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基于梨转录组的SSR分子标记的开发与应用
1
作者 尹玉环 于心怡 +3 位作者 李冰 刘建龙 杨英杰 李鼎立 《北方园艺》 北大核心 2026年第2期19-26,共8页
以“QAUP-1/青砧D1”嫁接组合的嫁接口为试材,采用转录组测序、Trinity无参组装、Hisat2序列比对及MISA位点搜索与Primer3引物设计的方法,研究了该嫁接组合嫁接口的EST-SSR位点特征及引物开发,以期为梨嫁接相关的分子标记应用与遗传研... 以“QAUP-1/青砧D1”嫁接组合的嫁接口为试材,采用转录组测序、Trinity无参组装、Hisat2序列比对及MISA位点搜索与Primer3引物设计的方法,研究了该嫁接组合嫁接口的EST-SSR位点特征及引物开发,以期为梨嫁接相关的分子标记应用与遗传研究提供参考依据。结果表明:“QAUP-1/青砧D1”嫁接组合嫁接口转录组共有71544个Unigenes,使用最长转录本(编码基因数量)进行EST-SSR位点预测,共搜索到2433个SSR位点,在“QAUP-1/青砧D1”嫁接组合嫁接口转录组中的出现频率为5.47%(检出的SSR位点个数与总unigene数目之比)。重复次数最多的基序为AG/CT和TC/GA,分别占19.40%和13.93%。EST-SSR基序的重复次数主要分布在6~10次,该范围内有1557个EST-SSR位点,占总EST-SSR位点的63.99%。“QAUP-1/青砧D1”嫁接组合嫁接口转录组SSR位点多态性较好,长度在10~12bp的SSR有217条,占总SSR位点的8.92%,13~20bp的SSR有1127条,占总SSR位点的46.32%,而长度在20bp以上的SSR有1089条,占总SSR位点数的44.76%。随机选取12对EST-SSR引物,在5个梨组织样本中共扩增出59个条带,平均每条EST-SSR有4.9个等位位点,多样性条带有4个。 展开更多
关键词 梨 转录组 EST-SSR 引物开发
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基于转录组数据的玉米小斑病菌EST-SSR分子标记开发及多态性分析
2
作者 徐超 李迪 +5 位作者 杨艳艳 马旭阳 马庆周 郭雅双 施艳 张猛 《福建农林大学学报(自然科学版)》 北大核心 2026年第1期33-44,共12页
【目的】基于玉米小斑病菌(Bipolaris maydis)转录组数据鉴定简单重复序列(SSR)位点,开发可用于该植物病原真菌种内遗传变异分析的全新DNA分子标记。【方法】使用MISA软件对玉米小斑病菌去冗余的unigenes进行SSR标记检索与分析,采用Prim... 【目的】基于玉米小斑病菌(Bipolaris maydis)转录组数据鉴定简单重复序列(SSR)位点,开发可用于该植物病原真菌种内遗传变异分析的全新DNA分子标记。【方法】使用MISA软件对玉米小斑病菌去冗余的unigenes进行SSR标记检索与分析,采用Primer 3.0设计SSR引物,通过本地BLASTN比对以及原始测序数据的mapping筛选具有潜在扩增多态性的SSR引物,并通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳验证所筛选引物的有效性、多态性和通用性。【结果】在14549条玉米小斑病菌unigenes序列中共检索到5767个SSR位点,发生频率和分布频率分别为23.52%和39.64%,平均分布距离为4.94 kb。其中,单核苷酸重复类型最丰富,占总SSR位点总数的40.70%,二核苷酸(28.18%)和三核苷酸重复类型(26.69%)次之。A/T、AC/GT、C/G和AG/CT是其优势重复基序,共占SSR位点总数的67.05%。SSR基序的重复次数主要在5~14次之间,以10次重复最多(占25.92%),其中,绝大部分为单核苷酸。SSR序列长度的分布范围为10~84 bp,以长度为10 bp的SSR位点数量最多,占SSR位点总数的23.32%,序列长度≥20 bp(高多态性)的SSR共有1309条,占总数的22.70%。进一步通过生物信息学手段和PCR产物电泳检测从100对随机抽选的引物中筛选得到29对扩增性好且多态性较高的SSR引物。【结论】玉米小斑病菌转录组含丰富的SSR位点,具有开发多态性引物的潜力;本次筛选得到的SSR引物可用于后续玉米小斑病菌的种群变异及遗传图谱等研究。 展开更多
关键词 玉米小斑病 玉蜀黍平脐蠕孢 转录组 EST-SSR 多态性
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罗浮柿EST-SSR分子标记开发和种群遗传多样性评价
3
作者 汤瑞瑜 李想 +2 位作者 黄钰琳 冯钰 张永华 《热带亚热带植物学报》 北大核心 2026年第1期63-71,共9页
