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BONCAT技术在海洋等环境介质中活性微生物研究中的应用
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作者 张建 肖奕 +2 位作者 杜喆 刘华清 黄彩红 《应用海洋学学报》 北大核心 2026年第2期311-321,共11页
微生物广泛分布于地球上各种生态环境中,尤其是海洋生态系统。在全球物质能量循环中微生物发挥着关键作用,蕴藏着巨大的潜力。探究不同环境介质中微生物的群落结构与生理特征,是理解微生物在不同生物过程中功能机制的基础,也是驾驭地球... 微生物广泛分布于地球上各种生态环境中,尤其是海洋生态系统。在全球物质能量循环中微生物发挥着关键作用,蕴藏着巨大的潜力。探究不同环境介质中微生物的群落结构与生理特征,是理解微生物在不同生物过程中功能机制的基础,也是驾驭地球微生物组、造福人类的前提。然而,传统的基于实验室培养和核酸高通量测序的方法无法有效区分环境介质中的死细胞、休眠细胞与活性微生物细胞,一定程度上干扰和阻碍了微生物功能的研究。近年来发展出的“次世代生理功能检测技术”可以很好地应对这一问题,尤其是生物正交非天然氨基酸标记(bioorthogonal noncanonical amino acid tagging,BONCAT),其具有经济简便、所需仪器普遍、易操作且与下游分析兼容性高等优点。BONCAT与不同下游分析的组合在海洋微生物研究中具有广泛的应用前景,其对揭示海洋生态系统中活性微生物群落变化组成和物质转换代谢具有重要的意义。其中,BONCAT-流式细胞术(BONCAT-flow cytometry,BONCAT-FCM)可实现海洋生态系统中微生物活性的快速定量分析;BONCAT-荧光原位杂交(BONCAT-fluorescence in situ hybridization,BONCAT-FISH)能够原位识别目标微生物的活性水平;BONCAT-荧光激活细胞分选(BONCAT-fluorescence activated cell sorting,BONCAT-FACS)可以筛分高活性的微生物子群落,用于开展深入的微生物功能分析。然而,BONCAT在海洋微生物研究中的应用还存在一定的局限,为了更准确地解析海洋微生物的活性与功能机理,需进一步阐明BONCAT底物进入细胞的机制,以合理优化BONCAT的反应条件;需深入优化BONCAT-FACS的实验流程与分选样品预处理方法,以实现低生物量样品的蛋白组学与转录组学分析,系统地进行活性微生物功能解析;需继续推进新BONCAT底物的研发,提升BONCAT反应的效率与抗干扰性。因此,我们建议微生物学家与来自化学、工程等领域的科学家密切合作,共同推动相关方向的研究,为探索和开发不同生态系统中的微生物组开辟新的契机。 展开更多
关键词 环境微生物 活性微生物 微生物生理功能 boncat 先进生物技术
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Deconstructing brain-derived neurotrophic factor actions in adult brain circuits to bridge an existing informational gap in neuro-cell biology 被引量:4
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作者 Heather Bowling Aditi Bhattacharya +1 位作者 Eric Klann Moses V.Chao 《Neural Regeneration Research》 SCIE CAS CSCD 2016年第3期363-367,共5页
Brain-derived neurotrophic factor(BDNF)plays an important role in neurodevelopment,synaptic plasticity,learning and memory,and in preventing neurodegeneration.Despite decades of investigations into downstream signalin... Brain-derived neurotrophic factor(BDNF)plays an important role in neurodevelopment,synaptic plasticity,learning and memory,and in preventing neurodegeneration.Despite decades of investigations into downstream signaling cascades and changes in cellular processes,the mechanisms of how BDNF reshapes circuits in vivo remain unclear.This informational gap partly arises from the fact that the bulk of studies into the molecular actions of BDNF have been performed in dissociated neuronal cultures,while the majority of studies on synaptic plasticity,learning and memory were performed in acute brain slices or in vivo.A recent study by Bowling-Bhattacharya et al.,measured the proteomic changes in acute adult hippocampal slices following treatment and reported changes in proteins of neuronal and non-neuronal origin that may in concert modulate synaptic release and secretion in the slice.In this paper,we place these findings into the context of existing literature and discuss how they impact our understanding of how BDNF can reshape the brain. 展开更多
关键词 BONLAC BDNF adult slice proteomics neuroproteomics SILAC boncat hippocampus proteinsynthesis
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环境中微生物原位检测方法研究进展 被引量:6
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作者 宋伟凤 李明聪 高峥 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第10期26-32,共7页
微生物是生态系统物质循环和能量流动的主要参与者,在生态系统中起着重要的作用。但在现有技术条件下可培养微生物所占比例极小,限制了微生物资源的开发利用。目前有许多方法,可以避开微生物不可培养的问题,直接对微生物进行原位检测。... 微生物是生态系统物质循环和能量流动的主要参与者,在生态系统中起着重要的作用。但在现有技术条件下可培养微生物所占比例极小,限制了微生物资源的开发利用。目前有许多方法,可以避开微生物不可培养的问题,直接对微生物进行原位检测。对此,将前人关于微生物生态的原位检测研究方法进行了综述,方便以后对这些方法的合理应用。分别从DNA水平、RNA水平和蛋白质水平,介绍了对应的原位微生物检测方法(如Brd U标记、DNA-SIP、FISH和环境转录物组等),比较了它们的优缺点,并介绍了如何将这些方法与目前流行的高通量测序、单细胞测序等技术相结合来捕获原位活性微生物组等。同时,还对这些方法的特点进行了比较,使得人们可以更清楚地了解在不同场景下对不同方法的选择。这些经过改进的新兴方法及其与其它方法的结合使用将有助于解决微生物生态学研究中出现过或即将出现的很多问题。地球上的各种生态系统复杂而庞大,包含的微生物种群也各有差异。各种原位检测方法对微生物生理生态做出了更加真实有效的描述,必将成为研究微生物生态的有力手段。 展开更多
关键词 微生物原位检测 BRDU标记 DNA-SIP 荧光原位杂交 宏基因组 转录物组 生物正交反应
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