利用2b-RAD测序结合HRM分析技术开发与梨矮生性状相关的DNA分子标记 被引量：4

1

作者 肖玉雄 王彩虹 +3 位作者 田义轲 杨绍兰 李鼎立 张海月 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第15期3006-3012,共7页

【目的】果树的矮生性状是一种重要的农艺性状,对果树的集约化栽培具有重要意义。来自西洋梨实生变异品种‘Le Nain Vert’的矮生性状受控于一个单显性基因Pc Dw,目前关于该基因的序列信息等还不清楚。本研究的目的是开发与其紧密连锁的... 【目的】果树的矮生性状是一种重要的农艺性状,对果树的集约化栽培具有重要意义。来自西洋梨实生变异品种‘Le Nain Vert’的矮生性状受控于一个单显性基因Pc Dw,目前关于该基因的序列信息等还不清楚。本研究的目的是开发与其紧密连锁的DNA分子标记,为鉴定该基因提供依据。【方法】根据分离群体分组分析的原理,以‘矮生梨’ב茌梨’和‘2-3’ב绿宝石’2个F1杂交分离群体为试材,应用IIB型限制性内切酶的RAD技术(Restriction association site DNA,2b-RAD)对2对矮生型/普通型对比基因池进行基因组测序分析,在对比基因池间筛选出单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)位点,从中筛查出位于Pc Dw定位染色体上的SNPs,用高分辨率熔解曲线分析技术(High-resolution melting analysis,HRM)在群体上进一步检测验证,以确定其与Pc Dw位点的连锁关系。【结果】对4个样本(即4个对比基因池)的2b-RAD标签测序文库的测序结果共产生67 186 260条reads,平均每个样本测序reads数为16 796 565。将原始reads进行质量过滤后的统计结果表明,每个样本获得平均unique标签数目为86 810,平均测序深度为77×,该测序深度能够达到准确分型的标准。SOAP软件定位结果表明,4个测序文库中含有酶切位点的高质量reads占测序原始reads的70%以上,表明测序质量较好。在来自2个不同群体的矮生型基因池与普通型基因池间进行对比分析,初步筛选出SNP位点1 317个,其中有8个位于PcDw的定位染色体scaffold00074上。用HRM技术对这8个SNP标记在群体上的进一步检测结果表明,在‘矮生梨’ב茌梨’群体上有2个SNP标记、在‘2-3’ב绿宝石’群体上有4个SNP标记表现出与Pc Dw位点共分离的特性,根据其扩增子的熔解曲线形状差异,可有效区分矮生型和普通型表型。在来自‘矮生梨’ב茌梨’群体的215个杂种后代和来自‘2-3’ב绿宝石’群体的168个杂种后代中,未发现有标记与性状的重组类型。【结论】2b-RAD测序技术与HRM分析技术相结合,进行果树重要农艺性状分子标记的开发,是一种行之有效的方法。基于这一策略,本研究鉴定获得了4个与西洋梨矮生性状单显性基因Pc Dw连锁的SNP标记。 展开更多

关键词 梨 矮生性状 PcDw SNP标记 2b-rad HRM

在线阅读 下载PDF 职称材料

我国不同地区猪源致泻性大肠杆菌的多重PCR鉴定及2b-RAD序列分析 被引量：2

2

作者 李月华 赵建梅 +5 位作者 黄秀梅 王娟 曲志娜 赵格 刘俊辉 王君玮 《中国动物检疫》 CAS 2020年第9期46-50,68,共6页

为了解我国不同地区屠宰生猪肉品中致泻性大肠杆菌污染情况及系统进化关系,降低由其带来的公共卫生危害,将近几年分离自华北、华东、华中及西南地区猪屠体表面的283株大肠杆菌进行了致泻性大肠杆菌多重PCR鉴定及2b-RAD测序分型。多重PC... 为了解我国不同地区屠宰生猪肉品中致泻性大肠杆菌污染情况及系统进化关系,降低由其带来的公共卫生危害,将近几年分离自华北、华东、华中及西南地区猪屠体表面的283株大肠杆菌进行了致泻性大肠杆菌多重PCR鉴定及2b-RAD测序分型。多重PCR鉴定结果显示,共检出36株致泻性大肠杆菌,检出率为12.7%,其中西南地区检出率(26.92%)高于华北(13.33%)、华东(10.57%)和华中(10.81%)地区;5种致泻类型中,产肠毒素大肠杆菌(ETEC)、肠致泻性大肠杆菌(EPEC)、肠聚集性大肠杆菌(EAEC)、肠出血性大肠杆菌(EHEC)和肠侵袭性大肠杆菌(EIEC)的占比分别为33.33%、30.56%、25.00%、5.56%和5.56%。将致泻性大肠杆菌进行2b-RAD测序,种群聚类分析显示,这36株致泻菌可分为8个亚群;系统发生树分析显示,亲缘关系较近菌株的致泻类型基本一致,分离时间也比较接近,而且来自同一地区菌株的亲缘关系相对较近。可见,我国屠宰生猪肉品中污染的致泻性大肠杆菌以ETEC、EPEC和EAEC类型为主,其流行分布有一定的地域差异,且其亲缘关系呈一定的时空特异性。本研究为精准防控生猪屠宰环节致泻性大肠杆菌污染,保障肉品卫生安全提供了科学数据和技术支撑。 展开更多