该研究基于罗浮柿(Diospyros morrisiana)幼苗转录组数据,利用Candi SSR软件开发了1620对具有多态性的EST-SSR分子标记,并基于随机筛选的15对EST-SSR分子标记对8个天然种源地的157株罗浮柿野生植株的遗传多样性进行评价。结果表明,转录... 该研究基于罗浮柿(Diospyros morrisiana)幼苗转录组数据,利用Candi SSR软件开发了1620对具有多态性的EST-SSR分子标记,并基于随机筛选的15对EST-SSR分子标记对8个天然种源地的157株罗浮柿野生植株的遗传多样性进行评价。结果表明,转录组数据集包含100285条Unigene序列,总长为98738602 bp;其中含有34121个SSR位点,发生频率为34.02%,约每2.89 kb含1个SSR位点。从中随机选择的15对具有良好多态性的EST-SSR引物,多态性信息含量(PIC)为0.244~0.877,均值为0.623,其中12个位点具有高度多态性(PIC:0.543~0.788)。基于15对EST-SSR引物的8个罗浮柿野生种群的观测杂合度为0.503~0.650,期望杂合度为0.574~0.610,Shannon多样性指数为1.072~1.245,表现出中等遗传多样性。罗浮柿野生种群的遗传变异绝大部分在种群内(83.29%),种群间存在广泛的基因流,遗传关系较近。该研究为开展罗浮柿的种质资源评价、遗传多样性分析和分子标记辅助育种提供技术支持和科学依据。 展开更多
关键词 罗浮柿 引物开发 EST-SSR 遗传结构 遗传多样性
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榆属种质资源遗传多样性分析及核心种质筛选
4
作者 代剑锋 王玉忠 +4 位作者 徐振华 张鸿景 李亚 冯树香 郑聪慧 《东北林业大学学报》 北大核心 2026年第2期27-35,共9页
利用自主设计并筛选的15对榆属通用EST-SSR引物,对包含6个种和2个变种在内的184份榆属种质资源的遗传多样性及群体结构分析,并以个体间Nei’s遗传距离作为首要控制条件构建白榆核心种质。结果表明:榆属种质资源的观测杂合度、期望杂合... 利用自主设计并筛选的15对榆属通用EST-SSR引物,对包含6个种和2个变种在内的184份榆属种质资源的遗传多样性及群体结构分析,并以个体间Nei’s遗传距离作为首要控制条件构建白榆核心种质。结果表明:榆属种质资源的观测杂合度、期望杂合度和无偏期望杂合度分别为0.439、0.590、0.591,Shannon’s信息指数达到1.278,表明其遗传多样性丰富;184份种质可以划分为2个类群,类群Ⅰ主要由白榆种质构成,其他榆属种质(包括春榆、脱皮榆、榔榆、大果榆、黑榆和裂叶榆等)大多属于类群Ⅱ;PCoA分析和聚类结果进一步验证了群体划分的可靠性;综合考虑个体间Nei’s遗传距离、等位基因保存率和个体数量,构建的15份白榆核心种质保留了原始种质92.4%的等位基因,个体数量、Shannon’s信息指数、观测杂合度、期望杂合度和无偏期望杂合度分别提高至原群体的123.3%、119.3%、113.0%、113.7%、117.1%,代表性较高。 展开更多
关键词 榆属 EST-SSR引物 遗传多样性 群体结构 核心种质
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猕猴桃果肉颜色性状基因及其EST-SSR标记发掘
5
作者 孙淑霞 涂美艳 +6 位作者 李靖 陈栋 宋海岩 徐子鸿 廖明安 李明章 江国良 《分子植物育种》 北大核心 2025年第5期1469-1480,共12页
果肉颜色是猕猴桃重要的品质性状,不同果肉颜色的猕猴桃在色素成分、糖和维生素C含量等方面存在很大差异。为了探究猕猴桃果肉颜色形成的分子机制,本研究以红肉猕猴桃‘红实2号’和黄肉猕猴桃‘金实1号’为研究对象,采用RNA-seq技术,通... 果肉颜色是猕猴桃重要的品质性状,不同果肉颜色的猕猴桃在色素成分、糖和维生素C含量等方面存在很大差异。为了探究猕猴桃果肉颜色形成的分子机制,本研究以红肉猕猴桃‘红实2号’和黄肉猕猴桃‘金实1号’为研究对象,采用RNA-seq技术,通过分析果实不同时期不同部位的转录组表达差异。结果表明,编码花青素合成的Achn385311(3GGT)基因可能是控制‘红实2号’内果皮呈红色的主效基因,‘金实1号’后期果肉呈深黄色可能与Achn158981(GT7)、Achn150731、Achn068721(PAO)、Achn282201(PAO)和Achn176251(UGT71A16)等基因的表达调控有关。针对差异表达的230个猕猴桃果肉颜色相关基因,利用Primer Premier 5.0设计出727对EST-SSR引物,以7份不同果肉颜色的猕猴桃基因组DNA为模板,随机选择112对引物进行有效性验证,筛选出了具有清晰的扩增产物的引物78对,有效扩增率为69.64%,58对具有多态性,多态性频率为74.36%。本研究结果为猕猴桃果实呈色机理研究及分子标记辅助育种提供了理论基础。 展开更多
