基于55K SNP芯片检测小麦株高QTL 被引量：6

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作者 廖思敏 冯波 +6 位作者 徐智斌 樊小莉 周强 纪光思 刘小凤 余琴 王涛 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期576-581,共6页

株高是小麦遗传改良的重要性状之一,为进一步挖掘小麦株高的数量性状位点(quantitative trait locus,QTL),以小麦品系W7268和小麦品种川育12杂交得到的包含180个家系的重组自交群体(RIL)为材料,利用55K SNP芯片构建高密度遗传图谱,根据... 株高是小麦遗传改良的重要性状之一,为进一步挖掘小麦株高的数量性状位点(quantitative trait locus,QTL),以小麦品系W7268和小麦品种川育12杂交得到的包含180个家系的重组自交群体(RIL)为材料,利用55K SNP芯片构建高密度遗传图谱,根据3年共5个环境的数据对株高性状进行QTL定位分析.结果表明,该图谱包含1598个SNP标记,全长2363.54 cM,含有22个连锁群,覆盖全部21条染色体.A、B、D三个基因组分别含有428、703和467个标记;覆盖染色体长度分别为741.89、678.17和943.48 cM.对株高性状进行QTL分析,共检测出52个QTL,分布于1A、4A、5A、3B、4B、6B、7B、2D、3D、5D和7D染色体上,有25个QTL的加性效应来源于母本W7268,其余来自父本川育12.单个QTL表型解释变异率为1.34%-27.61%,其中稳定主效的QTL有两个,分别为QPh.cib-4B.1和QPh.cib-2D.1,其贡献率分别为6.43%-27.61%和4.90%-11.97%.亲本及群体的Ppd-D1标记检测及遗传效应分析结果表明,QPht.cib-2D.1可能为Ppd-D1,相较于Ppd-D1b,单倍型Ppd-D1a可降低株高0.77-5.55 cm(0.83%-5.86%).本研究建立的遗传图谱可用于有效识别和发掘优异的遗传位点,鉴定的小麦株高QTL可用于小麦株高的分子标记辅助育种.(图3表3参29) 展开更多

关键词 普通小麦 株高 QTL 55k SNP芯片

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基于55K SNP芯片的普通小麦穗长非条件和条件QTL分析 被引量：4

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作者 唐华苹 陈黄鑫 +7 位作者 李聪 苟璐璐 谭翠 牟杨 唐力为 兰秀锦 魏育明 马建 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第8期1492-1502,共11页

【目的】进一步挖掘小麦穗长具有利用价值的数量遗传位点(QTL),同时深入探究穗长与其他重要农艺性状之间的遗传关系,为精细定位和分子辅助选择育种奠定基础。【方法】以20828为母本、SY95-71为父本,构建126份F7代重组自交系群体。将亲... 【目的】进一步挖掘小麦穗长具有利用价值的数量遗传位点(QTL),同时深入探究穗长与其他重要农艺性状之间的遗传关系,为精细定位和分子辅助选择育种奠定基础。【方法】以20828为母本、SY95-71为父本,构建126份F7代重组自交系群体。将亲本及其重组自交系分别于2016—2017年和2017—2018年生长季种植在中国四川省成都市温江区试验基地、中国四川省崇州市试验基地、中国四川省雅安市试验基地以及孟加拉国库尔纳市试验田,调查7个不同环境下的穗长表型。利用基于小麦55K SNP芯片构建的遗传连锁图谱进行非条件QTL的定位,并分析其效应。分别以株高、穗茎长、每穗小穗数和千粒重为条件,对定位到的主效QTL进行条件QTL分析,分析穗长与它们的遗传关系。【结果】通过非条件QTL定位到13个穗长QTL,分别位于1A、1D、2B、2D、4B、6D和7A染色体,LOD值为2.79—6.19,贡献率为5.35%—12.77%。其中,定位到3个稳定遗传的主效QTL:QSl-sau-2SY-2B、QSl-sau-2SY-2D.5和QSl-sau-2SY-4B,贡献率分别为6.54%—11.72%、10.16%—12.57%和5.35%—10.92%。这三个主效QTL在多环境分析中也可以检测到。进一步聚合分析表明,聚合QSl-sau-2SY-2B、QSl-sau-2SY-2D.5和QSl-sau-2SY-4B增效位点的株系穗长表型显著长于聚合任意2个主效QTL或仅含单个主效QTL增效位点的株系。同时,发现QSl-sau-2SY-2B对于株高、穗茎长、每穗小穗数和千粒重均没有显著影响,QSl-sau-2SY-2D.5对于千粒重有显著影响,达到3.98%,而对于株高、穗茎长和每穗小穗数没有显著影响,QSl-sau-2SY-4B对于株高和穗茎长有极显著影响,分别达到-12.28%和-22.26%,而对于每穗小穗数和千粒重没有显著影响。条件QTL分析结果表明,在QTL水平上,QSl-sau-2SY-2B与株高和穗茎长无关,但受到每穗小穗数和千粒重的影响,QSl-sau-2SY-2D.5与穗茎长、每穗小穗数和千粒重无关,但受到株高的影响,QSl-sau-2SY-4B与穗茎长和千粒重无关,但受到株高和每穗小穗数的影响。【结论】定位到3个控制穗长且稳定遗传的主效QTL——QSl-sau-2SY-2B、QSl-sau-2SY-2D.5和QSl-sau-2SY-4B。其中,QSl-sau-2SY-2B可能为新的QTL,独立于株高和穗茎长遗传。 展开更多

