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植物ARF家族成员研究进展 被引量:1
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作者 孟思达 聂晓雨 +6 位作者 叶云珠 朱美玉 韩磊磊 申琦 谭昌华 齐明芳 李天来 《沈阳农业大学学报》 北大核心 2025年第2期160-168,共9页
ARF(Auxin Response Factor)作为生长素信号传导路径中的关键转录因子,调控下游靶基因的表达,参与对多种植物发育进程的调控,如花器官发育、胚发育、叶片极性发育以及根系发育等。ARF家族成员不但对植物形态建成产生影响,还在植物对环... ARF(Auxin Response Factor)作为生长素信号传导路径中的关键转录因子,调控下游靶基因的表达,参与对多种植物发育进程的调控,如花器官发育、胚发育、叶片极性发育以及根系发育等。ARF家族成员不但对植物形态建成产生影响,还在植物对环境胁迫的响应中发挥着重要作用。全面总结ARF家族成员在植物生长发育中的研究进展,包括ARF家族成员的发现与鉴定、结构特点、表达模式,探讨其在激素信号传导、细胞分化和形态建成等方面的具体作用;分析ARF基因在植物应对逆境条件下的响应机制,如干旱胁迫、盐胁迫等因素对其表达的影响。通过系统地梳理现存研究成果,为利用分子生物学手段对植物生长的调控提供参考。 展开更多
关键词 arf 生长素 转录因子 分子机制
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TRIM24、c-myc及ARF在食管鳞癌组织中的表达及意义
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作者 吴建龙 姜海斌 +5 位作者 王学文 宋晶晶 初晓燕 王爱民 李建辉 苏彬 《现代肿瘤医学》 2025年第3期417-422,共6页
目的:探讨三结构域蛋白家族24(tripartite motif-containing protein 24,TRIM24)、c-myc及ARF蛋白在食管鳞状细胞癌组织中的表达及其意义。方法:选取2018年01月至2022年12月期间承德市中心医院接受手术治疗的102例食管鳞癌患者临床病理... 目的:探讨三结构域蛋白家族24(tripartite motif-containing protein 24,TRIM24)、c-myc及ARF蛋白在食管鳞状细胞癌组织中的表达及其意义。方法:选取2018年01月至2022年12月期间承德市中心医院接受手术治疗的102例食管鳞癌患者临床病理资料作为研究对象(实验组),同时选取癌旁正常食管黏膜组织54例(对照组),采用免疫组化(Envision法)对TRIM24、c-myc及ARF蛋白进行检测,观察三者在鳞癌组织及癌旁正常食管黏膜组织中的表达情况,并分析三者的表达与临床病理特征的关系,同时研究三者于食管鳞癌组织内表达的相关性。结果:TRIM24、c-myc及ARF在鳞癌组织及癌旁正常食管黏膜组织中阳性表达率分别为72.62%vs 7.45%、74.36%vs 13.85%、26.56%vs 83.18%,三种蛋白在鳞癌组织及正常食管黏膜组织中的表达差异具有统计学意义(P均<0.05);经分析,食管鳞癌组织中的TRIM24、c-myc及ARF蛋白表达与癌的分化程度、淋巴结转移、临床分期具有显著相关性(P均<0.05);经Spearman相关性分析,食管鳞癌组织中TRIM24与c-myc蛋白表达呈正相关(r=0.587,P<0.05),TRIM24与ARF蛋白表达呈负相关(r=-0.601,P<0.05),c-myc与ARF蛋白表达呈负相关(r=-0.465,P<0.05)。结论:TRIM24、c-myc、ARF的异常表达可能对食管鳞状细胞癌的发生及发展有一定关系。因此,c-myc、TRIM24和ARF可能作为新的潜在治疗靶点,为食管鳞癌患者的个体化治疗提供新的方向。 展开更多
关键词 TRIM24 C-MYC arf 食管鳞状细胞癌 病理学特征
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烟草NtARF11基因克隆及功能初步分析
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作者 朱紫童 喻奇伟 +6 位作者 李长 武博寒 解自健 孟岩 杨永霞 张松涛 贾宏昉 《中国烟草学报》 北大核心 2025年第2期104-113,共10页
【目的】为探究生长素响应因子NtARF11调控氮吸收利用的分子机制。【方法】克隆烟草NtARF11,比对该基因编码氨基酸序列并构建系统发育树。研究NtARF11在低氮胁迫条件下的表达模式,采用基因编辑技术创制响应低氮诱导的NtARF11基因突变体... 【目的】为探究生长素响应因子NtARF11调控氮吸收利用的分子机制。【方法】克隆烟草NtARF11,比对该基因编码氨基酸序列并构建系统发育树。研究NtARF11在低氮胁迫条件下的表达模式,采用基因编辑技术创制响应低氮诱导的NtARF11基因突变体材料,测定该突变体材料在田间表现出的光合能力、生物量、农艺性状和氮含量。通过实时定量聚合酶链反应(qRT-PCR)技术,分析NtARF11突变体中的氮吸收转运和同化相关基因的表达。【结果】(1)NtARF11基因CDS序列全长2016 bp,编码671个氨基酸,其编码氨基酸序列与枸杞LfARF11、番茄SlARF18和辣椒Ca ARF9均存在着较高的同源性,同源性分别为85.69%、85.84%和82.81%;(2)NtARF11的表达受到低氮条件的诱导,在低氮胁迫情况下,NtARF11的表达水平呈现出负相关,氮浓度越低时其表达量越高;(3)NtARF11突变后植株光合能力、生物量、氮积累能力均较野生型升高;(4)NtARF11突变后,与氮吸收转运和同化相关的基因表达显著高于野生型K326的水平。【结论】NtARF11是受低氮诱导表达增强基因,NtARF11突变体材料具有良好的氮吸收以及氮利用能力,推测NtARF11可能具有调控氮吸收和利用的功能。 展开更多
