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低温胁迫下不同椰子品种AP2/ERF基因表达差异分析
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作者 李静 孙熹微 +4 位作者 刘小妹 丁浩 闫恒芳 冯紫菁 杨耀东 《西南农业学报》 北大核心 2025年第5期987-998,共12页
【目的】模拟低温环境,探讨海南高种椰子和绿矮椰子幼苗在不同低温胁迫处理下的耐寒性,旨在为耐寒椰子新品种的筛选以及培育提供数据支撑,也为探究椰子低温应答机制提供相应的理论依据。【方法】分别以抗寒性较强的海南高种椰子以及低... 【目的】模拟低温环境,探讨海南高种椰子和绿矮椰子幼苗在不同低温胁迫处理下的耐寒性,旨在为耐寒椰子新品种的筛选以及培育提供数据支撑,也为探究椰子低温应答机制提供相应的理论依据。【方法】分别以抗寒性较强的海南高种椰子以及低温较敏感材料绿矮椰子的6月龄幼苗为试验材料,8℃胁迫条件下,在0 h、2 h、8 h、2 d和7 d 5个时间点取样,并对样品进行生理生化指标测定、转录组测序和实时荧光定量PCR分析,拟从基因表达和代谢物水平研究不同品种椰子叶片对低温胁迫的响应机制。【结果】在8℃低温胁迫下,海南高种椰子和绿矮椰子叶片形态发生轻微变化,进一步的生理生化分析发现,耐寒品种海南高种椰子比寒敏感品种绿矮椰子响应低温胁迫更迅速,耐寒性更强。随着低温胁迫处理时间的延长,海南高种椰子和绿矮椰子的叶片电导率上升,而丙二醛含量随胁迫处理时间的延长下降。从海南高种椰子和绿矮椰子低温胁迫不同时间下的转录组数据中鉴定到172个AP2/ERF转录因子,对其中具有显著差异(P<0.05)的36个AP2/ERF转录因子进行结构域以及蛋白质理化性质分析发现,36个AP2/ERF转录因子包括31个ERF、2个RAV、3个AP2亚家族成员。CnAP2/ERF转录因子蛋白序列长度为150~1275 aa,亚细胞定位预测结果显示多数成员定位于细胞核。对36个AP2/ERF基因家族成员表达分析表明,在低温胁迫下,其中17个AP2/ERF基因的表达量在低温胁迫2 d时达到最高,在7 d时下降,11个AP2/ERF基因的表达量在7 d时达到最高。选取6个在海南高种椰子和绿矮椰子中差异显著的AP2/ERF基因进行定量PCR验证,发现其表达趋势与转录组数据结果一致。CBF1/DREB1B基因的相对表达量随着低温胁迫时间的延长而降低,但CBF2基因的表达量随着低温胁迫时间的延长而升高,在低温胁迫2 d时达到最高。【结论】通过探索海南高种椰子和绿矮椰子中不同AP2/ERF基因家族在低温胁迫下的表达模式,为进一步明确海南高种椰子和绿矮椰子耐寒性差异提供参考。最终挑选出6个响应低温胁迫的CnAP2/ERF候选基因,为进一步探索椰子低温应答机制及培育耐寒能力更强的椰子品种提供数据支持和理论参考。 展开更多
关键词 椰子 低温胁迫 ap2/erf CBF 差异分析
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灰毡毛忍冬AP2/ERF家族成员鉴定及表达分析
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作者 周思敏 瞿美玲 +6 位作者 曾娟 何佳蔚 张惊宇 王志辉 童巧珍 周日宝 刘湘丹 《中国中药杂志》 北大核心 2025年第15期4248-4262,共15页
AP2/ERF转录因子家族是植物中广泛存在的一类转录因子,在调控植物成花、花发育、花开放、花衰老等环节具有重要作用。该文基于灰毡毛忍冬2个品种花、叶、茎样品转录组数据鉴定得到117条灰毡毛忍冬AP2/ERF家族成员,其中14个AP2亚家族成员... AP2/ERF转录因子家族是植物中广泛存在的一类转录因子,在调控植物成花、花发育、花开放、花衰老等环节具有重要作用。该文基于灰毡毛忍冬2个品种花、叶、茎样品转录组数据鉴定得到117条灰毡毛忍冬AP2/ERF家族成员,其中14个AP2亚家族成员、61个ERF亚家族成员、40个DREB亚家族成员、2个RAV亚家族成员,利用NCBI、ExPASy、SOMPA等多个网站进行相关基因的生物信息学分析以及差异基因表达分析,利用qRT-PCR验证灰毡毛忍冬AP2/ERF转录因子的表达情况。结果表明,117条LmAP2/ERF在蛋白理化性质、AP2结构域、家族进化、蛋白功能等方面具有相似性和可变性。差异基因表达分析结果表明AP2/ERF转录因子主要在灰毡毛忍冬2个品种的花中差异表达,差异表达基因主要为ERF亚族和DREB亚族基因,进一步得到分析潜在调控灰毡毛忍冬花发育的AP2亚族基因3条、ERF亚族基因2条,调控花开放的ERF亚族基因2条,调控花衰老的ERF亚族基因2条和DREB亚族基因1条。结合家族进化分析及表达分析推测AP2/ERF转录因子能够调控灰毡毛忍冬花发育、开放及衰老,ERF亚家族基因可能为影响灰毡毛忍冬花期长短的关键基因。该研究为后续研究灰毡毛忍冬AP2/ERF转录因子家族具体功能提供了理论基础,为研究灰毡毛忍冬品种间花表型差异的分子机制提供了重要理论依据。 展开更多
关键词 灰毡毛忍冬 ap2/erf 生物信息学 转录因子
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猕猴桃AP2/ERF家族成员鉴定与分析
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作者 毛可欣 李健 +3 位作者 吕巍 王海荣 安淼 李国田 《分子植物育种》 北大核心 2025年第2期402-414,共13页