关键词 普通小麦 55k SNP芯片 穗长 非条件QTL 条件QTL

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基于55K SNP芯片揭示小麦育种亲本遗传多样性 被引量：7

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作者 卢茂昂 彭小爱 +3 位作者 张玲 汪建来 何贤芳 朱玉磊 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期1708-1714,共7页

为了解不同省份小麦亲本材料间的遗传多样性,以150份分布于安徽、江苏、河南、四川及山东等省份小麦种质资源为试验材料,利用小麦55K SNP芯片对其进行遗传多样性分析、聚类分析、主成分分析及群体结构分析。结果表明,在150份小麦材料中... 为了解不同省份小麦亲本材料间的遗传多样性,以150份分布于安徽、江苏、河南、四川及山东等省份小麦种质资源为试验材料,利用小麦55K SNP芯片对其进行遗传多样性分析、聚类分析、主成分分析及群体结构分析。结果表明,在150份小麦材料中共检测到52,537个SNP位点,质控后共获得39,422个有效标记,其中多态性标记为38,135个,占有效标记数96.74%。多态性标记在亚基因组间分布呈现D(10,450)<A(12,365)<B(15,290);平均多态信息含量(PIC)为0.315,变幅为0.068~0.375。各省供试材料平均遗传距离呈现:河南省>四川省>山东省>江苏省>安徽省;聚类分析、主成分分析和群体结构分析结果高度一致,分群结果与血缘关系、区域来源及育成单位均较为吻合。本研究表明各省份平均多态性信息含量处于中度多态水平,但材料平均遗传距离较为接近,仍需引入优质种质资源,缓解材料同质化情况,增加小麦应对逆境胁迫能力,减轻小麦实际生产中的脆弱性及风险性。 展开更多

关键词 小麦 55k SNP芯片 育种亲本 遗传多样性 群体结构分析

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基于55K SNP芯片的小麦籽粒主要品质性状的全基因组关联分析 被引量：6

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作者 彭小爱 卢茂昂 +6 位作者 张玲 刘童 曹磊 宋有洪 郑文寅 何贤芳 朱玉磊 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期1948-1960,共13页

通过检测118份小麦材料3个环境下吸水率、蛋白质含量、容重、湿面筋含量、面团稳定时间、面团形成时间、沉降值和出粉率8个小麦籽粒品质的表型值,结合小麦55K SNP芯片分析基因型,采用Q+K混合模型进行全基因组关联分析。在不同环境下, 8... 通过检测118份小麦材料3个环境下吸水率、蛋白质含量、容重、湿面筋含量、面团稳定时间、面团形成时间、沉降值和出粉率8个小麦籽粒品质的表型值,结合小麦55K SNP芯片分析基因型,采用Q+K混合模型进行全基因组关联分析。在不同环境下, 8个籽粒品质性状均具有广泛变异,其中沉降值的变异系数最大为16.47%~17.03%,各品质性状遗传力为0.71~0.85。118份小麦材料被分为3个亚群,亚群Ⅰ包括41(34.75%)份,安徽供试材料占绝大部分;亚群Ⅱ包括32 (27.12%)份,是以安徽、江苏、四川为主体的群体;亚群III包括45 (38.13%)份,主要为安徽及江苏省份材料。22个与小麦籽粒品质性状显著关联的稳定位点(P<0.001)在2个及以上的环境中被重复检测到,分布于染色体1B (4)、1D (1)、2B (1)、2D (1)、3B (2)、3D (1)、4D (1)、5A (1)、5B (1)、5D (3)、6B (2)、7B (3)和7D (1),解释了8.53%~16.32%的表型变异。稳定位点中包含3个一因多效显著关联位点, 14个可能控制小麦品质性状的新遗传位点,并筛选出11个可能与小麦籽粒品质性状相关的候选基因;有利等位基因的数量越多,品质性状表型值越高,并发现了在8个主要品质性状均携带有利等位基因的载体材料,其中,华成859和济麦44包含最多的有利等位基因,可供改良小麦品质的育种亲本使用。本研究结果为小麦优良品质小麦培育提供了理论依据、亲本材料和分子标记。 展开更多

关键词 小麦 品质性状 全基因组关联分析 55k芯片 有利等位基因

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基于55K SNP芯片的山西冬小麦种质资源遗传多样性分析 被引量：6

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作者 雷梦林 刘霞 +7 位作者 王艳珍 崔国庆 穆志新 刘龙龙 李欣 逯腊虎 李晓丽 张晓军 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期1845-1856,I0001-I0027,共39页

