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文冠果AP2/ERF基因家族的全基因组鉴定及表达分析
1
作者 赵博文 保立 +1 位作者 丁健 陈仁鹏 《林业科学研究》 北大核心 2026年第1期151-163,共13页
[目的]对文冠果中AP2/ERF (APETALA2/乙烯反应元件结合因子)基因家族的染色体定位、基因结构、启动子中顺式作用元件以及盐雾胁迫下的表达模式进行分析,为挖掘XsAP2/ERF在盐雾胁迫下的作用提供参考。[方法]基于文冠果基因组数据,利用NCB... [目的]对文冠果中AP2/ERF (APETALA2/乙烯反应元件结合因子)基因家族的染色体定位、基因结构、启动子中顺式作用元件以及盐雾胁迫下的表达模式进行分析,为挖掘XsAP2/ERF在盐雾胁迫下的作用提供参考。[方法]基于文冠果基因组数据,利用NCBI数据库、MEGA7.0等生物信息学工具对文冠果AP2/ERF基因家族进行鉴定分析。以盐雾(饱和氯化钠)胁迫0、2和4 d的文冠果幼苗叶片为材料,进行转录组测序,分析文冠果AP2/ERF基因的表达规律。[结果](1)在文冠果全基因组中鉴定出145个AP2/ERF基因,这些基因在15条染色体上不均匀分布。(2)通过系统进化和结构域分析,将文冠果AP2/ERF基因家族分为AP2(21个成员)、ERF(119个成员)和RAV(5个成员)3个亚家族,共鉴定出10个保守基序,仅有motif 1为该基因家族的共有基序;且在文冠果AP2/ERF基因家族中有90个基因不含内含子。(3)在文冠果AP2/ERF基因启动子区域共发现19种,共1 930个顺式作用元件,涵盖非生物胁迫、生长发育、植物激素响应三大类,其中,ABA应答元件数量最多(432个);并通过互作分析,筛选出4个与文冠果AP2/ERF转录因子置信度较高的互作蛋白。(4)筛选到10个文冠果AP2/ERF基因(XsAP2/ERF2、XsAP2/ERF22、XsAP2/ERF23、XsAP2/ERF27、XsAP2/ERF48、XsAP2/ERF56、XsAP2/ERF103、XsAP2/ERF111、XsAP2/ERF122、XsAP2/ERF128)在盐雾胁迫期间持续显著上调表达。[结论]XsAP2/ERF家族基因在文冠果响应盐雾胁迫过程中有着重要作用,本项研究对于今后XsAP2/ERF家族基因生物学功能的鉴定与抗盐基因资源的挖掘具有推动作用。 展开更多
关键词 文冠果 ap2基因家族 盐雾胁迫
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低温胁迫下不同椰子品种AP2/ERF基因表达差异分析
2
作者 李静 孙熹微 +4 位作者 刘小妹 丁浩 闫恒芳 冯紫菁 杨耀东 《西南农业学报》 北大核心 2025年第5期987-998,共12页
【目的】模拟低温环境,探讨海南高种椰子和绿矮椰子幼苗在不同低温胁迫处理下的耐寒性,旨在为耐寒椰子新品种的筛选以及培育提供数据支撑,也为探究椰子低温应答机制提供相应的理论依据。【方法】分别以抗寒性较强的海南高种椰子以及低... 【目的】模拟低温环境,探讨海南高种椰子和绿矮椰子幼苗在不同低温胁迫处理下的耐寒性,旨在为耐寒椰子新品种的筛选以及培育提供数据支撑,也为探究椰子低温应答机制提供相应的理论依据。【方法】分别以抗寒性较强的海南高种椰子以及低温较敏感材料绿矮椰子的6月龄幼苗为试验材料,8℃胁迫条件下,在0 h、2 h、8 h、2 d和7 d 5个时间点取样,并对样品进行生理生化指标测定、转录组测序和实时荧光定量PCR分析,拟从基因表达和代谢物水平研究不同品种椰子叶片对低温胁迫的响应机制。【结果】在8℃低温胁迫下,海南高种椰子和绿矮椰子叶片形态发生轻微变化,进一步的生理生化分析发现,耐寒品种海南高种椰子比寒敏感品种绿矮椰子响应低温胁迫更迅速,耐寒性更强。随着低温胁迫处理时间的延长,海南高种椰子和绿矮椰子的叶片电导率上升,而丙二醛含量随胁迫处理时间的延长下降。从海南高种椰子和绿矮椰子低温胁迫不同时间下的转录组数据中鉴定到172个AP2/ERF转录因子,对其中具有显著差异(P<0.05)的36个AP2/ERF转录因子进行结构域以及蛋白质理化性质分析发现,36个AP2/ERF转录因子包括31个ERF、2个RAV、3个AP2亚家族成员。CnAP2/ERF转录因子蛋白序列长度为150~1275 aa,亚细胞定位预测结果显示多数成员定位于细胞核。对36个AP2/ERF基因家族成员表达分析表明,在低温胁迫下,其中17个AP2/ERF基因的表达量在低温胁迫2 d时达到最高,在7 d时下降,11个AP2/ERF基因的表达量在7 d时达到最高。选取6个在海南高种椰子和绿矮椰子中差异显著的AP2/ERF基因进行定量PCR验证,发现其表达趋势与转录组数据结果一致。CBF1/DREB1B基因的相对表达量随着低温胁迫时间的延长而降低,但CBF2基因的表达量随着低温胁迫时间的延长而升高,在低温胁迫2 d时达到最高。【结论】通过探索海南高种椰子和绿矮椰子中不同AP2/ERF基因家族在低温胁迫下的表达模式,为进一步明确海南高种椰子和绿矮椰子耐寒性差异提供参考。最终挑选出6个响应低温胁迫的CnAP2/ERF候选基因,为进一步探索椰子低温应答机制及培育耐寒能力更强的椰子品种提供数据支持和理论参考。 展开更多
