目的筛选并验证抗结核药物所致肝损伤(anti-tuberculosis drug-induced hepatotoxicity,ATDH)与精神分裂症(schizophrenia,SCZ)之间可能的共同致病基因。方法通过查询基因数据库及文献,分别确定ATDH和SCZ的致病基因,利用重启动随机游走(...目的筛选并验证抗结核药物所致肝损伤(anti-tuberculosis drug-induced hepatotoxicity,ATDH)与精神分裂症(schizophrenia,SCZ)之间可能的共同致病基因。方法通过查询基因数据库及文献,分别确定ATDH和SCZ的致病基因,利用重启动随机游走(integrating network random walk with restart,RWR)、基因富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)和超几何检验等生物信息学分析技术筛选出两种疾病的可能共同致病基因,建立定期更新的两种疾病共同致病基因在线数据库(www.bio-x.cn/atdh-sczgenes.html),查阅文献以进一步筛选与ATDH和SCZ都有关的基因;利用meta分析等方法验证候选基因,以最终确定共同致病基因。结果经信息学分析技术筛选,共获得500个候选共同致病基因。进一步经文献检索,得到GSTM1和GSTT1基因为候选共同致病基因并纳入meta分析。Meta分析显示,GSTM1基因同ATDH(P=0.01)和SCZ(P<0.01)相关均有统计学意义;而GSTT1基因同ATDH和SCZ的发病风险关系均无统计学意义(P>0.05)。结论 GSTM1基因为ATDH和SCZ的共同致病基因。展开更多
文摘目的筛选并验证抗结核药物所致肝损伤(anti-tuberculosis drug-induced hepatotoxicity,ATDH)与精神分裂症(schizophrenia,SCZ)之间可能的共同致病基因。方法通过查询基因数据库及文献,分别确定ATDH和SCZ的致病基因,利用重启动随机游走(integrating network random walk with restart,RWR)、基因富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)和超几何检验等生物信息学分析技术筛选出两种疾病的可能共同致病基因,建立定期更新的两种疾病共同致病基因在线数据库(www.bio-x.cn/atdh-sczgenes.html),查阅文献以进一步筛选与ATDH和SCZ都有关的基因;利用meta分析等方法验证候选基因,以最终确定共同致病基因。结果经信息学分析技术筛选,共获得500个候选共同致病基因。进一步经文献检索,得到GSTM1和GSTT1基因为候选共同致病基因并纳入meta分析。Meta分析显示,GSTM1基因同ATDH(P=0.01)和SCZ(P<0.01)相关均有统计学意义;而GSTT1基因同ATDH和SCZ的发病风险关系均无统计学意义(P>0.05)。结论 GSTM1基因为ATDH和SCZ的共同致病基因。
