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基于16SrRNA测序技术探讨间歇性禁食对2型糖尿病大鼠肠道菌群的影响
1
作者 李银芳 陈彦锋 +2 位作者 范文娟 金少举 王志勇 《四川生理科学杂志》 2025年第7期1417-1423,共7页
目的:探讨间歇性禁食(IntermittentFasting,IF)对2型糖尿病(Type2diabetesmellitus,T2DM)大鼠肠道菌群结构的影响。方法:雄性SD大鼠采用高脂饲料喂养8 w后,采用链脲佐菌素溶液(0.045 g·kg^(-1))腹腔注射建立T2DM模型。实验动物分... 目的:探讨间歇性禁食(IntermittentFasting,IF)对2型糖尿病(Type2diabetesmellitus,T2DM)大鼠肠道菌群结构的影响。方法:雄性SD大鼠采用高脂饲料喂养8 w后,采用链脲佐菌素溶液(0.045 g·kg^(-1))腹腔注射建立T2DM模型。实验动物分为正常对照组、T2DM组、IF-T2DM组(n=20)。IF-T2DM组采用“8+16”方式禁食4w。禁食结束后检测血清总胆固醇(TotalCholesterol,TC)、甘油三酯(Triglycerides,TG)、高密度脂蛋白胆固醇(High-Density Lipoprotein Cholesterol,HDL-C)、低密度脂蛋白胆固醇(Low-Density Lipoprotein Cholesterol,LDL-C)、丙氨酸氨基转移酶(AlanineAminotransferase,ALT)、天门冬氨酸氨基转移酶(AspartateAminotransferase,AST)、肌酐(Creatinine,Crea)、尿素氮(BloodUreaNitrogen,BUN)水平;采用苏木精-伊红(hematoxylineosin,HE)染色评估肝、肾组织的病理变化;收集各组大鼠新鲜粪便,采用16S rRNA测序技术进行菌群测序。结果:与对照组相比,T2DM组大鼠空腹血糖、血清TC、TG、LDL-C和肝功能指标显著升高(P<0.05),肾功能指标Crea和BUN也显著增加(P<0.05)。与T2DM组相比,IF-T2DM组大鼠血糖及代谢指标显著改善(P<0.05),肝脏和肾脏组织损伤减轻。16S rRNA测序结果显示,与对照组和IF-T2DM组相比,T2DM大鼠肠道菌群Alpha多样性指数以及组间Beta多样性存在显著性差异(P<0.05);菌群组成分析结果显示,在门水平上,T2DM大鼠肠道菌群以厚壁菌门(Firmicutes)为主,放线菌门(Actinobacteriota)含量增多,拟杆菌门(Bacteroidota)明显减少。属水平分析显示,T2DM组显著富集了葡萄球菌属(Staphylococcus)和棒状杆菌属(Corynebacterium)等潜在致病菌,而鼠杆菌属(Muribaculaceae)和普雷沃氏菌属(Prevotella)等有益菌的丰度降低。IF-T2DM组中仅乳杆菌属(Lactobacillus)的丰度显著增加,其余菌群组成与对照组基本一致。结论:IF对T2DM大鼠具有显著的代谢改善作用,能够有效降低血糖、改善脂代谢、保护肝肾功能,并调节肠道菌群组成。 展开更多
关键词 间歇性禁食 2型糖尿病 肠道菌群 16srrna测序 大鼠
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基于16SrRNA测序研究结直肠癌湿热瘀毒证舌苔微生态特征 被引量：1
2
作者 徐思源 张钦畅 +7 位作者 耿雪尘 孙珍珍 倪明欣 惠逸帆 孙晓荷 方妍 李柳 程海波 《中国中西医结合杂志》 北大核心 2025年第1期32-41,共10页
目的探究结直肠癌患者湿热瘀毒证形成的生物学基础。方法筛选2021年11月—2022年11月100例结直肠癌患者及50名健康体检者,纳入41例结直肠癌湿热瘀毒证患者(SRYD组)、41例结直肠癌非湿热瘀毒证患者(FSRYD组)及40名健康人(Normal组)。采用... 目的探究结直肠癌患者湿热瘀毒证形成的生物学基础。方法筛选2021年11月—2022年11月100例结直肠癌患者及50名健康体检者,纳入41例结直肠癌湿热瘀毒证患者(SRYD组)、41例结直肠癌非湿热瘀毒证患者(FSRYD组)及40名健康人(Normal组)。采用16SrRNA测序技术,分析各组菌群的组成和多样性差异。结果SRYD组、FSRYD组和Normal组在丰富度和多样性上无显著差异。与FSRYD组和Normal组比较,在门水平上,SRYD组在厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteriota)、迷踪菌门(Elusimicrobiota)、RCP2-54特异表达;在属水平上,SRYD组在罗尔斯通菌属(Ralstonia)、鞘鞍醇单胞菌属(Sphingomonas)、小杆菌属(Dialister)、棒状杆菌属(Corynebacterium)、罗氏菌属(Rothia)、臭杆菌属(Odoribacter)、链球菌属(Streptococcus)等特异表达。