关键词 椰子 低温胁迫 ap2/ERF CBF 差异分析
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牡丹AP2/ERF转录因子的全基因组分析 被引量：1
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作者 许朵朵 杜倩倩 +4 位作者 赵理想 栗燕 黄淦 李永华 逯久幸 《中国农业科学》 北大核心 2025年第23期5031-5045,共15页
【目的】挖掘牡丹AP2/ERF基因家族在花发育中的功能,为精细化调控牡丹花型育种提供理论依据。【方法】以牡丹基因组为基础,系统鉴定牡丹AP2/ERF基因家族成员,进行系统进化分析、基因结构分析、顺式元件分析和重复事件分析。自公共数据... 【目的】挖掘牡丹AP2/ERF基因家族在花发育中的功能,为精细化调控牡丹花型育种提供理论依据。【方法】以牡丹基因组为基础,系统鉴定牡丹AP2/ERF基因家族成员,进行系统进化分析、基因结构分析、顺式元件分析和重复事件分析。自公共数据库下载拟南芥、水稻、葡萄和枫香树的基因组文件,并以牡丹为参照进行种间共线性分析。利用全球公共数据库下载所有牡丹组织测序不同部位的RNA-seq数据集,进行文件拆分、序列比较,最后通过TBtools构建热图对牡丹AP2/ERF基因家族成员的功能进行预测。通过主成分分析和层次聚类分析对样本间的整体相关性进行评估。通过对12个基因进行实时荧光定量分析,验证家族成员组织特异性表达的有效性。【结果】共鉴定出126个AP2/ERF家族成员,通过系统发育分析,将其划分为AP2、ERF、DREB和RAV 4个亚家族和1个未分类(Soloists)序列。根据共线性分析,鉴定到122个基因锚定在牡丹5条染色体上,共含有73对共线性基因。牡丹与枫香树、葡萄同源基因对数远多于牡丹与拟南芥、水稻的同源基因对,表明各亚家族内部存在高度的保守性,且常伴随UTR的缺失。顺式元件分析表明,牡丹AP2/ERF家族基因主要参与植物生长发育、激素响应、非生物胁迫应答和光信号调控过程。表达分析显示,鉴定到的126个AP2/ERF家族成员中有48%的基因参与了花发育的过程。筛选出12个与花发育相关的AP2/ERF成员(3个来自AP2亚家族、6个来自DREB亚家族和3个来自ERF亚家族),以‘凤丹白’牡丹的根、茎、叶、盛花期花瓣和5个分化时期花芽为材料,进行qRT-PCR试验,结果显示,83%的基因与预测的表达情况吻合。【结论】牡丹AP2/ERF家族的扩张是串联复制以及染色体片段复制造成的。牡丹AP2/ERF家族的扩张发生在牡丹与拟南芥分化后。牡丹中除了AP2亚家族,ERF和DREB亚家族的部分基因也参与了牡丹花发育的过程,进一步说明牡丹AP2/ERF家族成员的功能与其他植物存在较大差异。 展开更多
关键词 牡丹 基因鉴定 ap2/ERF 花发育 基因组 主成分分析 QRT-PCR
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野生二粒小麦AP2家族基因鉴定与表达模式分析
4
作者 刘涛 曹启彬 +3 位作者 卫科旭 张艳 聂小军 童维 《麦类作物学报》 CAS 北大核心 2025年第1期24-36,共13页
AP2转录因子在植物信号转导、生长发育和胁迫响应方面发挥着重要作用。为探索AP2转录因子在野生二粒小麦中的分子特征,基于野生二粒小麦基因组信息,采用Blast和Hmmer进行AP2家族成员鉴定,对鉴定到的成员进行蛋白质理化性质、亚细胞定位... AP2转录因子在植物信号转导、生长发育和胁迫响应方面发挥着重要作用。为探索AP2转录因子在野生二粒小麦中的分子特征,基于野生二粒小麦基因组信息,采用Blast和Hmmer进行AP2家族成员鉴定,对鉴定到的成员进行蛋白质理化性质、亚细胞定位、系统进化树、保守结构域、基因扩增、顺式作用元件、密码子偏好性、表达模式和遗传多样性分析。结果表明,在野生二粒小麦中共鉴定到265个AP2基因,主要定位在细胞核和叶绿体中。根据系统进化树将其分为3个亚族,各亚族之间的保守结构域和基因结构存在保守性与多样性。AP2含有多个与生长发育和非生物胁迫相关的顺式作用元件。AP2基因的密码子偏好性可能受到压力选择作用。从AP2基因的表达模式看,该家族成员可能发生了亚功能化,且对盐胁迫响应有重要作用。通过对不同小麦群体中核酸多样性和分化指数分析,AP2基因部分成员在野生二粒小麦中具有较高的遗传多样性。 展开更多
关键词 野生二粒小麦 ap2基因 进化分析 表达模式 遗传多样性
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灰毡毛忍冬AP2/ERF家族成员鉴定及表达分析
5
作者 周思敏 瞿美玲 +6 位作者 曾娟 何佳蔚 张惊宇 王志辉 童巧珍 周日宝 刘湘丹 《中国中药杂志》 北大核心 2025年第15期4248-4262,共15页