【目的】分析山西省冬小麦种质资源的遗传多样性演变规律,为山西省小麦育种的亲本选配和品种选育提供更丰富多样的原始亲本材料。【方法】以山西省冬小麦323份地方品种和105份育成品种为自然群体,利用55K SNP芯片对428份自然群体进行全... 【目的】分析山西省冬小麦种质资源的遗传多样性演变规律,为山西省小麦育种的亲本选配和品种选育提供更丰富多样的原始亲本材料。【方法】以山西省冬小麦323份地方品种和105份育成品种为自然群体,利用55K SNP芯片对428份自然群体进行全基因组扫描,分析品种间的遗传多样性、遗传结构、主成分、遗传聚类及亲缘关系。【结果】SNP位点在21条染色体上的分布范围为329—1639个,平均值为1152个;7个部分同源群中的分布范围为2154—3852个,平均值约为3456个;基因组的分布规律为:B基因组>A基因组>D基因组;基因组注释多态性标记,在基因间区分布最多,约占50%,分析表明,SNP位点在21条染色体、7个同源群和3个基因组上均有覆盖,但分布各异,多态性比率为45.60%。整个群体的平均观测杂合度(0.0185)均低于平均期望杂合度(0.4992),整个自然群体的香农-威纳指数和多态性信息含量的变化幅度不大。对比自然群体多样性各参数,发现群体的遗传多样性不高,育成品种的遗传多样性比地方品种略高。群体结构分析将群体分为2个类群,第Ⅰ类群307份材料,以地方品种为主;第Ⅱ类群121份材料,以育成品种为主。主成分和聚类分析均将自然群体分为5个类群,第Ⅰ类群品种间的遗传距离平均值为0.21831,变幅为0.00127—0.72461;第Ⅱ类群品种间的遗传距离平均值为0.14619,变幅为0.00038—0.76489;第Ⅲ类群品种间的遗传距离平均值为0.16521,变幅为0.00049—0.43033;第Ⅳ类群品种间的遗传距离平均值为0.17643,变幅为0.00118—0.60496;第Ⅴ类群品种间的遗传距离平均值为0.12039,变幅为0.00042—0.37032,可见,山西省冬小麦品种间的遗传距离变异幅度较大,但平均遗传距离值较低,聚类分群明显,类群中部分品种的遗传关系较近。经对比,第Ⅰ类群和第Ⅳ类群的平均遗传距离均要高于第Ⅱ类群、第Ⅲ类群和第Ⅴ类群,第Ⅰ类群和第Ⅳ类群的遗传距离变幅大于第Ⅲ类群和第Ⅴ类群,可知,育成品种的遗传距离普遍大于地方品种。【结论】利用55K SNP芯片对山西省冬小麦种质资源进行遗传多样性分析,明确了山西省冬小麦育成品种和地方品种在基因组层面上的遗传多样性分布特点,育成品种通过外源基因的导入有利于品种的遗传多样性提高,地方品种的遗传多样性相对较低,同时,极少数品种的亲缘关系呈两极分化,在后续利用时应合理地区分利用。 展开更多

关键词 小麦 地方品种 育成品种 遗传多样性 55k SNP

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犬1型腺病毒E1B-55K蛋白的结构预测及分析 被引量：1

6

作者 郑伟 刘晓颖 +7 位作者 廉士珍 张蕾 张海玲 吕爽 李亚丽 王中英 闫喜军 朱言柱 《特产研究》 2020年第6期21-29,共9页

犬1型腺病毒E1区包括E1A、E1B-55K和E1B-19K。为了研究E1B-55K可延缓细胞过早凋亡,并协助mRNA翻译的作用。本文采用生物信息学方法预测E1B-55K蛋白的理化性质、亲疏水性、跨膜区结构、二级及三级结构、磷酸化及糖基化位点和抗原表位,并... 犬1型腺病毒E1区包括E1A、E1B-55K和E1B-19K。为了研究E1B-55K可延缓细胞过早凋亡,并协助mRNA翻译的作用。本文采用生物信息学方法预测E1B-55K蛋白的理化性质、亲疏水性、跨膜区结构、二级及三级结构、磷酸化及糖基化位点和抗原表位,并分析其结构和功能。结果发现E1B-55K有424个氨基酸,原子组成为C2199H3535N575O538S39,分子量为47887.13,带负电与正电的氨基酸残基总数分别为25和46个,不稳定指数为42.53。E1B-55K蛋白有23个磷酸化位点。只有1个糖基化位点位于第64位。E1B-55K是平均亲水系数为0.662的疏水蛋白,无信号肽和跨膜区结构。二级结构中折叠占12.50%、螺旋占38.68%、无规卷曲和延伸链分别为23.58%和25.24%。在三级结构中获得E1B-55K蛋白的可信度和覆盖率分别为38.6%和2%。有17个抗原决定簇和45个优势的B细胞抗原表位存在于E1B-55K蛋白中。从而得出预测E1B-55K蛋白的性质、结构和功能有助于建立基于E1B-55K的ELISA检测方法和亚单位疫苗的结论。 展开更多

关键词 犬1型腺病毒 E1B-55k 结构与功能 生物信息学

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青海省小麦品种基于55K SNP芯片的遗传多样性分析 被引量：5

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作者 谢静敏 侯万伟 张小娟 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第11期1343-1350,共8页