关键词 烟草 arf家族 基因功能 氮高效 基因编辑 生长素响应因子
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半夏ARF转录因子家族的全基因组鉴定及生物信息学分析
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作者 朱志炎 张德清 +2 位作者 周厚英 何勇 田志宏 《江苏农业学报》 北大核心 2025年第6期1095-1106,共12页
半夏(Pinellia ternate)是一种重要的药用植物,其在生长过程中对光照和温度极为敏感,易发生倒苗现象,导致产量降低。本研究基于国家生物信息中心发布的半夏基因组数据,鉴定出25个PtARF家族成员,并通过系统进化分析将其划分为4个亚族。... 半夏(Pinellia ternate)是一种重要的药用植物,其在生长过程中对光照和温度极为敏感,易发生倒苗现象,导致产量降低。本研究基于国家生物信息中心发布的半夏基因组数据,鉴定出25个PtARF家族成员,并通过系统进化分析将其划分为4个亚族。蛋白质理化性质分析结果表明,半夏PtARF均为亲水性不稳定蛋白,大部分PtARF定位于细胞核中。蛋白质三级结构预测结果显示,亲缘关系较近的PtARF家族成员的三级结构高度相似,表明部分PtARF可能存在功能冗余。系统进化分析和共线性分析结果表明,半夏和水稻的ARF基因亲缘关系较近。半夏ARF家族基因启动子区域中,数量最多的顺式作用元件为生物及非生物胁迫响应元件,其次是植物激素响应元件,植物生长与发育响应元件数量最少。这一结果表明,PtARF可能广泛参与半夏对逆境胁迫的响应。进一步的研究结果表明,PtARF能够响应弱光胁迫和高温胁迫,可能参与半夏倒苗和块茎发育的调控。本研究为半夏抗逆育种及栽培技术优化提供了重要的理论依据。 展开更多
关键词 半夏 arf转录因子家族 倒苗 生物信息学
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彩色马铃薯ARF基因家族的鉴定与表达分析
5
作者 马杰茹 武小娟 +5 位作者 王沛捷 李楠 马宇 杨恩泽 马艳红 聂虎帅 《中国农业大学学报》 北大核心 2025年第7期105-118,共14页
为鉴定参与彩色马铃薯花青素合成相关的ARF基因,基于马铃薯转录组测序数据,利用生物信息学方法对其基因家族成员进行理化性质、系统进化、保守基序、启动子顺式作用元件等进行分析,并通过qRT-PCR验证9个与花青素合成相关的StARFs基因在... 为鉴定参与彩色马铃薯花青素合成相关的ARF基因,基于马铃薯转录组测序数据,利用生物信息学方法对其基因家族成员进行理化性质、系统进化、保守基序、启动子顺式作用元件等进行分析,并通过qRT-PCR验证9个与花青素合成相关的StARFs基因在不同生长时期的紫肉和白肉马铃薯中的表达模式。结果表明:筛选得到55个StARFs基因,可分为4个亚族;同一亚族成员呈现出相似的保守基序和保守结构域,表明其具有相似的功能。启动子顺式元件预测结果显示,其中9个StARFs均含有激素响应作用元件,5个StARFs含有MYB结合位点响应元件。此外,7个StARFs在黄皮白肉马铃薯‘大西洋’中高表达,在‘华颂66’中低表达;2个StARFs在紫皮紫肉马铃薯‘华颂66’中高表达,在‘大西洋’中低表达。这9个StARFs基因极有可能参与马铃薯块茎花青素的生物合成过程。 展开更多
关键词 彩色马铃薯 花青素 arf转录因子 生物信息学 表达模式
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甘蓝ARF基因家族的鉴定及其在非生物胁迫下的表达分析
6
作者 秦文俊 熊言杰 +3 位作者 赵冉 马萧然 叶霄萌 宋江华 《生物技术通报》 北大核心 2025年第10期253-263,共11页
【目的】鉴定甘蓝生长素响应因子ARF基因家族成员,分析BoARF基因在甘蓝多种非生物胁迫中的表达模式,为明确甘蓝ARF基因家族功能奠定基础。【方法】通过生物信息学方法,在甘蓝基因组中鉴定出36个ARF基因家族成员,并对其进行系统发育树构... 【目的】鉴定甘蓝生长素响应因子ARF基因家族成员,分析BoARF基因在甘蓝多种非生物胁迫中的表达模式,为明确甘蓝ARF基因家族功能奠定基础。【方法】通过生物信息学方法,在甘蓝基因组中鉴定出36个ARF基因家族成员,并对其进行系统发育树构建、保守基序鉴定、染色体定位、顺式作用元件预测以及共线性分析。采用实时荧光定量PCR技术,检测甘蓝BoARF基因在不同非生物胁迫(低温、高温、干旱和盐胁迫)下的表达模式。【结果】系统发育分析表明,36个BoARF基因可被划分为4组,这些基因分布于甘蓝的9条染色体上。36个BoARF基因都包含ARF家族的保守结构域Auxin_resp。除BoARF31外,其余35个成员均含有B3型DNA结合结构域。在基因结构方面,大多数成员含有12‒15个外显子。种内共线性分析检测到17对具有共线性关系的基因对,种间共线性分析发现甘蓝ARF基因家族与拟南芥中有27个共线性关系,与白菜含有30对共线性基因。启动子分析发现多种与光响应、激素响应及逆境响应相关的顺式作用元件。BoARF基因在非生物胁迫下的表达模式分析发现,BoARF基因对低温、高温、盐和干旱胁迫处理具有不同程度的响应,表明ARF基因家族可能参与甘蓝对非生物胁迫的适应性调控。【结论】甘蓝中共鉴定出36个BoARF基因,定位于9条染色体。ARF基因启动子含有与非生物胁迫相关的顺式作用元件。BoARF基因在非生物胁迫下表现出不同的表达模式。 展开更多