AP2/ERF转录因子家族是植物中广泛存在的一类转录因子,在调控植物成花、花发育、花开放、花衰老等环节具有重要作用。该文基于灰毡毛忍冬2个品种花、叶、茎样品转录组数据鉴定得到117条灰毡毛忍冬AP2/ERF家族成员,其中14个AP2亚家族成员... AP2/ERF转录因子家族是植物中广泛存在的一类转录因子,在调控植物成花、花发育、花开放、花衰老等环节具有重要作用。该文基于灰毡毛忍冬2个品种花、叶、茎样品转录组数据鉴定得到117条灰毡毛忍冬AP2/ERF家族成员,其中14个AP2亚家族成员、61个ERF亚家族成员、40个DREB亚家族成员、2个RAV亚家族成员,利用NCBI、ExPASy、SOMPA等多个网站进行相关基因的生物信息学分析以及差异基因表达分析,利用qRT-PCR验证灰毡毛忍冬AP2/ERF转录因子的表达情况。结果表明,117条LmAP2/ERF在蛋白理化性质、AP2结构域、家族进化、蛋白功能等方面具有相似性和可变性。差异基因表达分析结果表明AP2/ERF转录因子主要在灰毡毛忍冬2个品种的花中差异表达,差异表达基因主要为ERF亚族和DREB亚族基因,进一步得到分析潜在调控灰毡毛忍冬花发育的AP2亚族基因3条、ERF亚族基因2条,调控花开放的ERF亚族基因2条,调控花衰老的ERF亚族基因2条和DREB亚族基因1条。结合家族进化分析及表达分析推测AP2/ERF转录因子能够调控灰毡毛忍冬花发育、开放及衰老,ERF亚家族基因可能为影响灰毡毛忍冬花期长短的关键基因。该研究为后续研究灰毡毛忍冬AP2/ERF转录因子家族具体功能提供了理论基础,为研究灰毡毛忍冬品种间花表型差异的分子机制提供了重要理论依据。 展开更多
关键词 灰毡毛忍冬 ap2/ERF 花 生物信息学 转录因子
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猕猴桃AP2/ERF家族成员鉴定与分析
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作者 毛可欣 李健 +3 位作者 吕巍 王海荣 安淼 李国田 《分子植物育种》 北大核心 2025年第2期402-414,共13页
本研究对‘红阳’猕猴桃基因组鉴定得到219个AP2/ERF家族基因,对其进行了多序列比对,并构建系统发育进化树。根据序列所包含的保守结构域和motif进行分类鉴定,确立猕猴桃AP2/ERF家族可以分为AP2、ERF和RAV 3类,AP2分类中包含40个基因,而... 本研究对‘红阳’猕猴桃基因组鉴定得到219个AP2/ERF家族基因,对其进行了多序列比对,并构建系统发育进化树。根据序列所包含的保守结构域和motif进行分类鉴定,确立猕猴桃AP2/ERF家族可以分为AP2、ERF和RAV 3类,AP2分类中包含40个基因,而RAV中只有4个,ERF序列较多,分为9个子类。顺式作用元件分析显示,该家族基因参与多种植物激素途径,参与植物的生长发育以及对各种外界胁迫响应。通过共线性分析证实了该家族通过基因复制事件进行扩张。通过基因表达模式分析发现,在果实成熟过程中有123个基因差异表达。本研究为AP2/ERF基因家族的研究和猕猴桃基因家族分析提供参考。 展开更多
关键词 猕猴桃 ap2/ERF家族 鉴定 生物信息
原文传递
海滨木槿AP2/ERF基因家族鉴定及盐胁迫响应模式
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作者 邓薪瑜 倪龙杰 +3 位作者 向鹏 王芝权 於朝广 顾春笋 《福建农林大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第5期618-629,共12页
【目的】鉴定海滨木槿AP2/ERF基因家族成员并分析其盐胁迫响应模式,为木槿属植物的耐盐育种提供参考。【方法】使用生物信息学技术对海滨木槿AP2/ERF基因进行全基因组鉴定和分析,基于转录组数据分析和qRT-PCR技术验证HhERF对盐胁迫的响... 【目的】鉴定海滨木槿AP2/ERF基因家族成员并分析其盐胁迫响应模式,为木槿属植物的耐盐育种提供参考。【方法】使用生物信息学技术对海滨木槿AP2/ERF基因进行全基因组鉴定和分析,基于转录组数据分析和qRT-PCR技术验证HhERF对盐胁迫的响应情况。【结果】(1)在海滨木槿基因组中共鉴定出134个AP2/ERF家族基因成员,命名为HhERF1~HhERF134。(2)理化性质分析结果表明,其蛋白等电点为4.68~10.15,分子质量为1.569~78.511 ku;亚细胞定位预测表明蛋白都位于细胞核。(3)基因结构分析显示,在系统发育树中同一分支上的HhERF基因具有较高的结构相似性。(4)顺式作用元件分析表明,HhERF基因家族成员广泛参与了光响应、植物激素信号转导及非生物逆境胁迫响应。(5)转录组数据和qRT-PCR结果显示,大多数HhERF基因在盐胁迫处理后的特定时间点相对表达量上调,尤其在处理24 h后;其中,HhERF5、HhERF9和HhERF27基因在根部表现出显著的上调。【结论】海滨木槿AP2/ERF基因家族在盐胁迫响应中表现出复杂的时空表达模式,可能通过调控多个生物学过程,如激素信号传导和逆境应答,参与植物的盐胁迫响应。 展开更多
关键词 海滨木槿 ap2/ERF基因家族 盐胁迫 生物信息学方法 QRT-PCR
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外源NO调控干旱胁迫下紫花苜蓿AP2/ERFs基因的表达分析
