新疆苹果树上苹果锈果类病毒(ASSVd)的检测与全序列分析 被引量：1

1

作者 孙晓霞 王钰婷 牛建新 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期693-698,共6页

【目的】检测并分析新疆223团场多年生苹果树上的苹果锈果类病毒。【方法】对采自新疆库尔勒223团的多年生苹果树的枝条、叶片、果实((果皮、种子))样品进行RNA提取,利用RT-PCR技术检测鉴定。【结果】(1)多年生的‘金冠’苹果树上检测... 【目的】检测并分析新疆223团场多年生苹果树上的苹果锈果类病毒。【方法】对采自新疆库尔勒223团的多年生苹果树的枝条、叶片、果实((果皮、种子))样品进行RNA提取,利用RT-PCR技术检测鉴定。【结果】(1)多年生的‘金冠’苹果树上检测到苹果锈果类病毒,得到4条克隆序列(ASSVd Y1:KC110858;ASSVd Y6:KC110859;ASSVd Y8:KC110860;ASSVd Y10:KC110861),所得序列与Gen Bank中已报道的国内外ASSVd序列同源性达85%以上。(2)序列比对可知,4条‘金冠’分离物序列之间只有3个碱基变异,与首次登录生物X17696有26个碱基变异,其中有4个碱基缺失和5个碱基插入,且变异多集中在类病毒序列的TL与TR区。【结论】通过序列分析比对,各寄主上的ASSVd分离物核酸序列变异较小,建立了优化的RT-PCR检测方法,为苹果树ASSVd的快速检测奠定了良好的基础。 展开更多

关键词 苹果树 苹果锈果类病毒(assvd) 检测 序列分析

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3个苹果新品种病毒病的发生状况及ASSVd序列分析 被引量：3

2

作者 陈荣鑫 钟远闻 +4 位作者 孙鲁龙 王辉 王伯臣 贾荣俭 赵政阳 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期1215-1225,共11页

【目的】近年来,苹果病毒病的发生日趋严重,对产业的健康发展造成了严重影响,但是其在苹果新品种瑞阳、瑞雪、瑞香红上的发病状况尚不明确。【方法】在2021—2022年采用RT-PCR方法对白水地区198份新品种样品进行病毒病检测,并对感染苹... 【目的】近年来,苹果病毒病的发生日趋严重,对产业的健康发展造成了严重影响,但是其在苹果新品种瑞阳、瑞雪、瑞香红上的发病状况尚不明确。【方法】在2021—2022年采用RT-PCR方法对白水地区198份新品种样品进行病毒病检测,并对感染苹果锈果类病毒(apple scar skin viroid,ASSVd)植株的果实症状进行了调查和基因克隆、测序。【结果】检测结果显示白水地区新品种潜隐性病毒的感病率显著高于非潜隐性病毒,其中苹果褪绿叶斑病毒(apple chlorotic leaf spot virus,ACLSV)的检出率最高,达到了91.72%,其次是苹果茎沟病毒(apple stem grooving virus,ASGV)和苹果茎痘病毒(apple stem pitting virus,ASPV),检出率分别达到了77.16%、37.13%,苹果坏死花叶病毒(apple necrotic mosaic virus,ApNMV)的检出率为30.31%,苹果锈果类病毒和苹果凹果类病毒(apple dimple fruit viroid,ADFVd)的检出率接近10%;通过对新品种携带病毒类型分析发现,新品种瑞阳整体的检出率低于瑞雪和瑞香红,且73.17%植株病毒复合侵染种类以2~3种为主,而瑞雪、瑞香红57.55%、69.39%的植株以3~4种为主;3个新品种感染苹果锈果类病毒后,瑞阳主要表现为“花脸型”,瑞雪、瑞香红表现为“花脸型”“果面凹凸不平”2种症状;通过对3个新品种ASSVd分离物进行测序、分析,发现新品种瑞阳分离物与伊朗苹果分离物(KM213397.1)同属一个分支,新品种瑞雪、瑞香红分离物序列与韩国、加拿大苹果分离物(AF421195.1、X71599.1)同属一个分支。【结论】检测结果表明,白水地区3个新品种苹果褪绿叶斑病毒、苹果茎沟病毒感病率较高,非潜隐性病毒的感病率相对较低,且新品种瑞阳对病毒的敏感性较低;新品种瑞雪、瑞香红苹果锈果类病毒分离物属于同一分支,而它们拥有共同的亲本(克氏粉红×秦富1号),这从寄主亲缘关系远近的角度表明ASSVd侵染存在寄主特异性。 展开更多

