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猪ALCAM基因密码子偏好性分析、蛋白结构功能预测以及组织表达谱检测
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作者 许写 陈瑜哲 +3 位作者 杨建生 吴正常 包文斌 吴圣龙 《中国畜牧杂志》 CAS 北大核心 2020年第11期85-90,共6页
为探讨猪活化白细胞黏附分子(Activated Leukocyte Cell Adhesion Molecule,ALCAM)基因的结构与功能,本研究运用EMBOSS和Codon W软件分析猪ALCAM基因密码子使用偏好性,运用生物信息学相关软件分析ALCAM蛋白的理化性质、结构功能并预测... 为探讨猪活化白细胞黏附分子(Activated Leukocyte Cell Adhesion Molecule,ALCAM)基因的结构与功能,本研究运用EMBOSS和Codon W软件分析猪ALCAM基因密码子使用偏好性,运用生物信息学相关软件分析ALCAM蛋白的理化性质、结构功能并预测与其存在互作关系的蛋白,运用实时荧光定量的方法检测ALCAM基因在梅山猪不同组织中的表达水平。结果表明:ALCAM基因偏好使用以A/U结尾的密码子,存在28个偏好性较强的密码子(RSCU值>1),其中CGG、AGA、GGA、GCU、ACA这5个密码子的偏好性最强,猪ALCAM基因与小鼠和酵母基因组的密码子使用差异小于大肠杆菌基因组,表明小鼠和酵母更适合作为ALCAM基因的外源表达系统;猪ALCAM基因CDS区序列全长1713 bp,编码570个氨基酸,为脂溶性、不稳定的亲水性蛋白,存在一个跨膜结构域(515~537 aa)和信号肽区域(1~27 aa);该蛋白存在5个潜在的N-糖基化位点和96个特异性蛋白激酶结合位点,二级结构以无规则卷曲和延伸链为主,可能与CD6、CD44、PTPRC和CNTN4蛋白存在互作关系。组织表达谱分析显示,ALCAM基因在梅山猪不同组织中均有表达,尤其在肺和淋巴组织中呈现高表达。本研究从密码子、蛋白质结构和功能以及组织表达谱层面初步揭示了猪ALCAM基因的结构与功能,为今后深入研究猪ALCAM基因的生物学功能提供一定的理论基础。 展开更多
关键词 猪 alcam基因 密码子偏好性 生物信息学 组织表达谱
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