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An investigation of crambin and BPTI based on ABEEM/MM model 被引量:1
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作者 Qing Mei Guan Dong Xia Zhao Zhong Zhi Yang 《Chinese Chemical Letters》 SCIE CAS CSCD 2007年第12期1554-1556,共3页
Molecular dynamics simulation studies on crambin,BPTI(298 K,in vacuo)have been performed by ABEEM/MM method.Some structural properties were discussed.The results show fair consistency with those from X-ray experiment.... Molecular dynamics simulation studies on crambin,BPTI(298 K,in vacuo)have been performed by ABEEM/MM method.Some structural properties were discussed.The results show fair consistency with those from X-ray experiment.Moreover,ABEEM/MM model can properly describe the interactions of hydrogen bond of protein systems. 展开更多
关键词 ABEEM/MM method CRAMBIN bpti Molecular dynamics simulations
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原子-键电负性均衡方法融合进分子力场(ABEEM/MM)应用于蛋白质BPTI水溶液的分子动力学模拟 被引量:4
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作者 管清梅 崔宝秋 +2 位作者 赵东霞 宫利东 杨忠志 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第15期1739-1742,共4页
利用ABEEM/MM浮动电荷模型对蛋白质BPTI分子的水溶液进行了分子动力学模拟,验证了模拟参数(包括ABEEM参数和力场参数)的正确性以及可转移性.结果表明,对蛋白质BPTI水溶液模拟所得的蛋白质中各类非氢原子的位置与实验晶体结构相比的均方... 利用ABEEM/MM浮动电荷模型对蛋白质BPTI分子的水溶液进行了分子动力学模拟,验证了模拟参数(包括ABEEM参数和力场参数)的正确性以及可转移性.结果表明,对蛋白质BPTI水溶液模拟所得的蛋白质中各类非氢原子的位置与实验晶体结构相比的均方根位移偏差较小,即模拟所得的BPTI结构与实验晶体结构具有较好的一致性;计算得到的径向分布函数表明,ABEEM/MM模型很好地体现了蛋白质和周围水分子的静电极化,并且溶质与溶剂之间强烈的氢键作用使溶液中BPTI分子的体积变大. 展开更多
关键词 ABEEM/MM 浮动电荷模型 bpti水溶液 均方根位移偏差 径向分布函数
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Molecular dynamics study on BPTI aqueous solution by ABEEM/MM fluctuating charge model 被引量:2
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作者 GUAN QingMei CUI BaoQiu ZHAO DongXia GONG LiDong YANG ZhongZhi 《Chinese Science Bulletin》 SCIE EI CAS 2008年第8期1171-1174,共4页
Molecular dynamics simulation on BPTI (biovine pancreatic trypsin inhibitor) aqueous solution has been performed for the first time in terms of the atom-bond electronegativity equalization method fused with molecular ... Molecular dynamics simulation on BPTI (biovine pancreatic trypsin inhibitor) aqueous solution has been performed for the first time in terms of the atom-bond electronegativity equalization method fused with molecular mechanics (ABEEM/MM). The simulated parameters including ABEEM parameters and force field parameters have been tested. Some structural properties including root-mean-square deviations of atomic coordinates and radial distribution functions were studied by ABEEM/MM fluctuating charge method. The results demonstrate that this model can obtain reasonable structural properties compared with experimental crystal data. The radial distribution functions indicate that ABEEM/MM method can well embody the electrostatic polarizations between protein molecule and its surrounding solvent waters. 展开更多
关键词 分子动力学 bpti 溶液 辐射分布功能
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蛋白质卷曲起始位点的搜索
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作者 徐梅 张鹰 +1 位作者 王三山 鲁子贤 《Zoological Research》 CAS CSCD 1993年第S1期99-105,共7页
基于本文对蛋白质卷曲起始位点的假设,提出了一个新参数——氨基酸的有序结构形成势。利用此参数及相应的程序来寻找蛋白质卷曲起始点——蛋白质中有序结构形成势最高的肽段。用BPTI的计算结果非常吻合地解释了BPTI的二硫键重组过程,对... 基于本文对蛋白质卷曲起始位点的假设,提出了一个新参数——氨基酸的有序结构形成势。利用此参数及相应的程序来寻找蛋白质卷曲起始点——蛋白质中有序结构形成势最高的肽段。用BPTI的计算结果非常吻合地解释了BPTI的二硫键重组过程,对其余20个蛋白质的计算结果也进行了讨论。 展开更多