关键词 致泻性大肠杆菌 生猪 多重PCR 2b-rad测序

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于2b-RAD技术的糯玉米品种‘沪玉糯3号’特异SNP分子标记开发 被引量：1

3

作者 卢媛 韩晴 +2 位作者 王义发 施标 沈雪芳 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期573-582,共10页

利用2b-RAD (type IIB endonucleases restriction-site associated DNA)技术对糯玉米品种‘沪玉糯3号’及其亲本进行简化基因组测序。通过与玉米‘B73’参考基因组序列进行比对,在3个糯玉米样品的共同测序标签内筛选出20 498个单核苷... 利用2b-RAD (type IIB endonucleases restriction-site associated DNA)技术对糯玉米品种‘沪玉糯3号’及其亲本进行简化基因组测序。通过与玉米‘B73’参考基因组序列进行比对,在3个糯玉米样品的共同测序标签内筛选出20 498个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点,并基于RADtyping分型策略对它们进行基因型分型。对其中20 333个位于玉米10条染色体上的SNP位点的基因型进行分析,开发出6个可用于‘沪玉糯3号’品种特异性鉴定的SNP分子标记。 展开更多

关键词 糯玉米‘沪玉糯3号’ 2b-rad SNP 品种特异性

原文传递

糯玉米‘沪五彩花糯1号’品系特异性2b-RAD分子标记的开发及应用 被引量：5

4

作者 李全林 王义发 +2 位作者 韩晴 袁政 沈雪芳 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期669-677,共9页

应用基于IIB型限制性内切酶的RAD(2b-RAD)技术,对‘沪五彩花糯1号’及其亲本材料进行了简并基因组测序。利用RADtyping分型策略,通过与‘B73’参考基因组比对,我们在3个玉米样品的共同测序标签内筛选获得了9 726个单核苷酸多态性(SNP)... 应用基于IIB型限制性内切酶的RAD(2b-RAD)技术,对‘沪五彩花糯1号’及其亲本材料进行了简并基因组测序。利用RADtyping分型策略,通过与‘B73’参考基因组比对,我们在3个玉米样品的共同测序标签内筛选获得了9 726个单核苷酸多态性(SNP)位点。在此基础上,利用9 707个位于玉米染色体上的SNP位点对‘沪五彩花糯1号’及其亲本进行了基因型分析,开发出可用于‘沪五彩花糯1号’品系特异性鉴定的9个SNP分子标记。这些研究结果为‘沪五彩花糯1号’品系特异性鉴定和优质性状遗传组成的分子机理研究奠定了基础。 展开更多

关键词 '沪五彩花糯1号’ 基因型 2b-rad 品系特异性 SNP

原文传递

基于2b-RAD技术的家蚕BmNPV抗性关联基因的全基因组筛查 被引量：5

5

作者 张正斌 张业顺 +4 位作者 方瑷 何小柏 徐安英 吴阳春 张国政 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期905-912,共8页

不同家蚕品种对家蚕核型多角体病毒(Bm NPV)的抵抗性存在较大差异,家蚕抗性品系AN、野BN对Bm NPV侵染具有较强的抵抗性。用易感家蚕品系C108分别与AN和野BN杂交、回交,构建两个抗性品系的BC3M和BC4M分离群体,利用简化基因组测序技术2b-R... 不同家蚕品种对家蚕核型多角体病毒(Bm NPV)的抵抗性存在较大差异,家蚕抗性品系AN、野BN对Bm NPV侵染具有较强的抵抗性。用易感家蚕品系C108分别与AN和野BN杂交、回交,构建两个抗性品系的BC3M和BC4M分离群体,利用简化基因组测序技术2b-RAD(基于IIB型限制性内切酶的RAD)进行亲本和杂交分离群体的基因组测序,通过生物信息学方法筛选位于染色体上与抗性相关的多态性SNP标记,进行抗性品种的基因型分析。对3个亲本及2个抗性分离群体样本基因组DNA构建的2b-RAD标签文库进行Illumina测序,获得抗性亲本AN、野BN的多态性SNP标记11 919个和12 293个。对抗性分离群体全基因组染色体的Bm NPV抗性关联SNP标记指数(SNP-index)进行分析,结果表明亲本品系AN、野BN的Bm NPV抗性相关SNP标记分布在多个染色体上,其中AN的全基因组中抗性贡献率前5位是第5、10、27、23和4号染色体,野BN的全基因组中抗性贡献率前5位的是第4、27、15、18和6号染色体,有多个SNP-index高值位点与已知Bm NPV抗性相关基因的位置具有较高的一致性。推测AN、野BN两个品系的Bm NPV高抗性与抗性主基因和其他抗性基因的联合作用有关。 展开更多