本研究对‘红阳’猕猴桃基因组鉴定得到219个AP2/ERF家族基因,对其进行了多序列比对,并构建系统发育进化树。根据序列所包含的保守结构域和motif进行分类鉴定,确立猕猴桃AP2/ERF家族可以分为AP2、ERF和RAV 3类,AP2分类中包含40个基因,而... 本研究对‘红阳’猕猴桃基因组鉴定得到219个AP2/ERF家族基因,对其进行了多序列比对,并构建系统发育进化树。根据序列所包含的保守结构域和motif进行分类鉴定,确立猕猴桃AP2/ERF家族可以分为AP2、ERF和RAV 3类,AP2分类中包含40个基因,而RAV中只有4个,ERF序列较多,分为9个子类。顺式作用元件分析显示,该家族基因参与多种植物激素途径,参与植物的生长发育以及对各种外界胁迫响应。通过共线性分析证实了该家族通过基因复制事件进行扩张。通过基因表达模式分析发现,在果实成熟过程中有123个基因差异表达。本研究为AP2/ERF基因家族的研究和猕猴桃基因家族分析提供参考。 展开更多
关键词 猕猴桃 ap2/erf家族 鉴定 生物信息
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海滨木槿AP2/ERF基因家族鉴定及盐胁迫响应模式
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作者 邓薪瑜 倪龙杰 +3 位作者 向鹏 王芝权 於朝广 顾春笋 《福建农林大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第5期618-629,共12页
【目的】鉴定海滨木槿AP2/ERF基因家族成员并分析其盐胁迫响应模式,为木槿属植物的耐盐育种提供参考。【方法】使用生物信息学技术对海滨木槿AP2/ERF基因进行全基因组鉴定和分析,基于转录组数据分析和qRT-PCR技术验证HhERF对盐胁迫的响... 【目的】鉴定海滨木槿AP2/ERF基因家族成员并分析其盐胁迫响应模式,为木槿属植物的耐盐育种提供参考。【方法】使用生物信息学技术对海滨木槿AP2/ERF基因进行全基因组鉴定和分析,基于转录组数据分析和qRT-PCR技术验证HhERF对盐胁迫的响应情况。【结果】(1)在海滨木槿基因组中共鉴定出134个AP2/ERF家族基因成员,命名为HhERF1~HhERF134。(2)理化性质分析结果表明,其蛋白等电点为4.68~10.15,分子质量为1.569~78.511 ku;亚细胞定位预测表明蛋白都位于细胞核。(3)基因结构分析显示,在系统发育树中同一分支上的HhERF基因具有较高的结构相似性。(4)顺式作用元件分析表明,HhERF基因家族成员广泛参与了光响应、植物激素信号转导及非生物逆境胁迫响应。(5)转录组数据和qRT-PCR结果显示,大多数HhERF基因在盐胁迫处理后的特定时间点相对表达量上调,尤其在处理24 h后;其中,HhERF5、HhERF9和HhERF27基因在根部表现出显著的上调。【结论】海滨木槿AP2/ERF基因家族在盐胁迫响应中表现出复杂的时空表达模式,可能通过调控多个生物学过程,如激素信号传导和逆境应答,参与植物的盐胁迫响应。 展开更多
关键词 海滨木槿 ap2/erf基因家族 盐胁迫 生物信息学方法 QRT-PCR
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外源NO调控干旱胁迫下紫花苜蓿AP2/ERFs基因的表达分析
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作者 温小月 赵颖 +4 位作者 王宝强 王贤 朱晓林 王义真 魏小红 《草业学报》 北大核心 2025年第6期154-167,共14页
紫花苜蓿是世界上种植最广泛的饲用豆科作物。APETALA2/ethylene-responsive factor(AP2/ERF)转录因子在植物抵御非生物胁迫中起着关键作用。一氧化氮(nitric oxide,NO)作为植物体内的一种信号分子,在植物抗旱中扮演重要角色。本研究利... 紫花苜蓿是世界上种植最广泛的饲用豆科作物。APETALA2/ethylene-responsive factor(AP2/ERF)转录因子在植物抵御非生物胁迫中起着关键作用。一氧化氮(nitric oxide,NO)作为植物体内的一种信号分子,在植物抗旱中扮演重要角色。本研究利用生物信息学方法对紫花苜蓿MsAP2/ERF基因家族成员进行鉴定及其对NO和干旱的响应模式分析,并从MsAP2/ERF基因家族中筛选到强烈响应NO调控的MsERF07基因进行亚细胞定位。结果表明,该家族成员均含有AP2结构域,其蛋白质的氨基酸数目介于176~422;亚细胞定位预测大部分蛋白都定位在细胞核;MsERF01和MsERF11的亲缘关系较近,并且它们具有相似的结构域;61.54%的MsAP2/ERF基因只含有外显子,也具有高度相似的保守基序;蛋白互作显示MsERF01和MsERF11、MsERF05和MsERF07均处于蛋白互作图中的同一节点;13个MsAP2/ERF基因家族成员被不均匀分布在13条染色体上,MsAP2/ERF基因家族成员的启动子序列中有43个与光反应、组织特异性表达、胁迫以及植物激素相关的顺式调控元件。此外,紫花苜蓿的转录组测序数据分析表明大部分MsAP2/ERF基因家族成员在NO的调控下表达量增加,进一步qRT-RCR试验结果显示,外源NO促进了干旱胁迫下MsAP2/ERF基因的表达量。克隆MsERF07基因,亚细胞定位结果显示该蛋白定位在细胞核与细胞膜中,本研究为后续研究紫花苜蓿MsERF07基因响应干旱胁迫的分子机制提供了基础。 展开更多
关键词 干旱胁迫 一氧化氮 紫花苜蓿 ap2/erf
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植物AP2/ERF转录因子在应对水淹胁迫中的作用研究进展
