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天津汉族胎儿D18S53、D18S59和D18S4883个STR基因座遗传多态性研究 被引量:2
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作者 李晓洲 刘静 +4 位作者 史云芳 琚端 李岩 张颖 岳天孚 《天津医药》 CAS 北大核心 2014年第2期105-108,共4页
目的利用定量荧光PCR(QF-PCR)技术研究天津汉族胎儿18号染色体上D18S53、D18S59和D18S488 3个短串联重复序列(STR)基因座遗传多态性,为18-三体综合征(ES)的产前基因诊断提供实验依据。方法收集天津地区64例绒毛和374例羊水样本,利用QF-... 目的利用定量荧光PCR(QF-PCR)技术研究天津汉族胎儿18号染色体上D18S53、D18S59和D18S488 3个短串联重复序列(STR)基因座遗传多态性,为18-三体综合征(ES)的产前基因诊断提供实验依据。方法收集天津地区64例绒毛和374例羊水样本,利用QF-PCR扩增STR基因座,4%聚丙烯酰胺凝胶电泳,ABI PRISM 377自动测序仪扫描电泳图,GeneScan软件分析荧光信号定量。根据3个STR基因座的基因型分布进行H-W平衡检验。计算3个STR基因座基因型频率、观察杂合度(Ho)、多态信息量(PIC)、个体识别率(DP)、非父排除率(PE)等群体遗传学数据。结果 D18S53、D18S59和D18S488 3个STR基因座分别检出15、13、15个等位基因,基因型分布均符合H-W平衡定律。3个基因座的Ho分别为0.797、0.847和0.792;PIC分别为0.81、0.75和0.73;DP分别为0.944、0.901和0.881;PE分别为0.593、0.689和0.585。结论 D18S53、D18S59和D18S488 3个STR基因座是18号染色体良好的遗传标记,对ES的产前基因诊断有指导意义。 展开更多
关键词 串联重复序列 多态现象 遗传 胎儿 18-三体综合征 天津 D18s53 D18s59 D18s488 D18s53 D18s59 D18s488
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优质高配合力两系不育系瑞18S的选育及应用
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作者 周坤能 云鹏 +4 位作者 张彩娟 沈绪波 杜士云 夏加发 李泽福 《杂交水稻》 北大核心 2025年第6期31-35,共5页
瑞18S是安徽省农业科学院水稻研究所和福建省福瑞华安种业科技有限公司合作,以生产上大面积应用的两系不育系1892S为母本,与优质常规稻品种美香占杂交,再与7-163S复交,经9 a 13代选育而成的籼型两系不育系,2019年3月通过安徽省农作物品... 瑞18S是安徽省农业科学院水稻研究所和福建省福瑞华安种业科技有限公司合作,以生产上大面积应用的两系不育系1892S为母本,与优质常规稻品种美香占杂交,再与7-163S复交,经9 a 13代选育而成的籼型两系不育系,2019年3月通过安徽省农作物品种审定委员会鉴定。该不育系株型好、茎秆粗壮、抗倒能力强、品质优、抗逆性较强、繁殖特性好、配合力强。基因组解析显示,其含有抗稻瘟病、优质、高产、氮高效等多个优异等位基因。以瑞18S为亲本配制的优质高产两系杂交稻瑞两优56占、瑞两优1817和瑞两优明丝占分别于2023、2024年通过安徽省农作物品种审定委员会审定,另有10个以上瑞两优系列组合参加各级试验。通过对不同抽穗时间和海拔高度的制种纯度进行分析,以期为瑞两优系列杂交组合制种提供指导,并为两系不育系瑞18S及其系列组合的推广应用提供依据。 展开更多
关键词 杂交水稻 两系不育系 18s 稻米品质 基因型分析 制种特点
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基于18S rDNA的3种投喂模式与食性分析下中华绒螯蟹扣蟹对池塘饵料生物利用的差异比较
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作者 徐广伟 鹿珍珍 +1 位作者 孙云飞 成永旭 《上海海洋大学学报》 北大核心 2025年第6期1240-1250,共11页
