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菊花CmAP1基因克隆及其植物表达载体构建 被引量:2
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作者 梁芳 黄萍 +2 位作者 袁秀云 崔波 李霞 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期952-959,共8页
【目的】克隆菊花CmAPETALA1基因(CmAP1)并构建植物表达载体,为该基因功能的遗传改良打下研究基础。【方法】采用同源克隆及RT-PCR从菊花叶片中克隆CmAP1基因,运用在线生物信息学分析工具对其核苷酸及氨基酸序列进行分析,利用实时荧光定... 【目的】克隆菊花CmAPETALA1基因(CmAP1)并构建植物表达载体,为该基因功能的遗传改良打下研究基础。【方法】采用同源克隆及RT-PCR从菊花叶片中克隆CmAP1基因,运用在线生物信息学分析工具对其核苷酸及氨基酸序列进行分析,利用实时荧光定量PCR对该基因的组织表达差异进行分析,并用双酶切法将目的基因与pCAMBIA1300载体连接,构建植物表达载体。【结果】克隆获得的CmAP1基因(Gen Bank登录号KU872999)编码区开放阅读框(ORF)长741 bp,编码246个氨基酸;CmAP1蛋白属亲水性蛋白,分子质量约28.3 kD、理论等电点(p I)为8.76,预测该蛋白内含10个磷酸化位点和2个潜在的N-糖基化位点;蛋白氨基酸序列比对和系统发育进化分析结果表明,CmAP1蛋白与CDM111蛋白的同源性达98%,属MADS-box基因家族A类基因的euAP1分支;实时荧光定量PCR分析结果表明,CmAP1基因在花蕾中表达量极高,在舌状花和筒状花中表达量较低,而在营养器官中仅痕量表达。将CmAP1基因连接到pCAMBIA1300载体上,可成功构建植物表达载体pCAMBIA1300-CmAP1。【结论】CmAP1基因在花的发育及形成过程中发挥重要作用,成功构建获得的植物表达载体pCAMBIA1300-CmAP1可为后期利用基因工程手段改变菊花花形态结构、调控花期及遗传改良打下基础。 展开更多
关键词 菊花 cmapETALA1(cmap1) 基因克隆 植物表达载体 生物信息学
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ECMWF再分析日降雨量与CMAP候降雨量在中国境内的数据整合 被引量:4
2
作者 崔茂常 朱海 《地球科学进展》 CAS CSCD 2000年第4期440-445,共6页
将中国境内 1 980~ 1 993年 ECMWF再分析日降雨量和美国环境预报中心 CMAP候降雨量按 1 6种方案整合后 ,再与实测资料做相关分析得出粗略的质量评估 ;并应用旋转主成分分析结合复变量莫莱特小波变换分析方法就其在东亚季风区的空间模... 将中国境内 1 980~ 1 993年 ECMWF再分析日降雨量和美国环境预报中心 CMAP候降雨量按 1 6种方案整合后 ,再与实测资料做相关分析得出粗略的质量评估 ;并应用旋转主成分分析结合复变量莫莱特小波变换分析方法就其在东亚季风区的空间模态和不同频率下变化的时间序列得出具体的质量评估。结果表明 :由最好的整合资料算出的 6个旋转空间模态与实测资料比较除顺序有所改变外二者惊人地相似 ,不仅其 1 4a日均降雨量和标准偏差借助遥感候降雨量较再分析数据大有改进 (尤其在四川盆地 ) ,而且还保留了再分析日降雨量再现不同时间尺度下实测降雨量波动的能力。除周内波动有所不同外 ,与夏季风爆发和洪涝灾害关系密切的周际以上波动与实测资料大致相符或基本吻合。 展开更多
关键词 数据整合 中国日降雨量 ECMWF再分析数据 cmap候降雨量
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基于生物信息学和CMap数据库分析肺癌相关基因及潜在治疗药物 被引量:1
3
作者 张虎 黄欣 +2 位作者 李妍 韩毅 李羚 《药学研究》 CAS 2023年第9期654-660,共7页
目的基于生物信息学和关联性图谱(CMap)数据库筛选肺癌相关基因及其潜在的治疗药物,为肺癌的治疗提供新思路。方法从基因表达数据库(GEO)中选择GSE89039、GSE118370和GSE136043,采用R软件筛选差异表达基因(DEGs),将DEGs进行GO和KEGG富... 目的基于生物信息学和关联性图谱(CMap)数据库筛选肺癌相关基因及其潜在的治疗药物,为肺癌的治疗提供新思路。方法从基因表达数据库(GEO)中选择GSE89039、GSE118370和GSE136043,采用R软件筛选差异表达基因(DEGs),将DEGs进行GO和KEGG富集分析,并构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;使用基因表达谱交互分析(GEPIA)验证枢纽基因的表达以及预后价值;采用CMap数据库筛选具有肺癌治疗作用的潜在候选药物。结果我们共确定了530个DEGs,包括150个上调基因和380个下调基因。这些DEGs主要富集在细胞外基质(ECM)-受体相互作用、细胞黏附等方面。PPI网络由527个节点,1298条连接线组成,前十个枢纽基因分别为SDC1、CDH5、FGF2、PECAM1、IL6、CAV1、MMP9、SPP1、VWF、PPARG。通过GEPIA分析这些枢纽基因相关的总生存期(OS),结果显示SPP1对OS具有显著影响。使用CMap数据库筛选出的对肺癌具有潜在治疗作用的FDA批准上市的候选药物,包括腺苷脱氨酶抑制剂(克拉屈滨)、核糖苷还原酶抑制剂(氯法拉滨)、抗病毒药(阿糖腺苷)、拓扑异构酶抑制剂(替尼泊苷)、RNA聚合酶抑制剂(放线菌素)、抗代谢药物(阿糖胞苷)。结论借助生物信息学和CMap数据库挖掘发现克拉屈滨等药物对肺癌具有潜在的治疗作用。本研究为寻找肺癌的治疗方案提供了新的思路,具有重要的临床意义。 展开更多