链球菌属(Streptococcus)可能作为结直肠癌湿热瘀毒证的潜在非侵入性生物标志物。基于LEfSe分析,发现厚壁菌门(p_Firmicutes)、放线菌门(p_Actinobacteriota)、链球菌科(f_Streptococcaceae)、链球菌属(g_Streptococcus)、放线菌纲(c_Actinobacteria)等是导致结直肠癌湿热瘀毒证患者舌苔变化的关键菌群。PICRUSt功能预测分析发现,SRYD组差异表达的功能主要富集的途径是磷酸转氨酶系统,缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸的降解,恶性肿瘤的中心碳代谢以及碳水化合物运输和代谢等方面。结论从舌苔菌群角度解读结直肠癌中医辨证分型具有一定的合理性。舌苔菌群的组成可以作为结直肠癌患者湿热瘀毒证的诊断指标。链球菌属(Streptococcus)可能作为结直肠癌湿热瘀毒证的潜在非侵入性生物靶标。 展开更多
关键词 结直肠癌 舌象 舌苔菌群 中医证型 16srrna测序 中西医结合
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16SrRNA测序分析椎-基底动脉狭窄患者肠道菌群结构
3
作者 杨乌兰 贺雯 《中国实用医药》 2025年第24期169-176,共8页
目的 通过16SrRNA测序技术分析椎-基底动脉狭窄患者肠道菌群结构特点以及代谢通路的差异,进而寻找预防椎-基底动脉狭窄潜在的生物学靶点。方法 将30例椎-基底动脉狭窄患者作为实验组,同时将30例健康人群纳入对照组。收集两组的粪便样本... 目的 通过16SrRNA测序技术分析椎-基底动脉狭窄患者肠道菌群结构特点以及代谢通路的差异,进而寻找预防椎-基底动脉狭窄潜在的生物学靶点。方法 将30例椎-基底动脉狭窄患者作为实验组,同时将30例健康人群纳入对照组。收集两组的粪便样本进行16SrRNA基因测序。分析两组肠道菌群数据。结果 ①Alpha多样性分析显示,两组在物种多样性和分布均匀度方面未见显著差异(P>0.05)。②Beta多样性分析显示,两组在肠道菌群结构上存在显著差异(P<0.05)。③火山图分析显示,与动脉粥样硬化和肠道黏膜屏障功能密切相关的代谢通路——P163-PWY(L-赖氨酸发酵为乙酸和丁酸的通路)在实验组中显著上调。结论 椎-基底动脉狭窄患者的肠道菌群结构发生了显著改变,患者的丁酸代谢途径被显著上调,调节肠道菌群结构的平衡以及P163-PWY代谢途径可能是椎-基底动脉狭窄潜在治疗靶点。 展开更多
关键词 椎-基底动脉狭窄 肠道菌群 16srrna基因测序
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新疆部分地区鼠类无形体和埃立克体的调查及16srRNA序列分析 被引量：16
4
作者 赵庆亮 黄林 +5 位作者 杨霞 孟庆龄 李蕊 陈鹏博 段晓东 盛金良 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期743-747,共5页
目的调查新疆部分地区鼠类携带无形体和埃立克体的状况。方法对新疆博乐、石河子、乌鲁木齐3个地区捕获的鼠类(沙鼠、褐家鼠、田鼠)401份,采集肺脏、脾脏提取总DNA,通过巢式PCR扩增无形体和埃立克体16SrRNA片段并与GenBank中相应基因序... 目的调查新疆部分地区鼠类携带无形体和埃立克体的状况。方法对新疆博乐、石河子、乌鲁木齐3个地区捕获的鼠类(沙鼠、褐家鼠、田鼠)401份,采集肺脏、脾脏提取总DNA,通过巢式PCR扩增无形体和埃立克体16SrRNA片段并与GenBank中相应基因序列进行比对分析。结果在沙鼠样本中扩增到无形体和埃立克体16SrRNA片段,而在其它两种鼠类未扩增到目的片段,扩增片段经测序、比对后确定为Anaplasma phagocytophilum和Erhlichia chaffeenisis。在312份沙鼠检测样本中,检出无形体17份,占5.45%;埃立克体48份,占15.38%;无形体和埃立克体均检出12份,占3.84%。结论新疆地区存在无形体和埃立克体病原,其主要存在与荒漠和半荒漠地带生存的沙鼠中,新疆存在这两种病原的自然疫源地,而且两种病原可以共同存在于同一宿主动物。 展开更多
关键词 无形体 埃立克体 鼠类 16srrna
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中国对虾线粒体16SrRNA基因序列分析(英文) 被引量：26
5
