余甘子转录组与SSR信息分析及分子标记开发

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作者 王建超 张小艳 +2 位作者 谢丽雪 张立杰 李韬 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 北大核心 2026年第3期35-45,共11页

【目的】明确余甘子转录组SSR位点的分布特征,开发余甘子SSR分子标记技术,为余甘子的亲缘关系鉴定、遗传育种和创新利用提供理论依据。【方法】以6份表型差异较大的余甘子叶片为材料,通过高通量测序技术获得余甘子叶非参转录组数据,分... 【目的】明确余甘子转录组SSR位点的分布特征,开发余甘子SSR分子标记技术,为余甘子的亲缘关系鉴定、遗传育种和创新利用提供理论依据。【方法】以6份表型差异较大的余甘子叶片为材料,通过高通量测序技术获得余甘子叶非参转录组数据,分析其转录组和SSR位点分布特征,设计SSR引物并进行有效性和多态性筛选,最终开发余甘子SSR分子标记技术。【结果】余甘子叶转录组测序共获得65074条基因,平均长度为1064 bp,71.77%的基因成功获得功能注释;所有基因中共获得18245个SSR位点,发生频率为21.68%,含有192种重复基元,其中A/T重复基元数目最多;多态性SSR位点共2714个,占比为14.88%,表明SSR位点可用于遗传多样性分析的潜力较大。对18245个含有SSR位点的基因进行SSR引物设计,共设计出12488对SSR引物,成功率为73.88%,其中7602对引物的重复基元为单核苷酸,占比为60.87%。随机挑选154对引物进行SSR位点有效性和多态性分析,筛选出10对扩增条带清晰且多态性较好的SSR引物,这10对SSR引物重复基元分别为二核苷酸7个,三核苷酸1个和五核苷酸2个,扩增产物大小为127~270 bp,平均为220.5 bp。【结论】多态性SSR位点用于余甘子遗传多样性分析的潜力较大,筛选出10对扩增条带清晰且多态性较好的SSR引物。 展开更多

关键词 余甘子 转录组 ssr 引物筛选 分子标记

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基于梨转录组的SSR分子标记的开发与应用

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作者 尹玉环 于心怡 +3 位作者 李冰 刘建龙 杨英杰 李鼎立 《北方园艺》 北大核心 2026年第2期19-26,共8页

以“QAUP-1/青砧D1”嫁接组合的嫁接口为试材,采用转录组测序、Trinity无参组装、Hisat2序列比对及MISA位点搜索与Primer3引物设计的方法,研究了该嫁接组合嫁接口的EST-SSR位点特征及引物开发,以期为梨嫁接相关的分子标记应用与遗传研... 以“QAUP-1/青砧D1”嫁接组合的嫁接口为试材,采用转录组测序、Trinity无参组装、Hisat2序列比对及MISA位点搜索与Primer3引物设计的方法,研究了该嫁接组合嫁接口的EST-SSR位点特征及引物开发,以期为梨嫁接相关的分子标记应用与遗传研究提供参考依据。结果表明:“QAUP-1/青砧D1”嫁接组合嫁接口转录组共有71544个Unigenes,使用最长转录本(编码基因数量)进行EST-SSR位点预测,共搜索到2433个SSR位点,在“QAUP-1/青砧D1”嫁接组合嫁接口转录组中的出现频率为5.47%(检出的SSR位点个数与总unigene数目之比)。重复次数最多的基序为AG/CT和TC/GA,分别占19.40%和13.93%。EST-SSR基序的重复次数主要分布在6~10次,该范围内有1557个EST-SSR位点,占总EST-SSR位点的63.99%。“QAUP-1/青砧D1”嫁接组合嫁接口转录组SSR位点多态性较好,长度在10~12bp的SSR有217条,占总SSR位点的8.92%,13~20bp的SSR有1127条,占总SSR位点的46.32%,而长度在20bp以上的SSR有1089条,占总SSR位点数的44.76%。随机选取12对EST-SSR引物,在5个梨组织样本中共扩增出59个条带,平均每条EST-SSR有4.9个等位位点,多样性条带有4个。 展开更多

关键词 梨 转录组 EST-ssr 引物开发

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南酸枣转录组特征分析及SSR标记开发 被引量：1

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作者 徐梦阳 蔡宇宇 +2 位作者 李婷 吴南生 孙荣喜 《广西植物》 北大核心 2025年第4期641-653,共13页

