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基于SNP遗传图谱定位甘蓝型油菜氮肥高效吸收相关性状的QTLs
1
作者 邹小云 闫蕾 黄杨 《江西农业学报》 2026年第1期1-7,61,共8页
选用氮肥吸收效率存在显著差异的甘蓝型油菜品种湘油15号(高氮肥吸收效率)和R210(低氮肥吸收效率)杂交获得F1,通过小孢子培养获得含180份株系的DH群体。对两个施氮肥水平下与油菜氮肥吸收效率密切相关的茎基粗、单株角果数、单株地上部... 选用氮肥吸收效率存在显著差异的甘蓝型油菜品种湘油15号(高氮肥吸收效率)和R210(低氮肥吸收效率)杂交获得F1,通过小孢子培养获得含180份株系的DH群体。对两个施氮肥水平下与油菜氮肥吸收效率密切相关的茎基粗、单株角果数、单株地上部干物质量及氮肥吸收效率进行表型调查和QTL分析。结果表明,构建的高密度遗传图谱覆盖甘蓝型油菜19条染色体,包含42751个多态性SNP标记,4302个簇(bin),覆盖基因组长度为2959.89 cM,相邻簇之间平均距离为0.69 cM。采用复合区间作图法(CIM)在两个施氮水平下共检测到14个QTLs,单个QTL可解释的表型变异为5.24%~18.22%。筛选到7个可能与油菜氮肥高效吸收相关性状的候选基因和1个类似于叶绿体的含有核苷三磷酸水解酶的p环超家族蛋白。此QTLs和候选基因将为油菜氮高效吸收的遗传改良提供有用的信息。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 氮肥吸收效率 qtl位点 候选基因
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普通小麦矮秆突变体20DH2-2遗传分析及株高QTL定位
2
作者 李丽敏 刘雯 +6 位作者 朱娜 郑佳乐 母学荣 刘洋 田业松 张小红 闵东红 《麦类作物学报》 北大核心 2026年第1期44-50,共7页
株高对小麦产量有重要影响。为进一步挖掘小麦株高的数量性状位点(QTL),以矮秆突变体20DH2-2和高秆材料21Hs-7构建的F2群体为材料,用主基因+多基因混合遗传模型对株高进行遗传分析;利用620对简单重复序列(SSR)分子标记筛选结果构建遗传... 株高对小麦产量有重要影响。为进一步挖掘小麦株高的数量性状位点(QTL),以矮秆突变体20DH2-2和高秆材料21Hs-7构建的F2群体为材料,用主基因+多基因混合遗传模型对株高进行遗传分析;利用620对简单重复序列(SSR)分子标记筛选结果构建遗传连锁图谱,结合F2群体株高表型数据进行QTL定位分析。结果表明,株高的最适遗传模型为2MG-EA(两对等加性主基因)。通过分离群体分组分析法(BSA法)筛选到26对具有多态性的SSR分子标记,构建了全长为531.62 cM遗传连锁图谱。共检测到5个株高相关QTL,分布在2A(2个)、4A、5A及6A染色体上,对数优势比(LOD值)为2.60~8.19,可解释7.97%~22.88%的表型变异。QPH-nwafu-2A.2、QPH-nwafu-4A、QPH-nwafu-5A及QPH-nwafu-6A分别与分子标记BQ838266(距离为4.01 cM)、Xwmc262(距离为3.00 cM)、Xwmc524(距离为3.94 cM)及Xbarc107(距离为0.69 cM)紧密连锁。 展开更多
关键词 普通小麦 遗传分析 株高 qtl
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冬小麦RIL群体分蘖相关性状QTL定位
3
作者 郭小玲 俞天胜 +4 位作者 汪永法 程宇坤 任毅 张晓玉 耿洪伟 《麦类作物学报》 北大核心 2026年第1期58-67,共10页
为进一步挖掘小麦分蘖相关性状的数量性状位点(QTL),探索分蘖性状之间的遗传关系,以分蘖性状差异较大的小麦品种Apache和新冬36号构建的255份重组自交系群体(RIL)为材料,分别测定其在4个环境下的冬前分蘖数、单株分蘖数、单株有效分蘖... 为进一步挖掘小麦分蘖相关性状的数量性状位点(QTL),探索分蘖性状之间的遗传关系,以分蘖性状差异较大的小麦品种Apache和新冬36号构建的255份重组自交系群体(RIL)为材料,分别测定其在4个环境下的冬前分蘖数、单株分蘖数、单株有效分蘖数、单位面积有效分蘖数、分蘖角度、成穗率表型值,并基于RIL群体的超低深度测序数据进行分蘖相关性状QTL定位。结果表明,除1D、2D、3B、4D、7A和7B染色体外,在其他15条染色体上共检测到53个分蘖性状相关的QTL,包括13个冬前分蘖数QTL、10个单株分蘖数QTL、8个单株有效分蘖数QTL、11个单位面积有效分蘖数QTL、4个分蘖角度QTL、2个成穗率QTL和5个一因多效的QTL,单个QTL的表型解释率为2.66%~28.76%。其中,QTn.xjau-4B在3个环境下均被检测到,对单株有效分蘖数表型贡献率为28.76%,为稳定主效QTL,同时也是R-E-Z位点,后续可作为研究分蘖及株型的重要位点。 展开更多
关键词 小麦 分蘖性状 超低深度测序 qtl分析
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粒厚与稻米品质性状的关系及主效QTLs发掘
4
作者 姚晓云 杨平 +5 位作者 张志英 刘启明 熊运华 刘进 彭志勤 尹建华 《江西农业学报》 2026年第1期8-14,共7页
