目的:探讨三结构域蛋白59(tripartite-motif protein 59,TRIM59)在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)组织中的表达及甲基化水平的临床意义。方法:利用TIMER2.0和UALCAN数据库分析TRIM59在HCC组织与肝脏正常组织中的表达情况。利用...目的:探讨三结构域蛋白59(tripartite-motif protein 59,TRIM59)在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)组织中的表达及甲基化水平的临床意义。方法:利用TIMER2.0和UALCAN数据库分析TRIM59在HCC组织与肝脏正常组织中的表达情况。利用TIMER2.0和Kaplan-Meier Plotter数据库分析TRIM59基因表达水平与HCC患者预后的相关性。利用cBioPortal数据库分析HCC组织中TRIM59的基因突变情况及其共表达基因。利用DAVID数据库对TRIM59共表达基因进行基因本体(GO)分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。在UCSU数据库中查找TRIM59的CpG位点,并利用SMART数据库对TRIM59 DNA甲基化水平及其与HCC患者预后的相关性进行分析。结果:TRIM59基因在HCC组织中高表达,在肝脏正常组织中低表达,这种差异性表达与HCC患者的预后密切相关。GO分析及KEGG富集分析显示,TRIM59的共表达基因主要富集于细胞周期调控、细胞骨架组织等生物学过程,以及TNF信号通路和Hippo信号通路。TRIM59的表达与B淋巴细胞、CD8^(+)T淋巴细胞、CD4^(+)T淋巴细胞等免疫细胞浸润呈正相关。在HCC组织中,TRIM59的甲基化水平明显降低,且其表达量与甲基化水平呈负相关。TRIM59高甲基化的HCC患者的生存时间明显高于低甲基化HCC患者。结论:TRIM59基因在HCC组织中呈高表达及低甲基化水平,且与HCC患者的预后密切相关,甲基化调控TRIM59的差异表达在HCC的发生发展中起到重要作用。展开更多
文摘目的:探讨基于生物信息学的三结构域蛋白59(tripartite motif containing 59,TRIM59)基因在卵巢癌中的表达及其临床价值。方法:根据GEPIA数据库及GEO数据库中的数据集分析TRIM59 mRNA在卵巢癌和卵巢组织中的表达情况。The Human Protein Atlas数据库用来分析TRIM59蛋白在卵巢癌和卵巢组织中表达情况,Kaplan-Meier数据库研究TRIM59表达高低与卵巢癌患者时间的相关性。在ULACAN数据库和DAVID数据库中筛选出与TRIM59共表达的基因并进行GO分析及KEGG富集分析。TIMER数据库研究卵巢癌组织中TRIM59 mRNA的表达水平与免疫细胞浸润的相关性。结果:TRIM59 mRNA的表达水平在卵巢癌组织中明显高于正常卵巢组织,且这种差异性表达与卵巢癌患者的生存时间密切相关。免疫组化结果显示,TRIM59蛋白在卵巢癌组织中的阳性率为75%,在正常卵巢组织中未见表达。在卵巢癌组织中,与TRIM59正相关的共表达基因为148个,他们主要参与了DNA复制、蛋白质合成、多糖生物合成及P53信号通路。在卵巢癌中TRIM59蛋白含量与CD4+T淋巴细胞、中性粒细胞、NK细胞的浸润程度呈正相关。结论:TRIM59在卵巢癌组织中呈高表达且与卵巢癌患者生存时间相关,其可作为卵巢癌新的治疗靶点和标志物。