通过对南酸枣(Choerospondias axillaris)雌雄转录组特征进行分析及SSR标记开发,为其遗传评价和性别分子辅助育种提供理论支撑和科学依据。该文主要分析南酸枣雌雄转录组表达差异,SSR位点的分布及序列特征,在此基础上开展SSR位点挖掘,... 通过对南酸枣(Choerospondias axillaris)雌雄转录组特征进行分析及SSR标记开发,为其遗传评价和性别分子辅助育种提供理论支撑和科学依据。该文主要分析南酸枣雌雄转录组表达差异,SSR位点的分布及序列特征,在此基础上开展SSR位点挖掘,并进行SSR引物的开发和有效性验证。结果表明:(1)南酸枣转录组测序共获得40341条Unigenes序列,总长度、N50长度、平均长度和GC含量分别为52806369 bp、2409 bp、1309 bp和38.75%;共筛选到1949个雌雄差异表达基因,其中雄株比雌株显著上调的基因有1052个,下调的基因有897个。(2)在所有Unigenes中共检测到5251个SSR位点,619条Unigenes序列中含有2个及2个以上位点,SSR发生频率为11.18%,平均分布距离为10.06 kb;在所有SSR位点中,二核苷酸重复所占比例最高(46.95%),其次为三核苷酸重复(34.27%)。(3)经筛选及有效性验证共得到20对SSR多态性引物,在85份资源中共检测到80个等位基因,平均多态性信息含量(PIC)为0.56。综上认为,南酸枣叶片转录组测序质量较高,组装效果较好。20对多态性引物为后期遗传评价、性别辅助育种及指纹图谱构建提供参考。 展开更多

关键词 南酸枣 引物开发 转录组 ssr 位点特征

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基于麦冬转录组数据的SSR序列特征分析及引物设计 被引量：1

4

作者 王钧 戴维 +6 位作者 赖强龙 叶坤浩 陈杰 冯伦 刘媛 何爱坪 赵丹 《西北农业学报》 北大核心 2025年第2期300-308,共9页

采用高通量测序技术获得了麦冬转录组53466条Unigenes,并通过序列分析识别出35832个SSR位点,分布于24539条Unigenes上,SSR出现频率高达67.02%,平均分布距离为4.88 kb。对包含SSR位点的24539条Unigenes进行GO和KEGG注释,结果显示主要集... 采用高通量测序技术获得了麦冬转录组53466条Unigenes,并通过序列分析识别出35832个SSR位点,分布于24539条Unigenes上,SSR出现频率高达67.02%,平均分布距离为4.88 kb。对包含SSR位点的24539条Unigenes进行GO和KEGG注释,结果显示主要集中于生物学过程、植物-病原体互作等基因功能和代谢通路。从SSR重复基元类型来看,单核苷酸重复数目最多,占比57.06%,其中A/T为绝对优势类型,有20193个;五核苷酸重复平均分布距离最高,为4069.34 kb。从重复次数来看,基元重复10次以上的类型数目最多,有20849个,占比61.69%。随机挑选30个不同类型的SSR基元位点并设计引物,对川麦冬、浙麦冬基因组DNA进行PCR扩增,结果显示28对引物可以在两个栽培种中扩增出条带,其中16对引物可扩增出目的条带。 展开更多

关键词 麦冬 转录组 ssr位点 引物设计

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白三叶转录组SSR位点特征分析及引物开发 被引量：7

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作者 张婷婷 张鹤山 +3 位作者 宋康杰 赵泽宇 许本波 刘洋 《草业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期2266-2275,共10页

本研究旨在了解白三叶(Trifoliumrepens)SSR位点信息和序列特征,开发多态性SSR引物,区分20份白三叶材料。对白三叶不同颜色的花瓣进行转录组(RNA-seq)测序,并根据转录组测序结果中的SSR位点批量设计引物,随机选择60对引物进行多态性验证... 本研究旨在了解白三叶(Trifoliumrepens)SSR位点信息和序列特征,开发多态性SSR引物,区分20份白三叶材料。对白三叶不同颜色的花瓣进行转录组(RNA-seq)测序,并根据转录组测序结果中的SSR位点批量设计引物,随机选择60对引物进行多态性验证,选择多态性高的引物指纹图谱构建。结果表明,白三叶转录组中含有SSR位点的序列有24960个,出现频率为13.25%,平均约5.29 kb出现1个SSR位点;白三叶转录组SSR重复碱基类型有6种,其中三碱基重复占比最高(33.70%),其次为双碱基(28.26%)和单碱基重复(25.02%),其他碱基重复类型较低,仅占总SSR的9.01%。A/T(24.85%)、AG/CT(16.48%)和AAG/CTT(8.89%)分别为单碱基到三碱基的优势重复单元;单碱基至六碱基各基元重复次数集中在4~21次,占总数量的98.11%;序列长度变化在12~35 bp,占总数的96.43%;根据SSR位点序列设计出18594对引物,占总SSR的74.50%;60对随机引物中能扩增出条带的有52对,多态性引物17对,分别占86.7%和32.7%;以多态性较高的5对引物构建的白三叶指纹图谱,能够有效地将20个不同白三叶品种区分开。本研究中白三叶转录组SSR位点分布频率高,类型丰富,具有较高的多态性,在白三叶遗传多样性分析、分子标记辅助育种和指纹图谱构建中具有较大的应用潜力。 展开更多