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作者 温小月 赵颖 +4 位作者 王宝强 王贤 朱晓林 王义真 魏小红 《草业学报》 北大核心 2025年第6期154-167,共14页
紫花苜蓿是世界上种植最广泛的饲用豆科作物。APETALA2/ethylene-responsive factor(AP2/ERF)转录因子在植物抵御非生物胁迫中起着关键作用。一氧化氮(nitric oxide,NO)作为植物体内的一种信号分子,在植物抗旱中扮演重要角色。本研究利... 紫花苜蓿是世界上种植最广泛的饲用豆科作物。APETALA2/ethylene-responsive factor(AP2/ERF)转录因子在植物抵御非生物胁迫中起着关键作用。一氧化氮(nitric oxide,NO)作为植物体内的一种信号分子,在植物抗旱中扮演重要角色。本研究利用生物信息学方法对紫花苜蓿MsAP2/ERF基因家族成员进行鉴定及其对NO和干旱的响应模式分析,并从MsAP2/ERF基因家族中筛选到强烈响应NO调控的MsERF07基因进行亚细胞定位。结果表明,该家族成员均含有AP2结构域,其蛋白质的氨基酸数目介于176~422;亚细胞定位预测大部分蛋白都定位在细胞核;MsERF01和MsERF11的亲缘关系较近,并且它们具有相似的结构域;61.54%的MsAP2/ERF基因只含有外显子,也具有高度相似的保守基序;蛋白互作显示MsERF01和MsERF11、MsERF05和MsERF07均处于蛋白互作图中的同一节点;13个MsAP2/ERF基因家族成员被不均匀分布在13条染色体上,MsAP2/ERF基因家族成员的启动子序列中有43个与光反应、组织特异性表达、胁迫以及植物激素相关的顺式调控元件。此外,紫花苜蓿的转录组测序数据分析表明大部分MsAP2/ERF基因家族成员在NO的调控下表达量增加,进一步qRT-RCR试验结果显示,外源NO促进了干旱胁迫下MsAP2/ERF基因的表达量。克隆MsERF07基因,亚细胞定位结果显示该蛋白定位在细胞核与细胞膜中,本研究为后续研究紫花苜蓿MsERF07基因响应干旱胁迫的分子机制提供了基础。 展开更多
关键词 干旱胁迫 一氧化氮 紫花苜蓿 ap2/ERF
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AP2/ERF转录因子家族响应木本植物非生物胁迫的研究进展 被引量：1
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作者 黄倩慧 田博雯 +4 位作者 华炫 周欣彤 江梓涵 陈艳红 张健 《南通大学学报(自然科学版)》 2025年第1期74-84,共11页
木本植物是全球生态系统的重要支柱,在维护生态平衡中起着重要作用,其在生长过程中会受到多种非生物胁迫,如冷胁迫、干旱胁迫、盐胁迫等,这些胁迫会严重影响木本植物的生长发育。AP2/ERF(APETALA2/ethylene responsive factor)转录因子... 木本植物是全球生态系统的重要支柱,在维护生态平衡中起着重要作用,其在生长过程中会受到多种非生物胁迫,如冷胁迫、干旱胁迫、盐胁迫等,这些胁迫会严重影响木本植物的生长发育。AP2/ERF(APETALA2/ethylene responsive factor)转录因子在木本植物中分布广泛,是植物最大的转录因子家族之一。文章总结了木本植物AP2/ERF转录因子的分类情况,探讨了AP2/ERF转录因子在木本植物响应非生物胁迫(冷、干旱、盐、淹水)中的关键作用。研究还发现,木本植物AP2/ERF转录因子家族中ERF和DREB亚家族成员数量最多,其中DREB亚家族成员CBF是木本植物冷胁迫信号转导的关键因子。该综述为更好地理解木本植物中AP2/ERF转录因子的功能及其在非生物响应中的作用提供了支撑。 展开更多
关键词 木本植物 ap2/ERF转录因子 非生物胁迫 冷胁迫 干旱胁迫 盐胁迫 淹水胁迫
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7个苎麻AP2/ERF基因时空表达分析与花发育相关BnERF1基因克隆
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作者 彭文仙 马鑫 +4 位作者 何思 何也君 张晓洋 霍颖怡 邢虎成 《分子植物育种》 北大核心 2025年第2期428-436,共9页
