目的:构建中草药来源的目标微小RNA(microRNA,miR)在小鼠肺组织中的靶基因谱检测方法,利用该方法检测清肺排毒汤所含miR-320—靶基因谱及其生物学功能,为清肺排毒汤治疗病毒性肺炎的分子机制补充miR维度的数据支撑。方法:采用二代高通...目的:构建中草药来源的目标微小RNA(microRNA,miR)在小鼠肺组织中的靶基因谱检测方法,利用该方法检测清肺排毒汤所含miR-320—靶基因谱及其生物学功能,为清肺排毒汤治疗病毒性肺炎的分子机制补充miR维度的数据支撑。方法:采用二代高通量测序测定目标miR(miR-320)在清肺排毒汤中的表达情况,利用“结合态miR—靶基因抓取测序技术(capturing and sequencing of miRNA-target complex technology,CSCT)”初步检测其在小鼠肺组织中的靶基因谱,并采用Alphafold3验证检测结果,取其交集作为目标miR的靶基因谱;进而分析靶基因谱的功能,阐释清肺排毒汤通过miR-320在小鼠肺组织中的调控功能;此外,将检测结果与TargetScan的预测结果进行比对,验证本检测方法(CSCT+Alphafold3序贯检测法)的优势。结果:高通量测序结果表明清肺排毒汤中富含miR-320,其表达含量居前50位。miR-320在小鼠肺组织中可作用于26类靶基因,其中19类为已知基因(18类为mRNA以及1类为转录增强子),其主要通过miR经典作用模式识别靶基因,与26类靶基因具有良好的碱基互补性,最小自由能在-35.8~-21.8 kcal·mol^(-1)之间;Alphafold3预测的靶基因的iPTM和PTM之和最小值为1.1,位于高置信度区域,100%验证了CSCT的检测结果,据此确证26类靶基因为miR-320作用谱;与TargetScan相比,本研究构建的“CSCT+Alphafold3序贯检测法”对于靶基因谱的检测准确率更高。这些靶基因具有多种功能,主要富集于白介素介导的免疫信号通路,在抗原处理与提呈、免疫因子或细胞介导的细胞凋亡、淋巴细胞增殖与活化等生物学过程中发挥作用。结论:清肺排毒汤所含miR-320在小鼠肺组织内主要富集于免疫调节相关通路,这可能是清肺排毒汤治疗病毒性肺炎的miR分子机制之一;本研究构建的“CSCT+Alphafold3”法对于miR靶基因谱的检测具有较高的可靠性和准确性,可作为中药汤剂中miR—靶基因互作谱检测技术。展开更多
目的 探析Xα1型胶原蛋白(collagen type X alpha 1,COL10A1)、微小RNA(microRNA,miRNA)-21、miRNA-320c表达水平对胃癌腹膜转移及预后的预测效能。方法 回顾性分析内蒙古医科大学附属肿瘤医院2023年7月至2024年9月收治的120例胃癌患者...目的 探析Xα1型胶原蛋白(collagen type X alpha 1,COL10A1)、微小RNA(microRNA,miRNA)-21、miRNA-320c表达水平对胃癌腹膜转移及预后的预测效能。方法 回顾性分析内蒙古医科大学附属肿瘤医院2023年7月至2024年9月收治的120例胃癌患者的临床资料。治疗后采用门诊及电话随访形式随访患者预后结局,并根据是否发生腹膜转移分为腹膜转移组和无腹膜转移组;根据预后结局分为不良组和良好组。采用酶联免疫法检测COL10A1;采用qRT-PCR检测miRNA-21、miRNA-320c。对比腹膜转移组、无腹膜转移组临床特征、血清COL10A1、miRNA-21、miRNA-320c;对比不同预后胃癌患者血清COL10A1、miRNA-21、miRNA-320c表达水平;采用Cox单因素及多因素对胃癌预后影响因素进行逐步回归分析;采用ROC分析血清COL10A1、miRNA-21、miRNA-320c对胃癌预后的预测效能。结果 120例胃癌患者中,腹膜转移31例,无腹膜转移89例。腹膜转移组TNM分期高于无腹膜转移组(P<0.05)。腹膜转移组血清COL10A1、miRNA-21、miRNA-320c均高于无腹膜转移组(P<0.05)。120例胃癌患者中,不良组42例,良好组78例。不良组血清COL10A1、miRNA-21、miRNA-320c均高于良好组(P<0.05)。Cox单因素显示,TNM分期、腹膜转移、淋巴结转移、COL10A1、miRNA-21、miRNA-320c与胃癌患者预后相关(均P<0.05);多因素显示,TNM分期、腹膜转移、COL10A1、miRNA-21、miRNA-320c是影响胃癌患者预后的独立危险因素(均P<0.05)。ROC曲线显示,血清COL10A1、miRNA-21、miRNA-320c联合预测胃癌预后结局的灵敏度及特异度分别为89.45%、92.34%,AUC达0.921,高于COL10A1(P=0.011)、miRNA-21(P=0.023)及miRNA-320c(P=0.015)单独诊断。结论 血清COL10A1、miRNA-21、miRNA-320c在胃癌腹膜转移及不良预后患者中呈高表达水平,且上述指标为胃癌患者不良预后危险因素,联合应用对预后结局有着较高预测效能。展开更多