关键词 苹果新品种 病毒病 RT-PCR检测 assvd

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苹果锈果类病毒(ASSVd)保定分离物草本寄主鉴定及侵染性cDNA克隆构建 被引量：1

3

作者 郗娜娜 李紫腾 +7 位作者 杨毅清 江彦军 蒋东帅 孟祥龙 胡同乐 王树桐 王亚南 曹克强 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期1466-1475,共10页

由苹果锈果类病毒(Apple scar skin viroid,ASSVd)引起的苹果花脸病在我国苹果生产上造成了严重的危害,构建侵染性cDNA克隆是研究病毒基因功能、病毒侵染机制的重要手段。我们首先在温室进行了ASSVd保定分离物(BD-1)草本寄主的鉴定,证明... 由苹果锈果类病毒(Apple scar skin viroid,ASSVd)引起的苹果花脸病在我国苹果生产上造成了严重的危害,构建侵染性cDNA克隆是研究病毒基因功能、病毒侵染机制的重要手段。我们首先在温室进行了ASSVd保定分离物(BD-1)草本寄主的鉴定,证明了ASSVd BD-1可侵染油菜(Brassica napus)、黄瓜(Cucumis sativus)、扁豆角(Lablab purpureus)、蚕豆(Vicia faba)、长豆角(Vigna unguiculata)、昆诺藜(Chenopodium quinoa)、苋色藜(C.amaranticolar)共7种草本植物,在油菜上病毒接种成功率最高,达80%,新生叶片表面凹凸不平;其次是黄瓜,达到了77.78%,新生叶片皱缩畸形。通过RT-PCR扩增到ASSVd BD-1全基因组,利用引物引入的方法在基因组中引入T7启动子,构建到pMD18-T simple载体上,通过体外转录获得病毒基因组RNA转录本,在油菜上验证了RNA转录本的侵染性。研究结果为利用草本寄主探究ASSVd生物学特性提供了基础材料,为利用反向遗传学方法分析ASSVd基因功能和侵染机理奠定了基础。 展开更多

关键词 苹果锈果类病毒(assvd) 草本寄主 侵染性cDNA克隆

原文传递

新疆桃树上苹果锈果类病毒(ASSVd)的检测与全序列分析 被引量：25

4

作者 赵英 牛建新 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期274-276,共3页

在以往研究苹果和梨ASSVd的基础上,利用RT-PCR技术对新疆的桃树进行了检测,检测过程中首次发现桃树上有ASSVd类病毒的存在,利用RT-PCR技术分别获得了其全长序列,通过回收克隆测序,发现桃树苹果锈果类病毒基因组长为331 nt,将克隆测序结... 在以往研究苹果和梨ASSVd的基础上,利用RT-PCR技术对新疆的桃树进行了检测,检测过程中首次发现桃树上有ASSVd类病毒的存在,利用RT-PCR技术分别获得了其全长序列,通过回收克隆测序,发现桃树苹果锈果类病毒基因组长为331 nt,将克隆测序结果在GenBank中登录,获得了桃树上的10条ASSVd的序列登录号为:EU031477～EU031486。为快速鉴定桃树苹果锈果类病毒奠定了良好基础。 展开更多