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作者 龙雪燕 林钗 +3 位作者 薛逸琳 闫道良 章建红 郑炳松 《浙江林业科技》 2025年第2期119-126,共8页
AP2/ERF(APETALA2/乙烯反应因子)转录因子(TF)影响不同的激素信号转导途径,以调节不同的发育过程和应激反应,并参与多条水淹应答通路的调控。本文综述了AP2/ERF转录因子的结构、调控机制以及在水淹胁迫过程中参与的分子互作机制,并对今... AP2/ERF(APETALA2/乙烯反应因子)转录因子(TF)影响不同的激素信号转导途径,以调节不同的发育过程和应激反应,并参与多条水淹应答通路的调控。本文综述了AP2/ERF转录因子的结构、调控机制以及在水淹胁迫过程中参与的分子互作机制,并对今后AP2/ERF转录因子在水淹胁迫过程中的相关研究进行展望,以期为进一步探究该因子的植物逆境调控机制和分子育种提供重要基础。 展开更多
关键词 植物 ap2/erf转录因子 水淹胁迫 调控
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AP2/ERF转录因子家族响应木本植物非生物胁迫的研究进展
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作者 黄倩慧 田博雯 +4 位作者 华炫 周欣彤 江梓涵 陈艳红 张健 《南通大学学报(自然科学版)》 2025年第1期74-84,共11页
木本植物是全球生态系统的重要支柱,在维护生态平衡中起着重要作用,其在生长过程中会受到多种非生物胁迫,如冷胁迫、干旱胁迫、盐胁迫等,这些胁迫会严重影响木本植物的生长发育。AP2/ERF(APETALA2/ethylene responsive factor)转录因子... 木本植物是全球生态系统的重要支柱,在维护生态平衡中起着重要作用,其在生长过程中会受到多种非生物胁迫,如冷胁迫、干旱胁迫、盐胁迫等,这些胁迫会严重影响木本植物的生长发育。AP2/ERF(APETALA2/ethylene responsive factor)转录因子在木本植物中分布广泛,是植物最大的转录因子家族之一。文章总结了木本植物AP2/ERF转录因子的分类情况,探讨了AP2/ERF转录因子在木本植物响应非生物胁迫(冷、干旱、盐、淹水)中的关键作用。研究还发现,木本植物AP2/ERF转录因子家族中ERF和DREB亚家族成员数量最多,其中DREB亚家族成员CBF是木本植物冷胁迫信号转导的关键因子。该综述为更好地理解木本植物中AP2/ERF转录因子的功能及其在非生物响应中的作用提供了支撑。 展开更多
关键词 木本植物 ap2/erf转录因子 非生物胁迫 冷胁迫 干旱胁迫 盐胁迫 淹水胁迫
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月季AP2/ERF基因家族鉴定分析
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作者 姜好 杨陈玉 +6 位作者 王亚男 郭涛 张宏磊 王锡敏 李建伟 王钧花 姜涛 《山东林业科技》 2025年第4期8-18,共11页
月季(Rosa chinensis)是我国的十大名花之一。本研究以月季全基因组数据为基础,进行AP2/ERF基因家族的鉴定,并通过MEME、MEGA等生物信息学工具对AP2/ERF基因家族的理化性质、保守基序、基因结构、顺式作用元件、系统进化进行分析。共鉴... 月季(Rosa chinensis)是我国的十大名花之一。本研究以月季全基因组数据为基础,进行AP2/ERF基因家族的鉴定,并通过MEME、MEGA等生物信息学工具对AP2/ERF基因家族的理化性质、保守基序、基因结构、顺式作用元件、系统进化进行分析。共鉴定出169个AP2/ERF基因,定位在7条染色体上。根据理化性质分析显示,AP2/ERF蛋白氨基酸数量范围94~832aa,分子量范围10765.38~91007.8kD,等电点范围4.52~10.31,均为亲水性蛋白且大多数蛋白质定位于细胞外。根据系统发育分析结果,将这169个AP2/ERF基因划分为五个亚族。此研究筛选并系统分析了月季AP2/ERF基因,为进一步研究月季AP2/ERF基因功能提供了基础。 展开更多
关键词 月季 ap2/erf家族 生物信息学分析
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Genome-Wide Identification of the APETALA2/Ethylene-Responsive Factor (AP2/ERF) Gene Family in Acer paxii and Transcriptional Expression Analysis at Different Leaf Coloration Stages
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作者 Zhong Ren Shuiming Zhang +5 位作者 Yuzhi Fei Zhu Chen Yue Zhao Xin Meng Hongfei Zhao Jie Ren 《Phyton-International Journal of Experimental Botany》 2025年第9期2927-2947,共21页
