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DENND1B蛋白对AP2B1蛋白细胞中表达及分布影响的研究 被引量：3
1
作者 李奇兵 赵玉辉 +8 位作者 王广文 温霞 梁立滨 李俊平 黄山雨 孙楠 姜丽 陈化兰 李呈军 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期940-944,共5页
为探究含DENN结构域蛋白1B (DENND1B)对网格蛋白依赖性内吞接头蛋白复合体(AP-2)的β亚基(AP2B1)的影响,本实验利用si RNA干扰技术以及慢病毒包装过表达系统改变DENND1B蛋白的表达水平,通过荧光定量PCR(qPCR)、western blot以及激光共... 为探究含DENN结构域蛋白1B (DENND1B)对网格蛋白依赖性内吞接头蛋白复合体(AP-2)的β亚基(AP2B1)的影响,本实验利用si RNA干扰技术以及慢病毒包装过表达系统改变DENND1B蛋白的表达水平,通过荧光定量PCR(qPCR)、western blot以及激光共聚焦技术研究DENND1B蛋白对AP2B1蛋白的表达以及细胞内定位的影响。结果显示:DENND1B蛋白沉默后能够下调AP2B1蛋白的表达,而过表达DENND1B后能够上调AP2B1蛋白的表达,并且干扰DENND1B蛋白表达后能够显著性地改变AP2B1在细胞内的定位(p<0.05),使AP2B1蛋白由核周聚集改变为胞质弥散分布。上述结果表明DENND1B蛋白能够调控AP2B1蛋白的表达以及细胞定位。本实验为研究接头蛋白以及网格蛋白依赖性的质膜内吞途径提供了新的切入点。 展开更多
关键词 DENND1B SIRNA干扰 过表达 AP-2 ap2b1
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深静脉血栓关键基因AP2B1和miRNAs及其相关通路的筛选 被引量：2
2
作者 祁莎莎 曹鑫 +1 位作者 徐宁宁 陈静 《北京生物医学工程》 2022年第4期344-351,367,共9页
目的通过生物信息学方法预测深静脉血栓(deep vein thrombosis,DVT)的关键基因和miRNAs,并对其相关通路进行研究,为深静脉血栓的诊断及治疗提供新的思路。方法通过分析GEO在线数据库中人类深静脉血栓GSE17078数据集,其中包含正常对照27... 目的通过生物信息学方法预测深静脉血栓(deep vein thrombosis,DVT)的关键基因和miRNAs,并对其相关通路进行研究,为深静脉血栓的诊断及治疗提供新的思路。方法通过分析GEO在线数据库中人类深静脉血栓GSE17078数据集,其中包含正常对照27例和DVT 3例,筛选其中表达差异最显著的基因作为DVT的关键基因;利用Networkanalyst网站对关键基因进行器官富集分析,查看关键基因在器官内的富集情况;应用TargetScan、miRDB及mirTARBASE在线数据库预测关键基因相关的miRNAs,并利用Venn图对预测得到的miRNAs取交集,得到最相关的miRNAs,通过mirTARBASE在线数据库对miRNAs进行基因本体论GO(gene ontology)分析和信号通路富集KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genome)分析;通过STRING网站对关键基因进行PPI(protein-protein interaction)网络构建及蛋白互作网络基因的GO分析和KEGG分析。最后通过动物实验,对关键基因及相关的miRNAs进行定量分析。结果通过差异基因分析得出DVT关键基因是AP2B1(P<0.05),在人脑中表达量最高,且在海马体中与AP2B1相互作用的基因数量最多;经在线数据库预测得出关键基因AP2B1的miRNAs,再通过Venn图取交集后得出概率最大的miRNAs是hsa-miRNA4780、hsa-miRNA-106b-5p及hsa-miRNA-16-5p(P<0.05);通过mirTARBASE数据库对hsa-miRNA-4780、hsa-miRNA-106b-5p及hsa-miRNA-16-5p进行通路富集分析,其显著富集于TGF-β信号通路、细胞周期及脂肪酸生物合成等16个信号通路中(P<0.05);通过STRING网站对关键基因AP2B1进行PPI构建图分析出AP2B1编码的蛋白质与AP1M1等10种蛋白质相互作用复杂;并对蛋白互作网络基因进行GO分析及KEGG分析,发现其在病毒防御、受体代谢等功能富集,在内吞作用、内分泌相关的钙离子重吸收等KEGG通路富集;动物实验结果证实,DVT组AP2B1基因表达量低于对照组,而hsa-miRNA-4780、hsa-miRNA-106b-5p及hsa-miRNA-16-5p的表达量高于对照组(P<0.05)。结论通过预测得出hsa-miRNA-106b-5p及hsa-miRNA-16-5p可能通过TGF-β等信号通路调控关键基因AP2B1的表达,参与深静脉血栓形成发展的病理生理过程,可作为新型生物诊断标志物,为深静脉血栓的临床诊断及治疗提供新的思路。 展开更多
关键词 深静脉血栓 生物信息学 关键基因 ap2b1 MIRNAS
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