关键词 桃 苹果锈果类病毒 RT-PCR 序列分析

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一步RT-PCR法检测苹果锈果类病毒和苹果凹果类病毒

5

作者 马宁 孔令荣 +3 位作者 张学勇 赵玲玲 由春香 张振鲁 《落叶果树》 2024年第3期10-13,共4页

由类病毒引起的苹果病害在中国苹果主产区普遍发生,严重制约苹果产业的健康发展。对采自不同地区的带有典型症状的弘前富士、南方脆及惠民短枝富士果实,进行苹果锈果类病毒(ASSVd)和凹果类病毒(ADFVd)检测,发现两种病毒能够共侵染。根据... 由类病毒引起的苹果病害在中国苹果主产区普遍发生,严重制约苹果产业的健康发展。对采自不同地区的带有典型症状的弘前富士、南方脆及惠民短枝富士果实,进行苹果锈果类病毒(ASSVd)和凹果类病毒(ADFVd)检测,发现两种病毒能够共侵染。根据ASSVd和ADFVd保守序列设计通用引物,建立了能快速、同时检测两种类病毒的RT-PCR方法。 展开更多

关键词 苹果锈果类病毒 苹果凹果类病毒 RT-PCR检测

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苹果锈果类病毒实时荧光PCR检测方法的建立 被引量：18

6

作者 吴然 李君英 +2 位作者 邵建柱 孙建设 张鹤 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期150-155,共6页

【目的】建立苹果锈果类病毒(ASSVd)检测灵敏的方法。【方法】根据Gen Bank中ASSVd的RNA序列设计特异性引物ASSVd-F和ASSVd-R,利用实时荧光PCR方法对其进行检测,并对体系的特异性、灵敏性及适用性进行验证。【结果】实时荧光PCR体系能... 【目的】建立苹果锈果类病毒(ASSVd)检测灵敏的方法。【方法】根据Gen Bank中ASSVd的RNA序列设计特异性引物ASSVd-F和ASSVd-R,利用实时荧光PCR方法对其进行检测,并对体系的特异性、灵敏性及适用性进行验证。【结果】实时荧光PCR体系能检测至1×10-6的模板浓度,而常规RT-PCR只能检测至1×10-4,由此可知,实时荧光PCR体系灵敏度高于常规RT-PCR 100倍;引物特异性强,能特异检测ASSVd,对苹果褪绿叶斑病毒(ACLSV)、苹果茎沟病毒(ASGV)、苹果茎痘病毒(ASPV)均不能检出;适用性广,可检测出植物不同部位的ASSVd。【结论】所建立的方法能够灵敏检测ASSVd,特异性强,适用性广。 展开更多

关键词 苹果锈果类病毒(assvd) 检测 实时荧光PCR

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几种苹果实生砧木种子传毒潜力检测 被引量：6

7

作者 梁成林 赵玲玲 +1 位作者 宋来庆 姜中武 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期1164-1169,共6页

【目的】明确不同苹果实生砧木种子传毒的情况及各病毒的种传潜力。【方法】以八棱海棠、沙果、平邑甜茶、楸子和山定子5种苹果砧木母株和实生苗为试材,运用RT-PCR技术对母株和实生苗的苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus,ASGV)、... 【目的】明确不同苹果实生砧木种子传毒的情况及各病毒的种传潜力。【方法】以八棱海棠、沙果、平邑甜茶、楸子和山定子5种苹果砧木母株和实生苗为试材,运用RT-PCR技术对母株和实生苗的苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus,ASGV)、苹果褪绿叶斑病毒(Apple chlorotic leaf spot virus,ACLSV)、苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)和苹果锈果类病毒(Apple scar skin viroid,ASSVd)的携带情况进行检测。【结果】八棱海棠母株携带ASGV、ACLSV和ASSVd,侵染率均为100%,其实生苗带ASGV和ASSVd,侵染率分别为3.3%和26.7%;沙果母株同时被4种病毒侵染,其中ASGV侵染率为40%,ACLSV为80%,ASPV和ASSVd侵染率均为100%,实生苗仅携带ASSVd,携带率为100%;平邑甜茶母株被ACLSV、ASPV和ASSVd复合侵染,实生苗被ASSVd侵染,侵染率均为100%;楸子母株同时携带ASGV、ACLSV和ASSVd,3种病毒携带率分别为60%、100%、100%,实生苗携带ACLSV、ASPV和ASSVd,侵染率分别为43.3%、70%、23.3%;山定子母株同时携带ACLSV和ASSVd,带毒率均达100%,实生苗仅检出ASSVd,带毒率为30%。【结论】苹果锈果类病毒可以通过种子传毒,而苹果褪绿叶斑病毒和苹果茎痘病毒不通过种子进行传播。 展开更多