Acer paxii belongs to the evergreen species of Acer,but it exhibits a unique feature of reddish leaves in fall in subtropical regions.Although the association of AP2/ERF transcription factors with color change has bee... Acer paxii belongs to the evergreen species of Acer,but it exhibits a unique feature of reddish leaves in fall in subtropical regions.Although the association of AP2/ERF transcription factors with color change has been well-documented in prior research,molecular investigations focusing on AP2/ERF remain notably lacking in Acer paxii.This research focuses on performing an extensive genome-wide investigation to identify and characterize the AP2/ERF gene family in Acer paxii.As a result,123 ApAP2/ERFs were obtained.Phylogenetic analyses categorized the ApAP2/ERF family members into 15 subfamilies.The evolutionary traits of the ApAP2/ERFs were investigated by analyzing their chromosomal locations,conserved proteinmotifs,and gene duplication events.Moreover,investigating gene promoters revealed their potential involvement in developmental regulation,physiological processes,and stress adaptationmechanisms.Measurements of anthocyanin content revealed a notable increase in red leaves during autumn.Utilizing transcriptome data,transcriptomic profiling revealed that the majority of AP2/ERF genes in Acer paxii displayed significant differential expression between red and green leaves during the color-changing period.Furthermore,through qRT-PCR analysis,it was found that the gene expression levels of ApERF006,ApERF014,ApERF048,ApERF097,and ApERF107 were significantly elevated in red leaves.This indicates their potential participation in leaf pigmentation processes.These findings offer significant insights into the biological significance of ApAP2/ERF transcription factors and lay the groundwork for subsequent investigations into their regulatorymechanisms underlying leaf pigmentation in Acer paxii. 展开更多
关键词 ap2/erf gene family Acer paxii transcription factor leaf color discoloration ANTHOCYANIN
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7个苎麻AP2/ERF基因时空表达分析与花发育相关BnERF1基因克隆
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作者 彭文仙 马鑫 +4 位作者 何思 何也君 张晓洋 霍颖怡 邢虎成 《分子植物育种》 北大核心 2025年第2期428-436,共9页
苎麻[Boehmeria nivea(L.)Gaudich.]生殖生长对其纤维发育有显著的抑制作用,且苎麻开花受乙烯调控。AP2/ERF转录因子在植物中对乙烯信号响应和调控生长发育具有关键作用。本研究根据苎麻转录组数据筛选到7个不同的ERF基因,在分析其在不... 苎麻[Boehmeria nivea(L.)Gaudich.]生殖生长对其纤维发育有显著的抑制作用,且苎麻开花受乙烯调控。AP2/ERF转录因子在植物中对乙烯信号响应和调控生长发育具有关键作用。本研究根据苎麻转录组数据筛选到7个不同的ERF基因,在分析其在不同种质不同部位的时空表达情况基础上,克隆了一个与花芽发育密切相关的ERF基因,并进行生物信息学特征分析。结果表明:7个ERF基因在不同种质和不同组织中均表达,但表达量差异显著,存在基因型和组织器官特异性。其中Unigene9156和Unigene16687在所有种质中相对表达量较高,尤其在0.5~1.0 cm花芽(雌花芽和雄花芽)中表达量极高。Unigene9156在‘GBN08’种质0.5~1.0 cm雄花芽中的表达量是在‘GBN08’麻骨中表达量的650多倍,而在‘GBN09’种质0.5~1.0 cm雌花芽中的表达量是在‘GBN08’麻骨中表达量的338倍。因此可推测Unigene9156在调节苎麻开花和花芽发育方面可能有重要作用。以苎麻转录组数据中的Unigene9156为模板,克隆Unigene9156基因ORF,长为1302 bp,命名为BnERF1(登录号:MZ540911)。该基因编码433个氨基酸,分子质量为47.05 kD,理论等电点为9.04,含有AP2结构域的YRG和RAYD基序,是无信号肽蛋白,亚细胞定位在细胞核内。系统进化树显示苎麻与川桑、异色山黄麻、大麻的ERF蛋白同源关系较近。该研究为进一步揭示AP2/ERF调控苎麻开花提供了科学依据。 展开更多
