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一种新的DNA序列3D表示方法及相似分析 被引量:2
1
作者 魏若岩 綦朝晖 《计算机工程与应用》 CSCD 2012年第4期146-148,196,共4页
提出了一种新的DNA序列的3D图形表示方法,该方法能体现较多的DNA序列的特征,而且避免了信息的丢失。为了进行DNA序列之间的相似性分析,在此方法的基础上对图形进行特征提取并利用高维数据降维算法对提取后的高维数据进行降维,并降到3维... 提出了一种新的DNA序列的3D图形表示方法,该方法能体现较多的DNA序列的特征,而且避免了信息的丢失。为了进行DNA序列之间的相似性分析,在此方法的基础上对图形进行特征提取并利用高维数据降维算法对提取后的高维数据进行降维,并降到3维,降维后的数据不但保持了原有高维数据的特征而且能很方便地观察它们之间的关系。通过对10个物种的β-球蛋白基因的第一个外显子的相似性分析,得到了较好的结果。 展开更多
关键词 DNA序列 3D图形表示 数据降维 相似性分析
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一种新的基于3D图形的进化树构造方法 被引量:2
2
作者 骆嘉伟 张惜珍 《武汉理工大学学报(信息与管理工程版)》 CAS 2007年第4期24-27,共4页
生物信息资源更新越来越快,使用可视化的方法来分析DNA序列已成为生物信息学的一个研究热点,用图形表示DNA序列的方法越来越成熟。基于DNA序列的3D图形表示法,提出一种新的进化树构造方法:将DNA基本序列表示成空间3D图形,并计算与序列... 生物信息资源更新越来越快,使用可视化的方法来分析DNA序列已成为生物信息学的一个研究热点,用图形表示DNA序列的方法越来越成熟。基于DNA序列的3D图形表示法,提出一种新的进化树构造方法:将DNA基本序列表示成空间3D图形,并计算与序列相对应的非负实对称矩阵;计算新的特征参数C表征序列特性,并获得相对进化距离;基于可凝聚的层次聚类算法构造不同基因序列的进化树。采用中国不同地区的12组禽流感基因HA(H5N1)序列进行试验,最后获得了相应的进化关系。 展开更多
关键词 DNA序列 3D图形 层次聚类算法 HA(H5N1) 进化树构造
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一种新的DNA序列的3D图形表示 被引量:1
3
作者 周金玉 肖前军 邓总纲 《科技信息》 2009年第25期I0015-I0016,共2页
基于DNA序列的混沌游戏表示,给出了一种新的3D图形表示来表征DNA序列。为了便于序列间的比较,将DNA序列的3D图形表示转化成了相应的矩阵表示并讨论了它们的数字特征。
关键词 DNA序列 3D图形表示 数字特征
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金钱白花蛇及其混伪品骨骼和鳞片微性状鉴别研究 被引量:1
4
作者 侯芳洁 林相武 +3 位作者 樊伟旭 杨言言 郑玉光 孙宝惠 《辽宁中医药大学学报》 2025年第5期42-46,F0003,共6页
目的对金钱白花蛇及其混伪品各部分的性状、微性状、显微特征及相关的理化指标进行研究,为其真伪鉴别和质量标准提供依据。方法对市售金钱白花蛇进行收集,采用3D技术对金钱白花蛇头部及体部的鳞片、鼻骨、顶骨、椎骨进行微性状鉴别。随... 目的对金钱白花蛇及其混伪品各部分的性状、微性状、显微特征及相关的理化指标进行研究,为其真伪鉴别和质量标准提供依据。方法对市售金钱白花蛇进行收集,采用3D技术对金钱白花蛇头部及体部的鳞片、鼻骨、顶骨、椎骨进行微性状鉴别。随机选取金钱白花蛇及其混伪品前部与中部椎骨(n=20),使用SPSS 26.0对后关节突两尖端距离的最大值与前关节突两端距离最大值的比值进行统计学分析。采用聚合酶链式反应法(PCR)提取样品的DNA,利用COI引物进行PCR扩增并测序,应用MEGA 5.1软件进行分析,并采用邻接法(NJ)构建系统聚类树。结果通过对鳞片、骨骼的微性状可以鉴别金钱白花蛇正品与混伪品。统计学分析结果显示,金钱白花蛇椎骨中后关节突两尖端距离的最大值与后关节突两端距离最大值的比值小于其混伪品的比值。结论通过微性状鉴别能很好区分正伪品的药材和饮片,并且鉴别特征稳定。 展开更多