粒厚是籽粒大小的重要决定因子,也是影响水稻产量与品质的重要因素。发掘调控粒厚、产量及品质性状的多效性主效QTL,进而精准筛选基因型,是协同改良水稻产量与品质的关键途径。以优质粳稻屉锦(Sasanisiki)和高产籼稻北陆129(Habataki)... 粒厚是籽粒大小的重要决定因子,也是影响水稻产量与品质的重要因素。发掘调控粒厚、产量及品质性状的多效性主效QTL,进而精准筛选基因型,是协同改良水稻产量与品质的关键途径。以优质粳稻屉锦(Sasanisiki)和高产籼稻北陆129(Habataki)杂交—回交构建的回交重组自交群体(BILs)为试验材料,系统探究粒厚与品质性状的关联,发掘多效性QTL簇。结果表明:粒厚、长厚比和宽厚比与品质性状存在显著相关性,不同粒厚株系的品质性状存在明显差异,薄粒型与中粒型、厚粒型株系的糙米率和整精米存在显著差异,中粒型与厚粒型株系的糙米率和整精米无显著差异,薄粒型株系的食味值、米饭外观、米饭口感和综合评分显著低于中粒型、厚粒型株系,适度增加粒厚可协同优化提升水稻产量与品质。共检测到60个与粒厚及品质性状相关的QTL,粒厚与品质性状QTL分别为12、48个,这些QTL成簇分布在1、2、4、7、8、9和10号染色体上,其中7号染色体RM7~RM1279和10号染色体STS10.1~RM5689染色体区段主效QTL簇对粒厚、加工品质、外观品质和蒸煮食味品质存在明显的多效性。研究结果初步探明了粒厚对品质性状的影响及作用效应,发掘出2个调控粒厚与品质性状的多效性位点,为培育谷粒长且厚的水稻品种提供理论依据和数据支撑。 展开更多
关键词 水稻 粒厚 品质性状 多效性 主效qtl
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小麦穗密度主效QTL的鉴定、验证及其遗传效应分析
5
作者 叶美金 陈家婷 +9 位作者 周界光 尹丽 胡欣荣 兰雨昕 陈斌 苏龙兴 刘家君 刘天超 李小雨 马建 《中国农业科学》 北大核心 2026年第1期17-28,共12页
【目的】穗密度(spike density,SD)是小麦重要的农艺性状之一,其遗传调控机制解析对构建理想穗型结构、实现产量突破具有重要意义。挖掘和遗传评价调控穗密度的关键遗传位点,为小麦穗型分子设计育种提供理论依据。【方法】利用自然突变... 【目的】穗密度(spike density,SD)是小麦重要的农艺性状之一,其遗传调控机制解析对构建理想穗型结构、实现产量突破具有重要意义。挖掘和遗传评价调控穗密度的关键遗传位点,为小麦穗型分子设计育种提供理论依据。【方法】利用自然突变体msf和川农16构建的198个F6代重组自交系(recombinant inbred lines,RIL)群体,结合基于小麦16K SNP芯片的遗传连锁图谱,通过4个环境下的表型数据系统鉴定穗密度相关数量性状位点(QTL)。进一步利用2个不同遗传背景群体对主效且稳定表达的QTL进行验证,分析稳定表达位点对产量相关性状的遗传效应,评估其对产量提升的潜力。【结果】RIL群体穗密度表型值范围为0.62—2.35,穗密度遗传力为0.71。穗密度与有效分蘖数和小穗数之间存在显著正相关,而与穗粒数、穗粒重、穗长存在极显著负相关。基于4个环境共鉴定到9个控制穗密度的QTL,主要分布在1A、1D、5A(2个)、5B、7A(3个)和7B染色体上。其中,QSd.sicau-MC-1A定位于1A染色体侧翼标记1A_1208254和1A_3911208之间,在2个环境及最佳线性无偏预测(best linear unbiased prediction,BLUP)值中被检测到,可解释9.05%—15.84%的表型变异率,为主效且稳定表达的QTL,其正效应位点来源于亲本川农16,并且该位点的效应在2个具有不同遗传背景的验证群体中得到进一步验证。QSd.sicau-MC-7A.1定位于7A染色体侧翼标记7A_671413788和7A_672390144之间,也在2个环境及BLUP值中被检测到,为稳定表达位点,其正效应位点来源于msf,但其效应较小,可解释7.06%—10.39%的表型变异率。剩余7个QTL均为微效QTL。遗传效应分析表明,QSd.sicau-MC-1A的正效应位点对主要产量性状具有负效应,而QSd.sicau-MC-7A.1的正效应位点起正效应作用。加性效应分析表明,同时携带QSd.sicau-MC-1A和QSd.sicau-MC-7A.1正效应位点的株系的穗密度显著高于仅携带单一位点或没有携带任何正效应位点的株系,穗密度增幅达到9.01%,而仅携带QSd.sicau-MC-1A或者QSd.sicau-MC-7A.1正效应位点的株系的穗密度均显著高于没有携带任何正效应位点的株系,增幅分别为5.03%和4.19%。与前人报道的穗密度位点进行比对,发现QSd.sicau-MC-1A可能为新位点。【结论】在小麦1A和7A染色体各定位到一个稳定表达的穗密度位点,分别为QSd.sicau-MC-1A和QSd.sicau-MC-7A.1,后者更具有育种利用潜力。 展开更多
关键词 小麦 qtl 穗密度 遗传效应 产量
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Kenya Kudu/郑州5389 F_(2:3)群体成株期抗叶锈基因QTL定位
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作者 张娇梦 刘源 +3 位作者 高璞 王新海 张培培 李在峰 《麦类作物学报》 北大核心 2026年第1期51-57,共7页