关键词 苹果实生砧木 种子传毒 RT-PCR ASGV ACLSV ASPV assvd

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新疆梨树上苹果锈果类病毒的检测与全序列分析 被引量：4

8

作者 王钰婷 金珠 +3 位作者 董芳园 和世玉 张莉 牛建新 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期94-99,共6页

[目的]检测并分析新疆和静县223团场多年生早熟梨树上的苹果锈果类病毒(ASSVd)。[方法]对采自新疆和静县223团多年生早熟梨的枝条和叶片样品进行RNA抽提,经RT-PCR技术鉴定检测。[结果](1)多年生早熟梨树检测到苹果锈果类病毒,得到2条AS... [目的]检测并分析新疆和静县223团场多年生早熟梨树上的苹果锈果类病毒(ASSVd)。[方法]对采自新疆和静县223团多年生早熟梨的枝条和叶片样品进行RNA抽提,经RT-PCR技术鉴定检测。[结果](1)多年生早熟梨树检测到苹果锈果类病毒,得到2条ASSVd核酸序列(JX861258～JX861259),所得序列与GenBank中已报道的国内外ASSVd序列同源性达86%以上。(2)原位RT-PCR检测进一步表明ASSVd的RNA阳性信号主要位于叶片肉组织的细胞核内。[结论]通过序列分析比对,各寄主上的ASSVd分离物核酸序列变异较小,地域和品种间核酸序列无明显差异。建立了优化的RT-PCR检测及原位RT-PCR检测方法,为果树ASSVd的快速检测奠定了良好的基础。 展开更多

关键词 梨树 苹果锈果类病毒(assvd) 检测 序列分析

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利用两种方法检测苹果锈果类病毒 被引量：4

9

作者 赵英 牛建新 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期132-138,共7页

以克隆ASSVd的部分序列,通过RT-PCR成功合成了地高辛标记的cDNA探针,提取苹果和梨树枝条的总RNA,用斑点杂交技术对其进行了检测试验,结果表明,探针具有很高的灵敏度和特异性。地高辛标记的cDNA探针不与阴性对照枝条RNA以及感染PBCVd、AF... 以克隆ASSVd的部分序列,通过RT-PCR成功合成了地高辛标记的cDNA探针,提取苹果和梨树枝条的总RNA,用斑点杂交技术对其进行了检测试验,结果表明,探针具有很高的灵敏度和特异性。地高辛标记的cDNA探针不与阴性对照枝条RNA以及感染PBCVd、AFCVd、ADFVd枝条总RNA发生杂交,仅与感染ASSVd样品的总RNA杂交。 展开更多

关键词 RT-PCR 地高辛标记探针 assvd检测

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苹果花脸症状相关基因差异表达的分析 被引量：2

10

作者 郑朋飞 张学勇 +6 位作者 孙骞 王楚堃 杨钰莹 芮麟 宋来庆 张振鲁 由春香 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期1109-1120,共12页