作者 高天翔 李健 +1 位作者 王清印 刘进贤 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2003年第5期359-364,共6页
中国对虾(Fenneropenaeuschinensis)是我国海洋渔业重要的经济虾种之一。本研究以相应引物对野生群体和人工培育第1代、第4代、第5代、第6代群体(CP1、CP4、CP5、CP6)的各2个个体的线粒体16SrRNA基因片段进行了PCR扩增和序列测定分析。... 中国对虾(Fenneropenaeuschinensis)是我国海洋渔业重要的经济虾种之一。本研究以相应引物对野生群体和人工培育第1代、第4代、第5代、第6代群体(CP1、CP4、CP5、CP6)的各2个个体的线粒体16SrRNA基因片段进行了PCR扩增和序列测定分析。分析结果表明,测得的16SrRNA基因片段长为520bp,10个中国对虾个体间无碱基差异,其A、T、G、C含量分别为171bp(32.88%)、176bp(33.85%)、104bp(20.00%)、69bp(13.27%),AT含量明显高于GC含量。利用其中长度为413bp的同源序列,以环斑鼓虾(Alpheusarmillatus)为外群探讨了对虾科(Penaeidae)中的对虾属、美对虾属、明对虾属、囊对虾属和滨对虾属5个属(Penaeus,Farfantepenaeus,Fenneropenaeus,Marsupenaeus,Litopenaeus)12种对虾间的系统关系。以NJ法构建的分子系统树显示可将以上12种虾类分为两个大群:中国对虾和斑节对虾先聚到一起后与日本对虾聚成一大群;美对虾属、滨对虾属个体各聚成1支后聚成一大群,最后与中国对虾等聚到一起。同时可见,小褐美对虾(F.subtilis)与保罗美对虾(F.paulensis)、南方滨对虾(L.schmitti)与白滨对虾(L.setiferus)种间的亲缘关系较近。 展开更多
关键词 中国对虾 线粒体 16srrna 基因 序列分析 亲缘关系 野生群体 人工培育 对虾科
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山东莱洲湾湿地长角血蜱无形体16SrRNA检测分析 被引量：10
6
作者 于强 刘庆辉 +6 位作者 鞠中斌 胡永平 刘光辉 臧建辉 王誓闻 陈创夫 张丽娟 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期323-326,共4页
目的调查山东莱洲湾湿地优势硬蜱——长角血蜱(Haemaphysalis longicornis)人粒细胞无形体病原携带及分子流行病学特征。方法 2010年5月至10月,对莱洲市第一人民医院ICU及感染科收治的26名无形体确诊病例及6名可疑病例家居环境采集游离... 目的调查山东莱洲湾湿地优势硬蜱——长角血蜱(Haemaphysalis longicornis)人粒细胞无形体病原携带及分子流行病学特征。方法 2010年5月至10月,对莱洲市第一人民医院ICU及感染科收治的26名无形体确诊病例及6名可疑病例家居环境采集游离蜱114只,家畜山羊、牛及狗体表寄生硬蜱456只,分类鉴定后分组研磨提取DNA,巢氏PCR扩增无形体16SrRNA基因并测序及序列分析。结果 69组样本PCR扩增阳性率为43.5%。序列进化分析显示无形体病原主要分3个基因群,T1优势群占检出序列的60%,该群与我国安徽无形体院内感染患者及山东沂源地区发热患者检出序列归为一类。这一群在我国周边国家日本、韩国及德国野生动物及媒介蜱中均有检出。结论东北亚环西太平洋鸟类迁徒的重要"中转站"及越冬、栖息和繁殖地—莱洲湾湿地长角血蜱存在较高无形体病原体携带率,加强当地临床发热病人无形体鉴别诊断并采取必要防控措施具有重要临床及公共卫生意义。 展开更多
关键词 无形体 长角血蜱 16srrna 遗传变异 山东莱洲湾
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线粒体16srRNA和ND4基因在种属鉴定中的应用研究 被引量：15
7
作者 田力 宋小红 +4 位作者 云利兵 白鹏 刘志勇 蒋师 李英碧 《中国法医学杂志》 CSCD 2006年第5期272-274,共3页
目的 构建一种用于种属鉴定的线粒体DNA（mtDNA）16srRNA和ND4基因荧光标记复合扩增检测体系。方法 利用引物设计软件（Primer 5）对两个mtDNA序列ND4基因和16srRNA基因设计两对引物，每对引物中的一条在5’端标记荧光素（6-FAM）。按... 目的 构建一种用于种属鉴定的线粒体DNA（mtDNA）16srRNA和ND4基因荧光标记复合扩增检测体系。方法 利用引物设计软件（Primer 5）对两个mtDNA序列ND4基因和16srRNA基因设计两对引物，每对引物中的一条在5’端标记荧光素（6-FAM）。按传统复合扩增技术建立复合扩增体系，用ABIPRISM 310基因分析仪对产物进行分析。结果 人类DNA扩增产物出现两个峰，片段大小分别为110bp的人类特异片段和149bp的人与动物共有片段，而动物DNA扩增产物出现一个峰，片段大小为149bp。对30个实验室存放5～15年的陈旧人血痕也能明确判断其种属来源。结论 该体系可以明确区分人源性生物检材与其它常见动物样本，对实验室长期存放的陈旧检材也具有较好的检测能力。 展开更多
