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基于VDM的药物反应预测
1
作者 潘理虎 李加姝 +2 位作者 汪子文 张睿 柴艳峰 《计算机工程与设计》 北大核心 2025年第12期3560-3568,共9页
由于基因表达数据的高维性和计算复杂性,药物反应预测在个性化医疗和药物研发中面临着维度爆炸和过拟合的挑战,传统分析方法难以有效解决这些问题。因此,提出了一种基于变分自编码器(VAE)和深度多层感知器(DeepMLP)的药物反应预测模型VD... 由于基因表达数据的高维性和计算复杂性,药物反应预测在个性化医疗和药物研发中面临着维度爆炸和过拟合的挑战,传统分析方法难以有效解决这些问题。因此,提出了一种基于变分自编码器(VAE)和深度多层感知器(DeepMLP)的药物反应预测模型VDM(VAE-DeepMLP)。该模型结合多种数据预处理与分析技术,将高维数据压缩为低维潜在向量,并通过实验优化模型参数,确保有效拟合和分析。实验结果表明,VDM在应对高维数据的过拟合和计算复杂性方面表现出色,具备更好的预测性能。 展开更多
关键词 药物反应预测 深度生成式神经网络 变分自编码器 深度多层感知机 数据压缩 数据降维 癌细胞系百科全书数据库
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基于Oncomine数据库探讨TMC5基因在胰腺癌中的表达及预后分析 被引量：2
2
作者 李萍 《生物技术》 CAS 2021年第1期65-70,9,共7页
[目的]揭示TMC5基因在胰腺癌中的表达及预后相关性。[方法]收集Oncomine和CCLE数据库中TMC5相关资料,对其表达情况进行二次分析,利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析预后。[结果]Oncomine数据库有关TMC5在不同类型肿瘤中的研究共362项(... [目的]揭示TMC5基因在胰腺癌中的表达及预后相关性。[方法]收集Oncomine和CCLE数据库中TMC5相关资料,对其表达情况进行二次分析,利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析预后。[结果]Oncomine数据库有关TMC5在不同类型肿瘤中的研究共362项(高表达16项、低表达8项)。胰腺癌相关研究7项,共计187例样本。TMC5在胰腺癌组织中的表达明显高于正常组织(P <0.05)。分析CCLE数据库发现,与多种癌细胞系相比,胰腺癌细胞系中TMC5高表达,其mRNA表达水平排名第一。Kaplan-Meier Plotter数据库阐明胰腺癌患者的总生存与TMC5表达水平无关(HR=1.56,95%CI:0.93~2.61,P=0.09),但低表达组患者的无复发生存(RFS)明显优于高表达组(HR=5.37,95%CI:1.26~22.99,P=0.011)。[结论]通过Oncomine和CCLE数据库我们发现胰腺癌中TMC5表达水平升高,高表达患者RFS缩短,因此,检测TMC5表达及靶向该基因的药物有望成为胰腺癌诊疗的重要手段之一。 展开更多
关键词 胰腺癌 TMC5 Oncomine数据库 ccle数据库 Kaplan-Meier Plotter数据库
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装备维修保障信息演化机制研究
3
作者 王广彦 康建设 +2 位作者 白永生 倪祥龙 李向征 《机械设计与制造工程》 2013年第3期74-77,共4页
面向装备维修保障信息综合分析与应用工作,研究了装备全寿命过程维修保障信息演化机制。分析了装备全寿命过程中所产生的各类维修保障信息;从维修保障信息由宏观层面向微观层面演化、由概念域向实物域演化、由理想化向现实化演化等3个... 面向装备维修保障信息综合分析与应用工作,研究了装备全寿命过程维修保障信息演化机制。分析了装备全寿命过程中所产生的各类维修保障信息;从维修保障信息由宏观层面向微观层面演化、由概念域向实物域演化、由理想化向现实化演化等3个角度研究了装备全寿命过程维修保障信息演化特点;从演化动力、演化控制、演化接口等方面研究了装备全寿命过程维修保障信息的演化机制。 展开更多
关键词 装备 维修保障 信息 演化 建模 全寿命
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穿梭车系统在聚烯烃成品 自动化仓库中的适用性和可行性 被引量：1
4
作者 卢会超 李成友 +2 位作者 孙明伟 储汝涛 李季 《物流技术与应用》 2020年第3期114-118,共5页
本文从穿梭车系统分类介绍入手,借助能力计算、仿真软件CCLE2010和AutoMod,结合昆明昆船物流信息产业有限公司(下称"昆船")部分项目实施案例,通过综合分析,得出不同类型穿梭车系统在不同输送需求场合的适应性。进一步对石化... 本文从穿梭车系统分类介绍入手,借助能力计算、仿真软件CCLE2010和AutoMod,结合昆明昆船物流信息产业有限公司(下称"昆船")部分项目实施案例,通过综合分析,得出不同类型穿梭车系统在不同输送需求场合的适应性。进一步对石化行业穿梭车系统的应用规划案例进行归纳总结,从而验证了穿梭车系统在聚烯烃成品立体仓库自动化方案中的适应性和可行性。本文为今后石化行业聚烯烃成品立体仓库自动化方案的总体规划设计工作提供一定的科学的理论和参考依据。 展开更多
关键词 穿梭车系统 石化行业 立体仓库 聚烯烃成品 ccle2010 AUTOMOD
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小细胞肺癌中EphA7表达及其临床意义