为研究青海省小麦品种之间的遗传关系和遗传多样性,选取93个青海小麦品种,基于55K SNP芯片对其进行全基因组扫描,并进行遗传多样性分析。结果共扫描到53063个SNP位点,选择分型成功率(call rate,CR)≥0.90、缺失率<10%、MAF>0.05的... 为研究青海省小麦品种之间的遗传关系和遗传多样性,选取93个青海小麦品种,基于55K SNP芯片对其进行全基因组扫描,并进行遗传多样性分析。结果共扫描到53063个SNP位点,选择分型成功率(call rate,CR)≥0.90、缺失率<10%、MAF>0.05的SNP位点,获得多态性SNP位点50243个,多态性比率为94.68%。其中多态性位点在第2同源群中分布最多,在第4同源群中分布最少,在基因组中分布呈现B>A>D,特别是4D染色体上的多态性SNP分布最少。93个小麦品种的多态性信息含量(PIC)为0.00~0.59,平均值为0.33,为中度多态性位点;两两品种间的遗传距离为0.00~0.67,平均值为0.41。通过聚类分析表明,根据遗传距离可将93个小麦品种划分为8个类群。综上,青海省现有小麦品种的遗传关系较近,需要引进外来品种来丰富青海省小麦品种的遗传多样性,推动小麦品种的选育及研究工作。 展开更多

关键词 青海省 小麦 55kSNP 遗传多样性

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基于55K芯片挖掘安农1687穗长基因

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作者 耿明状 张永林 +6 位作者 房梦园 罗干 赵晓雪 郝维浩 卢杰 陈璨 司红起 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2024年第S1期18-22,共5页

为了给姊妹系材料的有效利用提供理论指导,加速小麦安农1687品种的推广,为小麦新品种的遗传改良提供参考。以小麦安农1687及其姊妹系和双亲为材料,通过对小麦材料的田间农艺性状进行表型鉴定和利用55K芯片对小麦材料进行基因型鉴定相结... 为了给姊妹系材料的有效利用提供理论指导,加速小麦安农1687品种的推广,为小麦新品种的遗传改良提供参考。以小麦安农1687及其姊妹系和双亲为材料,通过对小麦材料的田间农艺性状进行表型鉴定和利用55K芯片对小麦材料进行基因型鉴定相结合的方法,同时借助SPSS分析数据和RIdeogram包绘图发现双亲和部分姊妹系组合在穗长这一性状上存在极显著差异,亲本安农1106和西农822、姊妹系系Q6、系8和系105、系133在19条染色体上共存在909个差异SNP位点,5B染色体上包含500个,富集在5B染色体物理位置的63~87 Mb和400~410 Mb区间内。对区间内的候选基因进行克隆测序,发现编码生长素诱导蛋白的2个基因TraesCS5B01G225000和TraesCS5B01G058700的CDS区在双亲和姊妹系组合间分别存在着5个错义突变和2个错义突变,造成了氨基酸的改变,同时基因TraesCS5B01G225000的突变导致密码子变为终止密码子TGA,氨基酸合成终止。因此,推测这2个基因可能对于小麦穗长有着一定的影响。 展开更多

关键词 小麦 穗长 55k芯片 姊妹系 错义突变

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利用小麦55K SNP芯片解析‘丰德存麦5号’的遗传基础 被引量：2

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作者 杨瑞晗 宋晓朋 +1 位作者 孔子明 赵莉 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2023年第15期5025-5031,共7页

为解析高产优质强筋小麦新品种‘丰德存麦5号’的分子遗传基础,利用高密度小麦55K SNP芯片对‘丰德存麦5号’及其亲本‘周麦16’和‘郑麦366’进行全基因组扫描分析。结果表明,‘周麦16’和‘郑麦366’对‘丰德存麦5号’的遗传贡献率差... 为解析高产优质强筋小麦新品种‘丰德存麦5号’的分子遗传基础,利用高密度小麦55K SNP芯片对‘丰德存麦5号’及其亲本‘周麦16’和‘郑麦366’进行全基因组扫描分析。结果表明,‘周麦16’和‘郑麦366’对‘丰德存麦5号’的遗传贡献率差异较大,分别为26.33%和73.67%;在基因组水平上,‘郑麦366’在A、B和D基因组上的遗传贡献率均高于‘周麦16’;在不同染色体上,‘周麦16’在2B、4A、4B和5B染色体上遗传贡献率超过‘郑麦366’,而‘郑麦366’在其他染色体上的遗传贡献率都高于‘周麦16’;在双亲染色体较大片段遗传上,‘丰德存麦5号’继承了更多‘郑麦366’的较大遗传片段;在亲本特异性注释基因中,‘丰德存麦5号’来源于‘郑麦366’的特异性基因的数目远多于‘周麦16’,‘丰德存麦5号’在遗传物质继承上表现出明显的偏向选择,‘郑麦366’对‘丰德存麦5号’的遗传贡献率更大。 展开更多

关键词 小麦 遗传基础 55k 优质强筋

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利用55K SNP芯片研究小麦新品种信麦163的遗传构成 被引量：2

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作者 陈真真 李杰 +6 位作者 王轲 陈金平 申冠宇 谢旭东 石守设 杨军 周国勤 《山东农业科学》 北大核心 2024年第5期42-48,共7页