为研究不同投喂模式对中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)扣蟹对池塘中饵料生物的利用,在不同养殖池塘中分别投喂传统饵料(小麦、麸皮和豆粕)、配合饲料和混合饵料(传统饵料和配合饲料1∶1混合),于8月中旬采集不同投喂模式下扣蟹的胃内含物... 为研究不同投喂模式对中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)扣蟹对池塘中饵料生物的利用,在不同养殖池塘中分别投喂传统饵料(小麦、麸皮和豆粕)、配合饲料和混合饵料(传统饵料和配合饲料1∶1混合),于8月中旬采集不同投喂模式下扣蟹的胃内含物,通过18S rDNA高通量测序技术测定主要潜在食物成分。结果显示:(1)传统饵料模式下扣蟹胃内含物食物组成的Chao指数显著高于混合饵料模式,Simpson指数则相反。(2)传统投喂模式下扣蟹胃内含物中相对丰度最高的门类依次是以绿藻纲和共球藻纲为主的轮藻门、以纤毛虫纲为主的纤毛亚门和以眼点藻纲和金藻纲为主的褐藻门;配合饲料投喂模式为轮藻门、以软甲纲为主的节肢动物门和褐藻门;混合投喂模式为轮藻门、节肢动物门和以鱼纲为主的脊椎动物亚门。(3)3种投喂模式下雌性和雄性扣蟹的胃内含物食物组成没有显著差异。(4)3种投喂模式扣蟹胃内含物食物组成中在纲水平上共有的种类有207种。配合饲料模式下的扣蟹胃内含物的主要成分完全涵盖了混合饵料模式和传统饵料模式中的主要成分。综上,不同投喂模式下扣蟹胃内含物中食物组成的多样性和丰度不同,扣蟹胃内含物主要是以绿藻纲和共球藻纲为主的轮藻门饵料,3种投喂模式下雌性和雄性扣蟹的胃内含物食物组成无显著差异。 展开更多
关键词 中华绒螯蟹扣蟹 投喂模式 胃内含物 18s rDNA 食物组成
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基于线粒体COI和18S rRNA基因构建舟山海域浮游动物DNA宏条形码数据库
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作者 冼华琳 汤昌盛 +5 位作者 张杨阳 张晓林 廖智 周钰琴 谢舒烨 严小军 《南方水产科学》 北大核心 2025年第4期85-97,共13页
为构建舟山海域浮游动物本地条形码数据库,从而为该海域浮游动物的种类鉴定、系统进化关系及种群遗传学研究提供科学依据。基于过去14年的文献报道,编制了收录23目64科96属155种浮游动物的舟山海域浮游动物物种名录,通过从NCBI GenBank... 为构建舟山海域浮游动物本地条形码数据库,从而为该海域浮游动物的种类鉴定、系统进化关系及种群遗传学研究提供科学依据。基于过去14年的文献报道,编制了收录23目64科96属155种浮游动物的舟山海域浮游动物物种名录,通过从NCBI GenBank参考数据库获取相关数据,共收集浮游动物线粒体COI基因序列195条和核糖体18S rRNA基因序列134条,初步建立了舟山海域浮游动物条形码数据库。对最优势类群桡足类进行了种间和种内遗传距离的计算分析。结果显示:桡足类COI基因序列种间平均遗传距离为0.3136,是种内平均遗传距离的34.09倍;18S rRNA基因序列的种间平均遗传距离为0.2628,是种内平均遗传距离的26.82倍。COI基因序列的种间和种内遗传距离存在明显的条形码间隔,而18S rRNA基因序列的种间和种内遗传距离存在重叠,没有明显的条形码间隔。基于COI和18S rRNA基因序列构建的系统发育树表明,2种条形码基因在目和科水平上均能有效区分不同的浮游动物类群。舟山海域浮游动物DNA宏条形码数据库的建立,有利于浮游动物种类鉴定及多样性评估,并为该海域海洋生态环境状况评价提供科学依据。 展开更多
关键词 浮游动物 COI基因 18s rRNA基因 DNA条形码数据库 舟山海域
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我国近海浒苔漂浮种类ITS与18SrDNA序列相似性分析 被引量:20
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作者 应成琦 张婷 +6 位作者 李信书 田千桃 霍元子 马家海 徐韧 王金辉 何培民 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期215-219,共5页