关键词 甘蓝 arf 基因家族 非生物胁迫 染色体定位 系统发育分析 顺式作用元件 表达分析
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野生二粒小麦ARF家族基因的鉴定和盐胁迫下的表达分析
7
作者 马博 杜旭冉 +3 位作者 武郅忠 郭荣娣 罗爽 聂小军 《麦类作物学报》 北大核心 2025年第11期1441-1450,共10页
生长素响应因子(auxin response factor,ARF)是调控植物生长发育的关键转录因子之一,通过与生长素响应元件结合,参与生长素相关信号通路,在植物的器官建成、信号传导以及逆境响应等方面发挥着重要作用。为探究野生二粒小麦盐胁迫响应AR... 生长素响应因子(auxin response factor,ARF)是调控植物生长发育的关键转录因子之一,通过与生长素响应元件结合,参与生长素相关信号通路,在植物的器官建成、信号传导以及逆境响应等方面发挥着重要作用。为探究野生二粒小麦盐胁迫响应ARF基因及其与盐胁迫的关系,利用Blast和HMM-search相结合的方法在全基因组水平鉴定了野生二粒小麦的ARF家族基因,并对其启动子及耐盐性进行分析。结果表明,在野生二粒小麦中鉴定出22个ARF基因,其分布于2A、2B、3A、3B、5A、5B、6A、6B、7A和7B染色体上;利用系统进化树可将22个ARF家族成员分成3个亚家族。通过启动子顺式元件预测,野生二粒小麦ARF基因启动子主要包含与生长发育、激素响应、光响应及逆境响应相关4类顺式作用元件。经过遗传变异分析,在四倍体小麦的驯化过程中,ARF家族成员的遗传多样性降低,发生了明显的遗传瓶颈效益。在转录组数据中检测到17个成员响应盐胁迫,在盐胁迫下TdARF主要呈现下调表达。TdARF可为小麦耐盐育种的候选基因。 展开更多
关键词 野生二粒小麦 arf基因家族 遗传变异 盐胁迫 表达特性
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圆齿野鸦椿ARF基因家族鉴定和功能分析
8
作者 陈丝雨 张培兰 +4 位作者 朱渊铭 林宇清 陈德星 冯翯 邹双全 《西南农业学报》 北大核心 2025年第1期31-40,共10页
【目的】为进一步探究ARF基因在圆齿野鸦椿生长与发育过程中的作用机制提供科学依据。【方法】通过圆齿野鸦椿全基因组,利用生物信息学,鉴定其ARF基因家族成员,分析EkARF基因的理化性质、染色体定位、进化关系、基因结构、所包含的结构... 【目的】为进一步探究ARF基因在圆齿野鸦椿生长与发育过程中的作用机制提供科学依据。【方法】通过圆齿野鸦椿全基因组,利用生物信息学,鉴定其ARF基因家族成员,分析EkARF基因的理化性质、染色体定位、进化关系、基因结构、所包含的结构域以及顺式作用元件。探究EkARF基因在不同组织中的表达模式并进行功能预测。【结果】共鉴定出29个EkARF基因(EkARF1~EkARF29),分为4个亚族;除LG02染色体外,其余染色体上均有分布。29个ARF基因的氨基酸数量介于432~1110个,相对分子质量在48159.66~122724.62 u,均为亲水性蛋白,其亚细胞定位预测均在细胞核内。29个EkARF蛋白均含有DBD、Auxin_resp结构域,其中21个含有CTD结构域,其基因启动子顺式作用元件与植物光响应、激素的调节、防御机制和生长发育密切相关。EkARF基因在不同组织中表达存在差异,EkARF10在种子中高表达,可能参与种子发育调控;EkARF5随着果实的成熟表达量逐渐降低,可能在果实发育过程中起重要调控作用;EkARF16、EkARF20随着果实发育表达量上调,尤其是EkARF20在果实脱落期呈高表达,与果实成熟变红后仍挂果超130 d不脱落的现象一致,可能是果实发育的关键调控基因。【结论】本研究揭示了EkARF基因在圆齿野鸦椿不同组织部位中的表达模式,为阐明EkARF基因在圆齿野鸦椿生长发育过程中的功能提供理论基础。 展开更多
关键词 圆齿野鸦椿 arf基因家族 生物信息学 表达分析
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向日葵ARF基因家族全基因组鉴定及其耐盐抗旱功能分析
9
作者 张抗萍 周亚茜 +5 位作者 薛征 蒋媛媛 宋晋汇 郭建忠 李林 张晶晶 《江苏农业科学》 北大核心 2025年第14期43-54,共12页
生长素响应因子是生长素信号转导通路中的重要调控因子,在植物应对非生物胁迫过程中发挥重要作用。为揭示向日葵ARF基因在干旱和盐胁迫中的关键作用,对向日葵ARF基因家族进行全基因组鉴定,分析了基因结构、系统发育关系、保守基序、共... 生长素响应因子是生长素信号转导通路中的重要调控因子,在植物应对非生物胁迫过程中发挥重要作用。为揭示向日葵ARF基因在干旱和盐胁迫中的关键作用,对向日葵ARF基因家族进行全基因组鉴定,分析了基因结构、系统发育关系、保守基序、共线性、顺式调控元件和蛋白互作网络,并结合转录组数据和实时荧光定量PCR技术(RT-qPCR),分析向日葵ARF基因在干旱和盐胁迫下的表达模式。结果表明,向日葵ARF基因家族(HaARF)包含49个成员,不均匀分布于16条染色体上,可分成4个亚家族,同一亚家族成员的基因结构相似。HaARF启动子序列中含有较多与激素响应、非生物胁迫和光响应相关的顺式作用元件。转录组结果显示,多数HaARF在干旱和盐胁迫下呈现诱导性表达。RT-qPCR分析进一步证实,在干旱胁迫条件下,HaARF17和HaARF19相对表达量显著上调(P<0.05);HaARF38受盐胁迫明显抑制,HaARF17在盐胁迫12h时,相对表达量达到峰值。研究结果可为进一步研究向日葵ARF基因在抗旱耐盐过程中的潜在功能提供科学依据。 展开更多