为明确国审小麦新品种信麦163的分子遗传基础,利用小麦55K SNP育种芯片对信麦163及其母本信阳234和父本丰抗38进行分析。结果表明,信阳234和丰抗38对信麦163的遗传贡献率分别为49.60%和50.40%。在基因组和染色体水平上,双亲对信麦163的... 为明确国审小麦新品种信麦163的分子遗传基础,利用小麦55K SNP育种芯片对信麦163及其母本信阳234和父本丰抗38进行分析。结果表明,信阳234和丰抗38对信麦163的遗传贡献率分别为49.60%和50.40%。在基因组和染色体水平上,双亲对信麦163的遗传贡献率差异较大:母本信阳234对信麦163 A、B、D三个基因组的贡献率分别为49.34%、52.52%和45.61%,贡献率超过50%的染色体有4A、5A、7A、4B、5B、6B、7B、1D、5D、6D和7D,其中在7A、7B、7D上遗传贡献率超过60%;父本丰抗38对信麦163 A、B、D三个基因组的贡献率分别为50.66%、47.48%和54.39%,贡献率超过50%的染色体有1A、2A、3A、6A、1B、2B、3B、2D、3D和4D,其中在4D染色体上遗传贡献率超过80%。在3A、4D、6B等染色体上的遗传形式主要表现为亲本遗传信息以染色体大片段形式传递到子代。SNP(单核苷酸多态性)基因型图谱、SNP位点分析与遗传贡献率分析结果具有较好的一致性。本研究结果展示了杂交育种对后代基因组造成的影响,可为信麦163在遗传改良和生产中的应用提供科学依据。 展开更多

关键词 信麦163 遗传贡献 55k育种芯片 单核苷酸多态性(SNP)

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鸡减蛋综合征病毒55K蛋白基因的克隆与序列分析 被引量：1

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作者 朱雷 金奇 +3 位作者 曾力宇 李虹 殷震 候云德 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 1999年第2期145-147,共3页

目的了解鸡减蛋综合征病毒（ＥＤＳＶ）的基因结构特征。方法从中国发病鸡群中分离的鸡减蛋综合征病毒弱毒株ＡＡ２，经常规法提取病毒核酸后，构建了用内切酶ＨｉｎｄⅢ水解的完整基因文库，对其中Ａ片段编码５５Ｋ蛋白基因的核苷酸... 目的了解鸡减蛋综合征病毒（ＥＤＳＶ）的基因结构特征。方法从中国发病鸡群中分离的鸡减蛋综合征病毒弱毒株ＡＡ２，经常规法提取病毒核酸后，构建了用内切酶ＨｉｎｄⅢ水解的完整基因文库，对其中Ａ片段编码５５Ｋ蛋白基因的核苷酸序列进行测定和分析。结果该读码框共１０１１个核苷酸，编码产物由３３７氨基酸组成，分子量为３８２００。氨基酸同源性分析表明，ＥＤＳＶ５５Ｋ蛋白与人腺病毒（Ａｄ２，Ａｄ１２，Ａｄ４０）、犬腺病毒（ｃａｖ）、Ⅰ群禽腺病毒（ｃｅｌｏ）同源性在２５５％～３２４％之间，而与羊腺病毒（ｏａｖ）的同源性达到４６４％。结论ＥＤＳＶ５５Ｋ蛋白基因具有与腺病毒５５Ｋ蛋白基因相似的结构，但变异较大。 展开更多

关键词 禽腺病毒 DNA序列分析 55k蛋白 EDSV 基因克隆

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合成六倍体小麦品系籽粒相关性状的QTL定位

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作者 孙迎凯 李翔 +12 位作者 刘天相 张冰月 赵艺清 关露露 贾亚涛 马超 沈仲 赵力克 胡银岗 吉万全 史学芬 白海波 王中华 《麦类作物学报》 CAS 北大核心 2025年第1期1-15,共15页

合成六倍体小麦作为一种重要的遗传资源,在籽粒相关性状的研究中起着关键作用。为进一步挖掘合成六倍体小麦籽粒相关性状的数量性状位点(quantitative trait loci,QTL),本研究以西农389与合成六倍体小麦KU2098杂交得到的154个重组自交系... 合成六倍体小麦作为一种重要的遗传资源,在籽粒相关性状的研究中起着关键作用。为进一步挖掘合成六倍体小麦籽粒相关性状的数量性状位点(quantitative trait loci,QTL),本研究以西农389与合成六倍体小麦KU2098杂交得到的154个重组自交系(recombinant inbred lines,RIL)群体为材料,用小麦55K SNP芯片构建遗传图谱,对粒长、粒宽、粒面积、粒周长、粒长宽比、千粒重、蛋白质含量、淀粉含量、湿面筋含量共9个籽粒相关性状进行了QTL定位分析。结果表明,在除7B染色体外的20条染色体上共鉴定出84个QTL;这些QTL的LOD值在2.54~39.9之间,解释了0.91%~43.41%表型变异;84个QTL包括31个主要QTL和10个稳定QTL。在1A(1)、1B(1)、1D(1)、2D(1)、4D(1)、5A(1)、5D(1)、6A(2)、6B(2)和7D(1)染色体上共鉴定出12个与籽粒性状相关的QTL簇。在QTL簇C8对应的遗传区间中,筛选到2个有关籽粒性状的基因;在QTL簇C3的遗传区间中,筛选到4个有关品质性状的基因。鉴定出的QTL可为小麦产量和品质改良提供参考。 展开更多

关键词 合成六倍体小麦 小麦55k SNP 籽粒性状 QTLS

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小麦苗期耐热性全基因组关联分析

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作者 李云丽 刁邓超 +9 位作者 刘雅睿 孙玉晨 孟祥宇 邬陈芳 汪妤 吴建辉 李春莲 曾庆东 韩德俊 郑炜君 《中国农业科学》 北大核心 2025年第9期1663-1683,共21页