关键词 肺癌 差异表达基因 生物信息学 cmap数据库
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长期重复应用A型肉毒毒素治疗面肌痉挛对面神经传导速度及CMAP的影响
4
作者 张璇 梁战华 +3 位作者 刘新平 宋春丽 周丽娜 闫媛媛 《湖南中医药大学学报》 CAS 2018年第A01期1020-1020,共1页
目的:探究长期重复应用A型肉毒毒素治疗面肌痉挛对面神经传导速度及CMAP的影响。方法:选取在我院确诊并接受治疗的50例面肌痉挛患者作为研究对象,将其中25例未接受A型肉毒毒素治疗的患者作为对照组,另外长期重复接受A型肉毒毒素注射治... 目的:探究长期重复应用A型肉毒毒素治疗面肌痉挛对面神经传导速度及CMAP的影响。方法:选取在我院确诊并接受治疗的50例面肌痉挛患者作为研究对象,将其中25例未接受A型肉毒毒素治疗的患者作为对照组,另外长期重复接受A型肉毒毒素注射治疗的患者作为观察组。然后测量双侧面神经传导速度及复合肌肉动作电位波幅(CMAP)。结果:长期接受A型肉毒毒素注射治疗的观察组患者健患侧的CMAP波幅比较,患侧较健侧相比波幅明显降低。未接受A型肉毒毒素注射治疗的患者健患侧的CMAP波幅相比,两侧的CMAP的波幅无显著差异。结论:长期接受A型肉毒毒素治疗面肌痉挛的患者,其患侧CMAP的波幅的降低对面神经的传导速度无明显的影响。 展开更多
关键词 A型肉毒毒素 面肌痉挛 面神经传导速度 cmap
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基于CMAP软件的数据建库前的处理
5
作者 张帅 邱春霞 杨存英 《测绘与空间地理信息》 2016年第11期164-167,共4页
数据建库前的相关处理是数据建库过程中最重要且工作量最大的环节。本文以1∶2 000矢量数据为例,基于CMAP和Super Map软件对数据建库前处理的关键技术进行探讨。通过在CMAP和Super Map中对比分析矢量数据建库前处理的差异与优势,总结出... 数据建库前的相关处理是数据建库过程中最重要且工作量最大的环节。本文以1∶2 000矢量数据为例,基于CMAP和Super Map软件对数据建库前处理的关键技术进行探讨。通过在CMAP和Super Map中对比分析矢量数据建库前处理的差异与优势,总结出矢量数据建库的关键技术,同时实现了图库一体化。 展开更多
关键词 数据建库 cmap软件 SuperMap软件 图库一体化
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基于CMap数据库分析骨质疏松症相关基因及潜在治疗药物 被引量:3
6
作者 陈儒 王艺 王卫国 《西部医学》 2020年第8期1150-1155,共6页
目的基于CMap数据库筛选骨质疏松症(OP)相关基因及潜在治疗药物,为OP的治疗提供新思路。方法检索GEO数据库中关于OP的相关芯片,采用R语言分析差异基因;检索疾病基因公共数据库,获得已知OP的相关致病基因,通过映射获得OP的致病关键靶点,... 目的基于CMap数据库筛选骨质疏松症(OP)相关基因及潜在治疗药物,为OP的治疗提供新思路。方法检索GEO数据库中关于OP的相关芯片,采用R语言分析差异基因;检索疾病基因公共数据库,获得已知OP的相关致病基因,通过映射获得OP的致病关键靶点,构建作用靶点的蛋白质-蛋白质相互作用关系(PPI)网络,利用DAVID数据库对关键基因进行GO分析和KEGG通路分析,采用关联性图谱(CMap)数据库筛选出负相关的小分子化合物。结果检索GEO数据库筛选出GSE56116的芯片,利用R语言分析筛选出69个上调基因和106个下调基因;通过检索GAD、TTD、OMIM、DrugBank、PharmGKB和DisGeNET数据库,得到691个与OP发病相关的已知靶点,通过映射获得OP致病的14个关键基因;DAVID数据库富集分析结果显示,OP关键靶点主要与免疫反应、对过氧化氢的反应、抗原处理和呈递等生物学过程相关。借助CMap数据库结果显示,地高辛、橙皮苷等小分子化合物具有较高的负相关。结论借助生物信息学和CMap数据库挖掘,地高辛和橙皮苷等小分子化合物可能为OP的候选治疗药物。同时,本研究方法为发现疾病的候选治疗药物开辟了新途径和思路。 展开更多
关键词 骨质疏松症 cmap数据库 网络药理学 生物信息学
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肌萎缩侧索硬化症CMAP波幅与ALSFRS-r评分的相关性分析 被引量:5
7
作者 秦星 靳娇婷 +6 位作者 胡芳芳 康丽 刘潇 贾蕊 赵星 张荣华 党静霞 《西安交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期634-638,共5页