肯尼亚小麦品种Kenya Kudu在田间表现良好的成株期抗叶锈性。为解析Kenya Kudu的叶锈病抗性遗传基础,以Kenya Kudu与感病品种郑州5389杂交、自交获得的195个F2∶3家系为材料,于2017—2018和2018—2019年度分别在河北保定和河南周口试验... 肯尼亚小麦品种Kenya Kudu在田间表现良好的成株期抗叶锈性。为解析Kenya Kudu的叶锈病抗性遗传基础,以Kenya Kudu与感病品种郑州5389杂交、自交获得的195个F2∶3家系为材料,于2017—2018和2018—2019年度分别在河北保定和河南周口试验田种植,并接种强毒力叶锈菌混合小种进行成株期抗叶锈病鉴定;利用660K SNP芯片数据结合SSR标记和田间表型数据进行QTL分析及定位。结果表明,在小麦2B和5B染色体上共鉴定到3个成株期抗叶锈QTL;其中2个QTL位于5B染色体,暂命名为QLr.hbau-5B.1和QLr.hbau-5B.2,分别解释了8.3%~10.5%和6.9%~8.6%的表型变异;1个QTL位于2B染色体,暂命名为QLr.hbau-2B,解释了7.2%~10.6%的表型变异。3个位点均为微效成株期抗叶锈QTL,说明Kenya Kudu的叶锈病抗性是多个QTLs的累加效应。所鉴定到的QTL可为小麦抗叶锈病育种提供基因资源,与抗病基因紧密连锁的分子标记可辅助选择抗病品种。 展开更多
关键词 小麦 叶锈病 成株期抗性 qtl定位
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粳稻花时性状QTL定位与聚合效应分析
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作者 张城 邵国军 +7 位作者 张雪 田书军 孙驰 郭艳颖 周燃 韩勇 郑文静 孙廉平 《中国水稻科学》 北大核心 2026年第1期106-117,共12页
【目的】水稻日开花时间是影响粳稻不育系异交率及制繁种产量的重要性状。本研究旨在定位粳稻花时调控相关的QTL并对其聚合效应加以分析,明确早花时QTL的主效位点。【方法】利用早花时粳稻保持系粳65B(J65B)和晚花时粳稻保持系粳139B(J1... 【目的】水稻日开花时间是影响粳稻不育系异交率及制繁种产量的重要性状。本研究旨在定位粳稻花时调控相关的QTL并对其聚合效应加以分析,明确早花时QTL的主效位点。【方法】利用早花时粳稻保持系粳65B(J65B)和晚花时粳稻保持系粳139B(J139B)构建包含221个家系的重组自交系群体。连续3年调查群体花时性状,采用遗传图谱和BSA-seq两种方法进行花时QTL定位分析。【结果】利用完备区间作图法共检测到30个花时性状QTL,分布于2~12号染色体上,其中qFT5.2、qFT5.3、qFT5.5、qFT10.2、qFT10.3在8个以上环境中被同时检测到,加性效应范围13.04~50.93,是稳定表达的主效位点;选取花时极端早和极端晚家系构建混池,利用BSA-seq方法在qFT5.3、qFT5.5、qFT6.2、qFT10.2位点检测到花时关联区域;选取两种方法共同定位到的稳定表达位点进行QTL聚合分析,J65B类型的QTL均会提早花时,qFT5.3和qFT6.2是早花时改良的基础位点,qFT5.5、q FT10.2是进一步提早花时的重要位点。【结论】采用两种方法定位到4个稳定表达主效花时QTL qFT5.3、qFT5.5、qFT6.2和q FT10.2,为早花时基因进一步精细定位、基因克隆和粳稻花时性状改良奠定了基础。 展开更多
关键词 粳稻 花时 重组自交系 BSA-seq qtl定位
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高产优质香稻万香丝苗穗部性状QTLs鉴定分析
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作者 涂夯 孟冰欣 +6 位作者 刘进 黎毛毛 周慧颖 胡佳晓 余前 韩君 余丽琴 《江西农业学报》 2026年第2期1-7,共7页
以高产优质香稻万香丝苗和北方典型高产粳稻沈农9816为亲本杂交衍生的F_(2)、F_(2:3)群体为试验材料,鉴定穗长、穗粒数、结实率和千粒重等穗部性状并进行QTL定位。结果表明:(1)双亲穗部性状存在显著差异,F_(2)、F_(2:3)群体各家系穗部... 以高产优质香稻万香丝苗和北方典型高产粳稻沈农9816为亲本杂交衍生的F_(2)、F_(2:3)群体为试验材料,鉴定穗长、穗粒数、结实率和千粒重等穗部性状并进行QTL定位。结果表明:(1)双亲穗部性状存在显著差异,F_(2)、F_(2:3)群体各家系穗部表型性状存在明显差异且呈现双向超亲分离,表现为近似正态分布。(2)检测到32个QTLs,分布于1~3、5和7~12号染色体上,表型贡献率在3.30%~36.91%之间,贡献率超过10.00%的主效QTLs有12个,有10个QTLs在连续2年试验中被重复定位到。(3)穗部性状QTL在染色体上呈现簇状分布,4个主效QTL簇分别为qGNP2、qGNP5、qGNP8和qGNP9,其中qGNP5和qGNP9所在染色体区域存在多个稳定表达的主效QTLs。研究鉴定发掘了多个稳定表达的主效QTL簇,这可为相关QTL精细定位和功能挖掘奠定基础,也为分子标记辅助选择培育高产水稻提供新的基因元件。 展开更多
关键词 水稻 万香丝苗 沈农9816 穗部性状 qtl定位
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调控大豆籽粒百粒重、油分及蛋白含量的QTL聚合分析