5
作者 王佩 王婧雅 +2 位作者 范雪涵 张宇嘉 黄鼎智 《肿瘤》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期558-567,共10页
目的:探讨酪氨酸蛋白激酶受体A7(Ephrin receptor A7,EphA7)在小细胞肺癌(small cell lung cancer,SCLC)患者中的表达情况及其临床意义。方法:分别利用CCLE(Cancer Cell Line Encyclopedia)和Oncomine数据库分析EphA7 mRNA在SCLC细胞系... 目的:探讨酪氨酸蛋白激酶受体A7(Ephrin receptor A7,EphA7)在小细胞肺癌(small cell lung cancer,SCLC)患者中的表达情况及其临床意义。方法:分别利用CCLE(Cancer Cell Line Encyclopedia)和Oncomine数据库分析EphA7 mRNA在SCLC细胞系和组织中的表达水平。收集2011年1月—2014年12月于天津医科大学肿瘤医院接受肺叶切除术或全肺切除术的SCLC患者的石蜡包埋肺癌组织标本73例和癌旁肺组织标本6例,采用免疫组织化学法检测EphA7蛋白表达情况。采用χ^2检验分析EphA7蛋白表达与其他临床病理特征的关系,并用Kaplan-Meier生存曲线及COX风险比例模型分析EphA7蛋白表达水平及其他临床病理学特征与SCLC患者预后的关系。结果:在CCLE数据库包含的1 457个细胞系中,SCLC细胞系的EphA7 mRNA表达水平最高。在Oncomine数据库检索到的3个SCLC组织EphA7 mRNA表达数据集中,无论与正常肺组织还是非小细胞肺癌相比,SCLC组织的EphA7 mRNA表达水平均相对升高。73例SCLC患者的EphA7蛋白表达阳性率为72.6%(53/73),EphA7蛋白表达与淋巴结转移及TNM分期有关(P值均<0.05)。调整其他因素的影响后,EphA7蛋白表达阳性是影响SCLC患者总生存期(overall survival,OS)的独立预后因素[风险比(hazard ratio,HR)=2.369,95%置信区间(condence interval,CI)为1.075~5.219,P<0.05],而TNM分期是影响SCLC患者OS和无进展生存期(progression-free survival,PFS)的独立预后因素(HR=2.273,95%CI为1.252~4.124,P<0.05;HR=1.898,95%CI为1.088~3.312,P<0.05)。结论:SCLC细胞和组织中EphA7 mRNA与蛋白高表达。EphA7蛋白表达及肿瘤TNM分期可能与SCLC患者的预后密切相关。 展开更多
关键词 小细胞肺癌 预后 受体 EphA7 免疫组织化学 ccle Oncomine数据库
原文传递
思科第九届中国用户大会即将揭幕
6
作者 飞 《网管员世界》 2004年第10期109-109,共1页
关键词 思科公司 中国用户大会 CCIE安全技术专题 CCNA/CCNP/ccle系列考试 前沿技术
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ST3GAL5通过激活PPAR和抑制PI3K/AKT途径抑制膀胱癌的恶性生物学行为
7
作者 谭明辉 郝雨 +3 位作者 倪钊 李强 王勤章 欧阳松 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2023年第9期1458-1466,共9页
目的研究ST3β-半乳糖苷α-2,3-半乳糖基转移酶5(ST3GAL5)对膀胱尿路上皮癌(BLCA)生物学行为的影响和潜在机制。方法利用生物信息分析确定与膀胱癌相关的差异表达基因。然后筛选出合适的膀胱癌细胞系。体外实验通过细胞计数盒-8(CCK-8)... 目的研究ST3β-半乳糖苷α-2,3-半乳糖基转移酶5(ST3GAL5)对膀胱尿路上皮癌(BLCA)生物学行为的影响和潜在机制。方法利用生物信息分析确定与膀胱癌相关的差异表达基因。然后筛选出合适的膀胱癌细胞系。体外实验通过细胞计数盒-8(CCK-8)、5-乙炔基-2′脱氧尿嘧啶核苷(EdU)、菌落形成实验、转孔迁移、流式细胞仪凋亡实验和划痕实验评估ST3GAL5对膀胱癌生物行为的影响。使用癌症基因组图谱(TCGA)数据库对ST3GAL5基因进行了京都基因和基因组百科全书(KEGG)、基因集富集分析(GSEA)。最后,使用Western-blot技术验证其增殖和转移的相关通路。结果生物信息学分析和实验测量的结合表明,ST3GAL5的表达在人类的BLCA细胞系中是异常下调的。通过癌症细胞系百科全书(CCLE)数据库,成功筛选出HT-1376细胞系进行体外实验。实验结果发现上调ST3GAL5后膀胱癌的恶性生物学行为被抑制。GSEA富集分析显示,ST3GAL5及其共表达的基因通过激活PPAR途径和抑制PI3K/AKT途径抑制了膀胱癌的细胞增殖、侵袭和转移。Western-blot实验结果验证了ST3GAL5在膀胱癌中过表达后,PPAR信号通路的关键蛋白出现了明显的增加,PI3K/AKT信号通路的关键蛋白出现了明显的减少(P<0.05)。结论ST3GAL5基因可能作为膀胱癌的致癌抑制基因,可能通过激活PPAR信号通路和抑制PI3K/AKT信号通路的相关分子来抑制膀胱癌细胞的增殖、侵袭和转移。 展开更多
关键词 膀胱癌 ST3β-半乳糖苷α-2 3-半乳糖基转移酶5 癌症基因组图谱 高通量基因表达 癌症细胞系百科全书 蛋白质印迹 京都基因和基因组百科全书
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