目的分析肌萎缩侧索硬化症(ALS)患者运动神经传导复合肌肉动作电位(compound muscle action potential,CMAP)波幅下降与改良肌萎缩侧索硬化功能评分(revised amyotrophic lateral sclerosis functional rating scale,ALSFRS-r)的相关性... 目的分析肌萎缩侧索硬化症(ALS)患者运动神经传导复合肌肉动作电位(compound muscle action potential,CMAP)波幅下降与改良肌萎缩侧索硬化功能评分(revised amyotrophic lateral sclerosis functional rating scale,ALSFRS-r)的相关性。方法 258例ALS患者进行常规运动神经传导测定,对上、下肢不同神经CMAP波幅下降进行分析,并探讨其与ALSFRS-r评分及各亚项评分的关系。结果大多数患者出现运动神经传导异常,其中正中神经、尺神经、腓总神经和胫神经传导异常均以CMAP波幅减低最为常见(14.80%~59.90%),然后依次为末端运动潜伏期(distal motor latency,DML)延长(1.83%~25.00%)、CMAP未引出(2.23%~10.55%)和运动传导速度(motor conduction velocity,MCV)减慢(0~14.36%)。相关分析显示,正中神经、尺神经、腓总神经和胫神经的CMAP波幅与ALSFRS-r呈正相关(r=0.333,P<0.001;r=0.284,P<0.001;r=0.189,P=0.002;r=0.253,P<0.001)。Logistic回归分析显示,正中神经和胫神经的CMAP波幅与ALSFRS-r呈正相关,ALSFRS-r颈膨大亚项得分与正中神经CMAP波幅明显相关,而与尺神经CMAP波幅无相关性;ALSFRS-r腰膨大评分与胫神经和腓总神经CMAP波幅均有相关性。结论ALS患者运动神经传导异常以CMAP波幅下降最多见。它是一种有效的不可忽视的客观判断ALS病情严重程度的电生理指标,不同神经的CMAP波幅下降对判断颈膨大和腰膨大支配肌肉功能损害程度与ALSFRS-r评分中各个亚项评分具有同等评估效能。 展开更多
关键词 肌萎缩侧索硬化 复合肌肉动作电位 改良肌萎缩侧索硬化功能评分
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Cmap tools在《教学技术与媒体》课程教学中的应用探究
8
作者 齐菊 高志军 《软件导刊.教育技术》 2013年第11期22-23,共2页
Cmap tools就是一款功能强大的概念图软件。结合Cmap tools在宁夏大学教育技术2011级本科生专业英语课《教学技术与媒体》第一部分第三章The ASSURE Model的应用实例分析,探究Cmap tools概念图在《教学技术与媒体》课程中的应用。
关键词 cmap TOOLS 教学技术与媒体 专业英语
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COMBINATION OF ECMWF REANALYZED DAILY RAINFALL AND PENTAD CMAP IN CHINA
9
作者 崔茂常 朱海 《Chinese Journal of Oceanology and Limnology》 SCIE CAS CSCD 2001年第3期200-207,共8页
In this study, 16 combinations of the ECMWF (European Centre for Medium Range Weather Forecast) reanalyzed daily rainfall and the pentad CMAP in China for the period 1980-1993(1 May-31 Dec.) were calculated. Correlati... In this study, 16 combinations of the ECMWF (European Centre for Medium Range Weather Forecast) reanalyzed daily rainfall and the pentad CMAP in China for the period 1980-1993(1 May-31 Dec.) were calculated. Correlation analysis was used to roughly evaluate daily rainfall for the whole of China and a combination of RPC (rotated principal component) and wavelet analyses was applied to data on observed and combined daily rainfall to obtain a detailed evaluation of the quality of these combined datasets in 6 selected major rainfall regions of eastern China. The results showed that except for intraweekly fluctuation, the best combination was roughly similar to or accorded well with observation