关键词 猕猴桃 转录组 花青素 类胡萝卜素 EST-SSR
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柠檬转录组SSR标记开发及遗传多样性分析
6
作者 余智城 何雪娇 +1 位作者 陈振东 林秀香 《福建农业学报》 北大核心 2025年第4期333-340,共8页
【目的】以柠檬转录组数据为基础开发EST-SSR标记并进行遗传多样性分析。【方法】利用MISA软件对柠檬转录组进行SSR位点搜索,用Primer 3.0设计和筛选引物,并绘制49份柠檬的聚类图。【结果】共鉴定到40 193个SSR位点,SSR分布频率为35.67%... 【目的】以柠檬转录组数据为基础开发EST-SSR标记并进行遗传多样性分析。【方法】利用MISA软件对柠檬转录组进行SSR位点搜索,用Primer 3.0设计和筛选引物,并绘制49份柠檬的聚类图。【结果】共鉴定到40 193个SSR位点,SSR分布频率为35.67%,平均分布距离为1.39 kb;柠檬转录组中SSR序列以单、三、二核苷酸重复类型为主,分别占80.91%、9.20%和8.67%,其优势基元分别为A/T、AG/CT和AAG/CTT;共设计出4 561对引物,选取其中24对进行有效性验证,筛选到13对多态性引物;扩增得到47个等位基因,有效等位基因均值为3.615;观察杂合度、期望杂合度和引物多态信息含量的均值为0.637、0.516和0.528;在遗传距离0.40时可将供试材料划分为五大类,聚类结果与传统的形态学分类结果大体一致。【结论】本研究开发的13对EST-SSR引物能将供试材料进行有效区分,与传统分类学相吻合,并揭示了供试材料间具有丰富的遗传多样性,为柠檬种质资源后续开发及利用提供参考依据。 展开更多
关键词 柠檬 转录组 SSR重复类型 聚类分析
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基于EST-SSR的钟花樱与近缘种的聚类分析及嫁接亲和性研究
7
作者 刘夔 李梓函 +4 位作者 张依 郝文洁 姜蕾 叶琦 付涛 《广西植物》 北大核心 2025年第4期761-772,共12页
该研究以16种樱属植物为研究材料,利用EST-SSR分子标记技术对其进行聚类分析,旨在为钟花樱及其近缘种的物种分类、物种资源保护、砧木选择和杂交亲本选择提供分子水平的依据和技术支持。结果表明:(1)遗传多样性分析发现17对EST-SSR引物... 该研究以16种樱属植物为研究材料,利用EST-SSR分子标记技术对其进行聚类分析,旨在为钟花樱及其近缘种的物种分类、物种资源保护、砧木选择和杂交亲本选择提供分子水平的依据和技术支持。结果表明:(1)遗传多样性分析发现17对EST-SSR引物共检测出98个等位基因,每对引物平均为5.76个,有效等位基因数(N_(e))为1.16~7.64,平均值为3.22;观察杂合度(H_(o))为0.04~0.54,平均值为0.28;期望杂合度(H_(e))为0.58~0.92,平均值为0.77;Shannon’s指数(I)为1.38~2.65,平均值为2.14;多态信息含量(PIC)为0.62~0.92,平均值为0.78。(2)聚类分析结果发现除了野生早樱和黑樱桃外,其余14个物种亲缘关系密切,聚为一大类(遗传相似系数C_(GS)为0.6531~0.9184),其中,钟花樱和高盆樱之间的亲缘关系最高(C_(GS)=0.9184),钟花樱和野生早樱之间的亲缘关系最低(C_(GS)=0.7755),因此,建议使用亲缘关系较远的野生早樱和黑樱桃与钟花樱进行杂交实验。(3)在我国南方的生产实践中,已出现以华中樱为砧木,以钟花樱为接穗嫁接的高接苗。因此,从理论上讲,与钟花樱亲缘关系较近的华中樱、山樱、散毛樱和浙闽樱等也可以作为砧木,但还应考虑砧木的抗性、长势、繁殖和寿命等。通过嫁接实验得知,华中樱和山樱作为砧木嫁接钟花樱成活率最高(≥80%),与分子实验基本一致,比较适合作为嫁接钟花樱的砧木。该研究结果为钟花樱的选育、繁殖、保护和利用以及樱属之间的物种分类提供了分子依据。 展开更多
关键词 樱属 钟花樱 遗传多样性 亲缘关系 育种 EST-SSR
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异质生境下山东银莲花的转录组分析及EST-SSR分子标记开发 被引量：1
8
作者 单筱涵 安康 +4 位作者 周春霞 张鑫 逄玉娟 李丽霞 卞福花 《广西植物》 北大核心 2025年第1期95-107,共13页