关键词 苎麻[Boehmeria nivea(L.)Gaudich.] ap2 erf 克隆
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AP2/ERF在青花菜苗期响应黑腐病的功能研究 被引量:2
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作者 唐征 陈思雀 +3 位作者 徐谦 钟伟杰 刘庆 朱世杨 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期2523-2539,共17页
通过对黑腐病病原菌侵染后的青花菜(Brassica oleracea L.var.italica)叶片进行转录组测序分析,探究青花菜对黑腐病的响应机制,挖掘并鉴定其中的抗病相关基因。Gene Ontology(GO)分析显示,与未接种相比,接种病原菌3、5和7 d后上调的差... 通过对黑腐病病原菌侵染后的青花菜(Brassica oleracea L.var.italica)叶片进行转录组测序分析,探究青花菜对黑腐病的响应机制,挖掘并鉴定其中的抗病相关基因。Gene Ontology(GO)分析显示,与未接种相比,接种病原菌3、5和7 d后上调的差异表达基因均显著富集在胁迫应答和植物激素信号途径;3个比较组共有的差异表达基因中,上调表达的基因编码32个AP2/ERF转录因子;AP2/ERF编码的蛋白质序列长度在132~344 aa,且启动子中含有大量应答脱落酸、生长素、茉莉酸、赤霉素和水杨酸的顺式作用元件。水杨酸(SA)处理能够显著增强青花菜对黑腐病的抗性,强烈诱导AP2/ERF以及防御相关基因的表达。此外,BolC1t04894H编码的EAR型转录抑制子ERF4定位于细胞核中。瞬时表达青花菜ERF4导致烟草叶片对黑腐病病原菌处理敏感。EMSA结果显示,青花菜ERF4可以结合WRKY33启动子中的GCC-box序列,双荧光素酶报告系统试验表明ERF4抑制WRKY33的表达。综上,黑腐病病原菌侵染后,激活了青花菜激素信号转导途径,SA强烈诱导AP2/ERF的表达,进而调控一系列抗病相关基因的转录,启动防御反应。 展开更多
关键词 青花菜 ap2/erf转录因子 黑腐病 水杨酸 抗病性
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金钗石斛AP2/ERF基因家族的鉴定和表达分析
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作者 于相丽 刘雅银 +1 位作者 李勇慧 周晓君 《江苏农业科学》 北大核心 2024年第17期47-57,共11页
对金钗石斛AP2/ERF转录因子基因家族在全基因组上进行鉴定及生物信息学分析,为进一步阐明金钗石斛AP2/ERF转录因子的功能研究奠定理论基础。利用BLASTP比对金钗石斛蛋白,并通过在线网站NCBI CDD、InterPro和SMART进一步鉴定,共获得97个... 对金钗石斛AP2/ERF转录因子基因家族在全基因组上进行鉴定及生物信息学分析,为进一步阐明金钗石斛AP2/ERF转录因子的功能研究奠定理论基础。利用BLASTP比对金钗石斛蛋白,并通过在线网站NCBI CDD、InterPro和SMART进一步鉴定,共获得97个金钗石斛AP2/ERF基因,然后通过ProtParam分析金钗石斛AP2/ERF家族蛋白的理化性质、亲疏水性,使用MEGA11.0软件构建进化树,利用Map Gene Chrome、GSDS、MEME、PlantCARE在线工具分析AP2/ERF转录因子的基因定位、基因结构和保守基序,并预测基因上游的顺式作用元件,利用TBTools分析并可视化AP2/ERF基因在各部位的表达情况。结果表明,金钗石斛AP2/ERF转录因子家族的成员,大部分定位在细胞核中,相对分子质量介于2726.88~71682.81 u之间,氨基酸数量介于94~659个之间,等电点介于4.45~10.44之间。进化树分析显示,AP2/ERF家族成员分为AP2、RAV、ERF及DREB 4个亚家族。97条基因不均匀地分布在19条染色体上,各个亚族都有独特基序,AP2/ERF基因启动子上游区域光响应作用元件种类最多,数量也最多。大多数DnAP2s基因在根中的表达量最大,不同的居群DnAP2s基因表达有较大不同。鉴定得到97个金钗石斛AP2/ERF蛋白,DnAP2s基因在根茎叶花中表达具有差异性,地理分布导致不同居群的遗传多样性水平不同。 展开更多
关键词 金钗石斛 ap2/erf基因家族 生物信息学 表达分析
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黄瓜AP2/ERF基因家族全基因组鉴定及表达模式分析 被引量:4
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作者 杨巍 赵丽芬 +3 位作者 杨娟 李飞 王天文 邓英 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期127-143,共17页