in the aspects of space variation patterns and long period rainfall fluctuations related to monsoon onset and serious meteorologic disasters, indicating that this combination yielded better values of long term daily mean and standard deviation through the pentad CMAP (CPC Merged Analysis of Precipitation), and can also represent rainfall fluctuations through the reanalyzed daily rainfall. 展开更多
关键词 data combination daily rainfall in China ECMWF reanalysis pentad cmap
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Discrepancies in boreal summer monsoon rainfall between GPCP and CMAP products during 1979–2014
10
作者 HAO Yu-Qian ZHU Cong-Wen LIU Bo-Qi 《Atmospheric and Oceanic Science Letters》 CSCD 2016年第3期226-233,共8页
This study compares the boreal summer monsoon (BSM) precipitation between the GPCP and CMAP products during 1979-2014. The authors apply temporal, spatial correlation and error evaluation methods to evaluate their d... This study compares the boreal summer monsoon (BSM) precipitation between the GPCP and CMAP products during 1979-2014. The authors apply temporal, spatial correlation and error evaluation methods to evaluate their discrepancies in terms of BSM distribution and summer rainfall interannual variability over the five BSM regions. The results suggest that the climatology of the seasonal evolution of BSM rainfall is reflected well in both datasets, and the summer rainfall anomalies of the two products are highly correlated. However, major diversity is found in the rainfall pattern and the magnitude in climatology over the oceanic monsoon areas, especially the western North Pacific monsoon region, as well as in the interannual variability of summer rainfall anomalies over the North Africa and India monsoon regions. Although inconsistency between the two datasets is evident before the 1990s, the use of their arithmetic mean is demonstrated to be an efficient way to reduce the uncertainty between them. 展开更多
关键词 GPCP cmap boreal summermonsoonl interannualvariability data evaluation
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GPS定位仪和Google Earth、Ar cmap 10程序在林业司法鉴定中的综合应用研究
11
作者 林堂洲 《绿色科技》 2016年第1期11-12,共2页
介绍了GPS和Google Earth、Ar cmap10程序在林业司法鉴定中的综合应用研究,指出了使用该技术可以精确地定位司法鉴定地块范围边界,准确地判定地块破坏前地类,快速地计算面积、制作图件,节省大量人力、物力,保证司法公正。
关键词 GPS GOOGLE EARTH AR cmap10 林业司法鉴定 应用