关键词 向日葵 arf基因 全基因组鉴定 非生物胁迫 表达分析
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CLIC4/ARF6通路对宫颈癌细胞增殖、侵袭及凋亡的影响
10
作者 苏根娣 张林艳 +1 位作者 姜文静 郑荣荣 《生物技术》 2025年第2期223-227,205,共6页
[目的]探索CLIC4/ARF6信号通路对SiHa细胞增殖、侵袭能力的影响。[方法]用蛋白免疫印迹实验检测HUCEC细胞、SiHa细胞、C33A细胞以及HeLa细胞中CLIC4与ARF6的蛋白表达水平;将人宫颈癌SiHa细胞分为3组:si NC组、si CLIC4组与si ARF6组。通... [目的]探索CLIC4/ARF6信号通路对SiHa细胞增殖、侵袭能力的影响。[方法]用蛋白免疫印迹实验检测HUCEC细胞、SiHa细胞、C33A细胞以及HeLa细胞中CLIC4与ARF6的蛋白表达水平;将人宫颈癌SiHa细胞分为3组:si NC组、si CLIC4组与si ARF6组。通过CCK-8实验检测SiHa细胞的增殖活性;Transwell实验检测SiHa细胞的侵袭数量;通过TUNEL实验检测SiHa细胞的凋亡率。[结果]与HUCEC细胞相比,SiHa细胞、C33A细胞及HeLa细胞的CLIC4与ARF6的蛋白表达增加(0.13±0.02 vs 0.92±0.11 vs 0.89±0.08 vs 0.87±0.05;0.21±0.05 vs 0.72±0.06 vs 0.81±0.03 vs 0.77±0.03)。与si NC组比较,si CLIC4组及si ARF6组的SiHa细胞的增殖活性降低(P<0.05);si CLIC4组、si ARF6组的SiHa细胞侵袭数量减少(85.23±9.22 vs 36.62±7.75 vs 39.83±11.58);si CLIC4组、si ARF6组的SiHa细胞的凋亡率增加(5.73%±0.76%vs 26.58%±0.29%vs 29.03%±0.58%)。[结论]CLIC4与ARF6在宫颈癌细胞中表达上调,下调CLIC4或ARF6的表达后,宫颈癌SiHa细胞的增殖活性与侵袭数量降低。此外,下调CLIC4或ARF6的表达后,宫颈癌SiHa细胞凋亡率增加。 展开更多
关键词 CLIC4 arf6 增殖 侵袭 宫颈癌 凋亡 SIHA SIRNA
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Discovery of toad-derived peptide analogue targeting ARF6 to induce immunogenic cell death for immunotherapy of hepatocellular carcinoma
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作者 Dihui Xu Xiang Lv +8 位作者 Meng Yu Ao Tan Jiaojiao Wang Xinyi Tang Mengyuan Li Wenyuan Wu Yuyu Zhu Jing Zhou Hongyue Ma 《Journal of Pharmaceutical Analysis》 2025年第3期657-660,共4页
Chemotherapeutic drugs such as doxorubicin(DOx)and oxaliplatin can induce immunogenic cell death(ICD)in tumor cells.Current studies have demonstrated that peptide-based drugs can also induce ICD in tumor cells.Unlike ... Chemotherapeutic drugs such as doxorubicin(DOx)and oxaliplatin can induce immunogenic cell death(ICD)in tumor cells.Current studies have demonstrated that peptide-based drugs can also induce ICD in tumor cells.Unlike small molecule drugs,peptide drugs not only enhance the effectiveness of immunotherapy but also offer the advantage of low biotoxicity[1]. 展开更多
关键词 arf DOXORUBICIN hepatocellular carcinoma immunogenic cell death IMMUNOTHERAPY small molecule drugspeptide drugs OXALIPLATIN chemotherapeutic drugs