关键词 金钱白花蛇 3D景深合成技术 微性状 DNA鉴别 醇浸出物
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3D数字PCR检测NSCLC患者血浆EGFR T790M基因突变的临床意义 被引量:1
5
作者 袁世洋 刘川 +4 位作者 欧阳晓春 谢军平 贺荣芝 李里香 邹叶青 《检验医学》 CAS 2020年第8期806-810,共5页
目的探讨一种新的3D数字聚合酶链反应(PCR)在非小细胞肺癌(NSCLC)患者血浆表皮生长因子受体(EGFR)T790M基因突变检测中的临床意义。方法采集70例初代表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂(EGFR-TKI)耐药的NSCLC患者血浆标本。采用扩增阻滞... 目的探讨一种新的3D数字聚合酶链反应(PCR)在非小细胞肺癌(NSCLC)患者血浆表皮生长因子受体(EGFR)T790M基因突变检测中的临床意义。方法采集70例初代表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂(EGFR-TKI)耐药的NSCLC患者血浆标本。采用扩增阻滞突变系统(ARMS)和3D数字PCR进行EGFR T790M基因突变检测,如检测结果不同,则取同期组织蜡块标本采用ARMS进行验证。结果70例NSCLC患者血浆标本中,ARMS检出EGFR T790M突变30例,3D数字PCR检出EGFR T790M突变34例,其中4例3D数字PCR检测为EGFR T790M阳性,而ARMS显示为野生型。Kappa一致性检验和配对χ2检验结果显示,2种检测方法诊断结果存在较好的一致性(Kappa值为0.885,P<0.001)。结论3D数字PCR适用于检测NSCLC患者血浆EGFR T790M基因突变,并且能检测出ARMS漏检的病例。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 表皮生长因子受体 T790M 循环肿瘤DNA 3D数字聚合酶链反应
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基于3D-CS混沌系统的双DNA编码图像加密算法 被引量:3
6
作者 靳旭文 李国东 刘雯 《包装工程》 CAS 北大核心 2021年第3期259-269,共11页
目的为解决加密算法中明文与混沌系统密钥关联小,且置乱扩散不能同步进行造成的安全性低的问题。在结合Chebyshev和Sine映射的基础上,新建三维Chebyshev-Sine混沌映射系统(3D-CS),提出一种基于3D-CS混沌系统的双DNA编码图像加密算法。... 目的为解决加密算法中明文与混沌系统密钥关联小,且置乱扩散不能同步进行造成的安全性低的问题。在结合Chebyshev和Sine映射的基础上,新建三维Chebyshev-Sine混沌映射系统(3D-CS),提出一种基于3D-CS混沌系统的双DNA编码图像加密算法。方法设定二进制与四进制双重DNA编码,利用约瑟夫环变换对经过二进制DNA编码的图像RGB各层进行位置索引,同时完成置乱和扩散,然后将混沌系统产生的序列值经过处理后进行四进制DNA编码,最后将2种DNA序列进行加法运算后解码得到密文。结果仿真实验表明,索引序列和混沌序列通过了随机性检验,密文各层NPCR值分别为99.63%,99.61%,99.59%,UACI值分别为33.43%,33.44%,33.40%,信息熵分别为7.9992,7.9991,7.9993。结论所设计的混沌序列相较于其他混沌序列有一定优势,针对提出的问题有效提高了加密算法的安全性,密文能有效地抵御各种统计攻击与差分攻击。 展开更多
关键词 双DNA编码 约瑟夫环 RGB分层 三维Chebyshev-Sine混沌映射 图像加密
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基于3D打印和丝网印刷制作的电化学微流控反应器及其在DNA四面体上的应用
7
作者 张武凯 谢瑶 +6 位作者 靳聪 刘沛川 高月 姜丁瑞 张栩源 李茜 陈翔 《微纳电子技术》 CAS 北大核心 2023年第7期1139-1148,共10页