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作者 黄祉毓 于雨 +3 位作者 胡贤燚 占思露 杜欢 葛良法 《大豆科学》 北大核心 2026年第1期26-37,共12页
大豆籽粒百粒重、油分及蛋白含量是由数量性状基因座位(Quantitative Trait Locus, QTL)调控的复杂农艺性状。为阐明不同QTL对3个性状的协同调控效应,以基因型已知的1 769份大豆资源(野生大豆、农家种和栽培品种)的自然群体为研究对象,... 大豆籽粒百粒重、油分及蛋白含量是由数量性状基因座位(Quantitative Trait Locus, QTL)调控的复杂农艺性状。为阐明不同QTL对3个性状的协同调控效应,以基因型已知的1 769份大豆资源(野生大豆、农家种和栽培品种)的自然群体为研究对象,结合其籽粒百粒重、油分及蛋白含量数据组成数据集,采用表型统计分析、基因型和表型联合分析、基因型连锁不平衡分析等方法,基于该数据集对控制大豆籽粒性状的QTL区域内的关键功能基因GmSWEET10a/GmSWEET39、GmMFT/GmST05和POWR1的聚合效应进行研究。结果显示:根据不同单倍型对籽粒性状偏好性不同,将GmSWEET10a/GmSWEET39、GmMFT/GmST05和POWR1的单倍型划分为高油大粒型和高蛋白型。统计分型结果表明,虽然不同大豆资源的性状变异很大,但高油大粒型单倍型聚合能显著提高籽粒百粒重与含油量,同时降低蛋白含量;高蛋白型的聚合则能显著提高蛋白含量,但百粒重和油分含量出现下降;高油大粒型和高蛋白型的聚合则会使得相关性状偏向中性。从野生大豆到农家种再到栽培品种的驯化过程中,籽粒油分含量与百粒重显著增加,蛋白含量呈下降趋势,且GmSWEET10a/GmSWEET39和POWR1的高油大粒型单倍型在栽培品种中极端富集,GmMFT/GmST05也表现出明显的人工选择痕迹。连锁不平衡分析表明,3个基因在栽培品种中呈强连锁效应,进一步印证了人工选择对基因聚合的影响。本研究评估了3个控制大豆籽粒性状基因的不同单倍型在大豆自然群体中的聚合效应,证实同效应单倍型的聚合能显著改善大豆籽粒性状的特征,可为高油高产大豆分子设计育种提供理论依据与重要参考。 展开更多
关键词 大豆 qtl聚合 百粒重 油分含量 蛋白含量
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基于重组自交系群体的小麦株高QTL分析 被引量：2
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作者 周淼平 宋桂成 +3 位作者 张鹏 杨学明 张平平 何漪 《麦类作物学报》 北大核心 2025年第4期421-431,共11页
为了挖掘更多与小麦株高相关且适合标记辅助育种需求的QTL,采用长江中下游麦区骨干亲本扬麦158和西风配制重组自交系群体,使用55K芯片技术分析群体基因型并构建遗传连锁图,联合4个年度群体株高表型资料,对影响群体株高的QTL进行分子定... 为了挖掘更多与小麦株高相关且适合标记辅助育种需求的QTL,采用长江中下游麦区骨干亲本扬麦158和西风配制重组自交系群体,使用55K芯片技术分析群体基因型并构建遗传连锁图,联合4个年度群体株高表型资料,对影响群体株高的QTL进行分子定位。结果表明,群体遗传连锁图含有3830个SNP标记,覆盖2784.9 cM,标记间平均距离0.7 cM;21条染色体共定位了39个可重复的与株高相关QTL,其中18个QTL为2个年度可重复定位,8个QTL为3个年度可重复定位,13个QTL为4个年度可重复定位,单个QTL可解释3.2%~13.6%的株高表型变异。4个年度可重复定位的QTL分别来自西风的1B、1D、4A、4B、4D、5A、5B、7A染色体以及扬麦158的3A、3D、6A、7B、7D染色体,其中扬麦158贡献的QPh·jaas-3A.3和QPh·jaas-7B.1分别解释8.4%~13.4%以及9.1%~13.1%的株高变异。这些株高QTL位点有望为长江中下游麦区小麦分子标记辅助育种提供帮助。 展开更多
关键词 小麦 株高 重组自交系 qtl
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水稻CSSL-Z492单、双片段代换系构建及粒型QTL的遗传解析 被引量：1
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作者 李璐 谢庄 +7 位作者 谢可盈 张瀚 赵卓文 向奥妮 李巧龙 凌英华 何光华 赵芳明 《中国农业科学》 北大核心 2025年第3期401-415,共15页
【目的】水稻粒型是由多基因控制的数量性状,将其遗传分解于单片段代换系(SSSL)中,并解析其遗传方式,为后续基因的遗传机制研究和设计育种提供依据。【方法】以日本晴为遗传背景的水稻染色体片段代换系Z492为研究材料,应用混合线性模型(... 【目的】水稻粒型是由多基因控制的数量性状,将其遗传分解于单片段代换系(SSSL)中,并解析其遗传方式,为后续基因的遗传机制研究和设计育种提供依据。【方法】以日本晴为遗传背景的水稻染色体片段代换系Z492为研究材料,应用混合线性模型(MLM)进行粒型性状QTL的遗传分解和解析。【结果】以日本晴/Z492构建F2群体,共鉴定出4个粒型QTL,包括粒长qGL6、qGL7和长宽比qRLW7、qRLW12,构建这些QTL的3个单片段代换系(S1—S3)和3个双片段代换系(D1—D3)。