关键词 法医物证学 线粒体DNA 种属鉴定 16srrna基因 ND4基因 复合扩增
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中国对虾16SrRNA基因序列多态性的研究 被引量：40
8
作者 邱高峰 常林瑞 +2 位作者 徐巧婷 方雄英 楼允东 《Zoological Research》 CAS CSCD 2000年第1期35-40,共6页
利用PCR技术扩增获得中国对虾 (Penaeuschinensis)线粒体DNA的 16SrRNA基因片段 ,通过测定该基因片段的序列 ,分析了取自我国烟台、长岛、青岛近海和宁波养殖的 17只中国对虾遗传多态性。结果发现 ,不同地理种群存在丰富的DNA序列多态性... 利用PCR技术扩增获得中国对虾 (Penaeuschinensis)线粒体DNA的 16SrRNA基因片段 ,通过测定该基因片段的序列 ,分析了取自我国烟台、长岛、青岛近海和宁波养殖的 17只中国对虾遗传多态性。结果发现 ,不同地理种群存在丰富的DNA序列多态性 ,17只个体具有 17种基因型 ,在扩增的长为 5 2 3bp的基因片段中 ,共检测到 3 7个多态性核苷酸位点 ( 7 0 7% )。UPGMA法构建的分子系统树表明不同地理种群中国对虾存在一定程度的遗传分化 ,长岛群体与烟台群体遗传关系较近 ,宁波群体次之 ,青岛群体为相对独立的一支。 展开更多
关键词 中国对虾 线粒体DNA 16srrna DNA序列 多态性
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慢性肝脏疾病患者肝组织中螺杆菌相关基因16SrRNA的检测 被引量：9
9
作者 陈仁 陈小苹 +2 位作者 林秋雄 林炳亮 曹会娟 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期131-132,136,共3页
目的对慢性肝脏疾病患者肝组织中螺杆菌(Hp)基因16SrRNA进行检测,了解慢性肝脏疾病患者肝组织中Hp感染状况,进一步揭示Hp感染与慢性肝脏疾病的关系。方法(1)收集肝穿活检和手术治疗肝脏组织标本,其中正常人、慢性肝炎、肝硬化、肝癌患... 目的对慢性肝脏疾病患者肝组织中螺杆菌(Hp)基因16SrRNA进行检测,了解慢性肝脏疾病患者肝组织中Hp感染状况,进一步揭示Hp感染与慢性肝脏疾病的关系。方法(1)收集肝穿活检和手术治疗肝脏组织标本,其中正常人、慢性肝炎、肝硬化、肝癌患者肝组织各30例,经病理证实。(2)应用PCR扩增Hp16SrRNA基因及测定序列。结果肝组织16SrRNA基因PCR扩增产物经1%琼脂糖凝胶电泳,于紫外检测仪下均可见16SrRNA基因阳性扩增带为109bp;18例原发性肝癌标本检出Hp16SrRNA基因,阳性率60.0%;14例肝硬化标本检出检出Hp16SrRNA基因,阳性率47%;正常人、慢性肝炎组均无检出检出Hp16SrRNA基因。肝组织螺杆菌16SrRNA测序对比分析,与Hp16SrRNA片段的基因有98.8%同源性。结论慢性肝脏疾病患者肝组织中存在Hp,Hp感染与肝癌可能存在相关性。 展开更多
关键词 幽门螺杆菌 慢性肝炎 肝硬化 肝肿瘤 16srrna
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猪阴沟肠杆菌16SrRNA甲基化酶耐药基因分析 被引量：7
10
作者 陈琳 刘健华 +4 位作者 张俊丰 陈杖榴 曾振灵 魏冬霞 黄东璋 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期167-175,共9页