为探究稀有物种山东银莲花在全光照的山顶灌丛和阴暗的针阔混交林下两种不同生境中的生态适应机制,并开发其EST-SSR分子标记,该研究利用Illumina高通量测序技术对开花期的山东银莲花叶片进行转录组测序,获取其功能注释和差异表达基因(DE... 为探究稀有物种山东银莲花在全光照的山顶灌丛和阴暗的针阔混交林下两种不同生境中的生态适应机制,并开发其EST-SSR分子标记,该研究利用Illumina高通量测序技术对开花期的山东银莲花叶片进行转录组测序,获取其功能注释和差异表达基因(DEGs)。结果表明:(1)转录组测序共得到53536条Unigenes序列,其中27448条成功获得注释。(2)差异表达基因5635个,1600个在山顶灌丛的山东银莲花中上调表达,其余4035个下调表达。有2460个差异表达基因注释到GO数据库2533个三级条目中,1051个差异表达基因注释到KEGG数据库的113条代谢通路中。(3)山东银莲花适应于异质生境的代谢通路主要涉及光合作用-天线蛋白通路和类黄酮生物合成通路,光合作用-天线蛋白通路中lhca 5基因上调表达,lhcb 1、lhcb 2和lhcb 3基因下调表达,类黄酮生物合成通路中chs、c 4 h、f 3′h、f 3 h、fls、ans、chi、ccoaomt和hct基因均上调表达。(4)从山东银莲花转录组数据中共获得7146个SSR位点分布于6006条Unigenes序列中,共计106种重复基序,优势重复基序为单核苷酸重复。设计合成100对EST-SSR引物中共有68对引物具有有效性,其中11对具有多态性,共扩增24个多态性片段。该研究首次开发了山东银莲花EST-SSR分子标记,为山东银莲花的保护和利用提供了重要的分子标记资源。 展开更多
关键词 异质生境 山东银莲花 转录组 EST-SSR 生态适应机制
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基于RNA-seq的冰草EST-SSR标记开发及验证 被引量：1
9
作者 杨东升 李冉 +4 位作者 宝格日乐 王海伟 卢倩倩 郝水源 刘建华 《麦类作物学报》 北大核心 2025年第7期891-901,共11页
冰草是小麦抗逆遗传改良的重要近缘植物,开发冰草基因组分子标记对于加快冰草的遗传育种效率和利用具有重要意义。本研究基于转录组测序(RNA-seq)技术,对2个冰草材料的幼嫩根、茎、叶片及结实期的花穗、种子进行生物信息学分析,开发高... 冰草是小麦抗逆遗传改良的重要近缘植物,开发冰草基因组分子标记对于加快冰草的遗传育种效率和利用具有重要意义。本研究基于转录组测序(RNA-seq)技术,对2个冰草材料的幼嫩根、茎、叶片及结实期的花穗、种子进行生物信息学分析,开发高多态性的EST-SSR标记并进行验证。结果表明,共获得23491793条高质量序列,其碱其长7.03 Gb,GC含量56.44%,Q30为93.04%。共获得33993条Unigene,总长度为29309958 bp。将所获Unigene与9大功能数据库进行比对,共有25614条Unigene获得功能注释,其中Nr数据库共注释24557条,GO数据库注释到66193条Unigene,按功能分为3个大类和42个亚类;共14412条Unigene注释到KEGG数据库的136条代谢通路;有11321条Unigene在KOG数据库获得注释,归属为25个功能类别;共预测到大于100 bp的CDS有7288条,SSR位点2443个,其中三碱基重复1439个,占总数的58.90%;获得EST-SSR多态性引物42对,从中随机选择10对在冰草的30个F_(2)代分离单株进行有效性验证,平均多态性比率为48.33%。以上结果说明利用RNA-seq技术大量开发的EST-SSR引物,可高效地应用于四倍体冰草产量、品质性状相关的标记开发、优异新种质指纹图谱构建及精准分子标记辅助育种。 展开更多
关键词 冰草 RNA-SEQ 生物信息学分析 EST-SSR标记开发 验证
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增补无性系对湿地松种子园遗传多样性的影响 被引量：1
10
作者 覃先玉 冯源恒 +2 位作者 谢俊康 蒙兰杨 杨章旗 《广西植物》 北大核心 2025年第4期689-701,共13页
对于建园无性系较少或缺株较多的种子园增补无性系是种子园科学管理的重要措施。该研究以南宁市林业科学研究所湿地松无性系种子园为研究对象,分析增补无性系对该园遗传多样性的影响作用,以期为种子园科学管理提供参考建议。采用16对SS... 对于建园无性系较少或缺株较多的种子园增补无性系是种子园科学管理的重要措施。该研究以南宁市林业科学研究所湿地松无性系种子园为研究对象,分析增补无性系对该园遗传多样性的影响作用,以期为种子园科学管理提供参考建议。采用16对SSR标记对该园增补无性系前后的遗传多样性变化进行分析,并通过构建指纹图谱和遗传聚类分析解析建园材料的遗传特异性与近缘性。结果表明:(1)通过将该无性系由18个增补至50个,遗传位点多态信息含量提高了2.37%,平均观测等位基因数提高了14.07%,平均有效等位基因数提高了1.23%,Shannon指数提高了3.51%。(2)采用11对SSR标记即可鉴定全部50个建园无性系,并以此构建50份湿地松无性系的指纹图谱。(3)50个无性系间遗传距离为0.018~0.670,UPGMA聚类图以0.251为阈值,可将50个无性系分为7组。综上认为,增补无性系可以提高湿地松种子园遗传多样性,但提升幅度有限;通过构建指纹图谱可为湿地松优良无性系鉴定及种子园子代亲本分析提供可靠工具;建园无性系遗传聚类结果可为湿地松杂交试验的亲本选配提供参考依据,能够有效避免近交发生。 展开更多