关键词 家蚕 家蚕核型多角体病毒 抗性遗传 基因型组成 2b-rad技术

原文传递

基于2b-RAD简化基因组测序的甜瓜遗传多样性分析 被引量：5

6

作者 曹燕燕 刁倩楠 +1 位作者 陈幼源 张永平 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期96-106,共11页

该研究利用2b-RAD(type IIB endonucleases restriction-site associated DNA)测序对28份厚皮甜瓜亲本材料的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点进行基因分型,分析其遗传多样性与亲缘关系,为甜瓜分子标记辅助育种... 该研究利用2b-RAD(type IIB endonucleases restriction-site associated DNA)测序对28份厚皮甜瓜亲本材料的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点进行基因分型,分析其遗传多样性与亲缘关系,为甜瓜分子标记辅助育种提供科学依据。结果表明:(1)28份甜瓜种质SNPs数量有10318个,其发生转换与发生颠换的比值为2.15,两两种质间的遗传分化系数和遗传距离的平均值分别为0.88和2.22,说明这28份种质之间存在高度的遗传分化。(2)依据甜瓜的果皮颜色、果面网纹和果肉颜色3种性状,分别将以上28份种质分为4个群体(白皮群体、黄皮群体、青皮群体和绿皮群体)、3个群体(光皮群体、稀网群体和密网群体)以及3个群体(白肉群体、桔肉群体和绿肉群体)。(3)表型性状遗传分析结果显示,依据果皮颜色分类的各群体之间的遗传分化程度最高,其遗传分化系数在0.05~0.19之间,即均存在中度及以上程度的分化;光皮群体与密网群体之间存在中度遗传分化,但光皮群体与稀网群体之间以及稀网群体与密网群体之间均无显著分化;白肉群体与桔肉群体之间存在中度遗传分化,但白肉群体与绿肉群体之间以及桔肉群体与绿肉群体之间无明显分化。(4)分子系统进化树分析将28份甜瓜种质划分为三类,其中,第一类包含11份种质(主要为自主选育的纯合种质),第二类包含9份种质(大部分为从新疆引进或从新疆品种中选育出来的纯合种质),第三类包含8份种质(大部分为从日本引进或从日本品种中选育出来的纯合种质)。研究表明,依据甜瓜分子水平的聚类结果与地理来源具有一定关系,但其与育种者依据甜瓜的果皮颜色、果面网纹和果肉颜色对育种材料的分类结果不完全一致。 展开更多

关键词 甜瓜 遗传多样性 2b-rad 单核苷酸多态性

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于2b-RAD技术分析白化茶树品种(系)遗传多样性 被引量：2

7

作者 刘声传 许应芬 +5 位作者 魏杰 鄢东海 陈智雄 徐霖 刘燕 周玉锋 《中国农业科技导报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第8期65-73,共9页

为揭示白化茶树品种(系)的遗传多样性,利用简化基因组测序技术(2b-restriction site-associated DNA,2b-RAD)对23份茶树种质(20份白化,3份常绿对照)进行测序,分析其遗传多样性、亲缘关系和群体结构。结果表明,共获得576 193 750条高质... 为揭示白化茶树品种(系)的遗传多样性,利用简化基因组测序技术(2b-restriction site-associated DNA,2b-RAD)对23份茶树种质(20份白化,3份常绿对照)进行测序,分析其遗传多样性、亲缘关系和群体结构。结果表明,共获得576 193 750条高质量测序数据和56 498个高质量SNPs。系统发育树和主成分分析表明,23份种质可分为3个类群,类群Ⅰ为1份来自贵州的大叶种,类群Ⅱ包含来自贵州的地方种质6份,类群Ⅲ包含来自浙江的14份种质和来自安徽、福建的2份种质。基于系统发育树,3个类群的遗传多样性参数均表现为:类群Ⅰ>类群Ⅱ>类群Ⅲ,类群Ⅰ和类群Ⅱ、类群Ⅲ之间分别呈现中、高度的遗传分化水平。综上所述,白化茶树品种(系)存在中、高度的遗传分化,不同地理来源的种质间遗传分化更大,为白化茶树种质鉴定、资源利用和育种等提供了理论依据。 展开更多