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circRNA-miRNA-mRNA调控网络的挖掘以筛选缺血性脑卒中的潜在治疗药物 被引量:1
12
作者 吴玉敏 王钟兴 于瑜 《中山大学学报(医学科学版)》 北大核心 2025年第3期456-465,共10页
【目的】挖掘缺血性脑卒中潜在的circRNA-miRNA-mRNA调控网络及其相应的治疗药物。【方法】利用GEO数据库发布的数据并选择研究大脑中动脉栓塞(MCAO)小鼠RNA表达水平的3个数据集GSE115697、GSE51586和GSE137482,使用R中的Limma包来筛选... 【目的】挖掘缺血性脑卒中潜在的circRNA-miRNA-mRNA调控网络及其相应的治疗药物。【方法】利用GEO数据库发布的数据并选择研究大脑中动脉栓塞(MCAO)小鼠RNA表达水平的3个数据集GSE115697、GSE51586和GSE137482,使用R中的Limma包来筛选差异表达的mRNA(DEmRNA)、DEcircRNA和DEmiRNA。采用MiRWalk、StarBase等多种生物信息学方法结合的综合策略来挖掘与脑卒中相关的circRNA-miRNA-mRNA网络,由Cytoscape软件完成核心子网络的筛选和可视化输出。通过基因本体(GO)富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析研究ceRNA网络的功能,以富集超过10个基因且假发现率(FDR)<0.05的通路认为具有统计学意义。最后使用药物基因组学数据库connectivity map(CMap)筛选潜在的脑卒中治疗药物,并对野生型小鼠构建MCAO模型验证药物治疗效果。【结果】共筛选得出1249个DEmRNA、294个DEmiRNA和70个DEcircRNA,并发现3个circRNA-miRNA-mRNA调控网络可能与缺血性脑卒中密切相关。根据上述结果筛选得出Austricine、Metyrapone和Desoxypeganine这3种最有可能逆转由脑卒中相关ceRNA网络引起的改变的药物,并以Metyrapone为例验证所筛选药物对缺血性脑卒中确实可以改善术后第一(P=0.0014)、二天(P=0.0161)的神经功能损伤和减少脑梗死体积(P=0.0049),发挥脑保护作用。【结论】本研究从circRNA-miRNA-mRNA网络视角为缺血性脑卒中的发病机制提供了新的见解,本文预测得出的3种药物为缺血性脑卒中的治疗方法提供了新的线索。 展开更多
关键词 缺血性脑卒中 circRNA MRNA 竞争性内源性RNA cmap数据库
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基于转录组数据的抗白色念珠菌化合物的预测和抗菌活性初步验证
13
作者 李盛辉 梁振生 《药学前沿》 2025年第1期91-96,共6页
目的采用基于转录组数据的方法预测新的抗白色念珠菌化合物并验证其生物活性。方法从GEO数据库中获得氟康唑处理白色念珠菌的转录组数据筛选获得差异表达基因。采用Metascape进行KEGG和GO富集分析、String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作... 目的采用基于转录组数据的方法预测新的抗白色念珠菌化合物并验证其生物活性。方法从GEO数据库中获得氟康唑处理白色念珠菌的转录组数据筛选获得差异表达基因。采用Metascape进行KEGG和GO富集分析、String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。差异基因采用CMap平台进行抗白色念珠菌化合物预测,测定预测化合物的最小抑菌浓度,并采用扫描电镜观察白色念珠菌形态变化,化合物与核心基因进行分子对接预测潜在的抗菌作用机制。结果选取GSE159545数据集进行差异基因分析,共获得448个差异表达基因,其中上调基因222个,下调基因为224个;PPI网络中度值排名前10的基因分别为TRP5、HIS4、TRP3、PGI1、HIS5、URA7、DIM1、RPL7、ILV2和GUA1;CMap排名前10的化合物中染色素A3、放线菌酮、坦罗莫司和阿霉素为已知具有抗白色念珠菌活性的化合物;生物活性实验显示,GSK-1059615具有抗白色念珠菌活性,最小抑菌浓度为32μg/mL,GSK-1059615与色氨酸合酶、CTP合酶、60 S核糖体蛋白和乙酰羟酸合酶具有较强的结合能,是其潜在的抗菌靶点。结论采用转录组数据和CMap相结合的方法预测新的抗白色念珠菌化合物抗白色念珠菌化合物发现提供了新思路和新方法。 展开更多
关键词 转录组 白色念珠菌 cmap 分子对接 蛋白质-蛋白质相互作用 最小抑菌浓度 生物活性
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CASS成图软件进行地形图缩编与CMAP软件数据格式转换试验 被引量:1
14
作者 詹卫华 葛爱民 《江西测绘》 2007年第3期38-39,41,共3页
地形图缩编已广泛应用于城市规划、城镇建设中,现今数字测图软件较多,运用较普遍的是CASS软件和CMAP软件,由于数据图层、线型、符号、颜色等方面不一致,本文探讨了以CASS成图软件进行地形图缩编与CMAP软件间数据格式转换问题。
关键词 CASS软件 cmap软件 地形图缩编 数据格式转换