关键词 湿地松 EST-SSR 遗传多样性 无性系扩充 遗传育种
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粗叶榕转录组SSR位点分析及分子标记开发 被引量：1
11
作者 燕青 秦雅楠 +4 位作者 张华林 李文秀 叶亚娜 黄安瀛 罗萍 《热带作物学报》 北大核心 2025年第5期1084-1093,共10页
五指毛桃(Fici Hirtae Radix)是一种中药材,其来源于粗叶榕(Ficus hirta Vahl.)的干燥根部。开发利用药用植物粗叶榕SSR分子标记,为其种质遗传多样性分析、遗传图谱构建、辅助育种等提供理论依据及数据支撑。以粗叶榕全缘、三裂、五裂... 五指毛桃(Fici Hirtae Radix)是一种中药材,其来源于粗叶榕(Ficus hirta Vahl.)的干燥根部。开发利用药用植物粗叶榕SSR分子标记,为其种质遗传多样性分析、遗传图谱构建、辅助育种等提供理论依据及数据支撑。以粗叶榕全缘、三裂、五裂、七裂4种典型叶片为试材,经转录组测序后进行位点特征分析及分子标记开发。结果表明:基于34375条转录组unigene序列,筛选到16 851个SSR位点,分布于12 094条unigene,分布频率为35.18%,平均每2638 bp有1个SSR位点,分布密度为3.68kb。共观察到5种不同核苷酸基序类型,其中最常见的是重复6次的基序,占SSR总数的20.92%,且长度基本小于29bp。双碱基重复序列占主导地位,其次是三碱基和四碱基重复类型。其中,(AG/CT)n是最常见的基元,占所有SSR的26.05%;其次是(AT/AT)n基元,占18.69%。随机选取100条EST-SSR引物,以粗叶榕4种不同叶型的基因组DNA扩增目标产物,其中89条引物在粗叶榕4个种质间表现出多态性。选取9对条带清晰的引物,对不同地区的31个粗叶榕种质进行DNA扩增和指纹图谱构建,这些引物组合多态性条带比例均值达72.04%,并对31个种质进行了有效鉴别,成功建立了DNA指纹图谱。研究结果证明粗叶榕转录组SSR位点信息丰富,利用性高,可为后续研究提供数据支撑。 展开更多
关键词 粗叶榕 五指毛桃 转录组 EST-SSR DNA指纹图谱
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60份莲种质资源遗传多样性分析 被引量：1
12
作者 高翔 陈岳 +2 位作者 张微微 刘青青 田代科 《种子》 北大核心 2025年第2期133-141,共9页
为研究莲种质的遗传多样性和亲缘关系,应用43对EST-SSR引物对60份不同莲种质资源进行遗传多样性分析,并构建DNA指纹图谱及其QR编码。结果表明,43对引物共检测出4784个多态性位点,平均111个;等位基因数总数148个,平均3.44个;有效等位基... 为研究莲种质的遗传多样性和亲缘关系,应用43对EST-SSR引物对60份不同莲种质资源进行遗传多样性分析,并构建DNA指纹图谱及其QR编码。结果表明,43对引物共检测出4784个多态性位点,平均111个;等位基因数总数148个,平均3.44个;有效等位基因总数111.92个,平均2.60个;Nei's基因多样性指数平均为0.57。香农信息指数平均为1.00,PIC值平均为0.52。应用NTSYSpc 2.10 e软件进行聚类分析,60份不同莲种质资源的遗传相似系数范围为0.32~0.99,在遗传相似系数为0.32时,可将60份供试莲分为两大类群:类群Ⅰ为美洲莲,类群Ⅱ为亚洲莲。 展开更多
关键词 莲 EST-SSR 遗传多样性 亲缘关系 DNA指纹图谱
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武夷山地方茶树资源亲缘关系与遗传多样性鉴定 被引量：1
13
作者 李鑫磊 王文震 +4 位作者 翁明骏 魏子淳 杨军 单睿阳 陈常颂 《茶叶学报》 2025年第3期18-25,共8页
