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自噬基因APG5基因结构的生物信息学分析 被引量：2
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作者 陈英 彭心昭 朴英杰 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第11期1077-1084,共8页
利用生物信息学手段对一种与人类细胞凋亡有关的基因———自噬基因 (Autophagy 5 ,简称APG5 )的基因组全序列进行拼接和基因结构分析 ,同时该基因的一个新的可变性剪切变异体 (APG5 β)被首次证实及报道。利用PCR技术从人胚脑cDNA文库... 利用生物信息学手段对一种与人类细胞凋亡有关的基因———自噬基因 (Autophagy 5 ,简称APG5 )的基因组全序列进行拼接和基因结构分析 ,同时该基因的一个新的可变性剪切变异体 (APG5 β)被首次证实及报道。利用PCR技术从人胚脑cDNA文库和B细胞cDNA文库中调取APG5基因 ,装入绿色荧光蛋白pEGFP C1表达载体 ,测序确定其核苷酸序列 ,进行数据库搜索。该基因组全序列分散在核酸序列数据库GenBank的几个不同序列条目中。将相关克隆的基因组序列做相似性比对 ,用DOTPLOT方法确定其相互位置关系 ,并进行序列拼接 ,得到全长基因。利用GenScan、Genefinder等基因识别软件确定其内含子、外显子、转录起始位点、加尾信号等 ,分析其基因结构 ,在此基础上进一步分析其cDNA中外显子数目和排列顺序 ,证实了从B细胞cDNA文库中克隆所得的APG5为一种可变性剪切变异体。利用生物信息学工具 ,成功地拼接出全长为 1 5 0kb人类APG5基因基因组全序列 ,确定其有 8个外显子。根据剪切位点的特性找出其在序列中的位置 ,分别计算出内含子、外显子的长度 ,首次证实并报道APG5 β是第 3外显子缺失的可变性剪切变异体。将验证确实的APG5 β转染至人肝细胞株和HeLa细胞株 ,在共聚焦激光显微镜下可观察到其在细胞凋亡时的特异表达。 展开更多
关键词 生物信息学 基因结构 可变性剪切 自噬基因 凋亡 apg5
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