关键词 多态性引物 指纹图谱 碱基重复特征 ssr序列特征 转录组数据 分子鉴定 ssr引物设计

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基于杜仲转录组序列的SSR分子标记的开发 被引量：123

6

作者 黄海燕 杜红岩 +1 位作者 乌云塔娜 刘攀峰 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第5期176-181,共6页

简单重复序列（simple sequence repeat,SSR）,又称微卫星,是广泛存在于真核和原核生物基因组中的1～6个核苷酸串联重复单元,研究发现基因组中平均每50kb就有1个SSR（Morgante et al.,1993;Kalia et al.,2011）,SSR标记主要包括基因组SS... 简单重复序列（simple sequence repeat,SSR）,又称微卫星,是广泛存在于真核和原核生物基因组中的1～6个核苷酸串联重复单元,研究发现基因组中平均每50kb就有1个SSR（Morgante et al.,1993;Kalia et al.,2011）,SSR标记主要包括基因组SSR和表达序列标签SSR（EST-SSR）。 展开更多

关键词 杜仲 转录组 ssr 引物

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洋葱转录组SSR信息分析及其多态性研究 被引量：49

7

作者 李满堂 张仕林 +2 位作者 邓鹏 侯喜林 王建军 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期1103-1111,共9页

采用生物信息学方法分析洋葱(Allium cepa L.)转录组中的SSR位点信息,并设计简单重复序列(SSR)引物,以期为洋葱分子标记辅助育种提供有力工具。利用MISA工具筛选了洋葱转录组测序获得的106 932条unigenes(84.04 Mb),并对其SSR位点信息... 采用生物信息学方法分析洋葱(Allium cepa L.)转录组中的SSR位点信息,并设计简单重复序列(SSR)引物,以期为洋葱分子标记辅助育种提供有力工具。利用MISA工具筛选了洋葱转录组测序获得的106 932条unigenes(84.04 Mb),并对其SSR位点信息进行了分析,共筛选得到5 959个SSR位点(占总unigenes的5.10%),其发生频率为1/14.1 kb。SSRs位点中主导类型是以AAG/CTT(占总SSRs的10.20%)为主的三核苷酸重复,占总SSRs的37.27%;其次是单、二核苷酸重复,其出现频率分别为30.91%和24.75%。利用Primer5共设计出5 258对SSR引物。随机选择20对引物进行PCR扩增,其中12对扩增出清晰可重复的条带,9对在24个不同类型洋葱材料中表现出多态性。利用UPGMA作图,将24个洋葱材料分为4类。 展开更多

关键词 洋葱 转录组 ssr 引物 多态性

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基于红掌转录组序列的SSR标记分析与开发 被引量：17

8

作者 郁永明 田丹青 +2 位作者 潘晓韵 金亮 葛亚英 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期1349-1354,共6页

本研究从红掌转录组共32 391条unigenes中搜索得到3 944个SSR位点,出现频率为12.17%。EST-SSR类型以一、二、三核苷酸重复为主,占总SSR比例的96.29%,其中二核苷重复为主要基序类型,占总SSR的51.01%,AG/CT重复类型出现最多。设计合成的20... 本研究从红掌转录组共32 391条unigenes中搜索得到3 944个SSR位点,出现频率为12.17%。EST-SSR类型以一、二、三核苷酸重复为主,占总SSR比例的96.29%,其中二核苷重复为主要基序类型,占总SSR的51.01%,AG/CT重复类型出现最多。设计合成的200对SSR引物中有22对引物扩增条带清晰、多态性好,在18个红掌品种中得到有效性验证。结果表明,基于红掌转录组序列的SSR标记开发是可行的,这些EST-SSR的开发可为红掌遗传多样性分析、分子育种等奠定重要基础。 展开更多