利用3个SSSL进一步鉴定出8个粒型性状QTL,包括qGL6、qGL7,以及6个新鉴定的QTL(qGW6、qRLW6、qGW7、qGWT7、qGL12和qGW12)。同时,分析不同QTL在3个DSSL中的遗传模式。结果表明,qGL6(a=0.26 mm)和qGL7(a=0.21 mm)互作产生-0.21 mm的粒长上位性效应,导致D1的粒长遗传效应(0.26 mm)与二者的加性效应相当。因而,D1的粒长(7.98 mm)与含单个QTL的S2和S1粒长(7.89和7.98 mm)无显著差异,而比日本晴的粒长(7.47 mm)显著增加。表明在设计育种中选择qGL6和qGL7聚合对增加粒长无效。qGW6(a=0.07 mm)和qGW12(a=0.06 mm)在D2中独立遗传,二者聚合产生的遗传效应(0.13 mm)使D2的粒宽(3.65 mm)比相应单片段代换系显著增加。因而在设计育种中可选这两个QTL增加粒宽。qGW7(a=0.11 mm)和qGW12(a=0.06 mm)互作则产生-0.10 mm的粒宽上位性效应,导致D3的粒宽遗传效应(0.07 mm)与qGW12的加性效应相当。因而D3的粒宽(3.59 mm)与含qGW12的S3无显著差异,而比日本晴显著变宽(3.44 mm),比携带qGW7的S2显著变窄(3.66 mm)。【结论】以单片段代换系和双片段代换系鉴定不同性状QTL对设计育种是非常必要的。不同QTL聚合会产生不同的遗传模式,有些是独立遗传,有些呈现不同的上位性效应。同时,S1和S3杂交可实现长宽大粒的育种目标,S1和S2杂交可产生比相应单片段代换系更重的籽粒,而S2和S3杂交无实际意义。 展开更多
关键词 水稻 粒型 qtl 单片段代换系 qtl互作
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基于SLAF-Seq技术的辣椒抗炭疽病QTL定位分析及SSR分子标记开发 被引量：1
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作者 李怡斐 段敏杰 +3 位作者 黄任中 黄启中 王春萍 张世才 《南方农业学报》 北大核心 2025年第2期633-642,共10页
【目的】利用SLAF-Seq技术对辣椒抗炭疽病QTL进行定位分析,开发与炭疽病抗性QTL紧密连锁的分子标记,为辣椒抗炭疽病分子标记辅助选择育种提供理论参考。【方法】以抗病材料PPTC26-3-1-1-1-1-1和感病材料1287为亲本构建F2代群体,并采用SL... 【目的】利用SLAF-Seq技术对辣椒抗炭疽病QTL进行定位分析,开发与炭疽病抗性QTL紧密连锁的分子标记,为辣椒抗炭疽病分子标记辅助选择育种提供理论参考。【方法】以抗病材料PPTC26-3-1-1-1-1-1和感病材料1287为亲本构建F2代群体,并采用SLAF-Seq技术进行分子标记开发,构建高密图遗传连锁图谱。结合表型数据,利用复合区间作图法(CIM)对辣椒果实转色期的炭疽病抗性进行QTL分析。利用Microsatellite(MISA)在定位区间识别SSR位点。【结果】从亲本和子代样品共获得423351627条Reads,其中,来自PPTC26-3-1-1-1-1-1和1287分别为8130516和6621396条,F2代群体120个子代样品的平均Reads数量为34049987个。构建包含4671个SNP分子标记、分布于12个连锁群、总图距为1567.53 cM、平均图距为0.34 cM的辣椒高密度遗传图谱,检测到1个炭疽病抗性相关的QTL(CaR10.1),位于10号连锁群上187930592~189766111 bp物理区间内。共有23个基因定位在关联区域内,根据基因功能注释,其中1个基因编码假定晚疫病抗性蛋白同源物R1B-23异构体X2,1个基因编码PPR蛋白,可能与辣椒果实转色期炭疽病抗性相关。在关联到的QTL区间内开发出SSR分子标记T482,在F2代群体中的验证结果显示,T482引物在F2代群体单株中扩增结果与表型鉴定结果一致。F2代群体抗病和中抗单株中有53株具有抗病亲本的条带,有25株同时具有抗病亲本和感病亲本的条带;F2代群体感病单株中,有42株具有感病亲本的条带。【结论】构建高密度遗传连锁图谱,将辣椒果实转色期炭疽病抗性定位于10号连锁群,在关联区间开发出SSR分子标记T482,可初步鉴别辣椒果实转色期炭疽病抗性,同时结合针刺接种法鉴定,可提高鉴定的准确率。 展开更多
关键词 辣椒 SLAF-Seq 遗传图谱 炭疽病 qtl SSR分子标记
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基于QTL-Seq的水稻籽粒蛋白含量性状的QTL定位 被引量：1
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作者 林添资 孙立亭 +10 位作者 景德道 余波 曾生元 李闯 钱华飞 杜灿灿 胡庆峰 杨军 周义文 巫章平 龚红兵 《植物遗传资源学报》 北大核心 2025年第4期761-774,共14页