【目的】分析猪阴沟肠杆菌GZL41B中4种质粒介导的16SrRNA甲基化酶耐药基因及其水平传播方式;【方法】采用PCR及序列分析方法检测鉴定猪阴沟肠杆菌中16SrRNA甲基化酶耐药基因。以大肠杆菌E.coli Rif+488(耐利福平)为受体菌进行接合试验研... 【目的】分析猪阴沟肠杆菌GZL41B中4种质粒介导的16SrRNA甲基化酶耐药基因及其水平传播方式;【方法】采用PCR及序列分析方法检测鉴定猪阴沟肠杆菌中16SrRNA甲基化酶耐药基因。以大肠杆菌E.coli Rif+488(耐利福平)为受体菌进行接合试验研究16SrRNA甲基化酶耐药基因的水平传播方式。用微量稀释法测定原菌株及其接合子对18种抗菌药物的敏感性。用PCR及序列测定法分析比较来自同一猪腹泻直肠拭子阴沟肠杆菌GZL41B和大肠杆菌GZL41H的侧翼序列并对172株动物源大肠杆菌中16SrRNA甲基化酶耐药基因流行情况进行调查。【结果】从阴沟杆菌中成功扩增出目的片段,该片段经限制性内切酶HindⅢ酶切后,出现与预期的531 bp和194 bp相符的两段片段,序列测定结果证实该基因为rmtB,GenBank登录号为EF017943。以E.coli Rif+488(耐利福平)为受体菌,成功地获得了接合子,该接合子经鉴定为大肠杆菌。原菌株和接合子对卡那霉素、阿米卡星、妥布霉素、西梭米星、萘替米星、庆大霉素等4,6-二脱氧链霉胺类高度耐药,其MIC均≥256μg.mL-1。大肠杆菌GZL41H中,rmtB的上游为Tn3转座子的部分序列,下游为肠炎沙门氏菌基因岛SGI1上融合酶编码基因groEL/intI1的部分序列orf1,而来源相同的阴沟肠杆菌GZL41B未扩增到与大肠杆菌GZL41H相同的侧翼序列。172株动物源大肠杆菌中,25株菌(15%)检出rmtB,1株菌(0.6%)检出armA;【结论】16SrRNA甲基化酶耐药基因rmtB首次出现在猪阴沟肠杆菌中,该基因介导猪阴沟肠杆菌对4,6-二脱氧链霉胺类氨基糖苷抗生素的高度耐药,并能通过接合方式在不同种属细菌间进行传播。rmtB在阴沟肠杆菌和大肠杆菌中传播的遗传背景存在差异。动物源大肠杆菌中rmtB广泛流行。 展开更多
关键词 猪 阴沟肠杆菌 16srrna甲基化酶 耐药 rmtB
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基于16SrRNA序列探讨龟鳖类的遗传分化和系统发生 被引量：12
11
作者 郑将臣 万全 +1 位作者 程起群 赵金良 《湖南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期199-205,共7页
用PCR和测序的方法,获得13种龟鳖类的线粒体16SrRNA基因片段序列,结合NCBI收录的47种龟鳖的线粒体16SrRNA基因序列,分析龟鳖类的遗传分化和系统发生。结果表明,对60条序列进行比对后得到480 bp的一致序列,其中,可变位点229个,总变异率为... 用PCR和测序的方法,获得13种龟鳖类的线粒体16SrRNA基因片段序列,结合NCBI收录的47种龟鳖的线粒体16SrRNA基因序列,分析龟鳖类的遗传分化和系统发生。结果表明,对60条序列进行比对后得到480 bp的一致序列,其中,可变位点229个,总变异率为47.7%;简约信息位点186个,插入/缺失80个。腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、鸟嘌呤(G)、胞嘧啶(C)4种碱基的平均含量分别为33.6%、24.3%、18.5%、23.7%,转换与颠换比为1.95。7种闭壳龟种间的遗传距离为0.004～0.063,平均为0.03;潮龟科17个属间的遗传距离为0.053～0.120,平均为0.091;曲颈龟亚目8个科间(不包括平胸龟)的遗传距离为0.071～0.259,平均为0.169。龟科是陆龟科与潮龟科的姐妹群,潮龟科与陆龟科的亲缘关系比龟科与陆龟科的亲缘关系要近;应将乌龟重新归入拟水龟属,将锯缘龟纳入闭壳龟属;闭壳龟属不应拆分为闭壳龟属和盒龟属,即不将黄缘盒龟和黄额盒龟归入盒龟属。 展开更多
关键词 龟鳖类 16srrna基因 遗传分化 分子进化 系统发生
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线粒体16SrRNA和Cytb基因复合扩增进行种属鉴定 被引量：7
12
作者 叶懿 吴谨 +2 位作者 罗海玻 王卓 李英碧 《法医学杂志》 CAS CSCD 2008年第4期259-261,I0001,共4页
目的建立一种用于种属鉴定的线粒体DNA16SrRNA基因和细胞色素b基因荧光标记复合扩增检测体系。方法利用引物设计软件Primer5.0对mtDNA序列的16SrRNA基因和细胞色素b基因各设计一对引物,建立复合扩增体系,分别扩增人和牛、猪、狗、鸡、草... 目的建立一种用于种属鉴定的线粒体DNA16SrRNA基因和细胞色素b基因荧光标记复合扩增检测体系。方法利用引物设计软件Primer5.0对mtDNA序列的16SrRNA基因和细胞色素b基因各设计一对引物,建立复合扩增体系,分别扩增人和牛、猪、狗、鸡、草鱼5种常见动物,用310遗传分析仪对产物进行分析。结果人和5种动物DNA扩增产物均出现两个峰,Cytb通用引物的扩增产物为人与动物的共有峰,为358bp;16SrRNA基因的扩增产物为人与动物间存在位置差异的特异峰,位于231～256bp之间。结论该复合扩增体系可以明确区分人和5种动物样本,可用于种属鉴定。 展开更多