2008年6-7月在青岛近海海域再次发生大量浒苔漂浮现象,并且江苏连云港、如东近海海域也发生了浒苔漂浮现象。实验分别对青岛、连云港、如东海域采集样本进行了nrDNA的ITS全长序列和18S rDNA序列分析及相似性比对。结果表明,青岛、连云... 2008年6-7月在青岛近海海域再次发生大量浒苔漂浮现象,并且江苏连云港、如东近海海域也发生了浒苔漂浮现象。实验分别对青岛、连云港、如东海域采集样本进行了nrDNA的ITS全长序列和18S rDNA序列分析及相似性比对。结果表明,青岛、连云港、如东海域主要漂浮种类QD-01(青岛)、QD-02(青岛)、QD-03(青岛)、LY-01(连云港)、RD-02(如东)5个样品的ITS全长序列相似性为100%,表明青岛、连云港、如东三地沿海浒苔漂浮主要种类为同一种浒苔。18S rDNA序列分析结果也支持这个判断。根据相似性比对和BLAST分析结果,如东海域浒苔漂浮种类还发现少量另外2种绿藻(RD-01和RD-03),其中RD-01为浒苔属。浒苔主要漂浮种类与目前采集到的三地定生浒苔样本ITS全长序列比对存在一定差异,歧化度小于0.3%。 展开更多
关键词 浒苔漂浮种类 ITS 18s RDNA 序列 相似性
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牛的巴贝斯虫18S rRNA基因序列比较研究 被引量:26
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作者 罗建勋 殷宏 +10 位作者 刘光远 关贵全 刘志杰 刘爱红 党志胜 马米玲 鲁炳义 孙彩琴 白启 吕文顺 陈溥言 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第9期906-911,共6页
对中国已报道的8株牛的巴贝斯虫(包括1株牛巴贝斯虫、1株双芽巴贝斯虫、1株大巴贝斯虫、3株卵形巴贝斯虫和2株巴贝斯虫未定种)的18S rRNA基因序列进行了测定与比较.自感染动物的血液中纯化虫体,提取基因组DNA,PCR扩增靶基因,然后将其连... 对中国已报道的8株牛的巴贝斯虫(包括1株牛巴贝斯虫、1株双芽巴贝斯虫、1株大巴贝斯虫、3株卵形巴贝斯虫和2株巴贝斯虫未定种)的18S rRNA基因序列进行了测定与比较.自感染动物的血液中纯化虫体,提取基因组DNA,PCR扩增靶基因,然后将其连接到pGEM-T Easy载体上,进行克隆测序.研究结果显示:牛的巴贝斯虫18S rRNA基因大小在1 653~1 699 bp之间;用所测得的和自GenBank下载的各种动物的巴贝斯虫18SrRNA基因序列构建了系统发生树,发现由刻点血蜱传播的大巴贝斯虫伊犁株与由长角血蜱传播的3株卵形巴贝斯虫存在明显差别,应属于2个独立种;由小亚璃眼蜱传播的牛巴贝斯虫未定种不同于目前已报道的任何种类,在中国应为一个新种.因而,中国存在5种牛的巴贝斯虫,即:牛巴贝斯虫,双芽巴贝斯虫、大巴贝斯虫,卵形巴贝斯虫和巴贝斯虫未定种. 展开更多
关键词 比较 系统发生树 18s RRNA 牛的巴贝斯虫
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以18S rRNA为内参照的多重RT-PCR检测3种百合病毒 被引量:26
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作者 王冲 陈集双 +3 位作者 洪健 杜志游 张华荣 陈绍宁 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期204-211,共8页
本研究对多重PCR体系各成分和循环参数进行了摸索和优化,建立了以18S rRNA为内参照的同时检测3种百合病毒的多重RT-PCR体系,所检测的3种病毒是黄瓜花叶病毒(CMV)、百合斑驳病毒(LMoV)和百合无症病毒(LSV)。它们为侵染我国百合的主要病... 本研究对多重PCR体系各成分和循环参数进行了摸索和优化,建立了以18S rRNA为内参照的同时检测3种百合病毒的多重RT-PCR体系,所检测的3种病毒是黄瓜花叶病毒(CMV)、百合斑驳病毒(LMoV)和百合无症病毒(LSV)。它们为侵染我国百合的主要病毒。在RT反应体系中加入3种病毒和18S rRNA的特异性反向引物的混合物,使反应体系中各反向引物终浓度均为0.5μmol/L,反转录酶(AMV)反转录合成各病毒和18S rRNA的互补第一链cDNAs。多重RT-PCR条件实验显示:将标准RT-PCR体系中的TaqHS DNA聚合酶量改为0.100 U/μL,Mg2+浓度改为4.0 mmol/L,各引物浓度选择0.2μmol/L,那么25个循环反应以上就能在一个反应管中以18S rRNA为内参照同时检测百合中的3种常见病毒。用该体系检测了10个百合样品,同时与32P同位素标记膜杂交检测作对照,结果显示,该检测体系检测灵敏度更高。 展开更多
关键词 百合病毒 内参照 多重RT-PCR 18s RRNA 分子检测
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丝瓜18S rRNA基因克隆及其作为内参基因的应用 被引量:28