为了能够实现快速、低成本的制作电化学微流控反应器,并将其用于电化学合成DNA四面体,利用纳米材料结合丝网印刷技术构建低成本的pH敏感电极,利用3D打印技术制作牺牲层管道以及框架结构用于快速构建带有盐桥的微反应池,并开发了微型恒... 为了能够实现快速、低成本的制作电化学微流控反应器,并将其用于电化学合成DNA四面体,利用纳米材料结合丝网印刷技术构建低成本的pH敏感电极,利用3D打印技术制作牺牲层管道以及框架结构用于快速构建带有盐桥的微反应池,并开发了微型恒电位控制电路。实验结果表明,基于TiO2与Co3O4的丝网印刷pH敏感电极可以对2~12的pH值进行敏感测量,并且可以通过在其与Ag/AgCl电极之间施加恒电位逆向调控溶液的pH值。将基于3D打印结合丝网印刷制作的电化学微流控反应器搭配微型恒电位控制电路用于电化学合成DNA四面体。实验结果表明,该系统可合成不同碱基长度20 bp、26 bp、37 bp的DNA四面体,时间为6 min,相比于传统热法合成DNA四面体需要30 min,时间大为缩短。该种制作工艺可应用于电化学合成DNA四面体,并具有微型化、集成化、低成本制作电化学微流控反应器的发展潜力。 展开更多
关键词 3D打印 丝网印刷 电化学微流控反应器 DNA四面体 纳米材料 pH敏感电极
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基于深度域适应的共享单车需求预测
8
作者 王炜航 李丽红 +1 位作者 江航 张玉琢 《公路工程》 2024年第6期158-168,共11页
高精度的共享单车出行需求预测是精细化单车系统运营的关键,但骑行数据不易获取,且传统的研究也常常忽略交通需求变化的时间动态性和空间相关性。因此提出了一种借助注意力机制的深度时空域适应网络模型解决上述问题,命名为DTSA-GCN。首... 高精度的共享单车出行需求预测是精细化单车系统运营的关键,但骑行数据不易获取,且传统的研究也常常忽略交通需求变化的时间动态性和空间相关性。因此提出了一种借助注意力机制的深度时空域适应网络模型解决上述问题,命名为DTSA-GCN。首先,使用堆叠的3D时空图卷积层学习原始序列的数据表示,编码时空依赖,将源域和目标域嵌入到共同的潜在表示空间;其次,借助深度自适应网络(Deep Adaptive Networks,DAN)的思想,使用最大均值差异(Maximum Mean Difference,MMD)作为约束,学习两个域之间的可迁移特征;然后,通过注意力机制计算不同输入特征向量的权重;最后,使用一个全连接层对数据进行输出。通过公开的CitiBike数据集和NYCTaxi数据集的测试验证,结果表明,在60 min时间粒度划分下,所提出的预测模型得到3种均方根误差分别为0.711、0.542和0.046,相较于BP神经网络、长短期记忆神经网络(LSTM)、差分回归移动平均模型(ARIMA),均方根误差平均降低了61.7%,平均绝对误差平均降低了28.7%,平均绝对百分比误差平均降低了17.0%,证明DTSA-GCN模型能够通过有限的骑行数据表现出较好的预测效果,可以用作共享单车系统需求的预测模型。能够克服小样本数据对共享单车需求预测的局限,可为城市共享单车平衡调配提供技术参考。 展开更多
关键词 城市交通 共享单车需求预测 3D时空图卷积网络 DNA思想 小样本数据
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苏丹红Ⅰ、Ⅲ和Ⅳ对HepG-2细胞和SGC-7901细胞增殖的影响 被引量:20
9
作者 季宇彬 汲晨锋 +2 位作者 高世勇 郎朗 于蕾 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第6期1201-1207,共7页