关键词 红掌 转录组 ssr 引物

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基于转录组序列的岩白菜SSR位点特征与引物开发 被引量：2

9

作者 刁雨辰 李沛欣 +2 位作者 郭凤根 王仕玉 李娟 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第22期7428-7432,共5页

本研究对岩白菜转录组测序获得的94755条Unigene用MISA软件进行SSR位点挖掘和分析,共获得10237个SSR位点,SSR出现频率为10.80%,所有的SSR位点分布于9001条Unigene上,发生频率为9.50%;二核苷酸(72.31%)分布最多,其次是三核苷酸(22.29%),... 本研究对岩白菜转录组测序获得的94755条Unigene用MISA软件进行SSR位点挖掘和分析,共获得10237个SSR位点,SSR出现频率为10.80%,所有的SSR位点分布于9001条Unigene上,发生频率为9.50%;二核苷酸(72.31%)分布最多,其次是三核苷酸(22.29%),主导的重复基元类型是AG/CT。利用Primer 5.0进行引物设计,随机筛选100对引物进行验证,有60对可以扩增出与预期大小相符的条带,且多态性较好。结果表明基于岩白菜转录组序列开发SSR标记是可行的,这些SSR引物的开发有助于岩白菜的遗传多样性分析和分子标记辅助育种。 展开更多

关键词 岩白菜(Bergenia purpurascens) 转录组 ssr位点特征 ssr引物开发

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南方红豆杉转录组SSR挖掘及分子标记的研究 被引量：94

10

作者 李炎林 杨星星 +2 位作者 张家银 黄三文 熊兴耀 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期735-745,共11页

利用Trinity软件对NCBI公共数据库中公布的南方红豆杉(Taxus chinensis var.mairei)根、茎和叶的转录数据进行转录组的重新拼接。通过对13 737 528条序列组装得到96 279条Unigenes(38 Mb),通过SSR检测程序从96 279条Unigenes中得到2 160... 利用Trinity软件对NCBI公共数据库中公布的南方红豆杉(Taxus chinensis var.mairei)根、茎和叶的转录数据进行转录组的重新拼接。通过对13 737 528条序列组装得到96 279条Unigenes(38 Mb),通过SSR检测程序从96 279条Unigenes中得到2 160个SSR位点(2.24%),其平均发生率为1/18.01 kb,基序长度为14~25 bp之间。优势重复基序为六核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的38.56%和37.08%。2 160个SSR位点由703种重复基序构成,其中六核苷酸占60.96%,主要分布在3~4重复;二、三核苷酸占总SSR位点的44.81%,其中以(AG/CT)n、(AT/AT)n、(AAG/CTT)n、(AGC/CTG)n、(AGG/CCT)n和(ATC/ATG)n重复基序最为丰富,合占总SSR重复类型的34.73%,并出现少量的(CG/CG)n和(CCG/CGG)n重复。通过L9(34)正交试验得到最优的SSR-PCR体系,10μL PCR体系中含DNA 20 ng,1×PCR缓冲液,MgCl220 mmol,dNTPs 0.35 mmol,引物0.25μmol,Taq酶0.45 U。随机挑选62对SSR引物进行8个南方红豆杉株系的SSR扩增,有效扩增率为53.23%,多态性比率为38.71%。这些多态性转录组SSR引物的开发为红豆杉遗传多样性的分析、分子标记辅助育种、遗传图谱构建和功能基因的挖掘提供了更丰富的标记。 展开更多

关键词 红豆杉 转录本 引物 ssr

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基于转录组测序的茄子SSR标记开发 被引量：36

11

作者 魏明明 陈钰辉 +2 位作者 刘富中 张映 连勇 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期1082-1091,共10页

应用Trinity软件对茄子转录组测序数据组装,得到总长度为47919660 bp的45404条Unigenes,MISA从中检索到8316个SSR位点,发生频率为18.32%,平均5.63 kb一个位点。SSR位点中单碱基重复类型最多,为5372个,占到64.60%;其次为三碱基重复1628个... 应用Trinity软件对茄子转录组测序数据组装,得到总长度为47919660 bp的45404条Unigenes,MISA从中检索到8316个SSR位点,发生频率为18.32%,平均5.63 kb一个位点。SSR位点中单碱基重复类型最多,为5372个,占到64.60%;其次为三碱基重复1628个,占到19.58%。三碱基重复中AAG/CTT是优势重复单元,占三碱基重复数的31.6%;二碱基重复中AG/CT是优势重复单元,占二碱基重复数的42.3%。利用Primer 3设计引物,共得到858对SSR引物,随机选取100对引物对17份茄子材料进行扩增,结果表明：有84对可以扩增出条带清晰的片段,有47对引物扩增片段为多态性片段。对47对多态性引物进行分析,多态性信息含量范围为0.10-0.64,平均多态性信息含量为0.32,UPGMA聚类分析可将17份材料分为3类。以上结果表明,基于茄子转录组测序开发的SSR标记可以为茄子的遗传多样性分析和遗传图谱构建提供更加丰富的标记来源。 展开更多