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作者 朱海生 陈敏氡 +5 位作者 温庆放 蓝新隆 李永平 王彬 张前荣 吴卫东 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期35-41,共7页
选择合适的内参基因是提高实时荧光定量PCR分析(q RT-PCR)准确性的重要条件。18S r RNA基因表达范围广、表达量恒定,常作为内参基因应用于实时荧光定量PCR中。为了获得丝瓜18S r RNA基因,并设计合适的荧光定量PCR内参引物,解决丝瓜实时... 选择合适的内参基因是提高实时荧光定量PCR分析(q RT-PCR)准确性的重要条件。18S r RNA基因表达范围广、表达量恒定,常作为内参基因应用于实时荧光定量PCR中。为了获得丝瓜18S r RNA基因,并设计合适的荧光定量PCR内参引物,解决丝瓜实时荧光定量PCR检测中无内参基因的现状,通过PCR和序列测定,首次克隆到了丝瓜的18S r RNA基因序列,其长度为1 862 bp,Gen Bank登录号为KM656452。在此基础上设计1对荧光定量PCR引物,该引物特异性强,扩增效率高,在丝瓜各生长发育阶段及各种非生物胁迫条件下均能稳定表达,适合在丝瓜基因表达研究中作为内参基因。该研究结果可为开展丝瓜重要功能基因的表达模式和调控机制的研究奠定基础。 展开更多
关键词 丝瓜 18s RRNA 内参基因 实时荧光定量PCR
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牛泰勒虫18S rRNA基因序列比较研究 被引量:15
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作者 刘爱红 关贵全 +6 位作者 刘军龙 李有全 马米玲 牛庆丽 任巧云 殷宏 罗建勋 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第7期1063-1068,共6页
作者对中国兽医微生物菌种保藏中心原虫资源库内收藏的3种牛源泰勒虫10个地方分离株(包括4株环形泰勒虫、3株瑟氏泰勒虫和3株中华泰勒虫)的18S rRNA基因序列进行了测定,并用所测得的牛的泰勒虫中国株基因序列和自GenBank下载的各种... 作者对中国兽医微生物菌种保藏中心原虫资源库内收藏的3种牛源泰勒虫10个地方分离株(包括4株环形泰勒虫、3株瑟氏泰勒虫和3株中华泰勒虫)的18S rRNA基因序列进行了测定,并用所测得的牛的泰勒虫中国株基因序列和自GenBank下载的各种泰勒虫18S rRNA基因序列构建了系统发生树。结果显示:牛的3种泰勒虫18S rRNA基因大小在1740-1890 bp,并有规律地分布于3个不同的进化枝上,且种内地方分离株之间的同源性明显大于种间同源性,说明采用18S rRNA基因序列测定方法对牛的泰勒虫进行分类与传统分类方法具有较好的符合性。该研究也可为建立针对18S rRNA基因为靶标的牛的泰勒虫病PCR检测方法奠定基础。 展开更多
关键词 泰勒虫 18s RRNA基因 系统发生树 分类
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棕囊藻北部湾株的18S rDNA分子鉴定 被引量:20
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作者 覃仙玲 赖俊翔 +2 位作者 陈波 姜发军 许铭本 《热带亚热带植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期176-181,共6页
为研究北部湾棕囊藻(Phaeocystis)藻华的成因,采用PCR克隆了棕囊藻北部湾株核糖体18SrDNA序列。结果表明,棕囊藻北部湾株具有游动单细胞与群体结构两种形态;其18SrDNA序列和NCBI基因库中球形棕囊藻(Phaeocystis globosa)的同源性... 为研究北部湾棕囊藻(Phaeocystis)藻华的成因,采用PCR克隆了棕囊藻北部湾株核糖体18SrDNA序列。结果表明,棕囊藻北部湾株具有游动单细胞与群体结构两种形态;其18SrDNA序列和NCBI基因库中球形棕囊藻(Phaeocystis globosa)的同源性为99%~100%,在系统进化树上与不同海域来源的球形棕囊藻聚在一大分支上,且与球形棕囊藻问的遗传距离均小于其他种。首次从分子生物学上确定棕囊藻北部湾株为球形棕囊藻。 展开更多
关键词 球形棕囊藻 北部湾 18s RDNA 分子鉴定