【目的】茶树资源的利用与创新为茶产业发展提供源头动力。武夷山地方种质资源具有滋味感强的特点,对武夷山地方种质资源进行亲缘关系与遗传多样性分析有利于骨干亲本鉴定及后续品种改良,提高福建乌龙茶品种多样性。【方法】利用EST-SS... 【目的】茶树资源的利用与创新为茶产业发展提供源头动力。武夷山地方种质资源具有滋味感强的特点,对武夷山地方种质资源进行亲缘关系与遗传多样性分析有利于骨干亲本鉴定及后续品种改良,提高福建乌龙茶品种多样性。【方法】利用EST-SSR毛细管电泳荧光标记技术对55份武夷山地方茶树种质资源与33份福建主栽品种进行亲缘关系与遗传多样性分析。【结果】24对引物对88份材料DNA的扩增结果显示供试样品遗传多样性高。亲缘关系结果显示,武夷山内鬼洞与洋庄乡等不同区域种质资源亲缘关系相近,聚为类群1;‘白鸡冠’与‘福鼎大白茶’及其杂交后代福云系列聚为类群2;福建主栽乌龙茶品种‘大红袍’‘铁观音’‘黄棪’‘肉桂’及其后代聚为类群3。类群1的遗传多样性Shannon’s指数达到1.198,高于类群2的1.077和类群3的1.079;类群1与类群3之间遗传距离最大。【结论】武夷山不同区域种质资源遗传聚类图中距离接近,相似度高,需要对骨干资源进行精细鉴定并集中保存。武夷山地方茶树资源遗传背景与福建主栽品种差异较大,未来对武夷山优异地方资源筛选或改良有利于提高福建乌龙茶品种遗传多样性。 展开更多
关键词 茶树 武夷山地方资源 EST-SSR 亲缘关系 遗传多样性
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云南南涧县古茶树资源遗传多样性的EST-SSR分析
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作者 刘娇 杨雄伟 +2 位作者 何胜聪 程小毛 黄晓霞 《热带亚热带植物学报》 北大核心 2025年第3期261-268,共8页
为探究栽培型古茶树阿萨姆茶(Camellia sinensis var. assamica)种质资源的遗传多样性,采用EST-SSR分子标记技术对云南南涧县无量山镇古茶园64份种质资源进行遗传多样性和遗传结构分析。结果表明, 20对引物共检测出223个等位基因,群体... 为探究栽培型古茶树阿萨姆茶(Camellia sinensis var. assamica)种质资源的遗传多样性,采用EST-SSR分子标记技术对云南南涧县无量山镇古茶园64份种质资源进行遗传多样性和遗传结构分析。结果表明, 20对引物共检测出223个等位基因,群体间平均有效等位基因数为3.48个;观测等位基因数(N_(a))为6.25;有效等位基因数(N_(e))为2.983;Shannon多样性指数(I)为1.251;Nei基因多样性指数(H)为0.646。POPGENE分析表明遗传分化系数(F_(st))为0.063,居群间存在中度分化,基因流(N_(m))为3.710。AMOVA分子方差分析表明,阿萨姆茶的遗传变异14%发生在居群间,86%发生在居群内,说明阿萨姆茶居群遗传变异主要发生在居群内部,且基因交流丰富。南涧县古茶园古茶树居群的遗传多样性丰富,这为阿萨姆茶种质资源的保护利用和新品种选育提供了科学依据。 展开更多
关键词 古茶园 古茶树 EST-SSR 遗传多样性
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基于EST-SSR分子标记的艾种质资源遗传多样性分析与DNA指纹图谱构建 被引量：2
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作者 马钰洋 陈昌婕 +3 位作者 王明星 方艳 苗玉焕 刘大会 《中国中药杂志》 北大核心 2025年第9期2356-2364,共9页
探讨不同艾种质资源的遗传多样性及遗传进化关系,为艾种质鉴定、品种选育及资源保护提供依据。以192份艾种质资源为研究对象,利用艾转录组数据筛选设计简单重复序列(EST-SSR)引物,对不同艾种质资源进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,并利用... 探讨不同艾种质资源的遗传多样性及遗传进化关系,为艾种质鉴定、品种选育及资源保护提供依据。以192份艾种质资源为研究对象,利用艾转录组数据筛选设计简单重复序列(EST-SSR)引物,对不同艾种质资源进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,并利用荧光毛细管电泳技术检测,分析其遗传多样性并构建DNA指纹图谱。从设计的197对引物中共筛选出28对具有多态性且条带清晰的引物,从中共检测到278个等位基因,平均每对引物检测到9.900 0个等位基因,平均有效等位基因为1.407 2个。艾种质资源的Shannon′s多样性信息指数(I)介于0.148 1~0.418 0,平均为0.255 7;多态信息含量(PIC)变化范围为0.454 5~0.878 0,平均为0.766 9,表现出较高的多态性。聚类分析可将艾种质资源分为3大类,其中类群Ⅰ包含136份种质,类群Ⅱ包含45份种质,类群Ⅲ包含11份种质。主成分分析将资源分为3个类群,与聚类结果基本一致。Mantel test检测显示,艾种群的遗传变异在一定程度上受到地理距离的影响,但影响不大。Structure分析显示有190份种质材料的Q≥0.6,其基因来源较单一。进一步从28对引物中筛选出了8对核心引物,能够将各种质进行区分,并基于这8对核心引物成功构建了192份艾种质资源的DNA指纹图谱。EST-SSR分子标记可用于艾遗传多样性和亲缘关系的研究,可为艾种质资源的品种鉴定和分子辅助育种提供理论支撑。 展开更多