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Compound muscle action potential(CMAP)scan examination of paretic and contralateral muscles reveals motor unit alterations after stroke
15
作者 Maoqi Chen Zhiyuan Lu +4 位作者 Xiaoyan Li Ya Zong Qing Xie Sheng Li Ping Zhou 《Science China(Life Sciences)》 SCIE CAS CSCD 2023年第11期2604-2613,共10页
This study presents a novel compound muscle action potential(CMAP)examination of motor unit changes in paretic muscle post stroke.CMAP scan of the first dorsal interosseous(FDI)muscle was performed bilaterally in 16 c... This study presents a novel compound muscle action potential(CMAP)examination of motor unit changes in paretic muscle post stroke.CMAP scan of the first dorsal interosseous(FDI)muscle was performed bilaterally in 16 chronic stroke subjects.Various parameters were derived from the CMAP scan to examine paretic muscle changes,including CMAP amplitude,D50,step index(STEPIX)and amplitude index(AMPIX).A significant decrease in CMAP amplitude and STEPIX was observed in paretic muscles compared with contralateral muscles(CMAP amplitude:paretic(9.0±0.5)mV,contralateral(11.3±0.9)mV,P=0.024;STEPIX:paretic 101.2±7.6,contralateral 121.9±6.5,P=0.020).No significant difference in D50 and AMPIX was observed between the paretic and contralateral sides(P>0.05).The findings revealed complex paretic muscle changes including motor unit degeneration,muscle fiber denervation,reinnervation and atrophy,providing useful insights to help understand neuromuscular mechanisms associated with weakness and other functional deterioration post stroke.The CMAP scan experimental protocols and the applied processing methods are noninvasive,convenient,and automated,offering practical benefits for clinical application. 展开更多
关键词 compound muscle action potential(cmap)scan STROKE motor unit muscle weakness step index(STEPIX) first dorsal interosseous(FDI)
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用CMAP软件进行三维数字化图的质量检查探讨
16
作者 廖明伟 王川 孙杭 《江西测绘》 2005年第S1期36-38,共3页
结合生产实际的需要探讨用CMAP软件在计算机中进行三维数字化地形图的质量检查方法和技巧,达到把由检查员手工做的大量检查工作交给计算机自动完成,并提高地形图的检查速度和检查质量的目的。
关键词 cmap软件 三维数学化图 质量检查
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基于转录组学数据的抗高尿酸血症肾病药物的预测和活性验证
17
作者 王丽君 刘文彬 《广东药科大学学报》 CAS 2024年第4期115-122,共8页