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贵州浓香型白酒大曲中霉菌的18S rDNA系统发育分析 被引量:29
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作者 张霞 武志芳 +2 位作者 张胜潮 胡承 张文学 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期334-337,共4页
从贵州某名酒厂大曲中分离到104株丝状真菌(霉菌),通过形态特征和生理特性检测等传统鉴定方法,初步把形态和生理生化特征一致的霉菌归类为14个大类群;并采用18S rDNA序列分析,进一步把菌株归类为MJ-Ⅰ至MJ-Ⅴ五个类群,随后构建系统发育... 从贵州某名酒厂大曲中分离到104株丝状真菌(霉菌),通过形态特征和生理特性检测等传统鉴定方法,初步把形态和生理生化特征一致的霉菌归类为14个大类群;并采用18S rDNA序列分析,进一步把菌株归类为MJ-Ⅰ至MJ-Ⅴ五个类群,随后构建系统发育树.结果表明,样品中的霉菌以曲霉属(Aspergillus)为主,占总分离菌数的40.38%;犁头霉属(Absidia)也占有相当的比例,达到31.73%;还有16.35%的假埃希氏菌属(Pseudallescheria)、6.73%的茎点霉属(Phoma)以及4.80%的拟青霉属(Paecilomyces).其中,假埃希氏菌属菌株在相似生态环境中还未见公开报道.MJ-Ⅰ菌群的代表菌株MJ-10与烟曲霉(Aspergillus fumigatus)的相似度达到了99%,MJ-Ⅴ菌群的代表菌株MJ-11与伞枝犁头霉(Absidia corymbifera)的相似度达到100%,表明菌株MJ-10和菌株MJ-11已经鉴定到了种.研究表明,在生态环境有差异的情况下,大曲中微生物的多样性既有相似性,也有所差异,这是贵州浓香型白酒区别于其他地方浓香型白酒的一个重要原因,同时也为贵州浓香型白酒的个性化和品质提升提供了理论依据. 展开更多
关键词 丝状真菌 浓香型白酒 大曲 18s rDNA 系统发育分析 多样性 假埃希氏菌属
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基于18S rRNA和HSP70基因序列的隐孢子虫种系发育分析 被引量:14
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作者 王进产 菅复春 +5 位作者 张龙现 宁长申 闫文朝 孙铭飞 仇书兴 卢庆斌 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第9期947-953,共7页
为阐明河南区域隐孢子虫分子流行病学特点,用PCR技术扩增分离虫株的18S rRNA基因全序列和HSP70基因序列,并对扩增片段进行测序。用PAUP 4.0和TREEPUZZLE 4.1构建进化树,试图从分子水平证明河南省不同地区不同宿主来源隐孢子虫的遗传特征... 为阐明河南区域隐孢子虫分子流行病学特点,用PCR技术扩增分离虫株的18S rRNA基因全序列和HSP70基因序列,并对扩增片段进行测序。用PAUP 4.0和TREEPUZZLE 4.1构建进化树,试图从分子水平证明河南省不同地区不同宿主来源隐孢子虫的遗传特征,以阐明隐孢子虫病的分子流行病学特点。通过18S rRNA基因全序列和HSP70基因序列分析,其结果:河南人源隐孢子虫分离株为Cryptosporidium parvum鼠基因型;河南鹿源隐孢子虫分离株为C. parvum鹿基因型;河南猪源隐孢子虫的2个分离株均为C. parvum猪基因I型,即C. suis;河南鹌鹑源的隐孢子虫2个分离株分别为C. baileyi和C. meleagridis;河南乌鸡源隐孢子虫和鸵鸟源隐孢子虫分离株均为C. baileyi;河南牛源隐孢子虫分离株为C.andersoni。 展开更多
关键词 隐孢子虫 HSP70 18s RRNA 种系发育
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棕囊藻渤海株核糖体18SrDNA和ITS基因结构序列分析 被引量:23
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作者 曲凌云 吕颂辉 +3 位作者 高春蕾 李艳 孙萍 孙修勤 《海洋科学进展》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期200-206,共7页