【目的】小麦是中国乃至世界最重要的口粮之一,随着全球性的气候变化,高温成为限制小麦安全生产的主要逆境因素。筛选、鉴定优异耐热种质资源、挖掘耐热候选基因,可以丰富我国小麦耐热性遗传基础,为培育小麦耐热品种提供先决条件,保证... 【目的】小麦是中国乃至世界最重要的口粮之一,随着全球性的气候变化,高温成为限制小麦安全生产的主要逆境因素。筛选、鉴定优异耐热种质资源、挖掘耐热候选基因,可以丰富我国小麦耐热性遗传基础,为培育小麦耐热品种提供先决条件,保证国家粮食生产安全。【方法】以331份小麦种质组成的自然群体为材料,采用人工气候箱模拟高温的方法,通过调查不同处理时长下小麦幼苗的存活率,以耐热级数为指标,评价其耐热性。结合55K SNP芯片基因型分析结果,通过全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)方法,发掘耐热性相关的遗传位点。结合小麦热胁迫下根、叶等多组织的表达量数据,筛选耐热性相关基因,最后,以极耐热种质西农889和热敏感种质中国春为材料,利用qPCR方法对候选基因进行验证。【结果】高温胁迫下,不同小麦的存活率存在极端差异,极耐热、中等耐热、中等热敏感、极热敏感的种质资源分别是110、104、110和7份,占比为33.23%、31.42%、33.23%和2.12%,鉴定获得西农889、郑麦7698、中麦895、周麦18和丰产3号等耐热种质资源;通过全基因组关联分析,共检测到293个与12 h存活率、耐热级数显著关联的SNP位点,表型变异解释率为4.40%—12.46%,其中,与12 h存活率相关的位点200个,与耐热级数相关位点257个,定位到的相同耐热相关位点164个;基于显著关联的SNP标记,共预测到313个耐热相关基因。根据基因注释信息,以及热胁迫下的表达量数据,筛选出23个耐热候选基因,对差异表达的候选基因进行qPCR验证,鉴定到20个关键耐热候选基因。【结论】鉴定了331份小麦种质的苗期耐热性,建立了一种45℃高温下测定不同处理时长的幼苗存活率鉴定小麦耐热性的快速方法,筛选出38份耐热种质。共检测到293个与小麦苗期耐热性显著关联的位点,筛选出TraesCS1A02G355900、TraesCS1A02G389500、TraesCS5A02G550700、TraesCS5D02G557100、TraesCS6D02G402500和TraesCS7A02G232500等关键候选基因。 展开更多

关键词 小麦 高温胁迫 55k SNP芯片 全基因组关联分析 候选基因

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引进ICARDA小麦苗期根系抗旱性状的全基因组关联分析

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作者 李云香 郭千纤 +1 位作者 侯万伟 张小娟 《作物学报》 北大核心 2025年第9期2387-2398,I0001-I0003,共15页

小麦是世界上重要的粮食作物之一,干旱会严重影响小麦的生长发育。因此解析小麦干旱相关的遗传基础以及挖掘与抗旱相关的优异基因,对于保证国家粮食安全具有重要意义。本研究以引进ICARDA的159份小麦为材料,苗期采用20%PEG-6000模拟干... 小麦是世界上重要的粮食作物之一,干旱会严重影响小麦的生长发育。因此解析小麦干旱相关的遗传基础以及挖掘与抗旱相关的优异基因,对于保证国家粮食安全具有重要意义。本研究以引进ICARDA的159份小麦为材料,苗期采用20%PEG-6000模拟干旱环境进行水培试验,以正常营养液作为对照,对小麦根部的总根长、根表面积、根体积、根平均直径和根叉数等5个性状进行表型数据统计,并进行相关性分析,再结合55K SNP芯片对5个根部性状的抗旱系数进行全基因组关联分析。研究结果表明,2种处理下,根部性状表现出丰富的表型变异,在正常处理下,变异系数为27.10%~40.46%;在干旱处理下,变异系数为24.95%~57.04%。5个根部性状抗旱系数的相关性分析表明,根平均直径抗旱系数与根表面积抗旱系数、根叉数抗旱系数之间没有明显的相关性,与总根长抗旱系数呈显著负相关,其余各性状的抗旱系数之间均呈极显著正相关。全基因组关联分析结果显示,在P≤0.001水平下共定位到39个与根部性状显著关联的SNP位点,分布于小麦的1B、1D、2B、3A、3B、3D、4A、4B、4D、5A、5B、6A、6D、7A、7B和7D等16条染色体上,贡献率为7.12%~14.44%。检测到6个多效应位点,均与根表面积与总根长显著相关,分别位于3B和4A染色体上,贡献率为7.15%~14.44%。将39个显著关联的位点进行候选基因预测,共获得TraesCS5B01G556300(编码MYB60)、TraesCS7A01G508700(编码转录因子WRKY28)、TraesCS2B01G002700(编码脱水反应元件结合蛋白1C)和TraesCS3D01G055500(编码14-3-3样蛋白)等12个可能与小麦抗旱相关的候选基因,这些候选基因可能在小麦抗旱方面具有重要作用。 展开更多

关键词 小麦 根系 抗旱 55k SNP 全基因组关联分析

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高产小麦品种周麦27号及其亲本的遗传分析

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作者 杜晓宇 邹少奎 +5 位作者 李楠楠 王丽娜 张倩 吕永军 李顺成 韩玉林 《作物杂志》 北大核心 2025年第6期67-72,共6页