目的运用转录组学数据从现有药物中筛选可用于抗高尿酸血症肾病(hyperuricemic nephropathy,HN)的小分子药物,为HN的治疗提供新思路。方法从GEO数据获得HN数据集,筛选获得差异表达基因;通过Metascape平台对核心靶点进行KEGG和GO富集分析... 目的运用转录组学数据从现有药物中筛选可用于抗高尿酸血症肾病(hyperuricemic nephropathy,HN)的小分子药物,为HN的治疗提供新思路。方法从GEO数据获得HN数据集,筛选获得差异表达基因;通过Metascape平台对核心靶点进行KEGG和GO富集分析;采用String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI),Cytoscape计算节点连接度筛选HN发病核心基因;CMAP(connectivity map)数据库中预测抗HN药物,分子对接分析候选药物与核心靶点之间的相互作用;氧嗪酸钾联合腺嘌呤建立HN模型,验证候选药物的肾保护功能。结果从HN转录组数据集GSE190205,共筛选获得557个差异表达基因,其中上调基因374个,下调基因183个,差异基因涉及类风湿性关节炎、脂肪酸降解、TNF信号通路、吞噬小泡等信号通路,ITGAM、TLR2、CD68、CD44和CCL5等基因可能参与HN的发病;通过CMAP分析,筛选到M-3M3FBS、恩扎妥林、白桦脂酸和恩替卡韦等候选药物,进一步动物实验证实恩扎妥林具有良好的肾保护功能,降低HN大鼠的肾脏指数,血清肌酐和尿素氮显著降低(P<0.05或P<0.01),改善肾组织损伤。结论基于转录组学数据的“药物重定位”策略可从现有药物中筛选到有效的抗HN药物,为HN药物的研究提供了新思路。 展开更多
关键词 高尿酸血症肾病 转录组 cmap 恩扎妥林 药物重定位
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Integrated analyses of transcriptomics and network pharmacology reveal leukocyte characteristics and functional changes in subthreshold depression,elucidating the curative mechanism of Danzhi Xiaoyao powder 被引量:1
18
作者 Kunyu Li Leiming You +5 位作者 Jianhua Zhen Guangrui Huang Ting Wang Yanan Cai Yunan Zhang Anlong Xu 《Journal of Traditional Chinese Medical Sciences》 CAS 2024年第1期3-20,共18页
Objective:To investigate the molecular mechanism and identify potential drugs for subthreshold depression(SD),and elucidate the detalied mechanism of Danzhi Xiaoyao powder(DZXY)in SD.Methods:Using RNA-sequencing,we id... Objective:To investigate the molecular mechanism and identify potential drugs for subthreshold depression(SD),and elucidate the detalied mechanism of Danzhi Xiaoyao powder(DZXY)in SD.Methods:Using RNA-sequencing,we identified differentially expressed genes(DEGs)in leukocytes of SD compared to healthy controls,deciphered their functions and pathways,and identified the hub genes of SD.We also assessed changes in leukocyte transcription factor activity in patients with SD using the TELis platform.The Connectivity Map database was retrieved to screen candidate drugs for SD.Based on network pharmacology,we elucidated the"multi-component,multi-target,and multi-pathway"mechanism of DZXY in the treatment of SD.Results:We identified 1080 DEGs(padj<0.05 and|log2(fold change)l≥1&protein coding)in the leukocytes of patients with SD.These DEGs,including hub genes,were primarily involved in immune and inflammatory response-related processes.Transcription factor activity analysis revealed similarities between the leukocyte transcriptome profile in SD and the conserved transcriptional