关键词 白化茶树 2b-rad SNP 遗传多样性

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于2b-RAD简化基因组测序的三门湾海域3种优势鱼类群体遗传多样性分析 被引量：6

8

作者 王星火 常雪晴 +4 位作者 程方平 马路阔 徐旭丹 王有基 黄伟 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2021年第5期513-520,共8页

为评估浙江省三门湾海域鱼类种质资源现状,采用简化基因组测序技术,对三门湾海域3种优势鱼种(白姑鱼Pennahia argentata、中华栉孔虾虎鱼Ctenotrypauchen chinensis和龙头鱼Harpadon nehereus)进行群体遗传多样性分析。结果表明,白姑鱼... 为评估浙江省三门湾海域鱼类种质资源现状,采用简化基因组测序技术,对三门湾海域3种优势鱼种(白姑鱼Pennahia argentata、中华栉孔虾虎鱼Ctenotrypauchen chinensis和龙头鱼Harpadon nehereus)进行群体遗传多样性分析。结果表明,白姑鱼、中华栉孔虾虎鱼、龙头鱼获得单核苷酸多态性(SNP)位点分别为125225个、51283个、55128个,变异位点比例分别为1.74%、0.79%、0.54%,多态信息含量(PIC)分别为0.208、0.177、0.221,核苷酸多样性(P_(i))分别为0.259、0.219、0.281。其中白姑鱼观测杂合度小于期望杂合度,显示出群体内纯合子较多,杂合子缺失;而中华栉孔虾虎鱼、龙头鱼观测杂合度大于期望杂合度,显示出杂合过度。3种鱼类群体以龙头鱼观测杂合度最高。综合以上SNP位点多样性、多态性信息含量、群体遗传多样性比较结果,三门湾海域3种鱼类群体变异位点比例均较低,相同群体的个体间遗传分化较小,遗传结构较稳定,总体上遗传多样性处于较低水平,应进一步加强资源保护和恢复。 展开更多

关键词 三门湾 白姑鱼 中华栉孔虾虎鱼 龙头鱼 2b-rad SNP 遗传多样性

在线阅读 下载PDF 职称材料

以2b-RAD技术构建凡纳滨对虾遗传连锁图谱及生长性状QTL定位 被引量：2

9

作者 王怡悦 刘红 徐姚 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第10期2701-2713,共13页

【目的】构建凡纳滨对虾高密度遗传连锁图谱,并对生长相关性状进行QTL定位,筛选出生长性状相关候选基因,为后续开展凡纳滨对虾分子标记辅助育种、生长相关功能基因精细定位研究等提供理论依据。【方法】以耐低盐选育凡纳滨对虾为父本,... 【目的】构建凡纳滨对虾高密度遗传连锁图谱,并对生长相关性状进行QTL定位,筛选出生长性状相关候选基因,为后续开展凡纳滨对虾分子标记辅助育种、生长相关功能基因精细定位研究等提供理论依据。【方法】以耐低盐选育凡纳滨对虾为父本,厄瓜多尔野生凡纳滨对虾为母本,单尾交配,以2个亲本及150个F1代个体为作图群体,通过2b-RAD测序挖掘SNP分子标记并构建遗传连锁图谱;结合生长性状表型数据,使用MapQTL 6.0在构建的遗传连锁图谱上对体质量、全长、体长、头胸甲长、头胸甲宽、头胸甲高等13个生长相关性状进行QTL定位。筛选QTL区间SNP分子标记附近的基因,经GO功能注释及KEGG信号通路富集分析,挖掘生长相关候选基因;并采用实时荧光定量PCR检测候选基因在凡纳滨对虾不同组织及不同群体间的表达情况。【结果】构建的凡纳滨对虾遗传连锁图谱包括3136个SNPs标记,分布在44个连锁群上;总图谱全长为5430.54 cM,平均图距为1.73 cM。生长性状QTL定位共产生79个生长性状相关QTLs,LOD范围为3.00~11.04,可解释的表型变异范围为9.0%~28.8%。根据GO功能注释及KEGG信号通路富集分析结果,最终筛选出4个生长相关候选基因(TOB2、CRAT、CCT6、KLF4)。4个候选基因在凡纳滨对虾各组织中均普遍表达,且CCT6、KLF4和TOB2基因在耐低盐选育家系群体中的相对表达量均高于常规的凡纳滨对虾群体,其中CCT6基因表达差异达显著水平(P<0.05)。【结论】基于2b-RAD技术构建的凡纳滨对虾遗传连锁图谱鉴定出79个与生长性状相关的QTLs,并筛选出4个与凡纳滨对虾生长性状相关的候选基因(CCT6、KLF4、TOB2和CRAT)。可见,以2b-RAD技术结合QTL定位能高效、快捷挖掘出凡纳滨对虾生长性状相关候选基因,为开展分子标记辅助育种、生长相关功能基因精细定位研究等提供技术支持。 展开更多