为考察品种选育对小麦基因的遗传影响和相关功能基因分布情况,利用小麦55K SNP芯片对高产小麦品种周麦27号及其亲本矮抗58、周麦16进行分析。结果表明,2个亲本对周麦27号的遗传贡献有较大差异,矮抗58和周麦16对周麦27号的遗传贡献率分别... 为考察品种选育对小麦基因的遗传影响和相关功能基因分布情况,利用小麦55K SNP芯片对高产小麦品种周麦27号及其亲本矮抗58、周麦16进行分析。结果表明,2个亲本对周麦27号的遗传贡献有较大差异,矮抗58和周麦16对周麦27号的遗传贡献率分别为33.32%和66.68%,其中周麦16对周麦27号A、B和D亚基因组的贡献率分别为66.54%、70.85%和59.65%,周麦27号继承了较多的周麦16遗传片段,出现了较明显的偏亲现象。另外,通过1.5K育种基因芯片分析发现,周麦27号继承了高千粒重基因Tabas1、TaGS5-A1和TaGW2-6A,并且还含有TaSus2-2B高千粒重基因,以及YrSP、Yr29、Yr78、Yr75、Lr67和Pm12等抗病基因。本研究明确了小麦品种周麦27号的遗传结构和重要性状功能基因组成,为其遗传改良和生产应用提供参考。 展开更多

关键词 小麦 骨干亲本 周麦27号 55k SNP芯片 遗传基础

原文传递

小麦贵协3号成株期抗条锈病基因的遗传定位 被引量：1

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作者 高旭 程斌 +5 位作者 高煜 葛昌斌 丁延庆 曹宁 辛智海 张立异 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第8期948-957,共10页

贵协3号对当前的条锈病流行小种表现为近免疫或高抗。为更好地利用贵协3号,拓宽小麦抗性育种资源,以Avocet S(来自澳大利亚的高感条锈病小麦品种)为母本、贵协3号为父本构建的F_(2:7)代重组自交系(RIL)群体为材料,运用集群分离分析法(B... 贵协3号对当前的条锈病流行小种表现为近免疫或高抗。为更好地利用贵协3号,拓宽小麦抗性育种资源,以Avocet S(来自澳大利亚的高感条锈病小麦品种)为母本、贵协3号为父本构建的F_(2:7)代重组自交系(RIL)群体为材料,运用集群分离分析法(BSA)并结合转录组测序(BSR-Seq)和小麦55K SNP芯片技术对抗条锈病QTL进行遗传定位。结果表明,共检测到有7个抗条锈病QTL,分别位于小麦1B(1)、2A(2)、2D(1)、5A(2)和6B(1)染色体上。其中位于2AS染色体上的Qyr.gaas.2A在三个环境中均被检测到,置信区间为AX-108824773~AX-111675237(0~2.5 cM),对应的物理区间为15.87~31.89 Mb(16.02 Mb),可解释17.07%~34.59%的表型变异。为了进一步提高该QTL的定位精度,在2AS染色体目标区段内设计了103对SSR标记引物,并选择2AS染色体上已报道的22个SSR标记,在双亲、抗感池和RIL群体中进行筛选和验证。最终筛选出6个多态性标记(Xcfd36、Xwmc382、hls-2A-04、hls-2A-17、hls-2A-18和hls-2A-103)可将Qyr.gaas.2A缩小到3.04 Mb的物理区间(15.87~18.91 Mb)内。在该目标区间共预测到13个候选基因,将在下一步的研究中进行分析验证。 展开更多

关键词 小麦 条锈病 混池转录组测序 55k SNP芯片 基因定位

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病毒编码泛素及相关蛋白的研究进展 被引量：4

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作者 张忠信 牛国栋 《中国病毒学》 CSCD 2004年第2期197-203,共7页

关键词 病毒编码泛素 泛素连接酶 感染细胞蛋白ICP0 E1B-55k蛋白 CD4 杆状病毒 疱疹病毒

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小麦新品种陕农33的遗传构成分析 被引量：12

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作者 吴胜男 李英壮 +3 位作者 王娜 刘录祥 谢彦周 王成社 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期134-139,共6页

为解析小麦新品种陕农33的遗传构成,利用小麦55K芯片检测到的53063个SNP标记分析双亲陕农981和新麦18对陕农33的遗传贡献率。结果表明,陕农33与亲本陕农981和新麦18 SNP标记的一致性分别为52.72%和46.38%,陕农981对陕农33的贡献略大于新... 为解析小麦新品种陕农33的遗传构成,利用小麦55K芯片检测到的53063个SNP标记分析双亲陕农981和新麦18对陕农33的遗传贡献率。结果表明,陕农33与亲本陕农981和新麦18 SNP标记的一致性分别为52.72%和46.38%,陕农981对陕农33的贡献略大于新麦18;从染色体水平看,新麦18对陕农33的贡献率超过50%的染色体有2A、5A、7A、3B、4B、2D、3D、4D和6D,而陕农981在除此之外的12条染色体的遗传贡献率均大于50%;在遗传距离大于5 cM的染色体区段中,陕农33来源于陕农981和新麦18的染色体区段分别有18个和19个,其中,在6B染色体上来源于陕农981的染色体区段最多(4个),在7A染色体上来源于新麦18的区段最多(6个);陕农33有154个不同于双亲的特异位点,分布在21条染色体上,其中,在1B、2B、2D、4A、4D和6A染色体上,共发现11个与农艺和品质性状有关的QTL,3个来源于新麦18,8个来源于陕农981。 展开更多