苎麻[Boehmeria nivea(L.)Gaudich.]生殖生长对其纤维发育有显著的抑制作用,且苎麻开花受乙烯调控。AP2/ERF转录因子在植物中对乙烯信号响应和调控生长发育具有关键作用。本研究根据苎麻转录组数据筛选到7个不同的ERF基因,在分析其在不... 苎麻[Boehmeria nivea(L.)Gaudich.]生殖生长对其纤维发育有显著的抑制作用,且苎麻开花受乙烯调控。AP2/ERF转录因子在植物中对乙烯信号响应和调控生长发育具有关键作用。本研究根据苎麻转录组数据筛选到7个不同的ERF基因,在分析其在不同种质不同部位的时空表达情况基础上,克隆了一个与花芽发育密切相关的ERF基因,并进行生物信息学特征分析。结果表明:7个ERF基因在不同种质和不同组织中均表达,但表达量差异显著,存在基因型和组织器官特异性。其中Unigene9156和Unigene16687在所有种质中相对表达量较高,尤其在0.5~1.0 cm花芽(雌花芽和雄花芽)中表达量极高。Unigene9156在‘GBN08’种质0.5~1.0 cm雄花芽中的表达量是在‘GBN08’麻骨中表达量的650多倍,而在‘GBN09’种质0.5~1.0 cm雌花芽中的表达量是在‘GBN08’麻骨中表达量的338倍。因此可推测Unigene9156在调节苎麻开花和花芽发育方面可能有重要作用。以苎麻转录组数据中的Unigene9156为模板,克隆Unigene9156基因ORF,长为1302 bp,命名为BnERF1(登录号:MZ540911)。该基因编码433个氨基酸,分子质量为47.05 kD,理论等电点为9.04,含有AP2结构域的YRG和RAYD基序,是无信号肽蛋白,亚细胞定位在细胞核内。系统进化树显示苎麻与川桑、异色山黄麻、大麻的ERF蛋白同源关系较近。该研究为进一步揭示AP2/ERF调控苎麻开花提供了科学依据。 展开更多
关键词 苎麻[Boehmeria nivea(L.)Gaudich.] ap2 ERF 克隆
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橡胶草AP2/EREBP转录因子家族鉴定及表达模式分析
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作者 樊梦薇 张长萍 +1 位作者 冷亚东 闫洁 《南方农业学报》 北大核心 2025年第9期2770-2780,共11页
[目的]鉴定橡胶草AP2/EREBP转录因子家族成员并进行表达分析,为深入探究其对天然橡胶的转录调控机制提供理论参考。[方法]对橡胶草AP2/EREBP转录因子家族成员进行鉴定,并利用生物信息学方法对其进行亚家族分类、启动子顺式作用元件分析... [目的]鉴定橡胶草AP2/EREBP转录因子家族成员并进行表达分析,为深入探究其对天然橡胶的转录调控机制提供理论参考。[方法]对橡胶草AP2/EREBP转录因子家族成员进行鉴定,并利用生物信息学方法对其进行亚家族分类、启动子顺式作用元件分析及蛋白保守基序、保守结构域分析,并用茉莉酸甲酯(MeJA)处理橡胶草根组织,获取该家族成员在不同处理时间下的表达差异数据,对表达差异显著(P<0.05)的3个基因进行组织表达特性分析。[结果]共鉴定出228个AP2/EREBP家族成员,其中AP2亚家族成员31个、RAV亚家族成员1个、ERF亚家族成员92个、DREB亚家族成员91个、其他亚家族成员13个,基于各亚家族成员在基因组中OriID的大小分别将其命名为TkAP21~TkAP231、TkRAV1、TkERF1~TkERF92、TkDREB1~TkDREB91、TkAP2EREBP1~TkAP2EREBP13。亚细胞定位预测结果显示,228个家族成员中有129个成员只定位在细胞核,14个成员只定位在细胞质,其余成员在细胞核和细胞质中均有定位。228个家族成员均不具有跨膜结构和信号肽,其保守结构域、保守基序特点与进化关系基本吻合,具有大量的生长发育和胁迫应答相关的启动子顺式作用元件。选取3个MeJA处理后表达差异显著的家族成员进行表达分析,结果发现TkDREB62和TkERF84基因在叶中的相对表达量极显著(P<0.01、P<0.001)或显著(P<0.05)高于其他组织;TkERF91基因在根和叶中的相对表达量极显著高于花和花梗中的相对表达量(P<0.001);TkERF91基因在叶、花梗和根中的相对表达量均极显著高于TkDREB62和TkERF84基因(P<0.001)。[结论]橡胶草具有228个AP2/EREBP转录因子家族成员,其中DREB和ERF亚家族占据主导地位。基于结构域的亚家族分类结果和基于蛋白序列差异构建的系统发育树基本吻合,该家族成员在各亚家族内部表现出启动子顺式元件、蛋白质保守结构域以及保守基序上的相对一致性,但在不同亚家族之间存在差异;不同家族基因在组织表达和MeJA诱导后的表达水平上存在差异。 展开更多
关键词 橡胶草 ap2/EREBP 基因家族 鉴定 表达模式
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AP2/ERF转录因子介导植物抗病反应研究进展
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作者 裴丹 尚俏俏 +5 位作者 李佳琦 卫宇慧 任婉婷 孙丛苇 张宁 董中东 《植物病理学报》 北大核心 2025年第6期1181-1194,共14页