研究苏丹红Ⅰ、Ⅲ和Ⅳ对人肝癌细胞HepG-2,胃癌细胞SGC-7901增殖的影响.利用激光共聚焦显微镜及三维图像分析HepG-2细胞受到苏丹红Ⅰ、Ⅲ和Ⅳ不同剂量作用后DNA和RNA含量的比值,流式细胞仪测定SGC-7901细胞DNA含量的变化,分析细胞周期... 研究苏丹红Ⅰ、Ⅲ和Ⅳ对人肝癌细胞HepG-2,胃癌细胞SGC-7901增殖的影响.利用激光共聚焦显微镜及三维图像分析HepG-2细胞受到苏丹红Ⅰ、Ⅲ和Ⅳ不同剂量作用后DNA和RNA含量的比值,流式细胞仪测定SGC-7901细胞DNA含量的变化,分析细胞周期的变化.结果表明,对照组细胞DNA/RNA比值为1.223 2±0.084 4,苏丹红Ⅰ、Ⅲ和Ⅳ处理后的HepG-2细胞DNA荧光染色强度明显高于RNA,以低剂量组的作用显著(p<0.01),其DNA/RNA比值分别为1.609 6±0.199 0,1.445 5±0.163 3,1.708 1±0.109 0.三维图表明,HepG-2细胞DNA荧光多聚集于细胞核区域,较RNA浓集、荧光强度大;可促进SGC-7901细胞由G1期进入S期和G2期,表现为G1期细胞平均DNA含量下降,S期DNA含量上升,G2期DNA含量上升,细胞增殖指数(PI)增加,S期细胞(SPF)指数增加.苏丹红Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ可以通过影响细胞周期,从而调节细胞的增殖活动,促进细胞分化增殖. 展开更多
关键词 苏丹红 共聚焦显微镜 流式细胞仪 细胞株 DNA/RNA 三维图像 细胞周期
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中药土贝母诱导人乳腺癌细胞凋亡的实时成像 被引量:5
10
作者 胡明昕 安超 +6 位作者 李泉旺 Robert M.Hoffman 赵明 杨萌 傅延龄 倪胜楼 胡凯文 《中华中医药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第7期1810-1814,共5页
目的:采用先进的荧光实时显像技术对中药土贝母植物块茎提取物抗乳腺癌作用进行评价。方法:MDA-MB-231人乳腺癌细胞被设计成为细胞质红色荧光蛋白(RFP)基因表达而细胞核组蛋白H2B绿色荧光蛋白(GFP)基因表达的双色荧光细胞,并分别在2D平... 目的:采用先进的荧光实时显像技术对中药土贝母植物块茎提取物抗乳腺癌作用进行评价。方法:MDA-MB-231人乳腺癌细胞被设计成为细胞质红色荧光蛋白(RFP)基因表达而细胞核组蛋白H2B绿色荧光蛋白(GFP)基因表达的双色荧光细胞,并分别在2D平面塑料平皿及3D立体明胶海绵块两种不同的培养环境中培养,经土贝母鲜品二氯甲烷提取物(DEFT)干预后,荧光共聚焦显微镜下观察细胞形态及核碎片形成的情况;DNA电泳方法进一步检测细胞凋亡。结果:土贝母鲜品二氯甲烷提取物作用24h后荧光显微镜下即观察到MDA-MB-231细胞出现凋亡的形态学改变;DNA电泳在药物干预48h后检测到凋亡的DNA碎片梯带,72h后更加明显;3D明胶海绵培养的MDA-MB-231细胞经实验药物作用后其形态学改变的效果不如2D环境下明显。结论:土贝母鲜品二氯甲烷提取成分具有抗乳腺癌治疗的潜能。 展开更多
关键词 土贝母鲜品二氯甲烷提取物 双色荧光蛋白 双色人乳腺癌细胞MDA-MB-231 实时荧光显微成像 明胶海绵3D培养 DNA电泳 凋亡
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纳米TiO_2对人淋巴细胞DNA损伤的研究 被引量:1
11
作者 李卫红 徐厚君 +2 位作者 白云 李清钊 姚林 《中国工业医学杂志》 CAS 北大核心 2009年第3期178-180,共3页
目的探讨一维及三维纳米TiO2和常规TiO2的遗传毒性。方法人离体淋巴细胞培养,采用不同剂量三种不同材料的TiO2染毒,通过观察淋巴细胞转化率,并结合单细胞凝胶电泳实验、微核实验测定细胞DNA损伤。结果淋巴细胞转化率各染毒组与阴性对照... 目的探讨一维及三维纳米TiO2和常规TiO2的遗传毒性。方法人离体淋巴细胞培养,采用不同剂量三种不同材料的TiO2染毒,通过观察淋巴细胞转化率,并结合单细胞凝胶电泳实验、微核实验测定细胞DNA损伤。结果淋巴细胞转化率各染毒组与阴性对照差异为无统计学意义;单细胞凝胶电泳实验显示1D TiO2拖尾率与常规TiO2相比差异无统计学意义,3D TiO2与常规TiO2之间的差异有统计学意义(P<0.05);TiO2染毒各个剂量组的微核率与阴性对照差异均无统计学意义。结论3D TiO2具有一定的遗传毒性,而1D TiO2表现不明显。 展开更多
关键词 纳米材料 1DTiO2 3DTiO2 淋巴细胞 DNA损伤