关键词 法医遗传学 生物学鉴定法 基因扩增 DNA 线粒体 基因 16srrna 基因 细胞色素B
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16SrRNA高通量测序研究有龋者唾液微生物群落结构及多样性 被引量：10
13
作者 王少果 游祥磊 +4 位作者 车春晓 曾飒 周建业 李志强 何祥一 《口腔医学研究》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期461-465,共5页
目的:通过16SrRNA高通量测序研究有龋和无龋者唾液的微生物群落结构及其差异。方法:在甘肃省康乐县景古镇居民口腔检查中随机选取14位汉族居民,其中,7例有龋(caries-active,CA组,DMFT≥4)、7例无龋(caries-free,CF组)。采取唾液样本,提D... 目的:通过16SrRNA高通量测序研究有龋和无龋者唾液的微生物群落结构及其差异。方法:在甘肃省康乐县景古镇居民口腔检查中随机选取14位汉族居民,其中,7例有龋(caries-active,CA组,DMFT≥4)、7例无龋(caries-free,CF组)。采取唾液样本,提DNA,PCR扩增,利用Illumina Miseq测序平台对16SrRNA V4区进行双端测序;利用Mothur、MEGAN4、Cluster 3.0和Java Treeview等软件进行细菌群落结构及多样性的差异分析。结果:共得到118151条优质序列,发现5738个OTUs,2795个物种,归属27个门,218个属。CA组和CF组唾液微生物群落结构有差异,其中,门水平上,Firmicutes和SR1在CA组显著低于CF组(P<0.05)。属水平上,Rothia、Alistipes和Catonella在CA组显著低于CF组(P<0.05),Scardovia在CA组显著高于CF组(P<0.05);CA组和CF组OTUs分别为(550.2±26.48),(597.4±66.07),CA组和CF组Simpson多样性指数分别为(0.73±0.03),(0.49±0.01),均无统计学差异。结论:人类口腔唾液有复杂的微生物群落结构;在门水平和属水平上,有龋者的微生物种类较无龋者稍有减少;Firmicutes和SR1菌门,Rothia、Alistipes和Catonella菌属的存在与龋病呈负相关;相反地,Scardovia等菌属的存在与龋病呈正相关。 展开更多
关键词 龋病 微生物群落结构 16srrna高通量测序 唾液
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3个不同群体罗氏沼虾线粒体16SrRNA基因序列分析及遗传差异 被引量：11
14
作者 蒋钦杨 杨学明 +3 位作者 郭亚芬 蒋和生 兰干球 莫毅 《水产科学》 CAS 北大核心 2005年第10期28-31,共4页
利用PCR技术扩增获得罗氏沼虾线粒体16SrRNA基因的部分片段,通过序列测定和用限制性内切酶MboI、AluI和TaqI分别对上述PCR产物进行限制性片段长度多态分析(RFLP),分析了取自缅甸引进种子代、广西养殖群体及江苏养殖群体3个不同群体罗氏... 利用PCR技术扩增获得罗氏沼虾线粒体16SrRNA基因的部分片段,通过序列测定和用限制性内切酶MboI、AluI和TaqI分别对上述PCR产物进行限制性片段长度多态分析(RFLP),分析了取自缅甸引进种子代、广西养殖群体及江苏养殖群体3个不同群体罗氏沼虾的遗传差异。结果表明:在3个群体间序列同源性对比无变异,PCR-RFLP未发现有片段多态性,3个群体间不存在遗传结构差异。可能表明这3个群体的罗氏沼虾起源同一个种群,且分化较低。 展开更多
关键词 罗氏沼虾 线粒体16srrna PCR—RFLP 遗传差异
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基于16SrRNA高通量测序技术分析福州地区慢传输型便秘患者肠道菌群的变化 被引量：14
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作者 刘启鸿 方文怡 +3 位作者 胡露楠 陈盈 赵培琳 柯晓 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2022年第3期323-326,共4页