植物在生长过程中常遭受多种病虫害的侵袭,为应对病原体入侵,植物进化出了精密复杂的防御体系,可通过信号传递触发特定转录因子进行有效免疫应答。AP2/ERF(APETALA2/ethylene response factor)基因家族作为植物特有的转录因子在植物生... 植物在生长过程中常遭受多种病虫害的侵袭,为应对病原体入侵,植物进化出了精密复杂的防御体系,可通过信号传递触发特定转录因子进行有效免疫应答。AP2/ERF(APETALA2/ethylene response factor)基因家族作为植物特有的转录因子在植物生长发育、应答生物和非生物胁迫等方面发挥着重要作用。本文结合国内外相关研究进展,简要综述了AP2/ERF转录因子的分类、结构特征、序列识别和功能,重点阐述了近年来AP2/ERF转录因子在参与植物抗病过程中涉及转录调控、磷酸化翻译后修饰调控、次生代谢物合成以及激素信号传导等方面的研究进展,为深入解析AP2/ERF相关的植物抗病机制提供了理论参考。最后对AP2/ERF研究和应用前景进行了展望。 展开更多
关键词 抗病 ap2/ERF转录因子 转录调控 磷酸化修饰 研究进展
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白菜型油菜AP2基因家族的生物信息学及组织表达分析
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作者 张岩 王旺田 +6 位作者 马骊 武军艳 蒲媛媛 刘丽君 方彦 孙万仓 万军斌 《甘肃农业大学学报》 北大核心 2025年第4期120-131,共12页
【目的】AP2转录因子家族在植物生长发育中扮演着重要角色,探究AP2基因家族在白菜型油菜中的进化及生物学特征,为解析AP2基因家族功能提供依据。【方法】使用本地Blast和HMMER比对2种方法鉴定白菜型油菜的AP2基因家族成员,并利用生物信... 【目的】AP2转录因子家族在植物生长发育中扮演着重要角色,探究AP2基因家族在白菜型油菜中的进化及生物学特征,为解析AP2基因家族功能提供依据。【方法】使用本地Blast和HMMER比对2种方法鉴定白菜型油菜的AP2基因家族成员,并利用生物信息学方法对成员理化性质、基因结构、蛋白质结构、进化关系和顺式元件等进行分析,通过qRT-PCR检测白菜型油菜AP2成员在不同组织的表达量。【结果】在白菜型油菜中共鉴定出24条BrAP2基因分布在9条染色体上,根据进化关系可分为3个分支。BrAP2基因主要位于细胞核中(20个)。BrAP2基因编码的蛋白理化性质区别较大,大部分蛋白都是不稳定蛋白,表现为亲水性。蛋白质二级结构以无规则卷曲和α-螺旋为主。BrAP2基因家族包含生长发育、激素响应和胁迫响应三类顺式作用元件。基因表达模式分析显示BrAP2基因在白菜型油菜不同组织中的表达存在差异,BrAP2-1基因在根、茎、叶和花中表达量均较高,BrAP2-5基因在花中优势表达,BrAP2-22基因在蕾中表达量最高。【结论】通过对白菜型油菜AP2基因家族进行生物信息学分析,为后续深入研究AP2基因家族成员生理生化功能提供理论依据,同时为进一步分析特定AP2基因功能奠定了基础。 展开更多
关键词 白菜型油菜 ap2基因家族 生物信息学分析 基因表达分析
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植物AP2/ERF转录因子在应对水淹胁迫中的作用研究进展
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作者 龙雪燕 林钗 +3 位作者 薛逸琳 闫道良 章建红 郑炳松 《浙江林业科技》 2025年第2期119-126,共8页
AP2/ERF(APETALA2/乙烯反应因子)转录因子(TF)影响不同的激素信号转导途径,以调节不同的发育过程和应激反应,并参与多条水淹应答通路的调控。本文综述了AP2/ERF转录因子的结构、调控机制以及在水淹胁迫过程中参与的分子互作机制,并对今... AP2/ERF(APETALA2/乙烯反应因子)转录因子(TF)影响不同的激素信号转导途径,以调节不同的发育过程和应激反应,并参与多条水淹应答通路的调控。本文综述了AP2/ERF转录因子的结构、调控机制以及在水淹胁迫过程中参与的分子互作机制,并对今后AP2/ERF转录因子在水淹胁迫过程中的相关研究进行展望,以期为进一步探究该因子的植物逆境调控机制和分子育种提供重要基础。 展开更多
关键词 植物 ap2/ERF转录因子 水淹胁迫 调控
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假基因GTF3AP2参与调控造血干祖细胞向红系分化
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作者 夏澜 荣誉 +2 位作者 夏洪恺 马艳妮 余佳 《基础医学与临床》 2025年第6期735-740,共6页
目的 探究假基因GTF3AP2对红系分化的影响。方法 通过高通量转录组测序鉴定可能在红系分化中发挥作用的功能性假基因GTF3AP2,在CD34+造血干祖细胞中通过shRNA抑制GTF3AP2内源表达,利用集落形成实验检测造血干细胞的集落形成能力以及流... 目的 探究假基因GTF3AP2对红系分化的影响。方法 通过高通量转录组测序鉴定可能在红系分化中发挥作用的功能性假基因GTF3AP2,在CD34+造血干祖细胞中通过shRNA抑制GTF3AP2内源表达,利用集落形成实验检测造血干细胞的集落形成能力以及流式分析检测红系/巨核系祖细胞的比例变化,并通过转录组测序确定其在红系分化中的作用,揭示体外敲降GTF3PAP2后细胞分子水平的变化。结果 抑制GTF3AP2的内源表达后,细胞的扩增能力显著增强,其中红系集落数目明显增多(P<0.001),CD71+CD235a+红细胞前体细胞比例显著增加(P<0.01),而CD71-CD235a+成熟红细胞比例减少(P<0.05),同时红系分化相关基因如KLF1、HBB、GYPA、EPOR、TFRC等表达显著下降。结论 敲降GTF3AP2促进红系前体细胞扩增,抑制红细胞成熟,提示GTF3AP2可能在红系分化过程中发挥调控作用。 展开更多