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一种动态密钥与DNA交错编码的多图像加密算法 被引量:2
12
作者 陈善学 杜文正 任丽丹 《电讯技术》 北大核心 2023年第4期529-535,共7页
针对目前多图像加密算法中置乱效果不佳、DNA编码模式固定及密钥更新方式实用性低等问题,提出了一种基于动态密钥更新与DNA动态交错编码的加密方案。首先,设计了一种利用SHA-256的动态密钥更新方案,通过限制新密钥中的明文信息量摆脱一... 针对目前多图像加密算法中置乱效果不佳、DNA编码模式固定及密钥更新方式实用性低等问题,提出了一种基于动态密钥更新与DNA动态交错编码的加密方案。首先,设计了一种利用SHA-256的动态密钥更新方案,通过限制新密钥中的明文信息量摆脱一次一密的密钥系统。其次,改进了三维循环移位置乱方法,并以此降低明文中的相关性。随后,根据混沌序列动态选取DNA编码规则及编码顺序,并在此基础上将图像矩阵逐像素动态交错编码为DNA序列。最后,将编码后的DNA序列与给定序列进行碱基运算完成对明文图像的加密。仿真实验表明,该算法密文图像的相关性可低至10-3,全局信息熵可达7.9994。该算法能抵挡各种攻击方式,具有较高安全性。 展开更多
关键词 图像加密 Lorenz超混沌系统 DNA编码 三维循环移位
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法医DNA面部分子画像技术研究进展及展望 被引量:1
13
作者 赵雯婷 江丽 +4 位作者 刘京 赵蕾 马新 季安全 李彩霞 《刑事技术》 2017年第4期259-263,共5页
在犯罪案件侦查过程中,总有现场物证DNA无法通过数据库、嫌疑人样本和大规模排查比中已知个体的情况,从而使得案件侦破陷入被动,甚至导致悬案、积案的出现。为了给案件提供更多侦查线索,深入挖掘生物检材中的遗传信息,DNA来源人的面部... 在犯罪案件侦查过程中,总有现场物证DNA无法通过数据库、嫌疑人样本和大规模排查比中已知个体的情况,从而使得案件侦破陷入被动,甚至导致悬案、积案的出现。为了给案件提供更多侦查线索,深入挖掘生物检材中的遗传信息,DNA来源人的面部表型特征刻画成为近年来法医学的研究热点。人类面部形态特征具有很高的遗传保守性,早期研究所发现的面部相关基因位点多数与先天遗传病或生长发育相关,如非综合征性唇腭裂NSCL/P相关基因、PAX3、FGF和GHR基因等,常用分析方法为传统性状研究所使用的单变量标量分析法。近年来出现的三维图像解析和高密度整体特征分析等技术显著促进了DNA面部特征刻画研究的进展。本文综述DNA面部分子画像技术的研究背景和最新进展,并对该技术服务于实战的可行性和存在的问题进行分析。 展开更多
关键词 法医DNA 面部分子画像 面部形态特征 SNP 预测模型
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Fractal Networks of Real Worlds of Fluorescing DNA in Complete Set of Chromosomes inside Blood Cells for Medical Diagnostics
14
作者 Nikolay E. Galich 《Open Journal of Biophysics》 2013年第4期232-244,共13页
We analyze fluorescence due to oxidizing activity of DNA in neutrophils of peripheral blood in the large populations ~104 - 105 of cells. Fluorescence is registered by flow cytometry method. Spatial resolution is abou... We analyze fluorescence due to oxidizing activity of DNA in neutrophils of peripheral blood in the large populations ~104 - 105 