关键词 茄子 转录组 ssr 引物 多态性

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基于桤木属转录组测序的SSR分子标记的开发 被引量：15

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作者 饶龙兵 杨汉波 +2 位作者 郭洪英 段红平 陈益泰 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2016年第6期875-882,共8页

[目的]基于转录组数据开发适用于桤木属树种的SSR标记,揭示其在转录组序列中的分布类型及特征,为桤木属树种分子标记辅助育种提供有利工具。[方法]利用Micro SAtellite(MISA)软件对所有转录组序列进行SSRs搜索,并对SSR位点的数量、分布... [目的]基于转录组数据开发适用于桤木属树种的SSR标记,揭示其在转录组序列中的分布类型及特征,为桤木属树种分子标记辅助育种提供有利工具。[方法]利用Micro SAtellite(MISA)软件对所有转录组序列进行SSRs搜索,并对SSR位点的数量、分布特征进行统计分析。设计100对SSR引物,采用琼脂糖凝胶电泳和毛细管电泳分离检测方法对3种不同倍性桤木属植物(12份材料)进行遗传多样性检测,确定引物多态性及通用性。[结果]85 769条Unigenes序列中发现8 678个SSR位点,分布在8 298条Unigenes中发生频率为9.67%,转录组序列中平均每14.04 kb长度就有一个SSR位点分布。其中,二核苷酸重复类型数量最多,占65.87%。根据转录组Unigenes序列,利用Primer 3软件共设计出4 531对符合要求的引物,挑选出的100对SSR引物中,获得18对多态性高、稳定性好的SSR引物。[结论]本研究可扩增出多态性位点的引物重复单元以二、三核苷酸重复为主。基于桤木属转录组序列的SSR标记开发是可行的,开发的引物为桤木属遗传多样性分析、分子育种、遗传图谱构建和功能基因的挖掘提供了丰富的候选分子标记。 展开更多

关键词 桤木属 转录组 ssr 引物

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基于沙棘转录组序列开发EST-SSR分子标记 被引量：15

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作者 李珊珊 曾艳飞 +1 位作者 何彩云 张建国 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2017年第1期69-74,共6页

[目的]本研究通过对蒙古沙棘"向阳"品种的转录组序列进行SSR引物开发,为沙棘亲本分析、遗传多样性和遗传育种等研究提供支持。[方法]利用已测得的转录组序列进行分析和筛选,整理具有SSR位点的序列,进行引物设计,随机挑选179... [目的]本研究通过对蒙古沙棘"向阳"品种的转录组序列进行SSR引物开发,为沙棘亲本分析、遗传多样性和遗传育种等研究提供支持。[方法]利用已测得的转录组序列进行分析和筛选,整理具有SSR位点的序列,进行引物设计,随机挑选179条引物进行验证。[结果]得到具有SSR位点的EST序列17 383条,其中,单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复基元分别占62.77%、21.82%和13.77%;二核苷酸重复基元类型以AT和AG为主,三核苷酸重复基元类型以AAG、ATC和ATA为主。9 291条序列设计出扩增EST-SSR位点的引物,随机合成的179对引物中,142对扩增成功,选取其中92个位点的扩增产物上机检测,40个SSR位点(43.48%)呈现多态。对扩增稳定且峰图清晰的17个多态位点的进一步分析,得到蒙古沙棘天然群体在各位点的观测杂合度(HO)为0.083 0.875,期望杂合度(HE)为0.180 0.750。[结论]本研究开发出的EST-SSR标记,为后期进行沙棘属植物遗传多样性分析、遗传图谱构建及分子育种等研究提供了重要支持。 展开更多

关键词 沙棘 转录组 EST-ssr 引物

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薄壳山核桃转录组中的SSR位点信息分析 被引量：21

14

作者 贾展慧 宣继萍 +3 位作者 张计育 王刚 贾晓东 郭忠仁 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期3305-3311,共7页

