ostara为材料,采用SMART技术成功构建了擎天凤梨花器官的质粒型全长cDNA文库,初始文库滴度为3×106,插入片段平均长度大于1kb;随机挑取2004个阳性克隆进行5'EST测序,获得高质量序列1758条,经拼接获得1365条单基因簇(unigene),其中跨叠群(contig)175个和单条序列(singlet)1195个;经ORF寻找共获得有效ORF1283条;经COG分析EST序列编码的蛋白质被分为22类;经Blast分析后,获得一批花色、花器官发育、花期调控以及其它育种价值基因(包括cDNA全长或片段)。该研究结果为擎天凤梨的花色、花型转基因等育种奠定了基础。 展开更多
关键词 擎天凤梨 CDNA文库 SMART EST COG
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茶树品种福鼎大白茶和小雪芽叶片基因转录组研究 被引量:8
6
作者 李娜娜 陆建良 +1 位作者 郑新强 梁月荣 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2012年第5期974-978,共5页
以茶树品种福鼎大白茶和低温诱导型新梢白化茶树品种小雪芽叶片为材料,构建基因转录本;组装得到79 797条茶树参考基因库(Unigene),其中,基因序列长度在1 000 bp以上的有11 371条,占Unigene库总数的14.25%。SSR分析显示,共有6 439条SSR,... 以茶树品种福鼎大白茶和低温诱导型新梢白化茶树品种小雪芽叶片为材料,构建基因转录本;组装得到79 797条茶树参考基因库(Unigene),其中,基因序列长度在1 000 bp以上的有11 371条,占Unigene库总数的14.25%。SSR分析显示,共有6 439条SSR,其中1~3个碱基的完美重复SSR占84.32%。基因表达丰度RPKM值显示,小雪芽表达上调的基因数为1 821个,表达下调基因数为1 779个。差异表达基因GO和COG分析显示,引起低温诱导型茶树新梢白化的可能遗传机理存在于蛋白质翻译后的修饰过程,而且这些变异主要发生在细胞内。 展开更多
关键词 转录组 新梢白化 茶树参考基因库 SSR 基因表达 GO COG
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脑卒中患者下肢外骨骼康复机器人步态规划与运动学仿真 被引量:11
7
作者 朱志伟 唐春霞 +1 位作者 徐立娟 陈殿生 《机械设计与制造》 北大核心 2022年第1期247-250,256,共5页
为满足越来越多的脑卒中患者辅助行走和康复训练的需要,设计了一款下肢外骨骼机器人模型,采用D-H参数法建立踝关节、膝关节、髋关节坐标系,推演出步态周期内的坐标方程。为了安全起见,要求脑卒中患者步行速度慢且步长短,利用CoG(Center ... 为满足越来越多的脑卒中患者辅助行走和康复训练的需要,设计了一款下肢外骨骼机器人模型,采用D-H参数法建立踝关节、膝关节、髋关节坐标系,推演出步态周期内的坐标方程。为了安全起见,要求脑卒中患者步行速度慢且步长短,利用CoG(Center of Gravity,重心地面投影点)作为步态规划中的稳定性判断依据,并用Robotics Toolbox for Matlab仿真,结果表明:下肢外骨骼康复机器人在康复训练过程中各关节具有连续且稳定的步态轨迹,为后续脑卒中患者使用的下肢外骨骼康复机器人样机研制提供了必要的理论依据。 展开更多
关键词 脑卒中 步态规划 COG 下肢外骨骼机器人 MATLAB
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基于Cog Tool的数字界面交互行为认知模型仿真研究 被引量:2
8
作者 王海燕 陈默 +2 位作者 仇荣荣 薛澄岐 黄雅梅 《航天医学与医学工程》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期34-38,共5页
目的确定人在视觉信息搜索中的通用认知模式,归纳符合用户认知模式的基本设计准则。方法在用户需求一致性的前提下,通过Cog Tool可视化仿真模型将用户交互过程中的每一步骤进行拆解分析,找出用户在面对不同界面引导作用下的内在认知规律... 目的确定人在视觉信息搜索中的通用认知模式,归纳符合用户认知模式的基本设计准则。方法在用户需求一致性的前提下,通过Cog Tool可视化仿真模型将用户交互过程中的每一步骤进行拆解分析,找出用户在面对不同界面引导作用下的内在认知规律,并探讨界面布局的不同对用户搜索用时的影响,同时结合眼动实验,对比用户在实际操作过程中与模拟操作情况下的认知差异。结果通过Cog Tool的仿真分析与眼动实验相结合的实验数值对比,将用户在交互过程中的内在认知规律提取出来。结论本研究提出的面向界面布局的设计准则,可帮助设计师提高信息认知效率。 展开更多