of cells. Fluorescence is registered by flow cytometry method. Spatial resolution is about a few nanometers for varied complex three-dimensional (3D) DNA nanostructures of all non-coding and coding parts of DNA. It’s shown that oxidative activity of all 3D DNA in the full set of chromosomes inside cells is defined by new standards for complex networks of “exponentially small worlds”, with more dense packing than in the well known networks of “small worlds”. Analysis of various blood samples in vivo and during medical treatment shown that only two classes of Good and Bad Networks of DNA for a good and a bad health existed. This division is defined by any network to one from two classes of “n” or “s” shaped curves for typical deviations and from straight line in perfect networks of “exponentially small worlds”, as for two types of hysteresis curves at phase transitions or at switching of bistability. These deviations coincide with two types of positive and negative trends of changing fractal dimension by changing the scales of multi-scale networks of fluorescing DNA. These trends give the overall assessments of human immunity, including hidden and unidentified diseases, and as a sum of all kinds of health and illness of given person, from the point of view the inner life of neutrophils, living in different parts of human body in given time. Characteristics of deviations associated with type, level and complexity of illness in the dependence on 展开更多
关键词 Abnormal Fractals in DNA ACTIVITY Complex NETWORKS of 3d-dna Diagnostics and Hysteresis in FRACTAL NETWORKS of DNA DNA Packing NETWORKS of “Exponentially Small Worlds” Shannon-Weaver Biodiversity of DNA ACTIVITY INSIDE Cells
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k-长DNA子序列频数分布研究 被引量:1
15
作者 王树林 王戟 +1 位作者 陈火旺 张鼎兴 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期177-196,共20页