关键词 凡纳滨对虾 遗传连锁图谱 QTL定位 候选基因 2b-rad技术

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于2b-RAD测序的四倍体马铃薯熟性相关的分子标记开发

10

作者 惠志明 徐建飞 +5 位作者 简银巧 卞春松 段绍光 胡军 李广存 金黎平 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第9期2274-2284,共11页

马铃薯熟性是由多基因控制的数量性状,是我国不同栽培区划选择适宜品种的重要指标之一。本研究以晚熟品种中薯18号和早熟品种中薯5号及其F_(1)分离群体为材料,2018—2019年连续2年对“中薯18号(母本)×中薯5号(父本)”杂交分离群体... 马铃薯熟性是由多基因控制的数量性状,是我国不同栽培区划选择适宜品种的重要指标之一。本研究以晚熟品种中薯18号和早熟品种中薯5号及其F_(1)分离群体为材料,2018—2019年连续2年对“中薯18号(母本)×中薯5号(父本)”杂交分离群体进行熟性评价,从中筛选出极端晚熟和极端早熟的基因型各30个,并分别构建极端晚熟和极端早熟基因组DNA混池。利用简化基因组2b-RAD(2b-restriction site-associated DNA)技术测序,寻找差异标签开发出3个与熟性连锁的分子标记SCARA2-2、SCARA4-21和SCARA5-16,3个分子标记联合使用对熟性分离群体子代进行验证,晚、早熟表型符合率分别到达了87.5%和93.0%,这些分子标记的开发和联合使用对辅助马铃薯熟性选择具有重要的参考价值。 展开更多

关键词 马铃薯 熟性 2b-rad 分子标记

在线阅读 下载PDF 职称材料

利用2b-RAD技术检测基因组区段缺失变异的应用潜力评价

11

作者 程陶然 李语丽 +5 位作者 刘平平 杨志辉 张玲玲 胡晓丽 包振民 王师 《中国海洋大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2018年第9期62-66,73,共6页

缺失变异是一种重要的基因组结构变异形式,对个体的生长发育会造成一定程度的影响。以RAD-seq、2b-RAD等为代表的简化基因组测序在降低测序成本的同时又能获取大量遗传变异信息,其中包括缺失变异的信息。本文从理论上讨论了简化基因组2b... 缺失变异是一种重要的基因组结构变异形式,对个体的生长发育会造成一定程度的影响。以RAD-seq、2b-RAD等为代表的简化基因组测序在降低测序成本的同时又能获取大量遗传变异信息,其中包括缺失变异的信息。本文从理论上讨论了简化基因组2b-RAD数据测序深度和缺失片段大小对检测缺失变异的影响,并利用模式生物拟南芥的半模拟数据对理论分析进行了验证。结果发现,测序数据量在20×左右,当缺失区域内含有的酶切标签数目不小于3时,缺失区域检测的错误率趋近于0,且上述结果对于不同大小的缺失片段的检测均有效,这为2b-RAD数据提供了一个新的应用方向,为实际数据缺失变异研究提供了理论上的指导。 展开更多

关键词 缺失变异 简化基因组 2b-rad 半模拟

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于2b-RAD简化基因组测序的半滑舌鳎群体遗传多样性分析 被引量：3

12

作者 贾磊 张博 +2 位作者 刘克奉 郑德斌 汪笑宇 《水产研究》 2017年第4期125-133,共9页

以天津野生、天津养殖和海阳养殖群体三个半滑舌鳎群体为材料,利用2b-RAD测序筛选得到的32,746个SNP位点,利用SNP标记,进行群体遗传结构、遗传多样性和类群间遗传关系分析。每个SNP位点在所有群体内遗传变异(Fis),群体间的遗传变异(Fst)... 以天津野生、天津养殖和海阳养殖群体三个半滑舌鳎群体为材料,利用2b-RAD测序筛选得到的32,746个SNP位点,利用SNP标记,进行群体遗传结构、遗传多样性和类群间遗传关系分析。每个SNP位点在所有群体内遗传变异(Fis),群体间的遗传变异(Fst),总变异(Fit)以及综合多位点的Fis,Fst和Fit估计值,表明3个群体两两群体间的Fst值从0.0731~0.1635不等。天津养殖群体和天津野生群体的遗传分化最小,天津养殖群体和海阳养殖群体以及天津野生群体和海阳养殖群体的遗传分化大。选择消除分析结果显示3个群体的θπ在0.118~0.206之间,Tajima’D值在0.448~1.457之间:天津野生群体种群多态程度最高,天津养殖群体次之,海阳养殖群体最低。分别统计海阳、天津、天津野生三个群体中每个SNP位点的多态信息含量(PIC),天津野生最高为0.220,天津养殖次之,海阳养殖最低,为0.175,天津野生和天津养殖差异并不显著。利用软件GCTA进行主成分分析,PCA结果显示,前两个主成分PC1和PC2贡献率分别为16.25%和9.54%,累积贡献25.79%。二维聚类结果显示,天津野生少部分区域与天津养殖间隔较小,但是两个主成分大体上还是可以明显区分为两大类,且二者与海阳养殖群体分类界限明显。综合以上SNP位点多样性、多态性信息含量、群体遗传多样性比较结果,所取的半滑舌鳎天津群体较海阳群体具有较高的遗传多样性和种群多态程度,其中天津野生群体和天津养殖群体虽较海阳养殖群体有差异,但前两者之间差异并不显著,揭示天津野生和养殖群体可能有一定程度的混杂,不排除野生群体中混杂有经养殖放流的养殖个体的可能性。 展开更多