【目的】在黄瓜全基因组中鉴定APETALA2/ethylene responsive factor(AP2/ERF)基因家族,分析其基因结构与功能及表达模式,为该家族基因在黄瓜生长发育及抵御逆境胁迫中的作用提供参考。【方法】利用生物信息学对CsaAP2/ERF家族进行鉴定... 【目的】在黄瓜全基因组中鉴定APETALA2/ethylene responsive factor(AP2/ERF)基因家族,分析其基因结构与功能及表达模式,为该家族基因在黄瓜生长发育及抵御逆境胁迫中的作用提供参考。【方法】利用生物信息学对CsaAP2/ERF家族进行鉴定,并分析该家族成员的理化性质、结构与功能、蛋白互作关系、进化关系和表达模式。【结果】黄瓜全基因组中鉴定出148个AP2/ERF家族成员,根据同源性分为5个亚族:AP2、ERF、DREB、RAV和Soloist,各亚族成员的基因结构与保守基序相似。CsaAP2-11和CsaAP2-15是蛋白互作网络的核心蛋白,与多个蛋白质存在互作关系。共线性分析显示:CsaAP2/ERF与南瓜同源基因进化关系最为相近。在逆境胁迫(冷、热、盐)下,CsaAP2-15、CsaAP2-18、CsaERF-31、CsaERF-54、CsaERF-64、CsaERF-65、CsaDERB-37、CsaDREB-38、CsaDREB-45等基因的表达量发生显著变化。【结论】本研究对黄瓜AP2/ERF家族成员进行系统鉴定和特征分析,并分析了其在多种胁迫下的表达模式,为该家族基因的生物学功能研究与培育抗逆黄瓜新品种提供了理论基础。 展开更多
关键词 黄瓜 ap2/erf转录因子 生物信息学 表达模式
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果蔬逆境胁迫应答中AP2/ERF转录因子的激素调控研究进展 被引量:2
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作者 李皎琪 李美琪 +4 位作者 王玉婷 刘秀玲 张新华 李富军 李晓安 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第12期315-323,共9页
APETALA2/乙烯响应因子(APETALA2/ethylene-responsive factor,AP2/ERF)转录因子家族是植物中最大的转录因子家族之一,其亚家族成员通过与下游互作基因启动子区域的GCC box、DRE/CRT等顺式作用元件特异性结合,激活或抑制相关基因的表达... APETALA2/乙烯响应因子(APETALA2/ethylene-responsive factor,AP2/ERF)转录因子家族是植物中最大的转录因子家族之一,其亚家族成员通过与下游互作基因启动子区域的GCC box、DRE/CRT等顺式作用元件特异性结合,激活或抑制相关基因的表达,参与果蔬的生长发育、成熟衰老、胁迫应答等生物学过程的调控。近年来越来越多的研究表明,AP2/ERF还可通过调控靶基因诱导乙烯、茉莉酸、水杨酸等多种植物激素反应或作为反应因子响应植物激素信号,参与植物激素介导的果蔬品质形成、生物胁迫及非生物胁迫应答相关的代谢通路,调节果蔬的品质及抗性。本文对AP2/ERF转录因子的结构特征及其在果蔬中的分类和分布进行了概述,并综述了果蔬逆境胁迫应答中AP2/ERF与主要激素信号相互作用以调控果蔬抗逆性的最新研究进展,以期从AP2/ERF转录因子激素调控的角度,为增强果蔬对逆境胁迫的抗性提供理论依据。 展开更多
关键词 ap2/erf转录因子 植物激素 果蔬 生物胁迫 非生物胁迫
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香蕉AP2/ERFs超家族的重新鉴定及在果实采后成熟过程中的差异表达特性 被引量:1
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作者 张海波 郑云柯 +4 位作者 付毛妮 张建斌 贾彩红 李新国 刘菊华 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期861-874,共14页
【目的】在全基因组水平上重新鉴定香蕉A基因组中的AP2/ERF家族成员,研究其在香蕉果实采后成熟过程中的差异表达特性,明确可能参与香蕉果实成熟调控的关键基因。【方法】对香蕉A基因组中AP2/ERF家族成员进行系统进化、结构特征、蛋白质... 【目的】在全基因组水平上重新鉴定香蕉A基因组中的AP2/ERF家族成员,研究其在香蕉果实采后成熟过程中的差异表达特性,明确可能参与香蕉果实成熟调控的关键基因。【方法】对香蕉A基因组中AP2/ERF家族成员进行系统进化、结构特征、蛋白质特性、保守结构域分析和两大类主栽品种巴西蕉(AAA)和粉蕉(ABB)果实采后成熟不同阶段的转录组分析。【结果】发现AP2/ERFs家族共有317个家族成员,分为AP2(49个)、ERF(253)和RAV(15)三个亚家族,他们不均匀地分布在染色体上。根据保守结构域和基因结构特征,ERF又分为a、b、c、d、e、f、h、i、j和k共10个亚类。转录组分析结果表明,在巴西蕉果实采后成熟过程中差异表达的AP2/ERFs家族成员有77个,其中高水平表达的有MaERF15、36、42和AP2-28。在粉蕉果实采后成熟过程中差异表达的AP2/ERFs家族成员有74个,其中高水平表达的有MaERF42和AP2-28。同时在巴西蕉和粉蕉果实成熟过程中差异表达的基因有57个,其中高水平表达的基因有MaERF15、42和AP2-28,只在巴西蕉果实中特异表达的有20个,只在粉蕉中特异表达的有17个。【结论】重新鉴定了香蕉AP2/ERFs超家族成员及其在果实后熟过程中的差异表达特性,为系统深入解析香蕉AP2/ERF基因功能奠定了基础,对为调控香蕉果实成熟提供靶标基因具有一定的理论意义。 展开更多