关键词 认知模型 眼动实验 设计准则 COG TOOL
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胃癌TIMP3基因启动子甲基化及其蛋白表达的研究 被引量:15
9
作者 关志宇 戴冬秋 《世界华人消化杂志》 CAS 北大核心 2006年第2期138-143,共6页
目的:探讨组织金属蛋白酶抑制因子-3(tissue inhibitor of metalloproteinase 3,TIMP3)基因启动子甲基化与其蛋白表达的相关性,并分析 TIMP3基因CpG岛异常甲基化与胃腺癌及其临床病理特征的关联性.方法:应用甲基化特异性PCR(MSP)技术... 目的:探讨组织金属蛋白酶抑制因子-3(tissue inhibitor of metalloproteinase 3,TIMP3)基因启动子甲基化与其蛋白表达的相关性,并分析 TIMP3基因CpG岛异常甲基化与胃腺癌及其临床病理特征的关联性.方法:应用甲基化特异性PCR(MSP)技术和免疫组织化学方法分别检测78例患者的胃正常黏膜组织、胃癌组织及转移淋巴结中,TIMP3 基因启动子甲基化和蛋白表达情况.结果:胃正常黏膜组织、早期、进展期胃癌组织和转移淋巴结中TIMP3基因启动子均有甲基化修饰,其阳性率分别为35.9%(28/78); 85.0%(17/20),89.7%(52/58);转移淋巴结 100%(78/78).胃癌组TIMP3基因启动子甲基化率明显高于胃正常黏膜组(尸<0.05).胃正常黏膜组织TIMP3蛋白表达全部为阳性(100%), 20例早期胃癌中,6例阳性(30%),58例进展期胃癌中,2例阳性(3.4%),在转移淋巴结中全部不表达(0%).胃癌70例蛋白表达阴性的标本中,64例TIMP3基因启动子甲基化阳性 (91.4%),TIMP3蛋白表达与启动子甲基化呈明显负相关(P<0.01).结论:启动子区CpG岛高甲基化是胃癌组织中TIMP3基因表达失活的主要机制,可能成为胃癌分子诊断与病期评估的标志之一. 展开更多
关键词 胃癌 TIMP3 CoG岛 甲基化
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抗人TLR9抗体对CpG寡核苷酸介导的人外周血单核细胞肿瘤坏死因子-α释放的影响 被引量:3
10
作者 吴翀 丁国富 周红 《中国临床药理学与治疗学》 CAS CSCD 2006年第3期324-327,共4页
目的:观察细胞膜上的TLR9在CpG寡核苷酸(ODN)激活的信号转导通路中的作用。方法:采用抗TLR9抗体阻断人外周血单个核细胞(hPBMCs)表面的TLR9,观察细胞膜表面的TLR9是否与CpGODN的内化和肿瘤坏死因子-α(TNF-α)的释放直接相关。结果:虽然... 目的:观察细胞膜上的TLR9在CpG寡核苷酸(ODN)激活的信号转导通路中的作用。方法:采用抗TLR9抗体阻断人外周血单个核细胞(hPBMCs)表面的TLR9,观察细胞膜表面的TLR9是否与CpGODN的内化和肿瘤坏死因子-α(TNF-α)的释放直接相关。结果:虽然CpG ODN和GpC ODN都能被细胞吞噬,但只有CpG ODN能够引起TNF-α释放;氯喹作为内体成熟抑制剂,在抑制这两种寡核苷酸降解的过程中无显著性差别;当使用抗人TLR9抗体阻断细胞膜表面的TLR9,对CpG ODN的内化、CpGODN诱导的TNF-α释放以及氯喹对CpG ODN诱导hPBMCs释放TNF-α的抑制作用均没有显著影响。结论:细胞膜上的TLR9对CpG ODN的内化和hPB-MCs释放TNF-α没有直接影响。 展开更多
关键词 CoG寡核苷酸 TLR9 氯喹 肿瘤坏死因子-Α 内化
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基于PID与cogging力补偿的直线电动机控制 被引量:3
11
作者 穆海华 周云飞 严思杰 《微电机》 北大核心 2007年第10期48-51,共4页
直线电动机cogging力是影响伺服控制定位精度和跟踪精度的重要因素。目前电动机几何结构优化与有效的控制策略是减小直线电动机cogging力的主要措施。在分析已有研究的基础上,提出了一种完全基于试验的cogging力迭代标定方法,并结合PID... 直线电动机cogging力是影响伺服控制定位精度和跟踪精度的重要因素。目前电动机几何结构优化与有效的控制策略是减小直线电动机cogging力的主要措施。在分析已有研究的基础上,提出了一种完全基于试验的cogging力迭代标定方法,并结合PID位置/力控制策略实现了直线电动机cogging力的补偿。所提出的方法已在气浮结构运动平台上进行了验证,给出了cogging力迭代标定的试验结果,对比了cogging力补偿前后的伺服控制跟踪误差。结果表明了提出方法的实用性和有效性。 展开更多