关键词 半滑舌鳎 2b-rad SNP 遗传多样性

在线阅读 下载PDF 职称材料

2B-RAD测序技术在水产动物中的研究进展

13

作者 贾枨茜 马菁菁 +2 位作者 孙金辉 崔培 杨燕菁 《水产研究》 2022年第4期123-131,共9页

后基因组时代背景下测序技术的不断提升推动了水产中模式生物和非模式生物基因组的研究,其中基于IIB型限制性内切酶进行大规模SNP标记开发及分型的2B-RAD测序技术广泛应用在水产动物的群体进化和遗传结构功能分析。本文综述了2B-RAD测... 后基因组时代背景下测序技术的不断提升推动了水产中模式生物和非模式生物基因组的研究,其中基于IIB型限制性内切酶进行大规模SNP标记开发及分型的2B-RAD测序技术广泛应用在水产动物的群体进化和遗传结构功能分析。本文综述了2B-RAD测序技术发展历程及其在水产动物种群遗传学分析、进化分析、重要性状关联等研究领域的应用,以期为水产动物分子辅助育种及种质资源保护的研究工作提供参考依据。 展开更多

关键词 2b-rad SNP 水产动物 遗传多样性 性别

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于2b-RAD基因测序技术遗传图谱构建和QTL定位

14

作者 高杰 《今日畜牧兽医》 2022年第2期65-66,共2页

近年来简化基因测序技术不断发展,2b-RAD基因测序技术技术也越来越成熟,该技术具有技术重复性好,标签长度一致、测序深度均一,SNP准确性和利用率高等优点,是目前简化基因测序的重要技术之一。本文主要对2b-RAD基因测序技术进行简要阐述... 近年来简化基因测序技术不断发展,2b-RAD基因测序技术技术也越来越成熟,该技术具有技术重复性好,标签长度一致、测序深度均一,SNP准确性和利用率高等优点,是目前简化基因测序的重要技术之一。本文主要对2b-RAD基因测序技术进行简要阐述,以期为读者提供参考。 展开更多

关键词 2b-rad 遗传图谱 测序技术

在线阅读 下载PDF 职称材料

樱花品种分子标记鉴定技术

15

作者 吕彤 魏一 王琳 《林业科技通讯》 2025年第7期20-23,共4页

采用2b-RAD简化基因组测序技术对46个樱花品种进行了鉴定。建立了樱花品种的系统进化树,并对系统树中的46个樱花品种进行了亲缘关系和品种群划分,结果表明2b-RAD简化基因组测序技术可以很好地鉴定樱花品种的亲缘关系,应用现代分子生物... 采用2b-RAD简化基因组测序技术对46个樱花品种进行了鉴定。建立了樱花品种的系统进化树,并对系统树中的46个樱花品种进行了亲缘关系和品种群划分,结果表明2b-RAD简化基因组测序技术可以很好地鉴定樱花品种的亲缘关系,应用现代分子生物学技术,结合形态学鉴别区分樱花品种,解决同名异物和异名同物混淆问题。 展开更多

关键词 园林植物 樱花 2b-rad简化基因组 品种鉴别

原文传递

一个获得与缺失变异(PAV)调控甜瓜果实苦味 被引量：6

16

作者 李娜 尚建立 +3 位作者 周丹 李楠楠 王吉明 马双武 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期377-385,共9页