【目的】苹果花脸病主要由苹果锈果类病毒(apple scar skin viroid,ASSVd)引起,是一种严重危害苹果产量和果实品质的病害,通过分析苹果花脸症状相关基因表达,探索花脸症状形成的潜在机制。【方法】削取无症状且无ASSVd侵染的果皮和表现... 【目的】苹果花脸病主要由苹果锈果类病毒(apple scar skin viroid,ASSVd)引起,是一种严重危害苹果产量和果实品质的病害,通过分析苹果花脸症状相关基因表达,探索花脸症状形成的潜在机制。【方法】削取无症状且无ASSVd侵染的果皮和表现花脸症状的弘前富士苹果果皮,提取果皮总RNA,通过高通量测序并进行转录组数据分析。【结果】利用RT-PCR方法从表现花脸症状的苹果果皮中得到两条ASSVd序列,其基因组长度分别为331 nt和330 nt,与已公布的ASSVd山东烟台苹果分离物SDYT-1(MW302328.1)和SDYT-3(MW315909.1)完全一致。转录组测序结果表明,与无症状果皮相比,表现花脸症状的果皮中共有差异表达基因6938个,其中有3331个基因显著上调,3607个基因显著下调。通过差异表达基因功能注释分析,表明这些差异基因参与到植物激素(茉莉酸、水杨酸和生长素)合成和信号转导、苯丙烷生物合成等代谢途径。此外,转录组数据分析发现与植物防御反应相关转录因子的编码基因,如MdWRKY18-like、MdWRKY71、MdNAC29、MdWRKY70等在表现花脸症状的苹果果皮中显著上调,而MdERF61等则显著下调。利用实时荧光定量PCR验证了显著差异表达基因变化情况。【结论】转录组分析结果表明,苹果花脸病果实与正常果实差异表达基因主要参与植物激素信号转导和苯丙烷合成途径。此外,植物抗病相关转录因子及防御相关激素信号可能参与调控苹果花脸病的抗病反应。 展开更多

关键词 苹果 assvd 转录组分析 差异表达基因 转录因子

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苹果锈果类病毒山东栖霞分离物的分子鉴定及序列分析 被引量：12

11

作者 马伟 姜冬梅 +5 位作者 陈丽芳 张志想 李世访 贺振 史学功 王红清 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期91-94,共4页

本研究以采自山东省栖霞市的两个苹果样品为试验材料,利用二维电泳、斑点杂交、RT-PCR等分子生物学技术对样品中的苹果锈果类病毒(ASSVd)带毒情况进行了检测。结果表明:两个样品均携带ASSVd。对两个样品中的ASSVd进行克隆测序,并利用生... 本研究以采自山东省栖霞市的两个苹果样品为试验材料,利用二维电泳、斑点杂交、RT-PCR等分子生物学技术对样品中的苹果锈果类病毒(ASSVd)带毒情况进行了检测。结果表明:两个样品均携带ASSVd。对两个样品中的ASSVd进行克隆测序,并利用生物学软件DNAMAN对所得序列进行分析,结果表明:与世界上首次报道的ASSVd序列(X17696)相比,本研究所得到的ASSVd序列变异较小,相对比较保守。 展开更多

关键词 苹果锈果类病毒 检测 序列分析

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应用RT-PCR和斑点杂交法检测新疆梨树上的苹果锈果类病毒 被引量：12

12

作者 赵英 牛建新 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期761-764,共4页

利用自行设计的方法分离提取总RNA,通过一对特异引物,分别扩增出不同梨树品种上苹果锈果类病毒的特异片段,通过对库尔勒香梨品种上获得的特异片段回收、克隆和测序。结果表明,该片段长250bp,与已发表的AF421195同源性为99%,在此基础上... 利用自行设计的方法分离提取总RNA,通过一对特异引物,分别扩增出不同梨树品种上苹果锈果类病毒的特异片段,通过对库尔勒香梨品种上获得的特异片段回收、克隆和测序。结果表明,该片段长250bp,与已发表的AF421195同源性为99%,在此基础上利用克隆的ASSVd质粒,通过RT-PCR合成了生物素标记的cDNA探针,利用该探针对梨样品进行了斑点杂交检测,取得了很好的检测效果。进一步证明该反应体系能很好地用于梨树苹果锈果类病毒的RT-PCR检测。 展开更多

