为探究与麻黄鸡皮肤黄度相关的基因,本研究以麻黄鸡为研究对象,通过对麻黄鸡十二指肠组织做RNA-seq筛选候选基因,最终筛选出APOB、ABCG5、EXFABP、FGFR2、FGF185个基因,利用NCBI数据库对这5个基因的特定位点进行PCR扩增,再通过Sanger测...为探究与麻黄鸡皮肤黄度相关的基因,本研究以麻黄鸡为研究对象,通过对麻黄鸡十二指肠组织做RNA-seq筛选候选基因,最终筛选出APOB、ABCG5、EXFABP、FGFR2、FGF185个基因,利用NCBI数据库对这5个基因的特定位点进行PCR扩增,再通过Sanger测序来检测基因型并进行统计,最后对数据做单倍型分析和关联分析。分析结果表明,5个基因扩增片段中,APOB基因扩增片段共检测出1个单倍型和10个SNPs,该单倍型由6个SNPs组成,其中位点rs733682421A>G、rs16334940T>C的多态信息含量(Polymorphism Information Content,PIC)均小于0.25,属于低度多态性;其他4个位点的PIC均处于0.25和0.5之间,属于中度多态性。哈代-温伯格平衡检测显示,6个SNPs均处于平衡状态(P>0.05)。关联分析结果表明,10个位点除rs16334940都有3种基因型,其中有6个SNPs位点与皮肤黄度相关。rs731699910位点与胸部和肩部数据显著相关,位点rs316350692、rs736298636,rs313448933与亮度(V值)显著相关,rs314712354位点与胸部、背部、肩部、腿部、色调(H)、饱和度(S)、HSV(H、S、V3个值的均值)的皮肤黄度数据显著相关。rs317901933位点与胸部、背部、肩部、H、S、HSV数据显著相关。综上所述,APOB与麻黄鸡皮肤黄度相关,且有6个SNPs可作为麻黄鸡皮肤黄度的潜在分子标记。展开更多
文摘为探究与麻黄鸡皮肤黄度相关的基因,本研究以麻黄鸡为研究对象,通过对麻黄鸡十二指肠组织做RNA-seq筛选候选基因,最终筛选出APOB、ABCG5、EXFABP、FGFR2、FGF185个基因,利用NCBI数据库对这5个基因的特定位点进行PCR扩增,再通过Sanger测序来检测基因型并进行统计,最后对数据做单倍型分析和关联分析。分析结果表明,5个基因扩增片段中,APOB基因扩增片段共检测出1个单倍型和10个SNPs,该单倍型由6个SNPs组成,其中位点rs733682421A>G、rs16334940T>C的多态信息含量(Polymorphism Information Content,PIC)均小于0.25,属于低度多态性;其他4个位点的PIC均处于0.25和0.5之间,属于中度多态性。哈代-温伯格平衡检测显示,6个SNPs均处于平衡状态(P>0.05)。关联分析结果表明,10个位点除rs16334940都有3种基因型,其中有6个SNPs位点与皮肤黄度相关。rs731699910位点与胸部和肩部数据显著相关,位点rs316350692、rs736298636,rs313448933与亮度(V值)显著相关,rs314712354位点与胸部、背部、肩部、腿部、色调(H)、饱和度(S)、HSV(H、S、V3个值的均值)的皮肤黄度数据显著相关。rs317901933位点与胸部、背部、肩部、H、S、HSV数据显著相关。综上所述,APOB与麻黄鸡皮肤黄度相关,且有6个SNPs可作为麻黄鸡皮肤黄度的潜在分子标记。