在详细阐述了生成DNA序列分形图像的Hao方法后,提出一种能够直观显示k-长DNA子序列频数分布差异性的三维频数分布图生成方法。把3D频数分布图转化为1D对数频谱图,突出显示了频数分布的局部特征,提出k-长DNA子序列频数区划分准则,并详细... 在详细阐述了生成DNA序列分形图像的Hao方法后,提出一种能够直观显示k-长DNA子序列频数分布差异性的三维频数分布图生成方法。把3D频数分布图转化为1D对数频谱图,突出显示了频数分布的局部特征,提出k-长DNA子序列频数区划分准则,并详细研究了甚高频数区的n阶零间隔现象,指出n阶零间隔分布就是基因组进化过程所留痕迹的假设,并给出对数频谱图特征的生物学解释。实验发现许多DNA序列频数概率分布近似服从非中心F分布,对于分布呈多峰现象的基因组序列,可采用多个非中心F分布的叠加来拟合。在比较非中心F分布与Gamma分布后,提出一种结合二者在拟合方面具有互补优势的新分布,实验证明这种新分布能够更好地吻合实际DNA序列的频数分布。最后研究了两种特异出现频数(最高出现频数与出现频数为1的k-长子序列个数)与k值的关系,发现不同物种的这两种关系具有良好的一致性。 展开更多
关键词 DNA序列 k-长DNA子序列 三维频数分布图 非中心F分布 分形 n阶零间隔
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用于DNA计算的微流控制系统研究进展
16
作者 石晓龙 许智榜 殷志祥 《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2007年第3期221-222,261,共3页
分析了应用于生物工程目的微机电系统——微流控制系统在DNA计算机研究中的相关进展。从对DNA及蛋白质分子的操控及检测两个方面介绍了微流控制系统的研究进展,论述了微流控制系统向复杂化、空间结构三维化的发展方向。分析了国内外对... 分析了应用于生物工程目的微机电系统——微流控制系统在DNA计算机研究中的相关进展。从对DNA及蛋白质分子的操控及检测两个方面介绍了微流控制系统的研究进展,论述了微流控制系统向复杂化、空间结构三维化的发展方向。分析了国内外对显微结构下目标三维检测的最新研究进展,针对DNA计算中的输入输出问题给出了微流控制解决方案。 展开更多
关键词 DNA计算机 微机电系统 计算机视觉 三维检测
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多重金属离子检测用三维石墨烯电化学生物传感器敏感膜的构筑 被引量:4
17
作者 任素云 吉鸿飞 +2 位作者 张治红 王明花 何领好 《轻工学报》 CAS 2016年第3期14-20,共7页
采用氧化还原法制备出三维石墨烯,在对其氨基功能化的基础上,利用静电吸附作用,将单链DNA固定在氨基化三维石墨烯(G-NH2)表面,通过与重金属离子(Ag+,Hg2+,Cu2+)配合形成双链DNA.采用TEM和SEM对三维石墨烯进行表征,同时利用AFM和XPS对G-... 采用氧化还原法制备出三维石墨烯,在对其氨基功能化的基础上,利用静电吸附作用,将单链DNA固定在氨基化三维石墨烯(G-NH2)表面,通过与重金属离子(Ag+,Hg2+,Cu2+)配合形成双链DNA.采用TEM和SEM对三维石墨烯进行表征,同时利用AFM和XPS对G-NH2固定DNA前后的表面形貌和化学元素组成进行测试.结果表明氨基化三维石墨烯表面比较平整光滑,XPS的信号峰发生变化证明了DNA已成功地固定到G-NH2上.采用电化学交流阻抗法(EIS)对DNA固定和重金属离子检测前后三维石墨烯自组装膜的电化学性能变化进行分析.结果表明,DNA固定后及重金属离子检测前后,膜的界面电荷转移电阻值均发生明显变化.本文制备的三维石墨烯材料可用作电化学生物传感器敏感膜以吸附生物分子,并可同时进行多种重金属离子的检测. 展开更多
关键词 三维石墨烯 自组装膜 DNA 重金属离子检测 电化学生物传感器
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DNA纳米颗粒共聚体在图的连通度问题中的应用 被引量:1
18