关键词 梨树 新疆 苹果锈果类病毒 RT—PCR CDNA探针 测序

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阿泰灵对苹果锈果类病毒病田间防效及机制研究 被引量：15

13

作者 党海月 张妮妮 +9 位作者 朱明旗 王妍 逯茜 王思敏 梁晓飞 张荣 邹养军 查养良 张志林 孙广宇 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期123-128,共6页

由苹果锈果类病毒引起的苹果花脸病或锈果病在中国发生普遍﹐目前尚缺乏有效的防治方法。新型蛋白诱抗剂阿泰灵能有效激活免疫,已在大田作物和蔬菜上成功应用。本研究探索阿泰灵对苹果花脸型和锈果型类病毒的防治效果,并分析其提高苹果... 由苹果锈果类病毒引起的苹果花脸病或锈果病在中国发生普遍﹐目前尚缺乏有效的防治方法。新型蛋白诱抗剂阿泰灵能有效激活免疫,已在大田作物和蔬菜上成功应用。本研究探索阿泰灵对苹果花脸型和锈果型类病毒的防治效果,并分析其提高苹果树抗病性机制。在生长前期,采用阿泰灵对苹果树进行根淄和叶片喷施处理;在果实成熟期,进行发病情况调查。结果显示阿泰灵处理对‘富士’品种花脸病防效为91.7%,对‘G20'优系花脸病防效为92.3%,对‘秦蜜’品种锈果病防效为67.3%,表明阿泰灵对花脸型和锈果型苹果类病毒病害均有防效。采用阿泰灵处理苹果愈伤组织,利用qRT-PCR检测PRla、PR8、PR10a、PR10b、PR10c、PR10d及DEFl等病程相关蛋白基因的表达情况。结果显示,这些基因均明显上调表达,不同基因诱导表达的时间及程度存在差别,其中PR8最大相对表达量达到41.2倍,PR10a、PR10b、PR10c及PR10d等达到8倍左右,PRla达到5倍﹐DEFl达到3.9倍,推测阿泰灵可能通过诱导病程相关蛋白表达提高苹果树对苹果类病毒的抗病性。 展开更多

关键词 苹果锈果类病毒 免疫诱抗剂 抗病相关蛋白 病毒病 脱毒

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苹果锈果类病毒在7个品种苹果上的分子变异及系统发育关系 被引量：5

14

作者 李紫腾 曹钰晗 +5 位作者 李楠 孟祥龙 胡同乐 王树桐 王亚南 曹克强 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2021年第20期4326-4336,共11页