目的运用16SrRNA高通量测序技术分析福州地区慢传输型便秘(STC)患者肠道菌群变化的特征。方法纳入60例STC患者和健康志愿者20例,留取新鲜粪便样本,冰块运送至实验室并存放于-80度冰箱,应用16SrRNA高通量测序技术,分析各组肠道菌群的生... 目的运用16SrRNA高通量测序技术分析福州地区慢传输型便秘(STC)患者肠道菌群变化的特征。方法纳入60例STC患者和健康志愿者20例,留取新鲜粪便样本,冰块运送至实验室并存放于-80度冰箱,应用16SrRNA高通量测序技术,分析各组肠道菌群的生物多样性与结构组成。结果测序后共得到1702004524条有效序列,样本序列平均有效长度为414.1bp,总样本平均序列条数为2127505.7条。与对照组比较,STC患者肠道菌群丰度指数Ace指数、Chao指数和肠道菌群多样性指数Shannon指数下降(P<0.05),肠道菌群多样性指数Simpson指数显著升高(P<0.05)。在门水平上,STC组以拟杆菌门、放线菌门为主,正常对照组以厚壁菌门为主。在属水平上,STC组以拟杆菌属(Bacteroides)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、丹毒杆菌属(Erysipelatoclostridium)、巨单胞菌属(Megamonas)为主,正常对照组以乳酸杆菌属(Lactobacillus)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、布劳特菌属(Blautia)为主。结论STC患者肠道菌群发生紊乱,表现为丰度及多样性下降,菌群结构发生改变,可能与慢传输型便秘的发生发展有关。 展开更多
关键词 慢传输型便秘 肠道菌群 16srrna 菌群多样性
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我国北方蜱中人粒细胞埃立克体16SrRNA基因的检测 被引量：38
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作者 高东旗 曹务春 +2 位作者 赵秋敏 张习坦 方立群 《寄生虫与医学昆虫学报》 CAS 2000年第2期103-108,共6页
本文应用人粒细胞埃立克体病 ( HGE)的病原体的 1 6S r RNA基因序列的特异引物对采自我国北方地区的一些蜱标本进行扩增 ,首次从内蒙古大兴安岭采集的全沟硬蜱、森林革蜱和嗜群血蜱 ,以及从新疆精河采集的全沟硬蜱和草原革蜱中扩增出该... 本文应用人粒细胞埃立克体病 ( HGE)的病原体的 1 6S r RNA基因序列的特异引物对采自我国北方地区的一些蜱标本进行扩增 ,首次从内蒙古大兴安岭采集的全沟硬蜱、森林革蜱和嗜群血蜱 ,以及从新疆精河采集的全沟硬蜱和草原革蜱中扩增出该病原体的 1 6S r RNA基因片段。所测出的 967bp序列与美国 HGE株 ( Gen Bank U0 2 52 1 )的同源性为 1 0 0 % 展开更多
关键词 人粒细胞埃立克体 蜱 16srrna基因
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副鸡嗜血杆菌的分离鉴定及16SrRNA序列分析 被引量：12
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作者 李富祥 李华春 +3 位作者 许琳 覃袖伟 杨仕标 朱建波 《中国动物传染病学报》 CAS 2012年第4期32-38,共7页
从云南省和四川省规模化养鸡场鸡传染性鼻炎疑似病例鸡鼻窦分离到2株革兰氏阴性小杆菌,并对其进行生化鉴定、PCR鉴定和16SrRNA序列比对鉴定。16SrRNA分析表明两分离株与GenBank中的其他副鸡嗜血杆菌（Haemophilus paragallinarum,HPg）... 从云南省和四川省规模化养鸡场鸡传染性鼻炎疑似病例鸡鼻窦分离到2株革兰氏阴性小杆菌,并对其进行生化鉴定、PCR鉴定和16SrRNA序列比对鉴定。16SrRNA分析表明两分离株与GenBank中的其他副鸡嗜血杆菌（Haemophilus paragallinarum,HPg）参考株核苷酸同源性为94.2%~99.2%。两分离菌株鉴定为副鸡嗜血杆菌,分别命名为YNAN20120110和SCPZH20120120株。16SrRNA遗传进化关系表明：分离株与NAD非依赖型副鸡嗜血杆菌血清A型代表株GU951543（HP105strain）的16SrRNA序列位于一个分支上,遗传进化关系最近,它们之间的核苷酸同源性为99.2%;与副鸡嗜血杆菌血清A型参考株AY498867（0083株）核苷酸同源性为96.9%。致病性实验表明分离菌株对成年产蛋鸡有强致病性。抗生素药物敏感试验表明：分离菌株对头孢吡肟、头孢噻吩、氯霉素、卡那霉素和氧氟沙星高敏,对四环素中敏,对磺胺甲唑耐药。 展开更多
关键词 副鸡嗜血杆菌 分离 鉴定 16srrna 序列分析
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中国沿海鳓不同地理群体16SrRNA基因的遗传变异分析 被引量：10