稻米蛋白质含量是影响稻米品质的重要因素之一,解析稻米蛋白质含量的遗传机制对培育优质食味稻米至关重要。本研究以稻米蛋白质含量有显著差异的镇粳2400和嘉禾218构建的RIL群体为材料,利用QTL-Seq方法对RIL群体中的高、低蛋白质含量极... 稻米蛋白质含量是影响稻米品质的重要因素之一,解析稻米蛋白质含量的遗传机制对培育优质食味稻米至关重要。本研究以稻米蛋白质含量有显著差异的镇粳2400和嘉禾218构建的RIL群体为材料,利用QTL-Seq方法对RIL群体中的高、低蛋白质含量极端家系进行混池重测序以定位稻米蛋白含量QTL位点,之后构建局部遗传连锁图谱,通过QTL Ici Mapping 4.1软件验证结果并精细定位。F_(8∶9)采用△SNP指数法分析得到4个QTL,分别位于第1、2和12染色体;F_(9∶10)使用ED方法分析得到分布于第1、2、6、7、8、9和11染色体上共8个QTL,其中位于第1染色体的37.64~39.61 Mb区间的QTL与F_(8∶9)检测到的第1染色体36.07~39.87 Mb区间的QTL重合,该QTL命名为qGPC1,位于标记1-3782~1-3834之间,物理距离为516 kb,表型贡献率和LOD值分别为13.20%和3.91。通过测序分析发现,镇粳2400和嘉禾218在已报道的调控籽粒蛋白质含量基因OsAAP6上无差异,因此该区间可能有一个新的基因调控稻米蛋白质含量。同时从RIL家系中筛选出低蛋白型种质做亲本培育出的镇稻1818,米饭食味分显著高于江苏省同熟期对照品种武运粳23号和优质食味主推品种南粳5055,株高、结实率和千粒重均较武运粳23号和南粳5055显著增加。本研究为进一步克隆稻米蛋白质含量基因及解析遗传调控机制奠定了基础,且提供了可供育种利用的优异种质资源。 展开更多
关键词 水稻 食味品质 稻米蛋白质含量 qtl定位
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青花菜花球性状相关QTL定位及其候选基因分析 被引量：1
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作者 高旭 何道根 +4 位作者 檀国印 朱长志 章红运 肖家睿 王辉 《园艺学报》 北大核心 2025年第12期3189-3201,共13页
以青花菜花球农艺性状差异显著的高代自交系B20101和B736为亲本,构建包括228个单株的F2分离群体,通过定位花球农艺性状相关QTL,挖掘相关候选基因,为解析青花菜花球形成的分子机制和选育优良新品种奠定理论基础。基于重测序技术开发SNP标... 以青花菜花球农艺性状差异显著的高代自交系B20101和B736为亲本,构建包括228个单株的F2分离群体,通过定位花球农艺性状相关QTL,挖掘相关候选基因,为解析青花菜花球形成的分子机制和选育优良新品种奠定理论基础。基于重测序技术开发SNP标记,构建了包含6 329个SNP标记的985个bin标记的遗传图谱。该遗传图谱总距为788.78 cM,平均图距为0.84 cM。对花球农艺性状进行QTL定位分析,分别检测到控制茎横径、球横径、球纵径、单球质量和蕾粒大小的QTL位点3、3、1、4和8个,其表型贡献率(PVE)介于4.5689%~21.0997%。其中1个控制花球蕾粒大小的主效QTL位点(LOD=10.6897,PVE=21.0997%)被定位在SNP标记mk_18639516与mk_18698493界定的约58.977 kb区间内。通过分析该QTL区间,筛选出4个可能影响双亲花球蕾粒大小的候选基因,分别为Bo6g067260、Bo6g067270、Bo6g067280和Bo6g067290,在双亲中的表达水平存在显著差异,但其序列在双亲及F2群体中无差异。提示这4个基因的调控区(如启动子)序列可能有差异,导致基因表达量的差异,进而影响花球蕾粒的大小。 展开更多
关键词 青花菜 农艺性状 遗传图谱 qtl定位 候选基因
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QTL定位和转录组分析鉴定热带玉米种质中与抗穗腐病相关的基因位点
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作者 何静丹 王兵伟 +6 位作者 郑加兴 韦绍丽 周步进 覃嘉明 黄安霞 杜青 时成俏 《西南农业学报》 北大核心 2025年第11期2289-2298,共10页
[目的]挖掘与玉米穗腐病抗性相关的主效QTL位点并筛选候选基因,为后续开展分子标记辅助育种和玉米抗病性状的遗传调控机制研究提供基础。[方法]以前期自主选育的高抗穗腐病自交系SP221与高感穗腐病自交系BYL18杂交获得的236个F2:3代株... [目的]挖掘与玉米穗腐病抗性相关的主效QTL位点并筛选候选基因,为后续开展分子标记辅助育种和玉米抗病性状的遗传调控机制研究提供基础。[方法]以前期自主选育的高抗穗腐病自交系SP221与高感穗腐病自交系BYL18杂交获得的236个F2:3代株系作为作图群体,基于玉米10k SNP芯片进行标记分型,对筛选获得的有效SNP标记利用JoinMap 4.0构建高密度遗传连锁图谱。结合2年的田间穗腐病抗性表型数据,基于全基因组复合区间作图法(GCIM)对抗拟轮枝镰刀菌穗腐病QTL进行定位。结合全基因组重测序及主效QTL定位区间基因注释筛选亲本间序列有差异的基因,进一步通过转录组测序分析筛选表达量在亲本间差异显著的抗病候选基因。[结果]构建的玉米遗传连锁图谱包括1559个SNP标记,分布在10个连锁群上;总图距为1318.3 cM,标记平均距离为0.8 cM。共鉴定到10个抗穗腐病QTL,LOD值为3.0~9.7,可解释表型变异的1.4%~10.3%。主效QTL位于5号染色体长臂205.5~206.8 Mb区间,根据玉米B73基因参考组的基因注释信息,主效QTL定位区间内共有41个蛋白编码基因,其中29个基因有中度或高度影响功能的SNP或InDel标记,根据转录组测序分析,有11个基因表达量在亲本SP221与BYL18间差异极显著(P<0.01),为自交系SP221的抗穗腐病候选基因。[结论]在SP221×BYL18 F2:3群体中鉴定到1个新的抗穗腐病主效QTL,主效QTL定位区间内共筛选出11个与抗病性状相关的候选基因。 展开更多