甜瓜苦味物质严重影响其口感和品质。本研究利用不苦的薄皮甜瓜品系C69和苦的薄皮甜瓜品系C14构建了一个包含100个单株的F2群体。首先利用2b-RAD测序构建一个遗传连锁图谱。其次,结合群体的苦味性状进行全基因组的QTL定位和关联分析。然... 甜瓜苦味物质严重影响其口感和品质。本研究利用不苦的薄皮甜瓜品系C69和苦的薄皮甜瓜品系C14构建了一个包含100个单株的F2群体。首先利用2b-RAD测序构建一个遗传连锁图谱。其次,结合群体的苦味性状进行全基因组的QTL定位和关联分析。然后,利用2b-RAD测序特有的技术优势进行群体的获得与缺失变异(PAV)的挖掘。最后,利用亲本的重测序信息确定控制苦味性状的关键基因。结果发现,F1的果实表现出强烈的苦味,F2群体中苦与不苦的单株分别为81个和19个,符合3∶1的分离比(χ^2=1.92,P=0.1659),表型表明所用甜瓜材料的苦味主要是由一个显性的基因位点控制。利用477个SNP标记构建一张包含10个连锁群的连锁图谱,总长为337.79 cM,标记间平均间隔0.71 cM。全基因组QTL定位在8号连锁群(对应9号染色体),检测到一个解释表型变异为20%的甜瓜苦味QTL。全基因组关联分析检测到7个SNPs与苦味性状相关,全部位于9号染色体苦味QTL的基因组区域。通过PAV分型分析仅发现一个特有的大片段缺失(21707702~21743072 bp),位于QTL区域,且在所有的不苦株系中存在,而苦的株系中不存在。基于两个亲本材料的深度重测序信息,发现这个PAV的区域更大,约为62 Kb,共涉及到9个连续的基因(MELO3C005601、MELO3C005602、MELO3C005603、MELO3C005604、MELO3C005605、MELO3C005606、MELO3C005607、MELO3C005608和MELO3C005609),其中5个是细胞色素P450基因。构建的系统发育树表明,这5个细胞色素P450基因与参与葫芦素C/B/E合成的细胞色素P450基因簇CYP81Q58、CYP81Q59和CYP712D8在一个进化枝,可能行使类似的功能,为潜在的类似于黄瓜葫芦素C合成的基因簇的一部分。前人通过比较基因组学研究获得的2个控制葫芦素B合成的bHLH转录因子CmBr(MELO3C005610)和CmBt(MELO3C005611)同在9号染色体,与本研究检测到的PAV紧密挨在一起。我们的研究结果为后续不苦甜瓜的育种提供了新的理论支撑和分子辅助育种目标。 展开更多

关键词 甜瓜 苦味 获得与缺失变异(PAV) 2b-rad QTL

原文传递

半滑舌鳎有效群体大小估计 被引量：2

17

作者 王伟峰 崔瑜 +3 位作者 蒋丽 王悦玲 王焕岭 李恒德 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期997-1004,共8页

为了解半滑舌鳎当前的群体遗传结构,探究半滑舌鳎有效群体大小(Ne)发展趋势及现状,实验通过性别特异性分子标记随机鉴定了800尾半滑舌鳎的遗传性别,选取297个遗传雌性半滑舌鳎样本进行简化基因组测序(2b-RAD),获得了64 416个可用SNP标记... 为了解半滑舌鳎当前的群体遗传结构,探究半滑舌鳎有效群体大小(Ne)发展趋势及现状,实验通过性别特异性分子标记随机鉴定了800尾半滑舌鳎的遗传性别,选取297个遗传雌性半滑舌鳎样本进行简化基因组测序(2b-RAD),获得了64 416个可用SNP标记,利用这些标记进行全基因组范围的连锁不平衡分析得到各染色体上连锁不平衡分布;根据标记间不同物理间距进行半滑舌鳎有效群体大小的估计,初步了解各历史世代下有效群体规模;通过选择0.1、0.2、0.5、1.0、2.0、5.0、10.0 Mb等7个不同染色体片段大小反映出半滑舌鳎群体遗传结构经过自然与人工共同选择的历史发展趋势。结果显示,半滑舌鳎有效群体大小随其连锁不平衡程度衰减而呈连续下降趋势,至2世代前其有效群体大小仅为29尾左右。 展开更多

关键词 半滑舌鳎 简化基因组测序(2b-rad) 连锁不平衡 有效群体大小

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于简化基因组测序的中国明对虾3个选育世代遗传多样性分析 被引量：13

18

作者 王凤娇 孟宪红 +2 位作者 傅强 栾生 隋娟 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2020年第4期68-76,共9页