文摘目的:构建中草药来源的目标微小RNA(microRNA,miR)在小鼠肺组织中的靶基因谱检测方法,利用该方法检测清肺排毒汤所含miR-320—靶基因谱及其生物学功能,为清肺排毒汤治疗病毒性肺炎的分子机制补充miR维度的数据支撑。方法:采用二代高通量测序测定目标miR(miR-320)在清肺排毒汤中的表达情况,利用“结合态miR—靶基因抓取测序技术(capturing and sequencing of miRNA-target complex technology,CSCT)”初步检测其在小鼠肺组织中的靶基因谱,并采用Alphafold3验证检测结果,取其交集作为目标miR的靶基因谱;进而分析靶基因谱的功能,阐释清肺排毒汤通过miR-320在小鼠肺组织中的调控功能;此外,将检测结果与TargetScan的预测结果进行比对,验证本检测方法(CSCT+Alphafold3序贯检测法)的优势。结果:高通量测序结果表明清肺排毒汤中富含miR-320,其表达含量居前50位。miR-320在小鼠肺组织中可作用于26类靶基因,其中19类为已知基因(18类为mRNA以及1类为转录增强子),其主要通过miR经典作用模式识别靶基因,与26类靶基因具有良好的碱基互补性,最小自由能在-35.8~-21.8 kcal·mol^(-1)之间;Alphafold3预测的靶基因的iPTM和PTM之和最小值为1.1,位于高置信度区域,100%验证了CSCT的检测结果,据此确证26类靶基因为miR-320作用谱;与TargetScan相比,本研究构建的“CSCT+Alphafold3序贯检测法”对于靶基因谱的检测准确率更高。这些靶基因具有多种功能,主要富集于白介素介导的免疫信号通路,在抗原处理与提呈、免疫因子或细胞介导的细胞凋亡、淋巴细胞增殖与活化等生物学过程中发挥作用。结论:清肺排毒汤所含miR-320在小鼠肺组织内主要富集于免疫调节相关通路,这可能是清肺排毒汤治疗病毒性肺炎的miR分子机制之一;本研究构建的“CSCT+Alphafold3”法对于miR靶基因谱的检测具有较高的可靠性和准确性,可作为中药汤剂中miR—靶基因互作谱检测技术。
文摘目的 探析Xα1型胶原蛋白(collagen type X alpha 1,COL10A1)、微小RNA(microRNA,miRNA)-21、miRNA-320c表达水平对胃癌腹膜转移及预后的预测效能。方法 回顾性分析内蒙古医科大学附属肿瘤医院2023年7月至2024年9月收治的120例胃癌患者的临床资料。治疗后采用门诊及电话随访形式随访患者预后结局,并根据是否发生腹膜转移分为腹膜转移组和无腹膜转移组;根据预后结局分为不良组和良好组。采用酶联免疫法检测COL10A1;采用qRT-PCR检测miRNA-21、miRNA-320c。对比腹膜转移组、无腹膜转移组临床特征、血清COL10A1、miRNA-21、miRNA-320c;对比不同预后胃癌患者血清COL10A1、miRNA-21、miRNA-320c表达水平;采用Cox单因素及多因素对胃癌预后影响因素进行逐步回归分析;采用ROC分析血清COL10A1、miRNA-21、miRNA-320c对胃癌预后的预测效能。结果 120例胃癌患者中,腹膜转移31例,无腹膜转移89例。腹膜转移组TNM分期高于无腹膜转移组(P<0.05)。腹膜转移组血清COL10A1、miRNA-21、miRNA-320c均高于无腹膜转移组(P<0.05)。120例胃癌患者中,不良组42例,良好组78例。不良组血清COL10A1、miRNA-21、miRNA-320c均高于良好组(P<0.05)。Cox单因素显示,TNM分期、腹膜转移、淋巴结转移、COL10A1、miRNA-21、miRNA-320c与胃癌患者预后相关(均P<0.05);多因素显示,TNM分期、腹膜转移、COL10A1、miRNA-21、miRNA-320c是影响胃癌患者预后的独立危险因素(均P<0.05)。ROC曲线显示,血清COL10A1、miRNA-21、miRNA-320c联合预测胃癌预后结局的灵敏度及特异度分别为89.45%、92.34%,AUC达0.921,高于COL10A1(P=0.011)、miRNA-21(P=0.023)及miRNA-320c(P=0.015)单独诊断。结论 血清COL10A1、miRNA-21、miRNA-320c在胃癌腹膜转移及不良预后患者中呈高表达水平,且上述指标为胃癌患者不良预后危险因素,联合应用对预后结局有着较高预测效能。