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ARF4 acting upstream of LBD16 promotes adventitious root formation in peach
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作者 Jingjing Liu Lingling Gao +4 位作者 Ruoxi Zhang Anqi Gao Zamith Kerubo Oginga Beibei Zheng Yuepeng Han 《Horticultural Plant Journal》 2025年第1期145-161,共17页
Although class A auxin response factors(ARFs)are known to regulate adventitious root(AR)development through the canonical SCFTIR1-Aux/IAA-ARF signaling pathway,the regulatory role of class B ARFs in AR development rem... Although class A auxin response factors(ARFs)are known to regulate adventitious root(AR)development through the canonical SCFTIR1-Aux/IAA-ARF signaling pathway,the regulatory role of class B ARFs in AR development remains largely unclear.Therefore,this research focused on the role of class B ARF transcription factors in peach(Prunus persica‘Shengli')adventitious root formation.Here,we report the role of a class B ARF gene Pp ARF4 in adventitious root formation in peach.Comparative transcriptome and q RT-PCR analyses showed that the transcription of Pp ARF4 was significantly up-regulated in auxin-treated stem explants.Y2H assay showed that Pp ARF4 had no interaction with Pp IAAs(AUXIN/INDOLE ACETIC ACIDs).Pp ARF4 could bind the promoters of lateral root development gene Pp LBD16 and auxin transport gene Pp PIN1 to activate their transcription.Ectopic overexpression of Pp ARF4 and Pp LBD16 in Arabidopsis promoted AR development.Additionally,Pp ARF4 could act as a negative regulator of flavone synthesis and thus prevent the explants from browning.The results not only provide novel insights into the functions of ARFs in regulating plant growth and development,but will also be useful for fulfilling asexual propagation by stem cuttings in peach. 展开更多
关键词 Prunus persica Adventitious root AUXIN Pp arf4 Pp LBD16
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油桐ARF基因家族的鉴定及表达分析 被引量:1
13
作者 王占军 李静静 +3 位作者 周子寒 孙婉 王毅 张勰 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第6期984-992,共9页
植物生长发育由多种激素共同调控,其中生长素是重要的调控激素之一。生长素响应因子(Auxin response factor, ARF)是生长素信号传导过程中的关键因子,它能够特异性地与生长素应答元件结合,进而影响植物体内生长素响应基因的表达。本研... 植物生长发育由多种激素共同调控,其中生长素是重要的调控激素之一。生长素响应因子(Auxin response factor, ARF)是生长素信号传导过程中的关键因子,它能够特异性地与生长素应答元件结合,进而影响植物体内生长素响应基因的表达。本研究通过生物信息学方法鉴定到17个油桐ARF基因家族成员,分布在9条染色体上,并且各基因间无片段重复现象。理化性质分析结果表明,ARF蛋白长度为587~1 119 aa,均为酸性蛋白质,不稳定系数>40,为不稳定蛋白质,亲水性指数<0,为亲水性蛋白质。根据系统进化分析结果将油桐ARF蛋白家族分为4个亚族,与拟南芥的亚族划分一致。每个成员都具有典型的B3型结构域和Auxin_resp中间结构域。分析ARF基因表达特征发现,ARF基因的表达在油桐不同组织中具有明显的组织特异性。本研究结果为揭示油桐生长发育调控机制提供了理论依据。 展开更多