通过对薄壳山核桃转录组数据的分析,开发新的薄壳山核桃分子标记,为研究薄壳山核桃的遗传多样性、分子标记辅助育种提供科学依据。利用ESTtrimmer和cross-match对转录组测序获得的Unigene进行过滤,除去冗杂序列;利用MISA对无冗余Unigen... 通过对薄壳山核桃转录组数据的分析,开发新的薄壳山核桃分子标记,为研究薄壳山核桃的遗传多样性、分子标记辅助育种提供科学依据。利用ESTtrimmer和cross-match对转录组测序获得的Unigene进行过滤,除去冗杂序列;利用MISA对无冗余Unigene进行SSR搜索,并应用Primer3进行SSR引物设计。从搜索序列中发现了10 303个SSR,分布于9 871条Unigenes中,出现频率为18.31%,分布密度为1/4.06 kb。二核苷酸和单核苷酸是主要重复类型,分别占SSR总数的44.27%和40.64%;优势重复基元为A/T、AG/CT和AAC/GTT,分别占单核苷酸的39.66%、二核苷酸的35.22%和三核苷酸的4.90%。88.86%的基序长度集中在10~20 bp。成功设计了5 547对SSR引物。通过对薄壳山核桃高通量转录组序列的SSR信息的研究,表明薄壳山核桃转录组SSR位点出现频率高、分布密度大,具有较高的多态性潜能,能提供丰富的重复类型,可以为研究薄壳山核桃的遗传多样性、分子标记辅助育种、遗传图谱绘制等方面提供有效的理论依据。 展开更多

关键词 薄壳山核桃 转录组 ssr 位点信息 引物设计

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利用转录组数据开发意大利蜜蜂的SSR分子标记 被引量：11

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作者 郭睿 陈华枝 +5 位作者 庄天艺 熊翠玲 郑燕珍 付中民 陈恒 陈大福 《安徽农业大学学报》 CAS CSCD 2018年第3期404-408,共5页

意大利蜜蜂(简称意蜂)是自然界重要的授粉昆虫,广泛用于世界各国的养蜂生产,具有很高的生态和经济价值。为了开发意蜂的SSR分子标记,利用MISA软件对基于前期获得的意蜂幼虫肠道转录组数据组装得到的12 115条unigenes进行搜索,共预测出... 意大利蜜蜂(简称意蜂)是自然界重要的授粉昆虫,广泛用于世界各国的养蜂生产,具有很高的生态和经济价值。为了开发意蜂的SSR分子标记,利用MISA软件对基于前期获得的意蜂幼虫肠道转录组数据组装得到的12 115条unigenes进行搜索,共预测出分布于2 149条unigenes的6 312个SSR位点,其中主要的重复类型为二核苷酸重复(54.42%)和三核苷酸重复(32.49%),主要基元为AT/AT(31.2%)和AG/CT(18.6%)。进一步利用软件设计出18 444对特异性引物,随机选取24对引物对国内3个不同来源的意蜂幼虫样品进行SSR位点扩增,有22对成功扩增出目的片段。研究开发出的SSR分子标记可用于意蜂的种群遗传和分子进化等研究,结果表明利用转录组数据鉴定非模式生物SSR位点的方法可行且高效。 展开更多

关键词 转录组 意大利蜜蜂 ssr 特异性引物

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思茅松转录组SSR分析及标记开发 被引量：16

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作者 赵能 原晓龙 +5 位作者 缪福俊 王毅 陈伟 李江 吴涛 王娟 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期71-77,共7页

基于思茅松转录组测序数据进行其SSR标记开发,为丰富思茅松SSR数据库提供参考。采用MISA软件对思茅松59 636条Unigene进行SSR搜索,共获得3 745个SSR位点,分布频率为6.28%,平均11.36 kb出现一个SSR位点。SSR重复类型以三核苷酸基序为主,... 基于思茅松转录组测序数据进行其SSR标记开发,为丰富思茅松SSR数据库提供参考。采用MISA软件对思茅松59 636条Unigene进行SSR搜索,共获得3 745个SSR位点,分布频率为6.28%,平均11.36 kb出现一个SSR位点。SSR重复类型以三核苷酸基序为主,其次是二核苷酸基序,所占比例分别为49%和24%,其主要重复单元分别为AGC/CTG和AT/TA。随机挑选224个位点进行引物设计及合成,琼脂糖凝胶检测发现其中29个位点具有多态性且效果良好,但仅12个位点符合SSR重复类型的倍数大小且扩增效率高于85%。利用这12对荧光标记引物,对2个居群42份样本进行遗传多样性分析,共检测到35个等位基因,多态性信息量(PIC)为0.093 2-0.480 9,平均为0.306 9。4个位点为低度多态位点(0<PIC<0.25),8个位点为中度多态位点(0.25<PIC<0.5)。这12个标记可用于思茅松遗传多样性分析、遗传图谱构建、基因定位及克隆等研究,旨为思茅松分子标记辅助育种及变异水平等研究提供技术支持。 展开更多