response to adversities in immune cells.Connectivity Map analysis identified 28 potential drugs for SD treatment,particularly SB-202190 and TWS-119.Constructing the"Direct Compounds-Direct Targets-Pathways"network for DZXY and SD revealed the curative mechanisms of DZXY in SD,primarily including inflammatory response,lipid metabolism,immune response,and other processes.Conclusion:These results provide new insights into the characteristics and functional changes of leukocytes in SD,partially illustrate the pathogenesis of SD,and suggest potential drugs for SD.The curative mechanisms of DZXY in SD are also partially elucidated. 展开更多
关键词 Subthreshold depression LEUKOCYTE mRNAbiomarker CTRA Transcription factor activity cmap Danzhi Xiaoyaopowder Networkpharmacology
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全球中低纬度降水量时空特征分析
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作者 王秋妍 宋秀瑜 +1 位作者 杨帆 李耀如 《山东科学》 CAS 2024年第6期125-134,共10页
基于1982年1月至2022年4月全球降水量的月平均数据资料,利用循环平稳经验正交函数(CSEOF)方法,讨论了第一、二模态的空间分布和时间序列,分析了全球中低纬度海洋降水量的空间分布、季节变化特征和年际变化特征,讨论了可能引起该变化的... 基于1982年1月至2022年4月全球降水量的月平均数据资料,利用循环平稳经验正交函数(CSEOF)方法,讨论了第一、二模态的空间分布和时间序列,分析了全球中低纬度海洋降水量的空间分布、季节变化特征和年际变化特征,讨论了可能引起该变化的原因。结果表明,降水量的年际变化呈现周期性变化特征,其主要变化区域分布在热带太平洋地区,第一模态空间场呈现东-西反相位振荡特征,冬季强于夏季;第二模态空间场季节变化相对于第一模态空间场更为复杂,冬季正负变异高值区主要表现为东-西反相位振荡特征,而夏季以负变异区为主,变异区强度较弱。第一模态时空变化特征主要受到厄尔尼诺-南方涛动(ENSO)现象影响,而第二模态主要受到中部型厄尔尼诺(El Nino Modoki)现象影响,降水量的主要变化特征受到两种现象的叠加影响。 展开更多
关键词 循环平稳经验正交函数 全球降水 厄尔尼诺-南方涛动 cmap数据集
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四种再分析资料与长江中下游地区降水观测资料的对比研究 被引量:10
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作者 王红丽 刘健 况雪源 《长江流域资源与环境》 CAS CSSCI CSCD 北大核心 2008年第5期703-711,共9页
为了获得对中国区域降水刻画能力较好的再分析资料,以长江中下游地区为例,将PREC/L、CMAP、GPCP及NCEP2四种再分析降水资料与台站降水观测资料进行了多年和逐年平均的年、季、月降水量距平的时空相关分析和方差分析,比较了再分析资料对... 为了获得对中国区域降水刻画能力较好的再分析资料,以长江中下游地区为例,将PREC/L、CMAP、GPCP及NCEP2四种再分析降水资料与台站降水观测资料进行了多年和逐年平均的年、季、月降水量距平的时空相关分析和方差分析,比较了再分析资料对该区降水刻画能力的差异。首先对该区域的观测资料、CMAP、GPCP及NCEP2资料进行插值,使所有资料具有相同的空间分辨率,在此基础上比较再分析资料与观测资料年、季、月平均的降水变化特征。结果表明,四种再分析资料与观测资料的距平相关系数(均方根误差)由大到小(由小到大)的变化次序为:PREC/L→CMAP→GPCP→NCEP2,四种再分析资料均能较好地刻画出长江中下游地区降水的时空分布特征,尤以PREC/L资料对该区域降水变化的时空演变规律描述得最好。最后,利用PREC/L资料与观测资料对该区域降水的时空特征进行了相关分析、EOF分析和功率谱分析,结果显示夏季平均降水量具有2.3和3.1年的显著周期,EOF分析的前两个模态的时间变化分别具有2.3和2.8年的显著周期,这些显著周期都通过了95%的红噪声检验。 展开更多
关键词 PREC/L GPCP cmap NCEP2 长江中下游 降水
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