关键词 cogging力 标定 补偿 PID控制 直线电动机
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CoG软件包技术与应用 被引量:4
12
作者 罗秉安 张立臣 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2003年第18期133-134,152,共3页
CoG软件包的目标是研究商品化分布式计算技术如何与网格应用桥接起来,论文主要通过阐述CORBA技术与现有网格构架集成方法,介绍了CoG软件包的技术与应用。
关键词 网格 分布式计算 CORBA COG
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COG6基因新突变致新生儿期起病的先天性糖基化障碍1例并文献复习 被引量:2
13
作者 吴冰冰 李宛星 +2 位作者 杨琳 王慧君 周文浩 《中国循证儿科杂志》 CSCD 北大核心 2017年第1期49-53,共5页
目的诊断1例COG6基因复合杂合突变所致的先天性糖基化障碍(CDG),为CDG患儿的的早期诊断、制定干预措施和结局预测提供依据。方法总结1例携带有COG6复合杂合突变的CDG患儿的临床表型、家系sanger验证信息、影像学表现、实验室检查和随访... 目的诊断1例COG6基因复合杂合突变所致的先天性糖基化障碍(CDG),为CDG患儿的的早期诊断、制定干预措施和结局预测提供依据。方法总结1例携带有COG6复合杂合突变的CDG患儿的临床表型、家系sanger验证信息、影像学表现、实验室检查和随访信息,对COG6及其他Golgi复合体(COG)基因突变所致CDG的疾病表型行文献复习。结果患儿因早产、生后反复气促吐沫1月余就诊,主要表现为不明原因反复高热伴肝酶异常,皮肤少汗,异常面容,并存在心、肺、肾、凝血和神经系统异常。行核心家系全外显子组检测发现COG6基因复合杂合突变c.511C>T(p.R171X)和c.540G>A(p.E180E),c.511C>T来源于母亲,是人类基因突变数据库(HGMD)已报道的CDGⅡ型的致病突变;c.540G>A来源于父亲,为新发突变。汇总专业版HGMD已报道的COG6-CDG患儿9例加本文1例共10例表型(CDGⅡ型),异常面容,可表现为肝、皮肤、心脏、肾脏、骨骼、关节、凝血、免疫、神经系、听力和视觉异常或其他畸形等,多数患儿生长发育迟缓,预后不良,5例病死,存活者均进展为严重肝功能障碍伴反复感染。比COG-CDG其他亚型,临床表现更丰富、病情偏重且预后差。结论新生儿期表现为不明原因高热伴肝酶异常,皮肤少汗,肌张力异常,或存在心、肾、免疫和凝血等多器官和系统功能异常的患儿,应高度怀疑COG6-CDG,此类患儿多数生长发育迟缓,预后不良,新生儿期通过基因测序可早期诊断。 展开更多
关键词 COG6基因 先天性糖基化障碍 少汗型外胚层发育不良 突变 高尔基复合体
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基于重心法的模糊风险分析 被引量:2
14
作者 张成 李婷 刘晓真 《辽宁工程技术大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2012年第2期240-243,共4页
为了使模糊风险分析理论在实际中的应用更有效,需要建立更合理的模糊数间的相似性测度公式.以往基于重心法所建立的模糊数间的相似性测度依据的都是近似的重心公式,缺乏理论根据.针对广义梯形模糊数,采用SCGM建立准确的COG公式,说明了... 为了使模糊风险分析理论在实际中的应用更有效,需要建立更合理的模糊数间的相似性测度公式.以往基于重心法所建立的模糊数间的相似性测度依据的都是近似的重心公式,缺乏理论根据.针对广义梯形模糊数,采用SCGM建立准确的COG公式,说明了基于此表达式计算广义梯形模糊数相似度的优势,从而克服了用近似重心公式得到的相似性测度公式的缺陷.结果表明:基于准确COG表达式所给出的相似性测度进行模糊风险分析,得到的结果可靠性更高,便于决策者作出更加准确的决策. 展开更多
关键词 模糊数 广义梯形模糊数 相似性测度 COG 公式 scgm 风险分析结构 语言指标集 模糊风险分析
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图像识别技术在全自动COG压接机中的应用 被引量:2
15
作者 李文娟 田兴志 何惠阳 《光学精密工程》 EI CAS CSCD 2004年第z2期206-209,共4页