本研究基于简化基因组测序(2b-RAD)技术,对中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)"黄海2号" 2015~2017年3个连续选育世代(G9~G11)的亲本群体、共649个个体进行了简化基因组测序,并对这3个亲本群体进行了遗传结构和遗传多样性... 本研究基于简化基因组测序(2b-RAD)技术,对中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)"黄海2号" 2015~2017年3个连续选育世代(G9~G11)的亲本群体、共649个个体进行了简化基因组测序,并对这3个亲本群体进行了遗传结构和遗传多样性分析。实验在3个选育世代中共获得66985个SNP位点。遗传分析的结果显示,G9~G11平均核苷酸多样性(Pi)分别为0.1439、0.1587和0.1674,平均观测杂合度(Ho)分别为0.1388、0.1515和0.1609,多态信息含量(PIC)分别为0.1241、0.1360和0.1430。G9~G11亲本群体的遗传多样性整体呈现一定的上升趋势,但差异不显著。F检验显示,3个世代总的Fst值为0.0061,G9~G11相邻世代群体间遗传分化程度较弱(G9~G10为0.0029, G10~G11为0.0026),表明相邻世代的遗传距离逐渐减小。3个世代间基因交流充分,基因流为62.91~94.63。本研究表明,人工定向选育工作的推进对中国明对虾选育群体遗传多样性和遗传结构产生了一定的影响:在固定的选择压力下(4%~5%),亲本群体的遗传多样性并无降低的趋势,中国明对虾选育群体遗传分化小,遗传结构趋向稳定。研究结果为进一步制定中国明对虾选育计划提供基础遗传数据和科学的理论指导。 展开更多

关键词 中国明对虾 选育群体 2b-rad SNP 遗传多样性

在线阅读 下载PDF 职称材料

黄条[鱼师]生长性状全基因组关联分析 被引量：5

19

作者 崔爱君 徐永江 +2 位作者 王滨 姜燕 柳学周 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2021年第2期71-78,共8页

利用2b-RAD技术对119尾黄条[鱼师](Seriola lalandi)个体进行测序,共获得黄条[鱼师]SNP分子标记26665个,对黄条[鱼师]个体的体质量和全长这2个重要生长性状进行全基因组关联分析,筛选与体质量和全长性状相关的SNP位点和候选基因。结果显... 利用2b-RAD技术对119尾黄条[鱼师](Seriola lalandi)个体进行测序,共获得黄条[鱼师]SNP分子标记26665个,对黄条[鱼师]个体的体质量和全长这2个重要生长性状进行全基因组关联分析,筛选与体质量和全长性状相关的SNP位点和候选基因。结果显示,黄条[鱼师]体质量性状中共筛选到17个体质量显著关联的SNP位点,找到17个可能的候选基因,全长性状共筛选到12个潜在显著关联位点,找到12个可能的候选基因。利用KEGG数据库对可能的候选基因进行Pathway分析,得知候选基因主要参与了细胞或组织生长发育相关的代谢通路调控过程,可能是影响黄条[鱼师]生长性状密切相关的重要候选SNP位点和功能基因,结果可为今后黄条[鱼师]种质资源可持续利用和育种提供遗传信息资料积累。 展开更多

关键词 黄条[鱼师] 生长性状 全基因组关联分析 2b-rad 简化基因组

在线阅读 下载PDF 职称材料

利用分子标记对‘淮稻5号’进行品种真实性鉴定 被引量：4

20

作者 顾伟航 田佳琪 +5 位作者 朱明超 文正怀 严卫古 王兴龙 张大兵 袁政 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期265-272,共8页

‘淮稻5号’具有抗倒性强、高产稳产、米质优良等优点,自推广以来,以其独有的优越性在粳稻市场中占有重要竞争份额。因此,开发可用于该品种真实性鉴定的分子标记具有重要的经济和应用价值。本研究利用前期筛选获得的99对水稻InDel分子... ‘淮稻5号’具有抗倒性强、高产稳产、米质优良等优点,自推广以来,以其独有的优越性在粳稻市场中占有重要竞争份额。因此,开发可用于该品种真实性鉴定的分子标记具有重要的经济和应用价值。本研究利用前期筛选获得的99对水稻InDel分子标记对‘淮稻5号’标准品(H1)和4个生产中与‘淮稻5号’无明显表型差异的供测品种进行基因型分析,筛选获得4对‘淮稻5号’品种特异性InDel分子标记:chr1_3386-1、chr5_751、chr8_6491-1和chr11_5641-0。为进一步验证这4对分子标记鉴定结果的可靠性,对供测品种基因组进行了2b-RAD测序分析,测序结果与In Del分子标记检测结果一致,供测品种H2、H4虽然表型与其他供测品种几乎一致,但与标准品(H1)及其他供测品种(H3、H5)在基因型上存在明显差异。在此基础上,利用这4对In Del分子标记对来自不同地区以及举报的‘淮稻5号’问题材料进行了基因型检测,结果进一步验证本研究获得的4对分子标记可用于‘淮稻5号’品种真实性的快速检测鉴定。因此,本研究结果为加强‘淮稻5号’品种权的保护及种子质量监测工作提供了理论依据和技术支持。 展开更多

关键词 '淮稻5号’ 分子标记 INDEL 2b-rad 真实性

原文传递