关键词 香蕉 ap2/erfs 全基因组分析 果实成熟 差异表达分析
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水稻AP2/ERF转录因子家族及其相应miRNAs在叶片衰老中的表达 被引量:1
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作者 蒋鑫 陈重先 +4 位作者 刘梦兰 黄丹丹 李伟 缪颖 张玉 《福建农林大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期159-168,共10页
【目的】探究水稻AP2/ERF转录因子在叶片衰老中的功能及其受miRNA和组蛋白修饰调控的转录机制。【方法】在全基因组水平对水稻(Oryza sativa)AP2/ERF家族成员及其上游靶向的miRNAs进行鉴定和生物信息学分析。对miRNA及其靶基因在水稻叶... 【目的】探究水稻AP2/ERF转录因子在叶片衰老中的功能及其受miRNA和组蛋白修饰调控的转录机制。【方法】在全基因组水平对水稻(Oryza sativa)AP2/ERF家族成员及其上游靶向的miRNAs进行鉴定和生物信息学分析。对miRNA及其靶基因在水稻叶片衰老过程中的表达谱进行分析。通过RT⁃qPCR检测该家族成员及miRNAs在水稻叶片衰老过程中的互作关系。【结果】在水稻中共有155个AP2/ERF基因,所有成员启动子都含有光响应元件,大多数基因都具有茉莉酸(jasmonic acid,JA)、脱落酸(abscisic acid,ABA)和厌氧诱导顺式作用元件。预测到45个miRNAs靶向调控水稻AP2/ERF家族的58个成员。鉴定出一系列在水稻叶片衰老过程中呈显著负相关的miRNA-靶基因对,暗示这些miRNAs可能通过抑制AP2/ERF基因的表达,参与水稻叶片衰老过程的调控。同时,发现4个AP2/ERF基因的表达量及其组蛋白H3K9ac富集水平随水稻叶片的衰老持续上升,说明这些基因表达同时受到H3K9ac修饰调控。【结论】在水稻叶片衰老过程中AP2/ERF基因的转录受其相应靶向的miRNAs和组蛋白H3K9ac修饰的影响。 展开更多
关键词 水稻 ap2/erf转录因子 叶片衰老 表观遗传修饰 miRNA调控 H3K9ac修饰
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珙桐AP2/ERF家族相关基因的克隆及功能鉴定 被引量:1
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作者 曾沥 孙曼丽 +2 位作者 刘晋芸 胡小盼 魏炜 《四川大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期159-167,共9页
为探究AP2/ERF类转录因子在珙桐开花调控及花器官发育中的作用,本研究通过从实验室珙桐不同发育时期苞片和叶片的转录组数据中筛选出调控珙桐苞片发育相关AP2/ERF家族基因DiAP2-1、DiDREB-1和DiRAV-1,经过生物信息学分析、基因克隆及功... 为探究AP2/ERF类转录因子在珙桐开花调控及花器官发育中的作用,本研究通过从实验室珙桐不同发育时期苞片和叶片的转录组数据中筛选出调控珙桐苞片发育相关AP2/ERF家族基因DiAP2-1、DiDREB-1和DiRAV-1,经过生物信息学分析、基因克隆及功能鉴定初步研究了目的基因在珙桐苞片发育过程中的调控机制.亚细胞定位实验显示DiAP2-1主要定位于细胞质,DiDREB-1和DiRAV-1主要定位于细胞核.对目的基因在珙桐中的表达模式分析发现DiAP2-1和DiRAV-1在苞片发育过程中表达量逐渐降低,DiDREB-1只在苞片第三时期高表达,推测DiDREB-1、DiRAV-1属于A类基因,DiAP2-1属于B类基因.表型实验显示DiDREB-1和DiRAV-1转基因拟南芥株系较野生型表现为明显的早花,DiAP2-1同源基因对应的拟南芥突变体与同一时期野生型拟南芥对比表现为花瓣减少且萼片大,角果呈短粗状且败育.对关键开花调控基因表达模式分析发现DiDREB-1和DiRAV-1异源表达后使其他促花因子表达量上调进而使拟南芥花期提前.以上结果表明,AP2/ERF类转录因子DiAP2-1、DiDREB-1和DiRAV-1在珙桐苞片及花器官发育和珙桐开花调控中发挥了重要作用. 展开更多
关键词 珙桐 花器官 苞片 ap2/erf
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当归AP2/ERF转录因子家族鉴定及干旱胁迫下的表达分析 被引量:2
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作者 刘天乐 朱田田 +5 位作者 晋玲 康舒淇 张菁 徐丽 张帅 杨白梅 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2024年第14期4849-4859,共11页