关键词 思茅松 转录组 ssr 引物开发

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基于苦楝转录组测序的SSR分子标记开发 被引量：8

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作者 蔡金峰 杨晓明 +2 位作者 郁万文 汪贵斌 曹福亮 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第6期85-92,共8页

【目的】基于转录组测序数据开发苦楝SSR标记,为苦楝种质资源的选育、评价和遗传改良提供理论基础和科学依据。【方法】利用Illumina HiSeqTM 2500平台对苦楝叶片进行高通量测序,分别利用Trinity、MISA软件对转录组数据进行拼接组装、... 【目的】基于转录组测序数据开发苦楝SSR标记,为苦楝种质资源的选育、评价和遗传改良提供理论基础和科学依据。【方法】利用Illumina HiSeqTM 2500平台对苦楝叶片进行高通量测序,分别利用Trinity、MISA软件对转录组数据进行拼接组装、序列检索及SSR分布类型和特征分析。采用Primer 3软件设计合成100对SSR引物,分别用2%琼脂糖凝胶电泳和PAGE凝胶电泳进行初步筛选和多态性筛选。【结果】共获得Unigenes 20077条,平均长度为1431.82 bp,N50为1955 bp;对Unigenes进行SSR位点的发掘和分析,发现4116条Unigenes序列中含有5469个SSR位点,SSR的发生频率为20.50%,平均分布距离为8.74 kb;单、二、三核苷酸重复单元分别占总SSR的50.23%、24.43%和22.11%;SSR重复单元以6~10次重复的最多,占总数的51.27%。筛选出16对多态性引物并进行PCR扩增,共检测到56个等位基因片段,平均每个位点含3.5个,平均有效等位基因数为2.31个,平均Shannon多样性指数I为0.861,平均多态性信息含量PIC为0.507。【结论】苦楝转录组SSR位点具有较高的出现频率和分布密度,基元类型和重复次数相对较高,具有高多态性的潜能,可以进行有目的的引物设计和开发。开发的16对SSR引物在苦楝上可检测到较高的多态信息含量,进一步丰富了楝科现有SSR标记数据库资源,可为楝科植物在基因组水平上的遗传多样性分析和分子辅助育种等提供参考。 展开更多

关键词 苦楝 转录组 EST-ssr 引物

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基于八角转录组序列的SSR分子标记引物开发 被引量：9

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作者 余兴华 杨艳梅 +3 位作者 李玉祥 陶永宏 孟凡来 滕娟 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2022年第6期1261-1268,共8页

【目的】为解决八角(Illicium verum)缺乏的SSR分子标记,以八角转录组数据为基础,开发EST-SSR分子标记,揭示其在转录组序列中的分布类型及特征,为八角分子生物学研究奠定基础。【方法】应用SSR搜索程序从八角转录组数据中筛选SSR位点,并... 【目的】为解决八角(Illicium verum)缺乏的SSR分子标记,以八角转录组数据为基础,开发EST-SSR分子标记,揭示其在转录组序列中的分布类型及特征,为八角分子生物学研究奠定基础。【方法】应用SSR搜索程序从八角转录组数据中筛选SSR位点,并对SSR重复基序种类、数量、分布特征等进行统计分析。应用在线设计软件对SSR引物进行设计,采用毛细管电泳的方法检测并确定引物多态性,应用筛选到的多态性引物分析不同八角种质间的遗传关系。【结果】从44267条Unigenes中获得8210个SSR位点,含一个EST-SSR位点的占比为11.11%,含2个或2个以上EST-SSR位点的占比为3.13%,复合SSR位点的占比为2.09%。SSR发生频率为14.24%,平均每5.37 kb出现一个SSR。在检索出的SSR位点中,二核、三核苷酸是主要重复类型,二核苷酸重复中以AG/CT占比最高,为46.03%,三核苷酸重复中以GAA/CTT占比最高,为16.58%,四、五、六核苷酸的重复类型及占比相对较少。SSR重复单元的重复次数为4~40次,其中5次重复数最多,占比22.58%,再者为6次重复,占比19.83%;微卫星的长度分布为12~80 bp,其中12~15 bp的最多,占比37.39%。随机挑选的100对引物中扩增筛选出16对多态性较高的引物,其Na为3~8、Ho为0.13~0.88、He为0.54~0.88、Ne为2.03~5.82、I为0.83~1.84、引物多态性信息量指数为0.43~0.81,平均值为0.63,表明所开发的EST-SSR位点具有较高的多态性,遗传关系指出不同八角种质间具有不同的亲缘关系。【结论】基于八角转录组序列开发EST-SSR标记是可行的,其引物具有特异性好、多态性高等优点,开发的SSR标记能为八角遗传多样性分析、功能基因挖掘、遗传连锁图谱构建等提供依据。 展开更多