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作者 吕振明 许逸天 +2 位作者 吴常文 樊甄姣 张建设 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期463-470,共8页
为阐述过度捕捞后中国现存鳓(Ilisha elongata)资源的种质状况,采用16SrRNA基因测序技术对青岛、舟山、厦门和广州4个鳓地理群体的种群结构及遗传变异进行研究。通过对4个鳓群体共45个个体的线粒体16SrRNA基因进行测序,获得1个长度为65... 为阐述过度捕捞后中国现存鳓(Ilisha elongata)资源的种质状况,采用16SrRNA基因测序技术对青岛、舟山、厦门和广州4个鳓地理群体的种群结构及遗传变异进行研究。通过对4个鳓群体共45个个体的线粒体16SrRNA基因进行测序,获得1个长度为657bp的同源序列。45个个体中共检测到32个多态位点,多态位点比例达4.88%,其中插入或缺失位点10个;45个个体中检测出20个单倍型,单倍型多样性指数(H)达0.812,核苷酸多样性指数(Pi)达0.0031,平均核苷酸差异数(K)达2.016。结果表明,中国现存鳓种群仍具较高的遗传多样性水平。对4个群体的遗传结构进行检测表明,青岛群体与其他3个群体间存在显著的遗传分化,两个类群间存在1个固定位点的核苷酸差异,分化系数(Fst)达0.3852(P<0.01),基因流(Nm)为0.7980;而舟山、厦门和广州这3群体内部则无显著遗传分化(P>0.01);AMOVA检测显示,69.48%的遗传差异存在于群体内部,而30.52%的遗传差异存在于群体间;聚类分析结果和单倍型网络关系图也证实上述鳓群体的地理分化。推测青岛群体的分化可能与晚更新世以来频繁的海平面变化有关。 展开更多
关键词 鳓 16srrna基因 遗传变异
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基于鸭疫里默氏杆菌16SrRNA PCR检测方法的建立和应用 被引量：21
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作者 杨苗 程安春 +3 位作者 汪铭书 仲崇岳 段泽 朱德康 《四川农业大学学报》 CSCD 2007年第3期343-347,共5页
根据GenBank中鸭疫里默氏杆菌(RA)16SrRNA基因序列设计特异性引物,建立了基于鸭疫里默氏杆菌16SrRNA PCR检测方法。以建立的PCR方法对RA、大肠杆菌、沙门氏菌、鸭源金黄色葡萄球菌、两双歧杆菌、短乳酸杆菌、屎肠球菌和短小芽孢杆菌进... 根据GenBank中鸭疫里默氏杆菌(RA)16SrRNA基因序列设计特异性引物,建立了基于鸭疫里默氏杆菌16SrRNA PCR检测方法。以建立的PCR方法对RA、大肠杆菌、沙门氏菌、鸭源金黄色葡萄球菌、两双歧杆菌、短乳酸杆菌、屎肠球菌和短小芽孢杆菌进行检测,结果只有RA DNA能扩增出844 bp的特异条带,其他细菌的DNA不能扩增出任何条带;从凝胶中回收DNA条带,测序结果与GenBank中RA相应序列完全一致。对不同稀释度的RADNA样品进行扩增,PCR对RA DNA最小检出量为22 pg,最少检出RA 80 CFU/mL。以该PCR方法对可疑为RA的临床病料和菌株进行检测和鉴定,结果与细菌分离鉴定吻合率为100%。表明本研究所建立的基于RA 16SrRNAPCR方法具有快速、灵敏、特异的优点,可用于RA感染的检测、分子流行病学调查和分离菌株的快速鉴定。 展开更多
关键词 鸭疫里默氏杆菌 16srrna PCR
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16SrRNA在海洋微生物系统分子分类鉴定及分子检测中的应用 被引量：62
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作者 洪义国 孙谧 +1 位作者 张云波 李勃生 《海洋水产研究》 CSCD 2002年第1期58-63,共6页
16 S r RNA序列分析作为微生物系统分类的主要依据已得到广泛认同 ,随着微生物核糖体RNA数据库的日臻完善 ,该技术成为细菌分类和鉴定的一个有力工具。本文总结了 16 S r RNA作为海洋微生物系统分子分类鉴定的理论基础和具体方法 ,分析... 16 S r RNA序列分析作为微生物系统分类的主要依据已得到广泛认同 ,随着微生物核糖体RNA数据库的日臻完善 ,该技术成为细菌分类和鉴定的一个有力工具。本文总结了 16 S r RNA作为海洋微生物系统分子分类鉴定的理论基础和具体方法 ,分析了用 16 S r RNA研究海洋微生物的进化关系 ,并且对 16 S r 展开更多
关键词 16srrna 海洋微生物 分子分类鉴定 分子检测 应用
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