关键词 油桐 arf基因家族 生物信息学分析 表达分析
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牡丹ARF基因家族鉴定及表达分析 被引量:3
14
作者 赵银鸽 袁欣 +7 位作者 高杰 王慧娟 李艳敏 王晓晖 师曼 冯乃曦 符真珠 贾文庆 《河南农业科学》 北大核心 2024年第11期117-126,共10页
为研究牡丹生长素响应因子(Auxin response factor,ARF)家族基因,对其基因家族进行鉴定,并对其进行生物信息学分析。结果表明,在牡丹岛锦、凤丹、洛神晓春中共鉴定出19个ARF基因,以拟南芥ARF基因家族进化分类为依据,将牡丹ARF基因家族... 为研究牡丹生长素响应因子(Auxin response factor,ARF)家族基因,对其基因家族进行鉴定,并对其进行生物信息学分析。结果表明,在牡丹岛锦、凤丹、洛神晓春中共鉴定出19个ARF基因,以拟南芥ARF基因家族进化分类为依据,将牡丹ARF基因家族成员分为4个亚族,根据系统发育树发现,牡丹与拟南芥的ARF同源基因存在密切的进化关系。不同牡丹ARF蛋白长度、等电点存在差异。所有PsARF均含有保守的B3和Auxin_resp结构域,大部分PsARF还含有Aux/IAA结构域。保守基序分析表明,Motif数目为4~12个;基因结构分析显示,牡丹ARF基因内含子数量为1~19个;不同亚族间的Motif和内含子数目有一定的差异。组织表达特性分析显示,除PsARF2b在各个组织中不表达外,所有PsARF基因在牡丹组培苗根、茎、叶中均有表达,但在不同组织中的表达量存在很大差异,如PsARF7、PsARF19、PsARF8a、PsARF8b、PsARF6、PsARF11a、PsARF11b、PsARF9、PsARF16b、PsARF17、PsARFx在根中的表达量最高,PsARF5、PsARF3、PsARF4在茎中的表达量最高,而PsARF2a、PsARF1、PsARF16a、PsARF10在叶中的表达量最高。 展开更多
关键词 牡丹 arf基因家族 生物信息学 基因表达
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颠茄生长素应答因子ARF基因家族的全基因组鉴定及表达特征分析 被引量:2
15
作者 周省委 陈璐 +7 位作者 顾旭鹏 张韶珂 初雷霞 宋腾达 万婕 杨林林 董诚明 冯卫生 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2024年第21期7419-7434,共16页
目的 生长素应答因子(auxin response factors,ARFs)基因家族参与颠茄Atropa belladonna生长发育的调控,对颠茄ARF基因(AbARF)进行全基因组鉴定及表达特征分析。方法 基于已发布的颠茄全基因组,利用生物信息学方法对AbARF基因家族成员... 目的 生长素应答因子(auxin response factors,ARFs)基因家族参与颠茄Atropa belladonna生长发育的调控,对颠茄ARF基因(AbARF)进行全基因组鉴定及表达特征分析。方法 基于已发布的颠茄全基因组,利用生物信息学方法对AbARF基因家族成员进行鉴定并对其理化性质、染色体分布、系统进化、基因结构、顺式作用元件进行分析,利用实时荧光定量PCR(q RT-PCR)分析其在不同温度、光质、组织部位的表达特征。结果 共鉴定出41个AbARF基因(AbARF1~AbARF41),分为4个亚家族,编码的氨基酸长度在603~1 116 aa,蛋白质相对分子质量为68 709.35~125 100.60,等电点介于5.27~8.25,亚细胞定位全部定位于为细胞核。基因结构分析发现所有AbARF基因均含有B3保守结构域,顺式元件预测结果表示光响应元件和脱落酸元件在AbARF基因家族启动子区域分布广泛。基因组内共线性分析表明,全基因组复制和片段性复制在AbARF基因家族进化中发挥了重要作用,复制过后经过了强烈的纯化选择。q RT-PCR表达特征分析结果表明,大部分AbARF在低温(18℃)胁迫下表达量显著下调,在白光调控下表达量显著高于红光和黄光,多数AbARF基因在叶中表达量普遍高于主根、侧根、茎和花。结论 从全基因组水平对颠茄ARF基因家族进行鉴定和生物信息学分析,为进一步阐明颠茄ARF基因的功能奠定基础。 展开更多
关键词 颠茄 arf转录因子 生物信息学 基因家族 共线性分析 表达特征
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向日葵ARF基因家族鉴定及其在花发育中的功能分析 被引量:2
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作者 邓玉萍 王倩 +4 位作者 张敏慧 王茜 陈静 杨军 邹建 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期1967-1979,共13页