关键词 玉米 穗腐病 遗传图谱 qtl定位 基因
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橡胶树QTL定位分析研究进展
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作者 张源源 李维国 +6 位作者 黄肖 高新生 张晓飞 王祥军 位明明 周元元 黄华孙 《南方农业学报》 北大核心 2025年第9期2805-2817,共13页
橡胶树是天然橡胶的主要来源,其新品种选育是支撑橡胶产业发展的核心基础,对保障并增强天然橡胶的供给能力、维护国防安全、支撑经济可持续发展具有战略意义。然而,橡胶树传统育种周期长、效率低,亟需利用现代生物技术加速新品种选育。... 橡胶树是天然橡胶的主要来源,其新品种选育是支撑橡胶产业发展的核心基础,对保障并增强天然橡胶的供给能力、维护国防安全、支撑经济可持续发展具有战略意义。然而,橡胶树传统育种周期长、效率低,亟需利用现代生物技术加速新品种选育。数量性状基因座(QTL)定位分析是现代生物技术育种体系中的重要研究方法之一。文章系统综述了橡胶树QTL研究进展、存在的问题及对策。遗传图谱构建由早期基于限制性片段长度多态性(RFLP)、扩增片段长度多态性(AFLP)、简单重复序列(SSR)等标记的低分辨率图谱,发展为利用单核苷酸多态性(SNP)标记构建的高密度图谱。图谱标记数量从数百个提升至数千万个,平均图距从10 cM级缩小至0.01 cM级,为QTL精确定位打下坚实基础。重要农艺性状的QTL被大量定位,部分研究已鉴定出功能基因。针对生长性状,鉴定出多个主效QTL及候选基因(如赤霉素受体基因HbGID1)。对于核心产量性状,通过QTL定位和全基因组关联分析(GWAS)鉴定到多个可解释显著变异的位点,并筛选出与糖转运和代谢、乙烯生物合成和信号传导等通路相关的候选基因。此外,在乳管列数、胶乳生理参数(如蔗糖含量、无机磷含量)及抗病性状(如南美叶疫病、棒孢霉落叶病)方面也成功定位了相关QTL区间,初步揭示了其遗传基础。然而,群体构建周期长、表型鉴定复杂、参考基因组不统一、候选基因验证效率低等问题制约了研究的深入。针对这些问题,提出了构建大规模群体、整合高通量表型技术、统一采用端粒到端粒参考基因组、优化遗传转化体系等应对策略。随着多组学技术与生物技术的深度融合,橡胶树QTL研究将加速从位点发现迈向基因功能解析和分子设计育种的新阶段,为培育高产、优质、抗逆新品种提供科技支撑,保障国家天然橡胶供给安全。 展开更多
关键词 橡胶树 qtl定位 遗传图谱 分子育种 天然橡胶
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玉米芽期耐冷性QTL鉴定与分子定位
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作者 郑加兴 覃嘉明 +4 位作者 王兵伟 韦绍丽 何静丹 周步进 时成俏 《分子植物育种》 北大核心 2025年第1期119-124,共6页
本研究在室内人工气候箱中10℃低温条件下进行芽期耐冷性鉴定,利用冷敏感亲本S313和耐冷亲本B73构建的RIL群体研究玉米芽期耐冷遗传基础。结果表明,RIL群体不同家系之间的变异幅度较大,并且均符合或接近正态分布。利用174对双亲多态性SS... 本研究在室内人工气候箱中10℃低温条件下进行芽期耐冷性鉴定,利用冷敏感亲本S313和耐冷亲本B73构建的RIL群体研究玉米芽期耐冷遗传基础。结果表明,RIL群体不同家系之间的变异幅度较大,并且均符合或接近正态分布。利用174对双亲多态性SSR标记构建了分子连锁图谱。该连锁图谱覆盖玉米10条染色体,10个连锁群总遗传距离达到1180.88 cM,标记平均间距6.78 cM。共检测到4个控制玉米芽期耐冷性QTLs,这些位点分布在第1、3、5、8染色体上,定位区间分别为umc2226-umc1073、umc2261-umc1973、umc1679-umc2036和umc1304-umc1974,这4个QTL分别能解释13.60%、10.68%、10.12%、12.25%、20.67%的表型变异,加性效应的增效基因均来自父本B73。第8染色体上定位的1个QTL解释20.67%的表型变异,认定为主效QTL,说明可能存在主效基因对耐冷性起到重要作用。本研究获得的与耐冷基因连锁的分子标记可为后续精细定位和克隆主效基因以及玉米耐冷分子标记辅助育种提供参考。 展开更多
关键词 玉米耐冷 qtl定位 芽期
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基于BSA-seq定位野生大豆籽粒蛋白含量QTL
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作者 袁翠平 孙国金 +7 位作者 齐广勋 刘晓冬 董岭超 王玉民 王英男 赵洪锟 杨佳慧 董英山 《中国油料作物学报》 北大核心 2025年第4期904-911,共8页