目的对当归Angelica sinensis中的AP2/ERF转录因子基因进行鉴定以及生物信息学分析,并分析其在干旱胁迫下的表达差异,以期筛选出与响应干旱胁迫相关的AsAP2/ERF基因,为后续深入研究2品种当归抗逆性差异及抗性育种提供参考依据。方法基... 目的对当归Angelica sinensis中的AP2/ERF转录因子基因进行鉴定以及生物信息学分析,并分析其在干旱胁迫下的表达差异,以期筛选出与响应干旱胁迫相关的AsAP2/ERF基因,为后续深入研究2品种当归抗逆性差异及抗性育种提供参考依据。方法基于全长转录组测序数据,利用生物信息学方法对AsAP2/ERF转录因子家族成员进行鉴定,并分析该家族特征。基于干旱胁迫转录组数据分析AsAP2/ERF基因的表达模式,并利用qRT-PCR技术进行验证。结果从当归中共鉴定到53个AP2/ERF转录因子,包括28个ERF、18个DREB、5个RAV、2个AP2亚家族成员。AsAP2/ERF转录因子的氨基酸数量是142~440aa,均为亲水性蛋白,亚细胞定位预测结果显示多数成员定位于细胞核。基因表达模式的分析结果表明,在响应干旱胁迫条件下,“岷归2号”(M2)中表达上调的基因数量多于“岷归1号”(M1),其中8个基因在2品种当归D2组表达差异显著,这可能与2品种当归的抗旱性相关。qRT-PCR分析结果表明,6个基因与干旱胁迫转录组数据基本一致。结论鉴定了当归中的AP2/ERF转录因子家族,探究了不同基因在干旱胁迫下的表达模式,最终获得了6个响应干旱胁迫的AsAP2/ERF候选基因,为后期开展当归抗旱功能基因的研究奠定基础。 展开更多
关键词 当归 ap2/erf家族 干旱胁迫 基因表达 转录组
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巴戟天AP2/ERF基因家族的全基因组鉴定及生物信息学分析 被引量:2
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作者 陈纪佟 刘楚弦 +3 位作者 韩逸飞 潘芸燕 段礼新 季爱加 《中草药》 CSCD 北大核心 2024年第20期7062-7071,共10页
目的 研究鉴定巴戟天Morinda officinalis AP2/ERF转录因子家族,为巴戟天次生代谢调控网络提供理论基础。方法 通过对巴戟天AP2/ERF转录因子家族的探索,利用TBtools、MEGA等生物信息分析软件对巴戟天基因组基因结构注释信息等文件进行... 目的 研究鉴定巴戟天Morinda officinalis AP2/ERF转录因子家族,为巴戟天次生代谢调控网络提供理论基础。方法 通过对巴戟天AP2/ERF转录因子家族的探索,利用TBtools、MEGA等生物信息分析软件对巴戟天基因组基因结构注释信息等文件进行基本分析、进化分析,得出巴戟天中AP2/ERF家族的基因,以及这些基因中内含子排列情况、共线性分析的结果,并且通过进化树的构建可视化AP2/ERF基因家族的分类。结果 初步筛选出可能调节巴戟天生长发育和代谢的转录因子。在巴戟天基因组中,鉴定到有131条基因属于AP2/ERF基因家族成员,通过基因结构注释文件,得到MoAP2/ERF在染色体定位分析、系统发育进化树、内含子外显子模式、motif、保守结构域分析和共线性分析等,最终根据MoAP2/ERF的表达量确认13条在巴戟天根部高表达的转录因子。结论 通过生物信息分析筛选出在根部特异性表达的基因13条巴戟天AP2/ERF转录因子,为增加巴戟天主要有效成分产率奠定理论基础,为后续研究提供信息。 展开更多
关键词 巴戟天 ap2/erf基因家族 基因家族鉴定 生物信息学 表达分析
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艾AP2/ERF基因家族鉴定及表达模式分析 被引量:1
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作者 岳雪雪 肖闯 +7 位作者 张倩雯 彭赛男 陈昌婕 周佳 李金鑫 李宇琨 苗玉焕 刘大会 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期2634-2647,共14页
艾ArtemisiaargyiLevl.etVant.为我国传统中药,以叶入药,主要含黄酮类、酚酸、挥发油等多种化合物,具有多种药理活性。AP2/ERF转录因子在植物中数量较多,主要参与植物的生长发育、非生物胁迫响应及次生代谢物合成调控,但艾AP2/ERF基因... 艾ArtemisiaargyiLevl.etVant.为我国传统中药,以叶入药,主要含黄酮类、酚酸、挥发油等多种化合物,具有多种药理活性。AP2/ERF转录因子在植物中数量较多,主要参与植物的生长发育、非生物胁迫响应及次生代谢物合成调控,但艾AP2/ERF基因家族的研究及其功能鲜有报道。本研究系统鉴定了艾AP2/ERF基因家族,分析其系统进化树、蛋白理化性质、亚细胞定位、保守基序和启动子作用元件、茉莉酸甲酯诱导表达模式及不同组织表达模式。结果表明,艾基因组中共含有204个AP2/ERF转录因子,其编码的蛋白质由88~483个氨基酸组成,相对分子质量为10~52.94kDa,理论等电点为4.62~9.88。亚细胞预测显示,绝大部分AP2/ERF位于细胞核、细胞质而少部分位于细胞膜和叶绿体。根据拟南芥AP2/ERF家族分类,艾AP2/ERF蛋白分为Soloist、AP2、ERF(B3、B4、B5、B6)及DREB(A1、A2、A4、A5、A6)四个亚家族,其中DREB家族所占比例最大,同一亚家族具有相似的保守基序。顺式作用元件分析表明,AP2/ERF启动子上具有大量响应光和非生物胁迫的元件。表达模式分析显示,AP2/ERF家族大部分基因主要在根和茎中优势表达,其中19个在叶片中优势表达,77个会受到茉莉酸甲酯诱导表达,其中既在叶片中优势表达又受到茉莉酸甲酯诱导表达的基因有16个,这些AP2/ERF基因可能是艾叶中有效成分合成的关键调控基因。该研究为艾AP2/ERF家族基因的功能研究及其在艾叶活性成分合成中的积累调控作用奠定了基础。 展开更多
关键词 有效成分 ap2/erf转录因子 生物信息学 表达模式
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