全自动COG(chip-on-glass)压接机是集精密机械、图像识别、自动控制、计算机应用、光学、检测、气动等多领域技术于一体的现代化微电子设备,是光机电高度集成化的设备.COG是实现液晶模块的高度集成化、薄型化的新技术.工作原理是通过高... 全自动COG(chip-on-glass)压接机是集精密机械、图像识别、自动控制、计算机应用、光学、检测、气动等多领域技术于一体的现代化微电子设备,是光机电高度集成化的设备.COG是实现液晶模块的高度集成化、薄型化的新技术.工作原理是通过高温及一定压力使驱动电路芯片与液晶板之间的导电粒子膜(ACF)受到破坏而露出导电粒子,实现驱动芯片与液晶板的牢固连接,从而接通芯片与液晶板线路.采用图像识别系统代替手动对准方式对芯片和晶片位置进行采集,定位,并反馈到控制系统来调整晶片的位置,以提高设备压接精度,缩短压接周期. 展开更多
关键词 COG压接机 图像识别 光机电一体化 驱动芯片
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基于ANSYS的COG邦定机压头热应变分析 被引量:3
16
作者 龙海强 郭文谦 +1 位作者 徐键 田兴志 《微计算机信息》 北大核心 2006年第12S期253-255,97,共4页
COG邦定机是液晶模块生产中的关键设备,是集光学、计算机控制、图像识别处理、精密机械等多学科技术于一体的高精度、高可靠性微电子专用设备。邦定机压头是拾取芯片进入CCD物方视场进行图像识别采样并最终完成压接的重要部件之一。由于... COG邦定机是液晶模块生产中的关键设备,是集光学、计算机控制、图像识别处理、精密机械等多学科技术于一体的高精度、高可靠性微电子专用设备。邦定机压头是拾取芯片进入CCD物方视场进行图像识别采样并最终完成压接的重要部件之一。由于CCD相机物方视场较小,压头工作中因加热引起的热变形影响CCD图像识别,往往使得加热后IC的图像识别模糊不清。本文利用ANSYS软件成熟的热应力分析功能分析并获得了压头热变形理论值,结合实际测量验证了有限元分析结果,以理论分析结果进行压头调节获得了较理想的IC标识CCD图像识别效果。 展开更多
关键词 COG邦定机 ANSYS 热应变 有限元
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细菌抗铜机制研究进展 被引量:1
17
作者 李建凯 李珊 +3 位作者 魏云林 林连兵 张琦 季秀玲 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2016年第2期230-233,239,共5页
随着重金属在冶金、化工、造纸、农业和医药业等方面的广泛应用,重金属对环境的污染问题也逐步凸现,其治理日益受到重视。越来越多的研究发现,微生物不仅能在较高浓度的金属离子环境中生存,还在解除重金属对生物的毒性方面发挥重要作用... 随着重金属在冶金、化工、造纸、农业和医药业等方面的广泛应用,重金属对环境的污染问题也逐步凸现,其治理日益受到重视。越来越多的研究发现,微生物不仅能在较高浓度的金属离子环境中生存,还在解除重金属对生物的毒性方面发挥重要作用。本研究较全面地综述了细菌的几种不同的抗铜机制:细菌抗铜的cop系统、pco系统和MerR家族的转录因子调节,并对未来的相关研究方向做出了展望。 展开更多
关键词 铜抗性机制 Cop系统 Pco系统 COG0789家族
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Metagenome of microorganisms associated with the toxic Cyanobacteria Microcystis aeruginosa analyzed using the 454 sequencing platform 被引量:2
18
作者 李楠 张蕾 +5 位作者 李富超 王玥珠 朱永强 康慧 王升跃 秦松 《Chinese Journal of Oceanology and Limnology》 SCIE CAS CSCD 2011年第3期505-513,共9页
In this study, the 454 pyrosequencing technology was used to analyze the DNA of the Microcystis aeruginosa symbiosis system from cyanobacterial algal blooms in Taihu Lake, China. We generated 183 228 reads with an ave... In this study, the 454 pyrosequencing technology was used to analyze the DNA of the Microcystis aeruginosa symbiosis system from cyanobacterial algal blooms in