作者 王艳钗 张会 董亚非 《电子学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第7期1561-1566,共6页
本文提出了一种利用DNA纳米金颗粒共聚体的自组装过程解决图论中一个NP完全问题—连通度问题的DNA计算方法,构建了解决图的连通度问题的三维DNA自组装计算模型.根据设计的算法,首先需要根据具体的图的连通度问题设计用于自组装的DNA纳... 本文提出了一种利用DNA纳米金颗粒共聚体的自组装过程解决图论中一个NP完全问题—连通度问题的DNA计算方法,构建了解决图的连通度问题的三维DNA自组装计算模型.根据设计的算法,首先需要根据具体的图的连通度问题设计用于自组装的DNA纳米金颗粒共聚体,然后根据算法经过一系列实验设计来求解连通度问题.本文利用Visual DSD仿真该实验的可行性,为下一步DNA自组装计算模型的应用提供了可行的方案. 展开更多
关键词 DNA计算 DNA纳米金颗粒 图的连通度 三维模型
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CRISPR/Cas9基因编辑在三维基因组研究中的应用 被引量:8
19
作者 刘沛峰 吴强 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期18-31,共14页
CRISPR/Cas9系统在基因编辑方面具有巨大优势,能够低成本、可编程、方便快捷地用于动物、植物以及微生物的基因组靶向编辑和功能改造。三维基因组学是近年来兴起的一门研究染色质高级结构动态调控及基因组生物学功能的交叉学科。在三维... CRISPR/Cas9系统在基因编辑方面具有巨大优势,能够低成本、可编程、方便快捷地用于动物、植物以及微生物的基因组靶向编辑和功能改造。三维基因组学是近年来兴起的一门研究染色质高级结构动态调控及基因组生物学功能的交叉学科。在三维基因组研究中,通常采用对DNA片段进行基因编辑以模拟基因组结构性变异,标记特定DNA片段,进而研究调控元件对于基因调控、细胞分化、组织发生、器官形成、个体发育的影响,最终阐明三维基因组的组装调控机制和生物学功能。因此,CRISPR及其衍生技术为研究三维基因组提供了极好的遗传学工具。本文主要综述了CRISPR片段编辑及其衍生技术在三维基因组调控与功能研究中的应用,以期为后续研究工作提供理论参考以及新的研究思路。 展开更多
关键词 CRISPR/Cas9系统 三维基因组 DNA片段编辑 染色质重排 Cas9核酸酶内切机制
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市售乌梢蛇及其常见混淆品的鳞片微形态鉴别研究 被引量:4
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作者 郭利霄 齐兰婷 +4 位作者 苏畅 郑倩 赵建成 侯芳洁 郑玉光 《中国现代应用药学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第14期1698-1703,共6页
目的通过对乌梢蛇的头部及体部鳞片的微形态鉴别,将乌梢蛇与其常见的混淆品进行区分,为乌梢蛇药材和饮片的鉴别提供依据。方法用VHX-6000数码成像显微镜对乌梢蛇及其混淆品的头部鳞片进行3D观察,采用景深合成技术与大图拼接技术相结合,... 目的通过对乌梢蛇的头部及体部鳞片的微形态鉴别,将乌梢蛇与其常见的混淆品进行区分,为乌梢蛇药材和饮片的鉴别提供依据。方法用VHX-6000数码成像显微镜对乌梢蛇及其混淆品的头部鳞片进行3D观察,采用景深合成技术与大图拼接技术相结合,拍摄高清特征图。用光学显微镜对体部鳞片的端窝、薄膜囊、乳头突以及纵直纹理进行观察,并通过成像系统拍摄其特征图。最后通过DNA条形码技术对以上结果进行验证,保证微形态鉴别的准确性和可靠性。结果市场上乌梢蛇品种混乱,主要有以下几种伪品:滑鼠蛇、灰鼠蛇、Cerberus rynchops(Colubridae)、王锦蛇、黑眉锦蛇等,与之前报道的伪品有所不同。结论通过微形态鉴别能够很好区分乌梢蛇及其混淆品药材和饮片,并且鉴别特征稳定不易发生变化。 展开更多
关键词 乌梢蛇 3D景深合成技术 微形态鉴别 DNA鉴别
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