对分离自渤海赤潮发生区的1株棕囊藻进行核糖体18S rDNA及ITS序列克隆测定,获得了长度为1 648bp的18S rDNA序列和长度为890 bp的ITS序列。对获得的基因序列进行同源性分析,结果表明,该棕囊藻的核糖体18S rDNA及ITS序列均与NCBI数据库中... 对分离自渤海赤潮发生区的1株棕囊藻进行核糖体18S rDNA及ITS序列克隆测定,获得了长度为1 648bp的18S rDNA序列和长度为890 bp的ITS序列。对获得的基因序列进行同源性分析,结果表明,该棕囊藻的核糖体18S rDNA及ITS序列均与NCBI数据库中登录的球形棕囊藻的相应序列同源性最高;从GenBank中获取不同地理来源的19种棕囊藻的18S rDNA序列及6种棕囊藻的ITS序列,分别以棕囊藻核糖体18S rDNA和ITS为对象构建了棕囊藻属的系统发育树,从分子生物学角度确定了棕囊藻渤海株为球形棕囊藻(Phaeocystis globosa)。 展开更多
关键词 棕囊藻 18s RDNA基因 ITS基因 系统发育分析
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基于18S rRNA基因序列的我国马梨形虫分类学地位分析 被引量:16
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作者 罗金 刘光远 +2 位作者 田占成 谢俊仁 张萍 《动物分类学报》 CSCD 北大核心 2011年第1期99-103,共5页
为从分子水平上阐明我国马梨形虫的种属分类特征。根据GenBank中登录的马梨形虫18SrRNA基因序列,在其高变区设计引物。PCR扩增获得大小分别为913bp、451bp的目的片段。将该片段克隆至pMD-18T载体后进行序列测定,并和GenBank上登录的其... 为从分子水平上阐明我国马梨形虫的种属分类特征。根据GenBank中登录的马梨形虫18SrRNA基因序列,在其高变区设计引物。PCR扩增获得大小分别为913bp、451bp的目的片段。将该片段克隆至pMD-18T载体后进行序列测定,并和GenBank上登录的其他地方株梨形虫18SrRNA基因序列进行同一性分析并构建系统发生树。分析显示,之前被称作马巴贝斯虫的虫种和泰勒虫虫种有着更密切的亲缘关系,在进化发育过程中处于同一种系,而与巴贝斯虫为明显的2个分支。我国驽巴贝斯虫肇源株与西班牙分离株(AY534883.1)仅有较小差异,其同源性高达91.8%。马泰勒虫肇源株与西班牙分离株(DQ287951.1,AY150064.2)同源性均高于91.4%。以上分析显示我国马梨形虫地方株和西班牙地方株亲缘关系最近,而与其他地方株差异相对较大。因此我国肇源株马梨形虫和西班牙地方株同属于Atbara8。 展开更多
关键词 马梨形虫 马泰勒虫 驽巴贝斯虫 18s RRNA 系统发育 分类学
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汉江硅藻水华优势种的形态及18S rDNA序列分析 被引量:16
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作者 郑凌凌 宋立荣 +1 位作者 吴兴华 庄惠如 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期562-565,共4页
关键词 汉江水华 冠盘藻 小环藻 18s RDNA
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短裙竹荪和白鬼笔18SrDNA部分序列及其系统学意义 被引量:15
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作者 邓旺秋 宋斌 +2 位作者 林群英 关则婷 李泰辉 《菌物研究》 CAS 2004年第1期35-39,共5页
以短裙竹荪 [Dictyophoraduplicata(Bosc.)Fisch.]和白鬼笔 (PhallusimpudicusL.:Pers)作为鬼笔目 (Phal lales)的代表种 ,将其部分 1 8SrDNA序列与担子菌门 (Basidiomycota)其他科目 1 2个代表种已知的相关序列进行对比分析 ,以接合菌... 以短裙竹荪 [Dictyophoraduplicata(Bosc.)Fisch.]和白鬼笔 (PhallusimpudicusL.:Pers)作为鬼笔目 (Phal lales)的代表种 ,将其部分 1 8SrDNA序列与担子菌门 (Basidiomycota)其他科目 1 2个代表种已知的相关序列进行对比分析 ,以接合菌总状毛霉 (MucorracemosusFres.)