关键词 艾 EST-SSR 遗传多样性 聚类分析 DNA指纹图谱
原文传递
基于转录组序列的龙脑樟EST-SSR标记开发及通用性分析
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作者 黄文丁 胡蓉 +6 位作者 赖猛 杨亮 罗馨 陈婷萱 谢文磊 谢海萍 易敏 《西南林业大学学报(自然科学)》 北大核心 2025年第5期79-86,共8页
利用MISA软件对通过转录组测序获得的187095条龙脑樟unigenes进行SSR位点检测,探讨SSR的分布规律及组成特征并设计引物,进行引物多态性和通用性分析。结果表明:在187095条unigenes中共搜索到90590个SSR位点,SSR出现频率为48.42%,平均1.9... 利用MISA软件对通过转录组测序获得的187095条龙脑樟unigenes进行SSR位点检测,探讨SSR的分布规律及组成特征并设计引物,进行引物多态性和通用性分析。结果表明:在187095条unigenes中共搜索到90590个SSR位点,SSR出现频率为48.42%,平均1.99 kb出现1个SSR位点,含有SSR位点的unigenes共计68573个,SSR发生频率为36.65%。龙脑樟EST-SSR重复类型中除单核苷酸外,二核苷酸重复类型出现频率最高,其次是三核苷酸。在检测到的21777个二核苷酸重复SSR中,重复单元AG/CT(16.06%)数量最多,为优势重复单元,其次是AT/AT(5.37%)、AC/GT(2.53%)、CG/CG(0.09%)。三核苷酸中AAG/CTT(4.37%)出现频率最高,为优势重复单元。利用Primer3.0设计并合成118对SSR引物,有96对扩增成功(81.36%),其中14对呈现多态(11.86%),在5种不同化学类型中的平均多态性信息含量(PIC)为0.381,其中有3对引物属于高多态性位点。开发的14对EST-SSR引物在同属的油樟、牛樟、黄樟、阴香、猴樟等5个物种中的通用性为100%。综上所述,基于龙脑樟转录组开发的EST-SSR标记具有较高的多态性和通用性,该方法是可行的。 展开更多
关键词 龙脑樟 转录组 EST-SSR标记 通用性
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葡萄科植物trnL、trnL-F和EST-SSR的分离及序列分析
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作者 邱璐 宋红 +3 位作者 包刘媛 何海艳 许留新 杨海艳 《昭通学院学报》 2025年第5期98-108,共11页
葡萄科植物trnL、trnL-F和EST-SSR分离及测序分析,用于评价三种DNA条形码对葡萄科植物亲缘关系分析的价值。提取11种葡萄科植物基因组DNA,通过PCR技术分离trnL、trnL-F和ESTSSR DNA序列,对测序结果进行同源系列比对。结果显示,trnL内含... 葡萄科植物trnL、trnL-F和EST-SSR分离及测序分析,用于评价三种DNA条形码对葡萄科植物亲缘关系分析的价值。提取11种葡萄科植物基因组DNA,通过PCR技术分离trnL、trnL-F和ESTSSR DNA序列,对测序结果进行同源系列比对。结果显示,trnL内含子序列长550~570 bp,trnL-F序列长945~955 bp,EST-SSR序列长为145~155 bp。系统树分析发现,trnL-F种间聚类结果优于EST-SSR及trnL,EST-SSR种内聚类结果优于trnL。在trnL-F系列聚类中,毛叶崖爬藤(Tetrastigma obtectum Planch.var.pilosum Gagnep)属单独聚为一类,葡萄属独自聚为一类,聚类结果较为合理。在EST-SSR系列聚类中,欧亚葡萄聚为一类,欧美葡萄聚为一类。在trnL系列中,葡萄科植物的聚类混乱。结论trnL-F结合EST-SSR作为DNA条形码可较好用于葡萄科植物亲缘关系分析和物种鉴定。 展开更多
关键词 葡萄科 TRNL TRNL-F EST-SSR DNA条形码 系统树 亲缘关系
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丛生盔形珊瑚转录组微卫星标记的分离和鉴定
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作者 卢章旺 李福宇 +2 位作者 廖婷馨 李立微 王嫣 《海南大学学报(自然科学版中英文)》 2025年第1期25-32,共8页