关键词 有序结构形成势 蛋白质卷曲起始点 bpti 二级结构
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青海血蜱重组蛋白Hq001的结构预测与原核表达
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作者 刘岳青 马林源 +5 位作者 马静 陈开廷 曹美娜 王雪薇 王鹏 高金亮 《中国媒介生物学及控制杂志》 CAS 2024年第2期138-144,共7页
目的对从青海血蜱唾液腺cDNA文库中克隆出的1个新基因Hq001编码的蛋白质进行三维理论模型预测,并评估其与Kunitz型蜱源抗凝血蛋白质之间的关系。方法构建重组质粒pET-30a-Hq001并转化至感受态大肠埃希菌(Escherichia coli)BL21(DE3)中,... 目的对从青海血蜱唾液腺cDNA文库中克隆出的1个新基因Hq001编码的蛋白质进行三维理论模型预测,并评估其与Kunitz型蜱源抗凝血蛋白质之间的关系。方法构建重组质粒pET-30a-Hq001并转化至感受态大肠埃希菌(Escherichia coli)BL21(DE3)中,对目的蛋白进行重组表达。使用开源软件AlphaFold v2对去除信号肽的Hq001氨基酸序列进行三级结构预测,以此得到三维理论模型。并使用开源软件GROMACS v2023对三维理论模型进行分子动力学(MD)模拟优化,应用ANOLEA和MolProbity等工具对模型质量进行评价。结果由Hq001构建的重组表达质粒pET30a-Hq001在E.coil BL21中表达后以包涵体形式存在。序列比对与结构建模结果均表明Hq001蛋白具有典型双Kunitz-BPTI型结构域,并与Bikunin、Boophilin、Ornithodorin、Ixolaris等具有抗凝血活性的KunitzBPTI型蛋白具有序列及结构相似性。经过1 ns的分子动力学模拟优化后理论模型均方根偏差在3?左右达到平衡,选取其中能量态最低的结构模型(总能量=-20716640 kJ/mol)作为最终模型。结论蛋白质三维理论模型证实Hq001蛋白具有保守的Kunitz-BPTI型结构域,与来自微小扇头蜱的Boophilin在序列与结构上均较为相似,Hq001蛋白可能具有Kunitz型丝氨酸蛋白酶抑制剂相似的结构与功能。 展开更多
关键词 青海血蜱 Kunitz-bpti AlphaFold 格罗宁根化学模拟体系 分子模拟 分子动力学
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A benzo[ghi]-perylene triimide based double-cable conjugated polymer for single-component organic solar cells 被引量:1
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作者 Dan Wang Zhaofan Yang +3 位作者 Feng Liu Chengyi Xiao Yonggang Wu Weiwei Li 《Chinese Chemical Letters》 SCIE CAS CSCD 2022年第1期466-469,共4页
Single-component organic solar cells(SCOSCs)with high stability and simplified fabrication process are supposed to accelerate the commercialization of organic photovoltaics.However,the types of photo-active materials ... Single-component organic solar cells(SCOSCs)with high stability and simplified fabrication process are supposed to accelerate the commercialization of organic photovoltaics.However,the types of photo-active materials and photovoltaic performance of SCOSCs are still far lagging behind the bulk-heterojunction type organic solar cells(BHJ OSCs).It is still an arduous task to introduce new photo-active materials into SCOSCs,aiming to improve the efficiencies of SCOSCs.One feasible way is to construct double-cable polymers with new structures and tune conformation,morphology and mobility for the improvement in power conversion efficiencies(PCEs).Hence,in this work,we constructed a new double-cable polymer PBTT-BPTI by introducing fused core 5,7-dibromo-2,3-bis(2-ethylhexyl)benzo[1,2-b:4,5-c’]dithiophene-4,8-dione(TTDO)into the main backbone and benzo[ghi]-perylene triimide(BPTI)unit into the side chain.Both of the two units show strong electron-withdrawing property,which are expected to broaden absorption spectra and enhance intermolecular interaction.The double-cable polymer exhibited a broad absorption in the range of 300-700 nm with an optical band gap(E_(g))of 1.79 eV.The PCE of PBTT-BPTI-based SCOSCs was 2.15%,which may be limited by the unconstructed efficient electron transporting channels. 展开更多
关键词 Double-cable polymer Single-component organic solar cells bpti Electron withdrawing Electron transporting channels
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