关键词 陕农33 遗传贡献 55k芯片 SNP

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烟农系列小麦高产遗传基础解析 被引量：4

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作者 王昊 孙妮娜 +11 位作者 王矗 肖露凝 肖蓓 李栋 刘洁 秦冉 吴永振 孙晗 赵春华 李林志 崔法 刘伟 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期1584-1600,共17页

烟农系列小麦品种具有高产、抗病、广适性等特点,近几年审定的高产多抗品种烟农1212,曾多次打破全国冬小麦单产纪录,鲁麦14已衍生出至少214份小麦新品种,成为重要的骨干亲本。本研究旨在解析烟农系列小麦高产遗传基础,明确其高产广适关... 烟农系列小麦品种具有高产、抗病、广适性等特点,近几年审定的高产多抗品种烟农1212,曾多次打破全国冬小麦单产纪录,鲁麦14已衍生出至少214份小麦新品种,成为重要的骨干亲本。本研究旨在解析烟农系列小麦高产遗传基础,明确其高产广适关键染色体区段,为小麦新品种遗传改良提供理论参考。利用小麦55K SNP芯片对38份烟农系列小麦品种、其部分衍生后代品种和244份育成品种(系)组成的自然群体进行基因型扫描,并进行了多环境表型鉴定。基因型分析结果表明,自主选育的17份烟农品种之间的遗传相似系数在0.80~0.99之间,获得了975个高频率共同选择区段,区段长度变幅为1.00~75.18 Mb,其中在2D、4D、6D、7B染色体上存在较多的高频率共同选择区段,其总长度占对应染色体的40%以上。骨干亲本鲁麦14对其23个衍生后代的平均遗传贡献率为71.45%,在3个(A、B、D)亚基因组的贡献率分别为69.63%、66.04%和79.82%;共检测到430个在鲁麦14衍生后代中高频率选择遗传区段,265个区段(61.6%)与烟农系列高频率共同选择区段重叠。基于自然群体表型鉴定及遗传解析结果显示,骨干亲本鲁麦14和最新选育的高产广适主推品种烟农1212均富集了千粒重和单株产量优异等位基因;在鲁麦14高频率选择区段上富集了92.3%和84.4%的来自鲁麦14的增加千粒重和单株产量显著关联SNP位点,主要分布在2A、2B、2D、4A、5B、6A、7A染色体上。烟农系列小麦高频率共同选择基因组区段已富集了丰富的高产基因位点,是其高产稳产的遗传基础所在。 展开更多

关键词 小麦 遗传贡献 55k SNP芯片 遗传区段 骨干亲本

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CIMMYT新引进合成小麦株高性状全基因组关联分析 被引量：6

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作者 张红杰 邓中印 +9 位作者 陶姝 孙国梁 贾美玲 王振玉 廖如意 郑兴卫 李爱丽 毛龙 郑军 耿帅锋 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期1054-1067,共14页

株高是影响小麦产量的重要农艺性状。本研究对从国际玉米小麦改良中心(CIMMYT)新引进的152份合成小麦在3个环境下的株高进行了观察和统计,并利用55 K单核苷酸多态性(SNP,single nucleotide polymorphism)芯片进行全基因组关联分析(GWAS,... 株高是影响小麦产量的重要农艺性状。本研究对从国际玉米小麦改良中心(CIMMYT)新引进的152份合成小麦在3个环境下的株高进行了观察和统计,并利用55 K单核苷酸多态性(SNP,single nucleotide polymorphism)芯片进行全基因组关联分析(GWAS,genome-wide association study),以挖掘与株高相关的新的遗传位点。结果表明:合成小麦株高呈正态分布,变异丰富。不同环境下的平均株高为97.9 cm,显著高于栽培小麦(70.5 cm),但低于黄淮麦区农家小麦(114.8 cm)。方差分析显示3个环境下,株高在基因型之间都表现出极显著的差异。3个环境下联合方差分析发现株高表型在基因型、环境以及基因型环境互作方面表现出极显著的差异。对获得的55K SNP标记经最大杂合率、最小等位基因频率及最大等位基因频率过滤,在合成小麦群体中发现37916个有效SNP,其中A、B和D 3个亚基因组上各有14404个、14566个和8946个。群体结构分析结果表明,152份合成小麦可分为3个类群。利用混合线性模型(MLM,mixed liner model)对不同环境下平均株高和最佳线性无偏预测值(BLUP,best linear unbiased prediction)进行GWAS分析,筛选到24个显著标记(P≤0.0001),分别位于1A、3B、4A、4B、4D、5A、5B、6A、6D和7B染色体上,单个标记可解释12.33%-20.10%的表型变异。BLUP值分析共获得10个显著标记,对标记物理位置3 Mb左右距离内的669个基因进行转录组数据筛查,得到131个在茎或叶中高表达(TPM≥5)。通过与水稻同源基因的比较,明确其中5个基因可能与小麦株高发育有关。鉴于这些位点与以往已定位的株高数量性状位点并不重叠,本研究的工作可为小麦株高改良提供新的种质和分子标记。 展开更多

关键词 合成小麦 株高 55k SNP芯片 全基因组关联分析

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