关键词 八角 转录组测序 EST-ssr 引物开发

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基于转录组测序的油梨EST-SSR引物开发 被引量：12

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作者 应东山 唐浩 +5 位作者 韩瑞玺 王文林 王明 王琴飞 汤秀华 张如莲 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2018年第12期2446-2451,共6页

利用转录测序技术,开发油梨表达序列标签-简单重复序列(EST-SSRs),为SSR标记在油梨种质资源鉴定、品种选育及遗传连锁图谱构建奠定基础。采用Illumina二代测序的技术,共获得37 639条无冗余的序列,对其进行SSR搜索,共获得6 419条简单序... 利用转录测序技术,开发油梨表达序列标签-简单重复序列(EST-SSRs),为SSR标记在油梨种质资源鉴定、品种选育及遗传连锁图谱构建奠定基础。采用Illumina二代测序的技术,共获得37 639条无冗余的序列,对其进行SSR搜索,共获得6 419条简单序列重复(SSR)。利用Primer 3.0软件设计SSR引物,并以11份油梨种质筛选多态性引物。基于转录组序列开发出的EST-SSR的分布频率为17.05%。在油梨EST-SSR中,单核苷、二核苷和三核苷的重复占主导,占总数的99.07%。单、二、三核苷酸重复单元分别占总SSR的37.47%、31.80%和29.80%;出现频率最高的二核苷酸重复基元是AG/CT,占总数的29.15%,出现最高的三核苷酸重复基元为AAG/CTT,占12.01%。随机选择315个SSR位点合成引物,经11份油梨种质筛选鉴定,227对引物可扩增获得产物,有效扩增率为72.06%;其中34对引物表现出良好多态性,占有效引物的12.78%,占总引物的10.79%。在34对多态性引物中,每对引物扩增等位基因数2～12个。利用高通量测序开发SSR引物有较好的实用性,开发获得的34个具有多态性的油梨SSR标记可用于研究油梨及其相关近缘物种的遗传变异。 展开更多

关键词 油梨 转录组 EST-ssr 引物

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桃(Prunus persica [L.] Batsch)转录组SSR信息分析及其分子标记开发 被引量：9

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作者 何平 李林光 +2 位作者 王海波 李慧峰 常源升 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2016年第11期3130-3135,共6页

利用MISA软件筛选桃(Prunus persica[L.]Batsch)转录组数据,获得的109 248条Unigene,检测出24 102个SSR位点,分布于22 689条Unigene中,出现频率为20.76%。SSRs位点中主导类型是以AG/CT(占总SSRs的18.70%)为主的二核苷酸重复,占总SSRs的3... 利用MISA软件筛选桃(Prunus persica[L.]Batsch)转录组数据,获得的109 248条Unigene,检测出24 102个SSR位点,分布于22 689条Unigene中,出现频率为20.76%。SSRs位点中主导类型是以AG/CT(占总SSRs的18.70%)为主的二核苷酸重复,占总SSRs的33%;其次是三核苷酸重复,出现频率为27%;四核苷酸重复,占总SSRs的25%。利用Primer 5共设计出9 657对SSR引物。随机选择50对引物进行PCR扩增,其中20对扩增出清晰可重复的条带,并且在同属材料(苹果试材)中也能获得理想结果,引物多态性检测发现,在15份桃试材中,10对引物具有多态性,利用UPGMA作图,可将15个桃材料很好区分。结果表明,桃转录组测序产生的Unigene是开发SSR标记的有效信息,为SSR标记在桃的遗传分析上提供可靠的标记选择。 展开更多

关键词 桃 转录组 ssr 引物 多态性

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