为外类群构建系统树 ,探讨鬼笔目在系统分类学中的地位及其亲缘关系。结果表明 ,鬼笔目中竹荪属 (Dictyophora)与鬼笔属 (Phallus)的关系最为密切 ;其次它们与笼头菌科 (Clathraceae)的三叉鬼笔属 (Pseudocolus)关系较近 ,这与传统形态学分类系统一致。此外 ,鬼笔目与J櫣lich分类系统中的钉菇目 (Gomphales)、高腹菌目 (Gautieriales)、枝瑚菌目 (Ramariales)及鸡油菌目 (Cantharel lales)的关系较其他目更为密切 ,而与牛肝菌目 (Boletales)和腹菌类的马勃目 (Lycoperdales)及硬皮马勃目 (Scle rodermatales)的亲缘关系则相对较远。这一结果支持了Kirk等将钉菇目、高腹菌目和枝瑚菌目划为鬼笔目的分类观点。 展开更多
关键词 短裙竹荪 白鬼笔 18s RDNA 序列分析 系统学
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黄牛、水牛体内人肉孢子虫18SrRNA基因研究及虫种鉴定 被引量:8
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作者 杨照青 左仰贤 +3 位作者 陈新文 丁波 罗静 张亚平 《Zoological Research》 CAS CSCD 2000年第2期133-138,共6页
本文对自然感染的水牛源的人肉孢子虫以及黄牛源人肉孢子虫DNA的 1 8SrRNA基因的PCR扩增产物进行了测序。对所获的 86 3bp的 1 8SrRNA基因分析比较表明 ,二者有较高的同源性 ,因此认为二者可能同是一种肉孢子虫———人肉孢子虫 (Sarcoc... 本文对自然感染的水牛源的人肉孢子虫以及黄牛源人肉孢子虫DNA的 1 8SrRNA基因的PCR扩增产物进行了测序。对所获的 86 3bp的 1 8SrRNA基因分析比较表明 ,二者有较高的同源性 ,因此认为二者可能同是一种肉孢子虫———人肉孢子虫 (SarcocystishominisRaillietandLucet,1 891 )。由此推断 ,不仅黄牛可作为人肉孢子虫的中间宿主 。 展开更多
关键词 人肉孢子虫 黄牛 水牛 18s RRNA基因 种鉴定
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大鼠心肌组织中microRNA和18S rRNA的降解与死亡时间的相关性 被引量:18
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作者 李文灿 马开军 +6 位作者 张萍 王慧君 沈忆文 周月琴 赵子琴 马端 陈龙 《法医学杂志》 CAS CSCD 2010年第6期413-417,共5页
目的探讨大鼠死后心肌组织中microRNA和18S rRNA的含量变化与死亡时间的关系。方法将SD大鼠断颈处死后置于25℃室温、50%湿度的环境中,于死后不同时间提取心肌组织中总RNA。利用实时荧光定量PCR检测大鼠心肌组织中miR-1-2和18S rRNA的... 目的探讨大鼠死后心肌组织中microRNA和18S rRNA的含量变化与死亡时间的关系。方法将SD大鼠断颈处死后置于25℃室温、50%湿度的环境中,于死后不同时间提取心肌组织中总RNA。利用实时荧光定量PCR检测大鼠心肌组织中miR-1-2和18S rRNA的含量变化,结果用循环阈值(Ct值)表示,分析死亡时间与Ct值的关系,最终建立死亡时间推断的回归分析方程。结果大鼠死后120h内心肌组织中miR-1-2含量无明显变化,此后开始下降;而18S rRNA含量在96 h内逐渐增多,随后开始缓慢下降。大鼠死后不同时间18S rRNA的Ct值以及18S rRNA和miR-1-2的ΔCt值与PMI呈非线性相关,二次曲线拟合的R2值分别为0.9487、0.8072。结论 18S rRNA的Ct值和18S rRNA与miR-1-2的ΔCt值与PMI之间存在明显非线性关系,可以作为早期死亡时间推断的指标。 展开更多
关键词 法医病理学 微RNAS RNA 核糖体 18s 死亡时间 聚合酶链反应 大鼠
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利用18S和ITS序列揭示8种鲇形目鱼类的系统发育 被引量:11
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作者 杨光 俞菊华 +5 位作者 徐跑 唐永凯 李建林 李红霞 卢中华 阮瑞霞 《动物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期110-117,共8页