生长素响应因子是一类生长素响应转录因子,在花发育调控中发挥重要作用,但其在向日葵花发育中的作用尚未见报道。基于本实验室前期构建的向日葵转录组数据,筛选到39个向日葵ARF基因,分属于5个类群,且同一类群成员具有相似的基因结构、... 生长素响应因子是一类生长素响应转录因子,在花发育调控中发挥重要作用,但其在向日葵花发育中的作用尚未见报道。基于本实验室前期构建的向日葵转录组数据,筛选到39个向日葵ARF基因,分属于5个类群,且同一类群成员具有相似的基因结构、保守结构域和保守基序。组织特异性表达模式分析发现,其中20个ARF基因可能与向日葵花发育调控相关。分析这20个ARF基因在光雾山野生葵(WT)和花分生组织决定与花器官分化缺陷突变体cb1(cb1, crazy broccoli 1)中的表达差异,发现gene33195、gene34899、gene58924、gene2145和gene16681在WT花发育St2至St4时期(花原基起始期、花器官开始形成期和减数分裂期)高水平表达,在花发育后期几乎不表达;它们在cb1中表达水平被上调,且与WT花发育早期峰值水平相当。另一个ARF基因gene70445在cb1突变体的整个花发育时期的表达水平均远高于WT。这些结果说明,这6个ARF基因在花分生组织转变和花器官发生中发挥关键作用。启动子顺式作用元件分析发现,这6个基因的启动子区存在多个AP2/ERF、MIKC_MADS和LFY识别元件,说明它们在向日葵花分生组织转变和花器官发生调控中,可能受到AP2/ERF、MIKC_MADS和LFY家族基因的调节。本研究为深入探究向日葵ARF基因在花发育调控中的功能和分子机制提供重要线索,也为向日葵新品种选育提供参考。 展开更多
关键词 向日葵 arf基因家族 生物信息学 花发育 表达分析
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基于全长转录组的蛇足石杉ARF基因家族鉴定分析 被引量:3
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作者 李海波 史济东 +5 位作者 张恺 谢锂波 化阳光 曹禹 李俊怡 汪得凯 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1091-1104,共14页
生长素响应因子(ARF)是介导生长素信号传导并调节多种生物学过程的转录因子家族。为探究蛇足石杉ARF基因家族成员及其在高温和干旱胁迫响应中的作用,该研究利用全长转录组和RNA-seq数据,分析蛇足石杉ARF基因家族成员的系统发育及表达模... 生长素响应因子(ARF)是介导生长素信号传导并调节多种生物学过程的转录因子家族。为探究蛇足石杉ARF基因家族成员及其在高温和干旱胁迫响应中的作用,该研究利用全长转录组和RNA-seq数据,分析蛇足石杉ARF基因家族成员的系统发育及表达模式,并通过生物信息学分析,对ARF基因家族的理化性质、结构域、保守基序、系统发育、组织表达模式及高温和干旱胁迫下的表达模式进行分析。结果表明:(1)在蛇足石杉全长转录组中共筛选出24个ARF家族成员,均为酸性蛋白且均为亲水蛋白。(2)亚细胞定位预测显示,所有24个HsARF均定位于细胞核。(3)系统发育分析发现,HsARF与被子植物拟南芥和水稻亲缘关系较远,与高等开花植物只有2个共同的ARF祖先。(4)结构域分析发现,除HsARF18/23/24外,大多数HsARF有B3结构域。二级结构分析发现,HsARF蛋白占比最多的为无规卷曲,其次为延伸链和α-螺旋。24个HsARF蛋白中所用的三级结构模型只有4种。(5)RNA-seq分析显示,7个HsARF在所有检测的组织中表达量均较高,10个HsARF在茎中的表达量高于根和叶,而HsARF13和HsARF14在叶中的表达量低于根和茎。(6)HsARF在高温和干旱胁迫下表达量发生显著变化,其中18个HsARF基因不同程度高温胁迫诱导,有7个HsARF基因响应干旱胁迫,其中有3个HsARF基因受干旱诱导,有4个HsARF基因受干旱抑制。该研究结果为蛇足石杉HsARF基因的功能和生物育种提供了理论参考。 展开更多
关键词 蛇足石杉 生长素反应因子(arf) 系统发育分析 全长转录组 非生物胁迫
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血管细胞黏附分子1、P14Arf蛋白表达与脑胶质瘤患者肿瘤恶性程度及术后复发的关系
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作者 雷艳杰 赵舒杨 +2 位作者 卜晓红 宋艳芳 马世杰 《河南医学研究》 CAS 2024年第24期4479-4483,共5页
目的 探究血管细胞黏附分子1(VCAM-1)、P14Arf蛋白表达与脑胶质瘤患者肿瘤恶性程度及术后复发的关系。方法 收取102例经病理检查证实的脑胶质瘤组织标本(脑胶质瘤组)以及30例因颅脑损伤行内减压术患者的正常脑组织(对照组),通过免疫组... 目的 探究血管细胞黏附分子1(VCAM-1)、P14Arf蛋白表达与脑胶质瘤患者肿瘤恶性程度及术后复发的关系。方法 收取102例经病理检查证实的脑胶质瘤组织标本(脑胶质瘤组)以及30例因颅脑损伤行内减压术患者的正常脑组织(对照组),通过免疫组织化学法检测血管VCAM-1和P14Arf蛋白的表达情况,比较各级别之间的表达差异。根据术后6个月复发情况分为复发组和未复发组,比较两组脑胶质瘤组织血管VCAM-1和P14Arf蛋白表达,分析各蛋白表达与临床病理的关系。结果 脑胶质瘤组中胶质瘤家族史、汽柴油接触史、射线或电磁场接触史、金属铅接触史、农药接触史、VCAM-1和P14Arf蛋白阳性率与对照组差异有统计学意义(P<0.05),性别、年龄、吸烟及饮酒差异无统计学意义(P>0.05);随着脑胶质瘤恶性程度的升高,VCAM-1高表达率逐渐上升,P14Arf蛋白高表达率逐渐下降,Ⅲ、Ⅳ级别脑胶质瘤患者VCAM-1和P14Arf蛋白高表达水平与Ⅰ、Ⅱ级患者比较,差异有统计学意义(P<0.05),而Ⅰ级、Ⅱ级患者间VCAM-1和P14Arf蛋白高表达差异无统计学意义(P>0.05);不同组织分化程度、Karnofsky评分患者VCAM-1和P14Arf蛋白表达差异有统计学意义(P<0.05);复发组VCAM-1高表达率及P14Arf蛋白低表达率高于未复发组(P<0.05)。结论 VCAM-1和P14Arf蛋白表达水平与脑胶质瘤病情进展及预后相关,可作为临床诊治的参考指标。 展开更多