关键词 假基因 红系分化 转录组测序 GTF3ap2
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月季AP2/ERF基因家族鉴定分析
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作者 姜好 杨陈玉 +6 位作者 王亚男 郭涛 张宏磊 王锡敏 李建伟 王钧花 姜涛 《山东林业科技》 2025年第4期8-18,共11页
月季(Rosa chinensis)是我国的十大名花之一。本研究以月季全基因组数据为基础,进行AP2/ERF基因家族的鉴定,并通过MEME、MEGA等生物信息学工具对AP2/ERF基因家族的理化性质、保守基序、基因结构、顺式作用元件、系统进化进行分析。共鉴... 月季(Rosa chinensis)是我国的十大名花之一。本研究以月季全基因组数据为基础,进行AP2/ERF基因家族的鉴定,并通过MEME、MEGA等生物信息学工具对AP2/ERF基因家族的理化性质、保守基序、基因结构、顺式作用元件、系统进化进行分析。共鉴定出169个AP2/ERF基因,定位在7条染色体上。根据理化性质分析显示,AP2/ERF蛋白氨基酸数量范围94~832aa,分子量范围10765.38~91007.8kD,等电点范围4.52~10.31,均为亲水性蛋白且大多数蛋白质定位于细胞外。根据系统发育分析结果,将这169个AP2/ERF基因划分为五个亚族。此研究筛选并系统分析了月季AP2/ERF基因,为进一步研究月季AP2/ERF基因功能提供了基础。 展开更多
关键词 月季 ap2/ERF家族 生物信息学分析
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西红花AP2/ERF基因家族鉴定及其响应激素诱导柱头脱辅基类胡萝卜素类成分生物合成的分析
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作者 高广春 肖晨 +3 位作者 李军 黄雄 毛丽飒 潘可欣 《中草药》 北大核心 2025年第22期8322-8333,共12页
目的研究西红花Crocus sativus AP2/ERF转录因子家族以及响应激素信号诱导柱头药效成分生物合成,为西红花柱头次生代谢调控网络研究奠定基础。方法基于西红花基因组数据,通过隐马尔可夫模型搜索鉴定西红花中的AP2/ERF转录因子,并利用生... 目的研究西红花Crocus sativus AP2/ERF转录因子家族以及响应激素信号诱导柱头药效成分生物合成,为西红花柱头次生代谢调控网络研究奠定基础。方法基于西红花基因组数据,通过隐马尔可夫模型搜索鉴定西红花中的AP2/ERF转录因子,并利用生物信息学分析软件和在线网站分析基因的理化性质、染色体定位、系统发育进化树、保守结构域和基序以及启动子的顺式作用元件;利用高效液相色谱(high performance liquid chromatography,HPLC)和实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)分别测定赤霉素(gibberellin A3,GA3)和茉莉酸甲酯(methyl jasmonate,MeJA)处理后柱头中西红花苦苷、西红花苷Ⅰ和西红花苷Ⅱ的含量及其生物合成相关功能基因和部分CsAP2/ERFs基因的表达量。结果西红花中含有88个AP2/ERF转录因子,分布在8条染色体上;系统发育和保守基序显示CsAP2/ERFs分类于脱水响应元件结合蛋白(DREB)、乙烯响应因子(ERF)和soloist 3个亚家族,其中DREB和ERF共计81个CsAP2/ERFs;GA3和MeJA处理对西红花苷Ⅰ和西红花苷Ⅱ的合成均有促进作用,但对西红花苦苷合成的作用相反;CsAP2/ERF1、9、2、33和34受激素信号诱导在柱头发育过程中表达量发生显著变化,且GA3和MeJA诱导变化趋势相反;基因表达相关性分析发现该5个CsAP2/ERFs在激素作用下分别与不同的功能基因具有显著的相关性,表明CsAP2/ERFs响应激素信号调控柱头中脱辅基类胡萝卜素化合物生成的关键基因进而影响西红花药效成分的生物合成。结论鉴定了西红花中的CsAP2/ERFs转录因子家族,阐明了相关功能基因和部分CsAP2/ERFs受GA3和MeJA处理的诱导表达模式,为探索西红花响应激素信号诱导调控西红花脱辅基类胡萝卜素类成分生物合成调控研究奠定了基础。 展开更多
关键词 ap2/ERF转录因子 西红花 基因家族鉴定 植物激素 脱辅基类胡萝卜素
原文传递
AP2功能基因在植物花发育中的重要作用 被引量：29