野生大豆具有较高的籽粒蛋白含量,发掘和利用其蛋白含量基因对于高蛋白种质创制和品种培育具有重要价值。以绥农14/ZYD01015杂交组合衍生的RIL群体为材料,开展野生大豆ZYD01015的蛋白含量基因定位研究。RIL群体籽粒蛋白含量具有较大的... 野生大豆具有较高的籽粒蛋白含量,发掘和利用其蛋白含量基因对于高蛋白种质创制和品种培育具有重要价值。以绥农14/ZYD01015杂交组合衍生的RIL群体为材料,开展野生大豆ZYD01015的蛋白含量基因定位研究。RIL群体籽粒蛋白含量具有较大的遗传变异,且符合正态分布;对2020年和2021年RIL群体分别构建了高蛋白含量池和低蛋白含量池,采用BSA-seq(bulked segregant analysis sequencing,BSA-seq)技术进行了关联分析,在大豆20号染色体(Chr20)关联到1个区间(Chr20:3100000~33360000)。根据区间多态性Indel标记信息开发了12个分子标记,进行了蛋白含量QTL定位,鉴定出1个蛋白含量QTL位点qPRO-20,位于分子标记WS185和WS205之间,即Chr20:20071086~23798747区段,可解释14.00%(2020年)和13.26%(2021年)的遗传变异。QTL两侧分子标记WS185和WS205,其等位变异间蛋白含量均差异显著(P<0.01),可用于分子标记辅助筛选,能够从与ZYD01015相同等位基因型的材料中,筛选到蛋白含量在45%以上种质的概率达62.7%以上。 展开更多
关键词 野生大豆 蛋白含量 qtl定位 BSA-seq
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基于高密度Bin图谱的水稻苗期耐热性QTL定位
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作者 赵凌 管菊 +5 位作者 梁文化 张勇 路凯 赵春芳 李余生 张亚东 《植物学报》 北大核心 2025年第3期342-353,共12页
鉴定控制水稻(Oryzasativa)高温耐性的新位点和候选基因,可为耐热遗传育种提供理论支撑,具有重要的实践意义。利用粳稻(O.sativa subsp.japonica)品种TD70和籼稻(O.sativa subsp.indica)品种Kasalath衍生的重组自交系(RILs)群体为研究材... 鉴定控制水稻(Oryzasativa)高温耐性的新位点和候选基因,可为耐热遗传育种提供理论支撑,具有重要的实践意义。利用粳稻(O.sativa subsp.japonica)品种TD70和籼稻(O.sativa subsp.indica)品种Kasalath衍生的重组自交系(RILs)群体为研究材料,构建基于深度重测序的高密度Bin遗传图谱;使用QTLIciMappingv软件基于完备复合区间作图法对水稻苗期高温胁迫下的幼苗存活率进行QTLs分析。共检测到26个控制苗期耐热性QTLs,分布在除第3号染色体外的11条染色体上,LOD值为2.59–16.15,其中4个QTLs的LOD值大于10,7个QTLs与已知高温耐性QTLs的位置存在重叠或者部分重叠,其主效QTL位点qHTSR5.2位于第5号染色体26.25–26.38 Mb区间,LOD值为16.15,解释7.18%的表型贡献率。对4个主效QTLs区间进行基因功能注释和亲本间序列分析,共发现27个注释有功能且在2个亲本间编码区存在非同义突变的基因。根据候选基因SNP的类型对RILs群体家系进行基因等位型分类和效应分析,发现5个基因不同等位型的RILs群体家系高温处理后的幼苗存活率存在显著差异,推测可能为候选基因,可用于后续水稻高温耐性的分子机理研究。 展开更多
关键词 耐热性 高密度Bin图谱 qtl定位 水稻 苗期
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杏果实中调控有机酸积累的QTL定位及其主效基因筛选
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作者 姜凤超 杨丽 +3 位作者 张俊环 张美玲 于文剑 孙浩元 《园艺学报》 北大核心 2025年第4期846-856,共11页
以‘串枝红’为母本和‘骆驼黄’为父本构建杏F1杂交群体,并采用液相色谱测定果实中苹果酸、柠檬酸和总酸含量,同时,利用重测序数据挖掘杂交群体的SNP变异信息,构建杏遗传连锁图谱。结果表明,苹果酸在发育过程中先升高后降低,而柠檬酸... 以‘串枝红’为母本和‘骆驼黄’为父本构建杏F1杂交群体,并采用液相色谱测定果实中苹果酸、柠檬酸和总酸含量,同时,利用重测序数据挖掘杂交群体的SNP变异信息,构建杏遗传连锁图谱。结果表明,苹果酸在发育过程中先升高后降低,而柠檬酸呈出一直升高的变化规律。苹果酸和总酸具有典型的数量遗传特征,而柠檬酸呈现偏正态分布,可能存在主效调控基因。杏遗传连锁图谱标记平均距离为0.52 cM,利用该图谱定位获得11个QTL,其中,与苹果酸相关区间包含88个基因,与柠檬酸相关包含310个基因,与总酸相关包含40个基因。加权基因共表达网络分析(WGCNA)表明苹果酸、柠檬酸和总酸分别与模块m13、m05和m08显著相关,富集分析发现柠檬酸相关候选基因主要与三羧酸循环循环(TCA)、丙酮酸代谢、糖酵解/糖原异生等途径和通路相关。对QTL、WGCNA和TCA循环涉及的基因取交集,发现仅PA08G28879在三者中同时出现,其可能是调控杏果实中柠檬酸积累的主效基因(PaMDH1),可作为探索杏果实有机酸积累分子机制的候选基因。 展开更多
关键词 杏 杂交群体 有机酸 遗传变异 qtl定位
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