【目的】探究不同品种苹果锈果类病毒(apple scar skin viroid,ASSVd)的分子变异及系统发育关系,为进一步揭示ASSVd分子变异机制打下基础。【方法】以富士、斗南、王林、中秋王、金冠、信侬红和信侬黄7个品种的染病苹果组织为材料,通过... 【目的】探究不同品种苹果锈果类病毒(apple scar skin viroid,ASSVd)的分子变异及系统发育关系,为进一步揭示ASSVd分子变异机制打下基础。【方法】以富士、斗南、王林、中秋王、金冠、信侬红和信侬黄7个品种的染病苹果组织为材料,通过特异性引物对ASSVd全基因组序列进行扩增,然后进行分子克隆和序列测定,利用生物学软件DNAMAN对变异序列一致性进行分析并利用生物学软件MEGA构建系统发育树。【结果】共获得210个ASSVd的基因组序列,共计17种变体,大小为325—333 nt。将不同苹果品种获得的17种变体与其他已发表代表性分离物进行分析发现,所有变体被分为3组,组Ⅰ包括10种变体,同已报道的保定富士分离物(KR264032.1)亲缘关系较近;组Ⅱ包括6种变体单独聚类;组Ⅲ包括1种变体,与新疆红富士苹果上的分离物(EU031455.1)亲缘关系较近。进一步根据基因组0—3、221、251、284、302这8个位点的碱基变异,将17种变体分为6种类型:1、nt 0—3(GGTA)+nt 41—46(TAAAAT)+nt 221(T)+nt 251(T)+nt 284(G)+nt 302(T);2、nt 0—3(XGGT)+nt 41—46(AGATAX)+nt 221(T)+nt 251(X)+nt 284(A)+nt 302(A);3、nt 0—3(XGGT)+nt 41—46(AGATAX)+nt 221(X)+nt 251(T)+nt 284(A)+nt 302(A);4、nt 0—3(XGGT/GGTA)+nt 41—46(AGATAX)+nt 221(T)+nt 251(T)+nt 284(A)+nt 302(A);5、nt 0—3(GGTA)+nt 41—46(TAAAAT)+nt 221(X)+nt 251(G)+nt 284(G)+nt 302(T);6、nt 0—3(GGTA)+nt 41—46(TAAAAT)+nt 221(T)+nt 251(G)+nt 284(G)+nt 302(T)。其中X表示缺失。富士品种包含6种变体,以类型4为主(47.5%);王林品种包含3种变体,以类型5为主(43%);金冠包含3种变体,以类型4为主(60%);斗南品种只有1种变体,为类型5,占比100%;中秋王品种只有1种变体,为类型4,占比100%;信侬红包含2种变体,以类型1为主(83.3%);信侬黄包含3种变体,以类型1为主(62.5%)。【结论】根据ASSVd nt 0—3、221、251、284、302这8个位点的碱基变异,将富士、斗南、王林、中秋王、金冠、信侬红、信侬黄品种中17种变体分为6种类型,不同苹果品种携带的ASSVd种群结构、病毒变体类型及占比均不同。 展开更多

关键词 苹果锈果类病毒 基因组 分子克隆 分子进化 分子变异

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苹果锈果类病毒内蒙古金红分离物的基因组序列分析 被引量：1

15

作者 袁彧伟 付崇毅 +4 位作者 孙平平 马强 张斌 李正男 张磊 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2022年第6期63-70,共8页

【目的】研究苹果锈果类病毒内蒙古金红分离物的基因组序列,为苹果锈果类病毒的有效防控提供参考。【方法】鉴定内蒙古自治区园艺研究院实验农场果实表现花脸的金红苹果叶片是否被苹果锈果类病毒(apple scar skin viroid,ASSVd)侵染。... 【目的】研究苹果锈果类病毒内蒙古金红分离物的基因组序列,为苹果锈果类病毒的有效防控提供参考。【方法】鉴定内蒙古自治区园艺研究院实验农场果实表现花脸的金红苹果叶片是否被苹果锈果类病毒(apple scar skin viroid,ASSVd)侵染。提取植物总RNA并以获得的总RNA为模板合成cDNA第一链,通过RT-PCR技术检测样品中的ASSVd,并经克隆测序获得ASSVd内蒙古金红分离物全基因组序列。采用MEGA 6.0、DNAMAN软件对不同寄主和不同地区来源的ASSVd分离物核苷酸序列进行分析,利用线上工具RNA Folding Form预测ASSVd内蒙古金红分离物的RNA二级结构。【结果】在疑似感病内蒙古金红苹果叶片样品中检测到ASSVd。ASSVd内蒙古金红分离物的序列长度为330 nt(GenBank登录号MZ476527),与ASSVd新疆梨分离物(JX861258)的亲缘关系最近,核苷酸序列一致性也最高,为97.9%;其次与ASSVd内蒙古塞外红苹果分离物(MN598205)的亲缘关系较近,序列一致性为97.0%;与ASSVd内蒙古塞外红苹果分离物(MN598204)的核苷酸一致性最低,为87.5%。系统发育分析显示,ASSVd的遗传关系与寄主和地理来源相关性不大。多重对比分析结果表明,ASSVd的变异主要集中在左末端区、致病区和中央保守区。RNA Folding Form预测ASSVd内蒙古金红分离物RNA基因组具有杆状二级结构,自由能为-499.49 kJ/mol。【结论】内蒙古金红苹果样品被ASSVd侵染,获取了其基因组序列相关信息。 展开更多