丛生盔形珊瑚是中国南海岛礁造礁珊瑚的代表性物种。根据其刺丝囊形态与线粒体基因组CYTB-ND2基因间区插入/缺失(indel)的基因型,丛生盔形珊瑚可分为S和H两种形态型,且二者的遗传和生态表型有明显的分化。本研究通过挖掘丛生盔形珊瑚编... 丛生盔形珊瑚是中国南海岛礁造礁珊瑚的代表性物种。根据其刺丝囊形态与线粒体基因组CYTB-ND2基因间区插入/缺失(indel)的基因型,丛生盔形珊瑚可分为S和H两种形态型,且二者的遗传和生态表型有明显的分化。本研究通过挖掘丛生盔形珊瑚编码蛋白的转录本序列的微卫星资源,分离和鉴定了11个在两种形态型中均能稳定而均衡扩增的EST-SSR分子标记,并分别在一个S群体(n=16)和一个H群体(n=31)中进行检测和验证。这11个标记均呈现多态性,在S群体,其等位基因数为3~8个(平均4.8±1.9个),观测杂合度(H_(O))为0.06~0.92(0.55±0.26),期望杂合度(H_(E))为0.24~0.83(0.40±0.27);在H群体,其等位基因数为2~9个(4.5±2.1),观测杂合度(HO)为0.17~1.00(0.70±0.15),期望杂合度(HE)为0.46~0.86(0.62±0.19)。仅一个位点(Gf-E24)因存在无效等位基因,在H群体中偏离哈迪-温伯格平衡。 展开更多
关键词 丛生盔形珊瑚 EST-SSR 形态型 线粒体基因型 遗传分化
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冰草高蛋白含量相关EST-SSR标记开发与验证
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作者 杨东升 刘雨雷 +5 位作者 王海伟 苏志芳 王海燕 郭利平 安琪 郝水源 《草业科学》 北大核心 2025年第9期2244-2251,共8页
粗蛋白含量是冰草(Agropyron)重要的营养品质性状之一。为获得与冰草粗蛋白含量紧密相关的EST-SSR标记,本试验以蒙古冰草(A.mongolicum)、航道冰草(A.cristatum)及其杂交加倍后代四倍体冰草F_(2)分离群体为材料,基于群体分离分析法(BSA... 粗蛋白含量是冰草(Agropyron)重要的营养品质性状之一。为获得与冰草粗蛋白含量紧密相关的EST-SSR标记,本试验以蒙古冰草(A.mongolicum)、航道冰草(A.cristatum)及其杂交加倍后代四倍体冰草F_(2)分离群体为材料,基于群体分离分析法(BSA)技术,利用42对EST-SSR引物进行PCR扩增,开发、筛选冰草高蛋白含量相关的ESTSSR标记,并通过F_(2)分离单株进行标记位点验证和相关性分析。结果表明:获得1个与粗蛋白含量相关的分子标记SSR-BC5-82,该标记与粗蛋白含量呈极显著相关关系(P<0.01),准确度高、可靠性强。本研究结果对高效创制四倍体冰草高蛋白新种质及丰富冰草分子标记类型具有重要意义。 展开更多
关键词 冰草 高蛋白含量 EST-SSR标记 开发 验证
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基于转录组测序的侧柏EST-SSR引物开发与鉴定分析
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作者 李锦秋 毕楷杰 +3 位作者 王立成 柳俊明 李清泉 顾丽姣 《林业与生态科学》 2025年第3期239-246,共8页
为了评价和利用侧柏种质资源,基于转录组测序技术,以侧柏的根、茎、叶为材料开发EST-SSR引物,并以黄叶侧柏MC1的半同胞子代黄叶苗和绿叶苗为样本,评估引物在不同侧柏资源中的适用性和多态性。结果表明根器官转录组中SSR位点数大于茎器... 为了评价和利用侧柏种质资源,基于转录组测序技术,以侧柏的根、茎、叶为材料开发EST-SSR引物,并以黄叶侧柏MC1的半同胞子代黄叶苗和绿叶苗为样本,评估引物在不同侧柏资源中的适用性和多态性。结果表明根器官转录组中SSR位点数大于茎器官、叶器官。叶器官中SSR重复类型大于茎器官、根器官。3个器官中优势基序均为A/T、AG/CT、AAG/CTT。3个器官中10、15、18 bp长度的SSR数量最多。60对EST-SSR引物有效率为100%,多态性率为16.67%,不同引物PIC值的变化范围为0.322~0.722。利用10对多态性引物扩增产物数据将样本进行聚类分析和遗传分析,并推测MC1半同胞子代有50%属于异交子代,其余疑似为自交子代,在遗传距离为200时,异交子代群体和疑似自交子代群体被划分为13大类群。 展开更多
关键词 黄叶侧柏MC1 转录组 EST-SSR 子代鉴定
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