为了探讨鲇形目(Siluriformes)鱼类系统发育关系,本研究克隆了黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)、长吻(Leiocassis longirostris)、斑鳠(Mystus guttatus)、革胡子鲇(Clarias gariepinus)、鲇鱼(Silurus asotus)和斑点叉尾(Ictaluru... 为了探讨鲇形目(Siluriformes)鱼类系统发育关系,本研究克隆了黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)、长吻(Leiocassis longirostris)、斑鳠(Mystus guttatus)、革胡子鲇(Clarias gariepinus)、鲇鱼(Silurus asotus)和斑点叉尾(Ictalurus punctatus)6种鱼类的18S和两个内转录间隔区(包括全长ITS1-5.8S-ITS2)基因,结合GenBank中双须缺鳍鲇(Kryptopterus bicirrhis)和脂鳍胡鲇(Dinotopterus cunningtoni)的同源序列进行比较分析,结果表明,(1)8种鱼18S的长度为1814~1842bp,同源性达97%以上,5.8S均为157bp,同源性也高达99.36%~100%;(2)8种鱼ITS1长度为335~620bp,其中,黄颡鱼的最长,为618~620bp,斑点叉尾的最短,为335~336bp;ITS2长度为265~459bp,其中,脂鳍胡鲇最长,为459bp,斑点叉尾的最短,约为270bp。ITS1序列的同源性为29.45%~88.21%,其中,革胡子鲇和脂鳍胡鲇同源性最高,鲇鱼和革胡子鲇同源性最低。ITS2序列的同源性为41.59%~94.07%,其中,革胡子鲇和脂鳍胡鲇同源性最高,鲇鱼和革胡子鲇同源性最低;(3)分别以鲤鱼(Cyprinus carpio)18S和ITS为外群,采用NJ法构建18S、ITS系统发育树,结果显示,鲇科与胡鲇科的关系最近,鲿科与这两科关系较远,科与另外3科关系最远。鲿科中属和黄颡鱼属的关系较鳠属更近;胡鲇科的胡鲇属和脂鳍胡鲇属是关系很近的两个属;鲇科的鲇属和缺鳍鲇属是关系较远的两属。 展开更多
关键词 鲇形目 18s ITS 系统发育
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不同感染来源疟原虫虫株的18S sRNA基因同源性分析 被引量:10
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作者 朱垚吉 邓艳 +3 位作者 毛祥华 王剑 陈梦妮 董莹 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2014年第4期331-334,339,共5页
目的分析云南省不同感染来源疟原虫株的遗传差异。方法采集不同地区疟疾患者的血样,利用巢式PCR扩增疟原虫18SsRNA基因,扩增产物进行双向测序分析,以分子进化树描述18SsRNA基因序列的同源程度。结果对2012年8月~2013年8月期间诊断为云... 目的分析云南省不同感染来源疟原虫株的遗传差异。方法采集不同地区疟疾患者的血样,利用巢式PCR扩增疟原虫18SsRNA基因,扩增产物进行双向测序分析,以分子进化树描述18SsRNA基因序列的同源程度。结果对2012年8月~2013年8月期间诊断为云南当地感染的全部疟疾患者22例及感染地为缅甸、非洲、老挝的13例疟疾患者血样进行18SsRNA基因巢式PCR扩增,8份检出恶性疟原虫目的基因片段(205bp)、35份检出间日疟原虫目标片段(120bp)。对43份PCR扩增阳性产物进行测序分析,其中8株恶性疟原虫的18SsRNA基因进化树显示属云南本地感染的虫株与非洲虫株分布在不同亚支,但均与鸡疟原虫(Plasmodium gallinaceum)(Accession:M61723)遗传进化关系较近;35株间日疟原虫的18SsRNA基因进化树显示所有虫株均集中在一个进化分支内,与食蟹猴疟原虫(P.cynomolgi)(Accession:L07559)遗传关系较近,89%的云南本地感染虫株与南美两个虫株(Accession:X13926、U03079)同在一个进化亚支。结论恶性疟原虫不同地理株的18SsRNA基因序列差异性较间日疟原虫株间的差异性更明显。 展开更多
关键词 疟原虫 地理株 18s SRNA 基因 同源性
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