【目的】分析新疆圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)和3型(Porcine circovirus type 3,PCV3)的流行状况。【方法】在2022年10月~2023年9月,采用荧光定量PCR对采集的7个规模化养猪场的1403份样品进行检测和测序。【结果】PCV...【目的】分析新疆圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)和3型(Porcine circovirus type 3,PCV3)的流行状况。【方法】在2022年10月~2023年9月,采用荧光定量PCR对采集的7个规模化养猪场的1403份样品进行检测和测序。【结果】PCV2总体阳性率为3.20%(45/1403),PCV3总体阳性率为33.00%(463/1403),PCV2和PCV3混合感染率为7.84%(11/1403)。C场PCV2和PCV3阳性检出率最高,PCV2为7.46%(10/134),PCV3为64.18%(36/134),PCV2和PCV3混合感染率为3.73%(5/134)。乳猪睾丸液检出PCV2和PCV3阳性率最高,PCV2阳性率为4.78%(25/523);PCV3检出率为57.36%(300/523)。PCV2和PCV3在一年四季中检出率均较高,且PCV3毒株为PCV3b和PCV3c型。【结论】新疆部分规模化养猪场中存在PCV3感染,PCV3流行率远高于PCV2,PCV3流行毒株为PCV3b和PCV3c型。展开更多
旨在了解近年来我国猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)的分子流行病学特征和遗传变异情况。本研究选取GenBank数据库中168个国内(收录于2017—2023年)和9个国外PCV3基因组序列,利用生物信息学软件对其进行系统发育树构建...旨在了解近年来我国猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)的分子流行病学特征和遗传变异情况。本研究选取GenBank数据库中168个国内(收录于2017—2023年)和9个国外PCV3基因组序列,利用生物信息学软件对其进行系统发育树构建、核苷酸同源性比对、氨基酸序列比对、抗原表位预测以及基因重组等分析,以期阐明PCV3在我国的传播及遗传进化规律。结果显示,我国PCV3的基因型可被划分为两个亚型,即PCV3a和PCV3b,且PCV3a和PCV3b均可进一步划分为不同的基因簇:PCV3a-1~PCV3a-3和PCV3b-1~PCV3b-5,其中PCV3a-1和PCV3b-2数量最多,占比最高;177个PCV3的全基因组序列相似性在98.3%~100%之间,其ORF2基因编码的氨基酸序列存在3个主要的点突变区,无碱基缺失和插入等情况。此外,基因重组分析表明,这些PCV3全基因组序列之间仅存在1个可能的重组事件,说明目前我国PCV3流行的基因型处于一个相对稳定的阶段。综上,本研究通过严格标准界定寻找到一种未来很可能被广泛认可的基因分型方法,且基于这种基因分型方法再对2017—2023年我国PCV3的遗传变异情况进行分析时所得到的结果较为可靠,这一结果不仅为未来PCV3的遗传变异分析研究提供了统一框架,更为进一步揭示PCV3的分子流行病学特征、遗传多样性和疫苗设计及防控策略的制定提供了基础资料。展开更多
基金国家自然科学基金联合基金项目(U21A20485)浙江省高等教育“十四五”本科教育教学改革项目(jg20220019)+3 种基金浙江省产学合作协同育人项目(202018)浙江大学2023年度本科教学创新实践项目重点项目(202309)浙江省基础公益研究计划项目(LGG22F030008)浙江大学第一批AI For Education系列实证教学研究项目(202402)。
文摘【目的】分析新疆圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)和3型(Porcine circovirus type 3,PCV3)的流行状况。【方法】在2022年10月~2023年9月,采用荧光定量PCR对采集的7个规模化养猪场的1403份样品进行检测和测序。【结果】PCV2总体阳性率为3.20%(45/1403),PCV3总体阳性率为33.00%(463/1403),PCV2和PCV3混合感染率为7.84%(11/1403)。C场PCV2和PCV3阳性检出率最高,PCV2为7.46%(10/134),PCV3为64.18%(36/134),PCV2和PCV3混合感染率为3.73%(5/134)。乳猪睾丸液检出PCV2和PCV3阳性率最高,PCV2阳性率为4.78%(25/523);PCV3检出率为57.36%(300/523)。PCV2和PCV3在一年四季中检出率均较高,且PCV3毒株为PCV3b和PCV3c型。【结论】新疆部分规模化养猪场中存在PCV3感染,PCV3流行率远高于PCV2,PCV3流行毒株为PCV3b和PCV3c型。
文摘旨在了解近年来我国猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)的分子流行病学特征和遗传变异情况。本研究选取GenBank数据库中168个国内(收录于2017—2023年)和9个国外PCV3基因组序列,利用生物信息学软件对其进行系统发育树构建、核苷酸同源性比对、氨基酸序列比对、抗原表位预测以及基因重组等分析,以期阐明PCV3在我国的传播及遗传进化规律。结果显示,我国PCV3的基因型可被划分为两个亚型,即PCV3a和PCV3b,且PCV3a和PCV3b均可进一步划分为不同的基因簇:PCV3a-1~PCV3a-3和PCV3b-1~PCV3b-5,其中PCV3a-1和PCV3b-2数量最多,占比最高;177个PCV3的全基因组序列相似性在98.3%~100%之间,其ORF2基因编码的氨基酸序列存在3个主要的点突变区,无碱基缺失和插入等情况。此外,基因重组分析表明,这些PCV3全基因组序列之间仅存在1个可能的重组事件,说明目前我国PCV3流行的基因型处于一个相对稳定的阶段。综上,本研究通过严格标准界定寻找到一种未来很可能被广泛认可的基因分型方法,且基于这种基因分型方法再对2017—2023年我国PCV3的遗传变异情况进行分析时所得到的结果较为可靠,这一结果不仅为未来PCV3的遗传变异分析研究提供了统一框架,更为进一步揭示PCV3的分子流行病学特征、遗传多样性和疫苗设计及防控策略的制定提供了基础资料。