关键词 金红苹果 苹果锈果类病毒 花脸病 内蒙古 病毒基因组 序列分析

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烟台市富士苹果上苹果锈果类病毒分子变异分析 被引量：8

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作者 赵玲玲 刘娟 +3 位作者 宋来庆 张学勇 张硕 姜中武 《植物保护学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期856-863,共8页

为明确苹果锈果类病毒(Apple scar skin viroid,ASSVd)在烟台市富士苹果上的变异情况,通过特异性引物对携带苹果锈果类病毒的富士嫩叶进行ASSVd全长扩增,利用生物学软件DNAMAN对所得变异序列进行分析并构建系统进化树。结果表明,从130... 为明确苹果锈果类病毒(Apple scar skin viroid,ASSVd)在烟台市富士苹果上的变异情况,通过特异性引物对携带苹果锈果类病毒的富士嫩叶进行ASSVd全长扩增,利用生物学软件DNAMAN对所得变异序列进行分析并构建系统进化树。结果表明,从130个样品中筛选到36个阳性样品,36个阳性样品中共克隆获得52条329~333 nt的ASSVd变异序列,其中30个阳性样品含2条或2条以上的ASSVd序列。对所得变异序列进行序列比对发现,同一样品不同克隆间核苷酸序列相似性为94.0%~100.0%,所有变异序列核苷酸序列相似性为94.0%~99.7%,与Gen Bank中来自不同国家或地区的10条ASSVd分离物核苷酸序列相似性为88.3%~99.7%。将序列相似性低于97.0%的12条变异序列进行系统进化分析,结果显示除了333 nt变异序列ZS2-6与伊朗苹果分离物在同一分支外,其余11条变异序列位于同一分支。52条变异序列多序列比对发现,变异位点主要集中在TL区、P区和C区。研究表明烟台市富士苹果上ASSVd存在一定的分子变异。 展开更多

关键词 富士苹果 苹果锈果类病毒 变异序列 序列分析

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苹果锈果类病毒在八棱海棠种子中的分布及氢氧化钠脱毒效果分析 被引量：7

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作者 郭超 邵建柱 +1 位作者 乔雪华 孙建设 《植物保护学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期342-345,共4页

为明确苹果锈果类病毒在八棱海棠果实和种子中的分布特征、种传率以及药剂脱除效果,以带毒母株上的八棱海棠果实和种子为试材,运用RT-PCR技术分析了八棱海棠果实不同部位锈果类病毒的带毒率、实生后代的带毒情况以及氢氧化钠脱除病毒的... 为明确苹果锈果类病毒在八棱海棠果实和种子中的分布特征、种传率以及药剂脱除效果,以带毒母株上的八棱海棠果实和种子为试材,运用RT-PCR技术分析了八棱海棠果实不同部位锈果类病毒的带毒率、实生后代的带毒情况以及氢氧化钠脱除病毒的效果。结果表明,八棱海棠果皮、果肉、种子以及种胚均不同程度携带苹果锈果类病毒,其带毒率分别为96.0%、96.0%、52.0%和4.0%;该病毒可经种子传递给后代,种传率为12.1%;经2%氢氧化钠溶液浸种10、15、20 min,种子的病毒检出率均为0,但后代实生苗的带毒率分别为2.5%、1.3%和0。表明苹果锈果类病毒可侵染种子不同部位并经种子传递给后代,氢氧化钠浸种是脱除该病毒的有效方法。 展开更多

关键词 苹果锈果类病毒 八棱海棠 种子 分布 脱毒

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