关键词 脑胶质瘤 血清细胞间黏附分子1 P14arf蛋白
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狗尾草ARF基因家族的鉴定与表达分析 被引量:1
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作者 王其昕 张凌馨 +1 位作者 钟妮娜 熊王丹 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期227-235,共9页
【目的】生长素响应因子ARF(auxin response factor)可以调控生长素响应基因的表达,在植物生长发育中发挥着重要作用。从狗尾草全基因组范围内鉴定出SvARF基因家族成员,分析相关基因表达特征,为后续深入研究其与狗尾草生长发育的关系提... 【目的】生长素响应因子ARF(auxin response factor)可以调控生长素响应基因的表达,在植物生长发育中发挥着重要作用。从狗尾草全基因组范围内鉴定出SvARF基因家族成员,分析相关基因表达特征,为后续深入研究其与狗尾草生长发育的关系提供支撑。【方法】利用生物信息学方法从狗尾草基因组中鉴定了ARF转录因子成员,分析其系统进化、染色体定位和基因结构等情况。利用RT-qPCR(quantitative real-time polymerase chain reaction)分析该家族成员在生长素类除草剂2,4-D异辛酯处理后的表达响应情况。【结果】共鉴定到24个狗尾草SvARF基因家族成员,可分成4个亚家族,同一亚家族SvARF基因的结构相似且基因表达模式相近。不同SvARF基因的表达模式存在差异,且有组织特异性,III亚家族的SvARF基因在根茎分蘖处的表达量均较高。2,4-D异辛酯处理后,有9个SvARF基因的相对表达量发生显著变化,其中SvARF5、SvARF6、SvARF9、SvARF10、SvARF17和SvARF18表达量显著上调,SvARF14、SvARF22和SvARF24表达量显著下调。【结论】狗尾草SvARF基因家族有24个成员。生长素类除草剂影响SvARF基因的表达,暗示SvARF基因在抑制狗尾草植株分蘖中发挥重要作用。 展开更多
关键词 arf转录因子 狗尾草 系统进化 结构特征 表达分析 分蘖 2 4-D异辛酯
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冬瓜ARF4基因克隆及表达特性分析
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作者 程晓欣 翟许玲 +5 位作者 闫晋强 王宝琛 莫仁连 刘文睿 吴智明 江彪 《广东农业科学》 2024年第11期93-101,共9页
【目的】克隆冬瓜(Benincasahispida)ARF4基因,开展生物信息学分析,并研究其在不同组织的表达模式,为进一步深入探究BhARF4在冬瓜果实发育中的功能提供参考。【方法】以冬瓜高代自交系B227开花当天的果实cDNA为模板,根据参考基因中BhARF... 【目的】克隆冬瓜(Benincasahispida)ARF4基因,开展生物信息学分析,并研究其在不同组织的表达模式,为进一步深入探究BhARF4在冬瓜果实发育中的功能提供参考。【方法】以冬瓜高代自交系B227开花当天的果实cDNA为模板,根据参考基因中BhARF4的CDS序列设计引物克隆BhARF4。在结果期,取B227不同组织(根、茎、叶、开花当天的雌花和雄花),及授粉后0、5、10、15、20、30 d的果实样本,通过qRT-PCR分析BhARF4在冬瓜不同组织的表达模式。【结果】BhARF4含有12个外显子和2个内含子,CDS序列长2412bp;motif和保守结构域分析显示,BhARF4蛋白含9个motif并含有保守的ARF、AUX_IAA和B3结构域;系统进化分析显示,BhARF4蛋白与黄瓜、甜瓜的ARF4蛋白亲缘关系最近,与拟南芥、中国南瓜的ARF4蛋白亲缘关系最远;基因表达模式分析显示,4种葫芦科作物中,ARF4在甜瓜中表达量较高,在冬瓜和黄瓜中表达量较低。此外,ARF4在11份不同果型大小的冬瓜种质中的表达具有特异性,其在B227中表达量明显高于其他冬瓜材料。BhARF4在冬瓜果实中表达量较高,尤其是当天授粉的果实,其次是叶、茎、根,在雄花中的表达量最低。亚细胞定位分析发现BhARF4蛋白定位于细胞核。【结论】明确了BhARF4的基因结构、BhARF4蛋白保守结构域等生物学信息特征,以及基因表达模式,推测BhARF4在冬瓜果实生长阶段,尤其是果实生长初期发挥重要作用,且该基因在不同冬瓜材料中表达具有特异性。 展开更多
关键词 冬瓜 arf 果实发育 基因克隆 生物信息学 表达分析
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