Taihu Lake, China. We generated 183 228 reads with an average length of 248 bp. Running the 454 assembly algorithm over our sequences yielded 22 239 significant contigs. After excluding the M. aeruginosa sequences, we obtained 1 322 assembled contigs longer than 1 000 bp. Taxonomic analysis indicated that four kingdoms were represented in the community: Archaea (n = 9; 0.01%), Bacteria (n = 98 921; 99.6%), Eukaryota (n = 373; 3.7%), and Viruses (n = 18; 0.02%). The bacterial sequences were predominantly Alphaproteobacteria (n = 41 805; 83.3%), Betaproteobacteria (n = 5 254; 10.5%) and Gammaproteobacteria (n = 1 180; 2.4%). Gene annotations and assignment of COG (clusters of orthologous groups) functional categories indicate that a large number of the predicted genes are involved in metabolic, genetic, and environmental information processes. Our results demonstrate the extraordinary diversity of a microbial community in an ectosymbiotic system and further establish the tremendous utility of pyrosequencing. 展开更多
关键词 Microcystis aeruginosa ectosymbiosis DIVERSITY cogs algal bloom METAGENOME
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网格门户开发工具综述 被引量:1
19
作者 郑晶 蒋秀凤 《计算机与现代化》 2006年第5期101-104,共4页
阐述了几种网格门户开发工具的结构及其特点。同时,开发网格门户的工具需要提供最全面的功能,并随着网格开发工具的不断更新,由此提出了使用GridSphere网格开发工具。
关键词 网格计算 网格门户 GPDK GRIDSPHERE JAVA COG KIT
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GHR、COG基因多态性与NASH发病关系的研究 被引量:1
20
作者 杜井峰 杨丽 +4 位作者 朱艳丽 刘亮 周海瑞 程开 赵金涛 《齐齐哈尔医学院学报》 2013年第11期1561-1562,共2页
目的研究非酒精性脂肪性肝炎(NASH)与生长激素受体(GHR)以及保守低聚物高尔基体(COG)基因多态性发病关系的研究。方法应用聚合酶链式反应(PCR)检测分析70例肝活检证实的NASH患者和120例健康志愿者的血液样本。并对所有患者和志愿者检测... 目的研究非酒精性脂肪性肝炎(NASH)与生长激素受体(GHR)以及保守低聚物高尔基体(COG)基因多态性发病关系的研究。方法应用聚合酶链式反应(PCR)检测分析70例肝活检证实的NASH患者和120例健康志愿者的血液样本。并对所有患者和志愿者检测出体重指数(BMI)和血液样本的相关实验室指标。对患者组行腹部CT检查和肝穿刺活检。结果 NASH病例组中携带fl/fl基因型者血浆低密度脂蛋白水平明显高于d3/-基因型组;NASH病例组中携带G/G基因型的患者肝细胞气球样变指数明显高于A/-组(P<0.01)。结论 GHR中的d3等位基因降低了NASH发病的可能性;NASH病例组中携带G/G基因型的患者更易发生肝细胞气球样变。 展开更多
关键词 非酒精性脂肪性肝炎(NASH) 生长激素受体(GHR) 低密度脂蛋白(LDL) 保守低聚物高尔基体(COG) 肝细胞气球样变性(hepatocyte ballooning)
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