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作者 闻可心 刘雪梅 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期1-7,共7页
AP2基因作为调控植物花发育的功能基因,参与花分生特性建立、花器官的特性特化以及形成调控。所编码的AP2/EREBP转录因子的主要特征是都至少含有一个由60到70个左右的氨基酸组成高度保守的DNA结合区,称作AP2结合域。按其所含的AP2结构... AP2基因作为调控植物花发育的功能基因,参与花分生特性建立、花器官的特性特化以及形成调控。所编码的AP2/EREBP转录因子的主要特征是都至少含有一个由60到70个左右的氨基酸组成高度保守的DNA结合区,称作AP2结合域。按其所含的AP2结构域的数目分为3个亚族,即AP2亚家族、EREBP亚家族和RAV亚家族,每个亚家族都有各自的作用。AP2基因不但自身调控着花、胚珠的发育,而且与其他因子相互协作,参与到复杂的花发育调控网络。将对AP2基因的特征和分类及其在花发育中的作用进行概述。 展开更多
关键词 ap2基因 ap2/EREBP转录因子 花发育 调控作用
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独行菜LaAP2基因克隆、生物信息学分析及表达分析 被引量：3
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作者 李艳红 曾卫军 +3 位作者 李金玉 葛风伟 朱艳蕾 赵惠新 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期762-770,共9页
AP2/ERF是广泛存在于植物中一类重要的转录因子,调控一些参与非生物胁迫相关基因的表达,帮助植物提高逆境胁迫能力。为了深入探讨LaAP2在独行菜耐受低温萌发及幼苗耐受低温生长中的功能,该研究基于前期对独行菜(Lepidium apetalum)转录... AP2/ERF是广泛存在于植物中一类重要的转录因子,调控一些参与非生物胁迫相关基因的表达,帮助植物提高逆境胁迫能力。为了深入探讨LaAP2在独行菜耐受低温萌发及幼苗耐受低温生长中的功能,该研究基于前期对独行菜(Lepidium apetalum)转录组数据库分析,克隆获得一个显著上调表达的AP2/ERF家族序列LaAP2。该基因cDNA全长为1 005 bp,编码氨基酸序列包含一个AP2和一个B3结构域,属于AP2/ERF转录因子RAV亚家族。推定的LaAP2蛋白分子量为37.744 67 kD,等电点为9.49。该蛋白氨基酸序列同亚麻荠、拟南芥、油菜等物种显示出较高同源性,系统进化分析结果表明与拟南芥亲缘关系较近。氨基酸序列分析预测表明,LaAP2基因所编码的蛋白不具备信号肽区段,无跨膜区,不属于分泌蛋白,可能为亲水性蛋白;定位于细胞质的可能性为56.5%,定位于细胞核的可能性为21.7%;其主要二级结构元件为无规则卷曲、延伸链、α-螺旋。Real-time PCR分析独行菜幼苗中LaAP2在低温4℃处理下的表达,显示LaAP2表达受低温胁迫呈先下降后升高趋势。这表明LaAP2在独行菜幼苗抵抗低温胁迫中起调控作用。 展开更多
关键词 独行菜 ap2/ERF转录因子 Laap2基因克隆 序列分析 表达分析 低温耐受 分子生物学
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AP2/EREBP转录因子在植物发育和胁迫应答中的作用 被引量：27
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作者 赵利锋 柴团耀 《植物学通报》 CSCD 北大核心 2008年第1期89-101,共13页
AP2/EREBP(APETALA2/ethylene-responsive element binding proteins)是一个起源古老的转录因子超家族,它含有1个或2个由约60-70个氨基酸残基组成的非常保守的DNA结合域(DNA-bindingdomain),即AP2/ERF结构域。根据AP2/ERF结构域的数目,A... AP2/EREBP(APETALA2/ethylene-responsive element binding proteins)是一个起源古老的转录因子超家族,它含有1个或2个由约60-70个氨基酸残基组成的非常保守的DNA结合域(DNA-bindingdomain),即AP2/ERF结构域。根据AP2/ERF结构域的数目,AP2/EREBP转录因子可以分为2个亚族:EREBP亚族(具有1个AP2/ERF结构域)和AP2亚族(具有2个AP2/ERF结构域)。AP2亚族转录因子有调控花、胚珠和种子发育的功能,而EREBP亚族转录因子(包括DREB类和ERF类)的主要功能是调节植物对激素(乙烯和ABA等)、病原和胁迫(低温、干旱及高盐)等的应答反应。本文讨论了AP2/EREBP转录因子在植物发育和胁迫应答中的研究进展。 展开更多
关键词 ap2/EREBP ap2/ERF结构域 APETALA2 DREB EREBP
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